29 marec, 2014

Kaj je mikrobiom že prinesel?

Naj se lotim razmišljanja o mikrobiomu, predvsem o njegovi komponenti v prebavilih, bolj pragmatično; deloma zato, ker celotnega biokemijskega ozadja presnovne fiziologije ne obvladam dovolj, da bi ga lahko uporabljal v argumentaciji, na drugi strani pa pogrešam v razpravah na trenutni ravni znanja premalo posluha za splošno evolucijsko presojo fenomena. Tudi v luči vpliva prehranskih vzorcev naših prednikov. Je pa nekaj točk, kjer se že z današnjo ravnijo znanja o mikrobiom(u)ih lahko okoristimo, celo ukrepamo. Zlasti ker je vloga mikrobioma v evoluciji vseh simbiontsko odvisnih organizmov (takšna pa so pravzaprav vsa organizemska občestva) nedvomna. Prepričan sem, da je odhod novorojenčka iz startnega bloka na njegov življenjski kros nujno potrebno podpreti s čim kvalitetnejšim mikrobiomom. Na današnji ravni znanja velja, da je najboljši mikrobni vcepek tisti, ki mu je zagotovljen s strani matere ob klasičnem porodu, nato pa v nadaljevanju z dojenjem, jutri pa bo to morda že determiniran farmacevtski pripravek. Druga, dovolj realna uporabnost novih znanj je uveljavitev spremembe doktrine pri uporabi antibiotikov in podpora antibiotske terapije s pro/preobiotično spremljevalno terapijo, čeprav je ta cilj bolj vprašljiv, saj že ima karakteristike poseganja v »black box«. Tretja domena uporabnih rešitev je vključevanje pro/prebiotskih pripravkov v zdravljenje disbiotičnih stanj (naj omenim samo obetavne rezultate s fekalnimi transplantati). Tu, kot v prejšnji kazuistiki, je v dragoceno pomoč mogoče vključiti mikrobno profiliranje črevesne vsebine, ki je v svetu že marsikje del diagnostične palete (http://www.gdx.net/product/10150). Četrta pa je danes zelo popularno, empirično prilagajanje prehranskih modelov, kjer je seveda black box riziko še toliko večji. Značilen primer razhajanja v pristopu je soočanje različnih modelov od »low carb«, preko vegetarijanskih do veganskih diet. Vse te seveda imajo učinek, saj je dokazljivo mogoče s prehranjevanjem spreminjati mikrobiom, celo relativno hitro, vendar končne napovedi učinkov na meta nivoju, vključno s sicer zelo zanimivimi, a vendarle vprašljivimi fenomeni na »gut-brain axis« so neprepričljive. Razne zelo fiksirane prehranske »promikrobiomske« sheme so še vse premalo podprte s statistično analitiko.

Vedno poudarjam, da me navdušuje intenzivnost raziskovanja mikrobioma, vendar moramo zaradi izkušenj pri podobnih »hype« projektih vključiti varovalke. Najprej, da se ne povampirijo različni »zaslužkarji« saj tudi znanost ni cepljenja proti tej nevarnosti. Nato, da ne nastane na tej točki nekritično »verovanje«, ki nujno potem pripelje do različnih prerokov, ti pa lahko naredijo dobri nameri veliko škodo. Zlasti v ZDA so npr. na tem področju zacveteli številni projekti; nič ni hudega da so konkurenčni, saj konkurenčnost izčiščuje, vendar projekti niso vedno enako kvalitetno preverjeni v tezah. Zaradi tega pa bo zopet lahko, ob delnih polomijah, ki bodo nujna posledica, trpela sama osnovna ideja. Težava pri vseh genomskih projektih je, da so neenakomerno podprti z metodološkim znanjem. Tak je npr. problem s človeškim genomom ter uvajanjem njegove rabe v personalno medicino in nekaj podobnega lahko pričakujemo v njegovem nadaljevanju, v mikrobiomskem projektu. Izjemno hitro razvijajoče tehnike sekveniranja so navrgle ogromne količine podatkov, ni pa še na voljo dovolj kvalitetnih metod za obdelavo teh »big data« podatkovnih baz, ki bi zadovoljivo odgovorile na bistvena vprašanja »vzrok – posledica«.

