Preiskovanje bioloških podatkovnih zbirk

D. Yvonne Jones nam v svojem članku, objavljenem v reviji ISTL (Issues in Science and Technology Librarianship) ponuja izkušnjo o učinkovitosti preiskovanja pomembnejših bioloških podatkovnih baz. Nasvet je uporaben  zlasti, če ni na voljo kompleksnejšega vira indeksiranih objav oz. profesionalnega servisa za rešerširanje. Uporabila je nekatere pogostejše baze, ki so tudi spletno dostopne (nekatere morda ob potrebni začasni registraciji!): ArticleFirst, BasicBIOSIS, Google Scholar, ECO, HighWire, MEDLINE,  ProQuest, SciFinder Scholar, WilsonWeb in  jih primerjala z iskanjem v BIOSIS Previews za katero je predpostavila, da je najrelevantnejša, ker gre za komercialno bazo iz hiše Thomson. Za iskalno strategijo priporoča preiskovanje z bazo Article First, dopolnjeno z ECO ali HighWire, dodatno pa s SciFinder Scholar, ki dodaja pomembne zadetke (zlasti ko gre za kemijske podatke). Presenetljivo učinkovito je bilo iskanje z Google Scholar servisom, ki je tudi prikazal največ člankov, ki jih ni zajelo preiskovanje BIOSIS baze.

Čudovito...

Tale slika je izjemna; mimogrede: je letošnja zmagovalka tekmovanja, ki ga vsako leto razpisuje WildBird Magazine.

O inteligentnem načrtu

O inteligentnem načrtu (o posebni obliki oživljanja kreacionističnega nauka), ste lahko tokrat prebrali tudi v Sobotni prilogi časnika Delo (članek Smisel smisla smislu smisla izpod peresa Uroša Škerla, 24. 12. 2005). Inteligentni načrt – ID ( po angleškem Intelligent Design) doživlja trenutno v ZDA pravi razcvet in to kot v posmeh v letu, v katerem je ugledna revija Science razglasila kot vrhunski dosežek v znanosti prav napredek v Darwinovem evolucijskem nauku. K sreči je v decembrskih dneh sodna oblast v primeru zahteve šolskih oblasti v kraju Dover (država Pennsilvanija), zavrnila, da bi ob pouku evolucijskega nauka učence učili tudi o ID, saj gre po mnenju sodnika Johna Jonesa III za versko motiviran nauk in ne za znanost. Priporočam pa, da na spletni stran Ayn Rand Institute-a prisluhnete predavanju Keith Lockitcha: Creationism in Camouflage: The "Intelligent Design" Deception (RealAudio® ali Windows Media® Audio).

Vse o gripi

Januarska (2006) številka revije Emerging Infectious Diseases Journal, ki jo izdaja ameriški CDC, je skoraj v celoti namenjena gripi in virusom gripe. Zelo dobrodošlo!  

Prijetne praznike želim

Naj bo današnji vpis namenjen eni sami stvari, namreč dobrim željam. Da svojim  zvestim bralcem zaželim vesel Božič in prijeten skok v novo leto 2006. In da bomo skladni z  blogovsko navado, naj bo kot priporočena božična povezava >tale in za Novo leto >tale.  

Še enkrat o vakcini proti antraksu

Na University of Central Florida v ZDA so v laboratoriju prof. dr. Henryja Daniella uspeli pripraviti učinkovito in varno vakcino proti antraksu, ki so jo pridobili v gensko spremenjeni tobakovi rastlini. S to vakcino je uspelo zavarovati miši, da so nato preživele umetno infekcijo z letalno dozo povzročiteljev antraksa. Ne zgolj varnost vakcine, tudi učinkovitost njene priprave je obetavna stran novega načina proizvodnje. Na enem hektaru bi bilo mogoče pridelati do 900 milijonov doz vakcine. V Daniellovi skupini so vakcinalni gen vnesli v genom kloroplastov tobakove rastline. Po nekajtedenski rasti spremenjene rastline v laboratoriju so izolirali vakcino in jo injicirali mišim. V laboratorijih National Institutes of Health so nato okužili miške z nekajkratno smrtno dozo virulentnih bakterij Bacillus anthracis  in živali so preživele.

Koncept se bistveno razlikuje od nekega drugega poskusa, ki so ga letos predstavili na kongresu Ameriškega mikrobiološkega društva in ki tudi temelji na rastlini kot proizvajalcu zdravila. Dr. Les Baillie iz University of Maryland Biotechnology Institute je v medinštitutski raziskavi predstavil pripravo t. i. »rastlinskih protiteles« (angl. »plantibodies«). V Bailliejevi skupini so najprej izbrali humane celice, ki pri cepljenih ljudeh, zaščitenih proti antraksu, proizvajajo zaščitna protitelesa. Nato so gene, ki kodirajo nastanek protiteles prenesli v rastlinske celice. Zaščitna protitelesa so zdaj proizvedle rastline – iz listov so jih nato izolirali in preskusili njihovo zaščitno moč na poskusnih miših. Protitelesa iz rastlin so bila enako učinkovita kot humana protitelesa imuniziranih ljudi. Takšna protitelesa lahko uporabimo preventivno pred infekcijo ali pa po infekciji kot zdravilo.

Vlaknina ne varuje pred rakom

Pojavili so se dvomi v splošno prepričanje, da vključevanje vlaknine v živila zmanjšuje riziko raka na debelem črevesu. Meta študija opravljena na Harvard School of Public Health, v kateri so analizirali 13 predhodnih študij s preko 725.000 vključenimi obeh spolov je pokazala, da ta trditev ne drži.  

Metanogeneza na Marsu?

