Kateri sev?

Včerajšnji The Scientist poroča; citiram prevodno (in s tem razširjam svoj včerajšnji zapis):
”…Medtem so na Univeri Columbia bioinformatik Raul Rabadan in kolegi primerjali sekvenčne podatke virusa influence, ki je okužil stotine ljudi v Mehiki in drugje z več kot 10.000 virusnimi sekvencami v bazi NCBI (National Center for Biotechnology Information). V nasprotju z nekaterimi navedbami v medijih, ki so označili sedanji sev kot mešanico prašičjih, ptičjih in človeških virusov pravi Rabadan, da izgleda kako je virus bolj podoben prašičjemu. "Najbližje sorodnike temu virusu najdemo pri prašičih," pravi Rabadan in dodaja, da je največji del virusa podoben virusu predhodno izoliranemu v Severni Ameriki, da pa ima drug del virusa azijski ali evropski izvor. Rabadan pravi, da se je del sedanjega virusa razvil v prašičji virus po “trojnem prerazporejanju” ("triple reassortment") v katerem so se povezali ptičji, humani in prašičji virusi v prašiču – to se je najbrž zgodilo leta 1998, vendar so vsi segmenti sedanjega virusa prašičjega izvora.

Čeprav so rezultati predhodni, Rabadanovo delo pomaga pri oblikovanju popolnejše genetske slike novega virusa, ko se hitro približuje potreba po razvoju vakcine. Dobra genetska karakterizacija novega virusa, ki se prenaša s človeka na človeka in za katerega kot kaže ne obstaja predhodna imunost, bo odločilna v prihodnjih tednih…”.

Zaskrbljenost raste, vprašanja ostajajo

Trenutno nadlogo, ki je v zadnjih dneh pridobila vodilno mesto v novicah, prašičjo gripo, občasno spremljajo tudi alternativne razlage izvora. Blogerki Darji bi rekel, da so seveda mogoči različni scenariji, težko je zavrniti npr. podmene o zlonamerni konstrukciji patogenega agensa, vendar dokler ni tehtnejšega dokaza je brez pomena dodatno vznemirjati javnost. Zlasti težko je sprejeti namige o vpletenosti farmacevtskih firm, saj bi ta morala biti temeljena na skrajno izprijeni in zavržni odločitvi, katere posledic tudi ni mogoče predvideti.

Dovolj je možnosti, da razvoj virusa s katerim se trenutno srečujemo pojasnimo s povsem biološkimi mehanizmi, kot o različnih možnostih razpravlja članek v New Scientistu. Pravkaršnja novica celo zamenjuje dosedanje navedbe o kombinaciji več virusov različnih gostiteljev in naj bi šlo zgolj za rekombinacijo dveh prašičjih virusov influence. Še marsikatero presenečenje nas najbrž čaka, upajmo le, da bo genski prstni odtis virusa razložil tudi njegov izvor in poti njegovega razširjanja ter pridobivanja patogenosti.

Pozabiti ne smemo, da je medijski pretok blagoslov in prekletstvo obenem, dobro o tem govori tale članek.

Časovnica prašičje gripe

Časovnica o gibanju prašičje gripe, kot jo je objavil Guardian danes.

Zanimivo grafično časovnico najdete na Googlovem zemljevidu o prašičji gripi H1N1. Lokacije primerov pa predstavlja tale zemljevid.

Jonathan A. Eisen na svojem blogu The Tree of Life objavlja povezave do nekaterih za temo relevantnih člankov na PLoS.

Nekaj nasvetov o ravnanju v izrednih razmerah, kot bi bil npr. izbruh pandemičnega obolenja.

Forumske novice in poročila o gripoznih pojavih v svetu.

Vse podatke sem pridobil iz Twitterskih objav.

O prašičji gripi

Nekaj najnujnejših informacij o prašičji gripi najdete na blogu MicrobiologyBytes.

Ameriški CDC aktualno sporoča novice o dogajanju na posebni spletni strani. 

“Prašičja gripa”

Kdor želi spremljati aktualne novice o prašičji gripi na Twitterju naj se poveže na Twitterfall.

Matematika za mikrobiologe

Vsekakor velja prebrati tale zapis, zlasti pa ga priporočam vsem tistim študentom in diplomantom mikrobiologije, ki še vedno niso čisto prepričani, da je koristno, ker imajo v kurikulum vključeno tudi matematiko.  

iGEM09

Iz Twitterjeve vestičke sklepam, da bo tudi letos organizirano iGEM tekmovanje. Ni še glasu, ali se bo prijavila kakšna slovenska ekipa. Ob tem pa si je prijetno pogledati utrinke iz zmagoslavja preteklih let. Na spletu sem našel tudi tale video klip intervjuja kolegice Alje Oblak iz skupine iGEM 2006.

