Sistemska biologija ali biologija sistemov

Prostodušno priznam svojo težavo, da sem hitro negotov pri presoji, ali pravilno uporabljam slovenščino, ko sem npr. soočen z jezikovno dilemo. Koga naj krivim: ali dejstvo, da sem odraščal v bilingvalnem okolju, ali da sem se kasneje, ob učenju tujih jezikov, premočno prepustil njihovim vplivom. Kakorkoli, tudi danes zelo rad vidim, da mi moje besedovanje kritično pregleda nekdo z bolj izostrenim čutom za slovenski jezik.

Tako sem nedavno ostal v zadregi, kako naj pravilno prevedem angleški pojem »systems biology«. Naj na tem primeru prikažem kako sem se lotil problema. Vsaj dve rešitvi sem videl: »sistemska biologija« in »biologija sistemov«, pri čemer sem se bolj ogreval za prvo. Moj prvi korak pri razreševanju dileme je bil skok na spletno stran terminološke komisije Slovenskega biokemijskega društva, kamor se pogosto zatekam, saj cenim njihovo delo. Slovar, ki tam nastaja je svetoval uporabo »biologija sistemov«, vendar me ni prepričal. Nadaljeval sem iskanje po spletu. Najprej sem se ustavil na strani Institute for Systems Biology in poiskal njihovo definicijo:
»Systems biology is the study of an organism, viewed as an integrated and interacting network of genes, proteins and biochemical reactions which give rise to life. Instead of analyzing individual components or aspects of the organism, such as sugar metabolism or a cell nucleus, systems biologists focus on all the components and the interactions among them, all as part of one system. These interactions are ultimately responsible for an organism´s form and functions«.
Ker je najdeno nekako pritrjevalo moji predstavi, da bi bilo bolje govoriti o sistemski biologiji, sem iskal dalje. V iskalec najdi.si sem vnesel obe možnosti: prva je dala 24 zadetkov, druga pa le 8. In prav pri tem iskanju sem naletel tudi na članek prof. Komela z naslovom Funkcijska genomika in sistemska biologija (v polnem tekstu!), ki me je utrdil v misli, da sem na pravi poti.

Nisem še odnehal, preskusil sem še neko drugo sintagmo, ki je veliko dlje v rabi, to je pojem »sistemska teorija«, kot mi je odzvanjal v ušesu v tej obliki. Zopet sem v najdi.si permutiral besedi in rezultat: »sistemska teorija« = 316 zadetkov in »teorija sistemov« =1242 zadetkov. Za prvi pojem imamo v slovenščini npr. knjigo v prevodu npr. H. Willke: Sistemska teorija razvitih družb. Vendar tudi za drugi pojem sem našel knjigo, namreč Svečkovo Teorijo sistemov. Hudo(!), postal sem zopet negotov.
Iskanje sintagme sistemska biologija sem ponovil še z Googlom: prva oblika je dala 29 zadetkov, druga samo enega (in to stran SBD!). Razlika z najdi.si je nastala zaradi zadetkov iz hrvaškega jezikovnega prostora, ki tudi imajo pojem »sistemska teorija.

Mimogrede: pri tem iskanju sem naletel tudi na podatek, da je eden pionirjev sistemske biologije v svetu Slovenec Matej Orešič, ki trenutno dela v VTT na Finskem ( 1 in 2 in 3 in 4 in 5 ) , o čemer je pred časom poročala tudi revija Finance.

Kako bom ravnal: zaenkrat bom uporabljal sintagmo sistemska biologija, bi pa bil vesel vsakega nasveta, kako (predvsem pa zakaj) bi bilo bolje drugače.

Vrhunska infrastruktura za metagenomiko

Obeta se nam nov in zmogljiv računalniški center, ki bo ciljno namenjen določitvi genetske kode mikrobnih združb svetovnih oceanov. Projekt bo vodil oddelek  na California Institute for Telecommunications and Information Technology (Calit2) iz sklopa kalifornijske univerze iz San Diega (UCSD). Izveden pa bo v sodelovanju z inštitutom J. Craig Venter (Venter Institute) iz Rockvilla in UCSD centrom CEOA na inštitutu Scripps za oceanografijo. Že nekaj časa vemo, da Craig Venter zbira v svetovnih morjih vzorce mikrobnih združb in da v povezavi s DOE Joint Genome Institutom in s Scripps Genome Center teče sekvenciranje in anotiranje zbranega dednega materiala. Zdaj pa bo ob pomoči državnih sredstev in donacije The Gordon and Betty Moore Foundation nastala računalniška infrastruktura CAMERA (Community Cyberinfrastructure for Advanced Marine Microbial Ecology Research and Analysis). CAMERA bo namenjena raziskavam metagenomike – vrednotenju mikrobnih genskih podatkov ob upoštevanju ekoloških kot tudi fizikalnih in kemijskih pogojev v vzorčevanih okoljih.

Mikrobiološke baze

Dr. Josef Koenig je uredil spisek podatkovnih baz s področij medicine in molekularne biologije (povzeto po P. Suberju). Med njimi je tudi obsežen nabor podatkovnih zbirk za mikrobiologijo.  

