Umrl je Carl Woese

Včeraj, v nedeljo, je na svojem domu v Urbani (Illinois, ZDA) v 84. letu starosti umrl dr. Carl Woese, ki je neizbrisno označil novodobno mikrobiologijo in širše tudi biologijo. Leta 1977 objavljena teza o obstoju novega tretjega taksona, imenovanega arheje, je v temelju spremenila dotedanjo predstavo o drevesu življenja. Dotedanjima skupinama prokariontskih bakterij (Prokarya) in evkariontskih organizmov (Eukarya) so Woese in sod. dodali tretjo mikrobno skupino, prokariontske arheje (Archaea), pri katerih so uspeli z novim, molekularnobiološkim prisotopom dokazati bistveno različno evolucijsko izvornost. Nekaj prvih spominskih odmevov in povezav do pomembnih bibliografskih virov je na svojem blogu zbral dr. J. Eisen. 

Obletnici

Na današnji dan, 27. decembra, se spominjamo rojstva enega od očetov moderne mikrobiologije, Louisa Pasteurja, ki se je pred 190 leti rodil v francoskem mestu Dole.

In tudi na ta dan se je leta 1831 odpravil na svojo petletno, za biološko znanost zgodovinsko pot, z ladjo Beagle, Charles Darwin. 

Abstinenca

Težave z očmi me silijo v začasno spletno abstinenco. Bralci: vrnem se!

5. simpozij SID

Slovensko imunološko društvo (SID) vabi na svoj 5. simpozij pod geslom Zgodbe imunskega sistema, v petek 30. novembra 2012 od 13.00 do 17.30 v srednji predavalnici Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani, Korytkova 2. Svetovne raziskovalne zgodbe bodo pripovedovali vrhunski slovenski pripovedovalci: prof. dr. Vladimir Kotnik, znan. svetnica dr. Branka Wraber, doc. dr. Peter Korošec, prof. dr. Mitja Košnik, prof. dr. Borut Božič, prof. dr. Tadej Avčin, prof. dr. Alojz Ihan, prof. dr. Mojca Narat, znan. svetnik dr. Srdjan Novaković, prof. dr. Vladka Čurin Šerbec in prof. dr. Roman Jerala.

Spoznavni večer SMD

iz Slovenskega mikrobiološkega društva sporočajo:

V Slovenskem mikrobiološkem društvu smo se odločili, da je pravi trenutek za ponovno srečanje starih kolegov in navezovanje novih stikov med

mikrobiologi vseh generacij.

Zato Vas vabimo na

1. MIKROBIOLOŠKI SPOZNAVNI VEČER,

ki bo v sredo, 28. novembra 2012 ob 18.00 uri, v avli ŽT in predavalnici Ž1, Oddelka za živilstvo, na Biotehniški fakulteti v Ljubljani.

Ob prijetnem druženju bo predstavljeno tudi delovanje društva, za kanček znanstvenega pridiha pa bo poskrbela prof. dr. Ines Mandič Mulec s predavanjem »Komunikacije med mikrobi in nikoli ne pojdi na kosilo sam!«

V upanju, da se srečamo v čim večjem številu, Vas lepo pozdravljamo!

Mikrobiološke konference 2013

Na spletni strani Microbiology conference najdete aktualni spisek načrtovanih strokovnih srečanj na področju mikrobiologije za leto 2013.

O Nevid(e)nem

Mikrobiologi smo dobili nov blog, Exploring The Invisible. Ni veliko podatkov o ustvarjalcu, zanimiva je avtorjeva (umetniško inspirirana) želja prikazati vgrajeno kreativnost bioloških dejavnikov in procesov.

Zgodnji razvoj humanega prebavnega mikrobioma

Antonio González nam v grafiki podprti z glasbo simpatično predstavi razvoj prebavnega mikrobioma človeka od začetka, torej od rojstva do približno tretjega leta, ko naj bi bila dosežena sestava odraslega organizma. Podatki so pridobljeni v projektu humanega mikrobioma (HMP), kot so jih predstavili leta 2011 v PNAS članku Koenig in sod.

Carl Zimmer o naši virusni prihodnosti

Na letošnjem srečanju Singularity Summit 2012 je med predavatelji bil tudi znani publicist znanosti Carl Zimmer, ki je govoril o naši virusni prihodnosti – Our Viral Future.

Ali se genomske raziskave selijo na arXiv

Arhivski server arXiv je v znanstveni informatiki dobro znan, tudi zaradi svojega pionirskega širjenja ideje odprtega dostopa do raziskovalnih rezultatov. V začetku se je predvsem uveljavil z objavami predodtisov v fiziki, matematiki in računalništvu. Zdaj  Nick Loman na svojem blogu opozarja na nenavaden pojav, ko so pričeli v tem arhivu svoja dela objavljati tudi nekateri od najprodornejših genomikov, na čelu z Michaelom Eisenom iz UC Berkeley. Torej bodo morali raziskovalci v vedah o življenju poslej spremljati tudi to odložišče, kjer bodo seveda po logiki delovanja tega arhiva najhitreje objavljeni tudi zelo vroči raziskovalni dosežki.

Odkrit RNK virus arhej?

Doslej odkriti virusi, ki lahko okužijo prokarionte iz domene Archaea, so bili vsi iz skupine DNK virusov. Zdaj pa so v kislih vrelcih Yellowstone National Parka odkrili RNK viruse. Ker v tem izrazito ekstremnem okolju najdemo pretežno arheje, raziskovalci predpostavljajo, da gre za prve najdene RNK viruse arhej. Prof. Racaniello v zapisu na svojem blogu opozarja, da bo to potrebno še nedvomno potrditi.

Nobelova nagrada za fiziologijo/medicino 2012

Letošnjo Nobelovo nagrado za fiziologijo/medicino sta prejela John B. Gurdon iz Gurdon Institute v Cambridgeu in Shinya Yamanaka iz japonske Kyoto University. Gurdon kot utemeljitelj celičnega kloniranja, ko je leta 1962 objavil uspešen prenos jedra odrasle žabje celice v denukleirano žabjo jajčno celico, ki je bila nato sposobna razvoja v funkcionalen organizem in Yamanaka za prepoznavo štirih genov leta 2006, ki omogočajo reprogramiranje odraslih mišjih celic v celice z lastnostmi embrionalnih celic, imenoval jih je inducirane pluripotentne (induced pluripotent stem - iPS) celice.

Pripravite se na sezonsko gripo

Prihaja čas, ko bo treba obiskali svojega zdravnika zavoljo letnega cepljenja proti gripi. Seveda pa je koristno upoštevati tudi splošne napotke s katerimi se izognemo prehladnim obolenjem, tudi zato, da tako zaščitimo tiste, ki jih iz razumljivih razlogov ni mogoče cepiti, kot npr. otroke mlajše od šestih mesecev.  

Kužni zrak

Carl Zimmer na svojem blogu Loom povzema zanimiv članek iz The Journal of Virology izpod peresa korejskih avtorjev, ki so sledili vsebnost mikroorganizmov v zraku. Vzorčili so na različnih mestih: v  velemestnem okolju, v industrijskem področju in v gozdnem okolju in ocenili, da je mogoče v kubičnem metru zraka najti od 1,6 milijona do 40 milijonov virusnih delcev in med 860.000 do 11 millijonov bakterijskih celic. Če upoštevamo, da v minuti vdihnemo med 5 in 10 l zraka, vdihnemo ob tem vsaj nekaj sto tisoč virusnih delcev in Zimmer zapis zaključi s šaljivim razmislekom za vse, ki jih ta podatek plaši, da se z zadrževanjem sape temu sicer lahko izognemo, kot način življenja pa to najbrž ne bo rešitev…

Vedenje o genomu se poglablja

V okviru odmevnega projekta ENCODE odkrivajo nove vidike funkcionalnosti genskega zapisa. Temeljito se je spremenilo vedenje o vlogi t.i. nekodirajočega dela zapisa, temu čemur so včasih lahkotno rekli “junk DNA”. Ključne članke projekta ENCODE je objavila revija Nature in so prostodostopni.

