Projekt človekovega mikrobioma

Ameriški NIH (National Institutes of Health) so objavili uradni pričetek projekta določitve genomov mikroorganizmov, ki naseljujejo človeško telo. Čeprav biomasa mikrobnih celic na/v našem telesu komaj dosega procent ali dva naše telesne teže pa število mikroorganizmov desetkratno presega število celic našega telesa, število mikrobnih genov pa najbrž dosega 100 kratno vrednost humanega genoma. Projekt se bo v segmentih ukvarjal z mikrobnimi prebivalci petih področij telesa: prebavil, ustne votline, kože, nosne votline in ženskega urogenitalnega trakta. Pričakujejo določitev zaporedja 600 mikrobnih vrst in tako bi število znanih mikrobnih genomov preseglo tisočico. O projektu je izčrpneje že pred časom pisal J. A. Eisen v svojem blogu in tako je storil tudi sedaj.

Voščilo

Vsem svojim bralkam in bralcem želim prijazno božično praznovanje in voščim srečno Novo leto.

Ozadje Crohnove bolezni

Novičarska stran Univerze Liverpool nas seznani z zanimivo najdbo svojih raziskovalcev. Skupina raziskovalcev pod vodstvom profesorja Jona Rhodesa ugotavlja, da morda bakterija Mycobacterium paratuberculosis, ki je sicer znana kot povzročiteljica obolenja pri govedu, posredno pri človeku vpliva na obrambo telesa pred bakterijo Escherichia coli, za katero je znano, da jo pri Crohnovi bolezni najdemo v obolelem tkivu v povečanem številu. Predpostavljajo, da naj bi mikobakterije našle pot v telo s pomočjo mleka in mlečnih izdelkov. Pri govedu omenjena klica namreč povzroča Johnovo bolezen, katere značilnost je izčrpavajoča, z diarejo podprta bolezenska slika. Doslej povezav te bolezni z obolenji pri človeku niso dokazovali. Rhodes pripisuje vpliv mikobakterije sproščanju kompleksne molekule, ki vsebuje sladkor manozo. Ta molekula naj bi preprečevala funkcijo makrofagov, belih krvničk, pri uničenju bakterij Escherichia coli povezanih s Crohnovo boleznijo.

Čista voda

Dostop do čiste, neoporečne vode je ključen za življenje. S to temo so se ukvarjali na posvetu Ameriške akademije za mikrobiologijo in nastal je dokument Clean Water - What is acceptable microbial risk? Najdete ga (v .pdf obliki) na spletni strani Ameriškega društva za mikrobiologijo (ASM), kjer so na voljo tudi podkasti s sorodnimi temami.

Pri Zares o GSO

Na blogu politične stranke Zares se danes zaključuje spletna razprava o gensko spremenjenih organizmih (GSO). Poleg uvodnih besed in obsežnega nabora povezav do za temo relevantnih spletnih virov najdemo v zapisu preko 130 komentarjev bralcev bloga v zanimivi izmenjavi nasprotujočih si mnenj v razpravi, ki se je začela 29. novembra.

Spirit je na Marsu morda naletel na življenju prijazne pogoje

Kot beremo v BBCjevi novički je Nasino robotsko vozilo Spirit na svoji že 1400 dni dolgi poti morda naletelo na zemljišče z lastnostmi, primernimi za mikrobno delovanje. Izkopan depozitni material je najbrž nastal, ko je voda vročih vrelcev zalila vulkansko zemljino. Spirit seveda ni opremljen za odkrivanje znakov življenja, saj je namenjen izključno preučevanju geoloških pojavov. Trenutna najdba pa bo gotovo vzpodbuda za nadaljnje misije, ki jih načrtujeta tako Nasa kot tudi Evropska vesoljska agencija.

Google News mikrobiologom

Večini ne bom povedal ničesar novega. Novičarska platforma Google News omogoča tudi iskanje aktualnih dogodkov na izbrano temo. Obljubljajo preiskovanje preko 4500 informacijskih virov. Pa da ne podaljšujem debate; preskusimo iskanje novic z geslom "bacteria". Ta trenutek (16. dec. ob 17.35) je bilo 8400 in en zadetek; če sprožim časovno razvrščanje je zadnja novica stara 41minut. In to je novička Use caution this holiday season when decorating. In kakšno ima zvezo z mikrobiologijo: v tekstu najdete zanimivo priporočilo, kako svoje hišne ljubljenčke zavarujete pred nevarnostmi božično-novoletnega okraševanja; naj kar citiram:

Water in the tree stand can serve as a reservoir for harmful bacteria if pets drink it. Prevent access by using an enclosed container or covering the stand with a tree skirt.

Zanimivo?; najbrž boste rekli: tako... tako... Prepričan pa sem, da boste po opisani poti našli tudi kakšno zares koristno novico.

Znanost v ameriški predvolilni tekmi

Bora Zivkovic zares dela čast svoji vlogi urednika spletne skupnosti pri založbi/reviji PLoS-ONE (Public Library of Science). Tako nas trenutno v svojem blogu aktualno seznanja s selitvijo razprave ameriških predsedniških kandidatov tudi v področje znanosti in znanstvene politike. Pripravil je zares bogat izbor spletnih povezav, ki nam omogočajo, da si bomo lahko ustvarili ne le sliko o poteku enega od segmentov politične kampanje ampak tudi vtis o širših okvirih v katerih deluje znanost v ameriških domačih pogojih in kako seva globalno.

Tudi znanstvena javnost se na priložnost aktivno odziva, npr. skupina blogerjev iz mreže ScienceBlogs je sprožila poziv Call for a Presidential Science Debate, v socialni mreži Facebook pa se je oblikovala posebna diskusijska skupina na to temo in s kazalcem na obetavno spletno stran Sciencedebate2008.

O sintezni biologiji

Spletni časnik Razgledi.net nam danes v rubriki Gost Razgledov prinaša tehten članek o sintezni biologiji izpod peresa dr. Marka Dolinarja "Sintezna biologija: pravi čas za dobre ideje". Dr. Dolinar je eden od mentorjev zmagovalne ekipe študentov UL iz letošnjega tekmovanja  iGEM2007.

Literatura (za radovednost, za darilo...)

Prikličite >tole stran in boste lahko na inventiven način brskali po Amazonovi knjižni ponudbi mikrobioloških tekstov.

Proizvodnja etanola in govedoreja

Ameriški proizvajalci etanola na žitnem substratu so sklenili zanimivo partnerstvo z govedorejci, ki govedu pokrmijo vrelne žitne ostanke, kar povečuje gospodarnost obeh proizvodenj. Žal prakso spremljajo ugotovitve, da se je pri tako krmljenem govedu v blatu povečala količina bakterij Escherichia coli serotipa H157, ki predstavljajo povečano zdravstveno tveganje za ljudi.

ITOL

ITOL (Interactive Tree Of Life) je spletno orodje za pripravo in prirejanje filogenetskih dreves. Model je primerljive funkcionalnosti drugim drevesnim modelom ob tem pa je preglednješi in lahko ga oblikujemo v bitmapnih ali vektorskih grafičnih oblikah. Poleg že pripravljenih lahko pripravite tudi filogenetska drevesa iz lastnih podatkov.

Državna in zasebna znanost

Na spletnih naslovih državnih administracij, ki so posvečene znanosti, je običajno omogočen prost dostop do raziskovalnih vsebin, ki so financirane iz proračunskih sredstev, ali vsaj do povezav k takim vsebinam. Dva dobra primer sta splet ameriške administracije Science.gov in splet EU Research. Zanimiv in drugačen pristop najdemo v evropskem spletu EurActiv.com, ki kljub podjetniško inspiriranemu konceptu ohranja aktualne znanstvene informacije v odprtem dostopu.

150 let mlečnokislinske fermentacije

Tale zapis je nastal iz začudenja nad načinom, kako so si na Pasteurjevem inštitutu v Lillu prilastili leto 1857 kot rojstni dan mikrobiologije, cit. po blogu Twisted Bacteria:
"(...) 2007 is the year of the 150th anniversary of Microbiology, born in Lille on August 3rd 1857, when Louis Pasteur, then dean of the Science Faculty at the Lille University, presented his work on lactic acid fermentation at the Société des Sciences de Lille".

Kljub spornosti takega prisvajanja zgodovine pa je vsekakor mogoče počastiti omenjeni datum kot 150 letnico pomembnega Pasteurjevega dela na mlečnokislinski fermentaciji in kot enega od ključnih mejnikov kasnejše biotehnologije.

Mikoplazme pišejo zgodovino

Mikoplazme, ki so jih nekoč zaradi majhnosti celic mikrobiologi podcenjujoče obravnavali, v teh časih zares pišejo zgodovino. Najprej seveda zaradi nedavnih poskusov pri oblikovanju sintetične celice. Da pa so polne tudi drugih presenečenj nam razkrije tale zapis pri Eliu.  

Svetlobni vplivi

Ko je nedolgo tega precejšnje presenečenje izzvala objava, da postanejo bakterije Brucella abortus  virulentnejše, če so izpostavljene svetlobi, se kot kaže zdaj zgodba nadaljuje. Lastnost stopnjevane patogenosti so pripisali na svetlobo občutljivi proteinski domeni LOV, ki naj bi sicer ne imela druge znane funkcije. Zdaj pa poročajo, vest povzemam po Elijevem blogu, da pri bakteriji Caulobacter crescentus, LOV sodeluje pri pripenjanju celic na površino. LOV, v tem primeru kot domena histidinske kinaze LovK, povzroči, da se ob obsevanju z modro svetlobo bakterijske celice čvrsteje pritrdijo na površino, ki jo naseljujejo.

Predstavitev iGEM 2007

O ponovnem velikem uspehu ekipe ljubljanske Univerze na tekmovanju iGEM 2007 v Bostonu ( ZDA) sem že pisal (>1, >2, >3, >4). Zdaj je prišlo iz Kemijskega Inštituta Ljubljana in Univerze v Ljubljani vabilo, s katerim oba organizatorja in udeleženci vabijo na predstavitev projekta:

3. in 4. novembra 2007 je na znameniti univerzi Massachusetts Institute of Technology (MIT) potekalo tekmovanje študentskih ekip z raziskovalnimi projekti na področju sintezne biologije. Ekipa ljubljanskih študentov je dosegla odličen uspeh z uvrstitvijo projekta o zdravljenju HIV med šest finalistov, osvojitvijo zlate medalje
ter prvega mesta med projekti s področja zdravja in medicine.

Vabimo Vas na predstavitev odmevnega zmagovalnega
projekta slovenske ekipe v ponedeljek, 3. decembra 2007 ob 13. uri, v Veliki predavalnici Kemijskega inštituta Ljubljana, Hajdrihova 19.

Po predstavitvi bodo člani zmagovalne ekipe z veseljem odgovarjali na vaša vprašanja.

V želji, da se na dogodku srečamo, vas lepo pozdravljamo!

