Mikrobni karnevali

Res, da sem že pred časom opozoril na novo obliko povezovalnega bloganja s t. i. karnevali in omenil tudi mikrobno različico, vendar zdaj me je blogerski prijatelj romunov opozoril na post, kjer je zelo pregledno ponujena letošnja "letina" karnevala Animalcules, potrebno je dodati le še decembrsko številko. Zares vredno ogleda.    

Prijazen Božič in srečno Novo leto

Vsem bralcem in prijateljem blogosfere želim prijetno praznovanje, v novem letu 2007 pa pogosto srečevanje v virtualnem in realnem svetu, Vaš bloger Franc.

Mikrobi in debelost

7122. številka Nature objavlja izredno zanimiv članek o raziskavah povezanosti debelosti in črevesne mikrobne poselitve pri miših in ljudeh: "An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest". Članek spremljajo tudi urednikov komentar, krajša novica "Physiology: Obesity and gut flora" in video klip "Human gut microbes", ki si ga lahko ogledate v odprtem dostopu.

Nitrogenaza pri arhejah

Med raziskovalci presnove dušikovih spojin je dolgo ostajala nerazrešena dilema kdaj v zgodnjem razvoju življenja se je pojavila lastnost t. i. fiksacije dušika. Ta pojav omogoča prevezovanje plinskega dušika do amonijskega dušika, ki je že uporaben v procesih sinteze pomembnih celičnih sestavin. Prisotne so bile teze po katerih naj bi mikroorganizmi pridobili sposobnost dušikove asimiliacije večkrat ob različnih priložnostih prav tako kot predpostavka po kateri naj bi se lastnost uveljavila zelo zgodaj v enem samem koraku. Najnovejše raziskave dveh raziskovalcev iz Univerze Washington, dr. Mausmi Mehte in njenega mentorja profesorja Johna Barossa dajejo večjo verjetnost zadnji predpostavki. V zelo vročem podmorskem okolju sta namreč odkrila skupino termofilnih organizmov s temperaturnim optimumom pri 92 stopinjah Celzija in z "rodovnikom" pripadnosti arhejski skupini, kar je omogočalo podmeno, da so nitrogenazno aktivnost obvladovale že tudi primitivne predniške prokariontske celice pred 3,5 milijardami let, preden je prišlo do temeljne delitve živega sveta v tri domene na bakterije, arheje in evkarionte in ko se je zgodnje življenje razvijalo v izrazitem toplem okolju takratne zemlje.

Opažen...

Šele danes sem zaznal, da je bil blog zaznan. Slovensko blogosfero zdaj spremlja in ocenjuje blog Tako in drugače o slovenskih blogih. Prijetno je, če te nekdo pohvali in zlasti še, če te opazi nekdo, ki pravzaprav od tvojega dela nima posebne koristi. In tudi komentar me je zelo pobožal. Hvala!   

Učinkovitejša etanolna proizvodnja

Znano je, da je ena od omejitev v učinkovitosti etanolne fermentacije oviranje presnove v povratni zanki; višje koncentracije etanola končno ustavijo rast kvasovk. Zdaj pa so raziskovalci na MIT glivo spremenili tako, da lahko tolerira do 18% koncentracijo etanola, kar je skoraj dvakratna količina, ki jo prenesejo divji sevi kvasovk. Razvoj bo seveda temeljito spremenil ekonomičnost pridobivanja tega vse pomembnejša energenta iz biomase.  

Na zdravje!

Ta film je sicer humorno zasnovan, obravnava pa zelo resno temo za ta zimski čas; s kašljanjem in kihanjem se namreč prenaša večina "zimskih radosti". Zato upoštevajmo priporočilo iz filma!

Bakterije v mitohondrijih

Pred leti je avstralski raziskovalec Nate Lo pri preiskovanju klopov odkril novo 16S rRNA bakterijsko sekvenco. Pri natančnejšem preiskovanju gostitelja so novodokrito bakterijo locirali v celicah ovarija klopa in da je bilo presenečenje še večje je niso našli v citoplazmi, ampak v mitohondrijih. V daljši raziskavi, s katero so pokrili obsežna geografska območja in ki je trajala več let, so Lo in sodelavci ugotovili to bakterijo pri 100% preiskanih samic klopov.

Bakterija je parazitirala med zunanjo in notranjo mitohondrijsko membrano in je sčasoma "použila" vsebino mitohondrija. Vendarle pa živali bakterija ne povzroča posebne škode. Oblika opisanega parazitizma nas pravzaprav spominja na nekega drugega bakterijskega parazita, namreč na Bdellovibrio bacteriovorus, ki napada druge bakterije in jih zajeda v periplazemskem prostoru. Nate Lo je zdaj že tudi poimenoval svojo bakterijo in kot velik ljubitelj nadaljevanje Star Wars jih je nadel ime, ki ga spominja na priljubljene TV zgodbe: bakteriji je dal ime Midichloria mitochondrii.

Predavanje zmagovalcev na iGEM 2006

V navezavi na moje prejšnje poročanje naj vas zdaj opozorim na predavanje članov slovenske ekipe na letošnjem tekmovanju iGEM 2006 (The international Genetically Engineered Machine competition), ki bo v sredo, 20. decembra 2006 ob 16:30 uri v predavalnici P5 Biološkega središča, Večna pot 111, Ljubljana.

Bakterije kradejo železo

Številne bakterije, vključno z nenevarnimi b. Escherichia coli v prebavilih, proizvajajo majhne molekule z imenom siderofori, ki za svoje potrebe rasti »plenijo« železo iz tkiv gostitelja. Nekateri sevi E. coli so celo sposobni izdelovati več kot zgolj eno vrsto sideroforov s čimer povečajo uspešnost dostopa do železa. Podobno strategijo ubirajo tudi nekateri patogeni mikrobi npr. Bacillus anthracis, ki proizvajajo dve molekuli - bacilibaktin in petrobaktin, s katerima kradejo železo sesalskim transportnim molekulam z imenom transferini. Razlog, zakaj potrebujejo te bakterije kar dva proteina ni bil znan. Raziskave na UC Berkeley in v sodelovanju z raziskovalci na University of Mississippi Medical Center iz Jacksona in na Fred Hutchinson Cancer Research Center iz Seattlea, skušajo razkriti ozadje tega dogajanja. Novi podatki kažejo, da so mehanizmi delovanja obeh sideroforov pri bacilih antraksa različni. Pri tem človeško telo delovanje antraksnega bacilibaktina učinkovito preprečuje s posebnim proteinom siderokalinom, medtem ko se petrobaktin uspe izmuzniti tej obrambi. Prihodnje raziskave bodo usmerjene v iskanje protimikrobnih sredstev s katerimi bi lahko specifično inaktivirali petrobaktin, bodisi po poti preprečevanja njegove sinteze ali pa odvzema sposobnosti vezave železa. Razen tega ekskluzivna prisotnost petrobaktina pri B. anthracis ponuja tudi zanimivo tarčo za specifičen diagnostični senzor s katerim bi bilo mogoče učinkovito odkrivati ta patogeni mikroorganizem, strašljiv tudi zaradi možnosti njegove uporabe v bioloških orožjih.

Zanimive animacije

V The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research so izdelali nekaj zares izjemnih animacij celičnih in molekularnih procesov. Posebno zanimiva je tista, ki prikaže DNA podvajanje - zanjo boste potrebovali na računalniku QuickTime predvajalnik - dobite ga >tukaj.

Drug zelo prepričljiv video klip "The Inner Life of the Cell" prihaja iz Univerze Harvard, za katerega je potreben predavajalnik Flash Player, dostopen >tukaj.

25 največjih...

Decembrska številka revije Discover je tudi letos objavila 25 najpomembnejših knjig vseh časov, ki bi naj bile bralna obveza za vsakogar, ki ga zanima znanost. Znova sta na prvih dveh mestih Darwinovi knjigi "The Voyage of the Beagle" (izšla 1845) in "The Origin of Species" (izšla 1859), na tretjem pa Newtonovo delo "Philosophiae Naturalis Principia Mathematica" (izšla 1687). Med živečimi avtorji je najvišje na lestvici, na devetem mestu, Richard Dawkins s knjigo "The Selfish Gene" (izšla 1976).

V spomin E. M. Z. Lederbergovi

V 83. letu starosti je odšla prof. dr. Esther Miriam Zimmer Lederberg, mikrobiologinja iz Stanforda. Spominjali se je bomo kot odkriteljice lambda faga in po številnih molekularno genetskih tehnikah, ki jih je razvila skupaj s soprogom, Nobelovim nagrajencem Joshuo Lederbergom.  

Zamrznjeni virusi

Globalno ogrevanje zaradi fenomena tople grede, pred katerim svarijo klimatologi, skriva v sebi dodatne nevarnosti. Kot opozarja skupina raziskovalcev pod vodstvom Scotta Rogersa iz Bowling Green State University (BGSU), Ohio, ZDA, bi topljenje ledu npr. na sibirskih jezerih lahko sprostilo zamrznjene ptičje iztrebke, v katerih bi preživeli virusi iz preteklih obdobij predstavljali možnost rekombinacije z aktualnimi virusi pri pticah, ki prebivajo na teh področjih.

Krompirjeva plesen

Iz New Scientista povzemam novico, da so v Veliki Britaniji dovolili izvedbo dveh poljskih poskusov z genetsko spremenjenim krompirjem. Pri BASF Plant Science so komercialni krompir spremenili s prenosom gena iz divjega krompirja in zagotovili rastlini odpornost proti krompirjevi plesni, ki jo povzroča gliva Phytophthora infestans. Bolezen krompirja o kateri teče beseda je znana iz katastrofe na Irskem v letu 1845, ki je povzročila smrt zaradi lakote vsaj milijona Ircev in je v emigracijo pognala nadaljnja dva milijona prebivalcev otoka.

Zanimivi podkasti

Študent Matej, ki ga je navdušil podkast MicrobiologyBytes, me je zdaj opozoril še na dva podkasta: enega pripravljajo pri reviji Science, drugega pri reviji Nature. Kljub širšemu zajetju tematik boste tudi mikrobiologi našli obilo zanimivih vsebin; Mateju pa hvala.