Mikroorganizmi prebavil pomembno sodelujejo v maščobni prebavi in presnovi

Študija opravljena na eksperimantalnih populacijah rib v laboratorijih na univerzah North Carolina Chapell Hill in Colorado Boulder ter na inštitutu Carnegie v Baltimoru je pokazala, da mikroorganizmi prebavnega trakta lahko povečajo absorpcijo prehranskih maščob in tako omogočijo večjo energetsko izkoristljivost hrane. K povečani absorpciji prispevajo zlasti bakterije iz debla Firmicutes in študija posredno podpira najdbo povečanega števila mikroorganizmov iz te skupine tudi pri ljudeh, nagnjenih k debelosti o čemer poročajo nekatere druge raziskave.

Povezava med mikrobiomom in debelostjo

V zadnjem času doživljamo v strokovnem in popularnem tisku pravo poplavo člankov o povezavah med mikrobno poselitvijo prebavnega trakta (na kratko: mikrobiomom) in debelostjo. Prof. J. Eisen je nekatere sveže zbral v spisku povezav na svoji spletni strani The Tree of Life.

Še o virusu Zahodnega Nila

O okužbah z virusom Zahodnega Nila, ki zdaj že nekaj časa v doslej neopaženem obsegu vznemirjajo Američane, so potem, ko so bile najprej javljene iz Grčije, nedavno tega iz Srbije, zdaj o njih poročajo tudi iz Hrvaške. Na Hrvaškem so doslej ugotovili okužbe zgolj pri živalih.

Svarila pred steklino na Wellcome Library

Na spletni strani Welcome Library si lahko ogledate galerijo plakatov, ki so jih Britanci skozi vrsto let objavljali zlasti na carinskih prehodih v državo in v katerih so svarili pred nenadzorovanim vnosom hišnih ljubljenčkov iz tujine zaradi nevarnosti prenosa stekline na Otok.

Intervju z vrhunskim vakcinologom

Na spletni strani oz. na blogu VacciNews.net boste našli intervju prof. E. I. Adashija z enim od najugledneših ameriških vakcinologov, prof. P. A. Offitom. Pogovor je tekel o pasteh izogibanja cepljenju, ki ga podobno kot pri nas zagovarjajo aktivistične skupine za vakcinalno abstinenco. Z omembo dramatičnega obsega nedavnih izbruhov vakcinalno obvladljivih obolenj v ZDA, je učinkovito predstavil nevarnosti opuščanja cepljenja v zgodnjem obdobju življenja, predstavil pa je tudi zgodovinske korenine gibanja nasprotnikov cepljenja in njihovih zgrešenih stališč, še več, njihovega škodljivega delovanja. Vzpodbudna je njegova pohvala javnih medijev, ki so se v zadnjem času jasno postavili na stran vzpodbujanja zaupanja v vakcinalno zaščito, ki ga skuša krepiti zdravstvena služba. Ob koncu razgovora je spregovoril tudi o svoji zadnji knjigi “Deadly Choices”, ki jo je med drugim posvetil Mauriceu Hillemannu; kot Offit pravi, nepriznanemu heroju, ki je s svojimi cepivi najbrž rešil več življenj, kot katerikoli drug znanstvenik.  

Prof. Offit je nedavno tega v okviru spletnih učnih vsebin, ki jih ponuja visokošolski učni portal Coursera, imel zelo opaženo serijo predavanj z naslovom Vaccines, ki jim je mogoče še vedno prisluhniti.

Tudi po letu dni še komentarji…

Tudi še po skoraj letu dni od Sanchezovega zapisa “Microbiology blogs: a list of 20 great blogs for microbe lovers” na blogu Twisted Bacteria se oglašajo bralci s komentarji in med njimi so tudi predlogi dodatnih blogov za listo.  

Resne zagate z virusom Zahodnega Nila v ZDA

Iz ZDA, zlasti iz države Teksas, prihajajo skrb zbujajoča sporočila o širjenju virusa zahodnega Nila. Virus ZN so po poročilih CDC doslej ugotovili v 47 zveznih državah, za mrzlico ZN pa je doslej zbolelo 1118 ljudi ob 41 smrtnih primerih. Strokovnjaki menijo, da so mila zima, zgodnja pomlad in izredno vroče poletje podprli razmnoževanje komarjev, ki virus prenašajo iz ptic na človeka. Izogibati se je torej treba pikov komarjev, ob upoštevanju še nekaterih drugih ukrepov za nadzor razmnoževanja insektov, kot jih priporoča npr. WebMD.  V Evropi je trenutno nekoliko večja pojavnost mrzlice ZN v Grčiji.

Intervju z R. Dawkinsom

Če sicer niste bral(ka)ec Playboya pa tokrat le naredite izjemo in preberite intervju z Richardom Dawkinsom.  

Mikroorganizmi vplivajo na vaš razum…

Kako lahko bakterije v vašem prebavnem traktu (to, čemur pravimo tudi mikrobiom prebavil) vplivajo na vaše miselne funkcije in posledično na razpoloženje nam izzivalno predstavi Mo Costandi v Guardianovem članku. Pravzaprav v njem povzema misli svojega obsežnejšega prispevka iz revije Scientific American [žal morate nanjo biti naročeni :) ]. Avtor razpleta misli vse do možnosti, da bo nekoč morda mogoče z dodajanjem ustreznih probiotikov zdraviti duševne bolezni…

Glive grozijo

V zadnjih letih se z nenavadno pogostostjo množijo poročila o pojavljanju bolezni, kjer so povzročiteljice glive. Med kačami, dvoživkami in tudi med sesalci (netopirji) se pojavljajo v epidemičnih razsežnostih obolenja, ki jih doslej nismo poznali. Prav tako se povečuje obseg škod, ki jih glive povzročajo med rastlinami, zlasti je zaskrbljujoče, da tudi pri žitaricah.

Pristranost v znanosti

Pristranost naj bi nujno spremljala človekovo vednost. Dokler je ta pre(i)poznana, govorimo seveda o t.i. kognitivni pristranosti, naj bi ne predstavljala problema, pravi v svojem članku klinična psihologinja Lisa Cosgrove v reviji TheScientist. Problem nastopi, ko je pristranost zanikana. In poseben problem postane, ko je povezana s t. i. konfliktom interesov pa čeprav še vedno ni nujno realizirana v načrtnem potvarjanju rezultatov. Aktualne nevrofiziološke raziskave namreč kažejo, da procesi odločanja ne angažirajo zgolj kognitivnih centrov, ampak tudi centre emocionalnega doživljanja v hipokampusu in amigdali. Na medigro kognitivnih in emocionalnih procesov pa lahko konflikt interesov vpliva na način, ki ga oseba ne prepozna.

Problem ima seveda širše družbene reperkusije, od zaupanja v integriteto raziskovalcev do podobe ustanov javnega pomena v šolstvu, zdravstvu in ne nazadnje pri izvajalcih družbenega nadzora nad dogajanjem v politiki in gospodarstvu.

Cepljenje proti gripi 2012-2013

Kot lahko preberemo med novicami na strani CDC je določena sestava vakcine za cepljenje proti gripi v sezoni 2012-2013 za severno poloblo. Cepivo bo vsebovalo seve:

• sevu A/California/7/2009 (H1N1)pdm09-podoben virus;
• sevu A/Victoria/361/2011 (H3N2)-podoben virus in
• sevu B/Wisconsin/1/2010-podoben virus (iz virusne linije B/Yamagata).

