Gigantska gliva

Za predzgodovinski fosil Prototaxites, za katerega so dolgo verjel, da je bil iglavec, so zdaj ugotovili, da je bil ogromna gliva, ki je dosegala v višino tudi 6 metrov. Fosil, ki so ga odkrili že pred stoletjem in so ga našli na številnih zemeljskih lokacijah naj bi živel pred 420 in 350 milijoni let.

Nastopanje v akademski javnosti

Vse, ki ne spremljate romunov's bloga, naj opozorim na >tale zapis.  

Zlobne bakterije prevladajo

Geni, ki povečujejo virulenco bakterij bistveno pripomorejo k njihovemu evolucijskemu preživetju pravi Brett Finlay iz Howard Hughes Medical Institute (HHMI) v nedavni raziskavi, objavljeni v reviji Current Biology. Številne bakterijske vrste si med seboj izposojajo bistvene virulenčne dejavnike, prepoznava tega mehanizma pa bi pomembno pripomogla k preprečevanju razširjanje patogenov. V prispevku v HHMI News Finlay uporabi posrečeno metaforo, ko primerja ta fenomen z izmenjavo dokumentov v računalniškem  programu.  Pravi: “Bakterije kot da imajo svoj internet, s katerega si druga od druge presnamejo genetske sekvence”.

Novi sevi ptičje gripe

Nedavna obsežnejša raziskava genomov virusa ptičje gripe H5N1 iz zapadnih izvorov (Evrope, Bližnjega Vzhoda in Afrike) je odkrila nekatera zaskrbljujoča dejstva.  Med drugim so lahko dokazali prerazporejanje genetskega materiala z nastankom novih sevov tudi že pri zapadnih sevih, pri več sevih so našli tudi mutacije, značilne za seve, ki so povzročili smrtne primere pri človeku v letu 2006 in da je razširjanje sevov iz Azije v delu tudi posledica človeškega vpliva.

Wiki je car!

Letos smo s študenti vsakoletno seminarsko obvezo pri enem od predmetov izvedli nekoliko drugače. Za sodelovalno pripravo seminarjev smo uporabili wiki platformo. Hvaležno naj povem, da nam je prof. Dolinar omogočil gostovanje na njegovem wikiju Nove biologije. Letošnje prispevke pri predmetu Okoljevarstvena biotehnologija (4. letnik študija mikrobiologije) najdete >tukaj. V petih srečanjih izvedenih v načinu problemsko temeljenega pouka (PBL), smo letos obdelali šest tem. Tokrat je za razliko od prejšnjih let, ko smo pripravljali esejski tekst, opravljeno temo pomenila seminarska vsebina, ki jo je skupina pripravila kot wiki vsebino in kot nastop podprt s .ppt aplikacijo. Izkušnja je izjemna, predvsem zaradi zares prizadevnega dela obeh PBL skupin. Res pa je, da smo lahko pri delu koristno uporabili izkušnjo z wiki platformo, ki so jo nekateri med študenti poznali iz svojega sodelovanja v zmagovalni skupini skupini iGEM 2006.

Vatikan o Darwinu II

Lani oktobra sem omenil sestanek o Darwinovem nauku, ki ga je organizirala katoliška cerkev. Kot lahko preberemo novico v Razgledih je papež Benedikt XVI. zdaj izdal knjigo „Stvarjenje in evolucija“, kjer naj bi bile objavljene tudi misli takratnega njegovega predavanja. Nisem si mogel kaj, da se ne bi na novičko v Razgledih v komentarju oglasil z nasvetom, kako lahko bralci tudi najdejo referenčno mesto, kjer znajo pojasniti Darwinove "zmote".

Kje so časi (1986), ko je znal papež Janez Pavel II. povsem drugače priznati veličino Darwinove misli. Sicer si bodo pa bralci, medtem ko bodo čakali, da bodo v slovenščino prevedli novo Ratzingerjevo knjigo, lahko čas krajšali z branjem trenutne svetovne uspešnice evolucionista Richarda Dawkinsa "Bog kot zabloda" (The God Delusion), ki smo jo pravkar dobili pri založbi Modrijan v slovenskem prevodu. Ja, to je tisti R. Dawkins, ki ga je lani revija Prospect uvrstila med tri najvplivnejše živeče intelektualce izza N. Chomsk(y)ega in U. Eca.

Kvantne osnove fotosinteze

Kot kaže je raziskovalcem ameriških laboratorijev iz sklopa ministrstva za energijo (DOE) - Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL) in iz kalifornijske Univerze Berkeley uspelo razložiti temeljne zakonitosti kako uspeva narava v fotosintezI s skoraj 100% učinkovitostjo prenesti sončno energijo po poti celičnih molekularnih sistemov do pretvorbe v kemijsko energijo.

Mikrobni genomi in DOE

Ameriški Department of Energy (DOE) zdaj že deseto leto podpira enega najambicioznejših projektov odkrivanja mikrobnih genomov v svetu. V svojem Joint Genome Institute (JGI), na ključni lokaciji v kalifonijskem Walnut Creeku, je na voljo 25% vseh svetovnih laboratorijskih kapacitet za sekvenciranje mikrobnih genomov. Samo v lanskem letu so z ekipo 270 zaposlenih določili zaporedje 80 mikrobnih genomov, kar je navrglo okoli 316 megabaznih parov prepoznane mikrobne DNK. Ta trenutek je znanih 414 popolnih bakterijskih sekvenc (110 iz JGI) in 31 arhejskih sekvenc (31 iz JGI). Samo na JGI imajo za naslednje petletno obdobje v načrtu sekvenciranje 2.000 mikrobnih genomov, ker pa se istočasno strmo vzpenja učinkovitost analiznih metod bo to število nedvomno preseženo. Seveda vodilo inštitucije ni zgolj akademska radovednost; značilen primer je nedavno sekvenciranje kvasovke Pichia stipitis, ki je znana po doslej največji učinkovitost mikrobne razgradnje ksiloze (sestavina lignoceluloze), kar ima seveda izrazit pomen pri iskanju učinkovitejše proizvodnje etanola iz biomase (povzeto po reviji Microbe).

