Vse dobro voščim

Spoštovani bralci,

želim vam in vašim domačim prijazen praznični čas, v novem letu

pa veliko zdravja in osebnega zadovoljstva,

bloger Franc

Mikroorganizmi za kmetijstvo

Poročilo "How Microbes can Help Feed the World", ki ga je pripravila Ameriška mikrobiološka akademija (American Academy of Microbiology) se loteva najaktualnejših vprašanj povezanosti mikroorganizmov in kmetijske dejavnosti. Čemu so rastlinam potrebni mikrobi, katere mikroorganizme potrebujejo in kakšne so pravzaprav interakcije in kakšen je že naš obseg znanja o tem? In seveda, kako to znanje lahko pomaga prehraniti svet?

Ed Young o mikrobiomu

Ed Young je zame eden najbolj vznemirljivih pripovedovalcev napetih zgodb iz znanosti, eden najboljših popularizatorjev znanja. Nekateri ga najbrž že poznate iz njegovega bloga Not Exactly Rocket Science. V podkastu, ki ga najdemo na BBCjevem portalu se je Ed Young (navdušeno kot zmeraj) lotil mikrobioma.

Mikrobiologija 1993 - 2013

Ko boste brskali po knjigi Mikrobiologija za znanje in napredek, ki jo je BF izdala ob 20. obletnici univerzitetnega študija mikrobiologije boste naleteli tudi na podatek, da je med letoma 1993 in 2012 na študiju diplomiralo 524 diplomiranih mikrobiologov in da jih je med njimi 145 doktoriralo. Vsekakor izjemen podatek in potrditev kvalitete tega študijskega programa.

Nikoli izpeta zgodba o avtizmu in vakcinaciji

Z razširjanjem medijskega prostora, pri tem mislim predvsem na njegov virtualni del, v katerega vstopa vse več neprofesionalnih posredovalcev novic se seveda povečuje nevarnost vnosa nekvalitetnih vsebin. In ne samo to, kot v samoobrambni reakciji se lahko zgodi, da se tudi uveljavljeni mediji ujamejo v zanko promocije za vsako ceno in naredijo napako, ko tudi sami ne preverijo dovolj verodostojnosti virov. O tem zanimivo pripovedujejo sogovorniki na podkastu Micropod, kjer obnavljajo zdaj res že klasično (pri čemer pa ne rečem, da ni vedno znova aktualna) zgodbo, ko je zdravnik Wakefield skušal naprtiti krivdo za nastanek avtizma cepljenju otrok.

20 let študija mikrobiologije na UL

Letos mineva dvajset let, kar je bil na Biotehniški fakulteti Univerze v Ljubljani ustanovljen nov, medoodelčni visokošolski  študij mikrobiologije. 5. decembra, v Tednu Univerze v Ljubljani, bo na Biotehniški fakulteti temu dogodku posvečena celodnevna Akademija, več o dogodku najdete ne tem naslovu. 

Umrl je Frederick Sanger

Med novicami iz sveta znanosti danes najbolj odmeva sporočilo, da je včeraj v starosti 95 let umrl dr. Fred Sanger, doslej prvi prejemnik dveh Nobelovih nagrad v kemiji. Prvo je leta 1985 prejel za določitev aminokislinskega zaporedja v govejem insulinu, drugo skupaj z W. Gilbertom in P. Bergom leta 1980, za razvoj sekveniranja DNK po t.i. Sangerjevi metodi.

Za arXive zdaj še bioRxiv

Po vzoru zelo popularnega arhiva za objave e-predodtisov (preprintov) znanstvenih prispevkov v fizikalnih in nekaterih drugih vedah arXiv, ki ga gosti Univerza Cornell je zdaj oblikovan tudi arhiv za odlaganje e-člankov v bioloških vedah, bioRxiv, ki je našel zatočišče na serverjih Laboratorija Cold Spring Harbor (CHSL), kot to najavljajo v svojih novicah PhysOrg.

Arhiv bo sprejemal neobjavljene predodtisne prispevke, ki jim bodo avtorji določili disciplinarno pripadnost (dvajset in več: med drugim biokemije, bioinformatike, imunologije, mikrobiologije…) vedam o življenju, z izjemo (pred)kliničnih študij, označili pa naj bi tudi ali gre za Nove rezultate, Potrjevalne rezultate ali  Protislovne rezultate.

Pred objavo arhiv člankov ne bo ocenjeval z vrstniško oceno (peer review) in jih tudi ne posebej oblikoval, pregledali pa bodo korektnost zapisa in ocenili ev. neznanstvenost vsebine. Objava ne pomeni nikakršne podpore ali ocene s strani bioRxiva, omogočila pa bo avtorju, da bo pridobil pomemben odziv bralcev za kasnejšo pripravo članka za objavo.

Kongresi IUMS 2014

Mednarodna zveza mikrobioloških društev/zvez – IUMS, objavlja razpis kongresov Zveze IUMS 2014: XIV^th International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology; XIV^th International Congress of Mycology in XVI^th International Congress of Virology, ki bodo v kanadskem Montrealu od 27. julija do 1. avgusta  2014.