In še ena na temo iGEM 2006

Pisal mi je študent. Iz skupine tekmovalcev, ki se je pred štirinajstimi dnevi vrnila iz Amerike. In me je pisanje užalostilo. Vpletenost izraziteje spreminja čustva, navdušenje slepi. To je razlog, da nisem neobremenjen presojevalec in komentator in bi mi morda kdo tudi svetoval, da se vzdržim pripomb. Pa se ne bom, ker se mi je med čustvi oglasila tudi prizadetost. In ker vsakomur in vedno ostaja pravica do lastnega stališča bom prihodnje besede vendar zapisal. Tudi v bran svojih študentov, ki čutim, da so rahlo razočarani, ko so iz okolja evforičnega slavljenja, s katerim so jih venčali tujci, doživeli po prihodu domov sicer čestitke, ki pa niso segle preko prizanesljivega trepljanja po ramenih. Svetla izjema je bila prijazna prireditev na Kemijskem inštitutu, ki jo je tudi ustrezno okrasila prisotnost vodstva ljubljanske Univerze in vodstva Kemijskega inštituta. Vendar pri tem se je ustavilo, ali vsaj javnost ni zaznala, da bi bilo za uspeh še komu mar. Pa sem si rekel, če ni mar prvi veji oblasti in ne drugi veji oblasti, morda pa bo četrta veja oblasti izkoristila trenutek. In sem iskal po časnikih, v evforičnem pričakovanju sem najprej pogledoval po mastno zapisanih črkovnih naborih na naslovnicah, potem po skromnejših drugih in tretjih straneh in končno še v bolj kasnih časopisnih straneh. Pa nič, ali skoraj nič. Res da so trenutno novinarji zelo angažirani v hudih zgodbah, pa evro, pa Romi, pa pravica do splava, pa prihodnji predsednik … In vmes še tista zgodba o sloganu v kateri smo polni občutkov ljubezni. A namesto, da bi se namesto sloganu promotorji posvetili priložnosti, ki jim jo je na pladnju ponudil svet, da povečajo prepoznavnost dežele na sončni, oni raje delajo slogane … Veliki SVET, sicer neprijazen do majhnih, nevplivnih, zakotnih, nenadoma opozori, da lahko tudi majhni sedejo na Olimp. Biti najboljši med 37 najboljšimi je dovolj velik zalogaj, da bi bilo mogoče tudi ko bi nihče ne delal ob dogodku posebnega kravala, ustvariti veliko zgodbo. In da se prav razumemo, sploh ni treba delati zgodbe, zgodba je že tu, treba jo je le preliti v obče razumljen jezik, dodati nekaj intervjujev, morda kakšen vtis tujcev, pa bi bilo… Pa saj to znamo, to znamo, ko zmagajo nogometaši, ko uspejo rokometaši, ko slavimo atlete. Ko pa pridemo do izobraževanja in znanosti pa kaže, kot da se ta zalogaj nekomu zatakne v grlu. Nepojmljivo.

Čas je za tuje odmeve

Tujih odmevov na pravkar končano tekmovanje iGEM 2006, kjer so za presenečenje in istočasno za prepričljivo zmago poskrbeli študenti ljubljanske Univerze s svojimi mentorji iz Kemijskega inštituta Ljubljana, je vse več. Na blogih je temeljitejši post prispeval Neurophilosopher; udeležbo študentov iz Valencije (Španija) predstavlja blog Complejidad. Iz posta na blogu Slovenia in tudi iz Tagdot-a je mogoče doseči obširno novico v reviji medGadget. Na blogu Mute Thoughts, najdemo v postu Science update komentiran uspeh na iGEM2006. Na sodelovalnem spletu Synthetic biology je med novice uvrščena zmaga slovenskega tima. Blog BioHacking obilno poroča o sintezni biologiji, med drugim 9. nov. tudi o iGEM2006, istega dne pa tudi, da je Microsoft namenil za raziskave računalniških izzivov v sintezni biologiji 500.000 US$. Interno glasilo MIT predstavlja tudi slovensko zmagovalno ekipo na iGEM 2006. Blog Biohackery na kratko poroča o tekmovanju in zmagovalcih.      

Informacija se širi

Počasi se informacija o zmagi študentov ljubljanske Univerze na tekmovanju iGEM2006 v Bostonu (ZDA) širi tudi v naših medijih. Veliko je k temu pripomogla predstavitev projekta v sredo, 22. novembra 2006 na Kemijskem inštitutu Ljubljana (KIL) in je tudi dala učinkovit poudarek podpisavanju dogovora o dolgoročnem sodelovanju med KIL in Univerzo v Ljubljani v izobraževanju in raziskovanju. Najbrž prvo sporočilo o tekmovanju je bilo tisto na spletni strani IJS, ki mu je sledila novica na spletu Katedre za biokemijo FKKT. Med zgodnjimi poročili na spletu je bilo tisto na spletni strani KIL in tudi dokument s krajšim opisom dogodkov v Bostonu. Zdaj najdemo tudi že izčrpnejše poročilo z bogato slikovno podporo na spletni strani Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo (FKKT) UL. Eno prvih javnih občil, ki je o dogodku poročalo, kolikor sem uspel zaslediti, je bil časnik Večer, ki je že 7. novembra objavil članek "Uspeh Slovencev v ZDA". 8. novembra 2006 poroča o tem 24ur.com, 9. novembra tudi RTV SLO. Sledi časnik Dobro Jutro, ki je 17. nov. objavil obsežnejši članek z naslovom Ljubljanski študentje najboljši na svetu!  Časnik Finance objavi 19. nov. članek Naši premagali Harvard in Cambridge. V e-časopisu Ljubljanske novice je članek o dogodku datiran z 9. nov. 2006. Novico o tem najdemo že zgodaj (7.11. 2006) tudi na spletnih portalih NajNaj.si, Slowwwenia.com in kasneje tudi v spletarni.si. Odmeve najdemo še v forumih, npr. Forum EF poroča 21. 11. 2006 o uspehu in dodaja zanimive utrinke. Na strani Katedre za biokemijo BF najdemo z datumom 10. nov. novico Izjemen uspeh slovenskih študentov z vključenim sočnim komentarjem tujih medijev o slovenskem podvigu. Mimogrede, o nagradi so razpravljali tudi na Redni letni skupščini Slovenskega biokemijskega društva.   

Hvaležen bom za opozorilo v komentarjih o vsakem zgodnjem omenjanju tega dogodka v drugih medijih. Še vedno pogrešam kakšen tehtnejši odmev iz slovenske politike.    

Predavanje v CTK

Kot sem že najavil, bom imel danes ob 19.30 v CTK v Ljubljani predavanje na temo "Uporaba spletnih dnevnikov (blogov) pri (po)uče(va)nju". V pomoč lahko ponudim .pdf zapis aplikacije predavanja na svoji spletni strani. (Se opravičujem za navzkrižno objavljanje v obeh blogih LiLoLe in MIKROBioLOG, predpostavljam namreč, da se srečujem z dvema vsaj deloma različnima naboroma bralcev).

Obeti bioenergije

Na spletni strani ASM lahko najdete in si od tam tudi prenesete kopijo poročila Microbial Energy Conversion, dokumenta, ki ga je izdala Ameriška Mikrobiološka Akademija in temelji na kolokviju iz marca letos. V poročilu je podrobneje obdelan eden večjih svetovnih problemov, namreč potreba po čistem, obnovljivem energetskem viru. Odgovor morda prihaja, tako lahko preberemo v poročilu, prav od najmanjših prebivalcev planeta - bakterij.

Žalujem

Umrl mi je prijatelj, profesor mikrobiologije, dr. Ivo Mahne. Takrat ko ga spoštuješ v njegovi nezahtevnosti, ko ga občuduješ v njegovi prizanesljivosti, ko ga pogrešaš v njegovi neopaznosti, ko ti nikoli ni vsiljeval vtisa nenadomestljivosti pa čutiš praznino ker ga ni, takrat ko ga primerjaš z najboljšimi pa občutiš, da mu delaš krivico, takrat veš, da je odšel prijatelj. Ivo, pogrešala Te bo mikrobiologija, pogrešali Te bomo prijatelji.

CTK vabi

Da ne bo izzvenelo preveč samopromotivno sem si dovolil "ukrasti" kar celo številko novembrskih Obvestil CTK:

OBVESTILA CTK-ja, november 2006

TEMATSKI VEČERI CTK
V okviru tematskih večerov CTK-ja vas vabimo na predavanje z naslovom Uporaba spletnih dnevnikov (blogov) pri (po)uče(va)nju. Predaval bo prof. dr. Franc Viktor Nekrep z Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani. Predavanje bo v četrtek, 23. novembra 2006 ob 19.30 v Nemški čitalnici CTK-ja, Trg republike 3, Ljubljana. Brezplačne rezervacije si lahko zagotovite po telefonu 01 476 3733 ali po e-pošti miro.pusnik@ctk.uni-lj.si. Po predavanju bo organiziran vodeni ogled knjižnice. Vljudno vabljeni.

NAROČANJE GRADIVA PO MEDKNJIŽNIČNI IZPOSOJI
Obveščamo vas o novostih na področju naročanja po medknjižnični izposoji. Naročila lahko izvajate v modulu Moja knjižnica v COBISS-u. Da se prijavite v sistem Moja knjižnica, morate pri vpisu v izbrano knjižnico pridobiti geslo za COBISS oz. geslo, s katerim lahko poleg naročil medknjižnične izposoje upravljate tudi podaljševanje, rezerviranje in naročanje gradiva ter oddaljeni dostop do e-virov Univerze v Ljubljani.

Še posebej udobno je  naročanje gradiva po medknjižnični izposoji neposredno iz kataloga. V katalogu se pod zapisi pojavi gumb, ki vas usmeri v naročilo po medknjižnični izposoji. S klikom pridete do obrazca za prijavo v sistem Moja knjižnica (izbira knjižnice, kjer ste član, vpis številke članske izkaznice, geslo) in sicer neposredno v obrazec za naročilo.

REFWORKS
RefWorks je orodje za upravljanje in uporabo bibliografskih podatkov. Prednost RefWorks je predvsem v tem, da deluje v spletnem okolju – reference lahko na tak uporabljate z katerega koli računalnika  in ne le iz tistega, na katerem imate nameščene lokalne zbirke, spletno okolje pa pomeni tudi, da odpade mučno instaliranje programa ter velika večina problemov s tehnično podporo. Druga velika prednost orodja RewWorks je možnost RefShare, ki omogoča, da več uporabnikov med sabo (skupine raziskovalcev, študentje in profesorji etc.) med sabo primerja in izmenjuje reference. 30-dnevni začasni testni dostop si lahko izdelate na spletnem naslovu http://www.refworks.com.

IZOBRAŽEVANJE V CTK
Elektronske revije in druge zbirke celotnih besedil, 6. december 2006 od 13.00 – 14.30. Tečaj obsega pregled ter uporabo e-revij, e-knjig in bibliografskih podatkovnih zbirk s celotnimi besedili, ki so na volju uporabnikom knjižnic Univerze v Ljubljani.

SciFinder, 14. december 2006 od 13.00-14.30. SciFinder omogoča učinkovito iskanje v podatkovni zbirki Chemical Abstracts. Tečaj je namenjen IZKLJUČNO zaposlenim in študentom Univerze v Ljubljani.

Predstavitev zmagovalnega projekta

Prijateljem tega bloga, ki ste pozorno spremljali poročanje o uspehu slovenskih študentov na tekmovanju v Bostonu (ZDA) in ste se z nami veselili, niste pa neposredno zapleteni v dogajanje, naj izdam, da bodo svoj projekt študenti in njihovi mentorji predstavili v sredo, 22. novembra na Kemijskem inštitutu v Ljubljani, kot lahko preberete v tem vabilu. Ob tej priložnosti bo tudi predstavljen in podpisan Dogovor o dolgoročnem sodelovanju med Kemijskim inštitutom Ljubljana in Univerzo v Ljubljani.

