Zanimivi podkasti

Študent Matej, ki ga je navdušil podkast MicrobiologyBytes, me je zdaj opozoril še na dva podkasta: enega pripravljajo pri reviji Science, drugega pri reviji Nature. Kljub širšemu zajetju tematik boste tudi mikrobiologi našli obilo zanimivih vsebin; Mateju pa hvala.

In še ena na temo iGEM 2006

Pisal mi je študent. Iz skupine tekmovalcev, ki se je pred štirinajstimi dnevi vrnila iz Amerike. In me je pisanje užalostilo. Vpletenost izraziteje spreminja čustva, navdušenje slepi. To je razlog, da nisem neobremenjen presojevalec in komentator in bi mi morda kdo tudi svetoval, da se vzdržim pripomb. Pa se ne bom, ker se mi je med čustvi oglasila tudi prizadetost. In ker vsakomur in vedno ostaja pravica do lastnega stališča bom prihodnje besede vendar zapisal. Tudi v bran svojih študentov, ki čutim, da so rahlo razočarani, ko so iz okolja evforičnega slavljenja, s katerim so jih venčali tujci, doživeli po prihodu domov sicer čestitke, ki pa niso segle preko prizanesljivega trepljanja po ramenih. Svetla izjema je bila prijazna prireditev na Kemijskem inštitutu, ki jo je tudi ustrezno okrasila prisotnost vodstva ljubljanske Univerze in vodstva Kemijskega inštituta. Vendar pri tem se je ustavilo, ali vsaj javnost ni zaznala, da bi bilo za uspeh še komu mar. Pa sem si rekel, če ni mar prvi veji oblasti in ne drugi veji oblasti, morda pa bo četrta veja oblasti izkoristila trenutek. In sem iskal po časnikih, v evforičnem pričakovanju sem najprej pogledoval po mastno zapisanih črkovnih naborih na naslovnicah, potem po skromnejših drugih in tretjih straneh in končno še v bolj kasnih časopisnih straneh. Pa nič, ali skoraj nič. Res da so trenutno novinarji zelo angažirani v hudih zgodbah, pa evro, pa Romi, pa pravica do splava, pa prihodnji predsednik … In vmes še tista zgodba o sloganu v kateri smo polni občutkov ljubezni. A namesto, da bi se namesto sloganu promotorji posvetili priložnosti, ki jim jo je na pladnju ponudil svet, da povečajo prepoznavnost dežele na sončni, oni raje delajo slogane … Veliki SVET, sicer neprijazen do majhnih, nevplivnih, zakotnih, nenadoma opozori, da lahko tudi majhni sedejo na Olimp. Biti najboljši med 37 najboljšimi je dovolj velik zalogaj, da bi bilo mogoče tudi ko bi nihče ne delal ob dogodku posebnega kravala, ustvariti veliko zgodbo. In da se prav razumemo, sploh ni treba delati zgodbe, zgodba je že tu, treba jo je le preliti v obče razumljen jezik, dodati nekaj intervjujev, morda kakšen vtis tujcev, pa bi bilo… Pa saj to znamo, to znamo, ko zmagajo nogometaši, ko uspejo rokometaši, ko slavimo atlete. Ko pa pridemo do izobraževanja in znanosti pa kaže, kot da se ta zalogaj nekomu zatakne v grlu. Nepojmljivo.

Čas je za tuje odmeve

Tujih odmevov na pravkar končano tekmovanje iGEM 2006, kjer so za presenečenje in istočasno za prepričljivo zmago poskrbeli študenti ljubljanske Univerze s svojimi mentorji iz Kemijskega inštituta Ljubljana, je vse več. Na blogih je temeljitejši post prispeval Neurophilosopher; udeležbo študentov iz Valencije (Španija) predstavlja blog Complejidad. Iz posta na blogu Slovenia in tudi iz Tagdot-a je mogoče doseči obširno novico v reviji medGadget. Na blogu Mute Thoughts, najdemo v postu Science update komentiran uspeh na iGEM2006. Na sodelovalnem spletu Synthetic biology je med novice uvrščena zmaga slovenskega tima. Blog BioHacking obilno poroča o sintezni biologiji, med drugim 9. nov. tudi o iGEM2006, istega dne pa tudi, da je Microsoft namenil za raziskave računalniških izzivov v sintezni biologiji 500.000 US$. Interno glasilo MIT predstavlja tudi slovensko zmagovalno ekipo na iGEM 2006. Blog Biohackery na kratko poroča o tekmovanju in zmagovalcih.      