Trije največji proizvajalci so že pričeli razpošiljati vakcino, kot poroča Vaccine News, tako, da bo letošnjo cepilno kampanjo mogoče pričeti nekoliko prej. 

Elektrometanogeneza

Metanogenezo kot biološki proces (drugo ime: biometaniranje) srečujemo tako v naravnih ekosistemih in tudi v biotehnoloških rešitvah. Najbolj znan naravni vir biološko nastajajočega metana so prebavila številnih živali, vključno s človekovimi. Posebno bogata in za preživetje živali pomembna je metanogeneza v prebavilih nekaterih rastlinojedih živali. Drug pomemben vir metana je razgradnja organske snovi v vodnih telesih in v talnih ekosistemih. Metanogenezo pa izkoriščamo tudi v ciljani razgradnji organske snovi v anaerobnih čistilnih napravah odpadnih vod in muljev ter v rešitvah proizvodnje bioplina iz načrtno gojene biomase. V novejšem času se biotehnološkim rešitvam biometaniranja pridružuje nova možnost, namreč elektrometanogeneza, kjer nastaja metan v mikrobni elektrolizni celici pri redukciji ogljikovega dioksida z električnim tokom; postopek je predstavljen v članku Chenga in sod., glavni protagonist prostopka pa je eden od soavtorjev prispevka,  B. E. Logan na univerzi Penn State. 

Podpišite peticijo Antibiotic Action

Pridružite se globalni akciji Antibiotic Action in podpišite peticijo. Vsi vemo kakšen pomen imajo antibiotiki v medicini, vemo pa tudi, da s sedanjim naborom antibiotikov počasi izgubljamo bitko s patogenimi mikroorganizmi. Pomembno je, da s pravilno uporabo antibiotikov kar se da zmanjšamo tveganja z razširjanjem odpornosti mikroorganizmov proti antibiotikom in da pozovemo k izrazitemu povečanju raziskovalnih sredstev za iskanje novih protimikrobnih učinkovin. 

Genomska podatkovna baza patogenov v živilih

Ameriška FDA (Food and Drug Administration) načrtuje v sodelovanju še nekaterimi zunanjimi sodelujočimi ustanovami oblikovanje javne podatkovne baze z 100.000 genomi bakterij, povezanih z obolenji, ki se prenašajo z živili (kot so npr. vrste Salmonella, Listeria in E. coli).  Baza bo seveda omogočala hitrejšo diagnostiko morebitnih izbruhov in ustrezno ukrepanje ob takih epizodah.

Oslovski kašelj v ZDA

Iz osrednjih in severozahodnih delov ZDA poročajo o močno povečanem številu primerov oslovskega kašlja, ki je doseglo 18.000 obolelih ob devetih smrtnih primerih, kar bi lahko bil najhujši epidemični izbruh zadnjih 50 let. Sumijo, da je morebiti vzrok slabljenje vakcinalne zaščite, kot posledica zamenjave vakcine leta 1997. Centri CDC začenjajo preiskavo o razširjanju obolenja in stanju vakcinalne zaščite, zlasti med najstniki, ki so v trenutni epidemiji najbolj prizadeti.

Tudi v “varnih laboratorijih” se lahko dogodijo nesreče

Da se tudi v laboratorijih z visoko varnostno stopnjo lahko zgodijo resni spodrsljaji, lahko preberemo v zapisu blogerke Meryl Nass. Iz laboratorija CDC v Atlanti z varnostno stopnjo BSL-3 je ušel izpust zraka, ki naj bi sicer stekel preko zaščitnih filtrov, v enega od koridorjev stavbe. 

Sodobne poti “odprte znanosti”

Vsekakor je ob številnih drugih odličnih lastnostih prof. Jonathanu Eisenu iz UC Davis treba priznati tudi trpežnost oz. zdržljivost. V vsega dnevu in pol je na kongresu ISMB2012 predstavil troje referatov iz svojega bogatega repertoarja aktivnosti. Poslušati se da in jih je vredno, posnemati pa najbrž ne.

Prof. Jonathan Eisen na TEDu

TEDov avditorij je z zanimanjem prisluhnil predstavitvi teme, ki danes buri mikrobnoekološke in medicinske strokovne vrste, namreč kako se človek srečuje s svojo mikrobno združbo, svojim mikrobiomom. Dr. Jonathan Eisen, profesor na UC Davis, je predstavil številne projekte posvečene tej tematiki, za katero lahko rečemo, da je dosegla že kar epidemiološke razsežnosti. Lahko preverite z iskalnim poskusom na Googlu :)

Otroška bolezen z nepričakovano visoko smrtnostjo v Kambodži

Povzročitelj bolezni rok, nog in ust, enterovirus tipa 71, naj bi bil verjetni razlog obolenja otrok, ki je v Kambodži od aprila zahtevalo že preko 50 žrtev. Evropski center za preprečevanje in nadzor bolezni (ECDC) skrbno spremlja podatke o dogajanju v tej azijski državi. Strokovnjake posebej preseneča tako resen potek bolezni, za kar ta trenutek nimajo pravega pojasnila. 

Medicinska ekologija

V zdravstveni zaščiti človeka (in živali) bomo morali med uveljavljene sintagme dodati novo: “medicinska ekologija”, pravi Carl Zimmer v članku v NYT in pri tem misli na naš odnos do 100 bilijonov (10^12) mikrobnih celic, ki jim je naše telo dom in jim pravimo tudi mikrobiom. In pravi dalje: “Nihče noče na hitro opustiti antibiotikov. Vendar z negovanjem nevidnega ekosistema v in na našem telesu, bodo zdravniki morda našli nove poti za premagovanje infekcijskih bolezni in to ob manjših neugodnih stranskih učinkih. Ob tem ciljamo tudi na to, da bi si lahko pomagali tudi pri zdravljenju motenj, ki se zdijo, da nimajo povezave z bakterijami, vključno z debelostjo in sladkorno boleznijo”.

Mikrobiomi kot stanje duha

Skoraj bi lahko v zadnjem času ob pregledovanju aktualnih objav v naravoslovju, konkretneje v biomedicinskih vedah rekli, da je tema “mikrobiomi” stanje duha. To je dobro predstavljeno tudi v prispevku “Mapping the healthy human microbiome” na spletu ustanove Broad Institute. Sveža “žtev” konzorcija Human Microbiome Project (HMP) je kar 14 prispevkov, od katerih sta dve celo v reviji Nature, ostali pa v publikacijah založnika PLoS.

Ne boste verjeli, v tehnološko visoko razviti J. Koreji se razcveta kreacionizem.

Protievolucijsko gibanje je v Južni Koreji doseglo razmah, ki bi si ga ameriški kreacionisti lahko samo želili. Kot lahko preberemo v reviji Nature naj bi peticija, po kateri bi iz srednješolskih učbenikov izločili nekatere navedke iz evolucijskega nauka, pridobila poslušalce oz. zagovornike kar na korejskem ministrstvu za izobraževanje, znanost in tehnologijo. Med tamkajšnjimi biologi je novica sicer zbudila ogorčenje, saj se z njimi naj ne bi nihče posvetoval.

Mikrobna sled, ki jo človek pušča v prostoru

Zanimiva študija iz Univerze Yale je pokazala, da posameznik zapušča v prostoru zaznavno sled v številu sproščenih mikroorganizmov: v eni uri 37 milijonov celic, ki jih lahko dokažemo v zraku.

Naši sožitni partnerji

V svetu je mogoče tudi v skromnem lokalnem časniku kot je npr. Sacramento Bee najti verodostojen poljudni članek, kot je tale zapis o sožitju človeka s prebavno mikrobno združbo. 