Položaj mikrobov v strukturi ekosistema

Ekologi mikroorganizme razvrščajo v njihovi vlogi razgrajevalcev in mineralizatorjev v strukturi ekosistemov na raven izpod ravni porabnikov. Nove raziskave pa kažejo, da je mogoče mikrobe prepoznavati v ekološki združbi kot značilne porabnike, ki za resurse konkurirajo višjim organizmom. Mikrobi tekmujejo za hrano z njimi tako, da ob presnovni razgradnji proizvajajo odbojne kemikalije, ki odganjajo višje organizme od prehranskih virov - tako v svojih raziskavah razlagajo Mark Hay in sodelavci iz Georgia Institute of Technology razkroj mesa, semen in sadežev.

Nutrigenomika

Nutrigenomika je porajajoča se veda, ki povezuje genomiko, transkriptomiko, proteomiko in metabolomiko s humano prehrano, zlasti v zvezah prehrane in zdravja… (Wikipedia).

Zaradi aktualnosti se je v področju pojavilo veliko iniciativ za njen razvoj in promocijo, med njimi je tudi s strani Evropske zveze financirana European Nutrigenomics Organisation (NuGO) v katero je doslej povezanih 23 partnerjev iz desetih evropskih držav. Projekt koordinira nizozemska Univerza Wageningen. Informiran vstop v problematiko vam omogoča The Nutrigenomics Information Portal (NIP). Za nekoliko bolj popularno seznanitev s temo preberite članek iz Guardiana, za nemško govoreče pa morda >tega.

Wiki portal o zdravilih

Na spletu najdemo le skromen nabor nekomercialnih, torej prostodostopnih podatov o zdravilih pa še tisti, ki so na voljo se nepopolni. Stewart Brower je zato, da bi omilil stisko v pokrivanju potreb, ki jih imajo klinična raba, izobraževanje in raziskovanje, pripravil in ponudil v javno izgradnjo wiki portal z imenom PubDrug. Brower v svoji prezentaciji pojasnjuje cilje in ozadje nastanka novega wiki spleta.

Uveljavitev Slovenije v Bostonu

Že ves teden poročam o zmagoslavju študentov ljubljanske Univerze in mentorjev iz Kemijskega inštituta Ljubljana na prestižnem tekmovanju mladih raziskovalcev iGEM 2006, ki je letos potekalo na MIT v Bostonu (ZDA) in kjer so "naši" osvojili Veliko nagrado in skulpturo BioBrick. Prireditev in dosežek odmevata v svetovnih medijih: >tukaj, >tukaj, >tukaj...    

Zmaga je velika!

Zdaj imamo tudi že rezultate iGEM 2006 tekmovanja o katerem govorim v prejšnjem postu. Veliko nagrado (Grand Prize) je prejela ekipa ljubljanske Univerze, sledita ji ekipi Imperial College iz Londona in Univerze Princeton. Dodeljene so še posebne nagrade: za najboljši sistem je dosegla ljubljanska ekipa 2. mesto izza ekipe MIT in pred ekipo Univerze iz Austina, prav tako je na drugem mestu za najboljšo meritev in opredelitev problema(pred univerzo Berkeley in za MIT), na tretjem mestu pa jo najdemo v kategoriji za najboljšo dokumentacijo (izza Imperial College-a in Univerze Cambridge).

REZULTAT IN S TEM USPEH STA FENOMENALNA, ZDAJ NAM NI POTREBNO VEČ ZARDEVATI PRED RAZNIMI SPISKI NAJBOLJŠIH UNIVERZ, KI SO BILI IZRAČUNANI PO BOLJ ALI MANJ SPORNIH KRITERIJIH. TU JE REZULTAT IZVEDENEGA IN OCENJENEGA DELA IN NAŠI SO NAJBOLJŠI!

 In tu so imena članov zmagovalne in zmagoslavne ekipe:

ŠTUDENTI:
Monika Ciglič (Mikrobiologija)
Ota Fekonja (Mikrobiologija)
Jernej Kovač (Biokemija)
Mojca Miklavec (Fizika & Bioinformatika)
Alja Oblak (Mikrobiologija)
Jelka Pohar (Mikrobiologija)
Matej Skočaj (Mikrobiologija)
Rok Tkavc (Mikrobiologija)

MENTORJA:
Roman Jerala (Kemijski Inštitut Slovenije)
Marko Dolinar (UL, FKKT)

UČITELJI:
Mojca Benčina (Kemijski Inštitut Slovenije)
Mateja Manček Keber (Kemijski Inštitut Slovenije)
Gabriela Panter (Kemijski Inštitut Slovenije)

To pa je slika naše zmagovalne ekipe (iz spleta Jamboree iGEM 2006  >tukaj  in >tukaj).

Še enkrat:               Č E S T I T K E   V S E M!  

15. 11. 2006: dodatni podatki: obsežnejšo informacijo najdete na spletni strani Kemijskega inštituta Ljubljana (katerega sodelavci so najbolj zaslužni za mentoriranje in vodenje študentov v zmagovalnem projektu).

Zmaga na iGEM 2006!

Poročal sem že o odhodu študentov naše Univerze na tekmovanje iGEM 2006 v ZDA, ki je potekalo pod okriljem najprestižnejše univerze sveta - Massachusetts Institute of Technology (MIT). Zdaj je iz Bostona prišla izjemna in razveseljiva novica (dobesedni navedek pisma tekmovalcev):

Slovenska ekipa iGEM2006 je premagala 36 univerz z vsega sveta!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Seveda je v tem trenutku najbolj na mestu ISKRENA ČESTITKA tekmovalcem in mentorjem in zahvala za dosežek, ki so ga dosegli tudi za vse nas. Podrobnosti bodo sledile, kakor hitro bodo prispele.

Splošna biologija in znanstvena metoda

V severnoameriških visokošolskih programih je pri predmetu Splošne biologije, ki  nosi kodno oznako Biology 101, obvezna sestavina v uvodu k predmetni vsebini tudi razprava o znanstveni metodi. Zanimivo mi je bilo, da je predavatelj, ki bi ga rad predstavil, vključil svoje predavanje kar v svoj blog in naj vas na ta blog tudi napotim. Predavatelj na visoki šoli Chapel Hill v Severni Karolini (ZDA) je znani bloger Bora Živkovič, ki objavlja v več blogih in je tudi prizadeven organizator blogerskih karnevalov. Njegov blog A Blog around the Clock sem že omenjal. Današnji post pa zadeva že napovedano temo o znanstveni metodi v biologiji, ki jo je objavil v blogu The Magic School Bus in jo zares toplo priporočam v temeljito branje.   

Koliko je stara slovenska strokovna blogosfera?

Blogosfera postaja tudi v slovenskem prostoru vse popularnejša in rekel bom, tudi pomembna. Ne nazadnje, zdaj se ji je pridružil celo predsednik države. Vse več pozornosti ji namenjajo tudi formalni mediji. Seveda je strokovna blogosfera lahko le skromen rob celotnega "gibanja", pa vendar tudi v strokah nismo "od muh". Žal lahko prispevam le svoje spomine, bil bi pa vesel, ko bi se oglasili tudi pripravljavci tematskih blogov iz drugih strok. Svoj prvi vpis ali po blogarsko "post" v blogu lilole sem oddal 17. novembra 2003, svoj blog mikrob(io)log pa sem pričel 15. septembra 2005. Da smo pa v strokah že prej iskali poti sporočanja aktualnih informacij, ki bi jim po sedanji "maniri" opravičeno lahko rekli "(web)blog" dokazujejo npr. vpisi, ki sem jih v okviru društvene spletne strani slovenskih mikrobiologov skozi nekaj let pisal bralcem v stroki. Prvi tak vpis je datiran s 25. majem leta 2000, svoj konec pa so vpisi doživeli 10. maja 2003, ko je naloge uradne spletne strani prevzela druga ekipa z drugačnim konceptom. Verjamem, da si bo blogosfera v prihodnje še utrdila svoje mesto v različnih strokah, zlasti vidim njeno pomembno mesto v izobraževanju in povabil bi vse, ki čutijo potrebo po posredovanju svojega znanja in svojih misli, da se čimprej preskusijo v blogosferi; vzori iz tujih okolij vabijo in potrjujejo smiselnost takega početja. Pri tem me vedno znova navdušuje vodilna misel znanega bloga Science Blog: "Think. It's not illegal yet."    

Modeliranje dinamike patogenih mikroorganizmov

Bakterijski dinamiki patogenih enterobakterij v telesu gostitelja je posvečen zanimiv članek v odprtem dostopu v reviji PLoS Biology. S ponujenim celičnim demografskim matematičnim modelom je mogoče napovedati ne zgolj pojavnosti mikrobnih celic, ampak tudi dinamiko infekcije in v nadaljevanju tudi dogajanja v organizmu kot so vpliv zdravil in cepiv ter posledične učinke na vztrajanje mikroorganizmov v telesu ter njihovo izginjanje.

Študijske vsebine v odprtem dostopu

V svetu se zelo močno krepi ponudba odprtodostopnih študijskih predmetnih vsebin. Največkrat pod geslom Open Courseware. O tem se lahko prepričate tudi na zbirni strani Opencourseware konzorcija. In zdaj nekaj za mikrobiologe in biotehnologe priporočljivih spletov v odprtem dostopu. Kot dober vir je najbolj znan MIT OpenCourseWare, kjer v rubriki biologije najdemo:

• Experimental Microbial Genetics
• Experimental Molecular Biology: Biotechnology II
• Immune Evasion: How Sneaky Pathogens Avoid Host Surveillance
• Nano-life: An Introduction to Virus Structure and Assembly
• Evolution of the Immune System
• Introduction to Bioengineering
• Environmental Microbiology
• Systems Biology

In tudi nekatere druge vsebine na MIT OCW - področje Biologije so priporočljive za naše potrebe.

Na strani Tufts University - Tufts OpenCourseWare najdemo:

• MBI200 Microbiology, Fall 2004/2005

Na strani The Open University - Open Learn:

• Health and Environment
• Evolution Through Natural Selection
• Global Warming

Na JHSPH OpenCourseWare:

• Malariology

Evolucija ameb

Evolucijska biologinja, prof. Sandie Baldauf iz Univerze York (VB) pravi: “Amebe so med enoceličnimi organizmi najbližje živalim, zato je razumevanje njihovega delovanja in razvoja pomembno tudi za razumevanje razvoja živali." In to je razlog, da se je njena skupina v povezavi z več drugimi skupinami lotila določevanja družinskega drevesa obsežne skupine  t. i. socialnih ameb iz razreda Dictyostelia (deblo Mycetozoa, znane prej tudi z imenom glive sluzavke). 

iGEM 2006 je tik pred zdajci!

Znova zvesto bralstvo bloga vabim, da si ogledate spletno stran nadebudnih tekmovalcev slovenske odprave na iGEM 2006, ki odhajajo v Boston (ZDA) zastopat slovenske barve 3. novembra. Ne bo jim lahko, kar kaže tudi spoštovanje zbujajoča konkurenca iz sveta, vendar verjamemo vanje in jim torej zaželimo VELIKO USPEHA! 

