Usodne melone

Kot je sporočila ameriška CDC, predstavljajo nedavne okužbe z listerijami v melonah največji tak izbruh okužbe z živili v desetletju.  Doslej je v 18 zveznih državah zbolelo 72 ljudi, 13 okuženih je umrlo. Melone imajo izvor na eni sami farmi v zvezni državi Kolorado. 

“Ne” antibiotikom…, za vsako ceno?

V tretji avgustovski številki revije Nature je mikrobiolog Martin Blaser objavil zanimiv, na nek način tudi provokativen članek »Antibiotic overuse: Stop the killing of beneficial bacteria«. Kot provokativnega članek oceni tudi znana revija Wired, ki pa se z avtorjem več kot toliko ne spušča v razpravo.

V svojem razmišljanju, v nadaljevanju pa tudi pri svetovanju, Blaser skuša preusmeriti sicer prevladujočo pozornost od uporabe, zlasti prekomerne uporabe antibiotikov, ki je vzrok nastajanja mikrobne odpornosti nanje, k vplivu antibiotikov na mikrobno združbo, mikrobiom, predvsem tistega v prebavilih. Ta vpliv označuje kot pomembnejšega pri presoji vpliva na človekovo zdravje.

Opozorilo utemelji s podatkom, da v ZDA mladenič/mladenka do 18. leta prejmeta 10 do 20 terapij z antibiotiki, pri čemer seveda prizna, da je ta praksa pomemben dejavnik v ozadju današnjega doživetja človeka, ki se v poprečju pomika k 80. letom.

Nadaljuje pa s podmeno, utemeljeno z njegovimi lastnimi laboratorijskimi izkušnjami in poročili drugih avtorjev, da je vpliv antibiotikov na koristno mikrobno združbo uničujoč, tak, da si ta nikoli več povsem ne opomore. In nato zaide v ne povsem utemeljene domneve, da so te temeljite spremembe mikrobioma razlog za povečano občutljivost za infekcije in za pojav nekaterih obolenj, katerih frekvenca se je v zadnjih letih povečala, kot je npr. debelost, sladkorna bolezen tipa 1, alergije in astma. Sicer se previdno omeji v svoji podmeni s predlogom, da je treba ta razmerja še preučiti, vendar pa istočasno takoj predlaga ukrepe. Zanimivo, naveže na evolucijsko ozadje nastanka sobivanja mikrobne združbe z gostiteljskimi organizmi, ki tem prinaša številne prednosti. Vendar potem Blaser v predlaganih ukrepih kar nekako pozabi na evolucijske zakonitosti. V zgodbo pripelje zaradi podkrepitve svoje teze še konkreten primer poselitve želodca z bakterijo Helicobacter pylori, ki naj bi v začetku prejšnjega stoletja poseljevala želodec vsakega človeka, danes pa jo v razvitem svetu najdemo le še pri 6% otrok. Antibiotiki naj bi bili deloma razlog tega izginjanja, ki bi pa naj imelo za posledico spremljajoče pojavljanje obolenj kot so gastroezofagealni refluks in rak požiralnika, okrepi pa svojo tezo še s podmeno, da je mogoče izginotje H. pylori pri otrocih povezati tudi z večjo pojavnostjo astme, senenega nahoda in kožnih alergij.

V nadaljevanju avtor izreče zanimiv stavek, na katerem je mogoče temeljiti našo nadaljnjo razpravo, pravi namreč: “Vsaka naslednja generacija začenja življenje z manjšim darilom starih mikroorganizmov kot predhodna.” In v nadaljevanju, kljub temu, da sicer prizna, da dogajanja v razvoju mikrobioma še preslabo razumemo, pogumno svetuje, da bi naj omejili uporabo antibiotikov v nosečnosti in v dobi odraščanja! Sprašujem, ali ima v mislih tudi korektno indicirano uporabo?