Informacija se širi

Počasi se informacija o zmagi študentov ljubljanske Univerze na tekmovanju iGEM2006 v Bostonu (ZDA) širi tudi v naših medijih. Veliko je k temu pripomogla predstavitev projekta v sredo, 22. novembra 2006 na Kemijskem inštitutu Ljubljana (KIL) in je tudi dala učinkovit poudarek podpisavanju dogovora o dolgoročnem sodelovanju med KIL in Univerzo v Ljubljani v izobraževanju in raziskovanju. Najbrž prvo sporočilo o tekmovanju je bilo tisto na spletni strani IJS, ki mu je sledila novica na spletu Katedre za biokemijo FKKT. Med zgodnjimi poročili na spletu je bilo tisto na spletni strani KIL in tudi dokument s krajšim opisom dogodkov v Bostonu. Zdaj najdemo tudi že izčrpnejše poročilo z bogato slikovno podporo na spletni strani Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo (FKKT) UL. Eno prvih javnih občil, ki je o dogodku poročalo, kolikor sem uspel zaslediti, je bil časnik Večer, ki je že 7. novembra objavil članek "Uspeh Slovencev v ZDA". 8. novembra 2006 poroča o tem 24ur.com, 9. novembra tudi RTV SLO. Sledi časnik Dobro Jutro, ki je 17. nov. objavil obsežnejši članek z naslovom Ljubljanski študentje najboljši na svetu!  Časnik Finance objavi 19. nov. članek Naši premagali Harvard in Cambridge. V e-časopisu Ljubljanske novice je članek o dogodku datiran z 9. nov. 2006. Novico o tem najdemo že zgodaj (7.11. 2006) tudi na spletnih portalih NajNaj.si, Slowwwenia.com in kasneje tudi v spletarni.si. Odmeve najdemo še v forumih, npr. Forum EF poroča 21. 11. 2006 o uspehu in dodaja zanimive utrinke. Na strani Katedre za biokemijo BF najdemo z datumom 10. nov. novico Izjemen uspeh slovenskih študentov z vključenim sočnim komentarjem tujih medijev o slovenskem podvigu. Mimogrede, o nagradi so razpravljali tudi na Redni letni skupščini Slovenskega biokemijskega društva.   

Hvaležen bom za opozorilo v komentarjih o vsakem zgodnjem omenjanju tega dogodka v drugih medijih. Še vedno pogrešam kakšen tehtnejši odmev iz slovenske politike.    

Predavanje v CTK

Kot sem že najavil, bom imel danes ob 19.30 v CTK v Ljubljani predavanje na temo "Uporaba spletnih dnevnikov (blogov) pri (po)uče(va)nju". V pomoč lahko ponudim .pdf zapis aplikacije predavanja na svoji spletni strani. (Se opravičujem za navzkrižno objavljanje v obeh blogih LiLoLe in MIKROBioLOG, predpostavljam namreč, da se srečujem z dvema vsaj deloma različnima naboroma bralcev).

Obeti bioenergije

Na spletni strani ASM lahko najdete in si od tam tudi prenesete kopijo poročila Microbial Energy Conversion, dokumenta, ki ga je izdala Ameriška Mikrobiološka Akademija in temelji na kolokviju iz marca letos. V poročilu je podrobneje obdelan eden večjih svetovnih problemov, namreč potreba po čistem, obnovljivem energetskem viru. Odgovor morda prihaja, tako lahko preberemo v poročilu, prav od najmanjših prebivalcev planeta - bakterij.

Žalujem

Umrl mi je prijatelj, profesor mikrobiologije, dr. Ivo Mahne. Takrat ko ga spoštuješ v njegovi nezahtevnosti, ko ga občuduješ v njegovi prizanesljivosti, ko ga pogrešaš v njegovi neopaznosti, ko ti nikoli ni vsiljeval vtisa nenadomestljivosti pa čutiš praznino ker ga ni, takrat ko ga primerjaš z najboljšimi pa občutiš, da mu delaš krivico, takrat veš, da je odšel prijatelj. Ivo, pogrešala Te bo mikrobiologija, pogrešali Te bomo prijatelji.

CTK vabi

Da ne bo izzvenelo preveč samopromotivno sem si dovolil "ukrasti" kar celo številko novembrskih Obvestil CTK:

OBVESTILA CTK-ja, november 2006

TEMATSKI VEČERI CTK
V okviru tematskih večerov CTK-ja vas vabimo na predavanje z naslovom Uporaba spletnih dnevnikov (blogov) pri (po)uče(va)nju. Predaval bo prof. dr. Franc Viktor Nekrep z Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani. Predavanje bo v četrtek, 23. novembra 2006 ob 19.30 v Nemški čitalnici CTK-ja, Trg republike 3, Ljubljana. Brezplačne rezervacije si lahko zagotovite po telefonu 01 476 3733 ali po e-pošti miro.pusnik@ctk.uni-lj.si. Po predavanju bo organiziran vodeni ogled knjižnice. Vljudno vabljeni.

