Izpit je lahko tudi tak

Tole bo najbrž zanimalo tudi mikrobiologe & biotehnologe.

Laboratorijski dnevnik

Uvodničar revije Nature utemeljeno zagovarja prakso laboratorijskega dnevnika. Razumljiva je obveza dnevnika v koncesioniranih in akreditiranih laboratorijih. Vendar je dnevnik nuja v vsakem raziskovalnem laboratoriju, saj je to najboljša zaščita pred ugovori o nekorektnosti raziskovalnih postopkov. Zagotavljajo možnost uveljavljanja prednostnih sklicev v patentih pravdah. In so najučinkovitejša in najmanj vpadljiva uveljavitev pravic iz soavtorstva raziskovalnih objav. Sodobna digitalna tehnike je uveljavila laboratorijske e-dnevnike, ki prinašajo številne prednosti v primerjavi s klasičnim papirnim dokumentom.

Globalno segrevanje

Bela hiša bo na junijskem zasedanju najrazvitejših svetovnih gospodarstev G8 v točki reševanja globalne klime najverjetneje zavrnila predlog, v katerem A. Merkel v imenu EU ter ob soglasju Japonske predlaga 50% zmanjšanje toplogrednih plinov do leta 2050.

In kot beremo v USA Today so mikrobiologi na pravkar končanem kongresu ASM v Torontu opozorili, da klimatske spremembe zaradi vplivov na prihodnje razširjanje infektivnih bolezni sprožajo resno zaskrbljenost med strokovnjaki.

Jezikoslovci, na pomoč

Bralce prosim za nasvet oz. pomoč. Po spletu sem iskal slovensko rabo za angl. pojem "biodiversity".

Za angleške pojme mi je iskanje z Googlom ponudilo:

"biodiversity": 29.300.000 zadetkov
"biological diversity": 1.280.000 zadetkov
"biotic diversity": 106.000 zadetkov

Iskanje z Najdi si. mi je dalo rezultat:

"biodiverziteta": 553 zadetkov
"bioraznolikost": 12 zadetkov
"bioraznovrstnost" in "biorazličnost": vsaka po 7 zadetkov
"biotska raznovrstnost": 12.828 zadetkov
"biotska raznolikost": 280 zadetkov
"biotska različnost": 37 zadetkov
"biotična raznovrstnost": 15 zadetkov
"biotična raznolikost": 5 zadetkov
"biotična različnost": brez zadetkov
"biološka raznovrstnost": 1.099 zadetkov
"biološka raznolikost": 356 zadetkov
"biološka različnost": 61 zadetkov

SSKJ (slovar slovenskega knjižnega jezika) ima pojem "biotičen", nima pa pojma "biotski".
SP (slovenski pravopis) 2001 ima oba pojma, daje pa prednost pojmu "biotičen".
Še morda koristen podatek: slovenska Wikipedija obdeluje pojem pod "biodiverziteta", kamor preusmerja tudi pojem "biotska raznolikost".

In zdaj sem v zadregi: ob prevladujoči rabi "biotska raznovrstnost", kot jo izdaja splet, ta ni povsem v skladu s priporočilom SP 2001 pa tudi sicer je družina pojmov zares pestra in uporabnika bega. Na pomoč!

P.S.: (Če bralci lahko svetujete jezikoslovca, ki bi se bil pripravljen vključiti v razpravo, vas prosim, da mu posredujete tole vprašanje.)

Granatno jabolko

Granatno jabolko (Punica granatum) je sicer znano med gurmani, zdaj pa so ugotovili, da imata sok granatnega jabolka in njegov polifenolni ekstrakt protivirusni in protibakterijski učinek. Na zdravje torej!

Bojmo se soli

Prebitek soli v prehrani poslej ne bo zgolj dejavnik rizika pri krvožilnih obolenjih ampak tudi pri želodčnih težavah. Raziskovalci so namreč ugotovili, da povečana koncentracija soli v želodcu kot kaže inducira delovanje genov pri bakteriji Helicobacter pylori, povzročiteljici želodčnega ulkusa.

