Srečno 2015!

Veliko uspehov vam želim v prihajajočem letu, a za doseganje tega cilja ne žrtvujte osebnega miru in zdravja.

Zimmerjevo leto

Carl Zimmer je eden mojih najljubših avtorjev popularne znanosti. V zadnjem letošnjem zapisu na svojem blogu The Loom nam je nanizal svoje letošnje prispevke in predavanja s povezavami.

Strokovna srečanja mikrobiologov v januarju 2015

Iz spleta prevzemam napoved strokovnih prireditev v januarju 2015, pomembnih za mikrobiološko stroko:

January 11 - 14, 2015   Natural Products Discovery and Development in the Post Genomic Era, San Diego, CA, USA  
Further information: SIMB Society for Industrial Microbiology and Biotechnology. In light of the rapid progress and growing interest in this area, the Society for Industrial Microbiology and Biotechnology, The Korean Society for Microbiology and Biotechnology, and The Society for Actinomycetes Japan are jointly sponsoring a new international meeting on Natural Products Discovery and Development in the Post Genomic Era.

January 11 - 16, 2015   Precision Genome Engineering and Synthetic Biology: Designing Genomes and Pathways; Big Sky, MT, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 11 - 16, 2015   The Biological Code of Cell Signaling: A Tribute to Tony Pawson, Steamboat Springs, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 11 - 16, 2015   Viral Immunity, Breckenridge, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 14 - 14, 2015   SFAM Winter Meeting, London, UK  
Further information: SFAM Society for Applied Microbiology.

January 17 - 18, 2015   Immunology of Fungal Infections: Identifying the Common Beneficial Host-Pathogen Interaction, Galveston, TX, USA  
Further information: Gordon Research Seminar.

January 18 - 23, 2015   Genomics and Clinical Microbiology, Cambridge, UK  
Further information: Wellcome Trust. Advanced Course. Training in the latest laboratory techniques and data-analysis tools for PhD students, postdocs and clinicians.

January 18 - 23, 2015   Immunology of Fungal Infections: Basic Mechanisms and Translational Implications, Galveston, TX, USA  
Further information: Gordon Research Conference.

January 19 - 20, 2015   The Microbiome Forum Asia, Kuala Lumpur, Malaysia  
Further information: Global Engage Conference. The latest academic and industry research will explore the human microbiome.

January 20 - 25, 2015   Immunity to Veterinary Pathogens: Informing Vaccine Development, Keystone, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 21 - 22, 2015   Pharmaceutical Microbiology conference, London, UK  
Further information: Explores key issues in data review and analysis, contamination control strategies, strategies for low endotoxin recovery and best practice in sterile and non-sterile manufacture.

January 22 - 23, 2015   Flow Chemistry, India, Mumbai, India  
Further information: This meeting is dedicated to the integration of flow chemistry into everyday practice throughout the world by delivering the latest knowledge and making it available for the entire chemistry community.

January 22 - 23, 2015   Microfluidics and Lab on a Chip,  India, Mumbai, India  
Further information: The program will consist of moderated sessions and engaging an expert panel on research themes at the core of Microfluidics and Lab-on-a-Chip technology.

January 22 - 27, 2015   Host Response in Tuberculosis, Santa Fe, NM, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 24 - 25, 2015   Physical Virology: The Expanding Interface of Viral Characterization and Engineering Application, Ventura, CA, USA  
Further information: Gordon Research Seminar.

January 25 - 30, 2015   Epigenetics and Cancer, Keystone, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 25 - 30, 2015   Physical Virology: Integrating Global Significance with Atomic Level Understanding, Ventura, CA, USA  
Further information: Gordon Research Conference.

January 26 - 30, 2015   Laboratory Diagnosis of Human Parasitic Infections, Leiden, The Netherlands  
Further information: ESCMID Course

January 26 - 30, 2015   Working with the Human Genome Sequence,
Blantyre, Malawi  
Further information: Wellcome Trust. Advanced Course. Training in the latest laboratory techniques and data-analysis tools for PhD students, postdocs and clinicians.

January 27 - 28, 2015   Diagnostics and Biomarkers: Online Event
Online conference,  
Further information: Using a pioneering new platform especially developed for scientific events, this conference will be broadcast to your PC or mobile device on 27th -28th January 2015.

January 28 - 30, 2015   Genomic Medicine for Clinicians, Cambridge, UK  
Further information: Wellcome Trust. Workshops and Summer Schools. Intensive, interactive discussion and hands-on training.

January 30 - 30, 2015   BIA Workshop in Infectious Diseases: 8th HIV Dilemmas Conference, Manchester , UK  
Further information: Mixture of challenging cases are drawn from real life, all presented by experts using interactive key pad voting throughout. For anyone involved in diagnosis and treatment of infection in HIV patients.

January 30 - February 1, 2015   4th UK RNA Splicing Meeting, Cumbria, UK  
Further information: Biochemical Society conference.

Mikrobiologija v družbenih omrežjih.

Ta povezava na Webicino bo najbrž všeč vsem ljubiteljem družbenih omrežij med mikrobiologi. Zbrane so povezave do novic, blogov, podkastov, mrež, tviterjev, wikijev, video strani, mobilnih aplikacij, iskalnih orodij, prezentacij in drugih virov, ki so povezane z mikrobiologijo. Dobrodošli bodo zlasti komentarji z dodatnimi koristnimi povezavami!

