Spletni slovarji (novost!)

Doslej smo do mikrobiološkega in seveda tudi do drugih slovarjev lahko v okviru AMEBISovih aplikacij dostopali preko portala Termania. Zdaj so pri AMEBISu razvili nov, izpopolnjen portal, z več slovarji in izboljšanimi rutinami iskanja v njih. Imenovali so ga ASPplus in predlagam, da si ga naložite v vaše WINDOWS okolje in ga preskusite. Več koristnih informacij boste našli tudi v navodilih, ki spremljajo naložen program ASPplus.

Tisoči milijard celic

Članek, ki je nedavno izšel na Smitsonian.com vam zelo priporočam v branje. Govori o zanimanju današnje znanosti za mikrobno združbo, ki jo sestavlja preko tisoč milijard celic in ki nas še kako osebno zadeva. Gotovo ste že uganili, da govori o mikrobiomu človeka. O tisti množici mikrobnih celic, ki desetkratno presega število celic samega človeškega organizma in poseljuje njegove zunanje in notranje površine. Članek med tekstom izzivalno citira moto ene od ameriških biotehnoloških firm Second Genome, ki pravi: “Najpomembnejši genom v vašem telesu morda ni vaš lastni”. In res, ob nekako 21.000 genih našega organizma, dodajajo mikroorganizmi iz mikrobioma, doslej je bilo v celoti ugotovljenih 10.000 različnih vrst, še svojih osem milijonov genov, ki različno vplivajo tudi na naše telo oz. njegove funkcije. Razumljivo je zato, da se za to področje zanima tudi kapital, ki živahno vlaga v različne projekte za poseganje v in prilagajanje različnih segmentov mikrobioma. V istem trenutku pa je treba prisluhniti tudi glasovom, ki svarijo pred preveliko evforijo. Zato je toliko ustreznejši zaključni stavek članka, ko citira nekega raziskovalca: “Da uporabimo analogijo, smo v grobem kakšno leto zatem, ko je Fleming odkril penicilin.”

O ošpicah

Zdravstveno službo Velike Britanije v zadnjem času zelo zaposljuje izbruh ošpic v pokrajini Swansea, ki je dosegel zaskrbljujoč obseg in kot kaže zahteval tudi že prvo žrtev. Teden dni nazaj se je problematike zaščite pred ošpicami lotila tudi novinarka Nina Knavs v Dnevniku s člankom “Ošpice se vračajo, starši tehtajo” (22. april 2013). Vključila je tudi pričevanje sogovornice, ki je povedala, čemu ni dala cepiti svojih dveh otrok. Bralca najbrž prav zagovor take odločitve posebej presenti. Mati, ki sicer priznava cepljenju zaščitno vlogo, prostodušno prizna, da otrok ni dala cepiti, ker je pri nas zaradi obveznega cepljenja precepljenost tolikšna, da njena otroka nista ogrožena. Naj razume takšen egoizem kdor more. In bil sem zelo vesel, ko se je v Dnevnikovi sobotni prilogi Objektiv (26. april 2013) oglasil v svoji kolumni “Zdravje na račun drugih” prof. dr. Keber in izpostavil to neverjetno sebičnost. Prav tako s pozivom k razumu opozori zdravstvene oblasti, da temeljito premislijo ob načrtovanem spreminjanju zadevne zakonodaje.  

Predavanje

Povzemam po spletu SMD:

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja:

"The Aptamer Technology: Powerful Tools in Basic Science, Diagnostics and Therapy"

ki ga bo predstavil prof. dr. Henning Ulrich, iz Univerze v São Paulu, Brazilija, Kemijski inštitut, Oddelek za biokemijo.

Predavanje bo potekalo v ponedeljek, 29.4.2013 ob 15.00 uri, v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B2.

