Mikrobni karnevali

Res, da sem že pred časom opozoril na novo obliko povezovalnega bloganja s t. i. karnevali in omenil tudi mikrobno različico, vendar zdaj me je blogerski prijatelj romunov opozoril na post, kjer je zelo pregledno ponujena letošnja "letina" karnevala Animalcules, potrebno je dodati le še decembrsko številko. Zares vredno ogleda.    

Prijazen Božič in srečno Novo leto

Vsem bralcem in prijateljem blogosfere želim prijetno praznovanje, v novem letu 2007 pa pogosto srečevanje v virtualnem in realnem svetu, Vaš bloger Franc.

Mikrobi in debelost

7122. številka Nature objavlja izredno zanimiv članek o raziskavah povezanosti debelosti in črevesne mikrobne poselitve pri miših in ljudeh: "An obesity-associated gut microbiome with increased capacity for energy harvest". Članek spremljajo tudi urednikov komentar, krajša novica "Physiology: Obesity and gut flora" in video klip "Human gut microbes", ki si ga lahko ogledate v odprtem dostopu.

Nitrogenaza pri arhejah

Med raziskovalci presnove dušikovih spojin je dolgo ostajala nerazrešena dilema kdaj v zgodnjem razvoju življenja se je pojavila lastnost t. i. fiksacije dušika. Ta pojav omogoča prevezovanje plinskega dušika do amonijskega dušika, ki je že uporaben v procesih sinteze pomembnih celičnih sestavin. Prisotne so bile teze po katerih naj bi mikroorganizmi pridobili sposobnost dušikove asimiliacije večkrat ob različnih priložnostih prav tako kot predpostavka po kateri naj bi se lastnost uveljavila zelo zgodaj v enem samem koraku. Najnovejše raziskave dveh raziskovalcev iz Univerze Washington, dr. Mausmi Mehte in njenega mentorja profesorja Johna Barossa dajejo večjo verjetnost zadnji predpostavki. V zelo vročem podmorskem okolju sta namreč odkrila skupino termofilnih organizmov s temperaturnim optimumom pri 92 stopinjah Celzija in z "rodovnikom" pripadnosti arhejski skupini, kar je omogočalo podmeno, da so nitrogenazno aktivnost obvladovale že tudi primitivne predniške prokariontske celice pred 3,5 milijardami let, preden je prišlo do temeljne delitve živega sveta v tri domene na bakterije, arheje in evkarionte in ko se je zgodnje življenje razvijalo v izrazitem toplem okolju takratne zemlje.

Opažen...

Šele danes sem zaznal, da je bil blog zaznan. Slovensko blogosfero zdaj spremlja in ocenjuje blog Tako in drugače o slovenskih blogih. Prijetno je, če te nekdo pohvali in zlasti še, če te opazi nekdo, ki pravzaprav od tvojega dela nima posebne koristi. In tudi komentar me je zelo pobožal. Hvala!   

Učinkovitejša etanolna proizvodnja

Znano je, da je ena od omejitev v učinkovitosti etanolne fermentacije oviranje presnove v povratni zanki; višje koncentracije etanola končno ustavijo rast kvasovk. Zdaj pa so raziskovalci na MIT glivo spremenili tako, da lahko tolerira do 18% koncentracijo etanola, kar je skoraj dvakratna količina, ki jo prenesejo divji sevi kvasovk. Razvoj bo seveda temeljito spremenil ekonomičnost pridobivanja tega vse pomembnejša energenta iz biomase.  

Na zdravje!

Ta film je sicer humorno zasnovan, obravnava pa zelo resno temo za ta zimski čas; s kašljanjem in kihanjem se namreč prenaša večina "zimskih radosti". Zato upoštevajmo priporočilo iz filma!

Bakterije v mitohondrijih

Pred leti je avstralski raziskovalec Nate Lo pri preiskovanju klopov odkril novo 16S rRNA bakterijsko sekvenco. Pri natančnejšem preiskovanju gostitelja so novodokrito bakterijo locirali v celicah ovarija klopa in da je bilo presenečenje še večje je niso našli v citoplazmi, ampak v mitohondrijih. V daljši raziskavi, s katero so pokrili obsežna geografska območja in ki je trajala več let, so Lo in sodelavci ugotovili to bakterijo pri 100% preiskanih samic klopov.

Bakterija je parazitirala med zunanjo in notranjo mitohondrijsko membrano in je sčasoma "použila" vsebino mitohondrija. Vendarle pa živali bakterija ne povzroča posebne škode. Oblika opisanega parazitizma nas pravzaprav spominja na nekega drugega bakterijskega parazita, namreč na Bdellovibrio bacteriovorus, ki napada druge bakterije in jih zajeda v periplazemskem prostoru. Nate Lo je zdaj že tudi poimenoval svojo bakterijo in kot velik ljubitelj nadaljevanje Star Wars jih je nadel ime, ki ga spominja na priljubljene TV zgodbe: bakteriji je dal ime Midichloria mitochondrii.

