23 april, 2006
22 april, 2006
Z računalniki nad pandemijo
Po Science Daily povzemam dele članka:
»V vašem mestu imate 48 ur časa, da vakcinirate vse prebivalce, določite kje boste locirali zdravstvene kapacitete, ugotoviti morate koliko zdravstvenih delavcev potrebujete in kako boste z razpoložljivimi (omejenimi) bolnišničnimi kapacitetami oskrbeli dvomilijonsko mesto… Logistika take naloge predstavlja vrtoglavo načrtovanje… In tej nalogi naj bi zdaj pomagal računalniški program RealOpt, ki so ga razvili na univerzi Georgia Tech in je temeljen na kliničnem modelu, ki so ga pripravili v ameriških Centrih za nadzor in preprečevanje bolezni (Centers for Disease Control and Prevention - CDC). Pomagal naj bi državnim, pokrajinskim in mestnim oblastem pri planiranju ukrepov za obvladovanje infektivnih bolezni naravnega ali s človekom izzvanega izvora…«
»V vašem mestu imate 48 ur časa, da vakcinirate vse prebivalce, določite kje boste locirali zdravstvene kapacitete, ugotoviti morate koliko zdravstvenih delavcev potrebujete in kako boste z razpoložljivimi (omejenimi) bolnišničnimi kapacitetami oskrbeli dvomilijonsko mesto… Logistika take naloge predstavlja vrtoglavo načrtovanje… In tej nalogi naj bi zdaj pomagal računalniški program RealOpt, ki so ga razvili na univerzi Georgia Tech in je temeljen na kliničnem modelu, ki so ga pripravili v ameriških Centrih za nadzor in preprečevanje bolezni (Centers for Disease Control and Prevention - CDC). Pomagal naj bi državnim, pokrajinskim in mestnim oblastem pri planiranju ukrepov za obvladovanje infektivnih bolezni naravnega ali s človekom izzvanega izvora…«
12 april, 2006
Bakterijsko lepilo
Kot pišejo v Nature Physics, izdelujejo najmočnejše lepilo bakterije Caulobacter crescentus. Ugotovili so, da glikoproteini s katerimi se te bakterije pripenjajo na površino, ko oblikujejo bakterijsko trato (rečemo ji tudi biofilm) v vodnih okoljih, vzdržijo vlek 70 newtonov na kvadratni milimeter, medtem ko se današnja »super« lepila upirajo le do 25 newtonov/mm2.
09 april, 2006
HGT in filogenija
Organizatorjem je na letošnjem 158. srečanju britanske Society for General Microbiology uspelo na simpoziju Eukaryotic Evolution zbrati res izjemne predavatelje: kanadskega W.F. Doolittla, kalifornijskega J. Lakea, W. Martina iz Duesseldorfa, T. Cavalier-Smitha iz Oxforda in še nekatera znana imena.