Povzetek predavanja:
DNA and RNA aptamers interact with their target proteins with high selectivity, specificity and affinity. The SELEX method consists of iterative cycles of in vitro screening of a combinatorial oligonucleotide library containing to 1016 different molecules and possible secondary and tertiary structures for target binding followed by PCR amplification of selected sequences. Aptamer ligands can be developed against almost any target protein. Due to the wide spectrum of applications, these novel molecules are used in numerous pharmacological, clinical and industrial processes. In the beginning, RNA and DNA aptamers were identified which bind to proteins that naturally interact with nucleic acids or small molecules such as ATP. In the following years, the use of the SELEX technique was extended in order to isolate oligonucleotide ligands for a wide range of proteins of importance for therapy and diagnostics, such as growth factors (3), cell surface antigens, entire cells and even whole organisms. Recently, the use of in vitro selection methods have been extended to living organisms such as bacteria, trypanosomes and Plasmodium falciparum-infected erythrocytes. Moreover, since it became apparent that aptamers are capable to distinguish between little differences in cell surface-marker-proteins expressed by i.e. cancer cells, parasite-infected cells or stem cells in comparison to normal somatic cell, they have been developed into promising agents for diagnostic and therapeutic applications. In this talk, I will focus on new accomplishments of the aptamer technology, and demonstrate some examples from my own research.

Predavanje bo potekalo v angleškem jeziku.
Vljudno vabljeni!

Norovirusi – perfektni patogeni

Trebušna gripa, kot ji pogosto napačno rečemo, je največkrat povzročena z norovirusi. V odličnem preglednem zapisu nam Carl Zimmer na svojem blogu Loom predstavi osnovne značilnosti povzročitelja. Zimmer tam citira virologa Arona Halla, ki je svoj nedavni članek v The Journal of Infectious Diseases, naslovil zelo pomenljivo: “Noroviruses are perhaps the perfect human pathogen.”

Carl Zimmer, uspešni pisec knjig in prispevkov, predvsem iz naravoslovja, je nedavno svoj blog Loom preselil v elitno okrilje spletnega salona Phenomena, ki ga vzdržuje založniška hiša National Geographic Magazine. Zimmer je poleg tega, da je izvrsten v poljudnem predstavljanju zahtevnih tem odličen tudi v izkoriščanju spletnega medija za promocijo svoje publicistične produkcije, tako, da ga najdemo na: Twitterju, Facebooku, Pinterestu, in Google+.

Opa!!! H7N9!

Dobesedno povzemam iz bloga MicrobiologyBytes: “…Kitajska je objavila 11 novih primerov H7N9 gripe, s tem, da se je virus zdaj pojavil v osrednji provinci Henan in v prestolnici Beijing. Novi primeri seva H7N9 povečujejo število sporočenih primerov na 60. Umrla sta tudi še dva pacienta…”

Navdušujoča galerija

Tega pa res ne gre zamuditi. Pojdite na galerijsko stran bloga MicrobiologyBytes in si oglejte tamkajšnjo galerijo izjemnih posnetkov, ki so jih pripravili pri reviji Wired. Ne pozabite seveda potem pregledati še vseh povezav, ki sledijo, bogastvo se dopolnjuje.

In ko ste že na tem izjemnem blogu, se ustavite še pri najavah aktualnih člankov iz področja. Kar pri prvem, ki govori o novih spoznanjih o rizičnosti uživanja rdečega mesa, se boste vegetarijanci med vami najbrž široko nasmehnili, nekateri pa najbrž tudi rekli: “… saj smo vedeli…”.      

Delavnica o molekularni filogenetiki

Povzemam email obvestilo kolege dr. M. Črnigoja, ki ga je poslal članom SMD.:

Delavnica o molekularni filogenetiki, od ponedeljka 23. do srede 25. septembra 2013, Ljubljana

Kmetijski inštitut Slovenije bo v okviru projekta CropSustaIn v sodelovanju z European Bioinformatics Institut (EMBL-EBI) iz Velike Britanije organiziral praktično delavnico z naslovom

Molecular Phylogenetics.

Udeleženci se bodo seznanili s programskimi orodji za molekularne študije, se naučili konstruirati in interpretirati filogenetska drevesa ter testirati evolucijske hipoteze.

Kdaj? Od ponedeljka 23. do srede 25. septembra 2013
Kje? Predvidoma v računalniški učilnici na Biotehniški fakulteti v Ljubljani, Jamnikarjeva ulica 101, Ljubljana.
Informacije o programu najdete >tukaj:

Delavnica bo v angleškem jeziku. Število mest je omejeno. Udeležba po principu prijav do zasedbe prostih mest.
Kotizacije ni.
Prijavite se tako, da izpolnite formular

(http://www.cropsustain.si/archives/620)

in ga do 16. aprila 2013 pošljete na barbara.geric@kis.si. O izboru boste obveščeni po e-pošti do 7. maja 2013.