Kreacionizem v ZDA

Kot navaja Gallupov inštitut, “…46% Američanov verjame v kreacionistični pogled po katerem je bog ustvaril človeka v sedanji obliki nekje v zadnjih 10.000 letih. Prevlada kreacionističnega pogleda na izvor človeka je v zadnjih 30 letih, odkar je Gallup prvič postavil to vprašanje, v glavnem nespremenjena. Približno tretjina Američanov verjame v evolucijski razvoj, vendar ob božjem sodelovanju; 15% pa pravi, da se je človek razvil v tem procesu brez sodelovanja boga.”

Mikrobiološki večer

Vabilo na 5. MIKROBIOLOŠKI VEČER SMD v Hiši eksperimentov, na poljudnoznanstveno predavanje prof. dr. Darje Žgur-Bertok z naslovom:

Moč majhnih
»Mikroorganizmi so, kot vsa živa bitja, sposobni pridobivanja hranil ter zaseganja in obrambe prostora bivanja. V ta namen uporabljajo prefinjene mehanizme zaznavanja svojega okolja in za uničenje tekmecev proizvajajo pester nabor protimikrobnih agensov - bakteriocinov. Zaradi pogostnosti odpornosti bakterij proti klasičnim antibiotikom so bakteriocini zanimive alternativne protimikrobne učinkovine bodisi kot čisti pripravki ali proizvedeni v probiotičnih sevih.«

Predavanje bo v ČETRTEK, 14. 6. 2012 ob 20.30
Lokacija: Hiša eksperimentov, Trubarjeva c. 39

Kroglaste spirohete

Mikroorganizme, ki sodijo v deblo Spirochaetes, prepoznamo predvsem po njihovi spiralno zaviti nitasti obliki. Zdaj pa so v mešanih mikrobnih združbah odpadnih vod odkrili vrste, ki so kroglaste oblike, študije genetskih kazalcev pa nedvomno kažejo na njihovo pripadnost spirohetam. Novemu rodu so nadeli ime Sphaerochaeta.

Zoonotska B. abortus

Bakterija Brucella abortus je v številnih državah pogost patogen pri govedu. Prenaša se lahko tudi na človeka, najpogosteje preko nepasteriziranega mleka in izdelkov. Zoonoza se redko oblikuje v smrtonosno infekcijo, izraža pa se v zoprnih gripoznih bolezenskih znakih, redkeje kulminira v meningitis in encefalitis.  Povzročitelj je bil dolgo na spiskih kandidatnih mikroorganizmov za razvoj biološkega orožja.

Več o virusu Schmallenberg

Že v januarju sem na kratko omenil kopičenje novic o virusu Schmallenberg. Tokrat nam bloger Bamford prinaša precej izčrpnejše informacije o tem zanimivem virusu iz skupine bunjavirusov. 

O bioloških študijskih programih

V zadnjem času sem na blogih že nekajkrat opozoril na spletišča, ki predstavljajo ali portale spletnih študijskih programov oz. učnih vsebin ali pa svetujejo povezave do njih ( >1  ; >2  ; >3 ; >4  ; >5  ) . Omenil sem v zadnjem času zelo aktualen način obrnjene učilnice (angl. “flipped classroom”) (  >tukaj  ) in pa tako imenovane tečaje MOOC ( >tukaj  ). Seveda to ni vse v široki paleti različnih možnosti spletnega ali kombiniranega klasičnega in spletnega pouka, ki ga danes srečujemo v svetu.

Pri izbiri primernega študijskega programa je seveda zelo pomembno, da kandidat vnaprej pridobi o njem nekaj osnovnih, a ključnih informacij. In temu je, konkretno za študij biologije, namenjen projekt v katerem v sodelovanju z nekaterimi ameriškimi univerzami pripravljajo spletišče Online Biology Degree,  ki bo brez dvoma zelo dobrodošel morebitnim kandidatom pri odločitvi o izbiri študija bioloških vsebin.

IBS in črevesna mikrobiota

Študija Cedars-Sinai Medical Centra iz Los Angelesa je prispevala ključne podatke k ugotovitvi, da je sindrom razdražljivih prebavil (angl.: Irritable Bowel Syndrome, IBS) povezan s spremenjeno mikrobno poselitvijo prebavil.  

Rak in infekcije

Zamisliti se velja nad zaključkom v zapisu AJ Cannovega bloga:

Okoli 2 milijona rakavih obolenj je vsako leto povzročenih s kužnimi dejavniki (bakterijami, virusi…). Uporaba razpoložljivih postopkov javnega zdravstva za preprečevanje infekcij, kot so vakcinacije, varne injekcijske prakse ali protimikrobne terapije lahko imajo pomemben učinek na prihodnje obremenitve z rakom v svetu.

Simpozij Molekularna medicina in biotehnologija

Medicinska fakulteta UL vabi na simpozij z mednarodno udeležbo z naslovom Molekularna medicina in biotehnologija, ki bo potekal med 27. in 29. junijem 2012.

Predavanje, petek 11. maja

NIB vabi na predavanje (kopija vabila):

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja:

»Bakterije hruševega ožiga in njihovi plazmidi - Plasmids and virulence in E. amylovora and related pathogens«,

ki ga bo izvedel Dr. Pablo Llop, gostujoči raziskovalec na Nacionalnem inštitutu za biologijo.

Predavanje bo potekalo v petek, 11. maja 2012, ob 14. uri, v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B2.

Predavanje, sreda 9. maj

Iz spletne strani SMD kopiram naslednje vabilo:

Veterinarska fakulteta vas vabi, da se udeležite fakultetnega predavanja z naslovom “Emerging vector-born viral diseases”, ki ga bo predstavil prof. dr. Francesco Tolari, profesor s področja virologije z Veterinarske fakultete v Pisi.

Predavanje bo v sredo, 9. maja 2012, ob 13. uri v podiplomski predavalnici Veterinarske fakultete na Gerbičevi 60 v Ljubljani.

Prof. dr. Tolari (njegov laboratorij: http://www.vet.unipi.it/content/papia/gruppo-di-virologia-veterinaria) se poučuje in se ukvarja z različnimi vprašanji na področju veterinarske virologije. Predvsem ga zanimajo nove pojavi vektorskih bolezni kot je virus Schamlenberg, novi pojavi virusnih zoonoz (Crimean Congo haemorrhagic fever in Rift Valley Fever) in drugimi virusnimi vprašanji z vidika preventive, vakcinacije in  eradikacije.

Kočljivost akademskega publiciranja

Članek P. McKnighta v časniku The Vancouve Sun ne samo, da na kratko obnovi škandalozni primer objave ponarejenih rezultatov raziskave, s katero je A. Wakefield leta 1998 skušal dokazati zvezo med cepljenjem proti otroškim nalezljivim boleznim in avtizmom, ampak stori še korak dalje. Avtor opozori na zaskrbljujoč pojav iz objave umaknjenih znanstvenih člankov, ki v zadnjem desetletju dosega desetkratno povečanje ter istočasno pokaže na kočljivost današnje prakse znanstvene publicistike, ko novinarjev sogovornik G. Begley pravi, cit.: “…akademski sistem in postopek kolegialnega ocenjevanja tolerirata in morda nehote spodbujata  ... publiciranje napačnih, izbranih in neponovljivih podatkov.”

Česen je res koristen

Učinkovina v česnu, diallyl sulfid, naj bi bila učinkovitejša v kontroli infekcij, ki se širijo z živili, od antibiotikov, sporoča študija Xiaonan Luja in sod. Za zdravljenje infekcij uživanje česna sicer ne bo dovolj, prepoznana aktivna substanca pa bi lahko služila v pripravi hrane za omejevanje kontaminacije opreme in živil.