Prof. dr. Andreja Kocijančič, rektorica, Univerza v Ljubljani
in
Doc. dr. Peter Venturini , direktor,  Kemijski inštitut, Ljubljana

Tekmovanje iGEM 2007, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, ZDA, november 2007 (več informacij: www.ki.si)

Člani zmagovalne ekipe:

ŠTUDENTI:
Katja Kolar
Anja Korenčič
Rok Gaber
Andrej Ondračka
Peter Cimermančič
Saša Jereb
Marko Bitenc

MENTORJI:
prof. Roman Jerala (Kemijski inštitut)
doc. dr. Marko Dolinar (Fakulteta za
kemijo in kemijsko tehnologijo UL)
dr. Mojca Benčina (Kemijski inštitut)
dr. Mateja Manček Keber (Kemijski inštitut)
Gabriela Panter (Kemijski inštitut)
Karolina Ivičak (Kemijski inštitut)

e-knjiga o biotehnologiji

Splet je bogatejši za dragoceno e-knjigo v odprtem dostopu: Microbial Metabolism and Biotehnology. Delo je donacija avtorja Horsta W Dolleja, DSc, DSc (hc), pomočnika direktorja izpostave MIRCEN-Biotechnology Brisbane, IOBB sekretariatu v Kampali za namene izobraževanja v biotehnologiji v sodelovanju z Univerzo Kyambogo v Ugandi.

Hopanoidi

Ko pri obravnavi bakterijskih membran poudarjamo vlogo hopanoidov pri utrjevanju njihove strukture oz. zagotavljanju fluidnosti membran morda premalo izpostavimo njihov dodaten pomen v evolucijskih študijah. O njihovem pomenu, ko služijo kot molekularni fosili, pri prokariontih lahko preberemo v prispevku Fossil fats izpod peresa Tanje Bosak, objavljenem na Elijevem blogu. 

Mikrobne gorivne celice

Vsi, ki se ukvarjate z vprašanji biološko pridobljenih energetskih virov, ste pri brskanju po literaturi bržčas že naleteli na ime Brucea E. Logana iz Penn State University. Njegovo in delo njegovih sodelavcev pušča odmevne sledove zlasti v mikrobni proizvodnji vodika in v njegovi uporabi v mikrobnih gorivnih celicah.

Nov dom mikrobiologije na UW

Dober dokaz, kakšen pomen pripisujejo razvoju v mikrobiologiji je tudi nova zgradba mikrobioloških ved na Univerzi Wisconsin Madison. Je tudi dober primer povzovanja javnih in zasebnih finančnih sredstev. Vrednost impozantne zgradbe je 121 milijonov dolarjev, pri čemer je javnih sredstev bilo za 50 milijonov, medtem, ko so 71 milijonov zagotovili sponzorji, darovalci ipd.   

Kataložni iskalec kemikalij

Kadar npr. iščete določeno kemikalijo po katalogih proizvajalcev v splošnih spletnih iskalcih boste morda slabe volje, ker vas bo zasula množica nekoristnih podatkov. Tu vam lahko pomaga namenski  iskalec R&D Chemicals.

Mikrobni genomski projekti - GOLD

GOLD (Genomes Online Database) je spletni vir za celovit dostop do mikrobnih genomskih projektov, zaključenih in tistih, ki so v teku kot tudi do metagenomov in in meta podatkov. V odprtem dostopu pa si lahko preberete pregledni članek o bazi GOLD, ki je bil objavljen v reviji Nucleic Acids Research.

Genom endosimbiontskih vključkov

Elio v svojem zapisu postavlja vprašanje, ki si ga je že marsikdo zastavil: čemu mitohondriji in kloroplasti niso oddali vse svoje DNA jedru, kot se je to zgodilo hidrogenosomom in nekaterim drugim evkariontskim organelom? Komentarji ponujajo nekaj prav dobrih pojasnil.

V čast Karlu Linneju

Institut Smithsonian je z današnjim simpozijem proslavil 300 let rojstva švedskega botanika Karla Linneja (Carolus Linnaeus), utemeljitelja binomskega poimenovanja v biologiji.    

RNA interferenca proti insektom

Zaščita rastlin pred insekti po poti genske spremembe, ko v rastlino vnesemo sistem za proizvodnjo bakterijskega toksina Bt s katerim sicer bakterija Bacillus thuringiensis v naravi obvladuje širjenje insektov, je znan in priznano učinkovit pristop. Seveda z omejitvami, ker bodisi ne obvladuje vseh herbivorih insektov in ker tudi občutljivi insekti s časom postanejo odporni. Zdaj pa se obeta, kot poročajo raziskovalci multinacionalke Monsanto, nova možnost pri omejevanju škod, ki jih povzročajo insekti in sicer s pomočjo t. i. RNA interference. Članek, ki se sklicuje na dve objavi v Nature Biotechnology, predstavlja morebitno novo možnost, ki jo obetajo raziskave, seveda pa opozori tudi na zadržanost, preden ne bo zadeva temeljiteje raziskana v vseh podrobnostih.

EID pri žabah

S problemom t. i. na novo se porajajočih infektivnih bolezni (»emerging i. diseases« - EID) se medicinske in ekološke vede vse intenzivneje ukvarjajo. V novejšem času ne zgolj pri ljudeh, ampak tudi pri živalih. Poučno je zato prebrati sestavek o širjenju glivnega obolenja pri žabah, kjer se kot poseben dejavnik razširjanja vključujejo tudi fizikalni vplivi okolja.

Še iz Bostona

Na svojem blogu Nove biologije se aktualna iz Bostona oglaša dr. Dolinar, eden od obeh mentorjev (drugi je dr. Jerala) slovenske zmagovalne ekipe.

Sveže iz Bostona

Oglasil se je Rok Gaber s kratko a razveseljivo novico iz tekmovanja iGEM2007; cit:

"Zmagali smo v svoji kategoriji (Health & Medicine) tako, da smo premagali kar nekaj znanih univerz. Skupno glavno nagrado je osvojila univerza v Pekingu."

Naši ekipi iskreno čestitam za uspeh, ki je toliko večji, ker je vloga favorita zaradi lanske zmage bila gotovo zelo obremenjujoča!!!   

"Naši" na iGEM2007

Kot obljubljeno, sporočam sveže novice iz Bostona. Te so izjemno vzpodbudne!!! Član ekipe R. Gaber sporoča, da se je tudi letos slovenska ekipa uvrstila v finale!!! Njihovi konkurenti bodo "trdi": U Paris, U Berkeley, U Peking, UCSF, USTC. Finalni nastop bo danes; takoj ko dobim sporočilo, se oglasim.

Malarija in krvne skupine

Raziskovalci Univerze v Edinburghu so ugotovili, da naj bi bolniki s krvno skupino 0 obolevali za manj resnimi oblikami malarije. Ugotovitev ponuja možnost iskanja novih načinov zdravljenja te, upoštevaje število žrtev, za človeštvo še vedno strašljive bolezni.

Koepidemičnost AIDSa in TB

Resno zaskrbljenost avtorja lahko začutimo iz zapisa na Science Blogu, ki obravnava naraščajoč trend sočasnega pojavljanja AIDSa in tuberkuloze (TB) v subsaharski Afriki, ko obseg razširjenosti obolenja označi kar s pojmom koepidemije. Približno tretjina od 40-tih milijonov s HIVom okuženih ljudi v svetu je istočasno okuženih tudi s TB. V subsaharski Afriki je stanje precej resnejše, saj poročajo, da je polovica novih primerov TB takih z istočasno infekcijo s HIVom, ob tem pa se izraziteje širijo infekcije s povzročitelji TB, ki so odporni proti več različnim protimikrobnim sredstvom.

Slovenija gre znova v Boston: na iGEM 2007

Absolvent mikrobiologije Rok Gaber se mi je oglasil s sporočilom, da zaključujejo priprave za odhod v Boston na iGEM 2007. Spomnimo se, da je slovenska ekipa v lanskem letu na tem prestižnem tekmovanju ZMAGALA (>1  in >2). Kolega Gaber je tudi obljubil, da se mi bo s poti oglašal, tako da spremljajte sporočila, ki jih bom nemudoma vedno objavil na tem blogu.

Na vsak način si oglejte spletno stran njihovega projekta in pokukajte še na splet s predstavitvijo njihovih konkurentov.

IN SEVEDA: ŽELIMO JIM USPEŠNO ZASTOPANJE SLOVENSKIH BARV, 3. in 4. NOVEMBRA PA BOMO TRDNO DRŽALI PESTI ZANJE!!! 

Virusni vdor, ki ga zagreši obramba

Bakterije, ki povzročajo rakavo razraščanje tkiva pri rastlinah (glej tudi Agrobacterium tumefaciens - povzročitelj koreninskega raka ali golšavosti korenin) izkoriščajo za vdor v celično jedro in kasneje v genom obrambni sistem rastline. V članku "Trojan horse strategy in Agrobacterium transformation - Abusing MAPK-targeted VIP1 defence signalling" v reviji Science (318, 453 (2007)) to zdaj pojasnjujejo avstrijski raziskovalci. Prof. Hirt razloži, kako bakterijska T-DNA za vstop v jedro izkoristi celično beljakovino rastline, znano z imenom VIP1 in ki je pravzaprav del celične obrambe pred bakterijskim vdorom. Imunski obrambni sistem rastline po zaznavi prisotnosti tujih molekul v citoplazmi sproža specifične proteinske kinaze, ki fosforilirajo vrsto regulatorskih obrambnih proteinov v citoplazmi. Tak obrambni protein je tudi regulator VIP1, ki po fosforilaciji pridobi možnost vstopa v celično jedro, kjer naj bi aktiviral ustrezne gene v celični obrambi. In prav na ta protein se pripne bakterijska T-DNA, kot trojanski konj skupaj z njim vstopi v jedro in se nato integrira v genom gostitelja ter prične s svojim tumorigenim delovanjem.

Virusi za nanotehnologijo

Članek "Virus-Built Electronics" v Technology Review (za ogled se boste morali prijaviti) vsekakor lahko razburka bralčevo domišljijo. Poroča namreč o možnostih oblikovanja vlaknastih nanostruktur s pomočjo virusov. Kako skupina okoli raziskovalke Angela Belcher na MIT vidi uporabo novih vlaknastih materialov, ki se lahko povezujejo z neorganskimi materiali v baterijah, tranzistorjih ali solarnih celicah in kako je v take prilagoditve mogoče vključiti postopke ciljane evolucije, si velja prebrati v članku.

Digital Folders Network

Tržna načela seveda tudi niso mogla obiti znanstvene blogosfere, kar v načelu ni nič slabega. Učinkovitejše trženje reklamnega prostora je seveda predvsem povezano z obiskom in to sili v združevanje tematskih blogov v manjše ali večje blogerske mreže. Istočasno to prispeva k učinkovitejšim iskalnim rezultatom (slavni SEO). Poskus take mreže je tudi Digital Folders Network, ki ga pa tukaj omenjam predvsem zato, ker je v njem našel zatočišče tudi blog Science in Review, blogerja Antonia Marquesa s kategorijo tudi mikrobioloških vsebin. Znotraj tega je nedavno bilo mogoče zaslediti projekt Science Linked:Bacteria, za katerega je skupina avtorjev prispevala nekaj izvrstnih tematskih esejskih vsebin, ki jih toplo priporočam v branje.  

Metagenomika in CCD

Tokrat se je blogerka Sandra Porter razgovorila o uporabi metagenomike pri odkrivanju nepojasnjenih vzrokov nekaterih bolezni iz skupine t.i. na novo porajajočih se bolezni ("emerging diseases"). Uporabila je za primer trenutno, kot kaže, zelo resen problem izginjanja čebel v Ameriki, natančneje bolezen CCD (edini prevod, ki sem ga našel na slovenskih spletih: "kolaps čebeljega roja"). Ob številnih drugih vzrokih iščejo vzrok tudi v infektivnih dejavnikih in ker je seveda klasičnim zahtevam Kochovih postulatov pogosti težko zadostiti, ko iščemo povzročitelje neznanih bolezni, se zdaj ponuja metagenomika kot zelo obetaven pristop. Kot svetuje Porterjeva je vredno pobrskati po Science/AAAS webinarju avtorjev iz univerze Columbia.  

