Evolucija ameb

Evolucijska biologinja, prof. Sandie Baldauf iz Univerze York (VB) pravi: “Amebe so med enoceličnimi organizmi najbližje živalim, zato je razumevanje njihovega delovanja in razvoja pomembno tudi za razumevanje razvoja živali." In to je razlog, da se je njena skupina v povezavi z več drugimi skupinami lotila določevanja družinskega drevesa obsežne skupine  t. i. socialnih ameb iz razreda Dictyostelia (deblo Mycetozoa, znane prej tudi z imenom glive sluzavke). 

iGEM 2006 je tik pred zdajci!

Znova zvesto bralstvo bloga vabim, da si ogledate spletno stran nadebudnih tekmovalcev slovenske odprave na iGEM 2006, ki odhajajo v Boston (ZDA) zastopat slovenske barve 3. novembra. Ne bo jim lahko, kar kaže tudi spoštovanje zbujajoča konkurenca iz sveta, vendar verjamemo vanje in jim torej zaželimo VELIKO USPEHA! 

Natančnejše razvrščanje bakterij

Opis novih bakterijskih vrst, letno je objavljenih 400 do 600 vrst, je zelo zahtevno opravilo za katerega ni ravno usposobljenih veliko laboratorijev, opozarjajo poznavalci. Za dokaz kako različni so bakterijski izolati uporabljajo mikrobiologi analizo 16S ribosomske ribonukleinske kisline (rRNK). Dodatno je mogoče povečati zanesljivost presoje, kako (ne)sorodni sta si dve bakteriji, z metodo DNK-DNK hibridizacije, ki pa je precej zahtevnejša. V splošnem je doslej veljalo, da skladnost v zaporedju 16S rRNK v 97,5% s precejšnjo gotovostjo določa novo bakterijsko vrsto. Vendarle pa prof. Erko Stackebrandt iz nemške Zbirke mikroorganizmov in celičnih kultur iz Braunschweiga svetuje, da je mogoče pri klasifikaciji novih vrst z dvigom praga skladnosti na 98,7% opustiti skoraj dve tretjini dolgotrajnejših DNK-DNK hibridizacij. In če še naprej dvignemo prag skladnosti na 99% potem se celo lahko izognemo devetim od desetih hibridizacij brez izgube znanstvene točnosti.

Žveplov krog in bakterijski plankton

Veliko žvepla vstopa v atmosfero na površini oceanov po poti dimetilsulfida (DMS). Njegov vpliv je znaten, od kislega dežja do globalnega segrevanja ozračja. Kot bio.com povzema pravkaršnje poročilo revije Science je skupini raziskovalcev pod vodstvom mikrobne ekologinje Mary Ann Moran pri dveh skupinah bakterijskega planktona uspelo dokazati »stikalni« gen, ki s preklapljanjem omogoča presnovo dimetilsulfoniopropionata (DMSP) do DMS ali do drugih žveplovih spojin, ki ne prestopajo v atmosfero in torej klimatsko niso aktivne.

Rekordno majhen genom II

V navezavi na moj prejšnji post na temo, predlagam, da si preberete še ta članek, ki skuša v prijaznem jeziku razložiti, kako je mogoče, da bakterija s tako majhnim genomom lahko preživi. Hipoteza, da je morda simbiont prepustil nekatere svoje gene gostitelju, ki jih je vključil v svoj genom in zdaj s produkti njihove ekspresije oskrbuje tudi bakterijsko celico, je zares razburljiva, vendar ne povsem tuja, če se spomnimo tez o nastanku mitohondrijev.

Ekstremna rezistenca

Danes med predavanjem o bioterorizmu sem omenil kot nevarnost načrtovane mikrobne biološke grožnje tudi uporabo proti antibiotikom ekstremno rezistentnih sevov bakterije Mycobacterium tuberculosis (XDR-TB), ki med drugim prav zdaj zbuja veliko skrbi in strahu pri bolnikih z AIDSom na obsežnih področjih Afrike. Koristno dopolnilno branje vam ponuja post na blogu Aetiology.  

Endosimbioza

Nedavno sem v enem od komentarjev k "postu" omenil endosimbiontsko sožitje z mikroorganizmi. Poučen sestavek o endosimbiozi, ki jo lahko opazujemo pri listnih ušeh, najdete v tem blogu.   

O probiotikih tudi previdno...