O etičnih odločitvah v znanosti

Na blogu Doing good science v SA blogosferi sem se ustavil na zanimivem zapisu o tem, koga vse zadevajo etične odločitve v znanosti. Avtorica Stemwedel skuša na koncu pridobiti tudi stališča bralcev na dileme, ki se jih v zapisu loteva. Z enako radovednostjo ponavljam njena vprašanja in upam na odziv tudi bralcev tega bloga:

1. Vas osebno zanima s čim se znanost in raziskovalci ukvarjajo? Če da, kako bi to zanimanje opisali? Če ne, zakaj ne?
2. Ali mislite, da naj raziskovalci obravnavajo “javnost” kot zainteresiranega partnerja, kadar se odločajo v etičnih dilemah? Zakaj da in zakaj ne?
3. Če menite, da razskovalci morajo obravnavati “javnost” kot deležnika, kadar se odločajo v etičnih vprašanjih, kako naj ravnajo, da bodo pridobili resničen odziv javnega interesa?
4. In, zavoljo ravnotežja, ali menite, da naj člani t.i. javnosti, kadar presojajo etične odločitve, upoštevajo interese znanosti in raziskovalcev. Zakaj da in zakaj ne?

ISAM8 simpozij

Osmo srečanje evropskih anaerobnih mikrobiologov: 8th International Symposium on Anaerobic Microbiology (ISAM8)
bo organiziral Institut za mikrobiologijo Univerze v Innsbrucku (Avstrija) med 25. in 27. junijem 2013. V obravnavi bodo poleg klasičnih tem: mikrobiologija vampa, mikrobiologija bioplinske proizvodnje, anaerobna obdelava odpadanih vod, anaerobi in njihovi habitati, anaerobne gojitvene metode, molekularni pristop k analizi mikrobnih združb tudi druge povezane vsebine.

Doslej neznan hibridni virusni genom

Tole bo pa odmevalo med virologi!

Intestinalna mikrobiota in diabetes

Potrditev ugotovitev objavljenih v Breaktrough Digest bo nedvomno izjemna vzpodbuda za poglabljanje študija intestinalne mikrobiote.

Predavanje v torek

Naj vas opozorim na predavanje, ki nanj vabijo na CTK blogu in bo namenjeno Aditivom v prehrani.

Predavanje v ponedeljek

Posredujem vabilo Biotehniške fakultete UL:

Vljudno vabljeni na predavanje:
Diversification and adaptation of bacterial populations in soil fostered by horizontal transfer of plasmids
Profesor Kornelia Smalla (Julius Kühn-Institut – Federal Research Centre for Cultivated Plants (JKI), Dept. Epidemiology and Pathogen Diagnostics, Braunschweig, Nemčija)

Predavanje bo v ponedeljek, 23.4. 2012 ob 9:00 v predavalnici B2, Biološko središče, Večna pot 111

POVZETEK PREDAVANJA
It is increasingly recognized that the transfer of conjugative plasmids across species boundaries plays a vital role in the adaptability of bacterial populations in soil. There are specific driving forces and constraints of plasmid transfer within bacterial communities in soils. Plasmid-mediated genetic variation allowed rapid adaptive responses to challenges like irregular antibiotic or metal concentrations, or opportunities like the utilization of xenobiotic compounds. Cultivation-independent detection and capture of plasmids from soil bacteria, and complete sequencing provided new insights into their role and ecology. Broad-host-range plasmids like those belonging to IncP-1 transfer a wealth of accessory functions which are carried by similar plasmid backbones. Plasmids with a narrower host range can be more specifically adapted to particular species and often transfer genes which complement chromosomally encoded functions. Plasmids seem to be an ancient and successful strategy to ensure survival of a soil population in spatial and temporal heterogeneous conditions with various environmental stresses or opportunities, that occur irregularly or as a novel challenge in soil.

Odpornost “starih” bakterij na “nove” antibiotike

Nedavna raziskava odpornosti na antibiotike pri bakterijah, ki so bile milijone let izolirane v odročnih okoljih in so jo opravili raziskovalci kanadske univerze MacMaster, je zbudila v strokovni javnosti precej pozornosti.  V podzemnih jamah Lechuguilla Cave, katerih deli niso bili dostopni s površja celo do sedem milijonov let, so zbrali obilen nabor bakterijskih izolatov, skupaj 93 sevov. Pri njih so nato v obsežnih laboratorijskih raziskavah ugotavljali odpornost na širok nabor sodobnih antibiotikov, tudi takih, ki so v rabi redko, zgolj v skrajnem primeru multiple rezistence, kot je npr. daptomicin. Če pomislimo, kakšno je pravzaprav funkcionalno oz. evolucijsko ozadje delovanja antibiotikov nas najdba, da so v skupnem naboru preskušanih bakterij našli primerke odpornih bakterij skoraj za vsako od uporabljenih skupin antibiotikov, ne sme posebej presenetiti. Kar je bilo za raziskovalno skupino večje presenečenje je, da so poleg sicer dobro znanih rezistenčnih genov pri teh jamskih bakterijah odkrili tudi nove, doslej neznane mehanizme odpornosti proti antibiotikom.

Z GS izvornimi celicami nad HIV

Skupina raziskovalcev na UCLA je z gensko spremembo izvornh celic uspela te preoblikovati v imunske celice, ki so sposobne v organizmu napasti celice okužene s HIV virusom. V članku objavljenem v PLOS Pathogen so  prikazali rezultate raziskave v kateri so uspeli v celicah na humaniziranem živalskem modelu ustaviti virusnih razvoj v celicah.

Mikrobiološki večer

Povzemam iz spleta:

Vljudno vabljeni  na 6. MIKROBIOLOŠKI VEČER SMD v Hiši eksperimentov, v sklopu katerega se bo odvijalo poljudnoznanstveno predavanje dr. Tatjane Tišler z naslovom: Mikroorganizmi kot pokazatelji okolju nevarnih lastnosti onesnaževal
Številne kemikalije in komercialni proizvodi, ki jih uporabljamo v vsakdanjem življenju, imajo poleg uporabnih lastnosti tudi nezaželjene, pogoste med njimi so strupenost, obstojnost in kopičenje v organizmih. V času njihove proizvodnje, transporta, skladiščenja in uporabe le-te zaidejo v vodno okolje, kjer lahko škodljivo delujejo na tam živeče vodne organizme, posredno pa tudi na zdravje ljudi. Kako ovrednotiti in napovedati potencialne negativne učinke onesnaževal na organizme? Z uporabo bioloških preskusov pridobimo koristne informacije. Ravno mikroorganizmi so skupina organizmov, ki jih pogosto uporabljamo za oceno strupenosti, obstojnosti in tudi estrogenske aktivnosti kemikalij, njihovih mešanic in komercialnih proizvodov.
Predavanje bo v ČETRTEK, 19.4.2012, z začetkom ob 20.30
Lokacija: Hiša eksperimentov, Trubarjeva c. 39
Vstopnine ni! Število prostih mest je omejeno!

O bakterijski evoluciji

Na tale blogerski zapis o evoluciji bakterij pa moram opozoriti bralce.

