Novice iz ASM News Digest

Malarija zahteva letno več kot milijon žrtev, zato seveda svet pozorno prisluhne vsaki novici, ki obeta omejevanje te grožnje. V poskusih na miškah so nedavno dokazali učinkovit vpliv na reprodukcijo parazita Plasmodium falciparum s sintetičnim zdravilom XC11. Nova učinkovina bi seveda v pogojih, ko dosedanje zdravljenje npr. s klorokvinom zaradi vse večje odpornosti povzročitelja nanj postaja vse manj uspešno, bila dragocena obogatitev arzenala sredstev proti malariji.

Nedavno je skupina raziskovalcev iz projektne skupine Joint Genome Institute (DOE JGI) v okviru genomskega projekta, ki ga financira U.S. Department of Energy odkrila presenetljivo sožitje morskega črva Olavius algarvensis z njegovimi mikrobnimi partnerji. Črva, ki nima lastnega prebavnega trakta in tudi sistema izločal ne potrebuje, oskrbujejo z energijo mikroorganizmi, ki jih nosi v sebi, v zameno za uslugo ker jih transportira v okolju sedimentov, bogatih z mikrobno uporabnimi hranili. Hranila prestopajo v telo črva perfuzijsko in odpadni produkti ga zapuščajo na enak način.

Iskanje vakcinalne zaščite proti kugi - povzročitelj je bakterija Yersinia pestis - je slej kot prej aktualno, najprej zaradi še vedno nekaj tisoč smrtnih žrtev, ki jih letno preštejejo v svetu pa tudi zaradi akutne nevarnosti zlorabe povzročitelja v bioteroristične namene. Y. pestis je zoprn patogeni organizem, ker se v telesu gostitelja uspe učinkovito umikati imunski obrambi. Pogosto uspe gostitelja, zahvaljujoč svojemu potuhnjenemu skrivaštvu, pokončati prej preden ta uspe vzpostavi učinkovito imunsko zaščito.

Na nemški univerzi v Muenstru so v skupini prof. Steinbüchela gensko spremenili sev bakterije Escherichia coli  z dvema genoma bakterije Zymomonas mobilis tako, da GSO lahko iz sladkorja proizvaja alkohol, razen tega pa so s tretjim genom iz bakterije Acinetobacter baylyi spremenili E. coli tako, da so ji omogočili reakcijo alkohola z rastlinskim oljem. Pridobljenemu maščobno kislinskemu nadomestku nafte so nadeli ime "microdiesel". Rešitev obeta konvencionalno (kemijsko) metodo priprave biodizelskega goriva preoblikovati v precej bolj okolju prijazno tehnologijo.

Biofilmi v ranah

Ameriški National Institutes of Health (NIH) so odobrili Centru za inženiring biofilmov na Univerzi Montana State 2.9 miijonov US$ za raziskave zdravljenja kroničnih ran. Podmena raziskave je, da se v ranah, ki se težko celijo oblikujejo mikrobni filmi, ki na eni strani preprečujejo celjenje rane na drugi strani pa so v njih mikroorganizmi zaščiteni pred delovanjem antibiotikov. Prepoznava dejavnikov pri aktivaciji genov, ki so v ozadju nastanka biofilma bi lahko prinesla razrešitev velikega problema v oskrbi ran.

Knjige za mikrobno ekologijo

Na vprašanje študenta o učbenikih za mikrobno ekologijo mi je prišla na misel nedavna razprava na društvenem forumu ASM, ki jo v redigirani obliki ponujam v uporabo vsem, ki bi jim lahko koristila:

Hello all,
I am hoping you can suggest an up-to-date text for use in a Microbial Ecology course. Any suggestions would be appreciated!

Thank you, XXXX

------------------

XXXX,
try this link for a wide variety of recently published Microbial Ecology texts, including lab manuals.
http://www.campusi.com/keyword_Microbial_Ecology.htm

YYYY

----------------

XXXX,
the link above has a very extensive list! I can tell you that the Biodiversity of Life Book (Reysenbach) is excellent, although it is advanced and contains chapters written by individuals on various organisms and habitats. It's not really a general text.  The Molecular Microbial Ecology (Osborn 2005) is also excellent for explanation of methods and protocols if you want to go that route, but again, not a general text.The Microbial Ecology of the Oceans book by Kirchman looks excellent and is on order by my library. I am currently teaching microbial ecology and not really using a text. I put alot of things on reserve in the library (e.g. primary literature, chapters from general micro texts). I did have the students buy the Field Guide to Bacteria (Dyer) as a general reference. I really do feel there is a need in this area at the undergraduate level. But as you probably know, it is a very active and changing field.
Good luck- I'm looking forward to reading the responses you get.