Svetovnemu trendu naraščanja popularnosti mlečnih izdelkov z dodatki probiotičnih bakterij smo priča vsak dan v naših trgovinah in v reklamah informacijskih virov. Pri tem Ameriška akademija za mikrobiologijo opozarja: "Trenutno je kvaliteta probiotikov, ki so na voljo uporabniku, nezanesljiva". Svarijo tudi, da nekateri teh pripravkov niso nenevarni za vse potrošnike, zlasti za tiste z oslabljenim imunskim sistemom. Ker se pa seveda razvoj nadaljuje (in prav je tako) morajo uporabniki upoštevati, da:

• živila s probiotiki in dodatki z njimi niso zdravila zato tudi trditve o njihovih zdravilnih učinkih niso preverjane na enak način in z enako strogostjo, kot velja to za zdravila;
• proizvajalcem ni potrebno dokazovati, da vrsta in število mikroorganizmov, označeno na nalepkah dejansko ustreza stanju
• in da različni sevi iste mikrobne vrste lahko imajo različne učinke.

Hitra diagnostika virusnih obolenj

Kot lahko preberemo v 357. številki ASM Weekly Newsdigest je bila razvita hitra, občutljiva in cenena diagnostična metoda z imenom MassTag PCR. Z njo je mogoče odkrivati influenci podobne respiratorne infekcije, omenjena pa je tudi uporaba v diagnostiki virusnih hemoragičnih vročičnih obolenj kot so Ebola, Marburg, Junin in dr.

Fotoprvaki

Fotografski navdušenci najbrž poznate splet Digital Camera Photographer of the Year. Pri tem me je prevzela zmagovalna slika iz sekcije Animals and Nature. In tudi nekatere druge slike iz te serije so vznemirljive.

Letalnost filovirusov

Kot sporoča blog Biology News Net, so raziskovalci Greene Infectious Disease laboratorija na Univerzi Columbia, CDC laboratorijev in centra Caribbean Primate Research odkrili ključni mehanizem s katerim filovirusi, mednje spadata tudi povzročitelja bolezni Ebola in Marburg, povzročijo obolenje. V decembrskem zvezku letnika 2006 revije The FASEB Journal bo opisano odkritje aminokislinske sekvence pri filovirusih, ki vodi do hitrega padca imunskega odziva. Ugotovitev omogoča razvoj novih zdravil za omejitev teh uničujočih bolezni.

Darwin v celoti

romunov’s blog et al nas opozarja na res izjemno spletno stran: The Complete Work of Charles Darwin Online, ki so jo pripravili na Univerzi Cambridge ( V. Britanija). Navdušujoče!!!

Rekordno majhen genom

Kot kaže so raziskovalci pri bakteriji Carsonella ruddii odkrili najmanjši funkcionalni genom, t.j. nabor genov, ki še zagotavlja delovanje celičnega organizma. Bakterija vsebuje nukleoid, to je molekulo DNK dolgo vsega 159,662 baznih parov, ki zadostuje za 182 proteinskih genov. Najdena dolžina je komaj tretjina tega, kar so doslej verjeli, da je t. i. minimalni genom.

"Nanoporno" sekvenciranje

Bodimo v prihodnje pozorni vedno ko srečamo v novicah geslo "nanopore sequencing". Napoveduje namreč novo tehnologijo DNK sekvenciranja, ki je sicer še v najzodnejšem obdobju razvoja. Tako je mogoče prebrati med vrsticami sporočila, da ameriški National Human Genome Research Institute iz Bethesde razpisuje za več kot 12 milijonov US$ projektov za raziskovalce, ki razvijajo rešitve s katerimi bo mogoče strošek sekvenciranja sesalskega genoma  iz današnjih 10 milijonov dolarjev zmanjšati na vsega 1000 (!) US$.

Neobranjena biološka obramba II

Nerazrešene teroristične epizode s pisemskim razširjanjem povzročiteljev antraksa izpred petih let, ki se je tragično končalo z žrtvami in o kateri sem nedavno že pisal, se je lotil tudi Douglas Beecher s člankom v avgustovski številki ugledne znanstvene revije Applied and Environmental Microbiology. Nekatere njegove ugotovitve povzema tale časopisni komentar e-revije Free Republic in dodaja zanimive dodatne informacije o takratnih poskusih razjasnitve incidenta. Beecher zavrača doslej splošno sprejeto tezo, da je šlo za biološki bojni pripravek iz vojaških laboratorijev. Vendar pa avtor, ki prihaja iz FBI, ne odvzema vetra iz jader kritikom, ki še vedno očitajo zveznim preiskovalcem površno, nestrokovno in morda še kakšno delo v raziskavi primera. Takih opozoril je v ameriški javnosti veliko, nanje se nanaša tudi komentar blogerja romunova na moj citirani "post". Komentar iz Free Republic dodaja tudi časovni trak dogajanja pred petimi leti v tistih usodnih septembrskih in oktobrskih dneh in vsebuje v nadaljevanju tudi obsežnejši nabor komentarjev, ki dobro odsevajo duha dela ameriške javnosti.       

