mBiosphere

Pred letom sem že opozoril na novo odprtodostopno mikrobiološko revijo, mBio iz hiše ASM. Zdaj so se uredniki mBio odločili, da bodo vse sveže novice o objavah v reviji predstavljali v posebnem blogu mBiosphere.

Na današnji dan…

Naravoslovci se današnjega dne spominjamo zaradi dveh dogodkov. Tega dne leta 1822 se je v francoskem kraju Dole rodil Louis Pasteur, kemik in eden od utemeljiteljev mikrobiologije kot vede in stroke. In na ta dan leta 1931 se je Charles Darwin odpravil na krovu ladje Beagle na svojo znamenito pot okoli sveta, ki ga je inspirirala pri oblikovanju njegove evolucijske teorije.   

Užijmo praznični čas

 

Vsem bralcem želim prijazno božično praznovanje in veliko dobrega v novem letu, vaš bloger Franc

O znanstvenem žurnalizmu

Toplo priporočam vsem svojim bralcem, da si preberete članek Bore Živkoviča “The Line Between Science and Journalism is Getting Blurry….Again” iz spletnega časnika Science Progress.

Izvor haitske kolere

Vsem nam je živo pred očmi tragika povezana z letošnjim izbruhom kolere v potresno prizadetem Haitiju. Dodatno je zadeva doživela veliko medijsko pozornost zaradi nemirov, ko so se domačini spopadli z enotami Združenih narodov iz Nepala, ki naj bi prinesli kolero na Haiti. Primera se se je takoj lotila Svetovna zdravstvena organizacija (WHO), ki je angažirala raziskovalce na Howard Hughes Medical Institute (HHMI) pod vodstvom dr. Matthewa Waldorja. Po podatkih WHO je doslej na Haitiju zbolelo več kot 93.00 ljudi, umrlo pa 2.100 in izbruh bo po vsej verjetnosti trajal vsaj še leto dni. Raziskovalci HHMI so ob uporabi najsodobnejše opreme za sekvenciranje (ki je, mimogrede, še v razvoju) preiskali več sevov Vibrio cholerae na ravni analize celotnega genoma. V nekaj dneh so ugotovili, da po vsej verjetnosti sev, ki so v ozadju tega izbruha ne izvira iz Južne Amerike, kjer sicer občasno poročajo o endemskih žariščih te bolezni, ampak da ima verjeten izvor v Južni Aziji. Raziskava doslej ni potrdila konkretnega suma povezanosti izbruha kolere z nepalskimi vojaki, saj raziskovalci niso imeli na voljo seva kolere z izvorom v Nepalu.

Kot lahko tudi preberemo v tem viru je zanimiva ne samo učinkovitost razkritja izvora, ampak tudi izjemna ekspeditivnost v objavi rezultatov. Potem ko so raziskovalci prejeli prve haitske seve 8. novembra letos je bil koncept z ugotovitvami poslan reviji 19. novembra in članek je bil objavljen v New England Journal of Medicine že 9. decembra. Vprašamo se lahko koliko bo tudi  to dejstvo dodalo k vrednosti indeksa citiranosti.

Raziskovalno delo za študenta mikrobiologije

S posredovanjem SMD sem prejel zanimivo ponudbo dr. Jerneja Uleta iz MRC Laboratory of Molecular Biology Cambridge, UK:

Imam prosto mesto za študenta, ki bi za pol leta obiskal naš laboratorij in delal z mojim postdocom, Julianom Konigom. Julian ima v pripravi izredno zanimiv članek, a rabi pomoč, da lahko v pol leta konča poskuse. Tema je evolucija možgan. Delo vključuje predvsem molekularno biologijo, delo z splicing minigeni in mutacijami vezavnih mest za protein hnRNP C. Organizmi: HeLa celice in bakterije. Sicer je projekt baziran na sistemski biologiji, pri bioinformatiki sodeluje skupina Blaža Zupana. Projekt je nadaljevanje zgodbe, ki je bila objavljena letos v NSMB (Konig et al, iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution). Tule več o projektu in naši skupini: http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/jule/Ule_Lab_Homepage.html. Plača bi bila približno 1100 funtov na mesec. Moj kontakt je jule@mrc-lmb.cam.ac.uk.
lp,
Jernej

Predavanje prof. dr. Jureta Piškurja

Iz katedre za molekularno genetiko in biologijo mikroorganizmov Oddelka za biologijo BF sporočajo:

Vabimo vas na predavanje prof. dr. Jureta Piškurja z Univerze v Lundu  na Švedskem, ki bo v ponedeljek, 13. 12. 2010, ob 13.15. uri  v predavalnici P5 v Biološkem središču. Naslov predavanja je: Molekularni mehanizmi pri vzporedni evoluciji kvasovk. Kratek avtorjev povzetek predavanja: 

The fundamental characteristic of the Saccharomyces yeasts is their ability to degrade sugars to two-carbon components, in particular ethanol, even in the presence of excess oxygen. This characteristic is called the Crabtree effect and represents the background for the “make-accumulate-consume” strategy , which in natural habitats helps Saccharomyces yeast to out-compete other microorganisms. A whole genome duplication (WGD) and promoter-rewiring in the Saccharomyces cerevisiae lineage, which occurred around 100 mya, were the main molecular events providing the background for evolution of this strategy. Here we show that the Dekkera bruxellensis lineage, which separated from the Saccharomyces yeasts more than 200 mya, also efficiently make, accumulate and consume ethanol and acetic acid. Analysis of promoter sequences indicate that the D. bruxellensis lineage, just like S. cerevisiae, underwent a massive loss of a specific cis-regulatory element from dozens of genes associated with respiration, and we show that this promoter-rewiring contributes to the observed Crabtree effect.  Apparently, the same molecular mechanism has been employed independently by at least two distinct lineages.

(Hvala za posredovano sporočilo doc. dr. Jerneji Ambrožič Avguštin)

Napovedna mikrobiologija

Področju v mikrobiologiji, kjer uporabljamo matematične modele za napovedovanje rastnih značilnosti mikroorganizmov (kinetika, inhibicija…) pravimo napovedna mikrobiologija (angl.: “predictive microbiology”). Pomemben razvoj je doživela zlasti v prehranski in medicinski mikrobiologiji.

Nabor spletnih virov za področje napovedne mikrobiologije najdete na spletni strani USDA-NAL.

Umrl je Frank Fenner

Kot je sporočila avstralska nacionalna univerza (ANU) je umrl njihov dolgoletni član, mikrobiolog, zaslužni prof. dr. Frank Fenner. Raziskoval je viruse koz, posebne zasluge pa si je pridobil z vodenjem skupine pri Svetovni zdravstveni organizaciji, ko se je leta 1969 pričel ukvarjati s projektom eradikacije črnih koz, postal 1977 vodja projekta in je leta 1980 objavil njegov uspešen zaključek, ki je pomenil globalno zatrtje tega strašljivega epidemičnega obolenja.

Atmosfera – mikrobni ekosistem

Kot lahko preberemo v New Scientistu, v kubičnem zraka najdemo do 100 milijonov mikroorganizmov. Njihovo raznolikost nekateri primerjajo z ekosistemom tal, čeprav je prvi neprimerljivo manj raziskan, pred aeromikrobiologijo so torej pomembni izzivi. Mikrobi zraka naj bi namreč pomembno sodelovali tudi pri klimatskih spremembah.

NASA sklicala tiskovno konferenco.

Nasa je nekaj zadnjih dni napovedovala tiskovno konferenco z zelo presenetljivimi novicami o življenju v vesolju. Morda so bralci popularnih medijev pričakovali več, slišati je bilo tudi odmeve tipa: “…tresla se je gora, rodila se je miš.” Vendar pa je dr. Felisa Wolfe-Simon, ki je na konferenci predstavila svoje raziskave poudarila, da doslej odkrito samo odpira vrata do novih spoznanj o naravi življenja na drugačnih osnovah, kot smo jih poznali doslej. Njena raziskovalna skupina je namreč ugotovila, da lahko določene ekstremofilne bakterije za sestavljanje DNK uporabijo tudi element arzen namesto za naše dosedanje pojmovanje običajnega fosforja. Sicer je pa novinarski sklic NASA namenila tudi objavi odkritja novih območij vesolja, kjer predvidevajo pogoje za prisotnost življenja; objava konkretnih podatkov naj bi kmalu sledila v reviji Science. Kritični poročevalci pravijo, da je eden od razlogov tako odmevnega sklica tiskovne konference tudi v želji, da bi NASA uspela navdušiti državo za dodatna vlaganja v raziskave vesolja.

Neugotovljeni HIV

Današnji dan nas opozarja na AIDS. Po oceni ECDC je 30% okuženih s HIV nediagnosticiranih; po državah ta podatek niha med 15% in 50%.

Etika in sintezna biologija

O tem, kako presoja raziskave v sintezni biologiji bioetična komisija ameriškega predsednika Obame govori njena predsednica profesorica Amy Gutmann. 

Ali se izražamo razumljivo

O tem, ali se v strokovnem pisanju, konkretneje v mikrobioloških tekstih, vedno ustrezno izražamo, nas skuša opozoriti znani mikrobiolog in pisec Bernard Dixon. Nekatere njegove pripombe o slabi rabi so seveda vezane na specifično uporabo v angleškem jeziku, nekaj pa je tudi takih, na katere lahko naletimo tudi v drugih jezikih. Tako lahko brez dvoma pritegnemo njegovemu ugovoru proti uporabi sintagme “genetska koda” (v odvisnosti od smisla tudi “genska koda”) namesto “kodiranega zaporedja v genomu”, ker ga je občasno mogoče zaslediti v tudi v našem popularnem žurnalističnem pisanju. Zelo umesten je tudi Dixonov pomislek o preveč razširjeni rabi pojma “supermikrob” (v angl. “superbug”), ker ga uporabljajo za označevanje zelo različnih mikrobnih lastnosti pri čemer je bralca lahko samo zbegan. Tako nekateri s tem pojmom opisujejo mikroorganizme, ki so prilagojeni na življenje v ekstremnih okoljih, drugi posebno patogene mikroorganizme in tretji zopet take, ki so odporni na večino antibiotikov. Dixonu lahko pritegnemo npr. tudi pri zavračanju besede “metodologija” namesto “metoda”, ker je prva pač brez potrebe pompozna. V zaključku svojega zapisa Dixon zelo korektno prizna, da je vendar treba tudi pri presoji izražanja v stroki upoštevati razvoj jezika, vendar ne na škodo poglavitne naloge jezika. Najprej so poskusi spreminjanja izrazov lahko majhni in zato nepomembni, drugi pa lahko izboljšajo izpovednost besed in s tem razumljivost teksta. Tudi ni nič narobe, če iščemo nove, izpovednejše besede, s tem pa, da jih uvajamo v rabo npr. za določen pojav ali lastnost s potrpežljivostjo in doslednostjo. (Hvala kolegu dr. Odiču, ker me je opozoril na Dixonov članek).

Bakterije z “repom”

Ob vseh doslej znanih načinih bakterijskega gibanja (z bički, s polzenjem…) so pri nekaterih patogenih bakterijah, takih, ki prodirajo v celice gostitelja, odkrili poseben način premikanja, ki temelji na izkoriščanju znotrajcelične strukture gostiteljevih aktinskih vlaken. Bakterije proizvajajo posebno beljakovino, znano kot faktor za podporo nukleacije (nucleation-promoting factors). Ta poveže celična aktinska vlakna v snop, ki ostaja izza bakterije kot rep in nekako potiska bakterijo naprej. Princip lepo predstavljata tako risba kot tudi mikrofotografija v katerih so bakterije rdeče obarvane in aktinski repki zeleno. 