Iščemo zastonjski članek

Tole simpatično zgodbo blogerske kolegice-mikrobiologinje, kako jo je izkušnja mladega zdravnika splošne prakse, ki je iskal zastonjski strokovni članek, izzvala da se je nato naloge lotila še sama, vam pa moram posredovati. Začenja zelo splošno(1): s PubMed in z Googlom, nadaljuje sicer tudi s PubMed nekoliko bolj poglobljeno(2) in končuje z rafiniranim(3) iskanjem v PubMedu. In velja prebrati tudi vse komentarje!     

Scientoskop

Dva mlada študenta naravoslovja sta se pod geslom "Velika odkritja in male bizarnosti iz sveta znanosti (ter drugi pojavi na planetu Zemlja)" odločila za pripravljanje bloga z imenom Scientoskop. Prvi zapisi so zelo zanimivi in obetavni. Naj jima zavzetost ne pojenja prehitro! Skupnost slovenskih "strokovnih blogerjev" se torej krepi.

Nov blog v Exploratorium

Mary K. Miller je publicistka in ponudnica Webcast gostiteljske platforme Exploratorium. Pričela je pisati nov blog The Accidental Scientist, ki bo posvečen predstavljanju pristopov in metod s katerimi znanstveniki raziskujejo svet.

Mycologia o filogeniji gliv

Res škoda, da revija Mycologia ni v odprtem dostopu, saj bo številka November/December 2006, vol. 98  zlasti za vse preučevalce gliv postala ključni priročnik. Predstavlja petletni raziskovalni projekt "Deep Hypha" v katerem je sodelovalo več kot 100 sistematikov gliv in oblikovalo filogenijo kraljestva gliv, ki smo jo v takšni poglobljeni in sodobni obdelavi dolgo pogrešali. 

Antibiotiki od zdavnaj

Moselio Schaechter nas v svojem blogu Small Things Considered želi obzirno opozoriti, da insekti uporabljajo antibiotike v kontroli mikroorganizmov že 50 milijonov let, torej precej dlje kot to uspeva najrazvitejši skupini med sesalci.

Razširjanje virusov v telesu

Kot kaže, bo treba ponovno preučiti načine razširjanja virusov v telesu in povezanost transporta ter patogeneze zlasti pri virusih z afiniteto za celice centralnega živčnega sistema (CŽS), ko je to primer z virusom stekline ali virusi herpesa. Veljalo je, da je potreben poseben protein, s katerim se virus pritrdi na celično transportno sprego, ki ga prenese v CŽS in doslej so verjeli, da ima to vlogo protein LC8. Raziskave prof. Matthiasa Schnella in sodelavcev iz Jefferson Medical College-a Univerze Thomas Jefferson iz Philadelphije (ZDA) pa kažejo drugače. Zlovešči protein naj bi ne imel vloge v transportu virusa, ampak je povezan kot transkripcijski faktor v njegovi reprodukciji. Primerjali so obnašanje virusa v povezavi z LC8 proteinom in brez te povezave; v obeh primerih je sicer virus inficiral možgane, vendar nepovezani virus ni povzročil obolenja. Torej bo zdaj treba najti novo razlago za transport virusa v telesu.

EOL - The Encyclopedia of Life

Obeta se nam nov kapitalni spletni enciklopedijski projekt, v katerem naj bi katalogizirali vse znane oz. poimenovane biološke vrste, po današnjih podatkih 1,8 milijona. Projekt z imenoma The Encyclopedia of Life - EOL naj bi deloval po principih odprtega dostopa, kot Wikipedia, idejni oče je znani ekolog iz Harvarda E.O. Wilson, organizatorji pa so številne ugledne ustanove znanja. Nekaj koristnih info in napotkov za uporabo najdete tudi >tukaj.