Predavanje zmagovalcev na iGEM 2006

V navezavi na moje prejšnje poročanje naj vas zdaj opozorim na predavanje članov slovenske ekipe na letošnjem tekmovanju iGEM 2006 (The international Genetically Engineered Machine competition), ki bo v sredo, 20. decembra 2006 ob 16:30 uri v predavalnici P5 Biološkega središča, Večna pot 111, Ljubljana.

Bakterije kradejo železo

Številne bakterije, vključno z nenevarnimi b. Escherichia coli v prebavilih, proizvajajo majhne molekule z imenom siderofori, ki za svoje potrebe rasti »plenijo« železo iz tkiv gostitelja. Nekateri sevi E. coli so celo sposobni izdelovati več kot zgolj eno vrsto sideroforov s čimer povečajo uspešnost dostopa do železa. Podobno strategijo ubirajo tudi nekateri patogeni mikrobi npr. Bacillus anthracis, ki proizvajajo dve molekuli - bacilibaktin in petrobaktin, s katerima kradejo železo sesalskim transportnim molekulam z imenom transferini. Razlog, zakaj potrebujejo te bakterije kar dva proteina ni bil znan. Raziskave na UC Berkeley in v sodelovanju z raziskovalci na University of Mississippi Medical Center iz Jacksona in na Fred Hutchinson Cancer Research Center iz Seattlea, skušajo razkriti ozadje tega dogajanja. Novi podatki kažejo, da so mehanizmi delovanja obeh sideroforov pri bacilih antraksa različni. Pri tem človeško telo delovanje antraksnega bacilibaktina učinkovito preprečuje s posebnim proteinom siderokalinom, medtem ko se petrobaktin uspe izmuzniti tej obrambi. Prihodnje raziskave bodo usmerjene v iskanje protimikrobnih sredstev s katerimi bi lahko specifično inaktivirali petrobaktin, bodisi po poti preprečevanja njegove sinteze ali pa odvzema sposobnosti vezave železa. Razen tega ekskluzivna prisotnost petrobaktina pri B. anthracis ponuja tudi zanimivo tarčo za specifičen diagnostični senzor s katerim bi bilo mogoče učinkovito odkrivati ta patogeni mikroorganizem, strašljiv tudi zaradi možnosti njegove uporabe v bioloških orožjih.

Zanimive animacije

V The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research so izdelali nekaj zares izjemnih animacij celičnih in molekularnih procesov. Posebno zanimiva je tista, ki prikaže DNA podvajanje - zanjo boste potrebovali na računalniku QuickTime predvajalnik - dobite ga >tukaj.

Drug zelo prepričljiv video klip "The Inner Life of the Cell" prihaja iz Univerze Harvard, za katerega je potreben predavajalnik Flash Player, dostopen >tukaj.

25 največjih...

Decembrska številka revije Discover je tudi letos objavila 25 najpomembnejših knjig vseh časov, ki bi naj bile bralna obveza za vsakogar, ki ga zanima znanost. Znova sta na prvih dveh mestih Darwinovi knjigi "The Voyage of the Beagle" (izšla 1845) in "The Origin of Species" (izšla 1859), na tretjem pa Newtonovo delo "Philosophiae Naturalis Principia Mathematica" (izšla 1687). Med živečimi avtorji je najvišje na lestvici, na devetem mestu, Richard Dawkins s knjigo "The Selfish Gene" (izšla 1976).

V spomin E. M. Z. Lederbergovi

V 83. letu starosti je odšla prof. dr. Esther Miriam Zimmer Lederberg, mikrobiologinja iz Stanforda. Spominjali se je bomo kot odkriteljice lambda faga in po številnih molekularno genetskih tehnikah, ki jih je razvila skupaj s soprogom, Nobelovim nagrajencem Joshuo Lederbergom.  

Zamrznjeni virusi

Globalno ogrevanje zaradi fenomena tople grede, pred katerim svarijo klimatologi, skriva v sebi dodatne nevarnosti. Kot opozarja skupina raziskovalcev pod vodstvom Scotta Rogersa iz Bowling Green State University (BGSU), Ohio, ZDA, bi topljenje ledu npr. na sibirskih jezerih lahko sprostilo zamrznjene ptičje iztrebke, v katerih bi preživeli virusi iz preteklih obdobij predstavljali možnost rekombinacije z aktualnimi virusi pri pticah, ki prebivajo na teh področjih.

Krompirjeva plesen

Iz New Scientista povzemam novico, da so v Veliki Britaniji dovolili izvedbo dveh poljskih poskusov z genetsko spremenjenim krompirjem. Pri BASF Plant Science so komercialni krompir spremenili s prenosom gena iz divjega krompirja in zagotovili rastlini odpornost proti krompirjevi plesni, ki jo povzroča gliva Phytophthora infestans. Bolezen krompirja o kateri teče beseda je znana iz katastrofe na Irskem v letu 1845, ki je povzročila smrt zaradi lakote vsaj milijona Ircev in je v emigracijo pognala nadaljnja dva milijona prebivalcev otoka.