Človekovo mesto

Tokrat predlagam, da sprejmemo igro, ki nam jo ponuja revija Discover in si v obliki urbane metafore Človekovega mesta (Humanville) ogledamo naš mikrobiom. Pojem “mikrobiom” se je danes uveljavil za “predstavitev vseh mikroorganizmov, njihovih genestkih elementov (genomov) in okoljskih interakcij v definiranem okolju (wikipedija).

Članek na simpatično poljuden način predstavi značilno razliko v mikrobiomih tudi sorodnejših organizemskih vrst in uveljavi tezo, da je  njihova sestava v pomembnem delu odvisna od vrstne narave osebka. Raziskave mikrobnih združb Goriljega mesta, Šimpanzjega mesta in Bonobovega mesta kažejo značilna odstopanja od mikrobioma Človekovega mesta in odražajo evolucijsko pogojen razvoj gostiteljev.

Mikrobiologija od včeraj za jutri

Pod gornjim geslom je včeraj Slovensko mikrobiološko društvo SMD v Cankarjevem domu proslavilo 50 let obstoja. Zbor je pozdravila tudi soproga predsednika republike, gospa Barbara Miklič-Türk in popestrila dogodek z drobci spominov na svojo mamo dr. Danico Miklič, četrto predsednico društva. Slavnostni govornik je bil predsednik SAZU prof. dr. Jože Trontelj s temo o etičnih vidikih raziskovanj v biomedicini. Poleg prispevkov o zgodovini društva in o izobraževanju mikrobiologov smo lahko prisluhnili kolegom, ki so s predstavitvijo najodmevnejših raziskav zadnjih let identificirali ključna področja znanosti in stroke, kjer se udejanja mikrobiologija: v okoljskih vedah, v živilstvu, v zdravstveni zaščiti rastlin, živali in človeka in v biotehnologiji. Okrogla miza je sledila ob nizanju današnjih izkušenj rdeči niti, kako še doreči prihodnji strokovni in poklicni profil mikrobiologov.

Akademijo je zaključila podelitev tradicionalnih priznanj, Plenčičevih priznanj in Plenčičevega odličja SMD. Naj se tudi po tej poti še enkrat svojim strokovnim kolegicam in kolegom zahvalim za podelitev Plenčičevega odličja, “za življenjsko delo na pedagoškem področju mikrobiologije” kot je zapisano v obrazložitvi. In zahvalim naj se za priložnost, da sem lahko član tako imenitnega slovenskega mikrobiološkega občestva.

Ultra-mega-maksi bioplinska naprava

Kitajska je velika država. In loteva se velikih projektov. Ob vsej spoštljivosti do “velikega” pa mi vendarle ostajajo “majhni” pomisleki k projektu trenutno največje bioplinske naprave na svetu, temeljene na obdelavi odplak iz goveje farme Huishan v pokrajini Liaoning na severovzhodu Kitajske z 250.000 (!) živalmi. No, pravzaprav naj bi v napravi anaerobno obdelovali gnojevko od samo 60.000 živali. Pomisleke imam lahko predvsem zato, ker nimam podatkov o podrobnostih te tehnologije. Pridobljeni bioplin bodo pretvarjali do električne energije; te naj bi bilo za 37.639 MWh letno. Na napravi naj bi pridelali tudi 619.770 ton gnojil in zmanjšali ogljikov izpust za 180.000 ton. Žal ni podatka npr. o izbrani tehnologiji za pripravo gnojila; če je to zgolj pregnita gnojevka se bi najprej vprašal o ekonomičnosti rešitve zaradi potrebnih površin ob predpostavki razdalj za razvoz gnojevke na teh površinah.

Ali biologija izgublja intuitivno razumljivost?

Če se vam zdi ta stavek nenavaden prisluhnite video klipu Nobelovega nagrajenca Paula Nursea in razumeli boste od kod prihaja to vprašanje.

50 let Slovenskega mikrobiološkega društva

S slavnostno akademijo 24. novembra 2010 v ljubljanskem Cankarjevem domu bo Slovensko mikrobiološko društvo praznovalo 50 let svojega delovanja. Na spletu SMD najdete vabilo in program prireditve.

Nova Microbe Library

Ameriško mikrobiološko društvo (ASM) je nekoliko spremenilo izgled in uporabo svojega učnega portala Microbe Library. Ker so ga ločili od revije Journal of Microbiology & Biology Education (JMBE) ima zdaj status odprtodostopnega spleta, za uporabo katerega se morate zgolj registrirati. V zbirkah Atlas, Protocol in Visual bodo tako učitelji kot študenti našli veliko vsebin koristnih za pouk mikrobiologije. 

Koreninski internet

Preko 80% rastlinja ima korenine poseljene z nitjem, ki ga spletajo glive. Nitasta struktura, ki ji pravimo mikoriza, zajema iz tal minerale in vodo in del posreduje rastlini v zameno za druge hranilne sestavine. Zdaj pa odkrivajo še morebitno novo nalogo, ki bi jo naj imela ta mreža, namreč sporočanje med rastlinami; v konkretnem primeru naj bi šlo za aktiviranje obrambe pred parazitskim napadom. Dosedanja opazovanja še nimajo odgovorov, obeti pa so zanimivi.

Kam je vsa…nafta…šla?

Tudi znanost še vedno išče ostanke katastrofalnega naftnega razlitja v Mehiškem zalivu. Del je brez dvoma bil zajet, del je mogoče najti v priobalju in na obalah, del nafte je v podvodnih “oblakih”, nekaj nafte je izhlapelo, del pa je vendarle že vstopil tudi v prehransko verigo morskega življa. Skupina raziskovalcev iz Alabame odkriva pot nafte, ki so jo presnovili mikroorganizmi in jo je zdaj na osnovi značilne strukture ogljikovih spojin mogoče slediti vzdolž prehranske verige, od bakterij, preko planktonskih organizmov vse tja do višjih organizmov, rib in morskih sesalcev. Sedanja študija seveda nima ambicij presojati vse ev. toksične in druge okoljske učinke, slej ko prej pa bo ta vidik deležen pozornosti v nadaljevanju njihovih in drugih raziskav.

Rezultati iGEM 2010

Zdaj si lahko ogledate tudi končno listo vseh nagrad na letošnjem iGEM tekmovanju. Slovenski izplen je res izjemen!

Odmevi slovenske iGEM zmage v blogosferi

V blogosferi (manj v klasičnih medijih) že odmeva izjemna slovenska zmaga na tekmovanju iGEM 2010:

http://leokinmann.blogspot.com/2010/11/at-231pm-randy-said-igem-2010-will-be.html

http://biocamp.blogspot.com/2010/11/igem-2010-winner-slovenia-team.html

http://24ur.com/novice/slovenija/med-najboljsimi-so-bili-zopet-najboljsi-slovenci.html

http://www.synthesis.cc/2010/11/igem-2010-slovenia-wins.html

http://www.reddit.com/r/biology/comments/e30cx/finalists_of_international_genetically_engineered/

iGEM znova slovenski

Kot je bilo mogoče pred nekaj minutami prebrati na Twitterju je slovenski ekipi na iGEM 2010 znova uspelo osvojiti Veliko nagrado. Čas je, da začnemo govoriti o SLOVENSKEM FENOMENU. Iskrene čestitke vsem, ki so zaslužni za ta izjemen uspeh!

In če si boste ogledali celoten potek glasovanja za nagrade, boste videli, da je uspeh še večji.  

iGEM 2010

Tudi letos (med 6. in 8. novembrom) se na MIT borijo študentske raziskovalne skupine iz vsega sveta na tekmovanju iGEM. In tudi letos so zraven slovenski študenti pod vodstvom izkušene mentorske ekipe pod vodstvom prof. Romana Jerale. Na zemljevidu si lahko ogledate od kod prihajajo letošnje ekipe, skupaj jih je 128. Dogajanje lahko spremljate tudi preko Twitterja. 

Družabna omrežja pomagajo napovedovati epidemije

Družabna omrežja nam res lezejo pod kožo. Z njimi si med drugim povečujemo število sodelavcev v svojih hobijih. Moja FB prijateljica Vesna mi je npr. pravkar posredovala povezavo do izjemnega video klipa, ki bi ga morda sam zgrešil. To je, zanimivo, video iz TED konference (Nicholas Christakis: How social networks predict epidemics) in se ukvarja prav s socialnimi omrežji, konkretneje o tem, kako je s spremljanjem omrežij mogoče napovedovati razširjanje različnih epidemičnih pojavov, npr. od bolezenskih stanj do razširjanja inovativnih idej. Človeka prisili v globok razmislek…

Polio v Kongu

Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) objavlja zaskrbljujočo vest. V novici iz letošnjega 4. novembra lahko preberemo o pojavu 120 paralitičnih primerov in 58 smrtnih primerov poliomielitisa v republiki Kongo, večinoma, po današnjih podatkih, pri mladih med 15. in 25. letom starosti. Izbruh predstavlja seveda hud izziv za organizacijo The Global Polio Eradication Initiative, ki ima med dolgoročnejšimi cilji tudi globalno izkoreninjenje poliomielitisa po vzoru črnih koz.

Virusni velikani

Pred leti so pri sladkovodni amebi odkrili okužbo z virusnim velikanom, ki je imel v DNK genomu preko milijon baznih parov. Virus so uvrstili v skupino t. i. mimivirusov. Zdaj so podoben gigantski virus odkrili pri morskem enoceličarju Cafeteria roenbergensis. Virus, zaenkrat imenovan CroV, ima linearen DNK genom velik 700.00 baznih parov (700kb), kodira okoli 550 beljakovin in ima na koncih DNK molekule ponovljene sekvence, ki spominjajo na telomere evkariontskih celic.

Video o metagenomu prebavil

Leta 2010 pričakujejo, da bo zaključen eden od trenutnih genomskih megaprojektov – projekt humanega metagenoma. V igri je preučevanje genomov bakterij, ki naseljujejo našo prebavno cev in predstavljajo 99% genov, ki jih najdemo na/v našem telesu. O tem pripoveduje video na YouTube kanalu MetaHIT. 

Ogroženi netopirji

V ZDA zapirajo podzemne jame, da bi omejili širjenje bolezni, ki desetka netopirje, poročajo na Wired Science blogu. Sindrom belih smrčkov, ki ga povzroča gliva Geomyces destructans je v zadnjih petih letih pokončal najmanj milijon netopirjev in ogroža obstoj nekaterih netopirskih vrst.

O upravljanju z mikrobnimi viri

Na povabilo SFAM je prof. dr. W. Verstraete iz Univerze v Ghentu predstavil v izjemnem predavanju “Upravljanje z mikrobnimi viri”. Nastop nas brez dvoma prevzame in lahko ga brez pretiravanja označimo kar za  “visoko pesem mikrobnih skupnosti”. Ogled video klipa vas bo zadovoljil večkratno: narejen je v simpatični tehnodidaktični obliki, ko skoraj občutimo, da smo del avditorija, predavatelj nas oskrbi z množico bibliografskih virov za kasnejši poglobljen študij posameznih tematik in dobili boste obilo teoretičnih ter praktičnih informacij in spodbud na obsežnem področju okoljske mikrobne biotehnologije. Spoštovani kolegi, spoštovani študenti: vzemite si uro časa, ne bo vam žal, prof. Verstraete ve o čem govori in je prepričljiv.    