Raziskovalci si pomagajo

Splet Scientist Solutions je pravzaprav registrirana firma Scientist Solutions Inc., ki je nastala leta 2004 z namenom podpreti razvoj znanosti in biotehnologije. Za ta namen so razvili forumsko spletno stran t. i. “Board”, na kateri naj bi raziskovalci izmenjevali ideje in informacije. Scientist Solutions Board vsebuje 40 kategorij znanstvenih disciplin, ki so nato še globlje razdeljeni v diskusijske forume, kjer tečejo razprave, izmenjujejo se ideje in rojevajo se sodelovanja. Dogajanje na spletu lahko spremlajte tudi na Twitterju SciSolutions, registriranim uporabnikom pa je omogočeno tudi delovanje na blogih.

Sam sem pokukal na forumsko skupino “Microbiology” in lahko rečem, da je polna zanimivih tem in diskusij.

Current Protocols

Imeniten portal za vse laboratorijske zanesenjake, tale Current Protocols. Nudi uporabne povezave do originalnih virov različnih laboratorijskih protokolov s pomočjo dostopa preko gesel (>Search), kategorij (>Categories) ali revijalnih kazal (>Titles) in seveda imate dostop tudi do uporabnih, večinoma brezplačnih orodij (>Tools). Povedati pa je treba, da je dostop do vrstniško ocenjenih protokolov mogoč samo z naročnino na ustrezne revije Wiley Interscience. In še nekaj “kulskega”: vse novosti o delovanju portala lahko sledite preko Twitterja – CPLabTweets.

Obsežno vlaganje v raziskave izginjanja čebeljih družin

Večja skupina britanskih ustanov za financiranje raziskovalnega dela, med drugim Wellcome Trust, škotska vlada, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) in Natural Environment Research Council (NERC) se je odločila za pomembno povečanje vlaganje v raziskave zdravja čebel do višine 10 milijonov britanskih funtov, kot poroča časnik Telegraph. V zadnjih letih se je število čebeljih družin v Veliki Britaniji zmanjšalo za zaskrbljujočih 15% za kar navajajo številne razloge. Med manj razjasnjenimi vzroki izginjanja čebel je tudi sindrom propadnja čebeljih družin (angl.: colony collapse disorder), katerega ozadje ni pojasnjeno. 

Čiščenje odpadnih vod z vzporednim tveganjem

Da se osnovnemu namenu pri čiščenju odpadnih vod, ki, kot vemo, je odstranjevanje onesnaženja, pridružijo lahko tudi nezaželene posledice, se jasneje kaže v novejšem času. V procesu čiščenja se lahko namreč namnožijo posebno neugodni, na antibiotike odporni mikroorganizmi. Zaradi ugodnih pogojev rasti v obilju hranil se mikrobi v procesnih stopnjah čiščenja izjemno hitro razmnožujejo, kar pa istočasno pomeni, da se lahko v populaciji hitro razširijo geni antibiotske rezistence, zlasti še, če se v odplakah znajdejo ostanki antibiotikov, kar zagotavlja selektivno prednost prav mikrobom z izraženo odpornostjo na antibiotike. V raziskavi o kateri piše Scientific American so ugotovili, da so ob izpostavljanju mikrobne združbe antibiotskemu koktailu v predhodnih fazah čistilnega procesa po tretji stopnji čiščenja sicer ugotovili pomembno zmanjašanje skupnega mikrobnega števila, da je pa bil delež na antibiotike odpornih mikroorganizmov ob izpuščanju vode v reko precej višji kot v vzorcih rečne vode odvzetih iznad čistilne naprave.

Zgodnji zapisi o mikrobih

Med zgodnješimi zapisi v slovenskem jeziku o mikroorganizmih je gotovo poglavje o bakterijah v knjigi Martina Cilenška “Naše škodljive rastline v podobi in besedi”. V delu, ki je izšlo leta 1892 pri Mohorjevi družbi v Celovcu najdemo med krdeli, kot avtor zanimivo poimenuje obravnavane rastlinske skupine, prve obdelane “Rastline škodljive (nevarne) človeku in večinoma tudi živini njegovi: Bakterije”.

Takratno razvrščanje jih je umeščalo med rastline, kar ne preseneča, saj je dolgo trajajoča predstava, da gre za organizme rastlinskega sveta tudi razlog za še danes pogost govor o mikrobni flori. Ali kot preberemo v Cilenškovem tekstu: ”Te nevidne sovražnike imenujemo bakterije, ktere niso, kakor so sprva zavoljo njihove pregibljivosti mislili, živali, temveč rastlinice, ktere prištevamo glivam.”