Iz Lekovih novic

V Lekovih Sporočilih za javnost  lahko 4. 10. 2007 preberemo o njihovem novem Razvojnem centru biofarmacevtike in v nadaljevanju prispevka tudi zanimive novice o bioloških generikih, ki jih pripravlja Sandoz, med drugim rekombinantni rastni hormon (tu se jim je prikradel v prispevek tiskarski škrat, saj je namesto somatropina pravilno ime za ta hormon somatotropin) in rekombinantni eritropoetin. (Hvala študentu J. Berniku za opozorilo o članku). 

Vsem, ki se sprašujete, čemu se biogeneriki, kljub izteku patentne zaščite originala le stežka prebijejo v uporabo, svetujem v branje prispevek "Biological / Biotechnological generics cannot exist", ki ga prinaša spletna stran VFAbio.     

Blog Action Day

Se spomnite: k Dnevu blogerske akcije, 15. oktobru, ki je bil posvečen okolju, nas je pozval tudi bloger Žiga. Žal ne vem, kako je akcija uspela pri nas. Googlovi pravijo, da je bilo po svetu preko 20.000 sodelujočih blogerjev. Pri Googlovem Bloggerju so izdvojili nekatere markantnejše bloge posvečene okolju:

Cleantech Blog - o novih okoljsko prijaznih energijah;

The Conscious Earth - z zdravim okoljem proti globalnemu segrevanju;

Earth Meanders - trajnostni koncepti v okolju;

Environmental Action Blog - okolje in zelena energija;

The Future is Green - prihodnost trajnostno uravnotežene družbe;

The Green Skeptic - kako živimo s svojo zemljo in okoljem;

Haute*Nature - o trajnostni usmerjenosti;

The Lazy Environmentalist - trajnostnost ni težka;

Lights Out America - kako organizirati energetsko varčevanje;

The Nature Writers of Texas - izbor zapisov o naravi;

Rachel Carson Centennial Book Club - dediščina Rachel Carson nas zavezuje;

Sustainablog - trajnostno novičarstvo;

These Come From Trees - pragmatično okoljevarstvo.

Darwin200

Naravoslovci se bomo tja do leta 2009 vse pogosteje oglašali na spletni strani Darwin200, ki se bo polnila z različnimi počastitvami, namenjenimi velikemu utemeljitelju evolucijske teorije, Charlesu Darwinu (v slovenščini >tukaj). Osrednji dogodek bo vsekakor slavje ob dvestotem Darwinovem rojstnem dnevu, 12. februarju leta 2009. Slavje pa se bo začelo že z julijem 2008, ko mineva 150 let od predstavitve teorije in bo trajalo do novembra leta 2009, ko se bomo spominjali stopetdesetletnice izida njegovega kapitalnega dela "On the Origin of Species by Means of Natural Selection", ki ga najdemo tudi >tukaj.

Second Life v znanosti

Odgovor na vprašanje, kakšna bo usoda prvih previdnih vstopov akademske sfere v enega od fenomenov spleta 2.0, v splet Second Life, ostaja v časovni distanci.  Nekaj prvih vtisov nam sporoča odlična blogerka Sandra Porter, ki je nedavno z blogerskim kolegom Boro Zivkovicem nastopila v Second Life.

C. Zimmer klepeta s C. Venterjem

Priljubljeni bloger Carl Zimmer objavlja na diavlogu bloggingheads.tv svoj pogovor s Craigom Venterjem v katerem se lotevata nekaterih ključnih, vmes tudi spornih projektov kontroverznega molekularnega biologa Venterja. Če boste, radovedni, še brskali po bloggingheads portalu boste naleteli še na kakšen zanimiv video zapis. 

Še en bloger mikrobiolog

Slovenskim blogerjem se je pridružil še en študent mikrobiologije z blogom SYMH. Dobrodošel!

Nature o mikrobnih interakcijah

Vse bralce, ki niste že sami opazili, bi rad opozoril na izjemen nabor člankov o interakcijah mikroorganizem : gostitelj ("Host–microbe interactions"), ki jih je ta teden objavila revija Nature. In najpomembnejše je to, da je izbor na voljo v odprtem dostopu.  

Helicobacter pylori proti astmi?

Presenetljiva je ugotovitev, predstavljena na nedavni konferenci ameriškega društva infekcijskih bolezni, da bakterija Helicobacter pylori, ki v starejši dobi povzroča čir na želodci in želodčnega raka, pri otrocih predstavlja zaščito pred astmo. Otroci v starosti med 3 in 13 leti, ki so imeli v želodcu H. pylori, so za 53 % redkeje zboleli za astmo kot tisti, ki so bili brez te bakterije, kot je pokazala študija, opravljena pri 3.327 otrocih.

Težave v sterilnih območjih pri NASI

NASA želi svoja vesoljska vozila, predvsem nekatere sestavne dele, zaščititi pred kontaminacijo z mikroorganizmi in prašnimi delci. Prostori, kjer sestavljajo komponente, so opremljeni z protimikrobnimi filtri, delavci pa nosijo zaščitno obleko in obrazne maske. Ti varnostni ukrepi imajo več razlogov, ne nazadnje želijo z njimi preprečiti, da bi z opremo prenesli mikroorganizme iz zemlje na druge planete. To bi lahko npr. motilo pri kasnejšem ugotavljanju izvorov življenja v našem osončju. Nedavne raziskave prav teh sterilnih prostorov pri NASI pa so pokazale, da so naseljeni z številnimi mikroorganizmi, ki so odporni tudi proti običajno uporabljanim razkužilom. Tradicionalno preverjanje okuženosti prostorov z gojitvenimi postopki v tem primeru ni bilo uspešno. Šele s postopki ribosomalne RNA genske analize je bilo mogoče dokazati bakterijsko kontaminacijo, ki je doselj ni bilo mogoče odkriti v takšni raznolikosti.

Nobelove nagrade 2007

Letošnjo Nobelovo nagrado za fiziologijo ali medicino so dobili doktorji Mario Capecchi (70, ZDA), Martin Evans (66, Vel. Britanija) in Oliver Smithies (82, ZDA) za razvoj homologne rekombinantne tehnike (ciljanje genov - "gene targeting") in tehnologije onesposabljanja genov pri miših ("knockout mice"). Vredno je prebrati o tem zapise v blogih Terra Sigillata in The Daily Transcript. Trojica je leta 2001 prejela podobno prestižno Laskerjevo nagrado in lahko preberete obrazložitev za podelitev takratne nagrade.  

Varnost v laboratorijih

Raziskave ameriških novinarjev in kongresnih preiskovalcev ugotavljajo, da v ZDA še vedno pomanjkljivo skrbijo za varnost v najbolj izpostavljenih laboratorijih, kjer se ukvarjajo s tako resnimi patogenimi mikroorganizmi kot so povzročitelji antraksa, ebole in črnih koz. Po terorističnih in vzporednih bioloških napadih v letu 2001 so v ZDA za 40 krat (!) povečali financiranje raziskav posebno nevarnih kužnih bolezni. In kljub temu so ugotovili od leta 2003 vsaj 100 nesreč v ameriških laboratorijih, ki so posledica pomanjkljivih varnostnih ukrepov pri tako kočljivem delu.

Slepič z razlogom

Sodobna medicina je vse doslej proglašala slepič kot odvečen organ. Kot del črevesa, ki kvečjemu povzroča težave, kadar se vname. Zdaj pa so raziskovalci univerze Duke našli pojasnilo, ko naj bi imel slepič v prebavni fiziologiji vendarle svojo jasno in pomembno vlogo, ki jo je mogoče celo evolucijsko zagovarjati. Na kratko, je nekakšen rezervoar koristnih mikroorganizmom, ki pomembno sodelujejo pri prebavi, in kadar zaradi različnih razlogov začasno izginejo iz prebavne cevi, se lahko rekolonizirajo iz slepiča. Nov dokaz, da evolucija pač ne dopušča odvečnosti.

Sintezni spomin v kvasovkah

Vsekakor vabim bralce tega bloga da odidejo na blog Nove biologije in preberejo pomembno predstavitev članka o sinteznem spominu pri kvasovkah. In hvala dr. Dolinarju za dragoceno sporočilo; verjamem, da nas bo tej tematiki še obveščal.

Mikrobno bogastvo morskih globin

Nove, izboljšane metode določanja genskega zaporedja, citirane z oznako "454 tag sequencing", premikajo meje mikrobne metagenomike do novih skrajnosti. Raziskovalci MBL (Marine Biological Laboratory) Woods Hole in Inštituta JISAO Univerze Washington v skupnem raziskovalnem projektu preučevanja mikrobne poselitve globokomorskih hidrotermalnih izvirov blizu obale Oregona poročajo o tri tisoč (?!?) novih arhejskih vrstah in sedemintrideset tisoč (?!?) novih bakterijskih vrstah.

Nova vloga za telomere?

Za telomere, trakove ponovljenih DNA zaporedij, je doslej veljalo, da varujejo kot nekakšni potrošni blažilci na koncih linearnih kromosomov pomembno DNA v notranjosti kromosoma. Zdaj ugotavljajo, da naj bi telomere imele vlogo tudi v kodiranju RNA, čeprav še ne vedo njenega pravega pomena.

Preproste gorivne celice

Kot lahko preberemo v članku iz New Scientista, so študenti na MIT (Massachusetts Institute of Technology, Boston, ZDA) razvili mikrobno gorivno celico, ki izkorišča kot "gorivo" rastlinske odpadke. Torej rešitev, ki bo v nadalnjem tehnološkem razvoju morda ponudila cenen energetski vir tudi za dežele v razvoju. In nekaj podobnega nam ponuja spletišče HowStuffWorks.

Društvo študentov mikrobiologije

Danes sem na svoje bloge dodal v nabor priporočenih spletišč naslov Društva študentov mikrobiologije (Slovenije). Po kar nekaj manj uspešnih poskusih v preteklih letih je zdaj zaživelo spletišče, ki pa res obeta veliko, ki bo poleg informacijske funkcije imelo brez dvoma tudi močno povezovalno vlogo. K odločitvi in zasnovi zelo obetavnega in všečnega spleta urednikom čestitam in jim želim, da jih navdušenje in volja ne mineta. POČNETE DOBRO IN KORISTNO DELO!

Legionella pneumophila

Dr. David Yu, profesor na University of Pittsburgh, opozarja da je v ameriških pogojih legionarska bolezen precej pogostejša, kot o njej poročajo zdravstvene ustanove. Bakterija Legionella pneumophila je tudi zahtevna pri laboratorijskem dokazovanju. Kot pravi dr. Yu ostane do 90% vseh primerov neugotovljenih, pri tem pa je obolenje smrtno v 28%, a je še precej bolj rizično za starejše ljudi, ki trpijo istočasno za več obolenji.

Ogroženost iz zraka

Znano je, da ameriško ministrstvo za domovinsko varnost že od leta 2003 razvija nacionalni sistem odkrivanja patogenih organizmov in kemijskih snovi, ki bi lahko služili kot dejavniki terorističnega napada, v zraku ameriških mest (npr. sistem BioWatch). Zelo zajetne in kompleksne fiksne analitske sisteme zdaj dopolnjujejo s prenosno rešitvijo v velikosti aktovke, s katero bi lahko opravili enake naloge v primeru dislocirane ogroženosti. Rešitev naj bi bila primerna celo za kontrolo v letalih in znotraj zgradb.