Izkoreninjena goveja kuga

15. oktobra letos je generalni direktor FAO razglasil uspešen zaključek programa globalnega izkoreninjenja goveje kuge (Global Rinderpest Eradication Programme's - GREP), ki so ga pričeli v letu 1994. S tem je izkoreninjena druga virusna bolezen v zgodovini medicinskih ved, potem ko so bile zatrte črne koze pri človeku leta 1980.  

Najdaljši genom ima rastlina

Raziskovalci laboratorija Jodrell iz sestave ustanove Kew, kraljevski botanični vrtovi, so odkrili pri rastlini Paris japonica, redki rastlini iz Japonske, dosedaj najdaljši genom. Kot največji genom je doslej veljal tisti pri ribi pljučarici Protopterus aethiopicus  s ca. 130 milijardami baznih parov. Spomnimo se, da je človekov genom dolg okoli 3 milijarde baznih parov, rastlina Paris j. pa ima genom dolg okoli 150 milijard baznih parov.

Vendar pa pravi dr. Nick Lane iz Oddelka za genetiko, evolucijo in okolje na londonskem University College, da ni nujno, da bo ta rekordni podatek veljal dolgo, saj je prav mogoče, da bi pri kakšni amebi našli še obsežnejši genom. No, če pogledamo v Wikipedio, tam podatek dejansko že najdemo (Polychaos dubium). Torej bi za novico iz Jodrella morali pravzaprav opozoriti, da govori o večceličnih organizmih

VHM

Virusne hemoragične mrzlice (VHM) so obolenja z razponom kliničnih slik od blagih do hudih, med zadnjimi se nekateri izbruhi lahko končajo s smrtjo pretežnega števila obolelih (npr. pri Eboli). Nedavni prispevek v reviji Wired “Lassa fever: Coming to an airport near you” nas prepričljivo opozori, da ob sicer prevladujoči pojavnosti teh obolenj v za nas eksotičnih področjih, sodoben, predvsem zračni transport, lahko to realnost dramatično primakne v naše bližnje okolje. Vredno branja in razmisleka.

Bakterije proti virusu denge

V naslednjem letu bodo v Avstraliji in Vietnamu naselili v naravno okolje komarje, okužene z bakterijo Wolbachia. Takšni komarji so v manjši meri sposobni prenašati virus mrzlice denga, imajo pa tudi pol krajšo življenjsko dobo, kar dodatno omejuje raznos denge, saj virus prenašajo le starejši insekti. Bakterija Wolbachia se prenaša na potomce preko jajčec okuženih samic, okužene prenašalke pa se hitro uveljavljajo v populaciji saj imajo selekcijsko prednost, ker le one se lahko parijo z okuženimi samci, medtem ko se neokužene samice ne morejo.

Je odkrit vzrok CCD?

Morda so raziskovalci na dobri poti, da pojasnijo ozadje skrivnostnega sindroma propadanja čebeljih družin (angl. Colony Collapse Disorder - CCD). Odkrili so namreč kombinacijo virusa in glive, katerih patogeneza bi morda lahko pojasnila nadlego, ki resno prizadeva svetovno čebelarstvo.

Vakcinacija nosečnic

Nedvomno vzpodbudna novica za nosečnice: otroci mater, ki so bile v času nosečnosti vakcinirane proti gripi, imajo skoraj 40% manjšo verjetnost hospitalizacij zaradi gripoznih obolenj, ugotavljajo raziskovalci J.H.B. School of Public Health iz Baltimora.

O arhejah

Skupina organizmov z imenom arheje (Archaea) si v naših učbenikih biologije le stežka utira pot do priznanja samostojne taksonomske kategorije (domene) v biološkem razvrščanju in poimenovanju. Da temu ni tako samo pri nas, lahko preberemo tudi v nedavnem prispevku D. Mungerja v reviji Seed. In na nekatera novejša presenetljiva spoznanja o biologiji te nenavadne organizemske skupine nas tudi opozori avtor.

Brada - riziko

Na svoja stara mikrobiološka leta sem moral zvedeti, da sem s svojo brado rizičen :-) za svojo okolico: članek v Appl Environ Microbiol. Vidim pa, da je bil ta raziskovalni prispevek nagrajen z letošnjo IG Nobelovo nagrado za področje javnega zdravstva. Sicer pa zabavajte se in uživajte ob še nekaterih nagradah revije AIR.

Mikrobiologija kot poklic

Vsak trenutek se bo začelo (ne bo sicer zazvonil zvonec…) in študenti bodo napolnili predavalnice. Morda se bo tudi še zdaj kdo med njimi vprašal, ali je izbral pravo študijsko smer. Mikrobiologom med njimi priporočam, da prisluhnejo besedam nekoga, ki je tak študij končal in našel v poklicu zadovoljstvo.

Predavanje

COBIK (Center odličnosti) in NIB (Nacionalni institut za biologijo) sporočata:

“Vabimo vas, da se udeležite predavanja

dr. Georga P. Lomonossoffa

»Turning diseases to commodity: the use of cowpea mosaic virus in bio- and nano-technology«. Predavatelj prihaja iz John Innes Centra v Veliki Britaniji, ki je eden vodilnih raziskovalcev na področju uporabe rastlin za proizvajanje cepiv in drugih farmacevtsko pomembnih proteinov. Na predavanju nam bo bo predstavil uporabo rastlinskega virusa v biotehnološke in nanotehnološke namene.

Predavanje bo v ponedeljek, 4. oktobra 2010, ob 16. uri, na sedežu Nacionalnega inštituta za biologijo, Večna pot 111, v predavalnici B3. Potekalo bo v angleškem jeziku.”

O bakterijah na Huffington Post

Huffington Post je gotovo med najbolj znanimi ameriškimi novičarskimi spletnimi stranmi v obliki bloga. Mesečno jo obišče okoli 10 milijonov bralcev, kar je svojevrsten fenomen na blogerski sceni. Kljub temu, da se izraziteje posveča obravnavi političnih in medijsko aktualnih vsebin s svojo izpričano liberalno usmeritvijo, objavlja tudi druge aktualne vsebine. V današnji številki npr. najdemo zapis o “koristnih bakterijah”, kjer avtor govori predvsem o probiotikih. Zapis je zanimiv zlasti v svoji ambiciji da ostane razumljiv najširšemu krogu bralcev.

Bakterije proti smradu na Oktoberfestu

Bavarci so se domislili zanimive uporabe bakterij (>1, >2) za preganjanje smradu, ki je spremljevalec vsakoletnega oktobrskega pivskega slavja pod šotori. Zaradi razlitega piva ter ostankov hrane se na tleh razvije značilen vonj, ki bi ga naj pregnali ali pa vsaj omilili z uporabo bakterijske kulture, katere raba temelji na podobni izkušnji premagovanja smradu v komunalnih čistilnih napravah. 

Ameba, ki nenavadno ogroža

V tleh in v prahu najdemo amebo Balamuthia mandrillaris. V novejšem času jo pogosteje omenjajo v zvezi s sicer redkim, a resnim, običajno fatalnim obolenjem pri človeku. Povzroča namreč “Balamuthia” granulomatozni amebni encefalitis, zanj pa naj bi bile infekcijske poti vezane na dihala ali pa na poškodbe kože. Posebno zaskrbljenost in s tem tudi izrazito pozornost s strani CDC pa so zbudili primeri Balamuthia GAE, ki so bili v zadnjih dveh letih vezani na obolenje pri prejemnikih transplantiranih organov.

Insekti kot vir antibiotikov

V navezavi na enega od prejšnjih zapisov dodajam novo, zanimivo novico sporočeno na konferenci britanskega mikrobiološkega društva (SGM) s strani raziskovalcev iz univerze v Nottinghamu. Pri raziskavah možganskega tkiva kobilic in ščurkov so odkrili številne kemijske spojine, ki ubijajo bakterije, med drugim tudi proti antibiotikom odporne seve MRSA.

Jesenska konferenca britanske SGM

Svoje bralce bi rad opozoril na zapise blogerja LabRat, v katerih spremlja jesensko konferenco britanske Society for General Microbiology (SGM). LabRat v zapisih med 30. avgustom in 12. septembrom letos (>1, >2, >3, >4, >5, >6) predstavlja nekatere zanimivejše teme s te konference.  Mimogrede: v sekciji o ekstremofilih je predavala tudi prof. Nina Gunde Cimerman iz ljubljanske Univerze o ekstremnih glivah.

Preskok ptičje gripe

Čeprav pri ljudeh infekcija z virusom ptičje gripe H5N1 lahko povzroči do 60% smrtnost, redkost prenosa iz perutnine na človeka in trenutno še redek prenos med ljudmi zaenkrat ne kaže na grožnjo s pandemijo. Vendar pa raziskave na Japonskem in v Indoneziji opozarjajo, da bi ob preskoku ptičjega virusa na prašiče, ki so ga med drugim tudi že ugotovili, lahko prišlo do učinkovitejšega prenosa virusa med sesalci, s čimer pa bi nastopilo tudi večje tveganje za človeka.

Ročna razkužila boljša

Študija ameriških raziskovalcev kaže, da so ročna razkužila, ki vsebujejo etanol precej učinkovitejša pri odstranjevanju rinovirusov iz rok, od umivanja z milom in vodo. Z dodatkom organskih kislin k tem razkužilom se je učinek protivirusne zaščite tudi pomembno podaljšal.

Protimikrobne učinkovine v koži žab

Ob zaskrbljujočem naraščanju infekcij z mikroorganizmi odpornimi na večino antibiotikov, so dobrodošle najdbe novih, nepričakovanih protimikrobnih učinkovin z izvorom tudi v  tkivih višjih organizmov. Skupina italijanskih raziskovalcev tako poroča o odkritju protimikrobnih peptidov z učinkom proti Pseudomonas aeruginosa v koži žab.

Splet Bioznanosti

Na spletnem naslovu Bioznanosti boste lahko poslej spremljali obvestila o interdisciplinarnem doktorskem študiju “BIOZNANOSTI – znanost o življenju, znanost za življenje”, ki ga izvajajo štiri članice UL: Biotehniške fakultete, Fakultete za elektrotehniko, Fakultete za računalništvo in informatiko ter Fakultete za strojništvo. Na Youtubu si lahko ogledate kratek video posnetek o tem študiju.

Simpozij o C. difficile

Ker je uradna spletna stran SMD žal še vedno mrtva, naj tukaj obvestim morebitne zainteresirane o aktualni prireditvi. Na spletni strani ICDS najdete obvestilo, da bo med 22. in 24. septembrom letos na Bledu tretji kongres o Clostridium difficile.

Biološka slikovna zbirka

Založnik revij odprtega dostopa BioMed Central (BMC) razširja svojo ponudbo s slikovno podatkovno bazo Biology Image Library. Vanjo bodo vključevali slikovni material iz sedmih področij vključno s slikami iz člankov, ki jih objavljajo revije v izdaji BMC. Baza ima iskalno orodje z več iskalnimi atributi, razen tega pa bodo slike opremljene z obsežnimi anotacijami. Uporabnikom ponujajo tudi možnost kreiranja lastnih slikovnih zbirk v formatu PowerPoint.