Natančnejše razvrščanje bakterij

Opis novih bakterijskih vrst, letno je objavljenih 400 do 600 vrst, je zelo zahtevno opravilo za katerega ni ravno usposobljenih veliko laboratorijev, opozarjajo poznavalci. Za dokaz kako različni so bakterijski izolati uporabljajo mikrobiologi analizo 16S ribosomske ribonukleinske kisline (rRNK). Dodatno je mogoče povečati zanesljivost presoje, kako (ne)sorodni sta si dve bakteriji, z metodo DNK-DNK hibridizacije, ki pa je precej zahtevnejša. V splošnem je doslej veljalo, da skladnost v zaporedju 16S rRNK v 97,5% s precejšnjo gotovostjo določa novo bakterijsko vrsto. Vendarle pa prof. Erko Stackebrandt iz nemške Zbirke mikroorganizmov in celičnih kultur iz Braunschweiga svetuje, da je mogoče pri klasifikaciji novih vrst z dvigom praga skladnosti na 98,7% opustiti skoraj dve tretjini dolgotrajnejših DNK-DNK hibridizacij. In če še naprej dvignemo prag skladnosti na 99% potem se celo lahko izognemo devetim od desetih hibridizacij brez izgube znanstvene točnosti.

Žveplov krog in bakterijski plankton

Veliko žvepla vstopa v atmosfero na površini oceanov po poti dimetilsulfida (DMS). Njegov vpliv je znaten, od kislega dežja do globalnega segrevanja ozračja. Kot bio.com povzema pravkaršnje poročilo revije Science je skupini raziskovalcev pod vodstvom mikrobne ekologinje Mary Ann Moran pri dveh skupinah bakterijskega planktona uspelo dokazati »stikalni« gen, ki s preklapljanjem omogoča presnovo dimetilsulfoniopropionata (DMSP) do DMS ali do drugih žveplovih spojin, ki ne prestopajo v atmosfero in torej klimatsko niso aktivne.

Rekordno majhen genom II

V navezavi na moj prejšnji post na temo, predlagam, da si preberete še ta članek, ki skuša v prijaznem jeziku razložiti, kako je mogoče, da bakterija s tako majhnim genomom lahko preživi. Hipoteza, da je morda simbiont prepustil nekatere svoje gene gostitelju, ki jih je vključil v svoj genom in zdaj s produkti njihove ekspresije oskrbuje tudi bakterijsko celico, je zares razburljiva, vendar ne povsem tuja, če se spomnimo tez o nastanku mitohondrijev.

Ekstremna rezistenca

Danes med predavanjem o bioterorizmu sem omenil kot nevarnost načrtovane mikrobne biološke grožnje tudi uporabo proti antibiotikom ekstremno rezistentnih sevov bakterije Mycobacterium tuberculosis (XDR-TB), ki med drugim prav zdaj zbuja veliko skrbi in strahu pri bolnikih z AIDSom na obsežnih področjih Afrike. Koristno dopolnilno branje vam ponuja post na blogu Aetiology.  

Endosimbioza

Nedavno sem v enem od komentarjev k "postu" omenil endosimbiontsko sožitje z mikroorganizmi. Poučen sestavek o endosimbiozi, ki jo lahko opazujemo pri listnih ušeh, najdete v tem blogu.   

O probiotikih tudi previdno...

Svetovnemu trendu naraščanja popularnosti mlečnih izdelkov z dodatki probiotičnih bakterij smo priča vsak dan v naših trgovinah in v reklamah informacijskih virov. Pri tem Ameriška akademija za mikrobiologijo opozarja: "Trenutno je kvaliteta probiotikov, ki so na voljo uporabniku, nezanesljiva". Svarijo tudi, da nekateri teh pripravkov niso nenevarni za vse potrošnike, zlasti za tiste z oslabljenim imunskim sistemom. Ker se pa seveda razvoj nadaljuje (in prav je tako) morajo uporabniki upoštevati, da:

• živila s probiotiki in dodatki z njimi niso zdravila zato tudi trditve o njihovih zdravilnih učinkih niso preverjane na enak način in z enako strogostjo, kot velja to za zdravila;
• proizvajalcem ni potrebno dokazovati, da vrsta in število mikroorganizmov, označeno na nalepkah dejansko ustreza stanju
• in da različni sevi iste mikrobne vrste lahko imajo različne učinke.

Hitra diagnostika virusnih obolenj

Kot lahko preberemo v 357. številki ASM Weekly Newsdigest je bila razvita hitra, občutljiva in cenena diagnostična metoda z imenom MassTag PCR. Z njo je mogoče odkrivati influenci podobne respiratorne infekcije, omenjena pa je tudi uporaba v diagnostiki virusnih hemoragičnih vročičnih obolenj kot so Ebola, Marburg, Junin in dr.

Fotoprvaki

Fotografski navdušenci najbrž poznate splet Digital Camera Photographer of the Year. Pri tem me je prevzela zmagovalna slika iz sekcije Animals and Nature. In tudi nekatere druge slike iz te serije so vznemirljive.

Letalnost filovirusov

Kot sporoča blog Biology News Net, so raziskovalci Greene Infectious Disease laboratorija na Univerzi Columbia, CDC laboratorijev in centra Caribbean Primate Research odkrili ključni mehanizem s katerim filovirusi, mednje spadata tudi povzročitelja bolezni Ebola in Marburg, povzročijo obolenje. V decembrskem zvezku letnika 2006 revije The FASEB Journal bo opisano odkritje aminokislinske sekvence pri filovirusih, ki vodi do hitrega padca imunskega odziva. Ugotovitev omogoča razvoj novih zdravil za omejitev teh uničujočih bolezni.

Darwin v celoti

romunov’s blog et al nas opozarja na res izjemno spletno stran: The Complete Work of Charles Darwin Online, ki so jo pripravili na Univerzi Cambridge ( V. Britanija). Navdušujoče!!!

Rekordno majhen genom

Kot kaže so raziskovalci pri bakteriji Carsonella ruddii odkrili najmanjši funkcionalni genom, t.j. nabor genov, ki še zagotavlja delovanje celičnega organizma. Bakterija vsebuje nukleoid, to je molekulo DNK dolgo vsega 159,662 baznih parov, ki zadostuje za 182 proteinskih genov. Najdena dolžina je komaj tretjina tega, kar so doslej verjeli, da je t. i. minimalni genom.

"Nanoporno" sekvenciranje

Bodimo v prihodnje pozorni vedno ko srečamo v novicah geslo "nanopore sequencing". Napoveduje namreč novo tehnologijo DNK sekvenciranja, ki je sicer še v najzodnejšem obdobju razvoja. Tako je mogoče prebrati med vrsticami sporočila, da ameriški National Human Genome Research Institute iz Bethesde razpisuje za več kot 12 milijonov US$ projektov za raziskovalce, ki razvijajo rešitve s katerimi bo mogoče strošek sekvenciranja sesalskega genoma  iz današnjih 10 milijonov dolarjev zmanjšati na vsega 1000 (!) US$.

Neobranjena biološka obramba II

Nerazrešene teroristične epizode s pisemskim razširjanjem povzročiteljev antraksa izpred petih let, ki se je tragično končalo z žrtvami in o kateri sem nedavno že pisal, se je lotil tudi Douglas Beecher s člankom v avgustovski številki ugledne znanstvene revije Applied and Environmental Microbiology. Nekatere njegove ugotovitve povzema tale časopisni komentar e-revije Free Republic in dodaja zanimive dodatne informacije o takratnih poskusih razjasnitve incidenta. Beecher zavrača doslej splošno sprejeto tezo, da je šlo za biološki bojni pripravek iz vojaških laboratorijev. Vendar pa avtor, ki prihaja iz FBI, ne odvzema vetra iz jader kritikom, ki še vedno očitajo zveznim preiskovalcem površno, nestrokovno in morda še kakšno delo v raziskavi primera. Takih opozoril je v ameriški javnosti veliko, nanje se nanaša tudi komentar blogerja romunova na moj citirani "post". Komentar iz Free Republic dodaja tudi časovni trak dogajanja pred petimi leti v tistih usodnih septembrskih in oktobrskih dneh in vsebuje v nadaljevanju tudi obsežnejši nabor komentarjev, ki dobro odsevajo duha dela ameriške javnosti.       

Siblogsmeet4.0

Pred približno pol ure se je v prijetnem vzdušju in z zaključnim skupinskim fotografiranjem sklenilo letošnje že četrto srečanje slovenskih blogarjev, ki jih povezuje blogarska lista si.blogs. Podeljene so bile tudi letošnje nagrade si.blogs awards 2006 in naravoslovna scena se je dobro odrezala: nagrade so dobili  med drugimi blogi KeBi03, romunov's blog et al. in blog lilole vašega pisca.  

Najverjetneje odkrit izvor obolenja

Reuters poroča, da so kalifornijske zdravstvene oblasti s primerjavo sevov bakterije Escherichia coli 0157:H7 izoliranih iz zamrznjene sveže špinače in iz izbruha obolenja z 200 pacienti ter s trojico umrlih, ki so uživali to špinačo, ugotovili istovetnost tudi z izolati pri govedu. Identično E.coli so namreč našli tudi v blatu treh goved iz farme v kalifornijski Salinas Valley v neposredni bližini špinačnih polj.

Neobranjena biološka obramba

Ko se je pred petimi leti ameriška administracija odločila za gigantski projekt biološke obrambe, je bilo to razumljivo. Javnomnenjska histerija, ki jo je skoraj sočasno z napadom na newyorška nebotičnika sprožil še vedno neodkrit bioterorist z okuženimi pisemskimi pošiljkami novinarjem in politikom in ki je zahtevala tudi pet življenj, 17 bolnih in eno najobsežnejših antibiotskih preventivnih kampanij v zgodovini, je bila uvod v odmevno biološko zaščitno akcijo države. Doslej je ta stala davkoplačevalce 44 milijard US$, med drugim tudi za vzpostavitev projeta Biološki Ščit (BioShield) s proračunom 5,6 milijarde US$ do leta 2014. Ali so prebivalci ZDA kaj varnejši pred biološkimi grožnjami? Po mnenju strokovnjakov iz Centra za biološko varnost na Univerzi Pittsburgh ne in proejkt naj bi zgrešil na kratko v dveh točkah: obseg patogenih mikroorganizmov, ki jih projekt cilja je preozek in načrtovani protiukrepi so napak zastavljeni.Več si velja prebrati v članku. 

...imam še izpit na dolgu...

Ali se prepoznate v teh 25 točkah? Morda vam bo pomagalo, da se izognete kakšni omamni izgubi časa...

Ameriški biotehnologiji kaže bolje...

Kot nam septembrska številka Nature Biotechnology (24 (2006), str. 1040) predstavlja poročilo Biotechnology in Europe 2006 na spletu evropske bioindustrije EuropaBio, evropska biotehnološka podjetniška sfera ni v najboljši koži. 2/3 evropskih podjetij namreč zaposljuje manj kot 20 ljudi, medtem ko ima dvotretjinski delež ameriških podjetih več kot 20 zaposlenih. Pričakujemo seveda lahko, da je podjetje, ki je mlajše od npr. dveh let manjše in to velja tako za Evropo kot za ZDA. Nato pa je v nadaljevanju rast ameriških podjetij znatno hitrejša; tako ima po petih letih že 75% podjetij več kot 20 zaposlenih, medtem ko je v Evropi skupina z manj kot 20 zaposlenimi največja in taka slika vztraja vse do 15. leta. Med dejavniki, ki jih članek predstavlja kot vzvode ameriškega podjetništva v novih tehnologijah omenja inkubatorje in pospeševalce (akceleratorje) in prav slednji naj bi bili skrivnost ameriškega uspeha, ker inkubatorje pozna tudi Evropa.

