Etika in sintezna biologija

O tem, kako presoja raziskave v sintezni biologiji bioetična komisija ameriškega predsednika Obame govori njena predsednica profesorica Amy Gutmann. 

Ali se izražamo razumljivo

O tem, ali se v strokovnem pisanju, konkretneje v mikrobioloških tekstih, vedno ustrezno izražamo, nas skuša opozoriti znani mikrobiolog in pisec Bernard Dixon. Nekatere njegove pripombe o slabi rabi so seveda vezane na specifično uporabo v angleškem jeziku, nekaj pa je tudi takih, na katere lahko naletimo tudi v drugih jezikih. Tako lahko brez dvoma pritegnemo njegovemu ugovoru proti uporabi sintagme “genetska koda” (v odvisnosti od smisla tudi “genska koda”) namesto “kodiranega zaporedja v genomu”, ker ga je občasno mogoče zaslediti v tudi v našem popularnem žurnalističnem pisanju. Zelo umesten je tudi Dixonov pomislek o preveč razširjeni rabi pojma “supermikrob” (v angl. “superbug”), ker ga uporabljajo za označevanje zelo različnih mikrobnih lastnosti pri čemer je bralca lahko samo zbegan. Tako nekateri s tem pojmom opisujejo mikroorganizme, ki so prilagojeni na življenje v ekstremnih okoljih, drugi posebno patogene mikroorganizme in tretji zopet take, ki so odporni na večino antibiotikov. Dixonu lahko pritegnemo npr. tudi pri zavračanju besede “metodologija” namesto “metoda”, ker je prva pač brez potrebe pompozna. V zaključku svojega zapisa Dixon zelo korektno prizna, da je vendar treba tudi pri presoji izražanja v stroki upoštevati razvoj jezika, vendar ne na škodo poglavitne naloge jezika. Najprej so poskusi spreminjanja izrazov lahko majhni in zato nepomembni, drugi pa lahko izboljšajo izpovednost besed in s tem razumljivost teksta. Tudi ni nič narobe, če iščemo nove, izpovednejše besede, s tem pa, da jih uvajamo v rabo npr. za določen pojav ali lastnost s potrpežljivostjo in doslednostjo. (Hvala kolegu dr. Odiču, ker me je opozoril na Dixonov članek).

Bakterije z “repom”

Ob vseh doslej znanih načinih bakterijskega gibanja (z bički, s polzenjem…) so pri nekaterih patogenih bakterijah, takih, ki prodirajo v celice gostitelja, odkrili poseben način premikanja, ki temelji na izkoriščanju znotrajcelične strukture gostiteljevih aktinskih vlaken. Bakterije proizvajajo posebno beljakovino, znano kot faktor za podporo nukleacije (nucleation-promoting factors). Ta poveže celična aktinska vlakna v snop, ki ostaja izza bakterije kot rep in nekako potiska bakterijo naprej. Princip lepo predstavljata tako risba kot tudi mikrofotografija v katerih so bakterije rdeče obarvane in aktinski repki zeleno. 

Človekovo mesto

Tokrat predlagam, da sprejmemo igro, ki nam jo ponuja revija Discover in si v obliki urbane metafore Človekovega mesta (Humanville) ogledamo naš mikrobiom. Pojem “mikrobiom” se je danes uveljavil za “predstavitev vseh mikroorganizmov, njihovih genestkih elementov (genomov) in okoljskih interakcij v definiranem okolju (wikipedija).

Članek na simpatično poljuden način predstavi značilno razliko v mikrobiomih tudi sorodnejših organizemskih vrst in uveljavi tezo, da je  njihova sestava v pomembnem delu odvisna od vrstne narave osebka. Raziskave mikrobnih združb Goriljega mesta, Šimpanzjega mesta in Bonobovega mesta kažejo značilna odstopanja od mikrobioma Človekovega mesta in odražajo evolucijsko pogojen razvoj gostiteljev.

