Novost v genskem uravnavanju

Za gensko utišanje je na voljo več načinov, ki pa niso najbolj učinkoviti. Pri t. i. "knockout" metodi (postopek izbijanja genov) je učinek ugašanja nepovraten, ustavljalcev, kot so tetraciklini žal ni mogoče učinkovito nadzorovati in tudi izkoriščanje RNA interference ni povsem uspešno. Zdaj pa The Scientist povzema julijsko objavo v reviji Cell izpod perese J.J. Collinsa in sod., ki obeta novo orodje za uravnavanje izražanja genov in naj bi odpravilo dosedanje omejitve. Prepričan sem, da nam bo dr. Dolinar v svojem berljivem jeziku na svojem blogu predstavil podrobnosti članka, do katerega žal nimam spletnega dostopa.

Virus proti raku

Biomedicinski informacijski portal bio.com nas seznani z zanimivim kliničnim preskusom novega zdravljenja sarkoma. Zdravstvena ustanova in biotehnološha firma sta pri dveh pacientih zastavili klinični preskus z zdravilom Reolysin, ki pa ni, kot bi morda pričakovali kemoterapevtik, ampak živi virus, ki ubija kancerozne a je neškodljiv za normale celice.

iGEM2006 znova na TV Pika

Kot lahko beremo v današnji Delovi prilogi Znanost bo TV Pika 29. julija ob 16.00 ponovila oddajo iz serije Sadovi znanja v kateri se predstavljajo študenti ljubljanske Univerze (med osmimi udeleženci je bilo kar šest mikrobiologov(inj)), pod vodstvom svojega mentorja prof. dr. R. Jerale, ki so lani v ZDA zmagali na prestižnem mednarodnem tekmovanju mladih raziskovalcev iGEM 2006.

Genomika posamezne mikrobne celice

Znana in brez dvoma ena večjih omejitev v preučevanju mikrobnih ekosistemov je nemoč pri gojenju nekaterih mikroorganizmov ko posledično ne uspemo pridobiti potrebnih količin dednega materiala za genomske študije. Nedvomno molekularne metode, s katerimi dokazujemo celoto dednih naborov organizmov v ekosistemu in jih danes učinkovito uveljavlja metagenomika, pomembno premagujejo omenjeno težavo. Niso pa zanemarljivi alternativni pristopi in eden od teh je iniciativa določevanja genomov posameznih mikrobnih celic (angl. "Microbial Single Cell Genomics" - MSCG), s katero obidemo stopnjo gojitve mikrobih celic. V izvedbi izkoriščamo mikroskopske preparativne in nanotehnološke postopke. Upati je mogoče, da bo ta pristop omogočil, da iz podatkov funkcijske celovitosti, ki jo nudijo metagenomski podatki, izdvojimo prispevek, ki ga v ekosistemu imajo posamezne mikrobne vrste.

Nasilno proti evoluciji

V Združenih državah Amerike aktivnosti kreacionistov in protievolucionistov ne presegajo zgolj meje razumnosti, občasno sežejo celo preko meja zakonitega. Zaradi nedavnih resnih groženj posameznim študentom in učiteljem na Univerzi Kolorado v Boulderju išče policija nestrpneža, ki je trenutno sicer na begu.   

Prebavni mikrobiom vse bolj razburja

Mikrobna skupnost prebavil (zanjo se v zadnjem času v navezavi na molekularne metode njenega določanja uveljavlja pojem »mikrobiom«) postaja vse aktualnejši objekt raziskovanja, zahvaljujoč vedno novim vplivom, ki jih raziskovalci povezujejo z njo. Skupina na Univerzi v Readingu pod vodstvom prof. Glenna Gibsona npr. že nekaj let poskuša s spreminjanjem črevesne mikrobne združbe izboljšati zdravje avtistov za katere je znano, da njihovo stanje spremljajo pogoste prebavne motnje. Žal so nedavni klinični preskus morali predčasno prekiniti, vendar ne zaradi neučinkovitosti zdravljenja s probiotskim dodatkom ampak, nasprotno, zaradi tako značilnih pozitivnih učinkov v preskusni skupini, da starši otrok, ki bi naj po testnem protokolu v nadaljevanju raziskave prešli na dodajanje placeba, niso želeli preskusa nadaljevati. Profesor Gibson seveda načrtuje ponovitev preskusa.

Še več pozornosti je zbudilo več nedavnih objav iz skupine prof. J. I. Gordona, ki opozarjajo da določene mikrobne skupine črevesnega mikrobioma lahko pomembno vplivajo na telesno težo gostitelja oz. so udeležen dejavnik pri debelosti; ugotovitev, ki so jo najprej ugotovili pri preskusnih živali (>1; >2), zdaj pa potrdili tudi pri ljudeh ( >1; >2; >3).

Rezultati, ki presegajo doslej pričakovane, omogočajo napovedi, da bi z načrtnim poseganjem v prebavno mikrobno združbo, ko jo bomo bolje poznali, z dodajanjem ustreznih mikroorganizmov (probiotikov) ali z izboljšanjem pogojev za njihovo uveljavitev v prebavnem traktu (s prebiotiki) dosegli morebitne učinke v preventivi različnih presnovnih obolenj, tudi npr. pri sladkorni bolezni oz. v lajšanju težav pri kroničnih sistemskih obolenjih.