Zanimive najdbe o prisotnosti metana v atmosferi Marsa omogočajo tudi sum o njegovem nastanku v bioloških procesih. Vulkanski, torej geološki izvor metana naj bi spremljala tudi večja koncentracija žveplovega dioksida, če povzamemo pojave na Zemlji. Evropska vesoljska sonda Mars Express je na Marsu ugotovila območja z velikim deležem metan v atmosferi in ta metan bi naj bil sprotnega, torej nedavnega izvora saj sončna svetloba povzroča njegovo razpadanje. To najdbo potrjujejo tudi preiskave z infrardečim teleskopom na Havajih in v Čilu. Istočasno pa s spektroskopskimi raziskavami marsove atmosfere Vladimir Krasnopolsky na University of America v Washington ni mogel ugotoviti žveplovega dioksida na Marsu. Seveda raziskovalci tega še ne morejo uporabiti kot dokaz biogenega izvora metana, pa vendar je možnost, da je v ozadju najdb mikrobno dogajanje veliko bližja. Zlasti še ker tudi najnovejše najdbe metanogenih organizmov v izjemno neprijaznih zemeljskih okoljih podpirajo tako tezo. Tako je Buford Price iz University of California v Berkeleyju našel žive metanogene mikroorganizme v ledu na Grenlandu v globini treh kilometrov, pri čemer je bila na mestu vzorčenja koncentracija metana značilno višja kot v manjši globinah. Pogoje primerljive tem bi bilo povsem mogoče najti tudi na Marsu. Drug primer izolacije metanogenov iz ekstremnih okolij na Zemlji, ki omogočajo primerjavo s pogoji na Marsu pa je uspel skupini Timothyja Krala iz University of Arkansas, ko so našli metanogene arheje v globinskih talnih vzorcih v puščavi v Utahu.      

Pasji genom

Ta teden smo dobili natančen zemljevid genoma psa, tega najzvestejšega človekovega spremljevalca. Izjemna pasemska pestrost, ki odlikuje to živalsko vrsto, bo omogočila, kot pravi prof. Eric Lander iz MIT in Harvarda, enkratno možnost za razumevanje embrionalnega razvoja, nevrobiologije, človeških bolezni in temeljev evolucije. In kljub strošku približno 30 milijonov dolarjev, kolikor je stal projekt, je sekvenčna podatkovna baza, dostopna v odprtem dostopu na več mestih: tukaj, tukaj, tukaj, tukaj in tudi tukaj.  

ASM novice

Iz spletnih novic ASM Weekly Newsdigest povzemam nekaj zanimivosti:
Na Univerzi Texas v Austinu so razvili novo protitelo, učinkovito proti Bacillus anthracis. V poskusih je uspelo poskusne živali zaščititi tudi proti inhalacijskemu antraksu, najresnejši obliki infekcije s to bakterijo.
Raziskovalci na  North Carolina State University College so odkrili v ostrigah nov peptidni antibiotik iz skupine defenzinov.
Kot kaže so v Gabonu odkrili naravni rezervoar smrtonosnega virusa Ebola. To  naj bi bili rastlinojedi netopirji (ti se pretežno prehranjujejo s sadjem) in virus naj v njih ne bi bil trajno prisoten.
Odločitev avtralske firme CSL Ltd, da preneha z izdelavo vakcine proti Q-mrzlici, je naletela na hude kritike v strokovnih krogih. Tudi zato, ker so povzročitelji Q-mrzlice na spisku klic, ki jih potencialno lahko uporabijo bioteroristi.
Iz Howard Hughes Medical Institute (HHMI) sporočajo, da so odkrili gen, ki omogoča mikobakterijam (povzročiteljem tuberkuloze in gobavosti) ustvarjanje biofilmov, kar jim omogoča učinkovito izogibanje pred protimikrobnimi sredstvi.

SDVD

Izkoriščam bralce bloga, zlasti tiste med njimi, ki se ukvarjate z visokošolskim poučevanjem, za aktualno sporočilo:
 
Slovensko društvo za visokošolsko didaktiko (SDVD) organizira zanimivo študijsko srečanje na aktualno temo problemsko naravnanega pouka. Pridite na srečanje (in morda vas zamika tudi, da se včlanite se v naše društvo).
 
Vse pomembne informacije o društvu in napovedanem sestanku najdete na spletni strani: http://www.bfro.uni-lj.si/gost/sdvd/, tako da sledite svežim novicam. 
 

Študij v tujini

Vsem, ki vas zanima študij v tujini velja >tole obvestilo

"Živa kamera"

Dr. Matjaž Barborič, sicer naše gore mikrobiološki list, ki zdaj čast slovenske šole uspešno brani na kalifornijski Univerzi v San Franciscu (UCSF) v laboratorijih prof. dr. Matije Peterlina, me je opozoril na zanimivo sporočilo, ki prihaja iz Voightovih laboratorijev  na UCSF.

Tam so razvili nenavadno obliko fotografskega materiala. Za ta nenavaden »film« so pripravili tanko plast bakterij Escherichia coli, ki vzbujene s svetlobo spremenijo na svetlobo občutljivo sestavino v gojišču. Sicer je potrebno precej zamudno izpostavljanje svetlobi (do 4 ure), doseči pa je mogoče zelo spoštljivo ločljivost 15 megapikslov na kvadratni centimeter.  Nedvomno gre za zanimivo napoved prihodnje uporabe v biosenzorski tehnologiji. Rekli boste,  kako pa je mogoče s svetlobo aktivirati bakterije, za katere vemo, da se naravno ne odzivajo na svetlobo. Seveda je v poskusu bil uporabljen poseben, gensko spremenjen sev E. coli, v katerega so vnesli gene iz fotosinteznih modrozelenih alg. Svetloba sproži kaskado vzbujenih genov; prvi gen kodira protein občutljiv za rdečo barvo. Ta protein nato »ugasne« ekspresijo drugega gena, kar pa izzove spremembo v gojišče dodanega indikatorja v črno barvo – dobimo sicer monokromno sliko. Kogar zanima poskus lahko »posneto sliko« najde na strani New Scientista, tisti, ki imate dostop do revije Nature pa lahko o tem preberete v njeni zadnji številki.  