Epidemiološko kartiranje

Skupina Spatial Ecology and Epidemiology Group na Department of Zoology Univerze v Oxfordu (Vel. Britanija) se ukvarja s projekti kartiranja nekaterih infektivnih bolezni in njihovih vektorjev. Podatke objavljajo odprtodostopno preko spletnega portala GitHub. Pri tem zajemajo podatke iz različnih bibliografskih virov (npr. PubMed), vključujejo podatke iz sodelav ali pa iz sorodnih internetnih virov zdravstvenega nadzora kot je npr. HealthMap oz. kot je primer nadzora lokacije bolezenskega vektorja v Malaria Atlas Project.

Knjiga, ki navdušuje

Konec leta je tudi priložnost, ko se marsikje poklonijo popularnim in uglednim sodržavljanom. Nemci to počno npr. s prireditvijo Menschen 2014 – Ljudje 2014 (ki pravkar teče na programu ZDF). Med letošnje Nemke/Nemce 2014  se je uvrstila tudi mladenka Giulia Enders. Mesto si je zaslužila  kot avtorica letos najbolje prodajane knjige na nemškem trgu. Prodanih je bilo 800.000 izvodov knjige z naslovom Darm mit Charme – Črevo s šarmom. Giulia je nadebudna študentka medicine, ki jo je med medicinskimi temami prevzelo dogajanje v naših prebavilih. Z delom je pravzprav postavila prijazen spomenik sožitju človeka z njegovo mikrobno združbo v prebavnem traktu. Delo odlikujeta zelo popularna pripoved, ki jo učinkovito dopolnjujejo simpatične risane ilustracije. Kot nalašč (in seveda ne gre za slučaj) je trenutno preučevanje človekove mikrobne združbe, t.i. projekt mikrobiom (Human Microbiome Project) med najbolj vročimi raziskovalnimi temami v naravoslovju.  

Mikrobiom v blogu

Zdaj že tretje leto lahko spremljamo vesti o prebavnem mikrobnem okolju na blogu Gut Microbiota Worldwatch. Spletno stran pripravljajo pri European Society of Neurogastroenterology and Motility (ESNM) in je namenjena objavljanju aktualnih vesti o prebavnem mikrobiomu za najširšo javnosti ter medije. Od nedavna je stran na voljo v treh jezikih, poleg angleščine tudi v francoščini in španščini.  ESNM sicer pripravlja tudi spletišče Gut Microbiota for Health, ki pa je namenjeno strokovni javnosti za strokovne razprave na temo prebavne mikrobne združbe. 

Vabilo na strokovno srečanje BioBosh

Prenašam vabilo:

Vabljeni na dogodek BioBash, ki se bo odvil 4. decembra 2014 ob 18h v prostorih Fakultete za računalništvo in informatiko na Večni poti 113 v Ljubljani.

Namen BioBash dogodkov je medsebojno povezovanje strokovnjakov s področij ved o življenju, bioinformatikov, matematikov, računalničarjev ter vseh, ki jih zanima obdelava bioloških podatkov. S tovrstnimi srečanji želimo spodbujati diskusijo in izmenjavo znanj na področju bioinformatike – hitro razvijajoče se vede, ki zahteva močno interdisciplinarno sodelovanje.

Osrednja tema dogodka bo “Uporabniška izkušnja v bioinformatiki / User Experience in Bioinformatics”. Kakšna bioinformatična orodja so danes na voljo raziskovalcem? Zakaj je nekatera lažje uporabljati od drugih? Zakaj nekateri bioinformatiki pri svojem delu raje uporabo ukazne vrstico od grafičnih vmesnikov? Je učenje dela z ukazno vrstico res tako težavno? Odgovore na takšna in podobna vprašanja bomo skupaj iskali tekom dogodka. Prisluhnili boste lahko trem predavateljem, sodelovali na interaktivnem kvizu in prisluhnili debati na okrogli mizi. Srečanje bomo sklenili z neformalnim druženjem.

Na predavateljski oder bodo stopili:
prof. dr. Blaž Zupan – vodja Laboratorija za bioinformatiko na Fakulteti za računalništvo in informatiko UL,
Alenka Šmid – raziskovalka na Fakulteti za farmacijo UL,
dr. Sabina Berne in Kristina Marton – raziskovalki na Biotehniški fakulteti UL.

Vse novice v povezavi z dogodkom bomo objavili na FB strani
http://goo.gl/dzPNaC
Dogodek je brezplačen, a vas zaradi boljše organizacije vljudno naprošamo, da svojo udeležbo potrdite prek portala Eventbrite na naslovu  http://goo.gl/3Gcaj4

Prijazen pozdrav
Ekipa Genialis

Predavanje

Prenašam vabilo na predavanje:

V organizaciji Mednarodnega zdravstvenega foruma ZF UL bo potekalo dne 26.11.2014 ob 11.00 uri v predavalnici 118 Zdravstvene fakultete vabljeno predavanje z naslovom:
When bacteria adhere to a surface there is more to it than counting numbers
Predaval bo prof. dr. Henk J. Busscher, University Medical Centre Groningen, Groningen, Netherlands
Predavanje bo v potekalo v angleškem jeziku. Vabilo najdete tukaj.

Vljudno vabljeni!

Prof. dr. Polonca Trebše, l.r.
Prodekanja za kakovost in mednarodno sodelovanje

Odkod poimenovanja genov

Ali ste se že kdaj vprašali kako dobijo geni svoja imena, kratke veččrkovne oznake? Odkod so imena kot MAPK1 ali EGFR. Kratek prispevek v NY Timesu pojasni skrivnost kovanja the oznak. 

Predavanje SMD

Vljudno vabljeni na predavanje “Natural variation in the social soil bacterium Myxococcus xanthus”. Predaval bo dr. Michiel Vos, v četrtek, 13. 11. 2014 ob 10:00h v predavalnici B1, Biološko središče, Večna pot 111, Biotehniška fakulteta, UL.