Genomski podatki v odprtem dostopu

Revija Science v svoji rubriki ScienceInsider predstavlja nov britanski Personal Genome Project, ki bo temeljil na odprti dostopnosti podatkov.  Tako genomskih podatkov kot zdravstvenih podatkov prostovoljcev, ki so se pripravljeni vključiti v projekt. V prvem letu bi vključili 50 kandidatov, kasneje želijo projekt razširiti na 100.000 udeležencev. Projekt ima veliko paralel s projektom, ki ga je leta 2005 pričel George Church na Univerzi Harvard. Church se je zavedal pomislekov, ki jih imajo posamezniki zlasti pri javni objavi svojih zdravstvenih podatkov, vendar jih je opozoril, da je ob današnjih tehnoloških možnostih pretoka informacij tako in tako nemogoče zagotoviti anonimnost. Zato je ponudil možnost obdelave genomskih in zdravstvenih podatkov prostovoljcem, ki dajo na razpolago podatke brez zagotovila  anonimnosti, v projektu pa jim pokrijejo  strošek sekvenciranja genoma. Kljub temu, da si Church ne postavlja posebnih ciljev o obsegu zajetih udeležencev pa je vesel, ker se ideja širi tudi že v druge države; podobni projekti delujejo danes v Kanadi, Nemčiji in J. Koreji.

Konferenca o aspergilozi.

Hartley Taylor Medical Communications Ltd. organizira 6. mednarodno konferenco o aspergilozi - 6th Advances Against Aspergillosis conference – v Madridu med 27. februarjem in 1. marcem 2014.

Kje nanotehnologija ponuja podporo laboratorijem

Krajši pregledni odprtodostopni prispevek nam predstavi nekatere možnosti, kjer nanotehnološke rešitve napovedujejo vstop v laboratorijsko diagnostiko. 

24. oktober – dan polia

Zakaj velja današnji datum za dan polia in kakšna je trenutna pojavnost tega obolenja je imenitno opisal prof. V. Racaniello na svojem blogu, seveda pa razpravlja tudi kako daleč smo od globalne eradikacije bolezni.  

Teden Odprtega dostopa v Sloveniji

Letošnji, zdaj že tradicionalni Teden odprtega dostopa med 21. in 27. oktobrom bo v Sloveniji obogaten z mednarodno videokonferenco, ki jo pripravljata Centralna tehniška knjižnica Univerze v Ljubljani in Univerzitetna knjižnica Univerze v Mariboru ob tehnični podpori Arnesa. Osrednji dogodek  videokonference bo intervju s prof. dr. Petrom Suberjem, gurujem svetovnega gibanja Odprtega dostopa (Open Access). Nekaj prvih podatkov o konferenci odkriva koncept vabila:

Mednarodni teden odprtega dostopa, 21. oktober do 27. oktober 2013

Centralna tehniška knjižnica Univerze v Ljubljani  v sodelovanju z Univerzo v Ljubljani in
Univerzitetna knjižnica Maribor Univerze v Mariboru
s tehnično podporo Arnesa

vas ob mednarodnem tednu odprtega dostopa vabita na videokonferenčni pogovor s profesorjem ameriške univerze Harvard dr. Petrom Suberjem, enim izmed utemeljiteljev  ideje odprtega dostopa do znanstvenih del.

Pogovor bo potekal 21. oktobra 2013 ob 15.30 uri hkrati v zbornični dvorani rektorata Univerze v Ljubljani (moderator Miro Pušnik, direktor CTK)
in
v Podreccini dvorani rektorata Univerze v Mariboru (moderator prof. dr. Jozsef Györkös).

Prof. dr. Peter Suber je eden izmed utemeljiteljev ideje odprtega dostopa do znanstvenih del in raziskovalnih podatkov.  Bil je član BOAI – Budapest Open Access Initiative, ki je leta 2001 utemeljila nov model licenciranja znanstvenih objav.  Leta 2003 je bil prof. Suber imenovan na mesto raziskovalca v organizaciji SPARC – Scholarly Publishing and Academic Resources Coalition in od leta 2009 deluje na Univerzi Harvard. Leta 2011 je postal direktor HOAP – Harvard Open Access Project, leta 2013 pa še direktor pisarne »Harvard Office for Scholarly Communication«.  Je avtor številnih publikacij, še posebej znana je njegova knjiga Open Access (v OA dostopna na http://mitpress.mit.edu/books/open-access).

V odprti interaktivni diskusiji s poudarkom na dosedanjih izkušnjah v Sloveniji bomo razpravljali o: pomenu in  licenciranju odprtega dostopa, o odnosu založnikov do  odprtega dostopa,  o zahtevah evropskih in ameriških znanstvenoraziskovalnih politik, o sistemih  vrednotenja ter o  odmevnosti znanstvenega dela v odprtem dostopu.

Udeleženci ste vljudno vabljeni k aktivnemu sodelovanju. Zaradi lažje organizacije mednarodnega pogovora vas prosimo za predhodno prijavo
na e-naslov irena.jaksa@ctk.uni-lj.si (Ljubljana) in dunja.legat@um.si (Maribor).

Videokonferenčni pogovor bo mogoče spremljati tudi preko spleta; spletni naslov bo naknadno objavljen na spletnih straneh Centralne tehniške knjižnice (http://www.ctk.uni-lj.si/) in Univerzitetne knjižnice Maribor (www.ukm.si).