Mikrobi na izletu v vesolje

Astrobiologi so uspeli dokazali, tako lahko preberemo v New Scientistu, da breztežnost spremeni bakterije na način, ki bi morda lahko povečal ogroženost potnikov v vesolju. Kulture bakterije Salmonella typhimurium, ki so bile 12 dni na vesoljskem vozilu Atlantis v letu 2006 izpostavljene breztežnosti, so mutirale na "nepričakovan način", saj se jim je spremenilo izražanje vsaj 167 genov  v primerjavi z bakterijami, ki so jih ta čas kot kontrolo vzdrževali na zemlji. V vesolju spremenjene bakterije so bile tudi trikrat bolj patogene za poskusne miši. Ker nekateri prejšnji poskusi kažejo, da breztežnost morda lahko oslabi človekov imunski sistem, pojav opozarja na resno težavo.

V istem poročilu sledi tudi tolažba, ko so C. Nickerson in njeni sodelavci, ki so opravilli omenjene raziskave, pri salmonelah odkrili tudi regulatorno beljakovino Hfq, ki naj bi bila v ozadju genske spremembe. Sevi brez delujoče Hfq naj ne bi kazali spremembe v ekspresiji genov, kar seveda omogoča iskanje ukrepov, ki bi omejili ogroženost vesoljskih posadk. Kot stranski učinek pa najdba obeta tudi iskanje novih rešitev v siceršnji borbi proti patogenim organizmov, ki zlasti s sevi odpornimi poti antibiotikom predstavljajo iz dneva v dan večjo grožnjo za naše zdravje.

Še ena cvetka iz One

Da nam blogerjem revija Ona občasno dviga adrenalin, zdaj enemu naslednjič drugemu, morda dokazuje tudi tale primer. V Oni z datumom  25. 09. 2007 je v rubriki Odmevi objavljen odziv prof. dr. Gregorja Majdiča z naslovom "Genske spremembe" na članek o gensko spremenjenih (GS) rastlinah, ki je bil v Oni objavljen štirinajst dni prej. Tega izvornega članka se ne bom dotikal, tudi ker imam zelo kritično, a svojsko mnenje o razpravah, ki na temo GSO tečejo v slovenskem prostoru. Moral pa sem se oglasiti na pisanje dr. Majdiča v točki, ko omenja vlogo dr. A. Pusztaija pri nastajanju evropskega odklanjanja GS rastlin. Odgovor sem sicer dodal že kot komentar v spletnem Delu a teh odmevov ljudje večinoma ne prebirajo pa sem se zato odločil, da ponovim pisanje dr. Majdiču tudi v tem zapisu.

"Spoštovani prof. dr. G. Majdič. Zelo cenim Vaše zavzemanje za pojasnjevanje strokovnih in znanstvenih vprašanj širši javnosti in Vaše pogosto strokovno publicistično oglašanje. Ne morem se pa strinjati, kadar se v podporo izbrane argumentacije, ki je sicer lahko zelo upravičena, uporabijo nepreverjeni in neresnični podatki. Ko v svojem prispevku omenjate dr. A. Pusztaija in zapišete, da so njegovi raziskovalni: "...rezultati o škodljivosti krompirja nepravilno pojasnjeni ali enostavno izmišljeni", bi Vam vendarle svetoval, da se, preden uporabite tako trdo opredeljevanje, poučite o strokovnjaku, ki ga omenjate. Morda najprej preverite npr. na PubMedu njegovo znanstveno bibliografijo in se nato podrobneje seznanite z ozadjem afere, ki je res, zdaj že skoraj desetletje nazaj, razburkala britanski in tudi svetovni prehranski znanstveni prostor. Morda lahko za hiter dostop do podatkov in spletnih povezav pomaga kar tale naslov. Da se je dr. Pusztai v nekem trenutku naivnega idealizma morda nekoliko nerodno (to je moja povsem osebna ocena) izpostavil in sprožil, bolj kot strokovno razčiščevanje, politični konflikt zaradi poseganja v kapitalske interese velikih svetovnih korporacij, ne zmanjšuje njegove odličnosti v vlogi izjemnega znanstvenika s pomembnim prispevkom npr. v svetovno znanje o lektinih. To omenjam, ker že desetletje prijateljujem z njim in njegovo soprogo, sicer tudi izvrstno znanstvenico in si tako dovoljujem oceno, da ga poznam in lahko zagotovim, da je dr. Pusztai oseba izjemne osebne integritete in karizmatičnosti in med drugim tudi velik prijatelj naše dežele."

Kogar podrobneje zanima ves historiat takratnega dogajanja bo našel na spletu z geslom "Arpad Pusztai" dovolj branja. Dobro kronologijo dogajanja najdemo sicer tudi v zapisu na slovenskem blogu Ajda, kjer pa se ob koncu zapisa prikradejo nekatere napake (ne gre za gen lešnika, dr. Arpad je delal z lektinom GNA malega zvončka - Galanthus nivalis).

Predavanje

Posredujem vabilo iz Slovenskega mikrobiološkega društva za predavanje v organizaciji Katedre za mikrobiologijo na Odd. za živilstvo BF:

"Katedra za mikrobiologijo, Oddelka za živilstvo, BF organizira predavanje dr. Leendert Hamoen-a (Institute for Cell and Molecular Biosciences, The Medical School, University of Newcastle) z naslovom:"How to behave differently when you are genetically the same? (Bi-stable differentiation in Bacillus subtilis)". Predavanje bo v torek, 2.10.2007, ob 13 h v predavalnici 3 na Biološkem središču.

Lep pozdrav
prof. dr. Ines Mandić-Mulec "

Mikrobne tovarne

Tale prispevek na Science Blogu želi opravičiti razvpit pojem "celičnih tovarn" in avtorjem je uspel berljiv pregleden prispevek o novih poteh celične biotehnologije, ki so posebno učinkovite, ko se sinteza učinkovin srečuje z izzivi hiralnosti molekul in ko je treba posebno pozornost posvetiti njihovi glikozilaciji in ciljani hidroksilaciji.

Umivanje rok

Ameriška Society of Microbiology je na nedavni konferenci v Chicagu objavila novejše podatke o higienskih navadah odraslih Američanov, kot sporoča ta prispevek. O podobnih študijah iz leta 2000 in kasneje sem pisal tudi že drugje. Študije iz preteklih let kažejo nihanja, kakšne posebne izboljšave stanja pa kljub kampanjam s pozivi k osebni higieni, tudi zaradi povečane zdravstvene ogroženosti, ni mogoče zaznati. Sveži podatki kažejo: pri zapuščanju javnih sanitarij si celo tretjina moških obiskovalcev ne umije rok, v primerjavi z 12% žensk, ki tega ne storijo.

Blogi o vedah o življenju

Septembrska številka revije The Scientist v navezi na članek o blogih v področju ved o življenju vzpodbuja bralce, da glasujejo za svoje priljubljene bloge (in sporočijo ev. manjkajoče bloge, ki jih poznajo). In res v komentarjih boste našli bogat nabor dodatnih predlogov. Vsekakor priporočam, da preberete članek, saj boste našli koristne napotke o vsebinskih poudarkih izbranih blogov.

International Microbiology

César Sánchez na svojem odličnem blogu Twisted Bacteria vabi mikrobiologe, ki želijo objavljati v revijah z vplivom (slavni IF), da pošljejo manuskripte v revijo International Microbiology, ki jo izdaja španska Society for Microbiology (Sociedad Española de Microbiología, SEM). In ni nepomembno, njihov trenutni IF (2006) je nezanemarljivih 2,455. In BTW (poglejte na Wikipedio, kaj pomeni ta kratica): revija deluje na način odprtega dostopa, torej so vsi objavljeni članki brezplačno dostopni vsakomur! Bravo!

Mikrobno poselitev lahko regulirajo hormoni

Razkriva se zanimiv model poselitve sluznice prebavil. Patogeno E. coli O157:H7  (znana kot ETEC) privlačita hormona epinefrin in norepinefrin, odbija pa jo indol, znan produkt nekaterih komenzalnih črevesnih mikrobov, med drugim tudi nekaterih sevov ne-ETEC. Sicer pa najdete na Schaechterjevem blogu poleg skice tega dogajanja tudi link do originalnega članka, ki pripoveduje vso zgodbo.

The NYT za mikrobiologe

Ali ste vedeli, da časnik The New York Times zbira novice tudi za mikrobiologe? Čisto zares, na njihovem spletišču College boste našli sekcijo Microbiology and Bacteriology, ki jo še kar pogosto polnijo. Spremljajte!

Blog za biološke sistematike

Na blog Christopherja Taylorja Catalogue of Organisms se bomo še vračali, saj ob prednostnem posvečanju vprašanjem biološke sistematike pogosto obravnava tudi mikrobiološke vsebine, bodisi lastne ali pa povzete. Kot je tista o količinskih podatkih mikrobne biomase v ekosferi, ki jih prinaša blog Deep Sea News v zapisu v tednu, ki je bil posvečen mikroorganizmom. Tam lahko preberemo npr. da vsak mililiter morske vode vsebuje milijon bakterij in 10 milijonov virusov.

Humani genom je "dostopen"

Trenutno si lahko na spletu ogledamo že dva osebna genoma, konec junija je bil objavljen genom soodkritelja spiralne DNA molekule in Nobelova nagrajenca Jamesa D. Watsona, pravkar pa je bil sproščen tudi genom drugega genomskega guruja J. Craiga Venterja, znanega po njegovem sodelovanju pri projektu humanega genoma in po istoimenskem Institutu JGV.

In če vas zanima kakšna je danes cena izdelave humanega genoma je vredno prebrati izčrpnejši zapis blogerke Sandre Porter (vključno s komentarji) o tem.   

Nova orožja proti bakterijam

Širjenje odpornosti na antibiotike med patogenimi mikroorganizmi povečuje v terapiji stisko zaradi zoževanja nabora razpoložljivih antibiotikov, istočasno pa zdravnike sili v iskanje novih protimikrobnih strategij. Raziskovalci na Southwestern Medical Center teksaške univerze so pozornost usmerili na bakterijski receptor QseC, ki omogoča diaroičnim sevom bakterije Escherichia coli, da pri njih signali črevesne mikrobne flore in hormonalni signali sprožijo virulenčne gene in začno infekcijo. Govorimo o t. i. sporazumevanju v mikrobni združbi. Ugotovili so, da je s phentolaminom, alfa blokatorjem, ki je sicer uporabljan v zdravljenju povečanega krvnega tlaka, uspešno mogoče preprečiti prenos signalov na bakterije in jih tako "razorožiti". Ker je take receptorje mogoče najti pri številnih patogenih, napoveduje to možnost razvoja specifičnih omejevalcev mikrobnega sporazumevanja tudi pri drugih infekcijah.

Genom vinske trte razkrit

Francoski in italijanski genomiki so objavili, da so prebrali genski zapis vinske trte. Uporabljena je bila sorta modri pinot trte Vitis vinifera, predvsem zaradi njene velike razširjenosti (spomnimo se na burgundska vina). Vinarji si predvsem obetajo nova spoznanja pri bogatenju vinskega okusa in v izboljšavi zaščite trte pred obolenji.

Izčrpnejši zapis je pripravil dr. Dolinar na svojem blogu, kjer naj vas posebej napotim tudi h komentarjem zapisa.