Mycobacterium bovis pri ljudeh

Med  mikobakterijami je Mycobacterium tuberculosis (M. tb.) najpogostejši povzročitelj tuberkuloze pri ljudeh. Precej redkeje jo povzroča M. bovis (M.b.), čeprav vedno ni bilo tako. V splošnem velja, da se okužba z M. tb. prenaša  od človeka na človeka, medtem ko se z M. b., za katero že ime izdaja, da je njen poglavitni gostitelj govedo, okužimo s prenosom od živali, največkrat z neustrezno higiensko obdelanim mlekom. Včasih, ko še ni bila uveljavljena obvezna pasterizacije tržnega mleka je bilo takih prenosov več kot danes, kasneje pa so bili bolj izpostavljeni takemu prenosu kvečjemu ljudje, ki so profesionalno pogoste bili v stiku z bolnim govedom: živinorejci, veterinarji in delavci v klavnicah, vendar je tega le 1% vseh primerov tuberkuloze. Prenos M. b. iz človeka na človeka je izjemno redka in pravzaprav nenavadna možnost. In vendar so nedavno zaznali prav tak primer v Birminghamu v Veliki Britaniji, kjer so v obdobju treh let obravnavali šest primerov obolenja, ko se je prenos zgodil med ljudmi, ki so sicer bili v pogostejšem kontaktu. Štirje pacienti so pri tem imeli oslabljen imunski sistem bodisi zaradi infekcije s HIV virusom, zaradi diabetesa ali zaradi zlorabe alkohola in steroidov, kar so bili razlogi posebne občutljivosti za okužbo. Ta primer seveda opozarja, da pa je okužba z M. b. lahko večji problem v področjih z večjo pogostostjo HIV okužb in kjer tudi okužbe živali z M. b. niso ustrezno obvladane, kot je to primer npr. s subsaharsko Afriko.

Kateri virus?

Če vas mika, da bi malo preskusili svoje znanje o pomembnejših virusnih skupinah vam pri BioReliance ponujajo >tole igro.  

O patogenih mikroorganizmih prebavil

Učni in informacijski splet Open Learning on Enteric Pathogens ima že daljšo tradicijo, z novo grafično podobo pa je še prijaznejši in uporabnejši.  

Sporulacija bloga

Simpatičen izgovor si je za nekoliko daljši premor v pisanju bloga omislil naš francoski blogerski kolega na bacterioblogu: "bacterioblog ni mrtev, je sporuliral...". LOL.

Aha, kaj je že sporulacija ( >1, >2 ) ?

Parazitova zvitost

Glodavci zbežijo če zavohajo mačji urin. Izgubijo pa ta strah, če so okuženi s protozojskim parazitom Toxoplasma gondii. Ta parazit lahko svoj življenjski krog zaključi le, če glodavca požre mačka. Raziskovalci na Univerzi Stanford so ugotovili, da je pri okuženih živalih parazit v glavnem lociran v delu možgan z imenom amigdala, v področju, pravijo mu tudi center za strah, ki sodeluje v obdelavi pomembnih emocionalnih reakcij živali.

Znova o zgodnjem nastanku življenja

Vsi poznamo eksperiment s katerim sta Stanley Miller in Harold Urey iz Univerze v Chicagu leta 1953 želela ponoviti dogodke na zgodnji Zemlji, ki naj bi vodili v nastanek življenja. V stekleni bučki z izbrano plinsko mešanico nad tekočino sta s sprožanjem električnega iskrenja skušala pričarati pogoje podobne ozračju v katerem  naj bi nevihtne strele omogočile sintezo kompleksnih kemijskih spojin. Manj pa vemo, da je sicer v eksperimentu v katerem sta uporabila metansko amonijsko mešanico res v pridobljeni prajuhi bilo mogoče dokazati obilo aminokislin, ki so potrebne za gradnjo beljakovin, da pa so jima poskus oporekali, ker naj bi izbrana plinska mešanica ne ustrezala dejanski sestavi plinov v zgodnji zemeljski atmosfere. Miller je nato poskus ponovil leta 1983 z mešanico ogljikovega dioksida in dušika, kar naj bi bil pravi posnetek takratne atmosfere in v poskusu je res nastala komaj kakšna aminokislina, kar je seveda ovrglo prvotno tezo. Zdaj Millerjev učenec  Jeffrey Bada iz Inštituta Scripps v kalifornijskem mestu La Jolla skuša z novimi podatki potrditi pravilnost razmišljanja svojih predhodnikov. Bada je predpostavil, da so v spodletelem eksperimentu nastajali  nitriti, ki razgradijo aminokisline takoj po nastanku. Ker pa naj bi na prvotni Zemlji bili prisotni tudi železo in karbonatni minerali, ti lahko nevtralizirajo nitrite in kisline. V izhodiščni juhi je Bada ustrezno razširil nabor komponent, ponovil Miller-Ureyjevo razelektritev in dobil juho bogato z aminokislinami. Novi podatki seveda odpirajo nova ugibanja in tudi nove pomisleke, kljub temu pa je predstavitev Badovih rezultatov na nedavni letni konferenci Ameriškega kemijskega društva zbudila veliko pozornosti in odobravanja.  

Mammalian Genome

Iz založbe Springer sporočajo:
In April you will have the chance to read and download all articles from Mammalian Genome for FREE.