Poklicne možnosti v biotehnologiji

Na spletni strani Bio-Link si lahko naložite publikacijo “Careers in Biotechnology”, avtoric Gine Frierman-Hunt in Julie Solberg. Brez dvoma dobrodošla pomoč pri študijski izbiri, izbiri poklica in tudi kot orientacija za zaposlovalce. Vsebina bo koristna seveda tudi za snovalce šolskih kurikularnih programov. Dokument je v .pdf formatu!

Bakterije učinkovito odstranjujejo onesnaženje v Mehiškem zalivu

Po nesreči na naftni ploščadi Deepwater Horizon v Mehiškem zalivu se je v globini 1.000 do 1.200 m razširil oblak naftnega razlitja v razdalji do 15 km. Aktualna študija raziskovalcev iz kalifornijske ustanove Lawrence Berkeley National Laboratory razkriva, da mikrobna aktivnost doslej neznanega mikroorganizma precej učinkoviteje razgrajuje naftno onesnaženje, kot so lahko pričakovali. Kot navaja Terry Hazen, mikrobni ekolog, ki vodi to raziskavo v laboratorijih Berkeley, je priliv nafte bistveno pospešil razrast psihrofilnih (hladnemu okolju prilagojenih) proteobakterij taksonomske skupine gama, ki so sorodni sicer znanim razgrajevalcem naftnih ogljikovodikov. Preseneča tudi ugotovitev, da povečana mikrobna aktivnost k sreči ni resneje zmanjšala kisikove prisotnosti v območju naftnega oblaka.

Zbirnik znanstvenih blogov

Tale zapis bo gotovo zanimiv tudi za mikrobiološko srenjo.

Revija Archaea v odprtem dostopu

Archaea je vrstniško ocenjevana (“peer-reviewed”) odprtodostopna revija, ki jo izdaja založniška hiša Hindawi. Objavljajo izvirne znanstvene prispevke, kot tudi pregledne članke, ki obravnavajo vse vidike raziskav arhej, vključno z bioinformatiko, biotehnologijo, okoljsko tematiko, encimologijo, genetiko, presnovo, molekularno biologijo, molekularno ekologijo, filogenijo in ultrastrukturo.

Prihodnost genskega sekvenciranja

Kako vidi prihodnost genske analitike Jay Flatley, predsednik in predstojnik podjetja Illumina, lahko preberemo v temle intervjuju. Illumina je z več kot 60% svetovnega tržnega deleža v segmentu opreme za sekvenciranje brez dvoma vodilno podjetje, ki trenutno tudi določa cene storitev v tem področju z eksplozivno rastjo.

Preklic pandemije H1N1

Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) je preklicala pandemijo H1N1. Od številnih pomislekov, ki jih je sama razglasitev izzvala, je ugasnil le del. Nekatere dileme načenja v svoji razpravi bloger  Vincent, večina pa jih bo najbrž še dolgo polnila bloge in kolumne v postpandemičnem obdobju. 

Nasveti za bodoče znanstveni(k)ce

Simpatične in koristne napotke vam, ki se odločate za pot v znanost, ponuja bloger Ethan Siegel v zapisu Advice for Young Aspiring Scientists. Koristni bodo, za katerokoli strokovno kariero se že odločate, npr. tudi za biološke vede, čeprav je avtor astrofizik. In veliko nasvetov in razlogov za motivacijo dodajajo tudi komentatorji tega zapisa. Vsekakor vredno branja.

Vakcina proti gripi za cepilno sezono 2010/2011

FDA je objavila seve virusov vsebovanih v vakcini proti sezonski gripi, ki jo bodo pričeli pripravljati za cepilno sezono 2010/2011. Vakcina bo vsebovala viruse podobne trem sevom:

• A/California/7/09 (H1N1) (sev pandemične influence iz leta 2009),
• A/Perth /16/2009 (H3N2)
• B/Brisbane/60/2008.

Zaenkrat je predvidenih šest proizvajalcev vakcine: CSL Limited, Novartis Vaccines and Diagnostics, Glaxo Smith Kline Biologicals, ID Biomedical Corporation, MedImmune Vaccines Inc., in Sanofi Pasteur Inc.

Sledovi mononegavirusov v živalskih genomih

Kot lahko preberemo v prilogi Science Now, raziskovalci iz okolja univerze Princeton sporočajo zanimivo in v marsičem presenetljivo najdbo. Virusi, ki povzročajo hemoragične mrzlice npr. Ebola in Marburg, naj bi bili vključeni v genome nekaterih sesalcev že nekaj deset milijonov let. Viruse iz družin Filovirideae in Bornaviridae, čeprav so RNA virusi in se težje preoblikujejo v DNK molekule, ki se nato lahko vključujejo v živalski genom, so našli pri številnih živalskih organizmih, npr. pri človeku, ribah in drugih vretenčarjih. Njihova funkcija sicer ni znana, ker pa so se uspeli ohraniti skozi milijone leto evolucije, raziskovalci sklepajo, da so najbrž na nek način koristni nosilcu.

Nukleolinus – ponovno odkrit

V standardni nabor celičnih komponent bo treba vključiti nov element, pravzaprav ga bo treba vključiti ponovno, saj je bil odkrit že pred 150 leti, a je bil nato pozabljen. Nukleolinus je celična sestavina v jedru številnih celic, vključno z nevretenčarskimi jajčnimi celicami in nekaterimi celicami sesalcev. Skupina raziskovalcev iz Marine Biological Laboratory’s (MBL) v Woods Holeu in iz univerze Illinois v Urbani je predstavila najdbo v Proceedings of the National Academy of Sciences  (PNAS) ob tem, ko je opisala tudi metodo opazovanja, ki premošča dosedanje težave pri opazovanju nukleolina. Strukturi pripisujejo vlogo pri delitvi celice.

Kajenje in periodontalna obolenja

Kadilcem, ki so po običaju nezaupljivi do vseh, ki jim svetujejo opustitev razvade, se bo ta vest morda zdela za lase privlečena in samo nov korak v splošni protikadilski kampanji. Vendar naj bi opustitev kajenja zmanjšala število nezaželenih bakterij, ki jih nadomestijo bakterije ugodnega poteka periodontalnih obolenj, kot ugotavlja skupina raziskovalcev iz ameriških univerz Ohio State in  Columbus ter britanske univerze iz Newcastla v objavi v Journal of Clinical Microbiology. Rezultati podpirajo kritični pomen svetovanja odvajanja kajenja v periodontalni terapiji.

Multipla skleroza in bakterije prebavil

Raziskovalci kalifornijskega tehnološkega instituta (Caltech) v svoji raziskavi opozarjajo na morebitno povezavo med multiplo sklerozo (MS) in bakterijami prebavne cevi. Seveda ne trdijo, da bakterije neposredno povzročajo MS, naj bi pa sodelovale pri ustvarjanju pogojev, ob katerih se bolezen lahko razvije.

Kaj je “bakterijoterapija”

Svobodni znanstveni publicist Carl Zimmer je pred nedavnim v New York Timesu predstavil morebitno novo terapevtsko možnost, imenovano “bakterijoterapija” ali “fekalna transplantacija”. Opisal je izkušnjo dr. A. Khorutsa, gastroenterologa iz Univerze v Minnesoti, ki je s to metodo ozdravil hudo črevesno infekcijo, povzročeno z bakterijo Clostridium difficile. Njegova pacientka je mesece trpela za hudo diarejo, ki jo je izčrpavala ob grožnji, da jo tudi usmrti. Po neuspešni uporabi različnih antibiotikov se je dr. Khoruts odločil za transplantacijo. Vendar ne za prenos tkiva, ampak je prenesel v debelo črevo pacientke manjši vzorec črevesne vsebine njenega soproga. Diareje je izginila po enem dnevu in se od takrat, (to je bilo leta 2008), ni vrnila. Zdravnik in njegovi sodelavci pa se niso zadovoljili zgolj s tem rezultatom; preučili so tudi genetski zapis bakterij v črevesu pacientke pred in po transplantaciji. Pred posegom je bila mikrobna združba v obupnem stanju, tega, kar velja kot “normalna flora”, sploh ni bilo mogoče najti. Štirinajst dni po transplantaciji je mikrobno združbo v zdravljenem črevesu že obvladovala mikrobna združba, prenesena iz črevesa njenega moža.

Od takrat so dr. Khoruts in sodelavci in izvedli še 15 takih transplantaciji in s trinajstimi so ozdravili svoje paciente. Zdaj preučujejo katere mikrobne vrste so posebno pomembne za pregon Clostridium difficile iz črevesa. Zavedajo se kompleksnosti vprašanja in da še zdaleč niso pri dokončnem odgovoru, vendar obeti so odlični.

Carl Zimmer nam v svoje članku predstavlja tudi širše ozadje mikrobiomike, področja, ki se nezadržno širi in odpira številne možnosti, s posebnim poudarkom prav v področju zdravstvenega varstva.

Komarji, ki ne prenašajo malarije

Raziskovalci iz Univerze v Arizoni so vzredili gensko spremenjene komarje, ki so v 100% odporni  proti povzročiteljem malarije in torej ne prenašajo bolezni na človeka. To lastnost posredujejo komarji tudi svojim potomcem. Seveda pa je pred raziskovalci zdaj najtežji del naloge, namreč kako dodatno podeliti spremenjenim komarjem kompetitivno prednost, da bodo lahko v okolju izpodrinili naravno populacijo insektov. Žal velja prepričanje, da je ta korak oddaljen še leta.

Virusi v prebavilih

Preučevanju bakterijske poselitve prebavnega trakta (projekt Microbiome) se je zdaj pridružila še študija virusov v prebavilih. Raziskava razkriva, da ima vsaka oseba značilen nabor virusov (večinoma gre za bakteriofage) in da se ta sestava v času ne spreminja močno. Virusna poselitev prebavil pri bližnjih sorodnikih (preučevano tudi pri enojajčnih dvojčkih in njihovih materah) pa ni tako enoznačno podobna kot je to ugotovljeno npr. za bakterijsko združbo.

Kako med ubija bakterije

Tokratni prispevek na blogu MicrobiologyBytes povzema sveže raziskave mehanizmov, na katerih temelji znana baktericidna lastnost meda. Uporaba medu za zdravljenje ran ima dolgo zgodovino, ki jo je zasenčil šele prihod antibiotikov. Zaradi težav z odpornostjo na antibiotike pa zdaj iščejo nove rešitve protimikrobnih strategij in odtod tudi ponovno zanimanje za učinke medu.  Najprej so pojasnjevali protimikrobni učinek medu z vsebnostjo vodikovega peroksida in visoko osmolarnostjo, kasneje so ugotovili vsebnost in učinke metilglioksala, novejše raziskave pa odkrivajo tudi prisotnost čebeljega defenzina-1.