Definicija prokarionta

Morda je res čas, da se znova zamislimo nad ustreznostjo definicije “prokarionta”. O tem smiselno razpravlja N. Nanninga v Schaechterjevem blogu.

Predavanje Bitka z mikrobi

Znanost na cesti vabi na predavanje prof. dr. Davida Stoparja Bitka z mikrobi.

Sproti o eboli

Zelo aktualno poroča o eboli v posebnem spletnem časniku Ebola Virus Outbreak agencija NBC News.

Zdravilne učinkovine povezane z mikrobiomom

Skupina raziskovalcev pod vodstvom Michaela Fischbacha iz kalifornijske univerze v San Franciscu odkriva biosintetske produkte bakterij človeškega mikrobioma z antibiotskim učinkom. Bakterijski izločki mikrobioma bi morda v prihodnje lahko služili tudi kot zdravilne učinkovine za različne druge namene (kot nevrotransmiterji, imunski regulatorji…), kot je Fischbach povedal v pogovoru za revijo Economist.

Pomoč ameriške vojske v katastrofi z Ebolo v Z. Afriki

Vznemiri me vsaka napoved uporabe vojaške sile pri urejanju česarkoli, vendar me tokratna napoved angažiranja ameriških vojakov v borbi proti Eboli navdaja z globoko simpatijo. Prepričan sem, da je bistveni cilj posega urejanje kaotičnih razmer v prizadetem področju, kjer so lokalni oblastni dejavniki popolnoma izgubili nadzor nad širjenjem te strahotne bolezni. Ker spremlja akcijo tudi zajetna finančna pomoč, pridobiva dogajanje po daljšem času bolj optimističen videz. Napovedi npr. evropske agencije ECDC so bile namreč izrazito črnoglede in samo upati je mogoče, da bodo odločni in koncertirani posegi v organizacijo in infrastrukturo zdravstveno humanitarne kampanje zagotovili čimprejšnji ugoden preobrat.   

O eboli v Science

Tudi v revijalni hiši Science so se odločili, da bodo novice in znanstvene prispevke, ki obdelujejo problematiko ebole sprostili v prost dostop na posebni spletni strani. 

Ebola raziskave na Flipboardu

OA založba PLoS se je odločila, da bo ponudila vse prispevke iz svojega korpusa objav na temo Ebole v posebni izdaji Flipboarda z imenom PLOS Ebola Collection. S to potezo želi izboljšati pretok informacij o tej aktualni in akutni zdravstveni grožnji, ki pretresa svet. Podoben namen ima tudi njihova promocija posebne novičarske strani za hitro obveščanje PLOS Currents Outbreaks.

O mlečnokislinskih bakterijah

O lastnostih mlečnokislinskih bakterij, o njihovem pomenu v mikrobiomu gostiteljev in o njihovi uporabi v klasičnih biotehnoloških rešitvah si lahko preberete v 12 prispevkih, ki so s povezavami dosegljivi v BioMed Central blogu.   

Mikrobiologija v družbenih medijih

Splet Webicine nam je pripravil zelo uporaben zbir spletnih vsebin za mikrobiologijo v družbenih medijih: novic, blogov, podkastov, forumov, twiterjev, wikijev, video portalov, mobilnih aplikacij, iskalnikov, predstavitvenih aplikacij in drugih virov.

Je Ebola tudi v DR Kongo

V današnjih zapisih na blogu H5N1 se kopičijo podatki o izbruhu nalezljivega obolenja s številnimi smrtnimi izidi v Demokratični republiki Kongo. Na voljo naj bi bili tudi že prvi pozitivni izvidi, da je posredi virus Ebole. Izvor naj bi ne bil vezan na prenos iz Zap. Afrike, ampak naj bi se ljudje okužili lokalno z zaužitjem opičjega mesa (t.i. bush meat).  

Mikrobiom in obnašanje

Avtor C. Zimmer nam v prispodobi pripiše vlogo marionete, ki jo upravljajo mikroorganizmi našega mikrobioma. Sodobne molekularne tehnike prepoznavanja mikrobne identitete so omogočile intenzivno preučevanje mikrobnih združb, tistih, ki naseljujejo naše navzven odprte organe ter tistih, ki jih nosimo na površini telesa. Ugotovitve zadnjega desetletja, ki se kopičijo s skoraj modno ihtavostji so pripeljale do presenetljivih ugotovitev. Tako v pomembnih nalogah sodelovanja mikroorganizmov pri prebavi, pri zagotavljanju učinkovitih obrambnih mehanizmov proti patogenim organizmov pa vse do najbolj presenetljivih podmen o vplivu mikroorganizmov mikrobioma na obnašanje gostitelja tako v odzivih na okoljske vplive in z vplivom na njegove prehranske navade. Raziskave  na poskusnih živalih kažejo, da je mogoče z mikroorganizmi razložiti celo vplive na socialno sobivanje. To brez dvoma pomeni bistvene prednosti za gostitelja, prav tako pa tudi za njegovo mikrobno združbo. Raziskovalci se radi poigravajo z načrti, da če mikroorganizmi manipulirajo nas, potem moramo najti poti, da bomo zmogli tudi mi manipulirati njih.   

Listerija na Danskem

Na Danskem pa tudi drugod po Evropi je precej zaskrbljenosti povzročila vest o okužbah z listerijo (bakterija Listeria monocytogenes), ki naj bi svoj izvor imele v klobasah iz prašičjega mesa in naj bi v zadnjem letu zahtevale že 12 življenj. Nekaj osnovnih informacij o povzročitelju in bolezni si lahko preberete tukaj, kjer je sicer zgodba vezana na primere listerioze v ZDA, povezane z zauživanjem koščičastega sadja. 