Metagenomics 2007

Priporočam vam, da preberete poročilo iz letošnje tretje konference Metagenomics 2007, ki ga je na svojem blogu pripravil J. A. Eisen. Govori o tretji mednarodni konferenci, ki je bila med 11. in 13. julijem na UC San Diego v La Jolli. In naj ponovim za avtorjem zapisa - metagenomika je simultano sekvenciranje genomov mikrobnih združb. Že iz Eisnovega poročila je čutiti močan poudarek metagenomiki humanega mikrobioma, ki je prevladoval na letošnji konferenci. Vsekakor poleg samega zapisa preberite še ponujene povezave k posameznim prispevkom s tega kongresa oz. do strani nastopajočih avtorjev. Zlasti si poglejte ponujeni webcast.

Naj se na tem mestu posujem s pepelom; podobne priložnosti, da bi na tem blogu poročal o mednarodnem simpoziju anaerobne mikrobiologije ISAM 2007, ki sem ga mimogrede sicer omenil, nisem izkoristil. Opravičilo: bil sem žal prisoten samo na manjšem delu nastopov. Upanje pa še vedno ostaja, da bodo organizatorji na sami simpozijski spletni strani objavili povzetek s kongresa, morebiti objavili abstrakte referatov in posterjev, ali pa celo objavili polne tekste referatov, za katere so jim avorji morda dali dovoljenja za objavo. V svetu je danes to vse bolj v rabi, se vam ne zdi?

Mikroblogologija

Dobri Moselio Schaechter nas v svojem včerajšnjem zapisu pod zanimivo skovanko "Microblogology" opozori na zanimiv video klip v avtorstvu Chris Condayan iz hiše ASM - prispevek za podcast v portalu MicrobeWorld. Ta video nas opozori na posebno skupino evkariontskih organizmov, namreč na mikrobiološke blogerje ali blogerske mikrobiologe. V kratkih predstavitvah nam nekateri bolj izpostavljeni mikroblogologi (nekaj za Domna!) pripovedujejo zakaj počno to kar počno in zakaj je to dobro v znanosti. Srečamo se z Johnom Logsdonom na blogu Sex, genes & evolution, z Jonathanom Badgerjem na T. taxus, z Valerijo na Yersinia blogu, z Larryjem Moranom na blogu Sandwalk, s Taro Smith na blogu Aetiology in seveda z M. Schaechterjem na blogu Smal Things Considered.

Live Earth

Prav ta trenutek povezuje svet akcija Live Earth s katero skušajo glasbeniki opozoriti na nasilje, ki ga človek povzroča klimi in preživetju življenja. Zmanjševanje biotske pestrosti je na to tesno vezana tema in čeprav današnje dogajanje ni edinstveno v zgodovini življenja na Zemlji, kar nam predstavlja tudi članek The Sixth Extinction, je za današnjo dramo mogoče v veliki meri kriviti človeka.

O nekoliko drugačnih oblikah življenja...

Ameriška agencija National Research Council podpira s sredstvi poleg raziskav in iskanja življenja zunaj našega planeta tudi razisave o nenavadnih ("weird") oblikah življenja, ki nas morda obdaja pa ga ne zaznavamo. Poročilo o projektu "The Limits of Organic Life in Planetary Systems" obravnava tudi take vidike zaznave življenja. Preberete ga lahko v polnem tekstu v zbirki portala The National Academies Press (NAP). Nekaj tega razmišljanja najdete tudi v članku Carla Zimemrja v reviji Discover.

Mimogrede, na portalu NAP boste v odprtem dostopu našli še marsikatero zanimivo  in koristno knjigo.

Wikipedijin mikrobiološki portal

Mikrobiologom, ki obvladate francoščino in zlasti onim, ki želite preveriti kakšen strokovni pojem v francoskem jeziku priporočam portal Wikipedije Portail Microbiologie. In seveda: geslo Louis Pasteur je gotovo na tem portalu zelo avtentično pričevanje o velikem Francozu.  

MikroRNA

MikroRNA (miRNA) so majhni delci  nekodirajoče RNA (21 do 23 nukleotidov v dolžino), ki jih najdemo pri živalih, rastlinah in virusih in urejajo izražanje genov tako da se "vmešavajo" v delovanje sporočilne RNA. Raziskovalci so odkrili pri sesalcih veliko število miRNA, vendar slabo poznamo in razumemo raven ekspresije in specifičnosti teh molekul (Melissa Lee Phillips). Zdaj so v reviji Cell objavili atlas eksprimirane sesalske miRNA pri čemer ugotavljajo, da je za veliko večino miRNA odgovornih sorazmerno malo miRNA genov in tudi da je le malo miRNA specifične za posamezna tkiva ali celične tipe.

Energetsko varčnejša proizvodnja piva

V reviji Ad Litteram (št. 16, 2007) iz INRA centra v francoskem Nantesu lahko preberemo o projetu MALTECO, ko skušajo zmanjšati porabo energije v proizvodnji slada, pomembne surovine v proizvodnji piva. Po slajenju, torej po kalitvi ječmena potrebujemo veliko energije za njegovo sušenje - do 1000 kWh na tono ječmena. Pri francoski letni proizvodnji slada pomeni to letno energetsko porabo 1,25 milijarde kWh! Projekt cilja na pomembno znižanje vlage v ječmenu, ko kalitev še ne bo prizadeta, kar bi omogočilo do 30% (!) zmanjšano porabo energije pri sušenju.

O biotehnologiji

Ena najvplivnejših revij, za katero z upravičenostjo lahko rečemo, da ustvarja svetovno javno mnenje je The New York Review of Books. V letošnji julijski številki ugledni ameriški fizik in matematik ter znanstveni guru Freeman Dyson objavlja pomemben članek na temo biotehnologije Our Biotech Future. Ker je članek dostopen v odprtem dostopu ga vsekakor preberite. (Hvala tudi Petru Subru za napotilo k članku.)