22 marec, 2014

Izbruh ebole v R. Gvineji

Pri izbruhu hemoragične mrzlice v Republiki Gvineji (nekdanji francoski Gvineji) naj bi po potrditvah francoskega laboratorija iz Lyona šlo za ebolo. Prvi primeri bolezni naj bi bili registrirani 9. februarja. Po obvestilih gvinejskih oblasti naj bi doslej  v prefekturah Gueckedou in Macenta zbolelo 89 ljudi, umrlo pa jih je 59. Na pomoč je priskočila tujina, predvsem iz skupine Zdravnikov brez meja, ki je na področje poslala ekipo 24 zdravnikov in drugega zdravstvenega osebja. Pojavil se je že sum, da so se pojavili primeri tudi že v sosednji Republiki Siera Leone zaradi tesne povezanosti obeh gospodarstev. Bolezen je izjemno kužna in zanjo je značilna velika smrtnost, ki lahko presega 80% obolelih.

03 marec, 2014

Kaj skriva Twitterjeva značka #microbiome

Študija v reviji Gut razkriva prve znake, da so morda bakterijski proteinski signali povezani s Chronovo boleznijo, kar ponuja nove poti v molekularni diagnostiki.

Če bomo upoštevali, da povsod z nami sobivajo in da nas po številu lastnosti in učinkov močno presegajo mikoorganizmi našega bivalnega okolja, ga bomo morda poslej znali učinkoviteje načrtovati za naše potrebe. Od izbire gradbenih materialov, do načrtovanja ogrevalnih in ventilaciskih sistemov do spremembe bivanjskih navad in higienskih normativov, kot to predstavlja prispevek v reviji Wired.

Odlična video predstavitev dogajanja v imunski obrambi črevesne sluznice v povezavi s kronično vnetno črevesno boleznijo iz revije Nature Immunology.

V obsežnem pregledu podatkov iz 15 samostojnih študij izstopa podatek o močni povezavi med rojstvom s carskim rezom in povečanim BMI, povečano težo in debelostjo v odrasli dobi. Ker število carskih rezov v svetu narašča je vredno odkriti razloge tega pojava, ki bi med drugim lahko imel vzrok tudi v različnem mikrobiomu pri vaginalnem ali pri rojstvu s carskim rezom.

Med desetimi najbolj izpostavljenimi tehnologijami, ki bodo oblikovale prihodnost najdemo tudi terapevtike, ki temeljijo na humanem mikrobiomu.

23 februar, 2014

Nekaj novičk z geslom “mikrobiom”

V okviru OpenBiome nastaja v ZDA prva banka črevesne vsebine, ki bo oskrbovala bolnišnice z nadzorovano črevesno mikrobioto za zdravljenje pacientov okuženih z bakterijo Clostridium difficile. Ameriška afencija FDA pripravlja standarde za uporabi tega specifičnega biološkega zdravila (t.i. fekalnega transplantata).

Obsežnejšo razpravo o dilemah fekalne transplantacije in priprave fekalnih transplantatov (ali naj se obravnavajo kot “zdravilo” ali kot “organ”)  ponuja članek izpod peresa M.B. Smitha in sod. v reviji Nature.

Že nekaj časa vemo, da prehranska sestava vpliva na sestavo črevesne mikrobne združbe, ki pomembno sodeluje v prebavi. Novejše raziskave odkrivajo, da je prilagajanje prebavne mikrobiote precej hitro. Razvojno je seveda, zlasti ob spreminjajoči ponudbi in skromni oskrbi s hrano bilo za človeka ugodno, če se je mikrobna združba hitro prilagodila in tako pospešeno zagotavljala dober izkoristek hranil.

Suzuki in Woobey sta želela preučiti vpliv geografske lokacije na sestavo črevesne mikrobne flore. Ugotavljata pozitivno korelacijo pri predstavniki Firmicutes in negativno korelacijo pri predstavnikih skupine Bacteroidetes in zemljepisno širino. To je v skladu s t. i. Bergmanovim pravilom, po katerem naj bi se človek prilagodil na hladnejši klimat s povečanim indeksom telesne mase. Pri človeku naj bi bila namreč debelost povezana s porastom firmikutov in zmanjšanjem števila bakteroidet v črevesu.