Nov mehanizem virusne replikacije

Raziskovalci iz School of Medicine na Univerzi Pennsylvania ponujajo novo razlago virusnega razmnoževanja, ki ob tem, da temeljito spreminja dosedanje razumevanje pojasnjuje tudi, kako se virusi lahko učinkovito izognejo prepoznavi s strani imunskega sistema. Herpesvirus, ki spremlja Kaposijev sarkom (KSHV) po infekciji humanih celic sproži virusno replikacijo s posebnim proteinom z imenom "z latenco povezan jedrni antigen" (LANA) z njegovo vezavo na virusno DNA. Ti virusni proteini pa so seveda tudi poglavitna tarča imunske prepoznave. Ob izločitvi virusnega gena za sintezo LANA bi pričakovali, da bo onemogočena sinteza virusnih proteinov in s tem tudi njihovo razmnoževanje. In vendar je virusna DNA tudi ob izločitvi LANA ekspresijskega sistema bila sposobna vzpodbuditi virusno podvojevanje s prilagoditvijo proteinske sinteze same gostiteljske celice.

Microbial Biotechnology

Založniška hiša Wiley-Blackwell in britansko društvo Society for Applied Microbiology (SfAM) najavljata izdajo nove znanstvene revije Microbial Biotechnology. Ta bi naj pričela izhajati z januarjem leta 2008 v zbirki Blackwell Synergy in v prvem letu naj bi bil dostop do vseh člankov brezplačen. Več o reviji najdete na njeni spletni strani. 

Britanci zaskrbljeni zaradi ošpic

Britanske zdravstvene oblasti sporočajo, da število obolelih za ošpicami v Veliki Britaniji zaskrbljujoče narašča. Vzrok iščejo tudi v upadanju cepljenja, potem ko se je v javnosti pojavilo ugibanje o povezanosti kombiniranega cepljenja proti ošpicam, mumpsu in rdečkam in pojavom avtizma, kar pa zdravniki odločno zavračajo. Ošpice veljajo za zelo kužno obolenje in če populacija ni precepljena vsaj 95% je mogoče pričakovati izbruhe bolezni.

"Etanologena" Escherichia coli

Kot lahko preberemo na blogu By Elio, nas Escherichia coli (E. coli) vedno znova preseneti. Tokrat je vzbudilo pozornost poročilo o razvoju mutantnega seva E. coli (SE2378), ki zelo učinkovito presnavlja pentoze v etanol. Zelo obetavno v luči zaskrbljenosti, da so danes najpogosteje uporabljeni substrati v fermentaciji do etanola predvsem heksoze, kar pa pomeni izrazito konkurenco ogljikohidratni prehranski oskrbi človeka.  

Virus povzroča debelost

Upravičeno bo marsikdo tole sporočilo prebral s pridržkom. Saj tudi avtorica sama še ne trdi, da res virus povzroča debelost, ampak, da so ugotovili pri debelih ljudeh večjo pogostost opisanega virusa in, da morda ta adenovirus stimulira humane odrasle izvorne celice, da preidejo v predhodnice maščobnih celic in posledično v večji meri kopičijo maščobo. Res bo treba počakati na bolj poglobljeno predstavitev rezultatov. Zanimivo pa je gotovo.

Dodatni potniki

Zadnja misija vesoljskega plovila Endeavour je imela na krovu dodatne potnike ob tistih, ki so jim novinarji posvečali ključno pozornost. Namreč na krovu so imeli tudi kulture bakterije Streptococcus pneumoniae, saj raziskovalce že dalj časa zanima, kako lahko mikrotežnost vpliva tudi na najenostavnejše organizme, zlasti ali je mogoče pričakovati spremembe v njihovem genetskem materialu. Radovedno bomo čakali, kdaj bo prof. David Niesel (U. Texas, Galveston) objavil rezultate svojih raziskav.

Tri domene že vsaj 2,7 milijarde let nazaj

Najnovejše raziskave glokozemeljskih talnih vzorcev, katerih rezultati bodo v kratkem objavljeni v PNAS, podpirajo predpostavko, da so že vsaj 2,7 milijarde let nazaj na zemlji sobivali predstavniki vseh treh danes priznanih domen življenja: bakterij, arhej in evkariontov.

Koristne spletne igre

Virtualne svetove omenjam tudi >drugje. In ti modeli se danes resno selijo v izobraževanje in znanost. Kot nam predstavi članek je mogoče igre v virtualnem svetu uporabiti tudi za ponazoritev razširjanje epidemije infektivnega obolenja.

Mikroboti

Nanotehnologija se s svojo rabo uspešno uveljavlja tudi v medicini. V povezavi z mikrobiologijo npr. išče možnosti prenosa (nano)delcev v telesu, kjer naj bi služile bakterije kot transportno sredstvo, odtod ime mikroboti.  Pri tem bi seveda nanodelci pripeti na bakterijah po telesu ciljano prenašali antigenske markerje, zdravila ali dele genetskega materiala.

Pomaranče so v nevarnosti

Če imate radi pomaranče, vas bo lahko zaskrbela >tale novica. Nasade oranževcev po svetu uničujejo bakterije Candidatus  Liberibacter asiaticus (izvor v Aziji), Candidatus  Liberibacter africanus (izvor v Afriki) in Candidatus Liberibacter americanus, pojavljajo pa se tudi že variantni sevi. Bakterije, ki jih prenašajo insekti povzročajo bolezen, ki ga najpogosteje imenujejo "huanlongbing", včasih tudi zelenenje citrusov.

Probioza in QS

V kratkem eseju nas revija Microbe opozori na objavo v julijski številki revije Applied and Environmental Microbiology, kjer avtorji Medellin-Pena ter sod. govorijo o možnosti interference probiotičnih bakterij z mehanizmom zaznave gostote (t. i. Quorum Sensing - QS) pri patogenih bakterijah.

Med raziskovalci probioze velja, da naj bi probiotični mikroorganizmi sodelovali v vzdrževanju eubioze, torej uravnoteženega prebavnega ekosistema in posledično v kontroli patogenih mikroorganizmov po več poteh. Izločali naj bi protimikrobne učinkovine, tekmovali za prehranske dejavnike, naseljevali vezalna mesta za patogene mikrobe na sluznici prebavil in vzpodbujali naj bi imunski odzov gostitelja.

Omenjena raziskava pa ponuja naslednjo novo možnost razlage preprečevanja naselitve patogenih bakterij, v konkretnem primeru enterohemoragične bakterije Escherichia coli (EHEC) s probiotično aktivno bakterijo Lactobacillus acidophilus  in sicer s pomočjo molekul, ki jih izloča slednja in ki naj bi bile bodisi inhibitor QS signala ali pa bi neposredno vstopale v transkripcijsko regulacijo patogena in bi motile njegovo sposobnost poselitve sluznice.

8 milijonov let stara bakterija raste

Kot poročajo iz Univerze Rutgers so iz različno starih vzorcev antarktičnega ledu uspeli izolirati številne mikroorganizme. Ena od mikrobnih vrst, ki so jo uspeli oživiti, naj bi izvirala celo iz vzorcev ledu starih 8 milijonov let. Komentatatorji opozarjajo, da je podatek treba presojati s pridržkom, saj je pri odvzemu materiala zelo težko preprečiti kontaminacijo z novodobnimi mikroorganizmi.

Šanghajska lestvica 2007

Zdaj pa vsi študenti ljubljanske Univerze in vsi njihovi navijači skok na >tale zapis.  

Gliva Pilobolus

Prav po slučaju sta se pretekli teden kar dva imenitna (in eminentna) blogerja lotila pripovedi o nenavadni glivi Pilobolus. Oglasil se je Elio Schaechter in predstavil zgodovinski dokument iz 19. stoletja z opisom te glive. Pisanje, ki človeka prevzame zaradi temeljitosti naravoslovnega opazovanja in izbranega jezika opisa o opazovanem. In oglasil se je z daljšim zapisom o tem organizmu Bora Zivkovic in dokazal, da je tudi v sodobnem tekstu mogoče na izjemno zanimiv način predstaviti mikroorganizem, ki je res posebnost tudi med glivami. Najprej zaradi niše, ki jo zaseda, najti jo je namreč mogoče na odležanem govejem blatu. In kako tja pride: po precej zanimivi in pustolovski poti. Iz micelija, ki se razvije na govejem iztrebku izrastejo sporangiofore z značilnim mešičkom s sporami. Mešiček se zaradi osmotsko aktivne vsebine napolni s tekočino in ko tlak v vrečki preseže njeno vzdržljivost, mešiček poči in izstreli lepljivo sporo v okolico, kjer se prilepi npr. na travne bilke. Govedo pri paši použije spore in... nadaljevanje si pa le preberite pri Bori, ki je to živahno pojasnil in tudi zgodbo učinkovito slikovno opremil.

Patogeneza gliv

Tokrat nam bloger Elio ponuja v branje članek o nevretenčarjih kot modelnih organizmih za preučevanje patogeneze gliv.

Cirkadialni cikel pri mikrobih

O kronobiologiji v mikrobiologiji sem že pisal. Bloger Coturnix nam znova ponuja obsežnejši tekst o cirkadialnih "urah" (s ponovitvami v 24 urah) pri mikroorganizmih.

Phoenix na poti proti Marsu

Danes (04. 08.) so iz floridskega izstrelišča Cape Canaveral proti Marsu uspešno izstrelili raketo Delta s pristajalnim modulom Phoenix Mars Lander. Modul je opremljen z orodjem za izkop talnih vzorcev vsaj iz globine pol metra, vzorce pa naj bi nato analizirali s vrsto instrumentov s katerimi želijo ugotoviti ali vsebujejo tla organske molekule.

Gorivna celica na celulolozo

Ali je kaj čudnega, če se celo biološke vede zadnje čase v povečanem obsegu ukvarjajo s problematiko energetske oskrbe človeštva. Naj po blogu bio.com povzamem citat prof. M. Regana iz Univerze Penn State: "Imamo mikrobne gorivne celice, ki jih poganjajo vse vrste bioloških razgradljivih materialov, vključno z glukozo, odpadnimi vodami in drugimi organskimi ostanki. S celulozo je malo težje; ne poznamo mikroorganizma, ki bi razgrajeval celulozo in bil istočasno sposoben reducirati anodo. To težavo skušamo zdaj premostiti z združevanjem mikrobov, ki znajo razgraditi/fermentirati celulozo in drugih, ki ob izkoriščanju fermentacijskih produktov prejšnjih, reducirajo anodo." Trenutno se Reganova skupina ukvarja z dvema anaerobnima mikroorganizmoma, celulolitično bakterijo, ki jo poznamo tudi iz vampa goveda in prebavil termitov Clostridium cellulolyticum in elektroaktivno bakterijo Geobacter sulfurreducens.

Scitalks

Marsikaj zanimivega boste našli tudi mikrobiologi, le poglejte sem.

Novost v genskem uravnavanju

Za gensko utišanje je na voljo več načinov, ki pa niso najbolj učinkoviti. Pri t. i. "knockout" metodi (postopek izbijanja genov) je učinek ugašanja nepovraten, ustavljalcev, kot so tetraciklini žal ni mogoče učinkovito nadzorovati in tudi izkoriščanje RNA interference ni povsem uspešno. Zdaj pa The Scientist povzema julijsko objavo v reviji Cell izpod perese J.J. Collinsa in sod., ki obeta novo orodje za uravnavanje izražanja genov in naj bi odpravilo dosedanje omejitve. Prepričan sem, da nam bo dr. Dolinar v svojem berljivem jeziku na svojem blogu predstavil podrobnosti članka, do katerega žal nimam spletnega dostopa.