Mikrobiologija od včeraj za jutri

Pod gornjim geslom je včeraj Slovensko mikrobiološko društvo SMD v Cankarjevem domu proslavilo 50 let obstoja. Zbor je pozdravila tudi soproga predsednika republike, gospa Barbara Miklič-Türk in popestrila dogodek z drobci spominov na svojo mamo dr. Danico Miklič, četrto predsednico društva. Slavnostni govornik je bil predsednik SAZU prof. dr. Jože Trontelj s temo o etičnih vidikih raziskovanj v biomedicini. Poleg prispevkov o zgodovini društva in o izobraževanju mikrobiologov smo lahko prisluhnili kolegom, ki so s predstavitvijo najodmevnejših raziskav zadnjih let identificirali ključna področja znanosti in stroke, kjer se udejanja mikrobiologija: v okoljskih vedah, v živilstvu, v zdravstveni zaščiti rastlin, živali in človeka in v biotehnologiji. Okrogla miza je sledila ob nizanju današnjih izkušenj rdeči niti, kako še doreči prihodnji strokovni in poklicni profil mikrobiologov.

Akademijo je zaključila podelitev tradicionalnih priznanj, Plenčičevih priznanj in Plenčičevega odličja SMD. Naj se tudi po tej poti še enkrat svojim strokovnim kolegicam in kolegom zahvalim za podelitev Plenčičevega odličja, “za življenjsko delo na pedagoškem področju mikrobiologije” kot je zapisano v obrazložitvi. In zahvalim naj se za priložnost, da sem lahko član tako imenitnega slovenskega mikrobiološkega občestva.

Ultra-mega-maksi bioplinska naprava

Kitajska je velika država. In loteva se velikih projektov. Ob vsej spoštljivosti do “velikega” pa mi vendarle ostajajo “majhni” pomisleki k projektu trenutno največje bioplinske naprave na svetu, temeljene na obdelavi odplak iz goveje farme Huishan v pokrajini Liaoning na severovzhodu Kitajske z 250.000 (!) živalmi. No, pravzaprav naj bi v napravi anaerobno obdelovali gnojevko od samo 60.000 živali. Pomisleke imam lahko predvsem zato, ker nimam podatkov o podrobnostih te tehnologije. Pridobljeni bioplin bodo pretvarjali do električne energije; te naj bi bilo za 37.639 MWh letno. Na napravi naj bi pridelali tudi 619.770 ton gnojil in zmanjšali ogljikov izpust za 180.000 ton. Žal ni podatka npr. o izbrani tehnologiji za pripravo gnojila; če je to zgolj pregnita gnojevka se bi najprej vprašal o ekonomičnosti rešitve zaradi potrebnih površin ob predpostavki razdalj za razvoz gnojevke na teh površinah.

Ali biologija izgublja intuitivno razumljivost?

Če se vam zdi ta stavek nenavaden prisluhnite video klipu Nobelovega nagrajenca Paula Nursea in razumeli boste od kod prihaja to vprašanje.

50 let Slovenskega mikrobiološkega društva

S slavnostno akademijo 24. novembra 2010 v ljubljanskem Cankarjevem domu bo Slovensko mikrobiološko društvo praznovalo 50 let svojega delovanja. Na spletu SMD najdete vabilo in program prireditve.

Nova Microbe Library

Ameriško mikrobiološko društvo (ASM) je nekoliko spremenilo izgled in uporabo svojega učnega portala Microbe Library. Ker so ga ločili od revije Journal of Microbiology & Biology Education (JMBE) ima zdaj status odprtodostopnega spleta, za uporabo katerega se morate zgolj registrirati. V zbirkah Atlas, Protocol in Visual bodo tako učitelji kot študenti našli veliko vsebin koristnih za pouk mikrobiologije. 

Koreninski internet

Preko 80% rastlinja ima korenine poseljene z nitjem, ki ga spletajo glive. Nitasta struktura, ki ji pravimo mikoriza, zajema iz tal minerale in vodo in del posreduje rastlini v zameno za druge hranilne sestavine. Zdaj pa odkrivajo še morebitno novo nalogo, ki bi jo naj imela ta mreža, namreč sporočanje med rastlinami; v konkretnem primeru naj bi šlo za aktiviranje obrambe pred parazitskim napadom. Dosedanja opazovanja še nimajo odgovorov, obeti pa so zanimivi.