Ob velikih razlikah med predavatelji v teoretskih videnjih zgodnje evolucije, je vendar bilo mogoče čutiti soglasje, da smo od Darwinove želje po oblikovanju »drevesa, ki bi predstavljalo vsa velika naravna kraljestva« dlje, kot se je zdelo pred časom. In da obseg »horizontalnega (lateralnega) genskega prenosa (HGT)«, ki ga v nepričakovanem obsegu razkriva genomika prej kaže na klasifikacijo v obliki mreže kot drevesa. Kot pravi Lake: »…da obsežnost HGT lahko teoretično zabriše večino zgodovine življenja zapisane v DNA«, kar pomeni, da smo bolj nemočni, kot so prvotno kazali uspehi, ki jih je napovedovala molekularna filogenija. Doolittle povzema: »… do nedavna je veljalo v biologiji soglasje, da so se zgodnji potomci prokariontske celice kot zadnjega skupnega prednika (LUCA) razdelili v dve skupini: v bakterije in arheje. Arheje so kasneje bile izhodišče za evkarionte, ki so postopoma z endosimbiozo pridobili različne organele (mitohondrije, kloroplaste…).« Novejša spoznanja žal to soglasje rušijo, predvsem v svetu prokariontov naj bi bil obseg HGT, ki je prispeval k njihovi evoluciji pomembnejši, kot ga prispeva vertikalna evolucija (v t. i. klonski teoriji). In tudi evkarionti kažejo nepričakovan obseg deleža HGT. Pri tem je prenos genov v HGT v veliki meri odvisen od njihove funkcije. Geni, ki npr. sodelujejo v prepisovanju, prevajanju (informacijski geni) se redkeje horizontalno prenašajo kot geni, ki določajo presnovne funkcije (operacijski geni). Skoraj pesimistično organizator parafrazira trditev Dobzhansky-ga: »Evolucija je luč, ki pojasni vsa dejstva« in se ob tem vpraša: »…ali to drži tudi za ključni evkarionski sistem – za evkariontski celični cikel?«
Ob velikih razlikah med predavatelji v teoretskih videnjih zgodnje evolucije, je vendar bilo mogoče čutiti soglasje, da smo od Darwinove želje po oblikovanju »drevesa, ki bi predstavljalo vsa velika naravna kraljestva« dlje, kot se je zdelo pred časom. In da obseg »horizontalnega (lateralnega) genskega prenosa (HGT)«, ki ga v nepričakovanem obsegu razkriva genomika prej kaže na klasifikacijo v obliki mreže kot drevesa. Kot pravi Lake: »…da obsežnost HGT lahko teoretično zabriše večino zgodovine življenja zapisane v DNA«, kar pomeni, da smo bolj nemočni, kot so prvotno kazali uspehi, ki jih je napovedovala molekularna filogenija. Doolittle povzema: »… do nedavna je veljalo v biologiji soglasje, da so se zgodnji potomci prokariontske celice kot zadnjega skupnega prednika (LUCA) razdelili v dve skupini: v bakterije in arheje. Arheje so kasneje bile izhodišče za evkarionte, ki so postopoma z endosimbiozo pridobili različne organele (mitohondrije, kloroplaste…).« Novejša spoznanja žal to soglasje rušijo, predvsem v svetu prokariontov naj bi bil obseg HGT, ki je prispeval k njihovi evoluciji pomembnejši, kot ga prispeva vertikalna evolucija (v t. i. klonski teoriji). In tudi evkarionti kažejo nepričakovan obseg deleža HGT. Pri tem je prenos genov v HGT v veliki meri odvisen od njihove funkcije. Geni, ki npr. sodelujejo v prepisovanju, prevajanju (informacijski geni) se redkeje horizontalno prenašajo kot geni, ki določajo presnovne funkcije (operacijski geni). Skoraj pesimistično organizator parafrazira trditev Dobzhansky-ga: »Evolucija je luč, ki pojasni vsa dejstva« in se ob tem vpraša: »…ali to drži tudi za ključni evkarionski sistem – za evkariontski celični cikel?«
04 april, 2006
Probiotiki
Kontrola kvalitete probiotični izdelkov
Eden od simpozijev letošnjega 158. rednega srečanja britanskega društva za splošno mikrobiologijo (Society for General Microbiology – SGM) je bil posvečen mikroorganizmom v prebavilih v povezavi z zdravjem. Znaten del referatov in plakatnih predstavitev je obravnaval različne vidike uveljavljanja probiotikov, prebiotikov in sinbiotikov (pazi: prihaja od »synbiosis«!).
Današnja stopnja znanja v vprašanjih probiotičnih dodatkov omogoča in bi torej morala zagotoviti kupcu nekatere ključne podatke in preveritve učinkovitosti prodajanih in reklamiranih izdelkov s probiotičnim učinkom.