Vsekakor lahko pritegnem vsakemu razumnemu omejevanju uporabe antibiotikov, vendar je treba pri navezovanju na problem kvalitete mikrobioma vendarle upoštevati tudi zakonitosti razvoja mikrobnih združb s katerimi sobivamo: v prebavilih, na različnih drugih sluznicah in na koži. Originalna poselitev se zgodi ob rojstvu, poglavitni mikrobni vir je večinoma sluznica rodil matere. To pa naseljuje mikrobna združba, ki je bila skozi generacije v svojem razvoju izpostavljena okoljskemu pritisku različnih dejavnikov: medmikrobnim konkurenčnim in sožitnim dogajanjem, imunski obrambi gostitelja in seveda tudi robustnim vplivom fizičnega in kemijskega okolja, kamor lahko uvrstimo zlasti v prebavilih vpliv prehrane in tudi vpliv antibiotikov. In k temu slednjemu vplivu dodajam vprašanje: v kolikšni meri mu velja pripisovati katastrofalen vpliv, če npr. v članku skupine avtorjev pod vodstvom Vanesse M. D’Costa iz revije Nature tega tedna pod naslovom »Antibiotic resistance is ancient« lahko preberemo, da so ugotovili rezistenčne gene proti antibiotikom tudi v talnih vzorcih starih več kot 30.000 let. Antibiotiki so že po svoji osnovni definiciji biološki regulatorji tudi evolucijskega dogajanja torej je njihov vpliv od nekdaj dejavnik evolucijske medigre. Seveda: koncentracijskega vpliva, ki je posledica močno intenzivirane terapevtske rabe teh učinkovin, ni mogoče podcenjevati. Da bi pa, preden natančneje poznamo znotrajmikrobiomske vplive, zgolj zaradi podmene, da uporaba antibiotikov siromaši biotsko pestrost človekovih mikrobiomov, omejili njihovo uporabo tudi v nedvomno indiciranih primerih terapije? Potem mi je pa za omejitev rabe antibiotikov že bolj všeč razlog, da povečana zlasti pa nesmotrna raba antibiotikov do ogrožajoče stopnje povečuje odpornost mikroorganizmov na antibiotike, ki lahko konča v katastrofalni multipli rezistenci in da je zavoljo tega potrebno povleči zavoro.

Nato pa v članku znova pridemo do dela, kjer lahko avtorju pritegnem ob nekem njegovem drugem predlogu. Ko namreč svetuje, da bi iskali učinkovitejše probiotike s katerimi bi sanirali z antibiotiki prizadeto mikrobno združbo mikrobioma. In tu naj spomnim na zapis v blogu, kjer sem predstavil delo raziskovalcev washingtonske univerze pri razvoju t. i. »osebne človekove mikrobiote«. Ta bi vsekakor najhitreje zagotavljala okrevanje mikrobne združbe, ki jo je npr. prizadela antibiotska terapija ali pa je njeno ravnotežje porušeno iz drugega vzroka.

O kugi v 14. stoletju

Na novičarskem spletu BioScholar lahko preberemo, da je skupina nemških in kanadskih raziskovalcev dokazala, da je povzročitelj najbolj dramatičnega pomora v človeški zgodovini, znanega tudi kot Črna smrt, ko je med leti 1348 to 1353 umrla več kot tretjina takratne evropske populacije, povzročitelj, ki ga tudi danes prepoznavamo kot Yersinia pestis. Primerjava delov genetskega zapisa bakterije iz žrtev izpred 600 let in današnjih sevov Y. pestis je razkrila, da ta ne kaže bistvenih razlik. 

Še o grožnji , ki jo predstavlja cepilna abstinenca

S podatki iz urednikovega članka v zadnji številki revije Nature naj podprem svoje nedavno pisanje o cepilni abstinenci.

V letih 2009 in 2010 je manj od polovice ameriških zveznih držav doseglo ciljno 95% precepljenost predšolskih otrok  proti ošpicam. Dodatno zaskrbljujoče je, ker v nekaterih delih države neutemeljena abstinenca dosega 25%, sveži podatki pa kažejo, da se stanje še poslabšuje. Ob tem urednik opozarja, da evropski podatki svarijo pred posledicami, saj je npr. v Franciji v prvih treh mesecih tega leta za ošpicami obolelo 4.937 ljudi, več kot v celotnem letu 2010. Po podatkih WHO je v 30 evropskih državah v začetku tega leta značilno narastlo število obolelih; sledi caveat: z nadaljevanjem trenda bo lahko ogrožena čredna imunost, ki pa je garant zaščite načrtovano nevakciniranih in imunsko kompromitiranih prebivalcev.