Vljudno vabljeni!

Celični privzem genetskega materiala

Danec Søren Overballe-Petersen je v poskusih, v katerih je želel dokazati, da lahko bakterije privzemajo tudi dele razgrajenega genetskega materiala iz okolja, pravzaprav opozoril na nekoliko zanemarjen, a zelo verjeten mehanizem zgodnjih evolucijskih dogajanj. Dele sintetične DNK, ki jih je Overballe-Petersen dodajal kulturi bakterije Acinetobacter baylyi so celice vgradile v svoj genom in avtor predpostavlja, da celice uspejo privzeti material s pasivno absorbcijo. Kasneje je enak postopek ponovil z razgrajenimi deli genoma višjih organizmov, ki so prav tako končali v bakterijski celici. Dejanska usoda tako osvojenega genetskega materiala sicer ni znana, vendar številni avtorji verjamejo, da je to bila ena od pomembnih poti zgodnje celične evolucije, ki jo kasneje nadgradijo aktivni prenosi genetskega materiala med celicami.  

Apoptoza lahko aktivira herpesviruse

Rezultati nedavne raziskave objavljene v Journal of Virology in jih povzema blog Biology NewsNet razkrivajo, da lahko apoptoza, programirana celična smrt, aktivira herpesviruse v propadajoči celici. Ker tudi pri nekaterih oblikah kemoterapije lahko pride do apoptoze ima ta ugotovitev seveda velik pomen in je lahko vzrok za vznemirjenje pri zdravljenju raka.

Predavanje prof. S. J. Sørensena

Povzemam vest Slovenskega mikrobiološkega društva:

Vljudno vabljeni na predavanje

Social interactions in complex microbial communities - Survival of the fittest or the friendliest?

Professor Søren J. Sørensen

Section of Microbiology, Department of Biology, University of Copenhagen

Predavanje bo v četrtek, 19.9. 2013 ob 13:00 v predavalnici B5, Biološko središče, Večna pot 111

POVZETEK PREDAVANJA

Multispecies biofilms are predominant in almost all natural environments, setting the scene for various competitive and cooperative interactions that affect overall functionality and fitness of the individual strains and the community.

We have developed a model defining synergism, antagonism and neutrality within multispecies biofilms, based on the proportion of the species that are present and their ability to form monospecies biofilm. The model was validated experimentally in control systems of isogenic strains differing only in their ability of biofilm formation as single species. We applied this model to characterize the interactions in multispecies biofilm formation of bacterial consortia isolated from a variety of natural habitats.

Furthermore we have developed a simple assay for screening of antagonistic interactions among bacterial isolates. This approach was used to investigate the number of antagonistic interactions among bacteria co-isolated from the same environmental sample in comparison to interactions between isolates from different environments.

Recent research has revealed that bacterial plasmids and biofilm formation are interconnected in many ways. Horizontal transfer rates are typically higher in biofilm communities compared with those in planktonic states. Biofilms, furthermore, promote plasmid stability and may enhance the host range of mobile genetic elements that are transferred horizontally. Plasmids, on the other hand, are very well suited to promote the evolution of social traits such as biofilm formation. This, essentially, transpires because plasmids are independent replicons that enhance their own success by promoting inter-bacterial interactions. They typically also carry genes that heighten their hosts’ direct fitness. I present a couple of examples from our most recent research of how plasmids can promote biofilm formation in natural environments and reveal some of the molecular mechanisms behind this phenomenon.

In conclusion, we present results indicating ubiquity of synergism in multispecies biofilm formation in complex bacterial communities.

Vabi prof. dr. Mandić-Mulec, Katedra za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta in Slovensko mikrobiološko društvo.

Mikrobiološki blogi na Tumblr

Na blogerskem portalu Tumblr sem našel nekaj odličnih mikrobioloških blogov:

http://littlemicrobiologyblog.tumblr.com/

http://microbiologymeasure.tumblr.com/

http://vetstudent-microbiologymaniac.tumblr.com/

http://microbiologyandvirology.tumblr.com/

Enteromamarno vzpostavljanje dojenčkovega mikrobioma?

Precej pozornosti je vzbudila pravkaršnja objava predpostavke o vertikalnem prenosu materinih črevesnih mikroorganizmov z dojenjem na dojenčka. Že v abstraktu je omenjena hipoteza o morebitni enteromamarni poti prehoda enteralnih mikroorganizmov v mleko. Ker ta trenutek še nimam dostopa do celotnega članka naj pač zgolj izrazim pomislek k takem mehanizmu in predstavljam si, da ga bo, v kolikor še ni, potrebno pač temeljito podkrepiti z eksperimentalnimi dokazi. 

Cepljenje v družbenih omrežjih

Vsi, ki želite aktualno spremljati problematiko cepljenja si boste brez dvoma z radovednostjo ogledali zapis o vakcinaciji v družbenih omrežjih, ki so ga pripravili na portalu Webicina. In verjamem, da se boste nato z naklonjenostjo redno vračali na povezave, ki so jih zbrali in se po potrebi tudi polemično odzivali. Temu vendar služijo družbena omrežja!    