Grozljivost kihanja

Spomladanski čas prinaša dodatne izzive za nadaljevanje prehladnih obolenj s katerimi nas je osrečeval že zimski čas. Zmanjšana splošna odpornost zaradi dolgega zimskega obdobja, hitre spremembe temperature in lahkomiselno hiter prehod na spomladansko garderobo in še bi lahko našteval, so razlogi, da smo še vedno v času, ko nas ogrožajo prehladna obolenja. Eden prvih znakov, da smo soočeni z virusno okužbo, je seveda kihanje in to je pojav, ki je tudi najučinkovitejši prenašalec infekta na soljudi. Da podkrepim trditev vabim na ogled sicer estetsko kočljivega video inserta, ki je pa na drugi strani tako zelo poučen, da si ga vendarle velja ogledati. In ob kihanju ne pozabimo na priporočila CDC o našem ravnanju pri tem:
- usta in nos zakrijemo s papirnim robcem, ki ga odvržemo v posodo za smeti,
- če nimate robca, kihnite v oblačilo nadlakta ali komolca, nikakor v roko,
- pogosto si umijte roke z milom in toplo vodo vsaj za 20 sekund, če to ni mogoče so koristni dezinfekcijski prtički za enkratno uporabo.

Zanimiva okrogla miza

Posredujem del emaila iz Slovenske kinoteke:

slovenska kinoteka
dvorana silvana furlana
miklošičeva 28
ljubljana

četrtek, 5. aprila 2012

17:00 okrogla miza, sodelujejo:
- dr. Katarina Keber, socialna zgodovinarka medicine, izvedenka za epidemije kolere v naših krajih (Zgodovinski inštitut Milka Kosa pri SAZU)
- mag. Marjana Kos, arhivska svetovalka s področja kulture, izvedenka za epidemije črnih koz v naših krajih (Zgodovinski arhiv Ljubljana)
- prim. doc. dr. Alenka Kraigher, dr. med., izvedenka za epidemiologijo, predstojnica Centra za nalezljive bolezni in okoljska tveganja (Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije)
- doc. dr. Miroslav Petrovec, dr med., specialist klinične mikrobiologije (vodja laboratorija za diagnostiko virusnih infekcij, Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta Univerze v Ljubljani)
- Dušan Rebolj, filmski publicist, izvedenec za kinematografijo z okužbo, filme o okužbah
- Miha Zadnikar, moderator okrogle mize

18:45 film Variola vera
Goran Marković, Jugoslavija 1981, 35mm, 1.66, barvni, 110', brez prevoda
Jugoslovan na poti po Vzhodu od revnega trgovca na bazarju kupi piščal, ki je okužena s smrtonosnim virusom črnih koz. Ob pristanku na letališču v Beogradu se zgrudi in prepeljejo ga v bolnišnico, kjer zdravniki zaman poskušajo postaviti diagnozo. Medtem se virus razširi na druge bolnike in bolnišnično osebje. Okuženi po nekaj urah začnejo umirati in v stavbi zavlada silen preplah. Razglašeno je stanje karantene in na pomoč prihitijo izvedenci Svetovne zdravstvene organizacije. V žanr srhljivke ovita alegorija razpadajočega režima, posneta po resnični epidemiji črnih koz, ki je leta 1972 izbruhnila v Beogradu. Nagrada za najboljši scenarij in režijo na festivalu v Valenciji.

Nepričakovane nevarnosti naftnega izlitja

Iz ameriških laboratorijev prihajajo vznemirljive novice. Raziskovalci Univerze Auburn so pri preiskavi katranskih kep, ki jih naplavlja na obale mehiškega zaliva po katastrofalnem izlitju nafte na ploščadi Deepwater Horizon v letu 2010, našli tudi nevarne mikroorganizme. V njih kar mrgoli tudi patogenih bakterij, kot je npr. Vibrio vulnificus, znan kot povzročitelj zastrupljanja z ostrigami. V kepah so dokazali tudi do 100 kratno koncentracijo teh bakterij kot v okoliški morski vodi in desetkratno koncentracijo, kot na pesku, kjer so jih našli.

Metagenomika v kontroli voda

Raziskovalci laboratorijev javnega zdravstva v kanadski provinci British Columbia razvijajo novo analitiko za preverjanje neoporečnosti vodnih virov. Današnjo metodo dostave vodnih vzorcev v osrednje laboratorije, kjer se opravi eno ali dvodnevno gojenje in prepoznava mikroorganizmov, naj bi nadomestilo testiranje na samem mestu odvzema vzorca z metodami, ki bodo temeljile na metagenomiki, torej z ugotavljanjem genetske sledi mikroorganizmov v aktualnem vodnem vzorcu. 

Biology Questions

Ste izpraševalec na temo bioloških ved in pripravljate vprašalnik? Ste študent pred izpitom za enega od predmetov: biokemija, celična biologija, mikrobiologija, zoologija, fiziologija, embriologija, botanika, genetika, evolucija, ekologija in o boleznih, pa bi radi preverili svoje znanje? Spletna stran Biology Questions ponuja 1800 vprašanj in odgovorov.

FDA omejuje uporabo nekaterih antibiotikov

Zaradi zaščite učinkovitosti antibiotikov v humani medicinski rabi se je ameriška Food and Drug Administration (FDA) odločila, da bo s prepovedjo omejila nekatere oblike rabe cefalosporinov v živinorejski  proizvodnji.

Novo biogorivo

Naraščajoče cene fosilnih goriv in in opozorila o končnosti njihovih zalog silijo v iskanje novih energentov. Energetski nosilci iz bioloških virov so pomemben cilj iskanja v R&R energetskih laboratorijih. Blog Pharmaceutical microbiology poroča o raziskavah v ameriškem Joint BioEnergy Institute (JBEI), ki najavljajo zanimiv energent, metil keton; proizvajajo ga z gensko spremenjenimi bakterijami Escherichia coli. Goriva na tej osnovi bi naj imela zelo veliko sposobnost zgorevanja, ki ga merimo s cetanskim številom (za merjenje učinkovitosti dizelskih goriv).

Vodnik po mikrobnem svetu

Najbrž vsi poznamo različne vodnike po rastlinskem ali živalskem svetu. To so priročniki, ki strokovni in laični javnosti omogočajo npr. sprehode v naravi in prepoznavo živega svet v različnih okoljih. Zdaj pa razmišlja evolucijski biolog prof. Jonathan A. Eisen iz Univerze v Kaliforniji (Genome Center v Davisu), da bi nekaj podobnega, najbrž pa ne v papirnem mediju, pripravili tudi za mikrobe. O tem govori Eisen v intervjuju za revijo Wired, na njegovem blogu pa najdete tudi predavanje, ki ga je nedavno imel na konferenci AAAS.  

Morski hidrotermalni mikrobiomi

Za ugasle podmorske hidrotermalne izvire je veljalo, da so mikrobno revni oz. so povsem mikrobno nenaseljeni za razliko od aktivnih izvirov (“black smokers” – črni dimniki) z bogato mikrobno združbo udeleženo v presnovi žvepla in metana in torej s pomembno biogeokemijsko funkcijo. Novejše genomske raziskave mikrobioma ugaslih izvirov vendarle kažejo, sicer skromno, mikrobno prisotnost, a s spremenjeno združbo, ki je posledica mikrobne sukcesije. V njej prevladujejo mikrobne skupine alfa-, beta-, delta- in gamaproteobakterij ter predstavnikov debla Bacteroidetes, so pa skoraj brez epsilonproteobakterij, značilnih za aktivne izvire. 

Virologija 101

Prof. Vincent Racaniello iz univerze Columbia je na svojem virološkem blogu pripravil spletni tečaj Virology 101, kamor je vključil povezave do predavanj iz preteklih let, kot tudi do podkastov in tematskih viroloških vsebin kot je npr. blok predavanj Influenza 101 ter praktikum kot je Toolbox. Res enkratna učna izkušnja.   

Žalujem…

Danes smo na zadnji poti pospremili tragično preminulega mikrobiologa dr. Tomaža Koprivnjaka.