Kam je vsa…nafta…šla?

Tudi znanost še vedno išče ostanke katastrofalnega naftnega razlitja v Mehiškem zalivu. Del je brez dvoma bil zajet, del je mogoče najti v priobalju in na obalah, del nafte je v podvodnih “oblakih”, nekaj nafte je izhlapelo, del pa je vendarle že vstopil tudi v prehransko verigo morskega življa. Skupina raziskovalcev iz Alabame odkriva pot nafte, ki so jo presnovili mikroorganizmi in jo je zdaj na osnovi značilne strukture ogljikovih spojin mogoče slediti vzdolž prehranske verige, od bakterij, preko planktonskih organizmov vse tja do višjih organizmov, rib in morskih sesalcev. Sedanja študija seveda nima ambicij presojati vse ev. toksične in druge okoljske učinke, slej ko prej pa bo ta vidik deležen pozornosti v nadaljevanju njihovih in drugih raziskav.

Rezultati iGEM 2010

Zdaj si lahko ogledate tudi končno listo vseh nagrad na letošnjem iGEM tekmovanju. Slovenski izplen je res izjemen!

Odmevi slovenske iGEM zmage v blogosferi

V blogosferi (manj v klasičnih medijih) že odmeva izjemna slovenska zmaga na tekmovanju iGEM 2010:

http://leokinmann.blogspot.com/2010/11/at-231pm-randy-said-igem-2010-will-be.html

http://biocamp.blogspot.com/2010/11/igem-2010-winner-slovenia-team.html

http://24ur.com/novice/slovenija/med-najboljsimi-so-bili-zopet-najboljsi-slovenci.html

http://www.synthesis.cc/2010/11/igem-2010-slovenia-wins.html

http://www.reddit.com/r/biology/comments/e30cx/finalists_of_international_genetically_engineered/

iGEM znova slovenski

Kot je bilo mogoče pred nekaj minutami prebrati na Twitterju je slovenski ekipi na iGEM 2010 znova uspelo osvojiti Veliko nagrado. Čas je, da začnemo govoriti o SLOVENSKEM FENOMENU. Iskrene čestitke vsem, ki so zaslužni za ta izjemen uspeh!

In če si boste ogledali celoten potek glasovanja za nagrade, boste videli, da je uspeh še večji.  

iGEM 2010

Tudi letos (med 6. in 8. novembrom) se na MIT borijo študentske raziskovalne skupine iz vsega sveta na tekmovanju iGEM. In tudi letos so zraven slovenski študenti pod vodstvom izkušene mentorske ekipe pod vodstvom prof. Romana Jerale. Na zemljevidu si lahko ogledate od kod prihajajo letošnje ekipe, skupaj jih je 128. Dogajanje lahko spremljate tudi preko Twitterja. 

Družabna omrežja pomagajo napovedovati epidemije

Družabna omrežja nam res lezejo pod kožo. Z njimi si med drugim povečujemo število sodelavcev v svojih hobijih. Moja FB prijateljica Vesna mi je npr. pravkar posredovala povezavo do izjemnega video klipa, ki bi ga morda sam zgrešil. To je, zanimivo, video iz TED konference (Nicholas Christakis: How social networks predict epidemics) in se ukvarja prav s socialnimi omrežji, konkretneje o tem, kako je s spremljanjem omrežij mogoče napovedovati razširjanje različnih epidemičnih pojavov, npr. od bolezenskih stanj do razširjanja inovativnih idej. Človeka prisili v globok razmislek…

Polio v Kongu

Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) objavlja zaskrbljujočo vest. V novici iz letošnjega 4. novembra lahko preberemo o pojavu 120 paralitičnih primerov in 58 smrtnih primerov poliomielitisa v republiki Kongo, večinoma, po današnjih podatkih, pri mladih med 15. in 25. letom starosti. Izbruh predstavlja seveda hud izziv za organizacijo The Global Polio Eradication Initiative, ki ima med dolgoročnejšimi cilji tudi globalno izkoreninjenje poliomielitisa po vzoru črnih koz.