V nadaljevanju avtor izrazito poziva zlasti politike, da se izognejo nespametnim izjavam, ki bi kompromitirale ta zdravstveni ukrep, kot se je to nedavno zgodilo ob nastopu republikanske predsedniške kandidatke Michele Bachmann.

NYT Profil: Richard Dawkins

New York Times je svojo zadnjo rubriko Profiles in science posvetil prof. Richardu Dawkinsu, dodal pa tudi link z intervjujem. Avtor Powell ga je predstavil skozi številne sledi, ki jih Dawkins pušča v intelektualni srenji, všeč pa mi je, da je prednostno izpostavil njegovo vlogo najvplivnejšega živečega evolucijskega biologa.

Program MyMicrobes

Evropski molekularno biološki laboratorij (EMBL) v Heidelbergu je oblikoval program preučevanja mikrobioma prebavil, za katerega vabi k sodelovanju širšo javnost. Splet MyMicrobes bo deloval kot splošni portal programa in kot socialno omrežje. Kdor bi želel izdelavo genskega zapisa mikrobne združbe svojega prebavnega trakta, se lahko prijavi k sodelovanju in za ceno 1500 € mu bodo naredili analizo, v nadaljevanju projekta pa se bo v socialnem omrežju oblikoval tudi forum z razpravami o ugotovitvah. Program temelji na predpostavki, da naš prebavni trakt naseljuje množica mikroorganizmov in da spremembe v ravnotežju te združbe sodelujejo pri stanjih kot je debelost in pri vnetnih obolenjih črevesne sluznice. Razumevanje odnosov v mikrobni združbi, danes naj bi poznali tri osnovne “enterotipe” črevesnega mikrobioma, naj bi omogočilo učinkovitejše načrtovanje prehranjevanja in zdravljenje bolezni.

Imunski sistem si delimo s hominidnimi bratranci.

Novejše primerjalne raziskave genetskih determinant imunskega odgovora med različnimi linijami hominidov kažejo, da so križanja med predniki današnjega človeka, neandertalcev in t.i. Denisovega človečnjaka (o njem je pred časom pisal dr. Dolinar), modernemu človeku zagotovila današnjo učinkovito imunsko obrambo, o čemer beremo v BBC news, ko povzemajo poročilo v reviji Science.    

Celična slikovna galerija

Letošnji nagrado Labby, ki jo revija The Scientist podeljuje spletom s slikovnimi in video vsebinami je po izboru bralcev  prejela spletna galerija slik The Cell. Izjemna zakladnica slikovnega materiala, ki je uporaben tudi pri pouku.

Ta blog berejo tudi zunaj Slovenije :)

Prosim, ne jemljite tega zapisa kot samovšečnega. Res je da sem danes zelo srečen. Dvakratni kolega, v mikrobiologiji in v bloganju, César Sánchez, ki je dalj časa delal na španski univerzi v Oviedu, zdaj pa je urednik pri Nature Publishing Group,  že leta izdaja enega najodmevnejših strokovnih blogov Twisted Bacteria. Danes je na svojem blogu objavil zapis Microbiology blogs: a list of 20 great blogs for microbe lovers in na mestu deset sem ugledal svoj blog. Skoraj me je kap; glede na to, da je Mikrob(io)log pisan v slovenščini si nisem predstavljal, da ga v tujini sledijo. Res pa je, da se mi je pred časom že javil nek drug izjemno popularen bloger iz Cezarjevega spiska, namreč Moselio Schaechter, ki za ASM piše blog The Small Things Considered in  mi je predlagal, da na blog vključim prevajalnik v angleščino, ker ga je zanimalo o čem paberkujem. 
Prav v septembru pred šestimi leti sem pričel s svojimi zapisi in ni lepšega darila za tak jubilej kot je današnji Cesarjev zapis pač nisem mogel pričakovati. Šestletno delo torej vendarle ni ostalo neopaženo. In z užitkom bom nadaljeval, dokler bom zmogel. Vesel bom če me boste spremljali, še bolj, če boste zapise komentirali in hvala vsem, ki ste mi doslej občasno pošiljali namige, da bi bilo koristno obdelati kakšno temo.