Gensko spremenjeni organizmi

Nekateri se boste morda še spomnili razburjenja, ki ga je leta 1999 v Veliki Britaniji povzročil škotski prehranski biokemik dr. Arpad Pusztai, ko je na TV spregovoril o svojih eksperimentih z gensko spremenjenim (GS) krompirjem, ki naj bi pokazal pri poskusnih miših toksično delovanje. Današnji status raziskav v segmentu GS organizmov in tudi prikaz tržnega stanja je zbran v posebni bibliografiji revije New Scientist. Izčrpno spletno stran o rastlinski transgenezi najdete na strani Transgenic Crops. Tudi v blogih najdemo obravnavo GS organizmov: GM Africa Blog, Friends of the earth international's gmo blog, Sustainable Table Blog, Greenpeace Weblog, Forest Conservation Blog.

Magnetosomi in citoskelet

V zadnjem času se kopičijo podatki o pomenu citoskeletnih struktur tudi v prokariontskih celicah, o čemer je bilo doslej zanemarljivo malo podatkov. Pomembne nove podatke o tem prinašajo raziskave na inštitutu za morsko mikrobiologijo Max Planck v nemškem Bremnu in sicer o lokaciji t. i. magnetosomov - specifičnih vključkov železa s katerimi se nekatere bakterije lahko orientirajo v magnetnem polju. Magnetotaktične bakterije, kot jim pravimo, se lahko tako gibajo v odvisnosti od zemeljskega magnetnega polja, doslej pa ni bilo jasno, kako se magnetni mešički razporejajo v celici v značilni linijski razvrstitvi. To naj bi zdaj pojasnila najdena nitasta citoskeletna struktura vzdolž katere se razporejajo biomineralizirani, v vezikle ujeti kristali magnetita.

Nature Genetics weblog

Založniška hiša Nature nadaljuje svojo tradicijo posodabljanja svojega stika z bralci. Temu je namenjen tudi novi blog Free Association, ki naj bi podprl revijo Nature Genetics, predvsem pa naj bi olajšal stik avtorjev in bralcev z uredništvom revije.    

Wikiomics

Nova spletna aplikacija Wikiomics obeta, da bo koristila vsem, ki bi se radi seznanjali z dogajanjem v vse aktualnejšem področju bioinformatike. Temelji na uporabi orodja wiki, če še nekaj veste kaj je wiki pa boste tudi to lahko prebrali v uvodu tega novega spleta.  

Rekorderji v majhnosti

Bakterije iz skupine Pelagibacter so po prepričanju nekaterih najštevilčnejše bakterije sveta. Prvič je na njihovo prisotnost v devetdesetih letih opozorila najdba značilnih ribosomalnih RNK genov v vzorcih vode v Sargaškem morju; začasno so jih poimenovali kot SAR11. Izolacija teh bakterij je uspela v letu 2002 in izkazalo se je, da so pomembna sestavina morskega bakterioplanktona, da so med najmanjšimi znanimi bakterijskimi celicami (premer celice med 0.12 in 0.20 µm) z verjetno tudi enim najmanjših genetskih naborov. Genom prvega izolata naj bi imel vsega 1,354 genov. Izolat je razvrščen v razred alfa proteobakterij, red Rickettsiales in rod Pelagibacter  kot kandidatna vrsta Pelagibacter ubique. Te bakterije so sicer fotosintezni organizmi, svetlobe pa ne izkoriščajo s pomočjo klorofila ampak uporabljajo retinal, ki ga najdemo pri živalih in tudi pri človeku v očeh za zaznavanje svetlobe.

British Council na BF

Cilj včerajšnje predstavitve dveh britanskih univerz: Univerze Essex in Univerze Wolverhampton v Biološkem središču UL, ki naj bi seznanil naš prostor z njihovimi okolijskimi in biotehnološkimi študijskimi programi, je bil brez dvoma dosežen. Najbrž so tako lahko zlasti presodili pri prireditelju, slovenskem British Councilu, saj je na prireditev, čeprav je bil petek, prišlo kar precej študentov. Žal pa se je izkazalo, da učitelji naše fakultete za dogodek skoraj niso vedeli. Pa bi morda prav zaradi zanimive okrogle mize v nadaljevanju, ko so štiri slovenske bivše študentke podiplomskih študijev, ki so jih obiskovale v Veliki Britaniji, povedale veliko tega, kar razkriva uspešnost anglosaškega študijskega sistema v svetu in bi bilo koristno tudi za naše učitelje. Ne glede na to, da je bilo v pogovoru sicer ves čas čutiti rahel promocijski nadih, je vendarle pričevanje o izraziti skrbi britanskih organizatorjev študijev za študenta pustilo močan vtis.

Vsekakor velja pohvaliti živahno prisotnost British Councila pri nas, na njihovem spletu boste ob koristnih povezavah do obsežne informacijske baze o študiju v Veliki Britaniji našli tudi tekoča obvestila (nanje se lahko tudi naročite in jih boste prejemali na elektronski naslov) o njihovih drugih aktualnih prireditvah v Sloveniji – v novembru jih bo vsaj še pet.

Prioni v mlečni žlezi

Kot povzema avstrijski spletni forum Science ORF.at članek v Nature medicine, so švicarski in italijanski raziskovalci dokazali prione, povzročitelje praskavca (angl. Scrapie), v mlečni žlezi ovac, ki so istočasno obolele tudi za mastitisom, vnetjem mlečne žleze. To seveda opravičuje sum, da so morda prioni bili prisotni tudi v mleku, kjer pa jih doslej niso uspeli dokazati. Najdba bo seveda na eni strani sprožila intenzivno nadaljevanje raziskav o poteh izločanja prionov iz telesa, na drugi strani pa bo povečala zaskrbljenost med ljudmi saj gre za povzročitelje obolenj iz skupine, kamor uvrščamo tudi povzročitelje obolenja BSE pri govedu in zaradi katerih naj bi se pri ljudeh po okužbi z govejim mesom razvila t. i. variantna Creutzfeldt-Jakobovo bolezen (vCJD). Več o prionih lahko preberete ->tukaj, ->tukaj, ->tukaj, ->tukaj in ->tukaj.