Dva ključna podatka sta v ponudbi probiotičnih izdelkov oz. v njihovi promociji posebno pomembna: (a) učinkovitost dodatka ali dodatkov (npr. pri sinbiotični rabi) v smeri zdravstvenih in organoleptičnih lastnosti, ki jih proizvajalci zagotavljajo in seveda podatek o (b) vrsti in količini živih mikroorganizmov dodanega probiotičnega seva s specifično lastnostjo. Na videz je nekoliko lažje zadostiti drugi zahtevi, vendar pa konvencionalna mikrobiološka analitika tega zagotovila ne daje, saj v analitiki še niso v uporabi metode določitve mikrobne vrste, sploh pa ne specifičnega probiotičnega seva s posebnimi lastnostmi v aktualni koncentraciji. Še težavnejša pa je zadostitev zahteve po dokazljivem nutracevtskem učinku dodanega mikroorganizma, saj ta zahteva preveritev, ki je primerljiva s kliničnim testiranjem zdravil. Znaten del takega preverjanja je danes dosegljiv z metodami, ki jih zaenkrat najdemo v raziskovalnih laboratorijih, bi pa morali preiti v redno uporabo, če želi zakonodaja splošno zahtevo po preverjanju deklarirane lastnosti živila zagotoviti in ohraniti. Na voljo so danes metode preverjanja: kompetitivnega izključevanja patogenih mikroorganizmov iz prebavnega trakta, protirakovega delovanja za določene skupine rakovih bolnikov kot je npr. rak debelega črevesa, genotoksičnih učinkov sestavin živila, povečanja imunske zaščite uporabnika pripravka ipd.
Eden od simpozijev letošnjega 158. rednega srečanja britanskega društva za splošno mikrobiologijo (Society for General Microbiology – SGM) je bil posvečen mikroorganizmom v prebavilih v povezavi z zdravjem. Znaten del referatov in plakatnih predstavitev je obravnaval različne vidike uveljavljanja probiotikov, prebiotikov in sinbiotikov (pazi: prihaja od »synbiosis«!).
Današnja stopnja znanja v vprašanjih probiotičnih dodatkov omogoča in bi torej morala zagotoviti kupcu nekatere ključne podatke in preveritve učinkovitosti prodajanih in reklamiranih izdelkov s probiotičnim učinkom.
Dva ključna podatka sta v ponudbi probiotičnih izdelkov oz. v njihovi promociji posebno pomembna: (a) učinkovitost dodatka ali dodatkov (npr. pri sinbiotični rabi) v smeri zdravstvenih in organoleptičnih lastnosti, ki jih proizvajalci zagotavljajo in seveda podatek o (b) vrsti in količini živih mikroorganizmov dodanega probiotičnega seva s specifično lastnostjo. Na videz je nekoliko lažje zadostiti drugi zahtevi, vendar pa konvencionalna mikrobiološka analitika tega zagotovila ne daje, saj v analitiki še niso v uporabi metode določitve mikrobne vrste, sploh pa ne specifičnega probiotičnega seva s posebnimi lastnostmi v aktualni koncentraciji. Še težavnejša pa je zadostitev zahteve po dokazljivem nutracevtskem učinku dodanega mikroorganizma, saj ta zahteva preveritev, ki je primerljiva s kliničnim testiranjem zdravil. Znaten del takega preverjanja je danes dosegljiv z metodami, ki jih zaenkrat najdemo v raziskovalnih laboratorijih, bi pa morali preiti v redno uporabo, če želi zakonodaja splošno zahtevo po preverjanju deklarirane lastnosti živila zagotoviti in ohraniti. Na voljo so danes metode preverjanja: kompetitivnega izključevanja patogenih mikroorganizmov iz prebavnega trakta, protirakovega delovanja za določene skupine rakovih bolnikov kot je npr. rak debelega črevesa, genotoksičnih učinkov sestavin živila, povečanja imunske zaščite uporabnika pripravka ipd.
Programi
Moje redne bralce prosim, da naj jih spodnji tekst ne moti. Uporabil bom svoj blog, da bom nanj odložil angleško verzijo našega novega oz. predvidenega "bolonjskega" programa mikrobiologije. Jutri imamo namreč delavnico in morda bo koga v avditoriju zanimal naš kurikulum, najhitreje mu bom lahko postregel s preklopom na tole spletno stran, prednost pa je tudi, ker jo lahko urejam in dopolnjujem kar iz svoje trenutne lokacije (U. of Warwick) - še ena prednost bloganja.