Wiley Online Library je pripravila zbirko odprtodostopnih člankov iz letnika 2013 njihove revije Neurogastroenterology & Motility, ki obdelujejo tematiko prebavnega mikrobioma.

15 februar, 2014

OD revija MicrobiologyOpen v ISI ocenjevanju

Revija MicrobiologyOpen, ki jo izdaja založnik Wiley in je namenjena objavljanju odprtodostopnih (OD) prispevkov je uvrščena v ocenjevanje vpliva po ISI lestvicah. S tem je seveda postala še bolj zanimiva za vse avtorje, ki morajo med razlogi za izbiro revije upoštevati tudi vrednotenje za karierne potrebe, kot to določajo npr. kriteriji naše agencije ARRS, želijo pa objavljati v OD. Revija MicrobiologyOpen objavlja vrhunske prispevke v vseh področjih mikrobiološke znanosti, zagotavlja hitro objavo in omogoča odprtodostopno licenco CC BY.

13 februar, 2014

6. Slovenski mikrobiološki kongres, 2014

Kot kaže se nam v septembru letos obeta na Bledu 6. Slovenski mikrobiološki kongres, skoraj na mesec natančno po 21 letih od prvega kongresa, ki smo ga imeli med 24. in 27. septembrom 1993 prav tako na Bledu. Sledili so: 2. kongres SMD 1998 v Portorožu med 27. in 30. septembrom 1998; pod okriljem 1. kongresa FEMS  v Ljubljani med 29. junijem in 3. julijem leta 2003 je tekel tudi 3. kongres SMD. Nato smo imeli 4. kongres SMD z mednarodno udeležbo v Portorožu med 19. in 22. novembrom 2008 in sledila je skupna prireditev Slovenskega biokemijskega društva (9. kongres) in Slovenskega mikrobiološkega društva (5. kongres) 12. do 15. oktober leta 2011 v Mariboru.  

28 januar, 2014

Predavanje

Iz SMD sporočajo:

VABILO NA PREDAVANJE
Dr. Magdalena Krzymowska: Molekularni dialog med iznajdljivima nasprotnikoma: rastlino  in patogeno bakterijo."

Nacionalni inštitut za biologijo
Biološko središče v Ljubljani,
sreda, 5. 2. 2014, ob 15.00

23 januar, 2014

Rak kolona in mikrobiom

Vincent Racaniello in njegova tokratna sodelavca (M. Schmidt in M. Swanson) skušajo na portalu s podkasti TWiN (This Week in Microbiology)  v tem tednu z več prispevki razložiti kako mikrobiom prebavil uravnava tumorigenezo v debelem črevesu in kako  mikrobni presnovek butirat sodeluje pri delovanju makrofagov v prebavilih. 

15 januar, 2014

Nekaj minut za boljši strokovni jezik

Vabim vas prebiranju kritičnega zapisa in k sodelovanju s komentarji.

Predavanje 20. jan. 2014

Predaval bo:
Profesor dr. Kevin Foster
“Cooperation and competition in microbial communities”
Department of Zoology, 
University of Oxford, UK

Predavanje bo v ponedeljek, 20. 1. 2014 ob 9:00h
v predavalnici B5, Biološko središče, Večna pot 111, Biotehniška fakulteta, UL


Povezava na Fosterjev laboratorij, kjer dobite dodatne informacije o njegovem raziskovalnem delu: http://zoo-kfoster.zoo.ox.ac.uk/
Vabi  prof. dr. Mandić-Mulec, Katedra za mikrobiologijo - Biotehniška fakulteta  in SMD.

02 januar, 2014

2014 – naj izpolni pričakovanja!