Virus proti raku

Biomedicinski informacijski portal bio.com nas seznani z zanimivim kliničnim preskusom novega zdravljenja sarkoma. Zdravstvena ustanova in biotehnološha firma sta pri dveh pacientih zastavili klinični preskus z zdravilom Reolysin, ki pa ni, kot bi morda pričakovali kemoterapevtik, ampak živi virus, ki ubija kancerozne a je neškodljiv za normale celice.

iGEM2006 znova na TV Pika

Kot lahko beremo v današnji Delovi prilogi Znanost bo TV Pika 29. julija ob 16.00 ponovila oddajo iz serije Sadovi znanja v kateri se predstavljajo študenti ljubljanske Univerze (med osmimi udeleženci je bilo kar šest mikrobiologov(inj)), pod vodstvom svojega mentorja prof. dr. R. Jerale, ki so lani v ZDA zmagali na prestižnem mednarodnem tekmovanju mladih raziskovalcev iGEM 2006.

Genomika posamezne mikrobne celice

Znana in brez dvoma ena večjih omejitev v preučevanju mikrobnih ekosistemov je nemoč pri gojenju nekaterih mikroorganizmov ko posledično ne uspemo pridobiti potrebnih količin dednega materiala za genomske študije. Nedvomno molekularne metode, s katerimi dokazujemo celoto dednih naborov organizmov v ekosistemu in jih danes učinkovito uveljavlja metagenomika, pomembno premagujejo omenjeno težavo. Niso pa zanemarljivi alternativni pristopi in eden od teh je iniciativa določevanja genomov posameznih mikrobnih celic (angl. "Microbial Single Cell Genomics" - MSCG), s katero obidemo stopnjo gojitve mikrobih celic. V izvedbi izkoriščamo mikroskopske preparativne in nanotehnološke postopke. Upati je mogoče, da bo ta pristop omogočil, da iz podatkov funkcijske celovitosti, ki jo nudijo metagenomski podatki, izdvojimo prispevek, ki ga v ekosistemu imajo posamezne mikrobne vrste.

Nasilno proti evoluciji

V Združenih državah Amerike aktivnosti kreacionistov in protievolucionistov ne presegajo zgolj meje razumnosti, občasno sežejo celo preko meja zakonitega. Zaradi nedavnih resnih groženj posameznim študentom in učiteljem na Univerzi Kolorado v Boulderju išče policija nestrpneža, ki je trenutno sicer na begu.   

Prebavni mikrobiom vse bolj razburja

Mikrobna skupnost prebavil (zanjo se v zadnjem času v navezavi na molekularne metode njenega določanja uveljavlja pojem »mikrobiom«) postaja vse aktualnejši objekt raziskovanja, zahvaljujoč vedno novim vplivom, ki jih raziskovalci povezujejo z njo. Skupina na Univerzi v Readingu pod vodstvom prof. Glenna Gibsona npr. že nekaj let poskuša s spreminjanjem črevesne mikrobne združbe izboljšati zdravje avtistov za katere je znano, da njihovo stanje spremljajo pogoste prebavne motnje. Žal so nedavni klinični preskus morali predčasno prekiniti, vendar ne zaradi neučinkovitosti zdravljenja s probiotskim dodatkom ampak, nasprotno, zaradi tako značilnih pozitivnih učinkov v preskusni skupini, da starši otrok, ki bi naj po testnem protokolu v nadaljevanju raziskave prešli na dodajanje placeba, niso želeli preskusa nadaljevati. Profesor Gibson seveda načrtuje ponovitev preskusa.

Še več pozornosti je zbudilo več nedavnih objav iz skupine prof. J. I. Gordona, ki opozarjajo da določene mikrobne skupine črevesnega mikrobioma lahko pomembno vplivajo na telesno težo gostitelja oz. so udeležen dejavnik pri debelosti; ugotovitev, ki so jo najprej ugotovili pri preskusnih živali (>1; >2), zdaj pa potrdili tudi pri ljudeh ( >1; >2; >3).

Rezultati, ki presegajo doslej pričakovane, omogočajo napovedi, da bi z načrtnim poseganjem v prebavno mikrobno združbo, ko jo bomo bolje poznali, z dodajanjem ustreznih mikroorganizmov (probiotikov) ali z izboljšanjem pogojev za njihovo uveljavitev v prebavnem traktu (s prebiotiki) dosegli morebitne učinke v preventivi različnih presnovnih obolenj, tudi npr. pri sladkorni bolezni oz. v lajšanju težav pri kroničnih sistemskih obolenjih.

Metagenomics 2007

Priporočam vam, da preberete poročilo iz letošnje tretje konference Metagenomics 2007, ki ga je na svojem blogu pripravil J. A. Eisen. Govori o tretji mednarodni konferenci, ki je bila med 11. in 13. julijem na UC San Diego v La Jolli. In naj ponovim za avtorjem zapisa - metagenomika je simultano sekvenciranje genomov mikrobnih združb. Že iz Eisnovega poročila je čutiti močan poudarek metagenomiki humanega mikrobioma, ki je prevladoval na letošnji konferenci. Vsekakor poleg samega zapisa preberite še ponujene povezave k posameznim prispevkom s tega kongresa oz. do strani nastopajočih avtorjev. Zlasti si poglejte ponujeni webcast.

Naj se na tem mestu posujem s pepelom; podobne priložnosti, da bi na tem blogu poročal o mednarodnem simpoziju anaerobne mikrobiologije ISAM 2007, ki sem ga mimogrede sicer omenil, nisem izkoristil. Opravičilo: bil sem žal prisoten samo na manjšem delu nastopov. Upanje pa še vedno ostaja, da bodo organizatorji na sami simpozijski spletni strani objavili povzetek s kongresa, morebiti objavili abstrakte referatov in posterjev, ali pa celo objavili polne tekste referatov, za katere so jim avorji morda dali dovoljenja za objavo. V svetu je danes to vse bolj v rabi, se vam ne zdi?

Mikroblogologija

Dobri Moselio Schaechter nas v svojem včerajšnjem zapisu pod zanimivo skovanko "Microblogology" opozori na zanimiv video klip v avtorstvu Chris Condayan iz hiše ASM - prispevek za podcast v portalu MicrobeWorld. Ta video nas opozori na posebno skupino evkariontskih organizmov, namreč na mikrobiološke blogerje ali blogerske mikrobiologe. V kratkih predstavitvah nam nekateri bolj izpostavljeni mikroblogologi (nekaj za Domna!) pripovedujejo zakaj počno to kar počno in zakaj je to dobro v znanosti. Srečamo se z Johnom Logsdonom na blogu Sex, genes & evolution, z Jonathanom Badgerjem na T. taxus, z Valerijo na Yersinia blogu, z Larryjem Moranom na blogu Sandwalk, s Taro Smith na blogu Aetiology in seveda z M. Schaechterjem na blogu Smal Things Considered.

Live Earth

Prav ta trenutek povezuje svet akcija Live Earth s katero skušajo glasbeniki opozoriti na nasilje, ki ga človek povzroča klimi in preživetju življenja. Zmanjševanje biotske pestrosti je na to tesno vezana tema in čeprav današnje dogajanje ni edinstveno v zgodovini življenja na Zemlji, kar nam predstavlja tudi članek The Sixth Extinction, je za današnjo dramo mogoče v veliki meri kriviti človeka.

O nekoliko drugačnih oblikah življenja...

Ameriška agencija National Research Council podpira s sredstvi poleg raziskav in iskanja življenja zunaj našega planeta tudi razisave o nenavadnih ("weird") oblikah življenja, ki nas morda obdaja pa ga ne zaznavamo. Poročilo o projektu "The Limits of Organic Life in Planetary Systems" obravnava tudi take vidike zaznave življenja. Preberete ga lahko v polnem tekstu v zbirki portala The National Academies Press (NAP). Nekaj tega razmišljanja najdete tudi v članku Carla Zimemrja v reviji Discover.

Mimogrede, na portalu NAP boste v odprtem dostopu našli še marsikatero zanimivo  in koristno knjigo.

Wikipedijin mikrobiološki portal

Mikrobiologom, ki obvladate francoščino in zlasti onim, ki želite preveriti kakšen strokovni pojem v francoskem jeziku priporočam portal Wikipedije Portail Microbiologie. In seveda: geslo Louis Pasteur je gotovo na tem portalu zelo avtentično pričevanje o velikem Francozu.  

MikroRNA

MikroRNA (miRNA) so majhni delci  nekodirajoče RNA (21 do 23 nukleotidov v dolžino), ki jih najdemo pri živalih, rastlinah in virusih in urejajo izražanje genov tako da se "vmešavajo" v delovanje sporočilne RNA. Raziskovalci so odkrili pri sesalcih veliko število miRNA, vendar slabo poznamo in razumemo raven ekspresije in specifičnosti teh molekul (Melissa Lee Phillips). Zdaj so v reviji Cell objavili atlas eksprimirane sesalske miRNA pri čemer ugotavljajo, da je za veliko večino miRNA odgovornih sorazmerno malo miRNA genov in tudi da je le malo miRNA specifične za posamezna tkiva ali celične tipe.

Energetsko varčnejša proizvodnja piva

V reviji Ad Litteram (št. 16, 2007) iz INRA centra v francoskem Nantesu lahko preberemo o projetu MALTECO, ko skušajo zmanjšati porabo energije v proizvodnji slada, pomembne surovine v proizvodnji piva. Po slajenju, torej po kalitvi ječmena potrebujemo veliko energije za njegovo sušenje - do 1000 kWh na tono ječmena. Pri francoski letni proizvodnji slada pomeni to letno energetsko porabo 1,25 milijarde kWh! Projekt cilja na pomembno znižanje vlage v ječmenu, ko kalitev še ne bo prizadeta, kar bi omogočilo do 30% (!) zmanjšano porabo energije pri sušenju.

O biotehnologiji

Ena najvplivnejših revij, za katero z upravičenostjo lahko rečemo, da ustvarja svetovno javno mnenje je The New York Review of Books. V letošnji julijski številki ugledni ameriški fizik in matematik ter znanstveni guru Freeman Dyson objavlja pomemben članek na temo biotehnologije Our Biotech Future. Ker je članek dostopen v odprtem dostopu ga vsekakor preberite. (Hvala tudi Petru Subru za napotilo k članku.)

Mikrobna "transmutacija"

Članek v reviji Scientific American nam razkriva še eno radikalno potezo raziskovalcev Inštituta J. Craiga Venterja (JCVI), namreč "transmutacijo" (navajam pojem, kot ga uporablja članek) bakterije Mycoplasma mycoides. Celoto njenega genoma so očistili ev. pripetih proteinov in dodali gene za rezistenco na antibiotik tetraciklin ter gene zaradi katerih se bo gostiteljska celica obarvala modro za lažjo prepoznavo na gojišču. Temu genetskemu materialu so nato dodali celice sorodne bakterije Mycoplasma capricolum in suspenzijo za minuto premešali. Po triurni inkubaciji so dodali tetraciklin, tako da so preživele zgolj celice, ki so privzele genom M. mycoides in prenesli celice na trdno gojišče. Po treh dneh so zrasle velike modre kolonije, rezistentne na antibiotik. Približno vsaka 150.000-ča celica M. capricolum je privzela novo DNA in jo prenesla na hčerinske celice, ki niso več izražale DNA izvornega organizma gostiteljske M. capricolum, temveč so kazale celoto fenotipa bakterije M. mycoides. Vsekakor poskus cilja v pridobitev modela za oblikovanje funkcionalne celice s sintetičnim genomom, kar je eden bistvenih ciljev Venterjevega projekta, o čemer govori tudi dr. Dolinar v svojem blogu.