Nenavaden bakterijski genom

Korejski in švedski raziskovalci so v nedavno mapiranem genu rikecije Orientia tsutsugamushi (prej imenovana  Rickettsia tsutsugamushi), povzročiteljice ene od oblik tifusnega obolenja, ki ga prenašajo insekti, odkrili močno povečano število podvojenih genskih sekvenc, kar je za prokariontske genome zelo nenavadno. V članku v reviji PNAS poročajo, da ima preučevana bakterija tudi dvestokrat večjo podvojenost genetskih zaporedij kot bližnja sorodnica Rickettsia prowazekii, tudi povzročiteljica tifusa.  

Bakterije iz asfalta

Raziskovalci kalifornijske univerze UC Riverside so v naravnih nahajališčih asfalta Rancho La Brea našli več kot 200 novih bakterijskih vrst. Najdba jih je po svoje presenetila, saj velja asfalt kot izrazito življenju neprijazno okolje (več o asfaltu >tukaj). Ob tem te bakterije lahko preživijo v mešanici težkih olj katranskega tipa brez vode in z malo ali brez kisika. Seveda predstavljajo ti mikroorganizmi in njihovi encimi izziv za iskanje številnih biotehnoloških rešitev: za uporabo v bioremediacijskih postopkih pri odstranjevanju naftnih razlitij, v razvoju biogoriv kot alternativne energetske opcije, v podpori izkoriščanja naftnih virov iz težko dostopnih fosilnih zalog in tudi v biomedicinskih raziskavah pri iskanju novih zdravil.

Metagenomika telesne poseljenosti z mikroorganizmi

Kožo in sluznice človeka naseljuje desetkrat več mikrobnih celic, kot je lastnih telesnih celic. Pri tem je mikrobna prisotnost povezana s pomembnimi funkcijami gostiteljevega organizma, ne nazadnje mikrobi pomembno sodelujejo pri prebavi hrane in v zaščiti telesa pred patogenimi mikroorganizmi, povezujejo pa jih tudi z nekaterimi neinfektivnimi obolenji. Le kakšen procent teh naseljencev na in v telesu nam je doslej uspelo tudi gojiti in ustrezno preučiti. Sedaj pa nam v pomoč prihaja metagenomika, postopek, ki med drugim omogoča analizo mikrobnega genoma brez predhodnega namnoževanja mikroorganizma. Ameriški nacionalni zdravstveni inštituti (NIH) zdaj načrtujejo t. i. projekt humanega mikrobioma, ki ga nekateri v obsežnosti, predvsem pa v pomenu primerjajo kar s humanim genomskim projektom.

Alergija na kovine

Mehanizmi, ki so v ozadju vse pogostejših alergij na kovine, niso pojasnjeni. Največkrat poročajo o alergijah na nikelj, znane pa so tudi preobčutljivosti na krom, srebro in celo zlato. Raziskovalci, ki želijo ta fenomen pojasniti, iščejo razlago predvsem v vpletenosti bakterijskih infekcij, kot objavlja revija Nature. Pri tem naj bi bakterijski lipopolisaharidi podobno kot adjuvansi vzpodbudili preobčutljivostno reakcijo na kovine.  

Ptičja gripa na Google Earth

Raziskovalci iz Univerze Colorado-Boulder so na osnovi Googlove aplikacije Earth pripravili interaktivni zemljevid na katerem je mogoče spremljati razširjanje virusa H5N1, predvsem iz primarnih žarišč v Aziji. Spremljanje spreminjanja tega virusa in razširjanje različnih genotipov vse od prvega pojavljanja v letu 1996 do danes naj bi v prihodnje omogočalo tudi natančnejše napovedi globalne ogroženosti s ptičjo gripo. Na tej povezavi pa si lahko ogledate tudi informativni video o novi Googlovi aplikaciji.

Blogi Unilever Centra

Na spletu Unilever Cambridge Centre for Molecular Informatics (University of Cambridge) sem našel nekaj uporabnih blogov, ki bodo zlasti koristni bioinformatikom:
petermr’s blog - A Scientist and the Web
Brighten the Corners - Andrew Walkingshaw’s weblog
Jim Downing - Coding trombonist
Peter Corbett - Teaching computers to read chemistry papers
The CML Blog - Blogging Chemical Markup Language