Stroški razvoja zdravil

V zadnji tednih, tudi v zvezi s protesti proti sporazumu ACTA in ob razpravah o avtorskih oz. patentnih pravicah, je bilo v javnosti pogosto slišati kritike proti neusmiljeno visokim cenam in profitom, ki jih dosegajo farmacevtske firme po svetu. Brez ambicije, da bi jih zagovarjal pa bi vendarle priporočil v branje članek v reviji Forbes o stroških razvoja novih zdravil, ki dosežejo tržišče. Novinarji revije so obdelali podatke za 12 večjih svetovnih proizvajalcev (ki so predvsem izdelovalci t.i. bioloških zdravil) v zadnjih 14 letih in ugotavljajo, da segajo ocene stroškov razvoja posameznega zdravil od štirih do skoraj dvanajst milijard US$. Do teh presenetljivih številk, ki močno odstopajo od tistih, ki smo jih doslej lahko prebirali v medijih, pridemo seveda če prištejemo tudi stroški neuspešnega razvoja, saj velja groba ocena da od desetih zdravil, ki jih sprejmejo v testiranje, doseže trg le eno.

Mikrobiom Zemlje

Na nedavnem letnem srečanju Ameriškega združenja za napredek znanosti (American Association for the Advancement of Science – AAAS) je bil opazen del obravnave namenjen preučevanju zemeljskega mikrobioma, kot lahko preberemo v blogu Cosmic Log v zapisu Scientists map the world’s microbes izpod peresa Alana Boyla. Zlasti so markantni nekateri številčni podatki o mikrobni biomasi našega okolja.

Razprave o ptičji gripi še burijo duha

Nabor živahnih razprav, ki jih je sprožilo dogajanje okoli poskusov z manipuliranim virusom ptičje gripe H5N1, ki sem jih nedavno omenil >tukaj  in ki jih je v dveh odličnih zapisih v blogu prestavil kolega dr. Dolinar ( >1  in >2  ) in o katerih je govorila tudi kolegica dr. Avšič-Županc na Valu 202 , so nedavno »obogatile« razprave vidnih svetovnih virologov o tem, kako nevaren je pravzaprav virus H5N1. Pregledu tega dogajanja se je poglobljeno posvetila znanstvena novinarka Helen Branswell v zadnji številki revije Scientific American. Ta drugi “šopek” vprašanj zadeva namreč patogenost oz. virulenco samega virusa. Potem, ko v večini razprav najdemo podatek, da gre za virus, ki se sicer ne prenaša s kapljičnim prenosom in torej ta viroza ni posebno nalezljiva, je virus močno patogen, saj so avtorji navajali smrtnost okuženih, ki dosega skoraj 60%. In v to številko so se obregnili nekateri ugledni virologi s trditvijo, da pravzaprav ne gre za presojo virulence seva, ampak za nedorečenost zdravstvene statistike. Ni namreč nedvoumnih podatkov, kolikšen je dejanski obseg prenosa virusa na ljudi brez izraženega izbruha bolezni. Nekaj študij o preverjanju serološke slike med prebivalstvom, ki je verjetno prišlo v stik z virusom H5N1, ni zelo prepričljivih zaradi majhnega števila zajetih podatkov, kaže pa vendarle, da sicer v omejenem številu serološko pozitivno reagirajo tudi ljudje, ki niso gripozno zboleli. Virologa Palese in Racaniello, predvsem s ciljem zagovora sprostitve člankov Yoshihire Kawaoke in Rona Fouchiera, pravita, da je mogoče predpostaviti, da so podatki o fatalnosti virusa pretirani tudi za desetiško stopnjo. Pritegniti je mogoče razmisleku, da je presoja o virulenci na osnovi izračuna iz primerov, ki so zaradi resnosti obolenja hospitalizirani in je pri njih mogoče nedvoumno določiti tip virusa in primerov, ki nato zaradi obolenja umro, res neustrezna. Seveda pa si nihče ne upa izreči dokončne ocene o dejanski patogenosti tega virusa. Previdnost je razumljiva, tudi ker nekateri nedavni članki vendarle govorijo o relativno dramatični in specifični pojavnosti patoanatomskih sprememb v pljučih pri virusni okužbi s H5N1.

“Okužba z aflatoksini”…?; …nikakor!

V zadnjem času (razumljivo: zaradi aktualnega dogajanja) je v medijih pogosto zaslediti rabo “okužba z aflatoksini”. Na to nepravilno rabo me opozarjajo tudi bralci.

Beseda “okužba” (manj pogost:"okužitev" "okuženje") ali s tujko "infekcija" je vdor in poselitev gostitelja s patogenimi organizmi. Tako  je pojem obdelan tudi v Mikrobiološkem slovarju. Medtem pa bi za prisotnost toksinov, v konkretnem primeru aflatoksinov bila edina pravilna raba "onesnaženje z aflatoksini" ali "prisotnost aflatoksinov", "vsebnost aflatoksinov", s tujko "kontaminacija".

Res pa je, da v primeru "kontaminacije" SSKJ in SP pojasnjujeta ta pojem z "onesnaženje", "okuženje", vendar bi to slednje po moje bilo sprejemljivo le, kadar gre za prisotnost organizmov npr. okuženje vode (tj. prisotnost mikroorganizmov v vodi).

Previden je treba biti pri rabi zveze "zastrupitev z aflatoksini". Ne gre za zgolj za prisotnost; zastrupitev je aktiven procesin opisuje npr. stanje organizma z njegovim odzivom na prisotnost toksina.

Za okrepitev navedenega naj prenesem še opis iz Slovenskega medicinskega e-slovarja:
”okúžba -e ž vdor mikroorganizmov v telo in njihovo razmnoževanje, ki mu lahko sledijo klinični bolezenski znaki; sin. infectio, infekcija (1); prim. infekt, infestacija, invazija.”

Novo o patogenosti antraksa

Zanimiva nedavna študija v PNAS, ki jo povzema Scientific American v svojem blogu, odkriva, da je posameznikova občutljivost za patogenost povzročitelja antraksa v večji meri odvisna od genetske osnove kot je veljalo doslej. Razliko naj bi določala regulacija gena CMG2, ki kodira določen protein na površini celic. To seveda sproža takoj tudi misel o novih možnostih zdravljenja te infekcije.

Darwinov dan

Na Darwinov dan, ki ga slavimo 12. februarja, se spominjamo rojstva Charlesa Darwina leta 1809. Ves februar bodo po svetu organizirali številne spominske prireditve, kot lahko preberemo na spletni strani njegove fundacije.

GrippeNet.fr

Francoski Nacionalni inštitut zdravja, Univerza P.&M. Curie in še nekatere druge ustanove so kot raziskovalni projekt oblikovale spletno mesto GrippeNet. Je tudi del evropskega projekta Infleunzanet, v katerem sodelujejo Avstrija, Belgija, Francija, Nemčija, Italija, Nizozemska, Portugalska, Švedska, Švica in Velika Britanija. Značilnost teh iniciativ pa je sodelovanje prostovoljnih poročevalcev o pojavljanju gripoznih obolenj, kar omogoča aktualno spremljanje njihovega širjenja.

Potuhnjena virusna strategija

Raziskovalci na MIT so odkrili zanimiv način zelo usmerjenega vplivanja na rast bakterij s strani virusov. Fotosintetske morske bakterije, ki živijo v območju limitirane oskrbe s fosforjem, si morajo pomagati z zelo stresnimi dodatnimi mehanizmi za privzemanje fosforja. Ko ta njihov stres zaznajo virusi, ponudijo bakterijam pomoč s tem, da jih ob virusni okužbi oskrbijo z genetsko informacijo za še učinkovitejšo oskrbo s fosforjem. Ta pa služi predvsem za obilno namnoževanje virusnega materiala v okuženi bakterijski celici, ki nato ob propadu celice predstavlja vir nove virusne okužbe za ciljno bakterijsko populacijo.