Predavanje o nevrocisticerkozi

Prenašam vabilo iz spleta SMD:

Vljudno vabljeni na predavanje prof. dr. Ane Flisser z naslovom »Nevrocisticerkoza – več kot zapostavljena bolezen«, ki se bo v ponedeljek, 9. septembra 2013, pričelo ob 14.00 uri in bo potekalo v mali predavalnici Medicinske fakultete v Ljubljani.

Nevrocisticerkoza je ena izmed zapostavljenih parazitskih bolezni, ki jo pri človeku povzročajo ličinke svinjske trakulje Taenia solium. Je najpogostejša parazitska okužba osrednjega živčevja in glavni vzrok pridobljene epilepsije. Endemična je v večini razvijajočih se držav Azije, Latinske Amerike ter srednje in južne Afrike. Vse pogosteje o njej poročajo tudi v razvitih državah, predvsem zaradi povečanega priseljevanja bolnikov, okuženih s T. solium, in pogostega potovanja turistov v endemične kraje. V posameznih primerih se pojavlja tudi pri nas. Prof. dr. Ana Flisser je profesorica in raziskovalka na Nacionalni mehiški univerzi (Universidad Nacional Autónoma de México), ki svoje raziskovalno delo posveča (nevro)cisticerkozi in teniozi. Je avtorica številnih mednarodno odmevnih člankov in predsednica XIII mednarodnega parazitološkega kongresa (XIII International Congress of Parasitology – ICOPA XIII), ki bo prihodnje leto v Mehiki. V okviru svojega predavanja bo predstavila tudi ta kongres.

Vljudno vabljeni!

Mikrobi iz ust vpleteni v karcinogenezo?

Doslej je veljalo, da le bakterija Helicobacter pylori  sodeluje pri nastanku malignega obolenje, v konkretnem primeru želodčnega raka. Mehanizem naj bi bil vezan na bakterijsko presnovo prehranskih sestavin v kancerogene dejavnike. Zdaj pa v dveh ločenih študijah skupina iz Harvard Medical School pod vodstvom Aleksandra Kostica in druga skupina iz Case Western Reserve University pod vodstvom Mare Roxane Rubinstein poročata, da ima lahko podobno vlogo bakterija Fusobacterium nucleatum. Kot  preberemo v preglednem prispevku v reviji The Scientist lahko komenzalna bakterija F. nucleatum tudi sicer v ustih povzroča periodontalne težave. Vendar je že pred časom dvema skupinama raziskovalcev, eni iz Kanade in drugi iz ameriškega Cambridgea uspelo povezati njeno številčnejšo prisotnost v črevesu s povečano pogostostjo kolorektalnega raka. Sedaj pa v eksperimentalni študiji na miših skupini iz Harvarda in Clevelanda skušata razložiti ozadje nastajanja tega raka. Bakterija naj bi namreč izzvala predvnetno stanje, ki preide v onkogeno dogajanje, njegovo ozadje pa bodo morale razložile nadaljnje študije, ko bodo določile obseg vpletenosti samih fuzobakterije in seveda tudi ev. interakcije preostalega mikrobioma v pojavljanju tega kolorektalnega malignoma.

Evropski biotehnološki kongres 2014

Prihodnji Evropski biotehnološki kongres 2014 bo gostila Italija v mestu Lecce od 15. do 18. maja prihodnje leto. Več o tem najdete na spletni strani Eurobiotech2014.

Mesto podoktorskega raziskovalca

Posredujem sporočilo iz IB MF o prostem mestu podoktorskega raziskovalca na MF UL:

Pozdravljeni,
želim vas opozoriti na razpis za delovno mesto postdoktorskega raziskovalca (mesto sistematizirano kot asistent z doktoratom) na Medicinski fakulteti, Inštitut za biokemijo, ki bo objavljen 22. 8. 2013 in zaključen 30. 8. 2013. Zaposlitev za 3 leta oz. za čas projekta se bo predvidoma začela s septembrom 2013.

Iščemo postdoktorskega raziskovalca, ki bi sodeloval na projektu »Nef, izločen z eksosomi iz celic okuženih z virusom HIV, pomembno prispeva k razvoju nevroloških simptomov AIDS-a«, katerega vodja je akad. prof. dr. Boris Matija Peterlin. Cilj projekta je ovrednotiti in razumeti vlogo virusnega proteina Nef v nevroloških zapletih AIDS-a in oceniti primernost Nef-eksosomov iz likvorja in/ali krvi kot biomarkerjev za prisotnost tega stanja. Projekt poskuša osvetliti trenutno najbolj aktualen problem pri zdravljenju bolnikov okuženih s HIV-om, to je, zakaj se kljub učinkoviti antiretrovirusni terapiji pri bolnikih pogosto pojavijo nevrološki zapleti.

Delo bo potekalo na Inštitutu za biokemijo Medicinske fakultete, v sodelovanju s Celico d.o.o. (prof. dr. Marko Kreft), Kemijskim inštitutom (prof. dr. Ema Žagar, dr. Polona Bedina Zavec), Inštitutom za biologijo celice MF (prof. dr. Peter Veranič), Centrom odličnosti Cipkebip (prof. dr. Dušan Turk), Zdravstveno fakulteto (prof. dr. Veronika Kralj Iglič) in laboratorijem akad. prof. Peterlina na University of California San Francisco, ZDA. Delo se bo izvajalo na možganskih celičnih linijah in primarnih celicah kot tudi na bioloških vzorcih likvorja in krvi s HIV-om okuženih bolnikov. Pri delu bo koristilo znanje o splošnih tehnikah v celični biologiji, biokemiji in molekularni biologiji, ter poznavanje osnovnih viroloških tehnik.