Nobelove nagrade

Smo v času ko na Švedskem podeljuje vsakoletne Nobelove nagrade. Letos dve nagradi pomembno slavita raziskovalce s področij ved o življenju. Nagrado za fiziologijo in medicino bosta prejela "mladeniča": A.Z. Fire (47 let) iz Univerze Standford in C.C. Mello (46 let) iz Univerze Massachusetts za "njuno odkritje RNA interference - genskega utišanja z dvoverižno RNA". Nagrado za kemijo bo prejel Roger D. Kornberg (59 let) prav tako iz Univerze Stanford za "njegove raziskave molekularnih osnov evkariontske transkripcije". 

Ob tej priložnosti si je zanimivo prebrati članek v reviji Discover "20 reči, ki jih niste vedeli o ... Nobelovih nagradah". V isti reviji je tokrat še en članak, ki razkriva ozadje nenavadnih odločitev pri podeljevanju Nobelovih nagrad, namreč zakaj A. Einstein ni dobil Nobelove nagrade za njegove revolucionarne teze o relativnosti, ampak za relativno obrobno odkritje fotoelektričnega efekta.

Novice iz ASM News Digest

Malarija zahteva letno več kot milijon žrtev, zato seveda svet pozorno prisluhne vsaki novici, ki obeta omejevanje te grožnje. V poskusih na miškah so nedavno dokazali učinkovit vpliv na reprodukcijo parazita Plasmodium falciparum s sintetičnim zdravilom XC11. Nova učinkovina bi seveda v pogojih, ko dosedanje zdravljenje npr. s klorokvinom zaradi vse večje odpornosti povzročitelja nanj postaja vse manj uspešno, bila dragocena obogatitev arzenala sredstev proti malariji.

Nedavno je skupina raziskovalcev iz projektne skupine Joint Genome Institute (DOE JGI) v okviru genomskega projekta, ki ga financira U.S. Department of Energy odkrila presenetljivo sožitje morskega črva Olavius algarvensis z njegovimi mikrobnimi partnerji. Črva, ki nima lastnega prebavnega trakta in tudi sistema izločal ne potrebuje, oskrbujejo z energijo mikroorganizmi, ki jih nosi v sebi, v zameno za uslugo ker jih transportira v okolju sedimentov, bogatih z mikrobno uporabnimi hranili. Hranila prestopajo v telo črva perfuzijsko in odpadni produkti ga zapuščajo na enak način.

Iskanje vakcinalne zaščite proti kugi - povzročitelj je bakterija Yersinia pestis - je slej kot prej aktualno, najprej zaradi še vedno nekaj tisoč smrtnih žrtev, ki jih letno preštejejo v svetu pa tudi zaradi akutne nevarnosti zlorabe povzročitelja v bioteroristične namene. Y. pestis je zoprn patogeni organizem, ker se v telesu gostitelja uspe učinkovito umikati imunski obrambi. Pogosto uspe gostitelja, zahvaljujoč svojemu potuhnjenemu skrivaštvu, pokončati prej preden ta uspe vzpostavi učinkovito imunsko zaščito.

Na nemški univerzi v Muenstru so v skupini prof. Steinbüchela gensko spremenili sev bakterije Escherichia coli  z dvema genoma bakterije Zymomonas mobilis tako, da GSO lahko iz sladkorja proizvaja alkohol, razen tega pa so s tretjim genom iz bakterije Acinetobacter baylyi spremenili E. coli tako, da so ji omogočili reakcijo alkohola z rastlinskim oljem. Pridobljenemu maščobno kislinskemu nadomestku nafte so nadeli ime "microdiesel". Rešitev obeta konvencionalno (kemijsko) metodo priprave biodizelskega goriva preoblikovati v precej bolj okolju prijazno tehnologijo.

Biofilmi v ranah

Ameriški National Institutes of Health (NIH) so odobrili Centru za inženiring biofilmov na Univerzi Montana State 2.9 miijonov US$ za raziskave zdravljenja kroničnih ran. Podmena raziskave je, da se v ranah, ki se težko celijo oblikujejo mikrobni filmi, ki na eni strani preprečujejo celjenje rane na drugi strani pa so v njih mikroorganizmi zaščiteni pred delovanjem antibiotikov. Prepoznava dejavnikov pri aktivaciji genov, ki so v ozadju nastanka biofilma bi lahko prinesla razrešitev velikega problema v oskrbi ran.

Knjige za mikrobno ekologijo

Na vprašanje študenta o učbenikih za mikrobno ekologijo mi je prišla na misel nedavna razprava na društvenem forumu ASM, ki jo v redigirani obliki ponujam v uporabo vsem, ki bi jim lahko koristila:

Hello all,
I am hoping you can suggest an up-to-date text for use in a Microbial Ecology course. Any suggestions would be appreciated!

Thank you, XXXX

------------------

XXXX,
try this link for a wide variety of recently published Microbial Ecology texts, including lab manuals.
http://www.campusi.com/keyword_Microbial_Ecology.htm

YYYY

----------------

XXXX,
the link above has a very extensive list! I can tell you that the Biodiversity of Life Book (Reysenbach) is excellent, although it is advanced and contains chapters written by individuals on various organisms and habitats. It's not really a general text.  The Molecular Microbial Ecology (Osborn 2005) is also excellent for explanation of methods and protocols if you want to go that route, but again, not a general text.The Microbial Ecology of the Oceans book by Kirchman looks excellent and is on order by my library. I am currently teaching microbial ecology and not really using a text. I put alot of things on reserve in the library (e.g. primary literature, chapters from general micro texts). I did have the students buy the Field Guide to Bacteria (Dyer) as a general reference. I really do feel there is a need in this area at the undergraduate level. But as you probably know, it is a very active and changing field.
Good luck- I'm looking forward to reading the responses you get.

ZZZZ

----------------------

XXXX,
I teach a Microbial Ecology course that targets upper level undergrads and grad students and I haven’t found an up-to-date book that I like. I structure the course around a lab that is a semester long research project. I used Atlas and Bartha the first time but now simply use Brock Biology of Microorganisms and add to it with primary literature. Since Brock is required for an intermediate micro course I teach, most students tend to already have it. I have always thought there is a glaring need for a recent microbial ecology text, I am anxious to see the new one by McArthur published by Academic Press.

Good luck. WWWW

--------------------

XXXX,
I use the same approach as WWWW, since I also use Brock in my general course. It lacks some material, such as in-depth material and quantitative analysis in ecological interactions (parasitism, actual models of interactions, etc) that Atlas provides, so I supplement with Atlas. If you are looking for a stand alone text that does a great job with diversity, species concepts and evolution, try Oguseitan's "Microbial Diversity" published by Blackwell. Its available in softcover and is not too expensive, in addition to being a great text for upper division undergraduates.

UUUU

------------------

XXXX,
I second UUUU's endorsement of the Microbial Diversity book. I find it a really nice book and unique in what it provides.

VVVV

-------------------

XXXX,
I also haven't found one book that I'm happy with for my class. I use two - the Atlas and Bartha that others have mentioned and also "Environmental Microbiology" by Maier, Pepper and Gerba. It has some nice chapters on methodology and on microbes and pollutants.

TTTT

Protimikrobne brusnice

Danes mi boste očitali, da sem pretirano alternativno naravnan, vendar na tale članek vas moram opozoriti, saj prihaja iz zelo resnega okolja in resne prireditve. Sicer so pa naše babice že tudi prisegale na protimikrobno učinkovitost brusnic! Koristno pa je prebrati tudi komentarje v Diggu.

Pijte več vode

Seveda je lastna presoja vsakogar, v kolikšni bo prisluhnil nasvetom za izboljšanje svojega zdravja in počutja na blogu The Ririan Project. Ni se mi pa zdelo povsem od muh 10 nasvetov za redno pitje vode.   

Mleko iz biološke pridelave

Nedavna poteza ameriške trgovske verige Val-Mart, da bo ponudila v svojih prodajalnah kravje mleko iz biološke pridelave po nižjih cenah kot je tako mleko konkurenčnih proizvajalcev  je vzbudila v javnosti precej pozornosti, med proizvajalci pa tudi mnogo negodovanja. Standardi proizvodnje mleka v pogojih biološke pridelave so v ZDA dovolj strogi: živali namenjene za ta vid mlečne proizvodnje morajo od šestega meseca starosti dalje použiti najmanj 30% dnevnega obroka v suhi snovi na paši in to vsaj 120 dni letno, pri čemer je navzgor omejena tudi obremenitev pašnikov z do 5 kravami na površini hektarja paše. Konkurenca opozarja, da bo veletrgovina v iskanju poti do cenejše proizvodnje morda skušala zrahljati ali obiti te standarde.

Nevarna špinača (le kaj bi rekel Popaye...)

Trenutno v ZDA vzbuja veliko pozornost nedavni izbruh okužb z bakterijo Escherichia coli (kot kaže  gre za zloglasni sev O157:H7), ki ima izvor najbrž v pakirani sveži špinači. Med več kot petdesetimi obolelimi je tudi ena žrtev, obolenja so se pojavila v več zveznih državah in s svarilom se je odzvala celo FDA. Nekaj več o tem na blogu Aetiology. Na hitro pa nekaj o E.coli >tukaj.

Novo znanje

Najprej naj vas napotim na post v blogu Lilole, kjer tokrat predstavljam posebno obliko "karnevala". Nato takoj povem, da je tudi za mikrobiologe veliko zanimivega: že omenjeni Mendel's Garden, pa Carnival of the Green in novi karneval Animalcules. Vendar ko vas bo v blogosferi zgrabilo pravo karnevalsko vzdušje, boste naleteli na marsikaj zanimivega. Sporočajte, če najdete kaj vznemirljivega.  

Video o mikrobih

Rad ponavljam rek, da pove slika lahko več kot tisoč besed. Zato naj vas tokrat napotim na splet Univerze Leicester, kjer so na njihovem Oddelku za mikrobiologijo pripravili nabor mikrobioloških slik in video klipov, razen tega pa najdete tam tudi dostop do  MicrobiologyBytes podkastov, predstavljenih v lastnem tematskem blogu.

XDR-TB

WHO objavlja zaskrbljujočo novico, da se pojavljajo t. i. XDR (za: "extreme drug resistant") sevi Mycobacterium tuberculosis, ki se praktično ne odzivajo na zdravljenje. Ne samo da so odporni na sredstva iz t. i. prvega nabora zdravil, nanje ne učinkujejo niti več sredstva drugega nabora, katerih uporabe se zdravniki sicer izogibajo, saj so bolj toksična za bolnike. Primeri se pojavljajo v ZDA, Vzhodni Evropi in Afriki; iz Zapadne Evrope zaenkrat ni takih poročil. Zlasti so ogroženi bolniki, ki so okuženi tudi s HIV; o primerih te vrste že poročajo iz Južne Afrike.