Dajmo znanstvene dosežke na wikipedijo

Po prebiranju zapisa na Bengtssonovem blogu si prav lahko predstavljam ustvarjanje nove scene znanstvene žurnalistike o kateri govori. Ko se povežeta ideji odprtega dostopa in vsedostopne wikipedije. Ko bodo znanstvene revije avtorju omogočile (ali pa celo od njega zahtevale), da bo vzporedno z originalnim znanstvenim člankom pripravil tudi članek formatiran za objavo v wikipediji, ki pa bo prav tako recenziran z vrstniško oceno (peer review) in bo namenjen predstavitvi znanstvenega prispevka širši javnosti. Kje so koristi? Najprej v javnem dostopu do informacije v poljudnejši formulaciji vendar še vedno z neokrnjeno kompetenco. In s tem se okrepi položaj wikipedije kot ključnega globalnega portala relevantnega znanja, ki je zaradi učinkovite povezanosti z najpomembnejšimi spletnimi iskalniki tudi široko uporaben in uporabljan. Avtor ponudi svoje vedenje v odprt dostop in s tem poveča svojo prepoznavnost in pridobi povratno korist opaženosti v znanstveni srenji. Ker je mogoče pričakovati, da se bo slej ko prej to tudi vključevalo v sisteme ocenjevanja vplivnosti, se krog interesov avtorja, financerja raziskave, publicista in javnosti smiselno zaključi.

Ameriško Vrhovno sodišče o GSO

Ameriško Vrhovno sodišče (U.S. SC) je prvič v svoji zgodovini razsojalo v zadevi, ki zadeva genetsko spremenjene rastline. Zavrnilo je razsodbo nižjega sodišča, ki je prepovedalo sejanje Monsantove lucerne, spremenjene tako, da je odporna na herbicid Roundup. Kalifornijsko sodišče je namreč leta 2007 razsodilo, da je kmetijsko ministrstvo izdalo dovoljenje za komercialno rabo genetsko spremenjene lucerne brez ustrezne presoje vpliva na okolje, kot to zahteva zvezna zakonodaja in odredilo splošno prepoved uporabe. Zagovorniki GSO so z odločitvijo SC zadovoljni, čeprav menijo da na na sam primer ne bo imela posebnega, zlasti ne takojšnjega učinka, bo pa imela dolgoročen vpliv na podobne sodne postopke.

Letošnja ASMCUE

Konferenca ASMCUE je vsakoletna prireditev Ameriškega mikrobiološkega društva (ASM) na temo predstavitve aktualnih znanstvenih dosežkov in učinkovitih učnih strategij v mikrobiologiji. Običajna se je udeleži okoli 300 mikrobiologov, ki so povezani z izobraževanjem v stroki. Letošnji sestanek je bil med 20. in 23. majem v San Diegu. Na zame priljubljenem blogu Small Things Considered, ki ga ureja Elio Schaechter, v gostujočem zapisu o obisku te konference simpatično piše Amy Cheng Vollmer.    

Bonnie Bassler prisluškuje bakterijam

Sporazumevanje med bakterijami, s strokovnim imenom “zaznavanje celične gostote” (angl. “quorum sensing”) je še vedno med najbolj nenavadnimi pojavi pri enoceličnih organizmih. Temu fenomenu se že leta posveča profesorica dr. Bonnie Bassler iz Univerze Princeton o čemer sem pisal tudi že na tem blogu. Na portalu Life Science je nedavno objavljen prispevek, ki v razumljivem jeziku seznani bralca  z nekaterimi aktualnimi poudarki o tej temi.

O mikrobioti podzemlja in o “mikrobioti” nasploh

Pa nam je ušla priložnost (ali pa morda ne…), da bi izkoristili naše kraško podzemlje in ga preučili še v vidikih njegove mikrobiote. Vas je pojem »mikrobiota« presenetil; o tem poklepetamo še na koncu. Zdaj pa o tem, zakaj sem v ta zapis vpletel naš Kras. Namreč na novičarskem spletu Asu News sem našel zanimivo vest o tem, kako so se na Univerzi v Arizoni odločili, da raziščejo ali mikroorganizmi v podzemlju pomagajo pri oblikovanju jamskih stalagmitnih in stalaktitnih struktur. Raziskavo financira NSF in škoda, da naš ARRS nima takšnih ambicij. Morda pa še le ni vse zamujeno, morda fantje in dekleta iz Phoenixa le ne bodo odkrili vseh skrivnosti. Morda so vmes takšne, v katerih je naš Kras vendarle unikaten, tako kot je izbor tega slovenskega imena unikatna oznaka za ves svetovni kraški svet. Za takšno ekskluzivo se pač splača potruditi.

Zdaj pa še o »mikrobioti«. Vse več slovenskih mikrobiologov se ogreva za prenos tega pojma iz angleškega jezikovnega okolja tudi v naš jezik. V angleščini najdemo dve rabi, ena je edninska, »microbiota« in pomeni skupnost mikroorganizmov v določenem okolju. Druga prvotnejša, danes redkejša pa je množinska in kot sinonim nadomešča pojem »mikroorganizem«, torej »different microbiota« = različni mikroorganizmi. In kako je pri nas? Pojem »mikrobiota« naj bi prav tako zasedel obe pojmovni niši, kot npr. v angleščini. Pa se najprej še pomudimo pri etimologiji: pojem je sestavljena iz dveh delov. »mikro« in »biot(a)«. O vseh pojmovnih povezavah s predpono »mikro« ne velja izgubljati besed, podredna zloženka zajema vse, kar je majhno. Pojmov »biot« ali »biota« pa ne najdemo ne v SSKJ in ne v SP. Pa uporabimo najdi.si in …veliko zadetkov! Pojme »biot(a)« najdemo v različnih rabah, vedno pa v neki povezavi z življenjem. Kaj pa geslo »mikrobiot«? V eSlovarju najdemo pojem »mikrobiot« = mikroskopska flora in favna določenega predela. In pojem najdemo še v slovenskem medicinskem e-slovarju: mikrobiót -a m organizem kot sestavni del mikroflore in mikrofavne. To pa ni pojem, kot bi ga radi uporabljali mikrobiologi za poimenovanje mikrobne združbe na neki lokaciji. Vsaj tako sem razumel, da predlagatelji želijo uporabljati za ekološki pojem obliko »mikrobiota« (edn., ž.sp.), namreč kot sinonim za neustrezno sintagmo »mikrobna flora«. Tako rabo razkriva tudi iskanje na spletu. Vendar tu naletimo še na dodatno težavo. Botaniki to besedo uporabljajo za slovensko obče ime za rastlino Microbiota decussata. Kako naprej; mislim, da bi bila koristna še beseda jezikoslovcev!

Avtizem in črevesni mikroorganizmi

Presenetljiv je članek v New Scientistu, ko pravi, da naj bi pri otrocih z avtizmom ugotovili v urinu poseben kemijski profil, ki bi ga bilo mogoče celo uporabiti kot morebiten zgodnji diagnostični test. Značilna kemijska slika naj bi bila povezana s specifično črevesno mikrobno združbo, ki jo ugotavljajo pri otrocih z avtizmom in ponuja se razlaga, da naj bi črevesni mikroorganizmi bili celo vzrok za nastanek avtizma. Predvsem naj bi bila bakterijska skupina klostridijev tista, ki bi naj s svojimi presnovnimi produkti vplivala na možganski razvoj.

Kako deluje akupunktura?

Članek v reviji Nature Neuroscience razkriva mehanizem s katerim je mogoče pojasniti kako akupunktura lahko pripomore k zmanjšanju bolečine. Akupunkturo kljub podpori in zagovoru, ki jo ima v Svetovni zdravstveni organizaciji za zdravljenje nekaterih bolezenskih stanj, vendarle spremlja skepsa strokovnjakov.

Zdaj so M. Nedergaard in sod.  v poskusu na miših ugotovili, da zabadanje in značilna rotacija igle sprošča specifične nevrotransmiterje, ti pa z vezavo na adenozin A1 receptorje, locirane na živčnih vlaknih, ki prenašajo bolečino, omejujejo aktivnost vlaken in omejujejo bolečino.

Brez dvoma bo ponujena teorija intenzivirala raziskave te prastare kitajske ljudske zdravilske prakse.    

Izkoreninjenje črnih koz naj bi odprlo pot AIDSu

Nedavno objavljena raziskava v BMC Immunology je ponudila presenetljivo podmeno, da je prenehanje cepljenja proti črnim kozam, ki je sledilo izkoreninjenju te bolezni v svetu, odprlo pot razširjanju virusa HIV. Vakcina proti črnim kozam naj bi do določene mere zagotavljala tudi zaščito pred virusom HIV in to naj bi tudi potrdile nedavne raziskave, v katerih so primerjali občutljivost HIV-1 virusa v mononuklearnih celicah iz periferne krvi pridobljenih od oseb imuniziranih z vakcinijo in od necepljenih oseb ter ugotovili značilno večjo občutljivost virusa v celicah vakciniranih oseb.

Sintetična bakterijska celica

Kot poroča dnevnik Guardian je v današnji številki revije Science objavljen članek raziskovalne skupine pod vodstvom J. Craiga Venterja z naslovom “Creation of a Bacterial Cell  by a Chemically Synthesized Genome”. V nadaljevanju je prevod izvlečka članka:

“Poročamo o oblikovanju, sintezi in sestavljanju 1,08 Mbp velikega genoma (bakterije) Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 začetem iz podatkov digitaliziranega genomskega zaporedja in nato njegovega vstavka v prejemniško celico (bakterije) Mycoplasma capricolum da bi ustvarili nove celice bakterije Mycoplasme mycoides, ki bodo nadzorovane zgolj s sintetičnim kromosomom. Edina DNK v celicah je pripravljeno sintetično zaporedje DNK, ki vključuje zaporedje “vodnega znaka”  ter druge narejene genske delecije in polimorfizme  in mutacije pridobljene v postopku izgradnje. Nove celice imajo pričakovane fenotipske lastnosti in so sposobne kontinuiranega samopomnoževanja.” 

Carl Zimmer je na svojem blogu to priložnost pospremil s pomenljivim vprašajem in dodal nekaj povezanih in  koristnih literaturnih virov.

Slovenski iGEM odmeva še naprej

Kot lahko preberemo v blogu DNE Tehno, se slovenski ekipi iGEM iz lanskega leta obeta novo priznanje; cit:

“Skupina slovenskih študentov in njihov mentor Roman Jerala s Kemijskega inštituta so prejeli dve nominaciji za prestižno nagrado World Innovation Award. Podeljujejo jo za raziskave, odkritja in projekte, ki naj bi imeli največji vpliv na prihodnost človeštva.”

Čestitamo!

Mikrobiologija v videu

César Sánchez je mikrobiolog in njegov blog Twisted Bacteria sem že omenjal na tem blogu. Tokrat svetujem ogled njegovega izbora mikrobioloških video klipov, ki jih je povezal na You Tube v posebni zbirki Cesar's channel. Sicer pa lahko Sancheza spremljate tudi na Twitterju.

Ask a Biologist

Kljub temu, da v predstavitvenem tekstu avtorji strani Ask a Biologist zapišejo, da je predvsem namenjena šolarjem, naj vas to ne odvrne od obiska. K sreči v nadaljevanju vzpodbudno pojasnijo, da bodo dobrodošla vprašanja kogarkoli, ne glede na starost. Lahko rečem, da se bom, po prvem vtisu sodeč, pogosto vračal na ta spletni naslov. 

Nova vrsta povzročitelja malarije

Raziskovalci iz London School of Hygiene & Tropical Medicine ter Hospital for Tropical Diseases na Mahidol University iz Bangkoka so v skupni raziskavi ugotovili, da malarijo, za katero je doslej veljalo da jo povzroča Plasmodium ovale, povzročata pravzaprav dva različna parazita. 