Iščemo energičnega, motiviranega kandidata, sposobnega timskega dela, ki ga veseli raziskovalno delo na tematiki HIV-a in nevrotoksičnosti. Kandidati s predhodnimi izkušnjami v omenjenih tehnikah bodo obravnavani prednostno, znanje le-teh pa ni pogoj.

Če imate še kakšna vprašanja, se prosim obrnite na moj e-mail naslov: metka.lenassi@mf.uni-lj.si.

Lep pozdrav,
Metka Lenassi

Ed Young o mikrobiomu

Ed Young je znan kot pisec tekstov o znanosti v številnih revijah kot so Nature, New Scientist, Wired, the Guardian, the Times, vrsto let pa je zlasti v spletni znanstveni skupnosti prisoten kot priljubljen bloger. Z blogom Not Exactly Rocket Science je pričel še na portalu ScienceBlogs, kasneje smo ga našli med med blogi revije Discover, zdaj pa gostuje v blogosferi revije National Geographic. Radi ga gostijo tudi na BBC in v povezavi z danes zelo aktualno temo mikrobne poseljenosti našega telesa oz. našega mikrobioma predlagam, da prisluhnete njegovemu nastopu (zvočni zapis) v oddaji Four Thought, ki ga je imel pred časom. V zanj značilnem poljudnem jeziku nam predstavi nekatere bolj splošne značilnosti tega simbiontskega pojava, ki nam zagotavlja komfortno življenje pa vse do nekaterih novejših še v raziskave vpetih presenetljivih spoznanj in tudi napovedi njihove morebitne prihodnje uporabe.     

Mesto za doktoranda v znanostih o življenju

Naš nekdanji študent, danes uspešen raziskovalec na Finskem, dr. Matjaž Barborič, razpisuje v svojem laboratoriju na Univerzi v Helsinkih mesto za doktoranda:  

A doctoral student position in the field of RNA Polymerase II Gene Regulation & RNA biology is open in Barboric laboratory at Biomedicum Helsinki 1, University of Helsinki. Strong background in
molecular biology, biochemistry and/or bioinformatics is required. Applications are accepted on continuous basis, but the post will be filled as soon as a competitive candidate is identified. The position is open in a young laboratory led by Matjaz Barboric, Ph.D. at the Institute of Biomedicine, Department of Biochemistry & Developmental Biology at University of Helsinki, Finland. My research group, which is currently composed of two doctoral students and a postdoctoral fellow, investigates the mechanisms that regulate transcription elongation by RNA polymerase II. This phase in gene transcription has emerged only recently as a major regulatory step in metazoan gene expression. By using biochemistry, molecular biology, genetics and systems biology approaches, we are seeking to understand biological roles of transcription elongation kinases, their function in mRNA synthesis and processing, as well as the significance of RNA polymerase II elongation control in human diseases such as cancer. Moreover, we are investigating the role of coding and non-coding RNA in controlling these processes. Among others, our research efforts are supported currently by the grants from the Academy of Finland, Sigrid Juselius Foundation, University of Helsinki 3-Year Research Grant and The Marsha Rivkin Center for Ovarian Cancer Research, US.
Requirements. Are you a creative and independent thinker? Are you ready for the hard work that the Ph.D. requires? Are you a motivated and an outstanding student with a strong academic record who is a quick learner and in a position to put a mark in a competitive field of gene transcription? Have you recently received a Masters degree in molecular biology, biochemistry, bioinformatics or related fields or are you finishing up with such studies? Do you have good spoken and written command in English? If yes, then please send your application including a cover letter, CV, your research interests, and 2-3 letters of reference to matjaz.barboric@helsinki.fi.
Employment conditions. Selected candidates will be offered a grant for 1 year. Upon successful performance review, the students will be offered an employment contract in accordance to the University of Helsinki salary scale system.
For further information, please contact:
Matjaz Barboric, Ph.D.
Principal Investigator
Institute of Biomedicine, Biochemistry & Developmental Biology
Faculty of Medicine, University of Helsinki
Biomedicum Helsinki 1, Room B233b
Haartmaninkatu 8, 00290 Helsinki, Finland
Email: matjaz.barboric@helsinki.fi
Web:
Matjaz Barboric
https://tuhat.halvi.helsinki.fi/portal/en/persons/matjaz-barboric(09c0e783-7ec6-4b97-81a7-0706b1f08925).html
Institute of Biomedicine
http://www.biomed.helsinki.fi/english/