Odličen intervju v Dnevniku o eboli

V današnjem Dnevniku najdete odličen intervju s prof. dr. Tatjano Avšič-Županc o eboli in naši pripravljenosti na ev. nevarnost vnosa te bolezni (bojim se, da članek na spletu ni odprtodostopen, uporabniki Piana pa ga lahko preberejo).

Sicer pa lahko prisluhnete izčrpnejšemu pogovoru o eboli v oddaji na Intelekti

Aktualne vesti o Eboli.

Trenutno je blog H5N1 spletna stran, ki najizčrpneje in najobširneje poroča o tragičnem dogajanju v zahodni Afriki, kjer skušajo omejiti širjenje mrzlice Ebola.  Po podatkih WHO je do 1. avgusta umrlo že 887 od skupno 1.603 obolelih.

Zdaj se pojavljajo tudi že prva poročila o eksperimentalni možnosti seroterapije Ebole, ki je kot kaže bilo uporabljena tudi pri obeh obolelih, ki ju zdravijo na ameriških tleh.

PS.: NBC News objavlja v posebni prilogi Ebola virus outbreak tekoče novice o dogajanju.  

Prevoz bolnikov z Ebolo v ZDA

Mikrobiologe, zlasti še medicinske mikrobiologe in tudi epidemiologe trenutno najbolj zaposluje izbruh vročice Ebola v državah zahodne Afrike. Zaradi možnosti intenzivnejšega zdravljenja so se ameriške zdravstvene oblasti odločile, da ta trenutek dva pacienta pod posebno strogim režimom prevoza in nato oskrbe iz Liberije prepeljejo v ZDA v univerzitetno klinično bolnišnico Emory. Vrhunske strokovne kapacitete v ZDA zagotavljajo, da je rešitev povsem brez nevarnosti za prebivalstvo, saj gre za preverjen scenarij ravnanja z boleznimi najvišje stopnje rizika.

PS.: gotovo si želite več podatkov o tej bolezni; splošno vedenje ponuja ta zapis, o trenutnem stanju pa poroča CNN.   

Dejavniki vpliva BioMed Central mikrobioloških revij

Hiša Thomson Reuters (ISI) je objavila nove dejavnike vpliva (Impact Factors – IF). Odprtodostopni revijalni ponudnik BioMed Central ima zdaj med ocenjenimi že kar lepo število svojih revij. In poglejmo si, kako so se odrezale njihove mikrobiološke in biotehnološke  revije:

AIDS Research and Therapy 1,84

Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials 1,51

Biological Research 1,04

Biotechnology for Biofuels 6,22

BMC Bioinformatics 2,67

BMC Biotechnology 2,59

BMC Infectious Diseases 2,56

BMC Microbiology 2,98

Gut Pathogens 2,07

Immunity and Aging 2,32

Malaria Journal 3,49

Microbial Cell Factories 4,25

Parasites & Vectors 3,25

Retrovirology 4,77

Veterinary Research 3,38

Virology Journal 2,09

Znova o Eboli

Dr. A. J. Cann je na svojem blogu MicrobiologyBytes zbral 7 aktualnih skupin podatkov o Eboli virusu, ki jih neposredno kopiram (upam, da mi avtor ne bo zameril, ker sem si tako poenostavil ta zapis):

WHO Ebola virus factsheet

Structure of Ebola virus

How to make a vaccine against Ebola virus (Like this)

Why some Ebola virus strains are more virulent than others

Ebola virus entry requires a cholesterol transporter

Discovery of an Ebolavirus-like virus in Europe

Ebola has lots of sneaky ways of avoiding the immune system

Ta trenutek poročajo mediji o 729 žrtvah, ob neobvladani bolezni v trenutno štirih državah zahodne Afrike seveda ta številka še zdaleč ni končna. 

Chikungunya v ZDA

Ameriške epidemiologe je letos presenetil pojav obolenja Chikungunya (beri: čikungunja), ki je sicer obolenje znano v tropskih območjih Afrike in ga prenašajo komarji. Javljajo o dveh primerih na Floridi in širjenje tudi v Karibe. Bolezen prenašajo med drugimi tudi tigrasti komarji Aedes albopictus, ki se v zadnjih letih v povečani meri širijo tudi pri nas. Znani so kot prenašalci različnih virusnih obolenj kot so mrzlica zahodnega Nila, denga, rumena mrzlica in zgoraj omenjena čikungunja. V Sloveniji teh nalezljivih bolezni k sreči (še) ni, čeprav so lani virus zahodnega Nila dokazali v krvi bolnika, ki je prebolel prehladno obolenje. Za tigrastega komarja je značilno, da je samica (pikajo kot pri avtohtonih komarjih samo te) nadelžna predvsem preko dneva, pik pa pušča močno rdečino in srbečico. Več o komarjih, ki se razmnožujejo v stoječih vodah, imenujejo jih zato tudi kontejnerski komarji, lahko preberete tukaj. Prav zaradi značilne ekologije razmnoževanja komarjev je treba pri omejevanju nadloge, ki jo predstavljajo komarji, preprečevati zastajanje vode npr. v lužah pa v odpadni embalaži zlasti so znane kot kotišče komarjev odvržene avtomobilske pnevmatike.  