Oviranje glivne rasti z bakterijami

Irski raziskovalci z univerze v Corku poročajo o možnosti preprečevanja rasti glive Candida albicans na silikonskih površinah, kar bi reševalo pogost problem z glivnimi bolnišničnimi infekcijami izzvanimi z medicinskimi implantati. Ugotovili so namreč, da bakterija Pseudomonas aeruginosa proizvaja učinkovine, ki preprečujejo rast gliv in ustvarjanje oblog npr. na površini medicinskih katetrov.

Listerije blokirajo celični odziv na stres

Nekatere bakterije, med njimi Listeria monocytogenes, obvladajo obrambo napadene celice tako, da blokirajo proces sumoilacije, ki, med drugim, celicam omogoča odziv na stres. Listerije v celici (znano je, da so te bakterije znotrajcelični paraziti), sproščajo toksine, ki reprogramirajo celično obrambo pred napadalci. To so ugotovitve dr. P.F. Cossartove, objavljene v nedavnem članku v reviji Nature.

Kronično vnetje želodca in kolorektalni rak.

Nedavna študija dr. Duanea Smoota in sodelavcev iz Univerze Howard v Washingtonu kaže na povezavo med kroničnim vnetjem želodca, v ozadju katerega je bakterijska infekcija s Helicobacter pylori  in kolorektalnimi polipi, pogostimi predhodniki raka na debelem črevesu.

Ocene o številu mikrobnih vrst drastično povečane

Kot lahko preberemo v zadnji številki revije Nature so v skupini ICoMM (International Census of Marine Microbes), kjer se ukvarjajo z identifikacijo mikroorganizmov v morskih okoljih močno korigirali število znanih mikrobnih vrst (bakterij, arhej, protistov in virusov). Ob začetku dela ICoMM leta 2003 je bilo prepoznanih okoli 6.000 mikrobnih vrst, po obsežnih preiskavah okoli 1.200 vzorcev iz svetovnih morij danes ocenjujejo, da bodo našli vsaj 600.000 vrst, ocenjujejo pa , da naj bi v svetovnih morjih bilo vsaj 20 milijonov mikrobnih vrst, po nekaterih ocenah še celo precej več.

ICoMM je eden od 14 projektov iz programa Štetje morskega življa (Census of Marine Life), ki združuje preko 2.000 raziskovalcev iz 80 držav.

Pretirana higiena in imunost

V javnosti je precej zagovornikov pridobilo razmišljanje, da pretirana higiena v otroški dobi pravzaprav pomeni tveganje za neučinkovitost imunskega statusa in večjo izpostavljenost alergijam kasneje. Druga taka predpostavka je vezana na pred leti predstavljene ugotovitve na Univerzi Warwick, da odraščanje z domačimi živalmi otroke lahko celo zavaruje pred astmo. V podporo obeh tez je mogoče razumeti članek v aprilski številki Applied and Environmental Microbiology, da sta praksa dnevnega varstva otrok na eni in specifična mikrobna sestava domačega prahu, na katero pomembno vpliva prisotnost domačih živali, na drugi strani, lahko povezani tako s tveganjem za razvoj astme kot z zaščito pred njo.

Hipolargeni mlečni izdelki

Že iz začetkov rabe mlečnokislinskih bakterij kot probiotikov velja, da pomembno sodelujejo pri uravnavanju učinkovitosti gostiteljevega imunskega sistema. Zdaj je mešani francosko argentinski raziskovalni skupini uspelo potrditi hipotezo, da lahko proteaze mlečnokislinskih bakterij učinkovito podpro pepsinsko razgradnjo mlečnih beljakovin, zlasti v smeri hidrolize epitopov, kar pomeni zmanjšanje alergenosti živil oz. pot v razvoj hipoalergenih prehranskih proizvodov.

O GSO rastlinah

Prof. dr. B. Javornikova, vodja študije biotehnologije na BF, vabi v  sredo, 21. aprila 2010 ob 14.00h v predavalnico D1, Jamnikarjeva 101, na predavanje z naslovom: BIOTECHNOLOGY-DERIVED (GM) CROPS:  AN OVERVIEW OF DISCOVERY, DEVELOPMENT AND ENVIRONMENTAL RISK ASSESSMENT. 

Predavatelj bo Thomas E. Nickson iz službe Regulatory Environmental Policy pri firmi Monsanto Company.

95 milijonov let stari fosilni ostanki, tudi bakterijski

V jantarju, starem 95 let milijonov let, najstarejšem, kar so ga doslej našli na afriškem kontinentu, so raziskovalci mešane, ameriško nemške, skupine odkrili tudi fosilne ostanke organizmov iz te dobe. V jantarju je bilo ujetih 13 različnih vrst insektov in pajkov, parazitske glive in tudi filamentozne bakterije, ob ostankih rastlin cvetnic in praproti.

Predavanje prof. dr. Prosserja

Posredujem vabilo prof. dr. Mandičeve iz BF za predavanje prof. dr. J. I. Prosserja:

Spoštovani,
vljudno vabimo na predavanje eminentnega gosta iz tujine, prof. J. I. Prosserja, ki prihaja  iz Univerze v Aberdeenu na Škotskem. Predavanje organizira Slovensko mikrobiološko društvo, s strani Biotehniške fakultete pa Katedra za mikrobiologija.

Profesor Prosser  je mednarodno priznan znanstvenik na področju mikrobne ekologije, avtor več kot 150 znanstvenih člankov in  številnih knjig, dobitnih mnogih mednarodnih priznanj, vabljen predavatelj na številnih univerzah po svetu  ter odgovorni urednik priznane revije s področja mikrobiologija  “FEMS Microbiology Ecology”.  Predavanje bo v petek, 16. 4. 2010 ob 10h v B5, Biološko središče.

Veselimo se vaše udeležbe
S prisrčnimi pozdravi
prof. dr. Ines Mandič-Mulec

Še enkrat cianobakterije za biogorivo

Raziskovalci na Arizona State University so se lotili genskega spreminjanja cianobakterij z namenom proizvodnje in izločanja maščobnih kislin v gojišče. Z vnosom encima tioesteraze so povečali celično proizvodnjo maščobnih kislin vse do ravni, ko začno celice z difuzijo izločati kisline v okolico. Za nadaljnje povečanje prestopa kislin v medij so spremenili tudi lastnosti celičnih ovojev – sloja S in peptidoglikana – tako da maščobne kisline z večjo lahkoto prehajajo celično steno. Učinek prestopa so tako uspeli povečati za tri krat. In izboljšav so se lotili še na tretji način: z dodajanjem genov za prekomerno proizvodnjo maščobnih kislin in z odstranitvijo nekaterih presnovnih korakov, ki niso pomembni za preživetje celic. Vse to s poglavitnim končnim ciljem ohranitve celične rasti ob podpori proizvodnje maščobnih komponent na poti do izrabe teh fotosinteznih mikroorganizmov za proizvodnjo bioenergentov.

Blog s podkasti

Če tega bloga še niste odkrili sami, vas moram nanj opozoriti. Blog BacterioFiles prinaša zvočne zapise aktualnih novic iz sveta mikrobiologije. Ob zapisu v mp3 formatu, ki si ga lahko presnamete na svoj iPod ali drug predvajalnik in ga boste poslušali npr. naslednjič na avtobusu ali vlaku, avtor Jesse Noar za vsako zgodbo dodaja tudi dodatne podatke, slikovne in tekstovne. Ob tem vas z linki opozarja tudi na druge zanimiv zgodbe iz področja, ki jih prinašajo različne spletne novičarske strani.

Na sledi novi protimikrobni strategiji

Raziskovalka prof. V. Sperandio iz Univerze Texas razkriva morebitno novo pot zdravljenja prehransko vezanih infekcij. Patogene bakterije naj bi v prebavilih prepoznale gostiteljeve hormonalne signale, konkretneje adrenalina in ta jih nato vzpodbudi k proizvodnji toksinov. Skupina okoli Sperandijeve pa je prepoznala molekulo LED209, ki preprečuje bakterijsko vezavo adrenalina in s tem prekine signal sprožanja toksinske proizvodnje. Dodatna prednost predlaganega nadomeščanja antibiotikov z regulatorji hormonalnega vpliva je tudi, da medtem ko antibiotiki lahko sprožijo bakterijski SOS odziv, ki poveča virulenco, tega LED209, ki nima vpliva na mikrobno rast, ne povzroči.

Tudi tako bakterije proizvajajo kisik

Sid Perkins nam v Science News predstavlja objavo v Nature, kjer avtorji Ettwig in sod. razkrivajo nov, presenetljiv način proizvodnje kisika iz nitrita pri katerem bakterije izkoriščajo metan v kisika revnih sedimentih.

O starosti življenja

Biokemik L. Moran se v znanem blogu Sandwalk loteva ne tako nove a stalne dileme o dokazih zgodnjega življenja na zemlji. V glavnem danes v učbenikih srečamo podmeno, da je življenje na zemlji mogoče s fosilnimi ostanki dokazovati že tri in pol milijarde let nazaj. Gre za znano trditev mikropaleontologa J. W. Schopfa, ki je leta 1993 z objavo v reviji Science dokazoval prisotnost mikrobnih fosilov v starožitnih kameninah iz Zapadne Avstralije (blizu mesta Marble Bar) za katere je določena starost 3,465 milijarde let. Njegovi podatki, kot tudi nekateri drugi o mikrofosilnih ostankih na Grenlandu izpred 3,7 milijarde let so bili v znanstveni literaturi pogosto in tehtno napadeni, v delu tudi ovrženi. Kot smiselno opozarja prof. Moran, je ena od težav v načinu poročanja o znanstvenih odkritjih v poljudnih, zlasti popularnih medijih. V njih pogosto prevlada senzacionalizem, zaradi katerega je sicer lahkotno objavljena prva vest o nekem odkritju, kasnejše raziskave, ki ji oporekajo pa so prezrte. Avtor v zapisu z nekaterimi navedbami iz znanstvene literature učinkovito dokumentira ta fenomen in opozarja, da je treba vse trditve v učbenikih o zgodnjih dokazih življenja opremiti z ustreznim svarilom o njihovi vprašljivosti.

Najbolj “vroči” raziskovalci

Na Thomson Reutersovi lista najbolj “vročih” raziskovalcev za leto 2009 (po TR Science Watch), se je na prvo mesto zavihtel Rudolf Jaenisch, ki je s svojim laboratorijem za izvorne (zarodne) celice na MIT, zakoličil nove mejnike v stroki.  

Sekvenatorji po svetu

Bloger Nick Loman na blogu Pathogens: Genes and Genomes spremlja razširjenost visoko zmogljivih naprav za določanje genskega zaporedja - sekvenatorjev v svetu. Na zemljevidu nam predstavi tudi njihovo geografsko razširjenost, stanje po državah, izdelovalcih in ustanovah-centrih pa lahko preverite tudi v statistični tabeli. Ta trenutek v svetu med skupno 775 napravami (toliko jih je avtorju pač uspelo zaslediti) v 275 centrih prevladuje Illumina Genome Analyser 2 (prej Solexa), v precejšnji razdalji pa sledita Roche 454 in ABI SOLiD. Če zaupamo zemljevidu so nam trenutno najbližje naprave na avstrijski Univerzi v Grazu (1x454) in v Padovi (1xSOLiD in 1x454).

Namesto prstnega odtisa “mikrobni odtis” ?