Biološka kontrola plevelov

Ameriško fitopatološko društvo (American Phytopathological Society - APS) napoveduje, da so lahko izbrani rastlinski patogeni mikroorganizmi (r.p.m.) uspešno in okolju prijazno sredstvo za nadzor plevela v rastlinski proizvodnji. Na voljo sta dva ključna pristopa: (1) klasična biološka kontrola kjer uporabljamo za zatiranje plevela r.p.m. prenesene iz drugega okolja ob minimalnem vpletanju tehnoloških posegov in (2) postopek z bioherbicidi, kjer dosežemo s ciljanim namnoževanjem in intenzivno aplikacijo r.p.m. pospešen propad plevela.

Kronobiologija za mikrobiologe

Kronobiologija, ki se ukvarja s periodičnimi (cikličnimi) pojavi v živih organizmih, ima seveda svoje mesto tudi v mikrobiologiji. Vsi njeni pristaši bodo z zanimanje prebrali tale "post", ki ga najdete na blogu A blog around the clock (iz blogarskega omrežja ScienceBlog).   

Pogled v celico

Na spletni strani XVIVO LLC si lahko ogledate izjemno demo animacijo dogajanja v celici, kot so jo pripravili za predstavitev večje serije animacij na temo "The Inner Life of the Cell" za dodiplomske študente na univerzi Harvard.

Kitajski GS riž v Evropi

Kot sporoča SpiegelOnline so v Nemčiji, Veliki Britaniji in Franciji odkrili v testeninah sledove gensko spremenjenega riža, katerega uvoz je sicer v EU prepovedan.

Virusi proti raku

Ali se bo pojem "onkolitična viroterapija" uveljavil tudi pri nas? S pojmom pojasnjujejo sicer že dolgo znano naravno sposobnost specifičnih virusov, da lahko uničijo rakove celice, virus ošpic je npr. značilen onkolitični virus. Uporabo tega principa so doslej omejevali varnostni pomisleki. Zdaj pa je raziskovalcem kot kaže uspelo vzpostaviti večnivojsko varovanje postopka pri katerem bo mogoče uporabiti viruse pri zdravljenju raka. Pri virusu, razvitem na kliniki Mayo (Rochester, MN, ZDA), so uporabili proteine, ki jih izločajo le rakove celice, za aktiviranje spremenjenega virusnega seva.

Učbenik še kar raste...

Učbenik Microbiology and Bacteriology, ki v obliki e-teksta nastaja na spletu Department of Bacteriology na Univerzi Wisconsin je bogatejši za poglavje z osnovami imunologije - poglavje 15: Animal defenses against microbes. Eden boljših spletnih učnih materialov v odprtem dostopu! 

Etomikrobiologija?

V nedavnem uvodniku "Obnašanje, razpoloženje in mikrobi" društvene revije ASM "Microbe" prof. Moselio Schaecher (najbrž malo za šalo in malo za res) predlaga uvedbo pojma in področja raziskovanja "etomikrobiologija". Ukvarjalo naj bi se s spremembami v obnašanju, ki so posledica mikrobne infekcije. V interdisciplinarnem orkestru bi lahko sodelovali etologi, nevrologi, psihologi, imunologi in mikrobiologi. Za ilustracijo povzemam iz njegovega članka zanimiv primer spremenjenega obnašanja pri podganah, okuženih s parazitom Toxoplasma gondii. Okužene podgane namreč izgubijo prirojen odpor proti vonju mačk. Parazit, katerega končni gostitelj je podgana, za zaključek svojega življenjskega ciklusa potrebuje mačko. Torej spremenjeno obnašanje podgan zagotovlja reprodukcijo parazita. Za pojav se je uveljavil pojem "parazitska manipulacija" in je lahko neposredna posledica vpliva parazita na živčni sistem gostitelja. Značilen primer je steklina, ki se prenaša s slino in povzroči, da bolna žival postane napadalna in z ugrizom okužuje nove žrtve.     

Naši predniki

Pa pokukajte še >semle.

Nov uspeh v borbi proti HIV

Kot sporočajo iz skupine raziskovalcev na Université de Montréal, jim je uspel pomemben korak v borbi proti virusu humane imunske pomanjkljivosti (HIV). Prvič so raziskovalci ugotovili okvaro v imunskem odzivu proti HIV in našli tudi način za popravljanje te slabosti. Dr. Rafick-Pierre Sékaly, ugleden celični biolog, imunolog in virolog je potrdil ugotovitev nove terapevtske tarče (beljakovina PD-1), ki obnavlja delovanje T celic v njihovi nalogi izločanja z virusom okuženih celic. Najdba predstavlja pomemben korak, ki odpira nove možnosti v načrtovanju strategij nadzora infekcij s HIV. Raziskavo objavlja novi zvezek revije Nature Medicine.

Dobrodošla nova uporaba bakterij

Tokratna tema je bolj sproščena, s tem pa ne rečem, da je nepomembna. Po MSNBC povzemam sporočilo, da se bodo bakterije kmalu pojavile kot sestavina žvečilne gume, zobnih krem in deodorantov, istočasno pa je to lahko vzpodbuda za inovacijsko razmišljanje o dodatnih uporabah probiotičnih mikroorganizmov.

Mikrobi gredo v vesolje

Ko bo vesoljski taksi Atlantis predvidoma v nedeljo poletel v vesolje bodo na ladji tudi mikroorganizmi in sicer sevi bakterij Salmonella typhimurium, Pseudomonas aeruginosa in glive Candida albicans. Z izpostavitvijo v vesolju želijo predvsem ugotoviti sposobnosti genskega prilagajanja mikroorganizmov in sprožanja infektivnih obolenj v pogojih majhne težnosti prav tako pa tudi v luči mikrobnega razširjanja preučiti bivalno okolje astronavtov. Predvsem naj bi rezultati podprli raziskave tveganja za astronavte pri načrtovanih daljših misijah na Luno in Mars.

Vatikan o Darwinovem nauku

Kot lahko preberemo v današnjem Daily Mailu, naj bi v Vatikanu v kratkem gostili seminar, kjer naj bi razpravljali o vplivu Darwinove teorije na cerkveni nauk o stvarstvu. Ali je s tem dogodkom kakorkoli povezana usoda direktorja Vatikanskega observatorija jezuita Georga Coyna, ki ga je nedavno papež Benedikt XVI razrešil, potem ko je Coyne 28 let vodil to ugledno ustanovo, ni povsem jasno. Pater Coyne, ki je bil znan zagovornik Darwinove teorije in njene skladnosti s krščanskim naukom, je namreč v več javnih nastopih nasprotoval podpori Cerkve gibanju in nauku "inteligentnega načrta" (ID).

Še boljši Google Scholar

Po blogu Google Bloscoped povzemam naslednjo vest: Google Scholar, ki ga priporočam zlasti študentom pri iskanju učnega in seminarskega materiala, je zdaj uvedel novost. Ob vsakem rezultatu iskanja zdaj navede tudi povezavo »Related Articles«, ki zelo pomaga pri iskanju najdenemu podobnih, relevantnih člankov.

Še o viskiju

V blogu Češpov njok najdemo zanimiv vpis o viskiju. Naj k temu dodam še nekaj formalizmov, ki zadevajo najbolj znani viski, t. j. škotski viski. Da se lahko viski imenuje škotski viski ali okrajšano »Scotch« mora izpolnjevati kriterije določene z zakonom (Scotch Whisky Order iz leta 1990 oz. Scotch Whisky Act iz leta 1988). Izdelan mora biti v škotski žganjarni iz vode in ječmenovega slada, ki mu pa lahko dodajo druga žita. T. i. sladica (tudi ječmenovka) mora biti pripravljena v isti žganjarni zgolj z lastnimi encimi zrna in je nato varjena (fermentirana) s kvasovkami. Fermentacijsko drozgo destilirajo v več stopnjah (vsaj dveh) do volumenske vsebnosti alkohola, ki je manjša kot 94.8% tako da ohrani okus in vonj izvornih surovin; dobljen mladi viski starajo vsaj tri leta v hrastovih sodih. Ne sme vsebovati drugih dodatkov kot vodo in barvila karamela. Po redčitvi z vodo ga stekleničijo a ne šibkejšega kot z 40 volumenskimi % alkohola.
Scotch po eni od delitev razlikujemo v »single malt« - enojni sladni, »vatted malt« (imenovan tudi "pure malt" – čisti sladni ali »blended malt« - mešani sladni), »blended« - mešani in »single grain« - enojni žitni viski. Pri nas so popularni predvsem cenejši mešani viskiji, poznavalci pa prisegajo na različne enojne sladne viskije, zlasti tiste, ki so starani preko osnovnih treh let. Kogar zanima natančnejša info o tem slavnem žganju pa mu svetujem branje Wikipedije.

Bioenergija

Energetska oskrba postaja vse resnejša skrb človeštva. V scenariju prihodnje oskrbe ni zanemarljiv prispevek, ki ga lahko ponudi t. i. bioenergija. Pri tem imamo svojo besedo in interes tudi mikrobiologi, saj številne tehnološke rešitve energetske izrabe biomase temeljijo na sodelovanju mikroorganizmov. V zvezi s tem bi vas usmeril na zanimiv informacijski vir, na Atlas obnovljivih energij (originalno v treh jezikih: nem., franc., angl.) v katerem ob drugih zanimivih podatkih najdete tudi take, ki zadevajo bioenergijo.

Tudi komenzali niso od muh

Tako imenovane komenzalne*) bakterije naj bi, kot nas na to opozori nedavni članek v reviji Science in ga povzema The Scientist, v nasprotju z dosedanjim prepričanjem v prebavilih lahko povzročale tudi škodo, podobno kot patogene bakterije. Raziskovalci so npr. pri bakteriji Escherichia coli odkrili nabor genov (v genomskem otoku pks), ki lahko povzročijo lomljene dvojne vijačnice gostiteljske evkariontske DNA. Sprožijo torej mehanizem, ki bi lahko izzval raka v prebavilih. Podatek je pomemben tudi zato, ker bo potrebno v prihodnje z večjo skrbjo preverjati lastnosti t. i. probiotskih bakterij, ki jih običajno rekrutiramo iz skupine komenzalnih bakterij.

*) komenzalen … živi v sožitju z drugim organizmom, ki mu zagotavlja hrano in mu ne povzroča škode. Komenzalne bakterije so del običajne mikrobne združbe prebavil.

Dobrodošlica blogu

Z navdušenjem pozdravljam prihod novega strokovnega bloga na sceno slovenske blogosfere (upam, da s trditvijo, da je nov ne zavajam). Blog z imenom ZNANOST @ CLOVESTVO.EDU domuje  v Delovi blogarski druščini. Avtorju s psevdonimom kvark želim veliko zadovoljstva v njegovem poslanstvu.