-----------
University of Ljubljana, Biotechnical Faculty
Microbiology (anticipated ("Bologna") programme from 2007):
BSc 1st year:
• Introduction to microbiology
• Mathematics
• Cell biology
• Chemistry
• Biology of multicellular organisms
• Biochemistry
• Molecular biology
• Microbiology practical
BSc 2nd year:
• Microbial genetics
• Physical chemistry
• Statistics
• Immunology
• Microbial physiology
• Virology
• Analytical methods in microbiology
BSc 3rd year:
• Microbial diversity and identification
• Microbes and pathogenesis
• Microbial ecology
• Microbial biotechnology
• Medical Microbiology basics
• Bioinformatics tools in microbiology
• Electives
MSc 1st year – Microbial biology:
• Molecular microbiology
• Microbial biochemistry
• Geomicrobiology
• Soil Microbiology
• Water microbiology
• Sediment microbiology
• Intestinal microbiology
• Electives
MSc 1st year – Microbial biotechnology:
• Molecular microbiology
• Microbial biochemistry
• Bioprocessing
• Biomass and Secondary Metabolites
• Food Microbiology and Biotechnology
• Environmental biotechnology
• Immunotechnologies
• Electives
MSc 1st year – Medical and Sanitary microbiology:
• Molecular Microbiology
• Microbial Biochemistry
• Human Biology and Diseases
• Bacterioses
• Mycoses
• Parasitoses
• Viroses
• Epidemiology
• Electives
MSc 2nd year – Microbial biology:
• Selected microbial topics
• Molecular evolution
• Electives
• Master Thesis
MSc 2nd year – Microbial biotechnology:
• Selected microbial topics
• Economics in biotechnology
• Electives
• Master Thesis
MSc 2nd year – Medical and Sanitary microbiology:
• Selected microbial topics
• Sanitary microbiology
• Electives
• Master Thesis.
-----------
University of Ljubljana, Biotechnical Faculty
Microbiology (anticipated ("Bologna") programme from 2007):
BSc 1st year:
• Introduction to microbiology
• Mathematics
• Cell biology
• Chemistry
• Biology of multicellular organisms
• Biochemistry
• Molecular biology
• Microbiology practical
BSc 2nd year:
• Microbial genetics
• Physical chemistry
• Statistics
• Immunology
• Microbial physiology
• Virology
• Analytical methods in microbiology
BSc 3rd year:
• Microbial diversity and identification
• Microbes and pathogenesis
• Microbial ecology
• Microbial biotechnology
• Medical Microbiology basics
• Bioinformatics tools in microbiology
• Electives
MSc 1st year – Microbial biology:
• Molecular microbiology
• Microbial biochemistry
• Geomicrobiology
• Soil Microbiology
• Water microbiology
• Sediment microbiology
• Intestinal microbiology
• Electives
MSc 1st year – Microbial biotechnology:
• Molecular microbiology
• Microbial biochemistry
• Bioprocessing
• Biomass and Secondary Metabolites
• Food Microbiology and Biotechnology
• Environmental biotechnology
• Immunotechnologies
• Electives
MSc 1st year – Medical and Sanitary microbiology:
• Molecular Microbiology
• Microbial Biochemistry
• Human Biology and Diseases
• Bacterioses
• Mycoses
• Parasitoses
• Viroses
• Epidemiology
• Electives
MSc 2nd year – Microbial biology:
• Selected microbial topics
• Molecular evolution
• Electives
• Master Thesis
MSc 2nd year – Microbial biotechnology:
• Selected microbial topics
• Economics in biotechnology
• Electives
• Master Thesis
MSc 2nd year – Medical and Sanitary microbiology:
• Selected microbial topics
• Sanitary microbiology
• Electives
• Master Thesis.