Odkriti gigantski virusi

Skupina francoskih raziskovalcev, večinoma iz univerze Aix-Marseille iz sklopa CNRS, je nedavno v reviji Science objavila najdbo največjih doslej odkritih virusov. Predlagajo poimenovanje z rodovnim imenom Pandoravirusi, s čimer simbolično namigujejo na možnost, da to odkritje obeta nova presenečenja pri pojasnjevanju izvora življenja, kot bi odpirali Pandorino skrinjico. Virusa z velikostjo delcev okrog enega mikrometra imata genoma z velikostjo 2,5 megabaz (Pandoravirus salinus, iz obalnega morskega mulja v Čilu),  oz. 1,9 megabaz (Pandoravirus dulcis, iz sladkovodnega jezera v Avstraliji). Doslej največji znani virus je bil Megavirus chilensis, z 1,18 megabazami v genomu, odkrit 2011, pred tem pa Mimivirus z 1,1 megabazami, odkrit 1992. Vsi ti virusi, vključno z novoodkritima pandoravirusoma so zajedavci ameb; genoma pandoravirusov imata 2.500 oz. 1.900 genov in za večino njih funkcije še ne poznajo, 93% teh genov je različnih od kateregakoli drugega organizma. Avtorji ugibajo ali ne gre za zelo reduciran genom parazitskih bakterij oz. ali morda celo za povsem novo taksonomsko domeno živega sveta.

  
slika: Claverie in Abergel

O mikroorganizmih v našem bivalnem okolju

Ne zgolj skrb za zdravje, tudi veliko boljše možnosti za raziskovanje ekoloških niš, ki jih zasedajo mikroorganizmi, so v zadnjih letih močno povečale obseg raziskovanja mikroorganizmov, ki so v stiku s človekom. Seveda ima pri tem največ zaslug razmah negojitvenih metod identifikacije mikroorganizmov, ki jih je omogočila molekularna biologija. Med najbolj zanimivimi mikrobnimi nišami so seveda tiste vezane na človekovo telo, njegovo kožo in notranje votle organe. Število objav o pestrosti različnih delnih ali celotnih poselitev telesa z mikrobnimi združbami, v obliki t.i. mikrobiomov, skokovito narašča. Z različnimi poudarki, prevladujejo pa seveda preučevanja vplivov mikrobiomov na človekovo zdravje. Posredno pa se množijo tudi preučevanja drugih ekosistemov, ki samo deloma vključujejo vpliv na človeka npr. preučevanje mikroorganizmov v človekovem bivalnem okolju. Zanimiv povzetek ene od takih raziskav nam v svojem blogu LabRat predstavlja dr. Gouldova v zapisu “How bacteria get inside your house”. Kako pomemben vidik raziskav predstavljajo te teme dokazuje tudi oblikovanje posebnega omrežja “microBEnet – microbiology of the Build Environment network”, z več tekočimi projekti, pri čemer stik z javnostjo zagotavlja tudi zanimiv blog.       

Koronavirusni strah se krepi

S povzročiteljem srednjevzhodnega respiratornega sindroma, ki je znan po udomačeni kratici MERS-CoV, se zdaj intenzivno ukvarjajo tudi že na ameriški CDC, kot poročajo mediji. Potem ko je pred desetimi leti dvignil preplah koronavirus, znan s kratico SARS, se zdaj virologi in epidemiologi koronavirusnih infekcij lotevajo z veliko večjim spoštovanjem, kot dotlej. Vsekakor podatki, da je vsaj polovica zbolelih, ki se zdaj pojavljajo že tudi izven Bližnjega Vzhoda, tudi podlegla virusni infekciji z MERS-CoV, seveda opravičujejo načrtovanje resnih ukrepov za boj proti nevarnosti, toliko bolj, ker je učinkovito ukrepanje leta 2003 pri omejevanju SARSa dober razlog za premišljen epidemiološkopreventivni pristop.    

Related articles

• WHO: New guidelines for investigating MERS cases (crofsblogs.typepad.com)

Bi radi podatke o novem zdravilu?

Bodisi kot pacient ali kot laični radovednež ste se najbrž že znašli v zadregi, kje dobiti  zanesljive podatke o kakšnem (novejšem) zdravilu. To vrzel zdaj lahko zapolnite z brskanjem po spletišču Drug Chatter.  Iskanje vas vodi do podatkov proizvajalcev pa tudi do različnih odmevov v družbenih omrežjih. Lahko se naročite tudi na sprotno obveščanje o novostih na svoj email naslov. 

Kongres

Posredujem sporočilo Slovenskega genetskega društva (SGD):

SGD vabi na 10. Balkanski kongres humane genetike in 2. srečanje Alpe Adria, ki bo na Bledu med 10. in 12. oktobrom 2013.

 

(klik)

10^th Balkan congress of human genetics and
2^nd Alpe Adria meeting of human genetics

Bled, Slovenia 10. – 12. October 2013

Predavanje

Posredujem vabilo Nacionalnega inštituta za biologijo:

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja:

»Uporaba humanih pluripotentnih matičnih celic za gojenje nadomestnih tkiv«,

ki ga bo predstavila dr. Darja Marolt, NYSCF-Helmsley Investigator, The New York Stem Cell Foundation Research Institute, New York, USA

Predavanje bo potekalo v četrtek, 20.6.2013 ob 15.30 uri, v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B2.

