Mikrobna "transmutacija"

Članek v reviji Scientific American nam razkriva še eno radikalno potezo raziskovalcev Inštituta J. Craiga Venterja (JCVI), namreč "transmutacijo" (navajam pojem, kot ga uporablja članek) bakterije Mycoplasma mycoides. Celoto njenega genoma so očistili ev. pripetih proteinov in dodali gene za rezistenco na antibiotik tetraciklin ter gene zaradi katerih se bo gostiteljska celica obarvala modro za lažjo prepoznavo na gojišču. Temu genetskemu materialu so nato dodali celice sorodne bakterije Mycoplasma capricolum in suspenzijo za minuto premešali. Po triurni inkubaciji so dodali tetraciklin, tako da so preživele zgolj celice, ki so privzele genom M. mycoides in prenesli celice na trdno gojišče. Po treh dneh so zrasle velike modre kolonije, rezistentne na antibiotik. Približno vsaka 150.000-ča celica M. capricolum je privzela novo DNA in jo prenesla na hčerinske celice, ki niso več izražale DNA izvornega organizma gostiteljske M. capricolum, temveč so kazale celoto fenotipa bakterije M. mycoides. Vsekakor poskus cilja v pridobitev modela za oblikovanje funkcionalne celice s sintetičnim genomom, kar je eden bistvenih ciljev Venterjevega projekta, o čemer govori tudi dr. Dolinar v svojem blogu.

Mikrobi in fosilna goriva

Ena od iniciativ J. Craiga Venterja je tudi v Marylandu (ZDA) stacionirano podjetje Synthetic Genomics. Njegov direktor Ari Patrinos v intervjuju razkriva načrte za učinkovitejše zajemanje fosilnih goriv s pomočjo mikroorganizmov. Vsekakor je zanimiv podatek, ki ga navaja, da iz naftne vrtine z danes uporabljanimi postopki črpanja pridobimo le 50% nafte. Ta namreč v nahajališču zaostaja v obsežnih območjih zemeljskega matriksa. Ljudje zadnjih 30 do 40 let zaman iščejo rešitve kako povečati izplen s pomočjo mikroorganizmov. Prepričan je, da bodo z novimi metodami mikrobne genomike, ki jih uporabljajo pri Synthehtic Genomics, uspeli ta cilj doseči.

Slovenci in gobe

Današnja kolumna v Dnevnikovem Objektivu (30. 6. 2007) me je vzpodbudila, da sem malo pobrskal po slovenskem spletu za koristnimi povezavami za gobarske zanesenjake, za kakršne veljamo Slovenci. Nekaj prvih (čeprav skromnih...) informacij h geslu Gobe najdemo že na slovenski Wikipediji ( in potem še podrobneje >tukaj). Z iskalcem Najdi.si sem zelo hitro prišel do strani Gobarskega društva (GD) "Lisička" iz Maribora. Od tod je bila pot enostavna do spletov nekaterih drugih GD, hitro pa sem našel tudi povezavo do Uredbe o varstvu samoniklih gliv, ki je seveda za vsakega gobarja prvo in nujno napotilo za ukvarjanje s to ljubiteljsko dejavnostjo. Hitro je mogoče najti tudi zvezo z Mikološko zvezo Slovenije, ki je krovna organizacija gobarskega društvenega življenja in tudi od tod so utrte številne virtualne poti do lokalnih GD v Sloveniji in drugih tematskih povezav. Dobrodošli bodo komentarji z nasveti o drugih koristnih povezavah.  

Tudi letos na iGEM

Udeleženka lanskega, za slovensko ekipo zmagoslavnega iGEM 2006  (in tudi >tukaj), mikrobiologinja Alja Oblak mi je poslala pismo, ki ga objavljam v poglavitnem delu zaradi več zanimivih informacij v njem.

"...Rada bi vas namreč obvestila, da je bila izbrana nova ekipa, ki bo Slovenijo in s tem Univerzo v Ljubljani zastopala na tekmovanju iGEM 2007! Med člani ekipe sta tudi mikrobiolog četrtega letnika (Rok Gaber) in biotehnolog tretjega letnika (Marko Bitenc).

Na blogu prof. Dolinarja ( http://novebiologije.blogspot.com/, 4. maj 06) so navedeni tudi ostali člani ekipe, vsi pa so že pridno začeli z delom v laboratoriju za biotehnologijo (KI) in laboratorijih FKKT. 

"Štafetno palico" smo torej uspešno predali novi generaciji, a tudi našo lansko ekipo še čaka naloga. Med 24. in 26. junijem bo v Švici v Zurichu potekal tretji svetovni kongres iz sintezne biologije ( http://www.syntheticbiology3.ethz.ch/ ). Nas in ekipo London Imperial (prvo in drugo mesto na iGEM06) so namreč povabili, da še na kongresu predstavimo naše projekte.