ZZZZ

----------------------

XXXX,
I teach a Microbial Ecology course that targets upper level undergrads and grad students and I haven’t found an up-to-date book that I like. I structure the course around a lab that is a semester long research project. I used Atlas and Bartha the first time but now simply use Brock Biology of Microorganisms and add to it with primary literature. Since Brock is required for an intermediate micro course I teach, most students tend to already have it. I have always thought there is a glaring need for a recent microbial ecology text, I am anxious to see the new one by McArthur published by Academic Press.

Good luck. WWWW

--------------------

XXXX,
I use the same approach as WWWW, since I also use Brock in my general course. It lacks some material, such as in-depth material and quantitative analysis in ecological interactions (parasitism, actual models of interactions, etc) that Atlas provides, so I supplement with Atlas. If you are looking for a stand alone text that does a great job with diversity, species concepts and evolution, try Oguseitan's "Microbial Diversity" published by Blackwell. Its available in softcover and is not too expensive, in addition to being a great text for upper division undergraduates.

UUUU

------------------

XXXX,
I second UUUU's endorsement of the Microbial Diversity book. I find it a really nice book and unique in what it provides.

VVVV

-------------------

XXXX,
I also haven't found one book that I'm happy with for my class. I use two - the Atlas and Bartha that others have mentioned and also "Environmental Microbiology" by Maier, Pepper and Gerba. It has some nice chapters on methodology and on microbes and pollutants.

TTTT

Protimikrobne brusnice

Danes mi boste očitali, da sem pretirano alternativno naravnan, vendar na tale članek vas moram opozoriti, saj prihaja iz zelo resnega okolja in resne prireditve. Sicer so pa naše babice že tudi prisegale na protimikrobno učinkovitost brusnic! Koristno pa je prebrati tudi komentarje v Diggu.

Pijte več vode

Seveda je lastna presoja vsakogar, v kolikšni bo prisluhnil nasvetom za izboljšanje svojega zdravja in počutja na blogu The Ririan Project. Ni se mi pa zdelo povsem od muh 10 nasvetov za redno pitje vode.   

Mleko iz biološke pridelave

Nedavna poteza ameriške trgovske verige Val-Mart, da bo ponudila v svojih prodajalnah kravje mleko iz biološke pridelave po nižjih cenah kot je tako mleko konkurenčnih proizvajalcev  je vzbudila v javnosti precej pozornosti, med proizvajalci pa tudi mnogo negodovanja. Standardi proizvodnje mleka v pogojih biološke pridelave so v ZDA dovolj strogi: živali namenjene za ta vid mlečne proizvodnje morajo od šestega meseca starosti dalje použiti najmanj 30% dnevnega obroka v suhi snovi na paši in to vsaj 120 dni letno, pri čemer je navzgor omejena tudi obremenitev pašnikov z do 5 kravami na površini hektarja paše. Konkurenca opozarja, da bo veletrgovina v iskanju poti do cenejše proizvodnje morda skušala zrahljati ali obiti te standarde.

Nevarna špinača (le kaj bi rekel Popaye...)

Trenutno v ZDA vzbuja veliko pozornost nedavni izbruh okužb z bakterijo Escherichia coli (kot kaže  gre za zloglasni sev O157:H7), ki ima izvor najbrž v pakirani sveži špinači. Med več kot petdesetimi obolelimi je tudi ena žrtev, obolenja so se pojavila v več zveznih državah in s svarilom se je odzvala celo FDA. Nekaj več o tem na blogu Aetiology. Na hitro pa nekaj o E.coli >tukaj.

Novo znanje

Najprej naj vas napotim na post v blogu Lilole, kjer tokrat predstavljam posebno obliko "karnevala". Nato takoj povem, da je tudi za mikrobiologe veliko zanimivega: že omenjeni Mendel's Garden, pa Carnival of the Green in novi karneval Animalcules. Vendar ko vas bo v blogosferi zgrabilo pravo karnevalsko vzdušje, boste naleteli na marsikaj zanimivega. Sporočajte, če najdete kaj vznemirljivega.  

Video o mikrobih

Rad ponavljam rek, da pove slika lahko več kot tisoč besed. Zato naj vas tokrat napotim na splet Univerze Leicester, kjer so na njihovem Oddelku za mikrobiologijo pripravili nabor mikrobioloških slik in video klipov, razen tega pa najdete tam tudi dostop do  MicrobiologyBytes podkastov, predstavljenih v lastnem tematskem blogu.