Povzetek predavanja:

Napredek na področjih biologije matičnih celic, biomaterialov in tkivnega inženirstva v zadnjih desetletjih je omogočil razvoj postopkov za gojenje človeških tkivnih nadomestkov, s široko možnostjo uporabe v bioloških raziskavah, regenerativni medicini ter pri razvoju novih zdravil. Pri tem se uporabljajo različni tipi matičnih celic, ki imajo glede na cilje raziskav specifične prednosti in slabosti. Pri raziskavah regeneracije tkiv in organov so v ospredju odrasle matične celice, pluripotentne matične celice pa predstavljajo večji izziv za razvoj kliničnih aplikacij. Vendar pa pluripotentne matične celice s svojim rastnim in diferenciacijskim potencialom predstavljajo neprecenljivo orodje za razvoj naprednih modelov humanih tkiv za biološke študije in razvoj zdravil. Pri teh aplikacijah je ključen izziv razvoj ponovljivih postopkov za gojenje, diferenciacijo in organizacijo matičnih celic v zrela, stabilna tkiva. Naše študije so usmerjene v razvoj tkivnih nadomestkov za izboljšanje regeneracije kosti. Predstavili bomo značilnosti različnih tipov matičnih celic, ter postopke gojenja funckionalnih, pacientu lastnih kostnih nadomestkov v laboratoriju. Predstavili bomo tudi smernice za širšo uporabo humanih pluripotentnih matičnih celic v regenerativni medicini, raziskavah bolezni ter pri razvoju novih zdravil.

Predavanje bo potekalo v slovenskem jeziku.

Vljudno vabljeni!

Tudi pri Googlu so se spomnili Petrija

Tole povzemam po članku v Guardianu:

Google je počastil rojstni dan iznajditelja petrijeve plošče (mi ji rečemo tudi petrijevka) Juliusa Richarda Petrija, ki je bil rojen 31. maja 1852 z značilno sliko v svojem iskalnem polju (t.i. doodle).

Petri je študiral na Akademiji kralja Wilhelma v Berlinu za vojaškega zdravnika in je kasneje delal na Državnem zdravstvenem uradu z Robertom Kochom, ki velja za očeta moderne bakteriologije.

Doodle prikazuje šest petrijevk, sliko pa ustvarja rast bakterij v ploščah.

Petri ni bil prvi, ki je uporabil agar, snov, ki jo proizvajajo alge, za gojenje bakterij, je pa izdelal posodo v kateri se to dogaja. Petrijevka je omogočila bolšo prepoznavo bakterij in bolezni, ki jih povzročajo. Petrijeve plošče so se kasneje iz laboratorija preselile tudi v učilnice, kjer jih spozna vsak učenec biologije.

Petri je umrl 20. decembra 1921.

Vpliv parazita na obnašanje gostitelja

Znana sta vsaj dva primera spremembe obnašanja gostiteljskega organizma pod vplivom gostujočega mikroorganizma. Komarje, nosilce povzročiteljev malarije, človekovo telo bolj privlači kot neokužene insekte. Zaradi okužbe s parazitom Toxoplasma gondii se glodalci manj bojijo mačk, ki so potreben vmesni gostitelj za življenjski krog parazita. Ko avtor zapisa na blogu MicroBe predstavlja ta dva primera, opozarja na nedavne raziskave, ki kažejo, da tudi črevesna mikrobna združba vpliva na obnašanje poskusnih miši, kar so preverjali primerjalno na živalih z indigenim mikrobiomom in na brezkličnih živalih, kjer bi naj slednje bile manj plašne. Brezklične miši naj bi imele povečano raven serotonina, za katerega vemo, da je regulator razpoloženja.

Spletni slovarji (novost!)

Doslej smo do mikrobiološkega in seveda tudi do drugih slovarjev lahko v okviru AMEBISovih aplikacij dostopali preko portala Termania. Zdaj so pri AMEBISu razvili nov, izpopolnjen portal, z več slovarji in izboljšanimi rutinami iskanja v njih. Imenovali so ga ASPplus in predlagam, da si ga naložite v vaše WINDOWS okolje in ga preskusite. Več koristnih informacij boste našli tudi v navodilih, ki spremljajo naložen program ASPplus.

Tisoči milijard celic

Članek, ki je nedavno izšel na Smitsonian.com vam zelo priporočam v branje. Govori o zanimanju današnje znanosti za mikrobno združbo, ki jo sestavlja preko tisoč milijard celic in ki nas še kako osebno zadeva. Gotovo ste že uganili, da govori o mikrobiomu človeka. O tisti množici mikrobnih celic, ki desetkratno presega število celic samega človeškega organizma in poseljuje njegove zunanje in notranje površine. Članek med tekstom izzivalno citira moto ene od ameriških biotehnoloških firm Second Genome, ki pravi: “Najpomembnejši genom v vašem telesu morda ni vaš lastni”. In res, ob nekako 21.000 genih našega organizma, dodajajo mikroorganizmi iz mikrobioma, doslej je bilo v celoti ugotovljenih 10.000 različnih vrst, še svojih osem milijonov genov, ki različno vplivajo tudi na naše telo oz. njegove funkcije. Razumljivo je zato, da se za to področje zanima tudi kapital, ki živahno vlaga v različne projekte za poseganje v in prilagajanje različnih segmentov mikrobioma. V istem trenutku pa je treba prisluhniti tudi glasovom, ki svarijo pred preveliko evforijo. Zato je toliko ustreznejši zaključni stavek članka, ko citira nekega raziskovalca: “Da uporabimo analogijo, smo v grobem kakšno leto zatem, ko je Fleming odkril penicilin.”