O zaznavanju gostote pri mikrobih

Profesorica Bonnie Bassler, mikrobiologinja na Univerzi Princeton nam v tem res prepričljivem nastopu v okviru znanih TED predavanj predstavi enega od najzanimivejših fenomenov v mikrobnem kolektivu, ki mu pravimo “zaznavanje gostote” (angl.: quorum sensing) in tudi o možnostih, kako bo ta pojav morda mogoče izkoristiti v naše dobro.

Gojimo gobe

Tokratni zanimiv Ilijev zapis me je vendarle izzval, da sem mu dodal komentar, posoljen z malo skepse…

Medicinske opojne pijače

V zbirki dnevnih novic revije Science lahko preberemo, da je dosedanje prepričanje po katerem so Egipčani uživali vino, oplemeniteno z rastlinskimi izvlečki že 1850 p.n.š. potrebno popraviti in mejo pomakniti v obdobje 3150 let p.n.š. Najzgodnejši zapisani podatki pričajo, da je človek kmalu spoznal zdravilni učinek nekaterih rastlin in njihovih izvlečkov. In nato so, kot pravi antropolog Patrick McGovern iz Univerze Pennsylvania tudi ugotovili, da če so umešali rastlinske medicinske učinkovine v alkoholne pijače, so se dlje ohranile in zaradi boljše topnosti so bile tudi močnejše v učinku.

Alternativna strategija za borbo proti malariji

Po reviji New Scientist povzemam zanimivo novico, ki bo nedvomno vzbudila polemike in po kateri naj bi odpornost komarjev izničili s pomočjo počasi delujočih insekticidov:

» Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) priporoča za obvladovanje malarije hitrodelujoče insekticide. Vendar ta sredstva preprečujejo razmnoževanje komarjev in s tem omogočajo, insektom, ki preživijo izjemno kompetitivno prednost. Ker to seveda sproža evolucijo rezistence se je Andrew Read iz Univerze Pennsylvania State odločil, da bo raziskal, kaj se zgodi, če ta selekcijski pritisk odstranimo tako, da pokončamo samo starejše insekte, ki so že odložili jajčeca. To lahko dosežemo s počasi delujočimi insekticidi, ki pa še vedno lahko preprečijo prenos malarije, ker insekt ne more prenesti parazita na žrtev, dokler parazit v štirinajstih dneh ne dozori v insektu, kar pa je že skoraj življenjska doba komarja. Ob uporabi modela je Read ugotovil, da je tak pristop »evolucijsko zanesljiv«: komarji nikoli ne razvijejo odpornosti na počasi delujoče ineskticide, ker imajo oboji, odporni in občutljivi insekti enako možnost leženja jajčec, kar seveda odstrani selekcijski pritisk, ki bi favoriziral rezistentne komarje (PLoS Biology, DOI: 10.1371/journal.pbio.1000058).

Nekateri insketicidi, ki potrebujejo tedne, da učinkujejo, kot so npr. glive, ki ubijajo insekte so bili že v preskušanju. Read verjame, da je to edini način za izkoreninjenje malarije.«

Elektrificirana ševanela

O zanimivih posebnostih energetskega metabolizma in biotehnoloških obetih pri bakterijskem rodu Shewanella (tak je pravilen latinski zapis imena) piše Ilija na svojem blogu.

Serumska glukoza poganja gorivno celico

Morda bo poslej mogoče implantirane medicinske pripomočke, kot so srčni vzpodbujevalniki ali intraspinalne elektrode za zdravljenje paralize učinkoviteje oskrbovati z energijo.

Skupina raziskovalcev na kanadski univerzi British Columbia v Vancouvru je razvila drobno mikrobno gorivno celico, v kateri inkapsulirane celice kvasovk izkoriščajo glukozo iz krvnega seruma za proizvodnjo električne energije.

Shranjevanje energije s pomočjo elektrometanogeneze

Raziskovalci Univerze Pennsylvania State so razvili rešitev za zanesljivo shranjevanje viškov alternativne energije, kot lahko preberemo v New Scientistu. Z električno energijo, pridobljeno iz vetrovnih in sončnih virov ter iz plimovanja,  s pomočjo mikrobne združbe (v njej prevladuje Methanobacterium palustre) pretvorijo CO2 v metan, ki ga je mogoče nato učinkovito skladiščiti in transportirati. S sežigom metana je nato mogoče ponovno pridobiti 80% energije, kar je ob energetskih transformacijah tega tipa zadovoljiva vrednost.