Populariziranje znanosti

Razširjanju znanstvenih dognanj v javnosti je namenjen portal PUBLISCIZE. Vključite se lahko kot raziskovalec, ki želi širiti svoja spoznanja, kot organizacija, ko to želi v širšem kontekstu ali kot znanstveni navdušenec, ki želi spremljati aktualna sporočila.

Dodaten poziv k previdnosti

Dr. Marc Lipsitch je profesor epidemiologije in direktor Centra za dinamiko kužnih bolezni na Harvard School of Public Health. Ti podatki so nedvomno reference, ki dajejo še dodatno težo  njegovemu nedavnemu prispevku v New York Timesu, kjer opozarja na grožnje, ki prihajajo lahko tudi iz svetovnih raziskovalnih ustanov. Grožnje zaradi nevarnosti razširjanja kužnih bolezni iz laboratorijev. Celo najuglednejši niso varni pred napakami, kot je bilo predstavljeno tudi že na tem blogu >tukaj in >tukaj.

V podporo svaril, ki prihajajo iz različnih virov je N.Y. Times nedavno objavil še nov dokaz malomarnega ravnanja z najnevarnejšimi mikroorganizmi. V laboratoriju Nacionalnih institutov za zdravje (National Institutes of Health) v Bethesdi so našli epruvete z oznako, da vsebujejo virus črnih koz, kar je kasneje potrdila preiskava v CDC. Zadeva je toliko resnejša, ker gre za vrsto patogenega dejavnika, ki ga, potem ko so bile črne koze kot bolezen v svetu iztrebljena, smejo nadzorovano hraniti zgolj v dveh svetovnih laboratorijih, v ZDA in v Rusiji.        

Dogodki v CDC opozarjajo

Ob nedavnem varnostnem spodrsljaju v ameriških CDC laboratorijih, ki sem ga že omenil, zdaj mediji poročajo o nadaljnjih nerodnostnih v tej vrhunski in referenčni instituciji v preteklih letih. Poročila naj ne bi sprožala preplaha, bodo pa gotovo dobro navodilo za vse podobne ustanove pri preverjanju njihovih lastnih praks.

Ebola ne odjenja

Tokratni izbruh ebole postaja največji v beleženi zgodovini te bolezni, poroča v najnovejšem sporočilu ameriška zvezni institut CDC. Potem ko so bili 21. marca letos javljeni prvi primeri bolezni v Gvineji se je nekaj jasneje pojavila bolezen še v sosednji Liberiji in potem še v državi Sierra Leone. Na dan 18. junija je reagistriranih 528 primerov z 337 smrtnimi izidi, kar pomeni 64% smrtnost. Doslej največji izbruh je bil v letih 2000 in 2001 v Ugandi z 425 primeri in 53% smrtnostjo. WHO je zaradi resnosti položja tokrat že tudi zaprosila za pomoč organizacije, ki imajo ekspertizo in kadrovske kapacitete, da podprejo lokalne oblasti pri koordinaciji ukrepov. Velika problema sta dolgo zadrževanje virusa v preživelih in načini oskrbovanja umrlih pri lokalnih obpogrebnih navadah. Ena od neznank tokratnega izbruha je njegov izvor; kaže, da so primarni vir rastlinojedi netopirji, kasneje pa se seveda bolezen prenaša ob nezaščitenem stiku s telesnimi tekočinami obolelih.

Nesreča nikoli ne počiva

Mediji so nas presenetili z nenavadno vestjo o nesreči, ko je bilo pred dnevi v CDC laboratorijih v Atlanti (ZDA) 75 raziskovalcev izpostavljenih potencialni okužbi z živimi bakterijami Bacillus anthracis.  Nesreča naj bi se zgodila ob prenosu bakterij iz laboratorija z visoko zaščitno stopnjo v laboratorij z nižjo varnostno stopnjo, pri čemer pa mikrobne celice niso bile ustrezno inaktivirane. Vse sodelavce, ki so bili potencialno ogroženi, so zaščitili z antibiotikom in z antraksovo vakcino. 

Rokovanje in zdravje…

Naletel sem na zanimiv zapis, v katerem avtor predstavi razmislek čemu bi se naj v zdravstvenih ustanovah ljudje izogibali rokovanja. Res je, da je nudenje roke star civilizacijski običaj, ko s ponujeno neoboroženo roko želimo zbuditi zaupanje pri tujcu oz. obiskovalcu. Rokovanje je s časom nadgradilo miroljubni pomen še z dobronamernostjo. Ta gib brez dvoma vsebuje pomirljivo konotacijo, s katero prav zdravnik pri pacientu izzove zaupanje in mu na nek način tudi posreduje občutenje sočutja. In vendar je prav koncentracija patogenih dejavnikov v okolju zdravstvenih ustanov dovolj tehten argument, da je izogibanje rokovanju vendarle izbira manjšega zla proti riziku, ki so mu ljudje v tem okolju izpostavljeni. Prenos infekta z rokami je pač ena najpogostejših oblik njegovega razširjanja.           

Ko je pri cepilni zaščiti javno pred zasebnim…

Z užitkom sem prebral zapis Jennifer A. Anyaegbunam na blogu KevinMD.com. Navdušilo me je zavedanje poslanstva nekoga, ki je, kot sama navaja, še študentka medicine pa je kot kaže že v stiku s pacienti in jim pogumno skuša pomagati pri odločanju za vakcinalno zaščito. Posebno pozorno in pravzaprav s presenečenjem sem prebral tudi povezan komentar dopisnika LAT Michaela Hiltzicka, cit.: “The lesson of all this is that vaccination is not an individual choice to be made by a parent for his or her own offspring. It’s a public health issue, because the diseases contracted by unvaccinated children are a threat to the community”,  ko pogumno postavi javni interes pred zasebnega in ostro napade protivakcinalne aktiviste, ki jim daje hrbet relativno liberalna praksa vakcinalne zaščite v ZDA.