Moja blogarija na Mikrob(io)logu ni bila zelo obilna v preteklem letu. Začelo se je sicer zelo obetavno, z najavo nove izdaje Slovenskega mikrobiološkega slovarja na portalu Termania. Ta zdaj že učinkovito deluje. Kar pogrešam, je vključitev uporabnikov v njegovo dopolnjevanje. Hvaležen bi bil za vsak namig za bogatenje mikrobiološke terminologije ali pa seveda za kritiko obstoječega. Za ta namen je na voljo poseben MISLO blog, kjer lahko s komentarji sodelujete pri delu terminološke komisije Slovenskega mikrobiološkega društva. Kasneje v letu sem na blogu obvestil tudi o novem slovarskem portalu ASPlus firme AMEBIS, ki vključuje tudi uporabo našega slovarja.

Na blogu sem se kar nekajkrat ustavil pri tematiki, ki je tudi sicer v sodobni mikrobiološki literaturi zelo prisotna. Namreč obravnava človekovega mikrobioma; tak je bil zapis Mikrobiom in diabetes, pa zapisi Tisoč milijard celic, EdYoung o mikrobiomu  (>1   in >2), Enteromamarno vzpostavljanje dojenčkovega mikrobioma?  in Mikrobi iz ust vpleteni v karcinogenezo?. Sicer sem nekaj vsebin posvetil virusom (>1, >2, >3, >4, >5 in >6) in pa seveda moji priljubljeni temi -  vakcinaciji (>1, >2, >3).

Ob koncu leta seveda nisem mogel mimo osrednjega dogodka slovenske akademske mikrobiologije, 20. obletnice študija mikrobiologije na UL (>1, >2). Upam samo, da bomo lahko materiale iz Zbornika kmalu imeli tudi v spletni obliki, kar organizatorji Akademije obljubljajo.

24 december, 2013

Vse dobro voščim

Spoštovani bralci,

želim vam in vašim domačim prijazen praznični čas, v novem letu

2014_2

pa veliko zdravja in osebnega zadovoljstva,

bloger Franc

22 december, 2013

Mikroorganizmi za kmetijstvo

Poročilo "How Microbes can Help Feed the World", ki ga je pripravila Ameriška mikrobiološka akademija (American Academy of Microbiology) se loteva najaktualnejših vprašanj povezanosti mikroorganizmov in kmetijske dejavnosti. Čemu so rastlinam potrebni mikrobi, katere mikroorganizme potrebujejo in kakšne so pravzaprav interakcije in kakšen je že naš obseg znanja o tem? In seveda, kako to znanje lahko pomaga prehraniti svet?

Ed Young o mikrobiomu

Ed Young je zame eden najbolj vznemirljivih pripovedovalcev napetih zgodb iz znanosti, eden najboljših popularizatorjev znanja. Nekateri ga najbrž že poznate iz njegovega bloga Not Exactly Rocket Science. V podkastu, ki ga najdemo na BBCjevem portalu se je Ed Young (navdušeno kot zmeraj) lotil mikrobioma.

08 december, 2013

Mikrobiologija 1993 - 2013

Ko boste brskali po knjigi Mikrobiologija za znanje in napredek, ki jo je BF izdala ob 20. obletnici univerzitetnega študija mikrobiologije boste naleteli tudi na podatek, da je med letoma 1993 in 2012 na študiju diplomiralo 524 diplomiranih mikrobiologov in da jih je med njimi 145 doktoriralo. Vsekakor izjemen podatek in potrditev kvalitete tega študijskega programa.

01 december, 2013

Nikoli izpeta zgodba o avtizmu in vakcinaciji

Z razširjanjem medijskega prostora, pri tem mislim predvsem na njegov virtualni del, v katerega vstopa vse več neprofesionalnih posredovalcev novic se seveda povečuje nevarnost vnosa nekvalitetnih vsebin. In ne samo to, kot v samoobrambni reakciji se lahko zgodi, da se tudi uveljavljeni mediji ujamejo v zanko promocije za vsako ceno in naredijo napako, ko tudi sami ne preverijo dovolj verodostojnosti virov. O tem zanimivo pripovedujejo sogovorniki na podkastu Micropod, kjer obnavljajo zdaj res že klasično (pri čemer pa ne rečem, da ni vedno znova aktualna) zgodbo, ko je zdravnik Wakefield skušal naprtiti krivdo za nastanek avtizma cepljenju otrok.