03 april, 2006
Tokrat iz Warwicka
Danes se oglašam iz nekoliko oddaljene lokacije. Na University of Warwick se udeležujem 158. rednega srečanja Society for General Microbiology. Ne zgolj zato, ker sem njihov član; v sredo imamo okroglo mizo na temo prihodnjega evropskega visokošolskega izobraževanja v mikrobiologiji v senci Bologne. Upam, da bo kaj koristnega iz tega za vse nas!
Me je pa navdušilo, kako imajo urejeno spletno povezavo. Ne zgolj to, ker sem zvečer že ob prihodu opazil, da po vseh hodnikih upravne zgradbe visijo po stenah ekrani z dostopom v splet. Prav ustregli so mi, ko so mi nato dodelili za bivanje običajno študentsko sobo. Zelo dostojna: rekel bi "hotel za tri ***". Najbolj radoveden sem bil, ko sem prebral v obvestilih, da ima vsaka soba urejen dostop v splet. Zvečer sem sicer ugotovil, da sem za svoj notesnik pozabil doma Ethernet kabel; zjutraj sem ga brez težav dobil v shopu na kampusu. Potem pa poskus: bal sem se seveda, da bo notesnik prostestiral in zahteval vse mogoče nastavitve. Sploh nič od tega, takoj ob priklopu sem zaznal, da sem v Spletu, deluje mi Skype, takoj sem tudi z oddaljenim dostopom na Rodici in vse drugo seveda. Enkratno! Sledi preskus hitrosti; uporabim svojo običajno povezavo na "speedtest". Rezultat znova navdušujoč: 1900 kilo v odhodu in 300 kilo v prihodu; ko bi le tako delovalo doma ali na faksu... Super, res!!!
Sicer je pa tudi Warwick Campus enkraten: šele ko človek to vidi razume, kako je organiziranost univerze v kampus obliki funkcionalna. Odlično!
Me je pa navdušilo, kako imajo urejeno spletno povezavo. Ne zgolj to, ker sem zvečer že ob prihodu opazil, da po vseh hodnikih upravne zgradbe visijo po stenah ekrani z dostopom v splet. Prav ustregli so mi, ko so mi nato dodelili za bivanje običajno študentsko sobo. Zelo dostojna: rekel bi "hotel za tri ***". Najbolj radoveden sem bil, ko sem prebral v obvestilih, da ima vsaka soba urejen dostop v splet. Zvečer sem sicer ugotovil, da sem za svoj notesnik pozabil doma Ethernet kabel; zjutraj sem ga brez težav dobil v shopu na kampusu. Potem pa poskus: bal sem se seveda, da bo notesnik prostestiral in zahteval vse mogoče nastavitve. Sploh nič od tega, takoj ob priklopu sem zaznal, da sem v Spletu, deluje mi Skype, takoj sem tudi z oddaljenim dostopom na Rodici in vse drugo seveda. Enkratno! Sledi preskus hitrosti; uporabim svojo običajno povezavo na "speedtest". Rezultat znova navdušujoč: 1900 kilo v odhodu in 300 kilo v prihodu; ko bi le tako delovalo doma ali na faksu... Super, res!!!
Sicer je pa tudi Warwick Campus enkraten: šele ko človek to vidi razume, kako je organiziranost univerze v kampus obliki funkcionalna. Odlično!
01 april, 2006
Koristni insekti
V nedavni ameriški študiji so skušali ovrednotiti ekonomsko korist, ki jo prispevajo insekti. Z vplivi pri razgradnji odpadkov, v omejevanju rastlinskih bolezni, z opraševanjem ali kot prehranski vir naj bi samo v ZDA ta vrednost dosegala 57 milijard dolarjev. Zdaj bi bil pa tudi čas, da se nekdo loti izračuna učinka, ki ga prispevajo mikroorganizmi: številka bo gotovo precej več kot enajstmestna.
Naročite se na:
Objave (Atom)