Morska mikrobna raznovrstnost

Objava o ugotovitvah raziskovalcev mednarodne mreže ICOMM v julijski številki ameriške revije Proceedings of the National Academy of Sciences journal sporoča, da je mikrobna raznovrstnost morskih okolij 10 do 100 krat večja, kot je veljalo doslej. Ob sorazmerno majhnem številu različnih vrst, ki prevladujejo v vzorcih, prispeva več tisoč vrst v majhni gostoti (t. i. redka biosfera - ‘‘rare biosphere’’) k veliki pestrosti okolja. Starost te biosfere prispeva neizčrpen vir genomske inovacije. Več o projektih raziskav morskih ekosistemov lahko najdete na straneh Census of Marine Life (COML) skupaj s projektom baze OBIS, International Census of Marine Microbes (ICOMM) in mreže Marine Biodiversity and Ecosystem Functioning (MARBEF).  

Zares uspeh

Naš študent mikrobiologije Rok Tkavc mi je poslal zares razveseljivo novico. Posredujem jo kar v celoti:

6 študentov mikrobiologije (5 študentov tretjega letnika in 1 iz četrtega), 1 študent biokemije in 2 študenta fizike je bilo izbranih za sodelovanje pri projektu iGEM 2006 (International Genetically Engineered Machine competition). Praktično delo v laboratoriju poteka že od junija, v začetku novembra pa se bomo udeležili srečanja vseh ekip na MIT-u in svetu predstavili svoje delo (in jih pravtako informirali, da Slovenija ni Slovaška ali pa Transilvanija :-) ).
iGEM 2006: http://parts.mit.edu/wiki/index.php/Main_Page
Stran slovenske ekipe: http://parts.mit.edu/wiki/index.php/University_of_Ljubljana_&_National_Institute_of_Chemistry,_Ljubljana,_Slovenia_2006

Zares izjemen dosežek! Iskreno čestitam!

Na lov za novicami

Je čas počitnic, vsi študijski pogoji so narejeni; zunaj trenutno dežuje! Kako primeren čas za brskanje po spletu. Zato naj vas opozorim na nekaj naslovov, kjer boste našli zanimive novičke iz sveta mikrobiologije. Microbes.info, sem že pred časom omenil. Na portalu Topix.net boste našli aktualne novice pa tudi dostop do tematskega foruma. Založba McGraw Hill ob najavi svojega učbenika ponuja tudi spisek Microbiology in the News. Tudi za radovedne je Suite 101, elektronski portal, kjer mikrobiološko stran ureja  N. R. Chamberlain, znan in učinkovit info promotor za mikrobiologijo. Podoben portal z zelo zanimivimi sporočili je na BrightSurf.com, na katerega se lahko tudi naročite preko RSS. In seveda ne moremo mimo ameriškega mikrobiološkega društva (ASM), ki na svoji strani Media Information prinaša novice, kratka poročila, izvlečke pomembnih člankov in še marsikaj. Za danes toliko, če pa kdo od bralcev najde zanimivo stran naj jo sporoči, na koncu tega zapisa kliknite na comments in pustite sporočilo... Vabim vas pa seveda, da se oglasite tudi če imate kakšno kritiko, pripombo, nasvet; vse je dobrodošlo.

Obsevane vakcine

Po reviji Scientific American povzemam: Od časov Louis-a Pasteur-ja delujejo vakcine po principu, da z vbrizganjem mrtvih ali oslabljenih patogenov v telo priučimo imunski sistem za borbo proti njim. Vendar vakcine iz oslabljenih mikroorganizmov potrebujejo do uporabe trajno ohlajanje, take iz ubitih mikrobov pa izzovejo ponavadi slabši imunski odziv, kar zahteva večkratno »poživilno« dajanje vakcine. Nove raziskave pa obujajo staro idejo - ubijanje mikroorganizmov z obsevanjem z gama žarki -  ki obeta, da obsevane vakcine zagotavljajo močno imunsko zaščito.

Priprava arom

Priprava različnih arom, ki so v uporabi npr. v prehranski ali kozmetični industriji in temeljijo na naravnih ali umetnih sadnih okusih in vonjih, je neredko zahtevna in tudi ni poceni. Morda bo pot k učinkovitejši proizvodnji skrajšala priprava arom s pomočjo mikroorganizmov, v katere bi vnesli genski zapis za njihovo izdelavo in jih nato pripravljali v biotehnološkem fermentacijskem postopku.      

Razširjanje življenja v vesolju?

Najdba meteoritov na Zemlji, ki bi naj izvirali iz Marsa je v devetdesetih letih prejšnjega stoletja sprožila veliko ugibanj, da je to morda možnost raznosa življenja v medplanetarnem, morda celo v medzvezdnem prostoru. Zdaj ponujajo še drugo tezo. Elektroinženir Dehel je namreč izračunal učinek elektromagnetnega polja na bakterijsko celico z električnim nabojem. Dokazal je, da bi bakterija zlahka zapustila zemeljsko gravitacijo zaradi vpliva podobnega elektromagnetnega polja, kot ga povzroča znan fenomen avrore. In ker že imamo tudi poročila, da lahko bakterije preživijo pogoje v medplanetnem prostoru, to seveda krepi spekulacije o razširjanju življenja po tej poti na velike razdalje.

Nova genomska koda?

Povsem mogoče je, da bomo morali prav kmalu spremeniti dosedanjo predstavo o genski kodi na ravni aminokislinske prepoznave in dodati nov kodirni ključ za prepoznavo proteinskih enot, kot napoveduje članek Segala in sod. v revije Nature. Novi ključ  naj bi določal položaj nukleosomov, majhnih proteinov v jedrovini, okoli katerih se navija DNA trak. Nukleosomi dednino varujejo in nadzorujejo dostop do nje. Če bo odkritje potrjeno, naj bi razkrilo kontrolo aktiviranja genov, mehanizma, ki je vezan na delovanje transkripcijskih faktorjev. Nukleosomska koda naj bi kot nadgrajena koda morda tudi pojasnila smisel navidez odvečnega kodiranja posamezne aminokisline z različnimi nukleotidnimi tripletnimi kodami.

Kongres FEMS

Kot gotovo veste, je bil 2. kongres evropskih mikrobiologov med 4. in 8. julijem v Madridu (Španija). Spomnim naj, da je bil prvi kongres leta 2003 v Ljubljani in da bo tretji kongres v Göteborgu (Švedska) v juniju/juliju 2009. Značilno za take dogodke je seveda, da se močno predstavita zlasti znanost in stroka vsakokratne države prirediteljice. Mislim, da so Španci to dobro izkoristili. Na hitro sem »prečesal« nabor predavateljev na simpozijih kongresa in skušal ugotoviti koliko jih je nastopilo za posamezno državo. Španija je tako uspela ponuditi največ predavateljev: 47. Sledijo Nemčija s 36 nastopi, Francija 27, Velika Britanija 20, Nizozemska 14, Izrael 10, Portugalska 9, Italija 7, Danska 5, Švica 5, Belgija 4, Norveška 3 Švedska 3, Avstrija 2, Irska 2, Poljska 2. Slovenija je bila z 1 referatom v dobri družbi še s Češko 1, Finsko 1, Grčijo 1, Hrvaško 1, Islandijo 1 in Slovaško 1. Kongres je imel tudi globalno razsežnost in predavatelji so prišli praktično z vseh kontinentov: iz ZDA 14, Avstralije 3, Rusije 2, Kitajske 2, Brazilije 1, Čila 1, Mehike 1, Nove Zelandije 1 in Tunisa 1.

O varnosti

Na naši fakulteti (BF) smo po dolgem času doživeli, da smo pričeli nekoliko več pozornosti posvečati varnosti pri delu, tako sodelavcev kot študentov. ZVD je pripravil predavanja za vse sodelavce ustanove, opravljen pa je bil tudi strokoven pregled dejavnosti, prostorov in opreme. Zelo priporočljiv ukrep (!!!), zlasti če bo spremljan tudi z večjim, predvsem pa učinkovitejšim vlaganjem v ustrezno infrastrukturo. Pozornost pa mi je zbudila podrobnost, da je bilo veliko govora o varovanju pred nevarnostmi fizikalnih in kemijskih vplivov, skoraj pa ni bila omenjena biološka (ne)varnost. Zelo različno kot se tega lotevajo npr. v ZDA, kjer je bila nedavno izvedena vsenacionalna kontrola, kako univerze skrbijo za varnost pred »izbranimi dejavniki« (angl. »select agents«), kamor štejejo seveda ali celo predvsem biološki dejavniki. No tudi v ZDA inšpektorji niso bilo povsem zadovoljni z najdenim, kot o tem piše e-revija Insidie Higher Ed in kot je mogoče prebrati v inšpekcijskem poročilu.

Bakterije zlatokopi

Avstralskim raziskovalcem pod vodstvom F. Reitha je uspelo z vrsto preskusov močno okrepiti predvidevanja, da bakterije pomembno sodelujejo pri oblikovanju zlatih zrnc v zlatonosnih tleh, kot lahko preberemo >tukaj in >tukaj. Osumljena je bakterija Ralstonia metallidurans, ki naj bi s fiksacijo zlata v zrncih odstranjevala kovino, strupeno za druge mikrobne partnerje v ekosistemu.

Arheje (ni)so patogene?

Doslej je veljalo, da v mikrobni domeni Archaea ne najdemo patogenih mikrobov. Sedaj pa Hans-Peter Horz in sod. poročajo, da so pri preučevanju mikrobne ekologije okuženih zobnih koreninskih kanalov z metodo kvantitativne PCR v realnem času odkrili arhejske sekvence (J. Clin. Microbiol., 44, april 2006, str. 1274-82). Zdravi koreninski kanali so po Horzu sterilna okolja, mikrobi, ki jih tam najdemo naj bi torej imeli lastnosti patogenih mikroorganizmov za prodor vanje in za izmikanje imunski obrambi gostitelja. Seveda bi bilo prezgodaj, da bi z gensko sledjo najdene predstavnike vrste Methanobrevibacter oralis nedvoumno opredelili za patogene mikrobe v kontekstu izpolnitve Kochovih postulatov; za to bodo nedvomno potrebne dodatne raziskave.

Biology News Net

Imate izkušnje s forumi, radi razpravljate s somišljeniki, potem je pravi naslov za vas forum Biology News Net. Med drugim ima tudi tematska polja o mikrobiologiji, bioinformatiki, biotehnologiji in več drugih. Vendar pa preden se vključite preberite navodila, ki jih najdete na strani FAQ.

E-učbenik Genetike

V kolikor ne prebirate bloga KeBi03 (in delate napako!), kjer sem našel naslednjo informacijo, naj vam vseeno zaupam povezavo do novega slovenskega e-učbenika Genetike dr. Tomaža Amona.  

Povezave...

Na spletnem portalu Connexions, o katerem govorim tudi >tukaj, boste našli obilico učnega gradiva v obliki revijalnih člankov ali pa učnih vsebin, pomembnih tudi za vede o živem svetu. Nekaj primerov preglednih vsebin (z imenom moduli), ki omogočajo tudi vstop v forumsko razpravo: A Brief History of Life on Earth, Definition of Biodiversity, Introduction to the Biodiversity Hierarchy, Alpha, Beta, and Gamma Diversity, Spatial Gradients in Biodiversity. Ali pa primera učnih vsebin: Bios 533 Bioinformatics in Bioinformatics-UH course. Poiščite si še kakšno svojo vsebino.