Siblogsmeet4.0

Pred približno pol ure se je v prijetnem vzdušju in z zaključnim skupinskim fotografiranjem sklenilo letošnje že četrto srečanje slovenskih blogarjev, ki jih povezuje blogarska lista si.blogs. Podeljene so bile tudi letošnje nagrade si.blogs awards 2006 in naravoslovna scena se je dobro odrezala: nagrade so dobili  med drugimi blogi KeBi03, romunov's blog et al. in blog lilole vašega pisca.  

Najverjetneje odkrit izvor obolenja

Reuters poroča, da so kalifornijske zdravstvene oblasti s primerjavo sevov bakterije Escherichia coli 0157:H7 izoliranih iz zamrznjene sveže špinače in iz izbruha obolenja z 200 pacienti ter s trojico umrlih, ki so uživali to špinačo, ugotovili istovetnost tudi z izolati pri govedu. Identično E.coli so namreč našli tudi v blatu treh goved iz farme v kalifornijski Salinas Valley v neposredni bližini špinačnih polj.

Neobranjena biološka obramba

Ko se je pred petimi leti ameriška administracija odločila za gigantski projekt biološke obrambe, je bilo to razumljivo. Javnomnenjska histerija, ki jo je skoraj sočasno z napadom na newyorška nebotičnika sprožil še vedno neodkrit bioterorist z okuženimi pisemskimi pošiljkami novinarjem in politikom in ki je zahtevala tudi pet življenj, 17 bolnih in eno najobsežnejših antibiotskih preventivnih kampanij v zgodovini, je bila uvod v odmevno biološko zaščitno akcijo države. Doslej je ta stala davkoplačevalce 44 milijard US$, med drugim tudi za vzpostavitev projeta Biološki Ščit (BioShield) s proračunom 5,6 milijarde US$ do leta 2014. Ali so prebivalci ZDA kaj varnejši pred biološkimi grožnjami? Po mnenju strokovnjakov iz Centra za biološko varnost na Univerzi Pittsburgh ne in proejkt naj bi zgrešil na kratko v dveh točkah: obseg patogenih mikroorganizmov, ki jih projekt cilja je preozek in načrtovani protiukrepi so napak zastavljeni.Več si velja prebrati v članku. 

...imam še izpit na dolgu...

Ali se prepoznate v teh 25 točkah? Morda vam bo pomagalo, da se izognete kakšni omamni izgubi časa...

Ameriški biotehnologiji kaže bolje...

Kot nam septembrska številka Nature Biotechnology (24 (2006), str. 1040) predstavlja poročilo Biotechnology in Europe 2006 na spletu evropske bioindustrije EuropaBio, evropska biotehnološka podjetniška sfera ni v najboljši koži. 2/3 evropskih podjetij namreč zaposljuje manj kot 20 ljudi, medtem ko ima dvotretjinski delež ameriških podjetih več kot 20 zaposlenih. Pričakujemo seveda lahko, da je podjetje, ki je mlajše od npr. dveh let manjše in to velja tako za Evropo kot za ZDA. Nato pa je v nadaljevanju rast ameriških podjetij znatno hitrejša; tako ima po petih letih že 75% podjetij več kot 20 zaposlenih, medtem ko je v Evropi skupina z manj kot 20 zaposlenimi največja in taka slika vztraja vse do 15. leta. Med dejavniki, ki jih članek predstavlja kot vzvode ameriškega podjetništva v novih tehnologijah omenja inkubatorje in pospeševalce (akceleratorje) in prav slednji naj bi bili skrivnost ameriškega uspeha, ker inkubatorje pozna tudi Evropa.

Nobelove nagrade

Smo v času ko na Švedskem podeljuje vsakoletne Nobelove nagrade. Letos dve nagradi pomembno slavita raziskovalce s področij ved o življenju. Nagrado za fiziologijo in medicino bosta prejela "mladeniča": A.Z. Fire (47 let) iz Univerze Standford in C.C. Mello (46 let) iz Univerze Massachusetts za "njuno odkritje RNA interference - genskega utišanja z dvoverižno RNA". Nagrado za kemijo bo prejel Roger D. Kornberg (59 let) prav tako iz Univerze Stanford za "njegove raziskave molekularnih osnov evkariontske transkripcije". 

Ob tej priložnosti si je zanimivo prebrati članek v reviji Discover "20 reči, ki jih niste vedeli o ... Nobelovih nagradah". V isti reviji je tokrat še en članak, ki razkriva ozadje nenavadnih odločitev pri podeljevanju Nobelovih nagrad, namreč zakaj A. Einstein ni dobil Nobelove nagrade za njegove revolucionarne teze o relativnosti, ampak za relativno obrobno odkritje fotoelektričnega efekta.