XDR-TB

WHO objavlja zaskrbljujočo novico, da se pojavljajo t. i. XDR (za: "extreme drug resistant") sevi Mycobacterium tuberculosis, ki se praktično ne odzivajo na zdravljenje. Ne samo da so odporni na sredstva iz t. i. prvega nabora zdravil, nanje ne učinkujejo niti več sredstva drugega nabora, katerih uporabe se zdravniki sicer izogibajo, saj so bolj toksična za bolnike. Primeri se pojavljajo v ZDA, Vzhodni Evropi in Afriki; iz Zapadne Evrope zaenkrat ni takih poročil. Zlasti so ogroženi bolniki, ki so okuženi tudi s HIV; o primerih te vrste že poročajo iz Južne Afrike.

Biološka kontrola plevelov

Ameriško fitopatološko društvo (American Phytopathological Society - APS) napoveduje, da so lahko izbrani rastlinski patogeni mikroorganizmi (r.p.m.) uspešno in okolju prijazno sredstvo za nadzor plevela v rastlinski proizvodnji. Na voljo sta dva ključna pristopa: (1) klasična biološka kontrola kjer uporabljamo za zatiranje plevela r.p.m. prenesene iz drugega okolja ob minimalnem vpletanju tehnoloških posegov in (2) postopek z bioherbicidi, kjer dosežemo s ciljanim namnoževanjem in intenzivno aplikacijo r.p.m. pospešen propad plevela.

Kronobiologija za mikrobiologe

Kronobiologija, ki se ukvarja s periodičnimi (cikličnimi) pojavi v živih organizmih, ima seveda svoje mesto tudi v mikrobiologiji. Vsi njeni pristaši bodo z zanimanje prebrali tale "post", ki ga najdete na blogu A blog around the clock (iz blogarskega omrežja ScienceBlog).   

Pogled v celico

Na spletni strani XVIVO LLC si lahko ogledate izjemno demo animacijo dogajanja v celici, kot so jo pripravili za predstavitev večje serije animacij na temo "The Inner Life of the Cell" za dodiplomske študente na univerzi Harvard.

Kitajski GS riž v Evropi

Kot sporoča SpiegelOnline so v Nemčiji, Veliki Britaniji in Franciji odkrili v testeninah sledove gensko spremenjenega riža, katerega uvoz je sicer v EU prepovedan.

Virusi proti raku

Ali se bo pojem "onkolitična viroterapija" uveljavil tudi pri nas? S pojmom pojasnjujejo sicer že dolgo znano naravno sposobnost specifičnih virusov, da lahko uničijo rakove celice, virus ošpic je npr. značilen onkolitični virus. Uporabo tega principa so doslej omejevali varnostni pomisleki. Zdaj pa je raziskovalcem kot kaže uspelo vzpostaviti večnivojsko varovanje postopka pri katerem bo mogoče uporabiti viruse pri zdravljenju raka. Pri virusu, razvitem na kliniki Mayo (Rochester, MN, ZDA), so uporabili proteine, ki jih izločajo le rakove celice, za aktiviranje spremenjenega virusnega seva.

Učbenik še kar raste...

Učbenik Microbiology and Bacteriology, ki v obliki e-teksta nastaja na spletu Department of Bacteriology na Univerzi Wisconsin je bogatejši za poglavje z osnovami imunologije - poglavje 15: Animal defenses against microbes. Eden boljših spletnih učnih materialov v odprtem dostopu! 

Etomikrobiologija?

V nedavnem uvodniku "Obnašanje, razpoloženje in mikrobi" društvene revije ASM "Microbe" prof. Moselio Schaecher (najbrž malo za šalo in malo za res) predlaga uvedbo pojma in področja raziskovanja "etomikrobiologija". Ukvarjalo naj bi se s spremembami v obnašanju, ki so posledica mikrobne infekcije. V interdisciplinarnem orkestru bi lahko sodelovali etologi, nevrologi, psihologi, imunologi in mikrobiologi. Za ilustracijo povzemam iz njegovega članka zanimiv primer spremenjenega obnašanja pri podganah, okuženih s parazitom Toxoplasma gondii. Okužene podgane namreč izgubijo prirojen odpor proti vonju mačk. Parazit, katerega končni gostitelj je podgana, za zaključek svojega življenjskega ciklusa potrebuje mačko. Torej spremenjeno obnašanje podgan zagotovlja reprodukcijo parazita. Za pojav se je uveljavil pojem "parazitska manipulacija" in je lahko neposredna posledica vpliva parazita na živčni sistem gostitelja. Značilen primer je steklina, ki se prenaša s slino in povzroči, da bolna žival postane napadalna in z ugrizom okužuje nove žrtve.