NAROČANJE GRADIVA PO MEDKNJIŽNIČNI IZPOSOJI
Obveščamo vas o novostih na področju naročanja po medknjižnični izposoji. Naročila lahko izvajate v modulu Moja knjižnica v COBISS-u. Da se prijavite v sistem Moja knjižnica, morate pri vpisu v izbrano knjižnico pridobiti geslo za COBISS oz. geslo, s katerim lahko poleg naročil medknjižnične izposoje upravljate tudi podaljševanje, rezerviranje in naročanje gradiva ter oddaljeni dostop do e-virov Univerze v Ljubljani.

Še posebej udobno je  naročanje gradiva po medknjižnični izposoji neposredno iz kataloga. V katalogu se pod zapisi pojavi gumb, ki vas usmeri v naročilo po medknjižnični izposoji. S klikom pridete do obrazca za prijavo v sistem Moja knjižnica (izbira knjižnice, kjer ste član, vpis številke članske izkaznice, geslo) in sicer neposredno v obrazec za naročilo.

REFWORKS
RefWorks je orodje za upravljanje in uporabo bibliografskih podatkov. Prednost RefWorks je predvsem v tem, da deluje v spletnem okolju – reference lahko na tak uporabljate z katerega koli računalnika  in ne le iz tistega, na katerem imate nameščene lokalne zbirke, spletno okolje pa pomeni tudi, da odpade mučno instaliranje programa ter velika večina problemov s tehnično podporo. Druga velika prednost orodja RewWorks je možnost RefShare, ki omogoča, da več uporabnikov med sabo (skupine raziskovalcev, študentje in profesorji etc.) med sabo primerja in izmenjuje reference. 30-dnevni začasni testni dostop si lahko izdelate na spletnem naslovu http://www.refworks.com.

IZOBRAŽEVANJE V CTK
Elektronske revije in druge zbirke celotnih besedil, 6. december 2006 od 13.00 – 14.30. Tečaj obsega pregled ter uporabo e-revij, e-knjig in bibliografskih podatkovnih zbirk s celotnimi besedili, ki so na volju uporabnikom knjižnic Univerze v Ljubljani.

SciFinder, 14. december 2006 od 13.00-14.30. SciFinder omogoča učinkovito iskanje v podatkovni zbirki Chemical Abstracts. Tečaj je namenjen IZKLJUČNO zaposlenim in študentom Univerze v Ljubljani.

Predstavitev zmagovalnega projekta

Prijateljem tega bloga, ki ste pozorno spremljali poročanje o uspehu slovenskih študentov na tekmovanju v Bostonu (ZDA) in ste se z nami veselili, niste pa neposredno zapleteni v dogajanje, naj izdam, da bodo svoj projekt študenti in njihovi mentorji predstavili v sredo, 22. novembra na Kemijskem inštitutu v Ljubljani, kot lahko preberete v tem vabilu. Ob tej priložnosti bo tudi predstavljen in podpisan Dogovor o dolgoročnem sodelovanju med Kemijskim inštitutom Ljubljana in Univerzo v Ljubljani.

Položaj mikrobov v strukturi ekosistema

Ekologi mikroorganizme razvrščajo v njihovi vlogi razgrajevalcev in mineralizatorjev v strukturi ekosistemov na raven izpod ravni porabnikov. Nove raziskave pa kažejo, da je mogoče mikrobe prepoznavati v ekološki združbi kot značilne porabnike, ki za resurse konkurirajo višjim organizmom. Mikrobi tekmujejo za hrano z njimi tako, da ob presnovni razgradnji proizvajajo odbojne kemikalije, ki odganjajo višje organizme od prehranskih virov - tako v svojih raziskavah razlagajo Mark Hay in sodelavci iz Georgia Institute of Technology razkroj mesa, semen in sadežev.

Nutrigenomika

Nutrigenomika je porajajoča se veda, ki povezuje genomiko, transkriptomiko, proteomiko in metabolomiko s humano prehrano, zlasti v zvezah prehrane in zdravja… (Wikipedia).