Iskalec iSpecies

Na spletu smo »biološko obremenjeni« morda dočakali naslednje zelo koristno, rekel bi kar izjemno orodje za zbiranje aktualnih informacij. Zlasti bo všeč vsem, ki so kakorkoli povezani s sistematično biologijo. Profesor Rod Page, iz DEEB, IBLS na Univerzi v Glasgowu (mimogrede, tudi urednik revije Systematic Biology) je oblikoval posebno iskalno orodje iSpecies, ki naj bi izpolnilo idejo E.O.Wilsona o posebni spletni strani za vsako biološko vrsto. Mikrobiologi: preprosto prikličite vstopno stran iSpecies in vpišite v okence Escherichia coli – presenečeni boste! Če želite prebrati tudi prve odmeve na novo pridobitev lahko pokukate na spletni forum TAXACOM, za sprotno spremljanje dogajanja okoli novega iskalca pa priporočljivo slediti namenskemu blogu iSpecies. Tam boste našli tudi povezave do prvih komentarjev drugih blogarjev.

Ebola

Ebola velja za eno najbolj strašljivih bolezni, tako zaradi poteka in izjemno velike smrtnosti, ki praviloma presega 80%. Nekatere že znane informacije pa tudi nekaj o novih raziskavah te bolezni najdete na spletni strani, ki jo ponuja PLoS Biology.

Še ena na temo ptičje gripe

Kolega študent me je opozoril na slovenski povzetek članka dr. L. Horowitza na temo ptičje gripe, ki naj bi krožil po slovenskem medmrežju. Slovenski tekst, kot mi ga je posredoval študent lahko najdete tudi >tukaj, vendar svetujem, da raje preberete originalni angleški prispevek, ne nazadnje ker je izčrpnejši. Vsekakor pa priporočam tudi, da istočasno na spletu poiščete kakšno informacijo o dr. Leonardu Horowitzu, avtorju članka in v ZDA zelo znanem kritiku globalizacijskih in hegemonističnih pojavov v ameriški družbi in državi, predvsem takih, ki zadevajo javno zdravstvo. Šele, ko boste prebrali nekaj mnenj avtorja tega članka in nasprotujočih mnenj njegovih kritikov, si boste postopoma lahko ustvarili lastno sliko... Ne dvomim, da boste ustrezno kritični do vsega, predvsem do podatkov, ki so pogosto predpostavke, nedokazane trditve in izzivalni ter zanimivi miselni konstrukti. Slej ko prej se boste najbrž znašli na stališču, da je dejanskost nekje vmes, težko določljiva in obremenjena z različnostjo interesov vseh strani.

Dobri holesterol in infekcije

Da t. i. »dobri holesterol« (HDL) pomembno sodeluje pri obrambi telesa pred protozoarnimi infekcijami so sumili že dolgo. Zdaj pa so raziskovalci na Marine Biological Laboratory (MBL) odkrili, da humani HDL sodeluje pri sestavljanju dveh proteinov - apolipoproteina L-1 (apo L-1) in haptoglobinu sorodnega proteina (Hpr) - v učinkovito protimikrobno učinkovino.

DNK vakcina proti ptičji gripi

Po Bio.com in ScienceDaily povzemam priporočilo, da bi bilo mogoče proti ptičji gripi proizvesti  DNK vakcino v vsega dveh do treh tednih. Kot poročajo iz skupine dr. Petra Dunnilla iz University Collegea v Londonu bi bilo potrebno pripraviti »zanko« DNK, ki bi vsebovala načrt za protein  iz zunanje  strani H5N1 virusa. Po vbrizganju take DNK v celice bi ta hitro izzvala tvorbo proteina, ki bi nato kot antigen sprožil imunski odziv na podoben način kot to povzroči konvencionalna vakcina.  V nasprotju s tem pa bi za proizvodnjo konvencionalne vakcine v oplojenih jajcih potrebovali do šest mesecev, kar je seveda veliko preveč za učinkovito obvladanje pandemije gripe. Seveda pa Dunhill opozarja, da bi smeli uporabiti DNK vakcino v skrajni sili zgolj pri omejevanju izbruha bolezni, saj je sama tehnika slabo preskušena na ljudeh.

Papiga še buri duhove

V povezavi s papigo, ki je pretekli teden poginila v Veliki Britaniji za ptičjo gripo in so pri njej dokazali virus H5N1, še vedno ostaja nekaj neznank, zlasti kje iskati pravi izvor okužbe.

Virus H5N1 v Veliki Britaniji

Kot je sporočilo britansko kmetijsko ministrstvo, so pri papigi, ki je 16. oktobra letos poginila v karanteni v Essexu, v petek ugotovili letalni virusni sev H5N1 ptičje gripe. Papiga je bila 16. septembra letos uvožena iz Surinama s skupino več drugih ptic, v karanteni pa je bila tudi s pticami iz Taiwana. Vse živali v karanteni so pokončali; poročajo pa, da so oskrbovalce v karanteni preventivno zaščitili s protivirusnim zdravilom. Velika Britanija ni razglašena kot ogroženo področje, ker je do pogina prišlo v karanteni. Britanska vlada je pozvala EU, da prepove nadaljnji mednarodni promet s prostoživečimi pticami.  

Alkohol...ne samo v užitek.

Benjamin Franklin naj bi izjavil: »Pivo je dokaz, da nas bog ljubi in želi, da smo srečni…". Tak začetek naj nikakor ne bo prispevek k razpravi o »razumnemu stvarstvu«, naj vas pa napoti na zares zanimiv poljuden razmislek o evoluciji alkoholne fermentacije, ki ga je prispeval PZ Myers v blogu Pharyngula. Avtor skuša tudi razpravljati o vprašanju, kaj je prisililo mikroorganizme, da uporabljajo ta razmeroma neučinkovit način anaerobne presnove.

Kdaj drugič pa nekaj več o verskem fenomenu »razumnega stvarstva« - »Intelligent Design« (ID), ki aktualno razburja ameriško biološko srenjo; biologi morajo znova, tudi na sodiščih, braniti evolucijski nauk. Za ogrevanje naj služi nekaj misli o ID iz nagovora trenutnega predsednika Univerze Cornell Hunter R. Rawlingsa III. Mimogrede: ali je že kdo zasledil ali poskusil oblikovati slovenski prevod za »Intelligent Design«?