Patogeni v učnih laboratorijih

Zaradi vse pogostejših poročil o infekcijah s patogenimi bakterijskimi sevi, predvsem s salmonelami, v učnih laboratorijih, so ameriški centri za nadzor bolezni (CDC) pripravili posebno priporočilo za učitelje, študente in vodje ustanov pri izvedbi praktičnega pouka v takšnih laboratorijih.

Virtualni muzej bakterij

Trije partnerji so se odločili ustanoviti Virtualni muzej bakterij: britanska Fondacija za bakteriologijo dr. Blaserja (FBB), britansko Društvo za aplicirano mikrobiologijo (SfAM) in Waksmanova fondacija za mikrobiologijo (WFM).

Gates znova Globalnemu fondu

Na novinarski konferenci na Svetovnem ekonomskem forumu v Davosu je Bill Gates sporočil, da bo njegova “The Bill & Melinda Gates Foundation” vložila še 750 milijonov $ v Globalni fond za borbo proti AIDSu, tuberkulozi in malariji. V zadnjih desetih letih so Gatesovi že namenili temu fondu 650 milijonov $.

Virus Schmallenberg

Povzemam po spletnem forumu FluTrackers.com: pri majhnih in velikih prežvekovalcih so koncem lanskega leta ugotovili obolenje, ki ga povzroča arbovirus iz rodu Orthobunyavirus in je začasno imenovan virus Schmallenberg. Prva poročila o obolenjih so bila iz Nemčije in Nizozemske, nedavno pa v istem viru poročajo tudi o obolelih ovcah v Veliki Britaniji in Franciji. Simptomatika je primerljiva z boleznijo Akabane, zanjo je značilno poškodovanje fetusa, čemur sledi zvrgavanje ali se rojevajo kongenitalno prizadeti mladiči. Virus prenašajo insekti, bolezen je po svetu dokaj razširjena, a je v Evropi doslej ni bilo. Ni znano, da bi bil za virus občutljiv človek, tudi ne povzroča obolenj pri konjih, prašičih, mačkah in pseh, čeprav se pri njih občasno ugotovljajo specifična protitelesa brez druge simptomatike. Bolezen pa se lahko prenese na divje prežvekovalce.    

Elektronska taksonomija

Pri prepoznavi mikroorganizmov in njihovem razvrščenju se je v novejšem času za določene namene močno uveljavila t.i. tipizacija na osnovi multilokusnih zaporedij (v SBD slovarju tudi: tipizacija na osnovi zaporedij več lokusov) (originalno angl.:  multilocus sequence typing - MLST). Rezultate sekvenčne analize je mogoče odlagati tudi na spletu in z izgradnjo ustreznih baz se močno povečuje dodana vrednost hitrejše primerjave rezultatov in prepoznave novih sevov v pristopu, za katerega se uveljavlja ime elektronska taksonomija. Na Imperial College London so vzpostavili spletni portal eMLSA.net in vabijo k sodelovanju. Prav tako so odprtega dostopa druge podobne baze: na univerzi Oxford – PubMLST, baze MLST Databases na univerzi v Corku in baze na Institute Pasteur v Parizu Pasteur MLST Databases.

Vpliv prebavnega mikrobioma na pojavnost srčnih obolenj

Sporočila nedavnih raziskav, objavljena v reviji FASEB in zaključki povzeti v članku MedicalXpress, nakazujejo realen vpliv črevesne mikrobne združbe (pravimo ji tudi mikrobiom prebavil) na resnost pojava srčnih obolenj pri poskusnih živalih. Ob predpostavki, da visok nivo hormona leptina v krvi pomembno povečuje riziko pojave srčnih obolenj, so v dveh poskusih vplivanja na prebavni mikrobiom uspeli dokazati znižanje leptina. Bodisi da so dodajali antibiotik z izrazitiom vplivom na črevesni mikrobiom (vankomicin) ali pa so na sestavo mikrobioma vplivali z dodatkom probiotika, za katerega je znano, da znižuje nivo leptina (Lactobacillus plantarum 299v). V obeh primerih so na poskusnih miškah dokazali zmanjšanje kardialnega rizika, medtem ko je predhodno dodajanje leptina živalim kardiopreventivni učinek antibiotika ali probiotika izničilo. 

Strah pred ptičjo gripo, tokrat drugače

Zgodba začenja septembra lani na evropski konferenci o influenci na Malti in odmeva tudi danes. Še več, postala je prav vroča tema, tako zaradi odmevov v zdravstvenih krogih, kot zaradi vpliva, ki ga bo lahko imela na politiko javnega objavljanja raziskovalnih dosežkov. Skupina raziskovalcev Erasmus Medical Centra iz nizozemskega Rotterdama je na konferenci predstavila rezultate svojih raziskav virusa ptičje gripe H5N1, napovedali pa so tudi že pisno objavo. Z virusom pričje gripe se lahko okužijo tudi ljudje s tem, da pri njih povzroča obolenje z veliko smrtnostjo, ki lahko preseže 50%. K sreči ta virus ni zelo kužen za sesalce, potreben je tesen stik z bolnimi živalmi. Vendar pa so holandski raziskovalci z vnosom specifičnih mutacij preoblikovali virus tako, da se je med poskusnimi živalmi, za študij patogeneze influence je najprimernejši beli dihur, pričel širiti s hitrostjo, ki je sicer značilna za sezonsko gripo. Seveda se je strokovna javnost in z njo ob živahnem pokritju s strani novinarjev tudi širša javnost odzvala z zaskrbljenostjo, reagirali pa so tudi organi zdravstvenega nadzora po svetu. Ker je del raziskav vezan tudi na sodelovanje z ameriškimi laboratoriji se je sestal ameriški Nacionalni svetovalni odbor za biološko varnost pri Nacionalnih inštitutih za zdravje (NIH) in avtorjem raziskave predlagal moratorij za objavo nekaterih ključnih podatkov o patogenostnih determinantah spremenjenega virusa. Tudi svetovna zdravstvena organizacija (WHO) svari pred objavo delov raziskovalnih podatkov pridobljenih v nedavnih raziskavah pričje gripe. Razlog vseh teh svaril je seveda strah, da bi podatke lahko zlorabili bioteroristi. Vendar pa je predlagani ukrep v neskladju z splošno prakso, da raziskovalci svoje raziskovalne dosežke, ki »preživijo« predhodno ekspertno oceno, objavijo. Številni, zlasti ameriški raziskovalci opozarjajo, da je predlagani ukrep strokovne cenzure podatkov predvsem v škodo znanosti, saj prav objave novih spoznanj sprožajo nova odkritja, ta pa so ključna seveda tudi za napredek na področju javnega zdravstvenega varstva.

Iz Kvarkadabre…

Tole je res vredno ogleda!

Portal klinične mikrobiologije/imunologije

Ameriško mikrobiološko društvo - The American Society for Microbiology (ASM) je pripravilo nov portal za klinične mikrobiologe in imunologe – Clinical Microbiology Portal. 

Carl von Linné

Na današnji dan, pred 234 leti je umrl (10. januar 1778 v Uppsali) švedski naravoslovec Carl von Linné, najprej izobraževan kot botanik, nato aktiven kot zdravnik, v naravoslovju  pa velja za očeta taksonomije, ki jo utemelji s svojim najbolj znanim delom Systema Naturae, katerega značilnost je dvoimensko (binominalno, binarno) poimenovanje organizmov in struktura hierarhije taksonov od vrste, roda, reda do razreda. 

The Microbiology Network

The Microbiology Network ekspertno svetuje v vprašanjih mikrobiološkega nadzora in dobre proizvodne prakse v farmacevtiki in zdravstvenih dejavnostih. Omogoča spremljanje tudi preko Twitterja.