Zaradi aktualnosti se je v področju pojavilo veliko iniciativ za njen razvoj in promocijo, med njimi je tudi s strani Evropske zveze financirana European Nutrigenomics Organisation (NuGO) v katero je doslej povezanih 23 partnerjev iz desetih evropskih držav. Projekt koordinira nizozemska Univerza Wageningen. Informiran vstop v problematiko vam omogoča The Nutrigenomics Information Portal (NIP). Za nekoliko bolj popularno seznanitev s temo preberite članek iz Guardiana, za nemško govoreče pa morda >tega.

Wiki portal o zdravilih

Na spletu najdemo le skromen nabor nekomercialnih, torej prostodostopnih podatov o zdravilih pa še tisti, ki so na voljo se nepopolni. Stewart Brower je zato, da bi omilil stisko v pokrivanju potreb, ki jih imajo klinična raba, izobraževanje in raziskovanje, pripravil in ponudil v javno izgradnjo wiki portal z imenom PubDrug. Brower v svoji prezentaciji pojasnjuje cilje in ozadje nastanka novega wiki spleta.

Uveljavitev Slovenije v Bostonu

Že ves teden poročam o zmagoslavju študentov ljubljanske Univerze in mentorjev iz Kemijskega inštituta Ljubljana na prestižnem tekmovanju mladih raziskovalcev iGEM 2006, ki je letos potekalo na MIT v Bostonu (ZDA) in kjer so "naši" osvojili Veliko nagrado in skulpturo BioBrick. Prireditev in dosežek odmevata v svetovnih medijih: >tukaj, >tukaj, >tukaj...    

Zmaga je velika!

Zdaj imamo tudi že rezultate iGEM 2006 tekmovanja o katerem govorim v prejšnjem postu. Veliko nagrado (Grand Prize) je prejela ekipa ljubljanske Univerze, sledita ji ekipi Imperial College iz Londona in Univerze Princeton. Dodeljene so še posebne nagrade: za najboljši sistem je dosegla ljubljanska ekipa 2. mesto izza ekipe MIT in pred ekipo Univerze iz Austina, prav tako je na drugem mestu za najboljšo meritev in opredelitev problema(pred univerzo Berkeley in za MIT), na tretjem mestu pa jo najdemo v kategoriji za najboljšo dokumentacijo (izza Imperial College-a in Univerze Cambridge).

REZULTAT IN S TEM USPEH STA FENOMENALNA, ZDAJ NAM NI POTREBNO VEČ ZARDEVATI PRED RAZNIMI SPISKI NAJBOLJŠIH UNIVERZ, KI SO BILI IZRAČUNANI PO BOLJ ALI MANJ SPORNIH KRITERIJIH. TU JE REZULTAT IZVEDENEGA IN OCENJENEGA DELA IN NAŠI SO NAJBOLJŠI!

 In tu so imena članov zmagovalne in zmagoslavne ekipe:

ŠTUDENTI:
Monika Ciglič (Mikrobiologija)
Ota Fekonja (Mikrobiologija)
Jernej Kovač (Biokemija)
Mojca Miklavec (Fizika & Bioinformatika)
Alja Oblak (Mikrobiologija)
Jelka Pohar (Mikrobiologija)
Matej Skočaj (Mikrobiologija)
Rok Tkavc (Mikrobiologija)

MENTORJA:
Roman Jerala (Kemijski Inštitut Slovenije)
Marko Dolinar (UL, FKKT)

UČITELJI:
Mojca Benčina (Kemijski Inštitut Slovenije)
Mateja Manček Keber (Kemijski Inštitut Slovenije)
Gabriela Panter (Kemijski Inštitut Slovenije)

To pa je slika naše zmagovalne ekipe (iz spleta Jamboree iGEM 2006  >tukaj  in >tukaj).

Še enkrat:               Č E S T I T K E   V S E M!  

15. 11. 2006: dodatni podatki: obsežnejšo informacijo najdete na spletni strani Kemijskega inštituta Ljubljana (katerega sodelavci so najbolj zaslužni za mentoriranje in vodenje študentov v zmagovalnem projektu).

Zmaga na iGEM 2006!

Poročal sem že o odhodu študentov naše Univerze na tekmovanje iGEM 2006 v ZDA, ki je potekalo pod okriljem najprestižnejše univerze sveta - Massachusetts Institute of Technology (MIT). Zdaj je iz Bostona prišla izjemna in razveseljiva novica (dobesedni navedek pisma tekmovalcev):

Slovenska ekipa iGEM2006 je premagala 36 univerz z vsega sveta!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!

Seveda je v tem trenutku najbolj na mestu ISKRENA ČESTITKA tekmovalcem in mentorjem in zahvala za dosežek, ki so ga dosegli tudi za vse nas. Podrobnosti bodo sledile, kakor hitro bodo prispele.