NLM Gateway

Naravoslovci, ne spreglejte informacijskih storitev, ki jih ponuja omrežje ameriške Nacionalne medicinske knjižnice (NLM Gateway). O tem pišem tudi >tukaj.

Tularemija

24. septembra letos so pri rednem vzorčenju zraka v ameriški prestolnici Washington in po naknadni preiskavi v okviru posebnega programa BioWatch (glej >tukaj, >tukaj in >tukaj) odkrili sledove biološkega materiala, za katerega se je kasneje izkazalo, da je šlo za bakterijo Francisella tularensis, povzročitelja tularemije. To je bil dan, ko je bil v mestu knjižni sejem in tudi protivojne demonstracije. Preiskovalci ne morejo določiti ali gre za naključno najdbo ali za morebiten poskus bioterorističnega napada, saj velja, da je mogoče povzročitelje tularemije uporabiti tudi kot biološko orožje. Kljub temu, da je od takrat že pretekla inkubacijska doba za omenjeno bakterijo, k sreči ni prišlo do izbruhov obolenja Zanimivo je, da razen zaznave in preiskave vzorcev niso ukrepale niti lokalne in tudi ne zvezne službe, med njimi tudi ne novi organ Urad domovinske varnosti, ki je bil ustanovljen prav za take in podobne dogodke. Več o nenavadnem zapletu si lahko preberete >tukaj.

Odpornost na Tamiflu

Kot poroča revija New Scientist so pri pacientki iz Vietnama ugotovili virusni sev H5N1 odporen na Tamiflu, ki velja za zdravilo izbire v zgodnjem obdobju morebitne pandemije. Najdba opozarja, kako najbrž priporočilo nekaterih strokovnjakov, da bi v primeru izbruha bolezni ključne ljudi, ki bodo sodelovali pri zatiranju bolezni, preventivno zaščitili z zmanjšanimi dozami zdravila, ni smiselno, saj bi se s tem povečala nevarnost pojavljanja odpornih sevov virusa.

Izkoreninjenje poliomyelitisa

Zopet bo kot kaže minilo leto, ko se bo trenutek izkoreninjenja ene najhujših bolezni človeštva – poliomyelitisa, odmaknil v prihodnost. Letos so najhujša žarišča, v Nigeriji, Yemenu in Indoneziji, razlog, da vsaj še 12 mesecev ne moremo pričakovati zaustavitve širjenja bolezni. Letošnje število obolelih je do danes doseglo 1349 primerov v 16 državah, pri čemer pa je v večino držav bila bolezen prinesena in le v 5 državah izbruh pripisujejo endemičnemu izvoru.

Nature podcast

Vsak teden, ob izidu nove številke, izda založniška hiša Nature zdaj tudi zvočni zapis kratkega pregleda vsebin novega zvezka, v obliki t.i. »podcast« datoteke. Dostop do zapisov je omogočen bodisi preko povezav, ki jih najdete >tukaj, ali pa se lahko naročite na tedenski samodejni  prenos v programu iTunes (tega si naložite brezplačno iz spleta firme Apple), kjer v  direktorij Podcast kopirate URL naslov: http://www.nature.com/nature/podcast/rss/nature.xml.

Več protiteles

Na spletu Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) nas obveščajo, da je britanskim raziskovalcem na Imperial College London uspelo razviti postopek za pospešen razvoj protiteles, kar bo močno podprlo raziskave preučevanja mikrobne patogeneze.  

Virus gripe

Iz The Scientista povzemam sporočilo, da je v prvih oktobrskih številkah revij Nature in Science izšlo troje zelo opaženih člankov, ki obravnavajo virus gripe. V prvem je razkrita sekvenca virusa influence, ki je povzročil pandemijo leta 1918. V članku v reviji Science je opisana rekonstrukcija tega virusa z namenom preveritve njegove patogenosti za miši. In v tretjem članku ugotavljajo avtorji na temelju sekvenc preko 200 virusnih sevov, da je med njimi zaradi posledic evolucije virusa veliko večjo variabilnost, kot so verjeli doslej. Raziskave, predvsem pa najava objave je vzbudila precej vznemirjenja v strokovni javnosti, saj je bila izražena skrb, da bi lahko objavljeni podatki služili bioteroristični zlorabi. Pred izidom revij je bila sklicana nujna seja ameriškega National Science Advisory Board for Biosecurity (NSABB), vendar so v razpravi presodili, da prednosti objave odtehtajo morebitno tveganje.

FDA priročnik

Ameriška FDA (Food and Drug Administration) je na spletu objavila v odprtem dostopu svoj priljubljeni »FDA's Bacteriological Analytical Manual« (BAM). Priročnik vsebuje postopke mikrobiološke analize živil in kozmetike in je doslej bil dostopen le v papirni in CD ROM obliki. Sedanja spletna verzija je nekoliko dopolnjena.

Nobelove nagrade 2005

Kot sporoča The Nobel Assembly at Karolinska Institutet sta letošnjo Nobelovo nagrado za fiziologijo ali medicino prejela dr. Barry J. Marshall in dr. J. Robin Warren iz Avstralije, prvi mikrobiolog in drugi patolog, za svoje delo s katerim sta dokazala, da ima pomembno vlogo pri nastanku gastritisa in peptične razjede na želodcu bakterija Helicobacter pylori. Delila si bosta prestižno nagrado v višini 1,3 milijona US dolarjev. Profesor B. J. Marshall, star 54 let, je raziskovalec na University of Western Australia, medtem ko je 68-letni dr. R. Warren patolog na Royal Perth Hospital, kjer jima je leta 1982 tudi uspelo njuno odkritje, ki pa ga je v začetku spremljalo ostro zavračanje stroke. Izčrpnejši tekst o tem objavlja danes tudi The Scientist.