Koronavirusno opozorilo

Na spletnem portalu WHO, spletni strani GAR, preberemo sporočilo, cit: “

23. marec 2013 – Ministrstvo za zdravje Saudske Arabije je obvestilo WHO o novem, potrjenem primeru infekcije z “novim koronavirusom (nCoV)”.  Pacient je bil v kontaktu s prejšnjim primerom opisanem v Disease Outbreak News 12. marca 2012. Ta oseba je obolela za blago obliko bolezni, je ozdravela in bila odpuščena iz bolnišnice. Trenutno je premalo znanega o načinu in izvoru prenosa. Do danes je WHO zbrala obvestila o 16 potrjenih primerih okužb človela z nCoV, vključno z devetimi smrtnimi primeri.”

Več o koronavirusnih infekcijah lahko preberete tudi >tukaj. 

Odlični MicroBe

Med blogi, ki sem jih odkril v zadnjem času me najbolj navdušuje MicroBe. Zaradi aktualnih vsebin in zaradi odličnih slik in ilustracij. Avtorico je mogoče slediti tudi na Twitterju in Facebooku.

Mikrobiom in diabetes

Najnovejše raziskave sesalskega mikrobioma (mikroorganizmov, ki jih nosimo na in v sebi) odkrivajo njegove presenetljive medsebojne učinke na hormonsko regulacijo in imunski status gostiteljskega organizma. Marklova s sodelavci v prispevku »Sex differences in the gut microbiome drive hormone-dependent regulation of autoimmunity«, objavljenem nedavno v reviji Science, opozori na vpliv prebavne mikrobne združbe na pojav diabetesa tipa 1 pri diabetesnih modelnih miših v spregi s statusom spolnih hormonov, ko so ženske živali za diabetes občutljivejše od moških. S prenosom vsebine debelega črevesa iz moških na ženske živali je bilo pri slednjih mogoče omejiti riziko nastanka sladkorne bolezni, mehanizem pa je bil vezan na povečanje ravni testosterona pri ženskih živalih. Pri brezkličnih živalih teh vplivov ni bilo mogoče spremljati.

Nova imunološka revija v OD

Založba John Wiley & Sons, Inc.  je najavila v okviru svojega programa Wiley Open Access novo odprtodostopno revijo za področje imunologije “Immunity, Inflammation and Disease”.

Vse je povsod…

Ed Yong povzema v svojem blogu raziskavo, ki so jo nedavno objavili raziskovalci pod vodstvom J. Gilberta iz Univerze v Chicagu. Ugotovitve iz njihove objave navezuje Yong na izrek Nizozemca Beckinga iz leta 1934: “Vse je povsod, okolje pa izbira”. Raziskava vzorcev morske vode iz Rokavskega preliva je v sestavi mikrobnih skupin, spremljanih s sodobnimi molekularnimi metodami ugotavljanja zaporedja DNK, ugotovila v poprečju 44% skladnost s podatki iz obsežne baze ICOMM (International Census of Marine Microbes). Yong citira Gilberta: “Vsak vodni delec oceanov je lahko kjerkoli vsakih 10.000 let in organizmi v njih so prisotni 3 milijarde let”, nato pa sam nadaljuje: “Dovolj je časa, da se lahko premaknejo kamorkoli”.

Mikrobiološki slovar v novem spletnem okolju na Termanii

Na spletnem portalu Termania, njegov spletni založnik je Amebis d.o.o. iz Kamnika, bo v bogatem naboru spletnih slovarjev poslej na voljo tudi Mikrobiološki slovar, ki nastaja v terminološki komisiji Slovenskega mikrobiološkega društva (TK SMD). Doslej je v slovar vključenih 4500 gesel s področij mikrobiologije in imunologije, ki so dostopna v odprtem dostopu. Slovar je oblikovan kot projekt s stalnim dograjevanjem zato TK SMD vabi uporabnike k sodelovanju za njegovo izboljšavo tako da predloge, pripombe in kritična sporočila pošiljate na elektronski naslov franc.nekrep<at>gmail.com.