V Sloveniji sintezna biologija kot kaže ne bo zamrla..."

Kaj naj dodam: da lanski ekipi iskreno čestitam za ponovno priznanje, ko so jih povabili na Kongres sintezne biologije v Švici in da bomo letošnji ekipi trdno držali pesti za čim boljšo uvrstitev na iGEM 2007!

WorldWideScience.org

Tudi bralcem tega bloga toplo priporočam spremljanje razvoja in uporabo pomembnega novega globalnega znanstvenega portala  WorldWideScience.org.

Mikrobiološki laboratorij

Zdaj so sicer počitnice in učni laboratoriji mirujejo, vendar na tem videu je mogoče videti, kako je, ko so študenti pri delu. Če bo kakšen radoveden kandidat študija mikrobiologije brskal po tem blogu, naj ve, da ga takšno praktično soočenje z laboratorijem zdaj čaka že v prvem letniku (prenovljenega bolonjskega) študija. Le zvočno ozadje ni tako intenzivno :-)  .

Bioplin na blogih

Kogar zanimajo aktualna vprašanja o energetski oskrbi človeštva s pomočjo bioenergije bo slej ko prej naletel tudi na teme o bioplinu. In tega se lotevajo tudi v številnih blogih; primer izpisa blogov na to temo najdete >tukaj, kogar pa zanimajo novice s tega področja pa jih bo našel >tukaj.

...pričenja ISAM 2007

Smo tik pred zdajci: jutri odpira vrata 5. mednarodni simpozij anaerobne mikrobiologije ISAM 2007 v organizaciji Oddelka za zootehniko Biotehniške fakultete UL na matični lokaciji oddelka v Grobljah (Rodica) pri Domžalah.  Po uvodnem predavanju dr. H. J. Flinta iz RRI (Rowett Research Institute) v Vel. Britaniji v četrtek, 21. 06.  2007 ob 8.00 zvečer bo preko 60 prijavljenih udeležencev prisluhnilo 32 referentom iz 12 držav in si ogledalo 22 predstavitev na posterjih od petka do nedelje opoldan.

Scintilla

Skupina revij Nature skrbno spremlja tudi razvoj novih medijev: korak v to smer je tudi nova zbirka  spletnih naslovov Scintilla. V zbirki bomo našli obsežen izbor vsebin iz znanstvenih blogov, revij in podatkovnih baz, ki jih lahko izbirate po svojem posebnem interesu. Za uporabo potrebujete registracijo, ki pa je brezplačna.

Mrzlica Q

Časniki nas v zadnjem času ponovljeno seznanjajo z okužbami z mrzlico Q pri ljudeh, ko so bili npr. z njo soočeni dijaki Srednje veterinarske šole in študenti Veterinarske fakultete UL, ki so se okužili pri praktičnem pouku na fakultetnem poskusnem posestvu na Vremščici (>1 in >2). O tem bodo govorili tudi na posvetu v torek,  19. 6. 2007 na Veterinarski fakulteti, kamor vabijo študente pa tudi druge, ki jih tematika zanima.

In kaj je mrzlica Q?  Je kužno obolenje živali, ki pa se prenaša tudi na človeka in velja torej za zoonozo. Povzroča jo bakterija Coxiella burnetii, občutljivi organizmi pa se z njo okužijo v stiku z okuženimi živalmi, kužnina pa se prenaša po zraku in s telesnimi izločki obolelih, prenašajo jo tudi klopi. Inkubacijska doba je od 9 do 40 dni; bakterija pa je zelo kužna, saj zadostuje za okužbo vsega nekaj celic (ali celo ena sama). Obolenje poteka pogosteje z gripoznimi simptomi, lahko pa preide tudi v resnejše zdravstveno stanje z jetrnimi, pljučnimi idr. komplikacijami.

Bratomorne bakterije

Na zanimiv način nam predstavi Schaechter pnevmokoke, namreč kot bratomorne bakterije. Bakterije Streptococcus pneumoniae proizvajajo bakteriocine in bakteriolizine s protimikrobnim učinkom ne zgolj proti tujim, ampak tudi proti lastni vrsti. Ta fenomen je vezan tudi s celično kompetenco; ubijalske celice so kompetentne torej lahko privzemajo ekstracelularno DNK medtem, ko so celice, ki podležejo, to  lastnost izgubile.

Razloge za ta fenomen odkrivajo nekatere nove raziskave npr., da pojav ni zgolj povezan s povečano možnostjo genske izmenjave, ampak zagotavlja tudi sproščanje virulenčnih dejavnikov in njihovo izmenjavo med virulentnimi sevi.