Pticja gripa

Ptičja gripa se vse pogosteje pojavlja kot tema obravnave tudi v javnih medijih. Zdaj se je, kot nas opozarja TTTYB blog, pojavila tudi prva enciklopedična spletna stran v načinu wiki pisanja v sodelovanju, ki je posvečena ptičji gripi – FluWiki. Organizatorji tega wiki spleta pravijo, da je njihov namen pomagati lokalnim skupnostim pri pripravah in obvladovanju ev. pandemije ptičje gripe. Pravijo tudi, da je njihov namen obveščati, ne ustvarjati panike. Seveda wiki narava tega spleta lahko zagotavlja zanesljive in zaupanje vredne informacije šele ob ustrezni popularnosti strani in ob sodelovanju strokovnjakov s področja. Sodbo o vendarle zanimivem poskusu, predvsem zaradi uporabljenega wiki medija, si bomo torej še ustvarili. Kritiki pa že opozarjajo organizatorje wiki strani, da je na spletu že prisotna informacijska stran Influenza (Flu), ki jo urejajo nikjer drugje kot pri ameriških Centrih za kontrolo in preprečevanje bolezni (Centers for Disease Control and Prevention - CDC)! Podobne spletne informacije ponuja tudi Svetovna zdravstvena organizacija (World Health Organization - WHO) na svoji strani Influenza in tudi v okviru svoje mreže FluNet. Nekaj aktualnih odgovorov o tveganju in varovanju ljudi pred ptičjo gripo je pripravil ANDRÉ PICARD. Na strani FAO - Avian Influenza najdete predvsem odgovore na vprašanja o razširjanju gripe med divjo in domačo perutnino, ki predstavlja seveda rizični izvor bolezni za predskok na ljudi. In tudi pri Librarians' Internet Index – LII so povedali, da imajo zanimivo bibliografsko bazo na to temo. In med blogerji velja omeniti blog, ki ga pripravlja Crawford Kilian pod imenom H5N1 z bogatim naborom informacij tudi v povezavah. Študenti, pripravljalci seminarjev pozor, virov ne bo zmanjkalo.

Quorum sensing

O medcelični komunikaciji med bakterijami, znani s tujko »quorum sensing«, pri nas to skušamo prevajati kot »zaznavanje celične gostote«, razkrivajo raziskovalci nove in presenetljive podrobnosti.  Profesorica Bonnie L. Bassler iz Howard Hughes Medical Institute  (HHMI)  razlaga ugotovitve svoje skupine, objavljene v zadnji številki revije Nature, takole: "Sposobnost medsebojnega sporazumevanja bakterijskih celic in pa sposobnost, da to sporazumevanje lahko tudi motijo, ima posledice v ekoloških nišah, ki vsebujejo konkurenčne bakterijske skupine kot tudi tam, kjer so bakterije v stiku z višjimi organizmi npr. s človekom. V prebavilih lahko tako bakterije, ki ta prostor stalno poseljujejo, ovirajo vsiljivce pri naseljevanju.«  S signalnimi molekulami, ki so »jezik sporazumevanja« tudi z različnimi nesorodnimi vrstnicami, dosegajo lahko bakterije različne učinke v svojem habitatu. Celice te signalne molekule bodisi proizvajajo ali pa odstranjujejo in tako z vplivom na njihovo  koncentracijo pomembno spreminjajo odzive partnerjev v okolju.      

Pomembne arheje

Vstop molekularnih tehnik v odkrivanje mikrobne raznolikosti v preteklih desetletjih je vnesel izjemno dinamiko v mikrobiologijo. Prav odkritje temeljno različne organizemske skupine v sedemdesetih letih prejšnjega stoletja, namreč arhej (Archaea), je bilo utemeljeno z razvojem teh tehnik. Pojavijo se celo evforične napovedi, da bo poslej mogoče opustiti vse zahtevne, včasih mučno dolge laboratorijske postopke gojenja mikroorganizmov za potrebe njihove identifikacije in klasifikacije pa tudi za določanje njihove vloge v okolju. Zdaj nas pa prav arheje opozarjajo, da je bila napoved opuščanja nekaterih tradicionalnih raziskovalnih metod v mikrobiologiji, prenagljena. Za arheje je v glavnem veljalo, da so pretežni prebivalci ekstremnih okolij, vendar se v najnovejšem času prebujajo opozorila, da so morda tudi pomembno prisotne v manj nenavadnih okoljih. Dokazovanje njihovih molekulskih sledov v oceanski in sladki vodi ter v tleh je napovedovalo njihovo umeščenost tudi v bistvenih globalnih okolijskih dogajanjih. Nedavna uspešna gojitev morskih arhejskih mikrobov, ki je uspela profesorju Stahlu in sodelavcem na Woods Hole Oceanographic Institution v ZDA dokazuje prav to. Kot pravi David Stahl, sicer profesor na univerzi Washington : »Podatki iz številnih negojitvenih, molekularnih poskusov so nam vzbudili sum, da so določene arheje pomembno udeležene v kroženju ogljika v morju. In uspešna gojitev v laboratoriju nam je to zdaj potrdila.« Arheje, zdaj začasno poimenovane Nitrosopumilus maritimus, znajo oksidirati amoniak za svoje energetske potrebe in za rast izkoriščati ogljikov dioksid.

Bakterijska variabilnost

Primerjalno določanje nukleotidnega zaporedja bakterij odkriva veliko variabilnost njihovih genomov z izvorom v horizontalnem genskem prenosu. Nedavni članek H. Tettelina in sod. v PNAS (vol. 102, 2005, str. 13950-13955) odkriva, da kažejo posamezni sevi patogene Streptococcus agalactiae tolikšno gensko raznolikost, da tudi določanje zaporedja več sto genomov ne bi razkrilo celotne različnosti za posamezno vrsto. Kot povzema avtorje prispevek v The Scientistu je najbrž večji del te variabilnosti povzročen s horizontalnim genskim prenosom in infekcijami z bakteriofagi. Po Tettelinovi primerjalni študiji genomov osmih sevov omenjene bakterijske vrste iz različnih izolacij je pri vseh sevih ohranjenega 80% genoma streptokokov skupine B, kamor sodi tudi S. agalactiae, med tem ko je preostalih 20% genoma bodisi zaporedje, ki ga najdemo tudi pri posameznih drugih sevih iz primerjave ali pa je povsem unikatno za določen sev. O podobni genski variabilnosti poročajo že Blattner in sod. za bakterijo Escherichia coli v članku, ki je že v odprtem dostopu.