Splošna biologija in znanstvena metoda

V severnoameriških visokošolskih programih je pri predmetu Splošne biologije, ki  nosi kodno oznako Biology 101, obvezna sestavina v uvodu k predmetni vsebini tudi razprava o znanstveni metodi. Zanimivo mi je bilo, da je predavatelj, ki bi ga rad predstavil, vključil svoje predavanje kar v svoj blog in naj vas na ta blog tudi napotim. Predavatelj na visoki šoli Chapel Hill v Severni Karolini (ZDA) je znani bloger Bora Živkovič, ki objavlja v več blogih in je tudi prizadeven organizator blogerskih karnevalov. Njegov blog A Blog around the Clock sem že omenjal. Današnji post pa zadeva že napovedano temo o znanstveni metodi v biologiji, ki jo je objavil v blogu The Magic School Bus in jo zares toplo priporočam v temeljito branje.   

Koliko je stara slovenska strokovna blogosfera?

Blogosfera postaja tudi v slovenskem prostoru vse popularnejša in rekel bom, tudi pomembna. Ne nazadnje, zdaj se ji je pridružil celo predsednik države. Vse več pozornosti ji namenjajo tudi formalni mediji. Seveda je strokovna blogosfera lahko le skromen rob celotnega "gibanja", pa vendar tudi v strokah nismo "od muh". Žal lahko prispevam le svoje spomine, bil bi pa vesel, ko bi se oglasili tudi pripravljavci tematskih blogov iz drugih strok. Svoj prvi vpis ali po blogarsko "post" v blogu lilole sem oddal 17. novembra 2003, svoj blog mikrob(io)log pa sem pričel 15. septembra 2005. Da smo pa v strokah že prej iskali poti sporočanja aktualnih informacij, ki bi jim po sedanji "maniri" opravičeno lahko rekli "(web)blog" dokazujejo npr. vpisi, ki sem jih v okviru društvene spletne strani slovenskih mikrobiologov skozi nekaj let pisal bralcem v stroki. Prvi tak vpis je datiran s 25. majem leta 2000, svoj konec pa so vpisi doživeli 10. maja 2003, ko je naloge uradne spletne strani prevzela druga ekipa z drugačnim konceptom. Verjamem, da si bo blogosfera v prihodnje še utrdila svoje mesto v različnih strokah, zlasti vidim njeno pomembno mesto v izobraževanju in povabil bi vse, ki čutijo potrebo po posredovanju svojega znanja in svojih misli, da se čimprej preskusijo v blogosferi; vzori iz tujih okolij vabijo in potrjujejo smiselnost takega početja. Pri tem me vedno znova navdušuje vodilna misel znanega bloga Science Blog: "Think. It's not illegal yet."    

Modeliranje dinamike patogenih mikroorganizmov

Bakterijski dinamiki patogenih enterobakterij v telesu gostitelja je posvečen zanimiv članek v odprtem dostopu v reviji PLoS Biology. S ponujenim celičnim demografskim matematičnim modelom je mogoče napovedati ne zgolj pojavnosti mikrobnih celic, ampak tudi dinamiko infekcije in v nadaljevanju tudi dogajanja v organizmu kot so vpliv zdravil in cepiv ter posledične učinke na vztrajanje mikroorganizmov v telesu ter njihovo izginjanje.

Študijske vsebine v odprtem dostopu

V svetu se zelo močno krepi ponudba odprtodostopnih študijskih predmetnih vsebin. Največkrat pod geslom Open Courseware. O tem se lahko prepričate tudi na zbirni strani Opencourseware konzorcija. In zdaj nekaj za mikrobiologe in biotehnologe priporočljivih spletov v odprtem dostopu. Kot dober vir je najbolj znan MIT OpenCourseWare, kjer v rubriki biologije najdemo:

• Experimental Microbial Genetics
• Experimental Molecular Biology: Biotechnology II
• Immune Evasion: How Sneaky Pathogens Avoid Host Surveillance
• Nano-life: An Introduction to Virus Structure and Assembly
• Evolution of the Immune System
• Introduction to Bioengineering
• Environmental Microbiology
• Systems Biology

In tudi nekatere druge vsebine na MIT OCW - področje Biologije so priporočljive za naše potrebe.

Na strani Tufts University - Tufts OpenCourseWare najdemo:

• MBI200 Microbiology, Fall 2004/2005

Na strani The Open University - Open Learn:

• Health and Environment
• Evolution Through Natural Selection
• Global Warming

Na JHSPH OpenCourseWare:

• Malariology