Mikrobi in fosilna goriva

Ena od iniciativ J. Craiga Venterja je tudi v Marylandu (ZDA) stacionirano podjetje Synthetic Genomics. Njegov direktor Ari Patrinos v intervjuju razkriva načrte za učinkovitejše zajemanje fosilnih goriv s pomočjo mikroorganizmov. Vsekakor je zanimiv podatek, ki ga navaja, da iz naftne vrtine z danes uporabljanimi postopki črpanja pridobimo le 50% nafte. Ta namreč v nahajališču zaostaja v obsežnih območjih zemeljskega matriksa. Ljudje zadnjih 30 do 40 let zaman iščejo rešitve kako povečati izplen s pomočjo mikroorganizmov. Prepričan je, da bodo z novimi metodami mikrobne genomike, ki jih uporabljajo pri Synthehtic Genomics, uspeli ta cilj doseči.

Slovenci in gobe

Današnja kolumna v Dnevnikovem Objektivu (30. 6. 2007) me je vzpodbudila, da sem malo pobrskal po slovenskem spletu za koristnimi povezavami za gobarske zanesenjake, za kakršne veljamo Slovenci. Nekaj prvih (čeprav skromnih...) informacij h geslu Gobe najdemo že na slovenski Wikipediji ( in potem še podrobneje >tukaj). Z iskalcem Najdi.si sem zelo hitro prišel do strani Gobarskega društva (GD) "Lisička" iz Maribora. Od tod je bila pot enostavna do spletov nekaterih drugih GD, hitro pa sem našel tudi povezavo do Uredbe o varstvu samoniklih gliv, ki je seveda za vsakega gobarja prvo in nujno napotilo za ukvarjanje s to ljubiteljsko dejavnostjo. Hitro je mogoče najti tudi zvezo z Mikološko zvezo Slovenije, ki je krovna organizacija gobarskega društvenega življenja in tudi od tod so utrte številne virtualne poti do lokalnih GD v Sloveniji in drugih tematskih povezav. Dobrodošli bodo komentarji z nasveti o drugih koristnih povezavah.  

Tudi letos na iGEM

Udeleženka lanskega, za slovensko ekipo zmagoslavnega iGEM 2006  (in tudi >tukaj), mikrobiologinja Alja Oblak mi je poslala pismo, ki ga objavljam v poglavitnem delu zaradi več zanimivih informacij v njem.

"...Rada bi vas namreč obvestila, da je bila izbrana nova ekipa, ki bo Slovenijo in s tem Univerzo v Ljubljani zastopala na tekmovanju iGEM 2007! Med člani ekipe sta tudi mikrobiolog četrtega letnika (Rok Gaber) in biotehnolog tretjega letnika (Marko Bitenc).

Na blogu prof. Dolinarja ( http://novebiologije.blogspot.com/, 4. maj 06) so navedeni tudi ostali člani ekipe, vsi pa so že pridno začeli z delom v laboratoriju za biotehnologijo (KI) in laboratorijih FKKT. 

"Štafetno palico" smo torej uspešno predali novi generaciji, a tudi našo lansko ekipo še čaka naloga. Med 24. in 26. junijem bo v Švici v Zurichu potekal tretji svetovni kongres iz sintezne biologije ( http://www.syntheticbiology3.ethz.ch/ ). Nas in ekipo London Imperial (prvo in drugo mesto na iGEM06) so namreč povabili, da še na kongresu predstavimo naše projekte.

V Sloveniji sintezna biologija kot kaže ne bo zamrla..."

Kaj naj dodam: da lanski ekipi iskreno čestitam za ponovno priznanje, ko so jih povabili na Kongres sintezne biologije v Švici in da bomo letošnji ekipi trdno držali pesti za čim boljšo uvrstitev na iGEM 2007!

WorldWideScience.org

Tudi bralcem tega bloga toplo priporočam spremljanje razvoja in uporabo pomembnega novega globalnega znanstvenega portala  WorldWideScience.org.

Mikrobiološki laboratorij

Zdaj so sicer počitnice in učni laboratoriji mirujejo, vendar na tem videu je mogoče videti, kako je, ko so študenti pri delu. Če bo kakšen radoveden kandidat študija mikrobiologije brskal po tem blogu, naj ve, da ga takšno praktično soočenje z laboratorijem zdaj čaka že v prvem letniku (prenovljenega bolonjskega) študija. Le zvočno ozadje ni tako intenzivno :-)  .

Bioplin na blogih

Kogar zanimajo aktualna vprašanja o energetski oskrbi človeštva s pomočjo bioenergije bo slej ko prej naletel tudi na teme o bioplinu. In tega se lotevajo tudi v številnih blogih; primer izpisa blogov na to temo najdete >tukaj, kogar pa zanimajo novice s tega področja pa jih bo našel >tukaj.

...pričenja ISAM 2007

Smo tik pred zdajci: jutri odpira vrata 5. mednarodni simpozij anaerobne mikrobiologije ISAM 2007 v organizaciji Oddelka za zootehniko Biotehniške fakultete UL na matični lokaciji oddelka v Grobljah (Rodica) pri Domžalah.  Po uvodnem predavanju dr. H. J. Flinta iz RRI (Rowett Research Institute) v Vel. Britaniji v četrtek, 21. 06.  2007 ob 8.00 zvečer bo preko 60 prijavljenih udeležencev prisluhnilo 32 referentom iz 12 držav in si ogledalo 22 predstavitev na posterjih od petka do nedelje opoldan.

Scintilla

Skupina revij Nature skrbno spremlja tudi razvoj novih medijev: korak v to smer je tudi nova zbirka  spletnih naslovov Scintilla. V zbirki bomo našli obsežen izbor vsebin iz znanstvenih blogov, revij in podatkovnih baz, ki jih lahko izbirate po svojem posebnem interesu. Za uporabo potrebujete registracijo, ki pa je brezplačna.

Mrzlica Q

Časniki nas v zadnjem času ponovljeno seznanjajo z okužbami z mrzlico Q pri ljudeh, ko so bili npr. z njo soočeni dijaki Srednje veterinarske šole in študenti Veterinarske fakultete UL, ki so se okužili pri praktičnem pouku na fakultetnem poskusnem posestvu na Vremščici (>1 in >2). O tem bodo govorili tudi na posvetu v torek,  19. 6. 2007 na Veterinarski fakulteti, kamor vabijo študente pa tudi druge, ki jih tematika zanima.

In kaj je mrzlica Q?  Je kužno obolenje živali, ki pa se prenaša tudi na človeka in velja torej za zoonozo. Povzroča jo bakterija Coxiella burnetii, občutljivi organizmi pa se z njo okužijo v stiku z okuženimi živalmi, kužnina pa se prenaša po zraku in s telesnimi izločki obolelih, prenašajo jo tudi klopi. Inkubacijska doba je od 9 do 40 dni; bakterija pa je zelo kužna, saj zadostuje za okužbo vsega nekaj celic (ali celo ena sama). Obolenje poteka pogosteje z gripoznimi simptomi, lahko pa preide tudi v resnejše zdravstveno stanje z jetrnimi, pljučnimi idr. komplikacijami.

Bratomorne bakterije

Na zanimiv način nam predstavi Schaechter pnevmokoke, namreč kot bratomorne bakterije. Bakterije Streptococcus pneumoniae proizvajajo bakteriocine in bakteriolizine s protimikrobnim učinkom ne zgolj proti tujim, ampak tudi proti lastni vrsti. Ta fenomen je vezan tudi s celično kompetenco; ubijalske celice so kompetentne torej lahko privzemajo ekstracelularno DNK medtem, ko so celice, ki podležejo, to  lastnost izgubile.

Razloge za ta fenomen odkrivajo nekatere nove raziskave npr., da pojav ni zgolj povezan s povečano možnostjo genske izmenjave, ampak zagotavlja tudi sproščanje virulenčnih dejavnikov in njihovo izmenjavo med virulentnimi sevi.

Patent za sintetično življenje

Revija Wired sporoča, da so raziskovalci Inštituta J. Craig Venter vložili patentno zahtevo za minimalni bakterijski genom, ki so ga v celoti sintetizirali v laboratoriju. Organizem naj bi pogojno dobil ime Mycoplasma laboratorium, zanj pa se je uveljavil tudi že vzdevek "Synthia". V patentni zahtevi naj bi zapisali da gre za:  "...minimalni nabor proteine kodirajočih genov, ki zagotavlja informacijo potrebno za podvajanje prosto živečega organizma v bogatem bakterijskem gojišču...".

Strokovni blogi

Ta spisek strokovnih (znanstvenih) blogov pa le preglejte, skoraj gotovo boste našli  kaj zanimivega zase!

O planktomicetah

Mikroorganizmi v deblu Planctomycetes so najbrž med večjimi posebneži v domeni Bacteria. Ne vsebujejo npr. peptidoglikana, ki je sicer univerzalno prisoten v bakterijski celični steni. Ob tem jim jedrni material ovija dvoslojna membrana, kar pa seveda ne pomeni, da gre za gradnjo jedra kot jo poznamo pri evkariontih. Zanimiv zapis o skupini nam je namenil Moselio Schaechter na svojem blogu.

O kužninah...

Različnim vidikom kužnine se posveča blog Epidemix.

Bakterije proti insektom

Agromikrobiologi iz ARS v Beltsvillu (ZDA) poročajo o odkritju nove vrste bakterije Chromobacterium subtsugae, katere toksini ubijajo koloradskega hrošča in tudi pomembno omejujejo rast še nekaterih drugih rastlinskih škodljivcev.

Genom C. botulinum

Raziskovalci na britanskem Wellcome Trust Sanger Institute v Cambridge-u so določili zaporedje genoma bakterije Clostridium botulinum, proizvajalke najmočnejšega znanega strupa, botulinus toksina ali botoksa in povzročiteljice botulizma. Bakterijo oz. njen toksin pogosto omenjajo tudi v scenarijih bioterorističnih napadov.

Ciljano proti ptičji gripi

Raziskovalci mednarodne skupine so pri ljudeh prebolevnikih izolirali protitelesa proti ptičji gripi. Omenjajo, da lahko tudi in vitro gojijo celice, ki proizvajajo ta protitelesa, tako da bi bila izvedljiva tudi njihova proizvodnja v večjih količinah, kar bi omogočila tudi pasivno zaščito ogroženih ali obolelih.  

Genom J. D. Watsona

Prečitan je genski zapis dednine dr. Jamesa D. Watsona, edinega še živega odkritelja strukture DNA. Po mnenju nekaterih odpira ta dogodek obdobje izdelave osebnih genomskih kart, ki naj bi predvsem podprle učinkovitost osebne medicinske obravnave. Firma 454 Life Sciences, ki izdeluje zmogljive naprave za določanje genskega zaporedja, na kakršni je bil "prečitan" tudi omenjeni genom, je potrebovala za njegovo pripravo dve meseca ob strošku manjšem kot 1 milijon dolarjev. Podatek nam predstavlja tudi presenetljiv napredek, ki ga je tehnologija določanja zaporedja (sekven(c)iranja) doživela v zadnjih letih. Spomnili se bomo, da je prvi človekov genom bil pripravljen leta 2003 po 13 letih dela in ob nepredstavljivem strošku ca. 3 milijarde dolarjev. Kot navajajo razvijalci nove opreme bo že v kratkem času na opremi, ki je na voljo, mogoče strošek znižati na vsega 100.000 US$ za posamezen genom človeka. V nekaj prihodnjih letih bi lahko dosegli stroškovni prag 10.000 US$, kar bi že bilo sprejemljivo za redno vključevanje genetskega zaporedja v presoje zdravstvenega stanja pacientov.