Presenetljive miksobakterije

»Res da so majhne, vendar jih ne imejte za neumne«. Tako se začenja povzetek članka iz zadnje številke New Scientista pod naslovom »Klice za rešitev svojih prijateljev storijo samomor«.    

Miksobakterije so izjemno zanimiva skupina evbakterij, ki jih med drugim odlikuje za prokarionte presenetljiv obseg celične diferenciacije. Razen tega s pestrim naborom mehanizmov skrbijo za preživetje tudi na način, da v primeru, ko primanjkuje hrane, del celic propade in tako sprostijo material za preživetje preostalih celic. V ta namen spremljajo vrsto okoljskih dejavnikov in med pomembnejšimi naj bi bilo zaznavanje ravni razpoložljivega fosforja. Pri vrsti Myxococcus xanthus sta David Whitworth iz Univerze Warwick in Mitchell Singer iz Univerze Davis v Kaliforniji ugotovila kar štiri vzporedne mehanizme za spremljanje ravni fosfatov in v kolonije zbrane bakterije se na osnovi prepoznave signalov iz okolja »odločajo« o strategiji za njegovo osvajanje oz. za premostitev obdobij njegovega pomanjkanja. Zanimivo, da običajno pri bakterijah najdemo zgolj en sam mehanizem ugotavljanja razpoložljivosti tega pomembnega hranila. Pri M. xanthus avtorja predvidevata 150 podobnih biokemijskih signalih poti s katerimi lahko celice celovito spremljajo tudi druge pogoje v okolju in se odzivajo na spremembe; Whitworth predpostavlja, da ti nadzorni mehanizmi delujejo prepleteno in bakterije si tako povečujejo možnost preživetja.

Umivanje rok

Nedavna ameriška študija o kateri poroča USA Today znova kaže, da moški slabše skrbijo za svojo higieno kot ženske, vsaj kar zadeva umivanje rok. Študijo v razmakih ponavljajo raziskovalci v okviru Ameriškega mikrobiološkega društva (ASM) že od leta 1996. Uporabljajo metode skritega opazovanja in anketiranja. Pred časom sem že nekoliko obsežneje povzel poročilo ASM iz leta 2000 pri svojih predavanjih. Tokratna novica v USA Today poudarja nekatere posebno zanimive poudarke opazovanj.

Beljakovine velike variabilnosti

Kot lahko preberemo v novicah iz kalifornijske univerze v San Diegu (UCSD News) so njihovi raziskovalci odkrili mehanizem s katerim bakterijski virusi lahko izzovejo v gostitelju proizvodnjo palete beljakovinskih molekul izredne variabilnosti. Ker je sicer težko doseči podobno proteinsko raznolikost, saj je bil doslej odkrit samo še en podoben sistem sinteze, ki daje izjemno bogat nabor različnih beljakovin, namreč sinteza protiteles, si od novoodkritega procesa, najdenega v bakteriofagih, obetajo proizvodnjo in preiskovanje doslej nepredstavljive količine biološko aktivnih beljakovin. Opisanemu mehanizmu sinteze namreč pripisujejo, da bi lahko z njim oblikovali do 10 bilijonov variant posamezne beljakovine.

Pobegnile okužene miške

Ob hudih vremenskih nesrečah, ki bičajo Združene države Amerike, jih pretresajo tudi druge vrste nesreč, ki so morda samo malo manj usodne. Zadnje dneve buri duhove škandal zaradi poročila, da je iz laboratorijev, v katerih raziskujejo načine varovanja pred patogenimi mikroorganizmi, ki bi lahko bili uporabljeni kot biološko orožje, pobegnilo troje mišk, okuženih s povzročitelji bubonske kuge (Yersinia pestis). Dogodek se je baje zgodil pred poltretjim tednom na kampusu Univerze za medicino in zobozdravstvo v državi New Jersey, točneje v Public Health Research Institute v Newarku, kjer v zveznem šestletnem projektu biološke zaščite iščejo nove oblike vakcinalne zaščite pred povzročitelji kuge, za katere velja, da bi lahko bili uporabljeni kot biološko orožje. Preiskava, ki jo tudi zaradi javnomnenjske odmevnosti preiskuje FBI, doslej ni pojasnila ali je šlo za krajo živali, pobeg živali ali je posredi katera od drugih možnih razlag njihovega izginotja. Strokovnjaki sicer zagotavljajo, da večjega strahu za javno zdravje ni in citirajo podatek, da v ZDA letno zboli za kugo med 10 in 20 ljudi, ki v največjem delu ob učinkoviti antibiotski  terapiji ozdravijo. Drugače pa je seveda s pomislekom in presenečenjem, da se lahko takšna nesreča zgodi v enem najbolje varovanih laboratorijev za te vrste raziskav.

Biosenzorji

Z novico v nadaljevanju želim bralcem podtakniti tudi podatek, da je mogoče na spletu Microbes.info vedno najti zelo aktualne podatke s področij mikrobiologije. S skokom na stran News vam bo odprt obsežen nabor novic izbranih iz vročih vsebin, ključnih besed, novic iz znanosti, časopisnih novic in še marsičesa.  Sam sem s ključno besedo »microbiology« vstopil  na stran s časopisnimi naslovnicami in izbral kar prvo, ki je povzeta iz Food Quality news.com. Govori pa novi metodi za hitro istočasno odkrivanje stafilokoknih in botulinus toksinov v živilih. Postopek naj bi predvsem zagotovil proizvajalcem, da s hitrim in učinkovitim testom odstranijo morebitne nevarne izdelke iz proizvodnje. Raziskovalci Naval Research Laboratory in George Mason University so utemeljili  preiskavo na biosenzorjih temelječih na mikromreži in o svoji najdbi poročajo v septembrski številki Applied and Environmental Microbiology.