Metodam v forenziki se morda pridružuje nova. Članek v PNAS razkriva možnost, ko bi lahko sledi, ki jih pušča človek na predmetih prepoznali tudi po njihovi mikrobni sestavi. Združba mikroorganizmov, ki naseljuje npr. naše dlani je namreč zelo specifična in bo z njo mogoča doseči tudi individualno prepoznavo. To bo priročno zlasti takrat, ko prstnih odtisov ni mogoče zaznati, npr. v sledovih na tkanini. Prvi avtor članka N. Fierer ugotavlja, da je na človekovi roki najti do 100 vrst bakterij in le 13% je skladnih med dvema osebama. 

Parazitologija človeka

Pri založbi Didakta je izšla knjiga prof. dr. Jerneja Logarja “Parazitologija človeka”. Založba predstavlja knjigo tako: “V knjigi Parazitologija človeka so podrobno opisani biološki temelji preživetja posameznih medicinsko pomembnih parazitov v ekosistemu, nazorno je predstavljen odnos parazitov do človeka kot njihovega potencialnega gostitelja.”

Ubijalski mitohondriji

Sindrom sistemskega vnetnega odgovora (systemic inflammatory response syndrome - SIRS) je pojav s pogostim smrtnim izidom. Enega od razlogov zanj razkriva v nedavnem prispevku v reviji Nature dr. C. Hauser. Iz citološke evolucije vemo, da so mitohondriji “potomci” bakterijski celic, ki so jih evkariontske celice po evolucijski prilagoditvi vključile v svojo energetsko presnovo. Ker so del celične notranjosti se imunski sistem na mitohondrijske antigene ne odziva. Ob večjih poškodbah tkiv in celic (npr. ob travmatskih poškodbah) pa lahko povečana količina sproščenih mitohondrijev vendarle sproži silovit imunski odziv, značilen za SIRS.

Boj proti komarjem

Raziskovalci na Univerzi Cornell so na dobri poti, da razvijejo inovativen postopek za boj proti komarjem, ki prenašajo vrsto bolezni kot npr. mrzlico denge, rumeno mrzlico in druge. Odkrili so namreč protein, ki onemogoči komarjem izločanje tekočine, kar je za te krvosesne živali ključnega pomena za preživetje. Načrtovani insekticid bi preprečil uriniranje insektov, ki je pri prehranjevanju s krvjo kritična fiziološka potreba zaradi obremenitve s tekočino in solmi, seveda pa vsaka telesna preobtežitev onemogoča tudi učinkovit let te zračne nadloge.

Genomika “rulz”…

Firma Pacific BioSciences, ki je nedavno sklenila odmevno partnerstvo z mikroprocesorskim gigantom Intel, najavlja, da bo z letom 2013 ponudila mapiranje humanega genoma za manj kot 1000 US$…

Naše telo kot ladja za križarjenje

Znani kolumnist (tudi v New York Timesu) in pisec poljudnoznanstvene literature Carl Zimmer je tokrat na svojem blogu The Loom v zapisu “I For One Welcome Our Microbial Overlords” duhovito povzel in metaforično obogatil nedavni članek iz revije Nature o genskem katalogu humane mikrobne flore, ko pravi: “Človeško telo je do določene mere za mikrobe kot luksuzna ladja za križarjenje. Vkrcajo se nanjo, ko se rodimo in se naselijo v svoje kajute: na kožo, na jezik, v nosno votlino, v grlo, v želodec, v rodila, v prebavni trakt in mi jih prevažamo, kamorkoli gremo.” . Verjamem, da boste tudi z užitkom prebrali originalni članek Junjie Qin in sod. “A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing” iz gornje povezave.

Bioetanol: …tako…tako.

Mislim, da se morajo zagovorniki proizvodnje bioetanola na koruzi kot surovini globoko zamisliti nad pomisleki Kevina Druma. Ob optimističnem scenariju npr. bioetanol sprosti okoli 92 g CO₂ na MJ (megajoule) energije, ob 94 - 96 g na MJ pri bencinu. Da ne govorimo o drugih oblikah “kolateralne škode” o katerih govori avtor: (a) povečanje cen hrane, (b) intenziviranje kmetijske proizvodnje, (c) sprememba namembnosti kmetijskih površin (pri kapitalnih proizvajalcih žit) in (d) sprememba rabe tal v preostanku sveta.

Symphony of Science

Ob tej pesmi vstanem in se nato ponižno priklonim.

Tezaver bioloških imen

Biologi - taksonomi, klasifikatorji in tudi ostali bodo veseli novega spletnega pripomočka - iskalnika uBio. Najprej za uvod nekaj splošnih podatkov o projektu uBio. V njem so zbrana in urejena biološka imena – zgodovinska in aktualna, ob tem pa vodi portal do številnih povezav, pomembnih za taksonomijo in študij biološke različnosti. V kratkem informativnem videoklipu boste našli koristne dodatne napotke.

“Antivirulenti”

Ali bomo morali ob pojmu “antibiotiki” kmalu osvojiti novega: “antivirulenti”. To naj bi bile učinkovine, ki ne bi ubijale patogenih organizmov  ampak bi zgolj izničile sposobnost bakterij, da naredijo škodo gostiteljskemu organizmu. In če smo že sprejeli v slovenščino pojem “antibiotik”, je zdaj, preden se uveljavi tujka, morda čas, da najdemo všečen slovenski izraz za to skupino protimikrobnih sredstev. Kakšen predlog?   

Ali bomo dobili vakcino proti dengi

Ko je dr. S. Halstead v sedemdesetih letih prejšnjega stoletja na temelju svojih kliničnih opazovanj oblikoval hipotezo, da lahko prisotnost majhne količine protiteles, tako imenovana subnevtralizacijska raven, ob (ponovni) infekciji z virusi denga povzroči resnejši potek obolenja kot pri bolnikih, ki so prvič prišli v stik z virusom. Mrzlico denga povzročajo flavivirusi, ki jih na človeka prenašajo komarji, bolezen pa se kaže v dveh oblikah, kot resni gripi podobno obolenje ali pa kot hemoragična mrzlica, ki jo spremlja t. i. denga šok sindrom in se neredko konča s smrtjo.

Dr. Halstead takrat za potrditev svoje predpostavke, ki so jo poimenovali »od protiteles odvisna okrepitev infekcije s protitelesi (“antibody-dependent enhancement of infection – ADE”), žal ni imel na voljo živalskega modela na katerem bi lahko preveril to svojo predpostavko. Klinični podatki pa so mu močno pritrjevali, saj je običajno pri bolnikih z resnejšim potekom bolezni bilo mogoče prepoznati sekundarni imunski odgovor, resneje pa so tudi zbolevali otroci, katerih matere so prebolele dengo. Soočen je bil torej s presenetljivim pojavom, ko naj bi imunski obrambni odziv bil pravzaprav za organizem škodljiv.

Zdaj pa je kot kaže raziskovalcem na ameriškem Inštitutu La Jolla pod vodstvom dr. S. Shreste uspelo na modelu z mišmi Halsteadovo hipotezo potrditi. Ob tem pa izrazito poudarjajo previdnost pri razvoju vakcine prav zaradi ADE paradoksa. Potrebno bo namreč razviti vakcino proti vsem štirim znanim serotipom virusa. Infekcija z enim od serotipov sicer zagotovi doživljenjsko imunost, vendar zgolj proti temu serotipu. Ob infekciji z drugim serotipom, ki bi sledila, količina in kvaliteta prisotnih protiteles ne zadostuje za nevtralizacijo virusa, sproži pa se tudi specifičen dodaten imunski odziv, ki vključuje doslej nepričakovano vpletenost jetrnih celic iz skupine sinusoidalnih endotelnih celic namesto makrofagov in dendritičnih celic, kar uvede specifičen potek omenjenega ADE fenomena.

Vakcina proti gripi 2010-2011

WHO priporoča, da naj vakcine proti gripi za sezono 2010-2011 za severno hemisfero vsebujejo seve:

— A/California/7/2009 (H1N1)-podoben virus;
— A/Perth/16/2009 (H3N2)-podoben virus;
— B/Brisbane/60/2008-podoben virus.

Gripa A/H1N1 v ZDA

Zadnje poročilo ameriških CDC sporoča ocene o razširjenosti gripe A/H1N1 (s popularnim imenom prašičja gripa) za obdobje april 2009 – 16. januar 2010.  Opozoriti pa je treba, da so številke srednja ocena in sicer 57 milijonov okužb, 257.000 hospitalizacij povezanih z gripo in 11.690 smrtnih primerov.

Istočasno pa ameriška zdravstvena služba z začudenjem ugotavlja, da njihovi zdravniki poročajo o nepričakovano nizki pojavnosti sezonske gripe v času, ki sicer velja kot običajno obdobje zanjo.

Arheja, ki preseneča

Mikrobni citologi so presenečeni; v raziskovalnih skupinah univerz iz Regensburga in Frankfurta so ugotovili pri arheji Ignicoccus hospitalis, da je zunanja, torej druga celična membrana, sposobna proizvajati ATP. V prokariontskem svetu podvojenost membran ni nič nenavadnega, imajo jih npr. po Gramu negativne bakterije. Res, da je pri njih mogoč energetski transport do zunanje membrane, same pa energije tam ne ustvarjajo. Tale arheja pa ima ATP sintazo vgrajeno v zunanjo membrano in notranja membrana nima energetskih encimov; to je presenetljivo. Še več, že ime te arheje izdaja dodatno posebnost. Latinska beseda »hospitalis« pomeni gostoljuben in za to arhejo vemo, da v naravnem okolju sobiva z manjšo partnersko arhejo Nanoarchaeum equitans, ki ima reduciran genom in vse kaže, da jo z energijo oskrbuje njena večja, gostoljubna partnerka. Skoraj ponuja se razlaga, če bi sprejeli tezo o evkariontski celic, ki je nastala ko je arheja npr. požrla bakterijo, da bi bila arheja Ignicoccus sp. idealen kandidat za tak scenarij s svojo sposobnostjo energetskega prenosa v soseščino.

Spolnost pri migetalkarjih

Reprodukcija migetalkarjev (Ciliata ) je brez dvoma markantna posebnost v živalskem svetu. Množitev celic je rezultat nespolne delitve, rekombinacija dednega materiala pa se dogaja v ločenem dogodku, ki mu pravimo konjugacija; na kratko je opisana >tukaj. Navdušil pa me je način opisa reprodukcije ciliatov, kot je to storila Olivia Judson v članku Unorthodox v New York Timesu, ki se bere skoraj kot avantura.  

Učni materiali za mikrobiologe

Spletna stran Microbial Life - Educational Resources vsebuje več kot 900 povezav do učnih gradiv (člankov, prezentacij, podatkovnih baz) za pouk mikrobiologije s posebnim poudarkom na tematiki ekstremnih okolij.

Revija Science nagradila spletni portal

Ugledna revija Science je svojo letošnjo nagrado SPORE (Science Prize for Online Resources in Education) podelila spletnim stranem Učnega centra za genetske študije na Univerzi Utah. To sta dva spleta: Learn.Genetics za študente in Teach.Genetics za učitelje.

Singletonov novi slovar

Paul Singleton, ki je pred leti v soavtorstvu z Diano Sainsbury izdal kapitalno delo Dictionary of Microbiology & Molecular Biology je zdaj pri založbi Blackwell Publ. samostojno izdal novo slovarsko delo Dictionary of DNA and Genome Technology. Vse te in druge njegove knjige so dostopne pri Amazonu. 

