19 maj, 2006

Prokariont, da ali ne?

Morda bo potrebno opustiti pojem »prokariont« in koncept binarne delitve živega sveta na ločnici prokarionti/evkarionti. K temu nas nagovarja Norman R. Pace v nedavnem zapisu v reviji Nature. Pojem ni primeren kot taksonomska opredelitev in tudi ne kot evolucijski kazalec. Ostal bi lahko kvečjemu kot opis stanja jedrovine, ki je ne ovija jedrna membrana. Ne pripomore pa k prepoznavi celične evolucijske razvojne poti. Spoznanje o treh temeljnih organizemskih skupinah, kot nam jih razkriva analiza genov ribosomske RNK: Bacteria, Eukarya in Archaea, v časovnem traku ne omogoča uporabe prokariontsko/evkariontskega evolucijskega zaporedja. Ni mesta za enotno (monofiletsko) skupino, ki bi ji lahko dali nalepko prokarionta. Povezovanje bakterij in arhej na imenovalcu primerljive organizacije jedrovine zavaja, ko skuša izraziti filogenetsko povezanost. Arheje so veliko bolj sorodne z evkarionti kot z bakterijami. (Kolegu Odiču hvala ker me je opozoril na članek).

7 komentarjev:

  1. Strinjam se, da je molekularna evolucija privlačna in zanimiva veda, ki je naredila nove korake pri določanju sorodstvenih povezav med organizmi, vendam sem mnenja, da vselej ni dobro kar pozabiti vse kar je do sedaj "veljalo".

    Zagotovo so drevesa narejena na osnovi ribosomske RNA homologije, gledano iz genetskega stališča, pravilnejša in tudi sam jih podpiram, a se mi kljub temu ne zdi pametno kar pozabiti koncept prokariont/evkariont.

    Večkrat se je namreč že izkazalo, da smo ljudje zgrabili neko novo tehnologijo/idejo/filozofijo/paradigmo,... pa smo se po nekem obdobju vračali nazaj na stare rešitve/koncepte/,...
    Moje mnenje je, da je še prezgodaj za take ugotovitve in bi raje še malo počakal preden bi dokončno opustil idejo prokariont/evkariont.

    LP, R.

    OdgovoriIzbriši
  2. Opozoriti moram, da je opuščanje dogovorov zelo dolgotrajen proces. Poglejmo si na primer cianobakterije: še sedaj se poučuje, da so to alge oz. cepljivke, kar pa vemo že 30 let, da temu ni tako. Predno bo strokovno občestvo sprejelo dogovor o opuščanju terminov pro- in evkariont, bo preteklo veliko vode - dovolj, da lahko nadgradimo znanje tudi v tej smeri.

    Tudi jaz se ne strinjam z uporabo enega samega molekulskega kronometra. Taksonomija dobiva nove in nove dimenzije in ne temelji zgolj na rRNA oz. rDNA (pri evoluciji je malo drugače).

    Rad bi še opozoril na prisotnost fosfolipidnega dvosloja pri nekaterih bakterijskih vrstah (žal sem pozabil ime), kar je argument ZA opustitev imen domen.

    OdgovoriIzbriši
  3. Ko sem pisal o fosfolipidnem dvosloju, sem pozabil napisati ključni besedi OKOLI NUKLEOIDA.
    lp

    OdgovoriIzbriši
  4. Tu nas prijatelj R. Tkavec misli na nenavaden "prokariontski" organizem Gemmata obscuriglobus, ki ima jedrovino ovito v dvoslojno membrano, kar pa ni edina njegova posebnost med bakterijami. Nima namreč tudi peptidoglikanske celične stene in odlikuje ga še nekaj posebnosti kot lahko preberete na spletni strani http://biology.kenyon.edu/Microbial_Biorealm/bacteria/gemmata/Gemmata.htm.

    OdgovoriIzbriši
  5. takole je moje mnenje kar se tiče taksonom in njihovih vedno novih odkirtjih: menim, da bolj iščejo vzroke, zakaj bi njihova veda morala biti bolj pomembna in nas skušajo šokirati z novimi in novimi dejstvi... meni se še vedno zdi zadeva sami sebi namen. najprej preiščimo vse, kar že poznamo, ugotovimo, kako gojiti vse poznane bakterije, pojdimo na kavo, potem pa se posvetimo taksonomski filozofiji.

    OdgovoriIzbriši
  6. aha, podobno mnenje kot o taksonomih imam tudi o znanstvenikih - slavistih. to se nanaša na temo magnetotaksa - taksija. vsi govorimo taksa - naj tako ostane.

    OdgovoriIzbriši
  7. S tem, da je taksonomija sama sebi namen pa se nikakor ne morem strinjati!
    Zajec tiči namreč v tem, da je v vsaki stvari, ki se jo človek loti potrebna urejenost. Po mojem mnenju je kakršnokoli resno (predvsem raziskovalno) delo brez nekega urejenega in preglednega sistema skrajno nemogoče. Pomisli kaj bi bilo, če ne bi imeli organizme urejene v nek sistem? Z eno besedo KAOS. Ena posledica, ki si jo lahko zamislim je ta, da bi potem različni avtorji poimenovali enake organizme z različnimi imeni in izgubili bi se v morju lastnosti teh organizmov. Pa ta posledica verjetno ni edina.

    Skratka taksonomija je ravno tako zelo pomembna veda, saj vnaša red v naše delo.

    Kar se pa terminologije tiče pa menim, da je bolj kot res jezikovno pravilna oblika pomembna enotnost. S tem mislim na to, da če se nek pojav poimenuje, naj ima samo to ime, ne pa še kake tri podobne variante. To se mi zdi še posebej pomembno iz pedagoškega vidika, saj se študenti zelo radi zapletejo okrog nekega pojma zaradi tega, ker ima dve podobni imeni obe pa pomenita v končni fazi isto. Potem pa izgubljajo ure in ure, da ugotovijo, da je to ena in ista zadeva :)
    Karkoli bo že obveljalo -taksa ali -taksija naj se potem samo še to uporablja.

    LP, R.cocccus

    OdgovoriIzbriši