Iz koša ASM News

V prihodnje se bom še večkrat vračal k viru informacij, iz katerega povzemam tudi prispevka v nadaljevanju, namreč na mesečnik ameriškega društva za mikrobiologijo (ASM) z imenom ASM News.

Kako bakterije podpirajo kvasovke v zorenju penečih vin (Current Topics ASM News, str. 349). O tem sta maja letos na 105. letnem tradicionalnem srečanju ASM v ameriški Atlanti poročala Juria Rius in Oriol Castrol. Kljub temu, da so poglavitni dejavniki sekundarnega vrenja v francoskih šampanjskih vinih ali v podobnih španskih Cavah kvasovke, zlasti v kasnejših obdobjih dozorevanja prevzamejo pomembno vlogo v doseganju končnih in vrhunskih lastnosti proizvoda kot so npr. aroma, okus, velikost in obstojnost mehurčkov, bakterije. V tradicionalni šampanjski metodi, ko vinu dodamo saharozo in kvasovke za sprožitev sekundarne fermentacije, npr. v španskih Cavah že po preteku 10 mesecev niso več našli kvasovk, izolirali pa so preko 600 različnih po Gramu negativnih in po Gramu pozitivnih bakterij, ob tem da se prve kmalu umaknejo drugim, ki nato prevladujejo v penini po 17. mesecu. Prav rast in kasneje razpad (liza) teh bakterij prispevata ključne senzorne lastnosti za Cave, poročajo omenjeni avtorji.

Prav iz istega vira in čeprav avtor ni povsem razviden je najbrž »zakrivil« naslednji prispevek o novih antibiotikih Jeffrey L. Fox, urednik rubrike Current News pri ASM News (isti link kot zgoraj, str. 353). Ameriška agencija za hrano in zdravila (FDA) je odobrila uporabo antibiotika s širokim spektrom tigeciklin (Tygacil), iz proizvodnje Wyeth iz Madisona, N.J., s katerim naj bi zdravili zahtevne abdominalne in kožne infekcije pri odraslih. Ob intravenozni aplikaciji je antibiotik učinkovit proti različnim po Gramu pozitivnim in negativnim bakterijam, celo proti sevom Staphylococcus aureus, rezistentnim na meticilin (MRSA). Ta poliketidna spojina je prvi glicilglicil antibiotik, ki je dobil soglasje FDA in je analog tetraciklina ter je prav tako bakteriostatski inhibitor beljakovinske sinteze. V drugem primeru pa sporočajo iz National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) v Bethesdi, Md. ter v TB Alliance iz New Yorka, N.Y., o pričetku kliničnega testiranja antibiotika z oznako PA-824. Ta baktericidni nitroimidazopiran naj bi bil namenjen zdravljenju tuberkuloze. V predkliničnem testiranju je namreč pokazal učinkovitost proti hitro in počasi rastočim ter sevom Mycobacterium tuberculosis odpornim za več antibiotikov. Raziskovalci predvsem upajo, da bodo tako skrajšali dolgotrajna zdravljenja značilna za to obolenje.

Nekaj prvih napotkov

Vsem, ki se boste tokrat prvič srečali z blogom, predlagam, da si preberete katero od hitro dostopnih informacij o tej obliki spletne komunikacije. Že Wikipedia ponuja dovolj izčrpno informacijo. Nekaj osnovnih podatkov in koristnih spletnih povezav o (we)blogih lahko preberete tudi v aplikaciji "Prihajajoča orodja v virtualnem pouku".

Če mi boste skušali v blogu odgovoriti ali kaj povprašati, potem na dnu zapisa kliknete na besedo "comments", nato pa sledite navodilom programa. Če niste sicer uporabnik(ca) Bloggerja, ponudnika apliakcije, ki jo uporabljam, se boste morali(e) posebej registrirati, kar ne predstavlja posebne težave, če pozorno sledite navodilom.

Ker Vas bo svet bloganja najbrž pritegnil (ne govorim o tistih, ki so že domači v njem), Vam v vzpodbudo svetujem, da se ogledate kaj se dogaja najprej v domačem okolju na spletnem naslovu si.blogs (spisek slovenskih blogov), nato pa se malo potopite v svetovno "blogosfero" (tako pravimo temu novemu informacijskemu okolju) na spletnih naslovih Technorati (iskalec blogov) ali Blogorama (spisek blogov).

Med slovenskimi blogi sta mi posebno pri srcu KeBi03 in Glory of Carniola.

Kasneje in sproti pa še kaj... Računam pa da boste tudi bralci dodajali svoje izkušnje.

pa začnimo...

Čisti novinec pač nisem, saj boste lahko prebirali tudi blog lilole, ki zdaj živi že tretje leto. Vendar priznam, da sem vedno znova vznemirjen, kadarkoli se lotim pisanja. Več je razlogov pa o tem morda kdaj kasnje.

Zdaj naj pojasnim zakaj začenjam tale blog. Gotovo boste iz naslova posumili, čemu bo namenjen; vsekakor mikrobiologiji, moji stroki in tudi moji predanosti, če mi ne boste zamerili tega rahlega čustvenega vložka. In prav zaradi namena sem si privoščil tudi drobno besedno igrico v naslovu. Vendar ima tale blog še bolj konkreten cilj. Namenjen bo predvsem stiku z mojimi študenti. Res da se z njimi srečujem tudi po elektronski pošti, pa na svojih spletnih straneh, od učnih do osebne. A imam pri tem vedno kakšen problem. Predvsem s posodabljanjem spletnih strani imam težave, saj lahko to počnem samo na svojem računalniku v pisarni. Blog pa mi bo upam omogočil, da bomo vedno in povsod lahko v stiku, kasneje bom preskusil tudi možnost, kako blog posodabljati iz svojega mobilca. Baje da je povsem enostavno.

Torej tukaj se bomo poslej tudi srečevali, berite me in oglašajte se mi. Vesel Vas bom.