Novorojenčki se ne rodijo sterilni

Skozi celotno 20. stoletje je veljalo, skoraj kot dogma, prepričanje, da se novorojenčki rojevajo sterilni. Da jih naselijo prvi mikroorganizmi šele pri prehodu skozi porodni kanal in seveda kasneje, ob stiku s širnim svetom. Carl Zimmer nam zdaj na svoj značilni poljudni način predstavi razvoj povsem drugačnega razmišljanja v svojem članku v NYT.

Sprašujem pa se, ali bomo zdaj morali revidirati rezultate številnih raziskav na brezkličnih živalih iz prejšnjega stoletja, ki so bile osnova t.i. reje gnotobiotskih preskusnih živali.

S spletom na kongresu ASM v Bostonu

Na FB spletni strani Microbeworld lahko spremljate video pogovore o težiščnih temah na letošnjem kongresu Ameriškega mikrobiološkega društva v Bostonu.

Osebni genomski projekt (PGP) raste

Ameriški osebni genomski projekt (Personal Genome Project – PGP) uspešno raste, kot lahko preberemo v NYT. Potem ko je leta 2005 pričel z 10 udeleženci (med njimi so bile tudi znane osebnosti) jih je danes vključenih že 3.360. V projekt želijo vključiti 100.000 prostovoljcev. Njihovi podatki: genetski, mikrobiomski, zdravstveni in drugi bi bili javno dostopni, seveda ob zakriti identiteti.

Cepljenje je tudi za odrasle

40.000 ljudi umre letno v ZDA zaradi bolezni, proti katerim se bi lahko zaščitili s cepljenjem, nam pove kratek prispevek na strani Ameriškega društva za mikrobiologijo – ASM. Ne bi govoril v tem trenutku o razlogu, ki je gotovo močan in je posledica nerazumnega aktivizma proticepilcev. Dobršen del razlogov je še vedno vezan tudi na neznanje, ker ljudem manjkajo odgovori na nekatera ključna vprašanja:

• Kaj so cepiva in kako delujejo?
• Čemu se morajo cepiti tudi odrasli?
• Kako cepljenje odraslih pripomore k zdravju naših otrok?
• Ali so cepiva varna in kako to vemo?

Na omenjeni spletni strani si lahko ogledate poročilo Adult Vaccines – A Grown Up Thing to Do, kjer najdete odgovore na ta vprašanja.

CDC portal s podkasti

Včasih kakšnemu tekstu raje prisluhnem, kot ga preberem. Posebno koristni pa so posnetki govorjenega teksta, kadar nam je branje oteženo npr. na potovanju, ob neugodnih svetlobnih razmerah ali ob ne premočnem a motečem hrupu v okolju. Takrat so dobrodošli govorjeni teksti, ki jih najdemo v različnih podkastih. Tak koristen naslov za podkaste o zdravstvenem varstvu najdete na CDC spletu na njihovi strani Podcasts at CDC. Nekaj prav koristnih posnetkov sem našel tam. 

Kaj je mikrobiom že prinesel?

Naj se lotim razmišljanja o mikrobiomu, predvsem o njegovi komponenti v prebavilih, bolj pragmatično; deloma zato, ker celotnega biokemijskega ozadja presnovne fiziologije ne obvladam dovolj, da bi ga lahko uporabljal v argumentaciji, na drugi strani pa pogrešam v razpravah na trenutni ravni znanja premalo posluha za splošno evolucijsko presojo fenomena. Tudi v luči vpliva prehranskih vzorcev naših prednikov. Je pa nekaj točk, kjer se že z današnjo ravnijo znanja o mikrobiom(u)ih lahko okoristimo, celo ukrepamo. Zlasti ker je vloga mikrobioma v evoluciji vseh simbiontsko odvisnih organizmov (takšna pa so pravzaprav vsa organizemska občestva) nedvomna. Prepričan sem, da je odhod novorojenčka iz startnega bloka na njegov življenjski kros nujno potrebno podpreti s čim kvalitetnejšim mikrobiomom. Na današnji ravni znanja velja, da je najboljši mikrobni vcepek tisti, ki mu je zagotovljen s strani matere ob klasičnem porodu, nato pa v nadaljevanju z dojenjem, jutri pa bo to morda že determiniran farmacevtski pripravek. Druga, dovolj realna uporabnost novih znanj je uveljavitev spremembe doktrine pri uporabi antibiotikov in podpora antibiotske terapije s pro/preobiotično spremljevalno terapijo, čeprav je ta cilj bolj vprašljiv, saj že ima karakteristike poseganja v »black box«. Tretja domena uporabnih rešitev je vključevanje pro/prebiotskih pripravkov v zdravljenje disbiotičnih stanj (naj omenim samo obetavne rezultate s fekalnimi transplantati). Tu, kot v prejšnji kazuistiki, je v dragoceno pomoč mogoče vključiti mikrobno profiliranje črevesne vsebine, ki je v svetu že marsikje del diagnostične palete (http://www.gdx.net/product/10150). Četrta pa je danes zelo popularno, empirično prilagajanje prehranskih modelov, kjer je seveda black box riziko še toliko večji. Značilen primer razhajanja v pristopu je soočanje različnih modelov od »low carb«, preko vegetarijanskih do veganskih diet. Vse te seveda imajo učinek, saj je dokazljivo mogoče s prehranjevanjem spreminjati mikrobiom, celo relativno hitro, vendar končne napovedi učinkov na meta nivoju, vključno s sicer zelo zanimivimi, a vendarle vprašljivimi fenomeni na »gut-brain axis« so neprepričljive. Razne zelo fiksirane prehranske »promikrobiomske« sheme so še vse premalo podprte s statistično analitiko.