Bakterije za energijo

Mikroorganizmi, konkretno bakterije, naj bi uporabljali elektroprevodne nanožice (angl. »nanowires«) za transport elektronov med celicami, kot lahko preberemo v nedavnem preglednem zapisu v The Scientistu. Za strukturo, ki jo v bakterijski celični anatomiji poznamo kot »pilus«, odkrivajo v mikrobnih filmih dodatno vlogo pri prenosu elektronov in s tem pri posredovanju energije med celicami v mikrobnem skupku. Ob uporabi mikroskopije na tunelski tok (STM) in s tunelsko spektroskopijo so ugotovili pri fotosinteznih cianobakterijah Synechocystis desetine mikronov dolge šope pilusov z veliko elektroprevodnostjo. Gotovo so to novice, ki v trenutno z energetsko krizo senzibiliziranem svetu močno odmevajo.

Tveganost neterapevtske rabe antibiotikov

Poročilo evropskega Inštituta za prehransko tehnologijo (IFT) ponuja zanimiv in nov razmislek o vplivu rabe antibiotikov v prehrani živali na pojavljanje odpornosti bakterij proti antibiotikom. Doslej je veljalo, da je taka raba problematična in so jo v evropskih državah v veliki meri prepovedali. Ekspertno poročilo z nedavnega posveta IFT pa opozarja, da izločitev antibiotikov iz neterapevtske uporabe (izboljšanje rasti, sanitacija, dezinfekcija) lahko pomeni povečanje zdravstvenih problemov v reji živali, posledično pa povečanje uporabe terapevtskih antibiotikov za zdravljenje živali in s tem povečanje neposrednega vpliva na pojavljanje proti terapevtskim antibiotikom odpornih mikroorganizmov.

Obeti za zdravljenje črevesnih infekcij

Novoodkriti receptor bakterije Escherichia coli je mogoče blokirati tako, da preprečimo infekcijo, kar je najdba raziskovalcev na teksaški univerzi, ki bo v prihodnje morda omogočila razvoj novega zdravljenje bakterijskih bolezni kot so zastrupitve s hrano, diareje ali kuga.

Perifitna megadiverziteta

Preučevanje mikrobiomov, kot tudi pravimo celotni mikrobni združbi v različnih ekosistemih, je trenutno prava moda, zlasti mu daje krila vse učinkovitejša tehnologija metagenomskega raziskovanja. Modnost ji (ne)hote dajejo tudi zelo odmevni veliki raziskovalni projekti ene velikih zvezd genomike, namreč J. C. Venterja. Danes je v spletu zlahka mogoče prebrati obilico zanimivega o morskih mikrobiomih, talnih mikrobiomih, oralnih mikrobiomih, intestinalnih mikrobiomih…
Izjemno bogastvo mikrobne raznolikosti naj bi po novih objavah skrival brazilski tropski pragozd. Kot lahko preberemo v spletni izdaji revije Scientific American, so brazilski raziskovalci s presejalnim preiskovanjem perifitne (na listni površini) mikrobne združbe napovedali, da naj bi to okolje skrivalo med 2 do 13 milijoni doslej neodkritih mikrobnih vrst.    

Mikrobna genomika

JGI (kar pomeni Joint Genome Institute) povezuje ekspertizo štirih ameriških nacionalnih laboratorijev: Lawrence Berkeley, Lawrence Livermore, Los Alamos in Oak Ridge ter Stanford Human Genome Center na področju genomskega sekvenciranja mikroorganizmov, rastlin in živali. JGI vzdržuje University of California za ameriško ministrstvo za energijo (DOE - Department of Energy). Mikrobiologom bo posebno zanimiva stran Microbial Genomics z bogatim albumom mikrobnih fotografij in opisov: Microbes;  z dostopom do mikrobnih genomov: Assemblies; spiskom sodelavcev na projektu: Collaborators in softawerskim uporabniškim vmesnikom IMG za analizo genomov. Trenutno je na voljo 304 končanih in 131 nedokončanih bakterijskih sekvenc, 27 in 5 enih in drugih iz domene arhej, 12 in 3 evkarijskih sekvenc ter 259 končanih virusnih sekvenc.

Inkubacija prionskih obolenj

S preučevanjem bolezni kuru, za katero vemo, da je povezana s kanibalizmom in jo povzroča prenos prionov, so zdaj določili, da lahko inkubacijska doba prionske infekcije traja tudi preko 50 let. To bi lahko pojasnilo relativno majhno število primerov obolenj, ki jih je povzročil prion vCJD, bolj znanj kot povzročitelj »bolezni norih krav«, pri ljudeh. In bi seveda napovedovalo, da je morda epidemični obseg razširjanja tega obolenja šele pred nami.    

ID tudi v Veliki Britaniji?

Kot lahko preberemo v zadnji številki revije THES se ideje »inteligentnega načrta« (ID) skušajo prikrasti tudi v visokošolske študijske programe v Veliki Britaniji. K sreči se že pojavljajo ugovori uglednih britanskih znanstvenikov. Nekaj o ID sem pisal tudi že v tem blogu.

Koralna smrt

Znanstveniki na kalifornijski Univerzi iz Santa Barbare so ugotovili posreden mikrobni mehanizem v katerem bakterije skupaj z algami ubijajo korale in s tem ogrožajo rast koralnih grebenov. K temu procesu z negativnimi dejavniki pomembno prispeva človek. O projektu raziskav koralnih grebenov najdete več na spletu The Coral Reef Multimedia Project.

Endogeni antibiotik

Kot kaže človeka pred infekcijami sečil varuje telesu lasten antibiotik, protein LL-37, kot so ugotovili raziskovalci na švedskem Karolinska Institutet.

Transgeneza

Na spletu TRANSGen boste našli najrazličnejše podatke, ki se navezujejo na uporabo transgenih organizmov in postopkov genskega spreminjanja v kmetijstvu in živilstvu. Splet je na voljo zgolj v nemškem jeziku. Posebno poglavje je namenjeno tudi uporabi mikroorganizmov, konvencionalnih in transgenih, v prehranski biotehnologijah.

2. kongres FEMS

Mikrobiologom ne bom povedal nič novega. Pa kljub temu naj spomnim, da bo v Madridu med 4. in 8. julijem v organizaciji FEMS izpeljan 2. kongres evropskih mikrobiologov. Ali še pomnimo, da je bil 1. kongres leta 2003 v Ljubljani?

Prijateljski bakteriofagi

»Sovražniki naših sovražnikov so naši prijatelji«. To je ena od misli s katerimi nam profesor Martin Loessner v svojem inavguralnem nastopu ob prevzemu redne profesure na ETH Zuerich predstavlja zanimive možnosti uporabe bakteriofagov pri kontroli patogenih in toksigenih bakterij v živilih. In njegovo predavanje si lahko ogledamo in mu prisluhnemo v živo, zahvaljujoč t. i. ETH E-Collection, o kateri govorim tudi >tukaj (poskrbite le, da boste imeli na svojem računalniku naložen Appleov QuickTime Player).

Praživali vampa in bakterijski patogeni

Raziskovalca R. Rasmussen in S. Carlson iz Nacionalnega centra za bolezni živali (NADC) v Amesu (Iowa, ZDA) predpostavljata, da bi lahko praživali v vampu prežvekovalcev bile rezervoar bakterijskih bolezni  pri živalih. Razloge za trditev sta našla v dveh različnih poskusih. Ugotovila sta, da je bakterijski patogen Salmonella enterica, potem ko sta jo dodala v vampni sok, ki je vseboval praživali, postal posebno virulenten (hipervirulenten) za novorojena teleta. Ugibata, da je morda posredi povečana učinkovitost genomskega otoka SG11, ki naj bi zagotavljal antibiotsko rezistenco za več antibiotikov. Zastavila sta tudi poskus, ko sta zmešala bakterijski sev Salmonella, ki ni bila odporen proti antibiotiku cefriaksonu in bakterijski sev Klebsiella, ki je bil nosilec rezistence proti temu antibiotiku in ju nato izpostavila vampnim protozojem. V kulturi sta kmalu lahko dokazala salmonele odporne proti antibiotiku, klebsiel pa nista več odkrila. Protozoji so namreč klebsiele razgradili, za salmonele pa je znano, da lahko preživijo v praživalih potem, ko jih te použijejo. Raziskovalca zato predlagata, da bi v govejih čredah, kjer se pojavljajo sporadični izbruhi salmonelozne diareje pri teletih, preskusili t. i. defavnacijo živali. Čeprav so praživali stalni in koristni prebivalci vampa, jih lahko z nekaterimi kemijskimi sredstvi tudi začasno pokončamo in temu pravimo »defavnacija«. Znano je, da izločitev protozojev tudi zmanjša metanogenezo v vampu, kar bi istočasno zmanjšalo energetsko izgubo, ki spremlja nastajanje metana v vampni presnovi.

Predstavitev uglednega laboratorija

Sprehod po spletni strani švicarskega samostojnega laboratorija INTERLABOR Belp AG nas ne bo pustil ravnodušne. V Novicah nas obveščajo o aktualnem dogajanju v analitiki farmacevtskih sredstev, živil in okolja. Povezava Analize nas seznani z naborom analitike za katere je laboratorij usposobljen in mednarodno certificiran v segmentih elementarne analitike, mikrobiološke analitike, analiz pesticidov, farmacevtskih sredstev in vitaminov. In potem je tu zelo dragocen nabor Povezav, zares dragocen vir referenčnega materiala.

Metagenom kolona pri človeku

V študiji objavljeni v prvi junijski številki revije Science raziskovalci inštituta za genomske raziskave TIGR poročajo o analizi metagenoma oz. mikrobioma debelega črevesa človeka. V tem pomembnem ekosistemu našega telesa najdemo več kot 1,000 mikrobnih vrst. Prebavno cev, kot pravi prvi avtor članka Steven Gill, polni najobsežnejša in najbolj raznolika mikrobna združba v človeškem telesu od katere je bistveno odvisno naše zdravje. Premik v tej populaciji ima za posledico motnje v presnovi ali pa razvoj različnih bolezni.

Analizo so opravili na fekalnih vzorcih dveh oseb, ki sta bili brez kakršnegakoli zdravljenja v zadnjem letu dni. Pripravili so genetske DNA knjižnice, ki so jih v primeru obeh oseb sestavljali čitalni zapisi 65,059 in 74,462 sekvenc. To je nakazovalo pristotnost več sto bakterijskih filotipov, večinoma iz dveh bakterijskih skupin Firmicutes in Actinobacteria. Dokazali so tudi prevlado sekvence metanogene arheje Methanobrevibacter smithii.
Študija je nedvomno pomemben korak k preučevanju razlik v mikrobni sliki v prebavilih pri različnih obolenjih, kot so Chronova bolezen ali pa rak seveda pa tudi pri iskanju vplivov različnih diet na mikrobno poselitev črecesa.

Več o tem si preberite >tukaj, ali še bolje v originalnem članku revije Science na straneh 1355-1359.