Predavanje halofilnega eksperta

Posredujem vabilo prof. dr. N. Gunde-Cimerman:

… povabilo na predavanje našega gosta, enega vodilnih  strokovnjakov na svetu za mikrobiologijo izjemno slanih okolij kot so soline in Mrtvo morje. Predaval bo  prof. Aharon Oren, Department of Plant and Environmental Sciences, The Institute of Life Sciences, The Hebrew University of Jerusalem, Jerusalem, Israel.

Naslov predavanje je The microbiology of the Dead Sea - Past, present and future

Abstract:
The talk that will provide aspects of limnology of this unusual hypersaline lake, diversity of microorganisms found there (culture-dependent, culture-independent including metagenomics), dynamics of communities, and environmental issues.

Predavanje bo v torek 2. 2. 2010 ob 15h, v B5, Biološko središče, v angleškem jeziku.

Vljudno vabljeni! Prof. Nina Gunde – Cimerman

Jabolko na dan…

Slovenski rek “Eno jabolko na dan odžene zdravnika stran” vsi poznamo. Zdaj so danski raziskovalci v študiji objavljeni v BMC Microbiology (na voljo v odprtem dostopu!) ugotovili, da imajo jabolka v prehrani poskusnih podgan vpliv na črevesne mikroorganizme, ki podpirajo zdravje v prebavilih in da je ta učinek v veliki meri mogoče pojasniti z vsebnostjo pektina v jabolkih. Seveda pa je treba s previdnostjo presojati rezultate iz poskusa na živalih saj je potrebno vedeti, da podgane prebavljajo sestavine jabolka drugače kot ljudje.

Delo in svet L. Pasteurja

Na spletnem portalu Pasteur Foundation boste našli dragocene materiale o Pasteurjevem inštitutu v Parizu, učiteljem in študentom pa bo brez dvoma dobrodošel nabor slikovnega gradiva o življenju in delu Louisa Pasteurja na strani News & Publications v alinei Images of the Work and World of Pasteur, npr. časovni trak njegovega bogatega življenja. 

Kandidoza, kandidiaza ali kandidaza?…

Pred dnevi se mi je oglasil kolega asist. Rok Tkavc, univ. dipl. mikrobiol.,  z vprašanjem, kjer sem prišel v rahlo zadrego. Skušal sem zato zadevo malo raziskati, zdaj jo pa dajem v soglasju s kolegom Tkavcem še na blog, računajoč, da se kdo od bralcev, zlasti kdo iz medicinske stroke, oglasi še s svojim razmislekom. Najprej pa oba teksta, najprej pismo kolega nato pa moj odgovor:

Lepo pozdravljeni,
ponovno sem se znašel pred terminološko dilemo. Sem namreč mentor dijaku, ki se v raziskovalni nalogi ukvarja s kandido. Zanima me, katero poimenovanje je pravilno:
- kandidaza
- kandidiaza
- kandidoza
Mikrobiološki slovar uporablja kandidiaza, wikipedia in dermatološki atlas kandidoza, nekateri forumi kandidaza. Zmeda je torej precejšnja in prosim, če mi lahko pomagate presekati gordijski vozel.
Hvala in lep dan, Rok

Spoštovani kolega Rok Tkavc,
gordijskega vozla midva najbrž ne bova presekala. Vam bom pa skušal svetovati, kako se sekanju skušajmo ogniti.
Naredil sem manjšo analizo, v kateri sem uporabil podmeno, da smo najbrž besedo in tudi njen prevod prevzeli iz angleščine, ki jo je pa pobrala iz latinščine.
Najprej sem pogledal v angleško Wikipedijo: tam obravnavajo le pojem "candidiasis". Nato sem šel na E. Britannico, kjer je tudi edina obdelana beseda "candidiasis". Tudi Veliki Webster ima zgolj pojem "candidiasis". Ko sem aktiviral Google sem za pojem "candidiasis" našel 1.420.000 zadetkov, za "candidosis" pa 99.800, za "candidasis" 29.500.
Zadeva se zaplete, ko pričenjam iskati slovenske pomenke. SSKJ in Slovenski pravopis pojma nimata. Ima ga Veliki slovar tujk, ki ima omenjeni obliki: "kandidiaza" in "kandidoza", daje pa prednost slednji, najbrž pod vplivom Slovenskega medicinskega slovarja (SMS), ki proglaša besedo "kandidiaza" kot star pojem in usmerja uporabnika na besedo "kandidoza"; pridevnik je "kandidozen". Mimogrede: SMS tudi druge podobne primere gradi na enak način, npr.: "trihomonoza", "trihineloza", vendar pa "moniliaza"(!).
Seveda sem skušal vključiti še spletno rabo, uporabil sem tokrat iskalec Najdi.si in presenečenje je bilo tu. "Kandidiaza" je dala 1.013 zadetkov, "kandidoza" 472 in "kandidaza" 516 (!?). Kot ste že najbrž ugotovili sami, Slovenski mikrobiološki slovar pojma nima, uporablja pa v zvezi z opisom bolezni pojem "kandidiaza" v geslu Candida. Še COBISS gesla: 23 krat "kandidoza" in 3 krat "kandidiaza". Potem sem iz firbca uporabil še Google za iskanje slovenskih oblik pojma: "kandidiaza" 16.300, "kandidoza" 32.500 in "kandidaza" 6.200 zadetkov, kar je tudi bilo svojstveno presenečenje, glede na rezultate iskanja z Najdi.si.
Sklepam, da so se pri SMS odločili, da vsa obolenja, ki so izpeljanke iz imen povzročiteljev gradijo na enoten način, kot npr. pri "tuberkulozi". In ker medicinska stroka zelo tehtno gradi svojo terminologijo, z močno ekipo strokovnjakov, se mi zdi umestno, da jim pritegnemo v rabi in zato svetujem, da svojemu študentu predlagate rabo "kandidoza".
Bi pa predlagal še, če lahko tole najino razpravo; vaš zapis in svojega, dodam na svoj blog in počakava, če se bo kdo morda še oglasil s kakšnim stališčem, ker vem, da prispevke berejo tudi kolegi iz medicinskih vrst. Sporočite mi Vaš strinjanje.
Lep pozdrav FVN

Nature povzema dosedanje izkušnje z gripo

V drugi letošnji številki revije Nature uredništvo z umirjeno presojo ocenjuje dosedanje dogajanje okoli pandemije gripe H1N1. Je vredno prebrati, ker predvsem odtehtano predstavi vse dobre ukrepe in vse tiste, ki jih bo treba na osnovi te izkušnje preveriti in v prihodnje izboljšati. Prispevek je povzel tudi blog MicrobiologyBytes.

Gripa res ugaša?

Zamislil sem se nad današnjim člankom v Dnevniku, zlasti še nad komentarji. Sprašujem se, kakšne bi bile reakcije teh istih nergačev in nezaupljivcev, ki zdaj pametujejo o »nategu«, v kolikor bi tokratni virus H1N1 izraziteje pokazal zobe in bi dejansko prišlo do resne pandemije. Na križ bi pribijali zdravstveni sistem, kako, da je lahko tako počasi poskrbel za vakcinalno in vsakršno drugo zaščito in kako je lahko dopustil, da so se ljudje tako obotavljaje odločali za cepljenje (govorim o tistih 100.000 in nekaj, ki smo vendarle poskrbeli zase in za soljudi – stopnjevanje vakcinalne zaščite je namreč varovanje »črede«, torej celotne populacije). Ne želim ne sebi in nikomur kakšne »učne ure« ob kakšnem naslednjem dogodku, ki se ne bi zasukal tako srečno, kot kaže vsaj doslej, da se bo tokratni. Vendar pa, človeštvo se je že srečevalo s katastrofalnimi pandemijami in samo razvoju in uspešnemu delu zdravstvenih služb se lahko zahvalimo, da smo v zadnjih desetletjih nekoliko manj ogroženi, ob tem, da naraščajoče število svetovnega prebivalstva predstavlja izrazito neugodno ozadno kuliso za vstop na sceno zelo strašljivim prihodnjim scenarijem razširjanja kužnih bolezni. V takih trenutkih si rad prikličem rek »With the humble is wisdom«.

H. pylori izdeluje rakavi dejavnik

Že dolgo je znano, da je kronična infekcija z bakterijo Helicobacter pylori, s sicer pogostim prebivalcem želodčne sluznice, dejavnik tveganja za razvoj želodčnega raka. Mehanizem te povezave ni bil znan. Zdaj pa kaže, da so raziskovalci na sledi pojasnilu. Kot lahko preberemo v Science Daily, nedavni članek v Proceedings of the National Academy of Sciences izpod peresa prof. S. Blankea in sod. pojasnjuje, da faktor, ki ga proizvaja bakterija neposredno aktivira poli(ADP-riboza) polimerazo-1 (PARP-1), encim, ki ga najdemo v animalnih celicah in je del običajnega celičnega mehanizma v popravljanju poškodovane DNK prav tako pa ta isti encim pri nekaterih vrstah raka ohranja preživetje tumorskih celic in ustavlja učinek kemoterapije.

Gostujoči virusi

Kot kaže, lahko tudi drugi virusi, poleg retrovirusov, za katere je to bilo znano že doslej, stabilno vključijo svojo genetsko informacijo v gostiteljevo DNK. Tako zdaj ugotavljajo, da lahko tudi bornavirusi, sicer znani kot povzročitelji bolezni pri kopitarjih in drobnici, vključijo svoj genetski material v DNK sesalcev, konkretno tudi človeka.

V študiji, objavljeni v reviji Nature in predstavljeni v Science News skupina raziskovalcev pod vodstvom K. Tomonaga iz univerze v Osaki ugotavlja, da sta dva human gena podobna bornavirusnim N genom. Ta dva gena poimenovana EBLN-1 in EBLN-2 (po okrajšavi za endogenous Borna-like N) sta molekularna fosila nekega starejšega bornavirusa.

Retrospektiva Najbloga

Decembrski zapis Retrospective na blogu Small Things Considered, ki ga, mimogrede, sam najraje in z navdušenjem prebiram, ponuja bralcu udobno priložnost, da dobi pregled o obravnavanih temah v zadnjem polletju in hiter dostop do posamičnih zapisov.   

Nenavaden primer antraksa

V ameriški zvezni državi New Hempshire se razpleta nenavaden primer izbruha antraksa. V bolnišnici je pacientka z vraničnim prisadom na prebavilih. Okužbo povezujejo s sodelovanjem bolnice na srečanju bobnarjev. V nadaljevanju so dokazali vsaj na dveh bobnih povzročitelje antraksa. Posredi je kot kaže primer, ko so kože iz katerih so izdelani bobni, najbrž izvirali od bolnih živali. O podobnih primerih je v literaturi že mogoče najti podatke.

V konkretnem primeru so svetovali tudi preventivno jemanje antibiotikov še nekaterim drugim udeležencem srečanja bobnarjev. Priporočeno jim je bilo celo, da se vakcinirajo, kar pa je za nekatere sporna odločitev, saj varnost razpoložljive vakcine naj ne bi bila dovolj preučena.

Srečno 2010!

Vsem bralkam in bralcem bloga želim veliko dobrega v novem letu, predvsem pa naj vas ne izda zdravje!