Vedno poudarjam, da me navdušuje intenzivnost raziskovanja mikrobioma, vendar moramo zaradi izkušenj pri podobnih »hype« projektih vključiti varovalke. Najprej, da se ne povampirijo različni »zaslužkarji« saj tudi znanost ni cepljenja proti tej nevarnosti. Nato, da ne nastane na tej točki nekritično »verovanje«, ki nujno potem pripelje do različnih prerokov, ti pa lahko naredijo dobri nameri veliko škodo. Zlasti v ZDA so npr. na tem področju zacveteli številni projekti; nič ni hudega da so konkurenčni, saj konkurenčnost izčiščuje, vendar projekti niso vedno enako kvalitetno preverjeni v tezah. Zaradi tega pa bo zopet lahko, ob delnih polomijah, ki bodo nujna posledica, trpela sama osnovna ideja. Težava pri vseh genomskih projektih je, da so neenakomerno podprti z metodološkim znanjem. Tak je npr. problem s človeškim genomom ter uvajanjem njegove rabe v personalno medicino in nekaj podobnega lahko pričakujemo v njegovem nadaljevanju, v mikrobiomskem projektu. Izjemno hitro razvijajoče tehnike sekveniranja so navrgle ogromne količine podatkov, ni pa še na voljo dovolj kvalitetnih metod za obdelavo teh »big data« podatkovnih baz, ki bi zadovoljivo odgovorile na bistvena vprašanja »vzrok – posledica«.

Izbruh ebole v R. Gvineji

Pri izbruhu hemoragične mrzlice v Republiki Gvineji (nekdanji francoski Gvineji) naj bi po potrditvah francoskega laboratorija iz Lyona šlo za ebolo. Prvi primeri bolezni naj bi bili registrirani 9. februarja. Po obvestilih gvinejskih oblasti naj bi doslej  v prefekturah Gueckedou in Macenta zbolelo 89 ljudi, umrlo pa jih je 59. Na pomoč je priskočila tujina, predvsem iz skupine Zdravnikov brez meja, ki je na področje poslala ekipo 24 zdravnikov in drugega zdravstvenega osebja. Pojavil se je že sum, da so se pojavili primeri tudi že v sosednji Republiki Siera Leone zaradi tesne povezanosti obeh gospodarstev. Bolezen je izjemno kužna in zanjo je značilna velika smrtnost, ki lahko presega 80% obolelih.

Kaj skriva Twitterjeva značka #microbiome

Študija v reviji Gut razkriva prve znake, da so morda bakterijski proteinski signali povezani s Chronovo boleznijo, kar ponuja nove poti v molekularni diagnostiki.

Če bomo upoštevali, da povsod z nami sobivajo in da nas po številu lastnosti in učinkov močno presegajo mikoorganizmi našega bivalnega okolja, ga bomo morda poslej znali učinkoviteje načrtovati za naše potrebe. Od izbire gradbenih materialov, do načrtovanja ogrevalnih in ventilaciskih sistemov do spremembe bivanjskih navad in higienskih normativov, kot to predstavlja prispevek v reviji Wired.

Odlična video predstavitev dogajanja v imunski obrambi črevesne sluznice v povezavi s kronično vnetno črevesno boleznijo iz revije Nature Immunology.

V obsežnem pregledu podatkov iz 15 samostojnih študij izstopa podatek o močni povezavi med rojstvom s carskim rezom in povečanim BMI, povečano težo in debelostjo v odrasli dobi. Ker število carskih rezov v svetu narašča je vredno odkriti razloge tega pojava, ki bi med drugim lahko imel vzrok tudi v različnem mikrobiomu pri vaginalnem ali pri rojstvu s carskim rezom.

Med desetimi najbolj izpostavljenimi tehnologijami, ki bodo oblikovale prihodnost najdemo tudi terapevtike, ki temeljijo na humanem mikrobiomu.

Nekaj novičk z geslom “mikrobiom”

V okviru OpenBiome nastaja v ZDA prva banka črevesne vsebine, ki bo oskrbovala bolnišnice z nadzorovano črevesno mikrobioto za zdravljenje pacientov okuženih z bakterijo Clostridium difficile. Ameriška afencija FDA pripravlja standarde za uporabi tega specifičnega biološkega zdravila (t.i. fekalnega transplantata).

Obsežnejšo razpravo o dilemah fekalne transplantacije in priprave fekalnih transplantatov (ali naj se obravnavajo kot “zdravilo” ali kot “organ”)  ponuja članek izpod peresa M.B. Smitha in sod. v reviji Nature.

Že nekaj časa vemo, da prehranska sestava vpliva na sestavo črevesne mikrobne združbe, ki pomembno sodeluje v prebavi. Novejše raziskave odkrivajo, da je prilagajanje prebavne mikrobiote precej hitro. Razvojno je seveda, zlasti ob spreminjajoči ponudbi in skromni oskrbi s hrano bilo za človeka ugodno, če se je mikrobna združba hitro prilagodila in tako pospešeno zagotavljala dober izkoristek hranil.