Patent za sintetično življenje

Revija Wired sporoča, da so raziskovalci Inštituta J. Craig Venter vložili patentno zahtevo za minimalni bakterijski genom, ki so ga v celoti sintetizirali v laboratoriju. Organizem naj bi pogojno dobil ime Mycoplasma laboratorium, zanj pa se je uveljavil tudi že vzdevek "Synthia". V patentni zahtevi naj bi zapisali da gre za:  "...minimalni nabor proteine kodirajočih genov, ki zagotavlja informacijo potrebno za podvajanje prosto živečega organizma v bogatem bakterijskem gojišču...".

Strokovni blogi

Ta spisek strokovnih (znanstvenih) blogov pa le preglejte, skoraj gotovo boste našli  kaj zanimivega zase!

O planktomicetah

Mikroorganizmi v deblu Planctomycetes so najbrž med večjimi posebneži v domeni Bacteria. Ne vsebujejo npr. peptidoglikana, ki je sicer univerzalno prisoten v bakterijski celični steni. Ob tem jim jedrni material ovija dvoslojna membrana, kar pa seveda ne pomeni, da gre za gradnjo jedra kot jo poznamo pri evkariontih. Zanimiv zapis o skupini nam je namenil Moselio Schaechter na svojem blogu.

O kužninah...

Različnim vidikom kužnine se posveča blog Epidemix.

Bakterije proti insektom

Agromikrobiologi iz ARS v Beltsvillu (ZDA) poročajo o odkritju nove vrste bakterije Chromobacterium subtsugae, katere toksini ubijajo koloradskega hrošča in tudi pomembno omejujejo rast še nekaterih drugih rastlinskih škodljivcev.

Genom C. botulinum

Raziskovalci na britanskem Wellcome Trust Sanger Institute v Cambridge-u so določili zaporedje genoma bakterije Clostridium botulinum, proizvajalke najmočnejšega znanega strupa, botulinus toksina ali botoksa in povzročiteljice botulizma. Bakterijo oz. njen toksin pogosto omenjajo tudi v scenarijih bioterorističnih napadov.

Ciljano proti ptičji gripi

Raziskovalci mednarodne skupine so pri ljudeh prebolevnikih izolirali protitelesa proti ptičji gripi. Omenjajo, da lahko tudi in vitro gojijo celice, ki proizvajajo ta protitelesa, tako da bi bila izvedljiva tudi njihova proizvodnja v večjih količinah, kar bi omogočila tudi pasivno zaščito ogroženih ali obolelih.  

Genom J. D. Watsona

Prečitan je genski zapis dednine dr. Jamesa D. Watsona, edinega še živega odkritelja strukture DNA. Po mnenju nekaterih odpira ta dogodek obdobje izdelave osebnih genomskih kart, ki naj bi predvsem podprle učinkovitost osebne medicinske obravnave. Firma 454 Life Sciences, ki izdeluje zmogljive naprave za določanje genskega zaporedja, na kakršni je bil "prečitan" tudi omenjeni genom, je potrebovala za njegovo pripravo dve meseca ob strošku manjšem kot 1 milijon dolarjev. Podatek nam predstavlja tudi presenetljiv napredek, ki ga je tehnologija določanja zaporedja (sekven(c)iranja) doživela v zadnjih letih. Spomnili se bomo, da je prvi človekov genom bil pripravljen leta 2003 po 13 letih dela in ob nepredstavljivem strošku ca. 3 milijarde dolarjev. Kot navajajo razvijalci nove opreme bo že v kratkem času na opremi, ki je na voljo, mogoče strošek znižati na vsega 100.000 US$ za posamezen genom človeka. V nekaj prihodnjih letih bi lahko dosegli stroškovni prag 10.000 US$, kar bi že bilo sprejemljivo za redno vključevanje genetskega zaporedja v presoje zdravstvenega stanja pacientov.

Kot zanimivost velja povedati, da je skoraj istočasno kot Watsonov genom v bazo GenBank (ki deluje v odprtem dostopu) bil odložen tudi genom dr. J. Craiga Venterja, enega od raziskovalcev, ki je bistveno prispeval pri pripravi prve humane genske karte. In v prihodnje načrtujejo pripravo genskih kart še nekaterih uglednih raziskovalcev in tudi ljudi, katerih genski zapisi bi bili zanimivi za medicinska raziskovanja.

miRNA v algah

Doselj je veljalo, da najdemo microRNA zgolj pri večceličnih organizmih. Najnovejše ugotovitve spreminjajo to predpostavko.