Kot zanimivost velja povedati, da je skoraj istočasno kot Watsonov genom v bazo GenBank (ki deluje v odprtem dostopu) bil odložen tudi genom dr. J. Craiga Venterja, enega od raziskovalcev, ki je bistveno prispeval pri pripravi prve humane genske karte. In v prihodnje načrtujejo pripravo genskih kart še nekaterih uglednih raziskovalcev in tudi ljudi, katerih genski zapisi bi bili zanimivi za medicinska raziskovanja.

miRNA v algah

Doselj je veljalo, da najdemo microRNA zgolj pri večceličnih organizmih. Najnovejše ugotovitve spreminjajo to predpostavko.

Izpit je lahko tudi tak

Tole bo najbrž zanimalo tudi mikrobiologe & biotehnologe.

Laboratorijski dnevnik

Uvodničar revije Nature utemeljeno zagovarja prakso laboratorijskega dnevnika. Razumljiva je obveza dnevnika v koncesioniranih in akreditiranih laboratorijih. Vendar je dnevnik nuja v vsakem raziskovalnem laboratoriju, saj je to najboljša zaščita pred ugovori o nekorektnosti raziskovalnih postopkov. Zagotavljajo možnost uveljavljanja prednostnih sklicev v patentih pravdah. In so najučinkovitejša in najmanj vpadljiva uveljavitev pravic iz soavtorstva raziskovalnih objav. Sodobna digitalna tehnike je uveljavila laboratorijske e-dnevnike, ki prinašajo številne prednosti v primerjavi s klasičnim papirnim dokumentom.

Globalno segrevanje

Bela hiša bo na junijskem zasedanju najrazvitejših svetovnih gospodarstev G8 v točki reševanja globalne klime najverjetneje zavrnila predlog, v katerem A. Merkel v imenu EU ter ob soglasju Japonske predlaga 50% zmanjšanje toplogrednih plinov do leta 2050.

In kot beremo v USA Today so mikrobiologi na pravkar končanem kongresu ASM v Torontu opozorili, da klimatske spremembe zaradi vplivov na prihodnje razširjanje infektivnih bolezni sprožajo resno zaskrbljenost med strokovnjaki.

Jezikoslovci, na pomoč

Bralce prosim za nasvet oz. pomoč. Po spletu sem iskal slovensko rabo za angl. pojem "biodiversity".

Za angleške pojme mi je iskanje z Googlom ponudilo:

"biodiversity": 29.300.000 zadetkov
"biological diversity": 1.280.000 zadetkov
"biotic diversity": 106.000 zadetkov

Iskanje z Najdi si. mi je dalo rezultat:

"biodiverziteta": 553 zadetkov
"bioraznolikost": 12 zadetkov
"bioraznovrstnost" in "biorazličnost": vsaka po 7 zadetkov
"biotska raznovrstnost": 12.828 zadetkov
"biotska raznolikost": 280 zadetkov
"biotska različnost": 37 zadetkov
"biotična raznovrstnost": 15 zadetkov
"biotična raznolikost": 5 zadetkov
"biotična različnost": brez zadetkov
"biološka raznovrstnost": 1.099 zadetkov
"biološka raznolikost": 356 zadetkov
"biološka različnost": 61 zadetkov

SSKJ (slovar slovenskega knjižnega jezika) ima pojem "biotičen", nima pa pojma "biotski".
SP (slovenski pravopis) 2001 ima oba pojma, daje pa prednost pojmu "biotičen".
Še morda koristen podatek: slovenska Wikipedija obdeluje pojem pod "biodiverziteta", kamor preusmerja tudi pojem "biotska raznolikost".

In zdaj sem v zadregi: ob prevladujoči rabi "biotska raznovrstnost", kot jo izdaja splet, ta ni povsem v skladu s priporočilom SP 2001 pa tudi sicer je družina pojmov zares pestra in uporabnika bega. Na pomoč!

P.S.: (Če bralci lahko svetujete jezikoslovca, ki bi se bil pripravljen vključiti v razpravo, vas prosim, da mu posredujete tole vprašanje.)

Granatno jabolko

Granatno jabolko (Punica granatum) je sicer znano med gurmani, zdaj pa so ugotovili, da imata sok granatnega jabolka in njegov polifenolni ekstrakt protivirusni in protibakterijski učinek. Na zdravje torej!

Bojmo se soli

Prebitek soli v prehrani poslej ne bo zgolj dejavnik rizika pri krvožilnih obolenjih ampak tudi pri želodčnih težavah. Raziskovalci so namreč ugotovili, da povečana koncentracija soli v želodcu kot kaže inducira delovanje genov pri bakteriji Helicobacter pylori, povzročiteljici želodčnega ulkusa.

Iščemo zastonjski članek

Tole simpatično zgodbo blogerske kolegice-mikrobiologinje, kako jo je izkušnja mladega zdravnika splošne prakse, ki je iskal zastonjski strokovni članek, izzvala da se je nato naloge lotila še sama, vam pa moram posredovati. Začenja zelo splošno(1): s PubMed in z Googlom, nadaljuje sicer tudi s PubMed nekoliko bolj poglobljeno(2) in končuje z rafiniranim(3) iskanjem v PubMedu. In velja prebrati tudi vse komentarje!     

Scientoskop

Dva mlada študenta naravoslovja sta se pod geslom "Velika odkritja in male bizarnosti iz sveta znanosti (ter drugi pojavi na planetu Zemlja)" odločila za pripravljanje bloga z imenom Scientoskop. Prvi zapisi so zelo zanimivi in obetavni. Naj jima zavzetost ne pojenja prehitro! Skupnost slovenskih "strokovnih blogerjev" se torej krepi.

Nov blog v Exploratorium

Mary K. Miller je publicistka in ponudnica Webcast gostiteljske platforme Exploratorium. Pričela je pisati nov blog The Accidental Scientist, ki bo posvečen predstavljanju pristopov in metod s katerimi znanstveniki raziskujejo svet.

Mycologia o filogeniji gliv

Res škoda, da revija Mycologia ni v odprtem dostopu, saj bo številka November/December 2006, vol. 98  zlasti za vse preučevalce gliv postala ključni priročnik. Predstavlja petletni raziskovalni projekt "Deep Hypha" v katerem je sodelovalo več kot 100 sistematikov gliv in oblikovalo filogenijo kraljestva gliv, ki smo jo v takšni poglobljeni in sodobni obdelavi dolgo pogrešali. 

Antibiotiki od zdavnaj

Moselio Schaechter nas v svojem blogu Small Things Considered želi obzirno opozoriti, da insekti uporabljajo antibiotike v kontroli mikroorganizmov že 50 milijonov let, torej precej dlje kot to uspeva najrazvitejši skupini med sesalci.

Razširjanje virusov v telesu

Kot kaže, bo treba ponovno preučiti načine razširjanja virusov v telesu in povezanost transporta ter patogeneze zlasti pri virusih z afiniteto za celice centralnega živčnega sistema (CŽS), ko je to primer z virusom stekline ali virusi herpesa. Veljalo je, da je potreben poseben protein, s katerim se virus pritrdi na celično transportno sprego, ki ga prenese v CŽS in doslej so verjeli, da ima to vlogo protein LC8. Raziskave prof. Matthiasa Schnella in sodelavcev iz Jefferson Medical College-a Univerze Thomas Jefferson iz Philadelphije (ZDA) pa kažejo drugače. Zlovešči protein naj bi ne imel vloge v transportu virusa, ampak je povezan kot transkripcijski faktor v njegovi reprodukciji. Primerjali so obnašanje virusa v povezavi z LC8 proteinom in brez te povezave; v obeh primerih je sicer virus inficiral možgane, vendar nepovezani virus ni povzročil obolenja. Torej bo zdaj treba najti novo razlago za transport virusa v telesu.

EOL - The Encyclopedia of Life

Obeta se nam nov kapitalni spletni enciklopedijski projekt, v katerem naj bi katalogizirali vse znane oz. poimenovane biološke vrste, po današnjih podatkih 1,8 milijona. Projekt z imenoma The Encyclopedia of Life - EOL naj bi deloval po principih odprtega dostopa, kot Wikipedia, idejni oče je znani ekolog iz Harvarda E.O. Wilson, organizatorji pa so številne ugledne ustanove znanja. Nekaj koristnih info in napotkov za uporabo najdete tudi >tukaj.

Nenavaden bakterijski genom

Korejski in švedski raziskovalci so v nedavno mapiranem genu rikecije Orientia tsutsugamushi (prej imenovana  Rickettsia tsutsugamushi), povzročiteljice ene od oblik tifusnega obolenja, ki ga prenašajo insekti, odkrili močno povečano število podvojenih genskih sekvenc, kar je za prokariontske genome zelo nenavadno. V članku v reviji PNAS poročajo, da ima preučevana bakterija tudi dvestokrat večjo podvojenost genetskih zaporedij kot bližnja sorodnica Rickettsia prowazekii, tudi povzročiteljica tifusa.  

Bakterije iz asfalta

Raziskovalci kalifornijske univerze UC Riverside so v naravnih nahajališčih asfalta Rancho La Brea našli več kot 200 novih bakterijskih vrst. Najdba jih je po svoje presenetila, saj velja asfalt kot izrazito življenju neprijazno okolje (več o asfaltu >tukaj). Ob tem te bakterije lahko preživijo v mešanici težkih olj katranskega tipa brez vode in z malo ali brez kisika. Seveda predstavljajo ti mikroorganizmi in njihovi encimi izziv za iskanje številnih biotehnoloških rešitev: za uporabo v bioremediacijskih postopkih pri odstranjevanju naftnih razlitij, v razvoju biogoriv kot alternativne energetske opcije, v podpori izkoriščanja naftnih virov iz težko dostopnih fosilnih zalog in tudi v biomedicinskih raziskavah pri iskanju novih zdravil.

Metagenomika telesne poseljenosti z mikroorganizmi

Kožo in sluznice človeka naseljuje desetkrat več mikrobnih celic, kot je lastnih telesnih celic. Pri tem je mikrobna prisotnost povezana s pomembnimi funkcijami gostiteljevega organizma, ne nazadnje mikrobi pomembno sodelujejo pri prebavi hrane in v zaščiti telesa pred patogenimi mikroorganizmi, povezujejo pa jih tudi z nekaterimi neinfektivnimi obolenji. Le kakšen procent teh naseljencev na in v telesu nam je doslej uspelo tudi gojiti in ustrezno preučiti. Sedaj pa nam v pomoč prihaja metagenomika, postopek, ki med drugim omogoča analizo mikrobnega genoma brez predhodnega namnoževanja mikroorganizma. Ameriški nacionalni zdravstveni inštituti (NIH) zdaj načrtujejo t. i. projekt humanega mikrobioma, ki ga nekateri v obsežnosti, predvsem pa v pomenu primerjajo kar s humanim genomskim projektom.