Suzuki in Woobey sta želela preučiti vpliv geografske lokacije na sestavo črevesne mikrobne flore. Ugotavljata pozitivno korelacijo pri predstavniki Firmicutes in negativno korelacijo pri predstavnikih skupine Bacteroidetes in zemljepisno širino. To je v skladu s t. i. Bergmanovim pravilom, po katerem naj bi se človek prilagodil na hladnejši klimat s povečanim indeksom telesne mase. Pri človeku naj bi bila namreč debelost povezana s porastom firmikutov in zmanjšanjem števila bakteroidet v črevesu.

Wiley Online Library je pripravila zbirko odprtodostopnih člankov iz letnika 2013 njihove revije Neurogastroenterology & Motility, ki obdelujejo tematiko prebavnega mikrobioma.

OD revija MicrobiologyOpen v ISI ocenjevanju

Revija MicrobiologyOpen, ki jo izdaja založnik Wiley in je namenjena objavljanju odprtodostopnih (OD) prispevkov je uvrščena v ocenjevanje vpliva po ISI lestvicah. S tem je seveda postala še bolj zanimiva za vse avtorje, ki morajo med razlogi za izbiro revije upoštevati tudi vrednotenje za karierne potrebe, kot to določajo npr. kriteriji naše agencije ARRS, želijo pa objavljati v OD. Revija MicrobiologyOpen objavlja vrhunske prispevke v vseh področjih mikrobiološke znanosti, zagotavlja hitro objavo in omogoča odprtodostopno licenco CC BY.

6. Slovenski mikrobiološki kongres, 2014

Kot kaže se nam v septembru letos obeta na Bledu 6. Slovenski mikrobiološki kongres, skoraj na mesec natančno po 21 letih od prvega kongresa, ki smo ga imeli med 24. in 27. septembrom 1993 prav tako na Bledu. Sledili so: 2. kongres SMD 1998 v Portorožu med 27. in 30. septembrom 1998; pod okriljem 1. kongresa FEMS  v Ljubljani med 29. junijem in 3. julijem leta 2003 je tekel tudi 3. kongres SMD. Nato smo imeli 4. kongres SMD z mednarodno udeležbo v Portorožu med 19. in 22. novembrom 2008 in sledila je skupna prireditev Slovenskega biokemijskega društva (9. kongres) in Slovenskega mikrobiološkega društva (5. kongres) 12. do 15. oktober leta 2011 v Mariboru.  

Predavanje

Iz SMD sporočajo:

VABILO NA PREDAVANJE
Dr. Magdalena Krzymowska: Molekularni dialog med iznajdljivima nasprotnikoma: rastlino  in patogeno bakterijo."

Nacionalni inštitut za biologijo
Biološko središče v Ljubljani,
sreda, 5. 2. 2014, ob 15.00

Rak kolona in mikrobiom

Vincent Racaniello in njegova tokratna sodelavca (M. Schmidt in M. Swanson) skušajo na portalu s podkasti TWiN (This Week in Microbiology)  v tem tednu z več prispevki razložiti kako mikrobiom prebavil uravnava tumorigenezo v debelem črevesu in kako  mikrobni presnovek butirat sodeluje pri delovanju makrofagov v prebavilih. 

Nekaj minut za boljši strokovni jezik

Vabim vas prebiranju kritičnega zapisa in k sodelovanju s komentarji.

Predavanje 20. jan. 2014

Predaval bo:
Profesor dr. Kevin Foster
“Cooperation and competition in microbial communities”
Department of Zoology, 
University of Oxford, UK

Predavanje bo v ponedeljek, 20. 1. 2014 ob 9:00h
v predavalnici B5, Biološko središče, Večna pot 111, Biotehniška fakulteta, UL

Povezava na Fosterjev laboratorij, kjer dobite dodatne informacije o njegovem raziskovalnem delu: http://zoo-kfoster.zoo.ox.ac.uk/
Vabi  prof. dr. Mandić-Mulec, Katedra za mikrobiologijo - Biotehniška fakulteta  in SMD. 

2014 – naj izpolni pričakovanja!

Moja blogarija na Mikrob(io)logu ni bila zelo obilna v preteklem letu. Začelo se je sicer zelo obetavno, z najavo nove izdaje Slovenskega mikrobiološkega slovarja na portalu Termania. Ta zdaj že učinkovito deluje. Kar pogrešam, je vključitev uporabnikov v njegovo dopolnjevanje. Hvaležen bi bil za vsak namig za bogatenje mikrobiološke terminologije ali pa seveda za kritiko obstoječega. Za ta namen je na voljo poseben MISLO blog, kjer lahko s komentarji sodelujete pri delu terminološke komisije Slovenskega mikrobiološkega društva. Kasneje v letu sem na blogu obvestil tudi o novem slovarskem portalu ASPlus firme AMEBIS, ki vključuje tudi uporabo našega slovarja.

Na blogu sem se kar nekajkrat ustavil pri tematiki, ki je tudi sicer v sodobni mikrobiološki literaturi zelo prisotna. Namreč obravnava človekovega mikrobioma; tak je bil zapis Mikrobiom in diabetes, pa zapisi Tisoč milijard celic, EdYoung o mikrobiomu  (>1   in >2), Enteromamarno vzpostavljanje dojenčkovega mikrobioma?  in Mikrobi iz ust vpleteni v karcinogenezo?. Sicer sem nekaj vsebin posvetil virusom (>1, >2, >3, >4, >5 in >6) in pa seveda moji priljubljeni temi -  vakcinaciji (>1, >2, >3).

Ob koncu leta seveda nisem mogel mimo osrednjega dogodka slovenske akademske mikrobiologije, 20. obletnice študija mikrobiologije na UL (>1, >2). Upam samo, da bomo lahko materiale iz Zbornika kmalu imeli tudi v spletni obliki, kar organizatorji Akademije obljubljajo.