Mikrobiološki podkast

The American Society for Microbiology (ASM) je največje samostojno društvo v vedah o življenju, s preko 42.000 člani po svetu. Poslanstvo ASM  je promocija raziskovanja in izobraževanja v mikrobioloških vedah in podpira povezovanje med znanostjo, politiko in javnostjo v skrbi za zdravje, okolje in gospodarski napredek. V funkciji izobraževanja in osveščanja javnosti je društvo prisotno na spletu z več oblikami sporočanja; med najpopularnejšimi je splet Microbial World. V ZDA je mogoče na nacionalni radijski mreži spremljati tudi dnevne aktualne novice iz mikrobiologije kot t. i.  MicrobeWorld Radio. Te dnevne novice so zdaj s pomočjo Microbial World spleta ponujene tudi kot »podcast«. Potrebno je zgolj, da v svoj predvajalnik podkastov (najverjetneje bo to iTunes) vnesete URL http://feeds.feedburner.com/microbeworld. Če novic ne boste poslušali takoj pa jih boste prenesli na svoj mp3 predvajalnik in jim prisluhnili ob prvi priložnosti.  

Množica bakterij v želodcu

Dr. David Relman, profesor medicine in mikrobiologije na Stanford's School of Medicine priznava, da ga je najdba DNA dokaza o bogatem naboru bakterijskih vrst v želodcu pri človeku, govora je o preko 100 različnih vrstah, presenetila. Želodec zaradi hitre pasaže hrane in izjemno nizke vrednosti pH njegove vsebine velja za izrazito negostoljubno okolje za mikroorganizme. Raziskovalci na Stanfordu pa so v biopsijskih vzorcih želodčnega tkiva pri 23 osebah na osnovi DNA ugotovili prisotnost vsaj 128 različnih vrst bakterij. Torej ne gre zgolj za bakterijo, ki je zaradi Nobelove nagrade za medicino za leto 2005 njenima odkriteljema Marshallu in Warrenu znova našla mesto v stolpcih svetovnih časnikov. Mislimo na   Helicobacter pylori  . Ne, v želodcu je bilo najdenih preko sto še drugih bakterijskih vrst med njimi tudi tako trdoživih, kot jih sicer lahko najdemo v radioaktivnih odpadkih. Taki so npr. deinokokih, mikroorganizmih z izjemno sposobnostjo popravljanja z ionizirnim sevanjem poškodovane DNA (  Deinococcus radiodurans  ), kar jim omogoča preživetje tudi v radioaktivnem okolju  in katerih DNA sledove so tudi našli v želodčnih vzorcih.    

Periodni sistem

Najbrž ste na spletu že izbrali stran z vašo najbolj priljubljeno tabelo periodnega sistema kemijskih elementov, saj jih je na voljo veliko. Če vas še mika brskati za kakšnim novim dizajnom, najdete spisek povezav na strani, ki jo je pripravil servis Infobroker.ch.  Obsežen nabor, v glavnem nemških strani, pa najdete tudi >tukaj.

Mravlje izkoriščajo bakterije

Znano je, da nekatere mravlje vzdržujejo za svoje prehranske potrebe prave »vrtove« glivnih kolonij, ki pa so lahko žrtev parazitskega pustošenja. Mravlje imajo proti temu učinkovito orožje, kot razkriva nedavna študija iz skupine Camerona Currieja iz Univerze Wisconsin, objavljena v reviji Science.  Raziskovalci poročajo, da mravlje vzdržujejo v posebnih votlinicah na svojih telesih bakterije, ki jih hranijo z žleznimi izločki. V simbiontski povezanosti treh partnerjev: mravelj, gliv in bakterij, slednje omejujejo s proizvodnjo antibiotskih snovi četrtega vsiljivca, parazite glivnih nasadov. Model predstavlja za raziskovalce prvovrsten izziv ne zgolj zaradi pojasnjevanja mutualističnih odnosov med udeleženimi organizemskimi skupinami, ampak ponuja v nadaljevanju tudi možnost preučevanja, kako se je v tem naravno vzpostavljenem odnosu kontrole mikrobne rasti bilo mogoče izogniti pojavljanju antibiotske rezistence.

Laboratorijska varnost

Na vsak način pa bi vam priporočil, da si pogledate video tečaj laboratorijske varnosti v kemijskem laboratoriju, ki so ga pripravili na Oddelku za kemijo kanadske Univerze McMaster. Pravzaprav me je nanj napotil blog KeBio3, zadevo sem si ogledal in res jo priporočam. Sicer pa na njihovi spletni strani o zdravju in varnosti najdete povezave še do drugih koristnih strani z nasveti.  

Ptičja gripa tokrat drugače

O »mashupu« pišem drugje. Tukaj pa naj povem, da na naslovu avian flu najdete mashup aplikacijo Gogglovega zemljevida Earth, kjer so označeni izbruhi ptičje gripe (virus H5N1) pri ljudeh in živalih v zadnjih dveh letih. Aplikacijo so pripravili pri reviji Nature (o tem pišejo v svoji prvi letošnji številki 5. januarja in tudi objavljajo v svojem podcastu).