O ošpicah

Zdravstveno službo Velike Britanije v zadnjem času zelo zaposljuje izbruh ošpic v pokrajini Swansea, ki je dosegel zaskrbljujoč obseg in kot kaže zahteval tudi že prvo žrtev. Teden dni nazaj se je problematike zaščite pred ošpicami lotila tudi novinarka Nina Knavs v Dnevniku s člankom “Ošpice se vračajo, starši tehtajo” (22. april 2013). Vključila je tudi pričevanje sogovornice, ki je povedala, čemu ni dala cepiti svojih dveh otrok. Bralca najbrž prav zagovor take odločitve posebej presenti. Mati, ki sicer priznava cepljenju zaščitno vlogo, prostodušno prizna, da otrok ni dala cepiti, ker je pri nas zaradi obveznega cepljenja precepljenost tolikšna, da njena otroka nista ogrožena. Naj razume takšen egoizem kdor more. In bil sem zelo vesel, ko se je v Dnevnikovi sobotni prilogi Objektiv (26. april 2013) oglasil v svoji kolumni “Zdravje na račun drugih” prof. dr. Keber in izpostavil to neverjetno sebičnost. Prav tako s pozivom k razumu opozori zdravstvene oblasti, da temeljito premislijo ob načrtovanem spreminjanju zadevne zakonodaje.  

Predavanje

Povzemam po spletu SMD:

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja:

"The Aptamer Technology: Powerful Tools in Basic Science, Diagnostics and Therapy"

ki ga bo predstavil prof. dr. Henning Ulrich, iz Univerze v São Paulu, Brazilija, Kemijski inštitut, Oddelek za biokemijo.

Predavanje bo potekalo v ponedeljek, 29.4.2013 ob 15.00 uri, v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B2.

Povzetek predavanja:
DNA and RNA aptamers interact with their target proteins with high selectivity, specificity and affinity. The SELEX method consists of iterative cycles of in vitro screening of a combinatorial oligonucleotide library containing to 1016 different molecules and possible secondary and tertiary structures for target binding followed by PCR amplification of selected sequences. Aptamer ligands can be developed against almost any target protein. Due to the wide spectrum of applications, these novel molecules are used in numerous pharmacological, clinical and industrial processes. In the beginning, RNA and DNA aptamers were identified which bind to proteins that naturally interact with nucleic acids or small molecules such as ATP. In the following years, the use of the SELEX technique was extended in order to isolate oligonucleotide ligands for a wide range of proteins of importance for therapy and diagnostics, such as growth factors (3), cell surface antigens, entire cells and even whole organisms. Recently, the use of in vitro selection methods have been extended to living organisms such as bacteria, trypanosomes and Plasmodium falciparum-infected erythrocytes. Moreover, since it became apparent that aptamers are capable to distinguish between little differences in cell surface-marker-proteins expressed by i.e. cancer cells, parasite-infected cells or stem cells in comparison to normal somatic cell, they have been developed into promising agents for diagnostic and therapeutic applications. In this talk, I will focus on new accomplishments of the aptamer technology, and demonstrate some examples from my own research.

Predavanje bo potekalo v angleškem jeziku.
Vljudno vabljeni!

Norovirusi – perfektni patogeni

Trebušna gripa, kot ji pogosto napačno rečemo, je največkrat povzročena z norovirusi. V odličnem preglednem zapisu nam Carl Zimmer na svojem blogu Loom predstavi osnovne značilnosti povzročitelja. Zimmer tam citira virologa Arona Halla, ki je svoj nedavni članek v The Journal of Infectious Diseases, naslovil zelo pomenljivo: “Noroviruses are perhaps the perfect human pathogen.”

Carl Zimmer, uspešni pisec knjig in prispevkov, predvsem iz naravoslovja, je nedavno svoj blog Loom preselil v elitno okrilje spletnega salona Phenomena, ki ga vzdržuje založniška hiša National Geographic Magazine. Zimmer je poleg tega, da je izvrsten v poljudnem predstavljanju zahtevnih tem odličen tudi v izkoriščanju spletnega medija za promocijo svoje publicistične produkcije, tako, da ga najdemo na: Twitterju, Facebooku, Pinterestu, in Google+.

Opa!!! H7N9!

Dobesedno povzemam iz bloga MicrobiologyBytes: “…Kitajska je objavila 11 novih primerov H7N9 gripe, s tem, da se je virus zdaj pojavil v osrednji provinci Henan in v prestolnici Beijing. Novi primeri seva H7N9 povečujejo število sporočenih primerov na 60. Umrla sta tudi še dva pacienta…”

Navdušujoča galerija

Tega pa res ne gre zamuditi. Pojdite na galerijsko stran bloga MicrobiologyBytes in si oglejte tamkajšnjo galerijo izjemnih posnetkov, ki so jih pripravili pri reviji Wired. Ne pozabite seveda potem pregledati še vseh povezav, ki sledijo, bogastvo se dopolnjuje.

In ko ste že na tem izjemnem blogu, se ustavite še pri najavah aktualnih člankov iz področja. Kar pri prvem, ki govori o novih spoznanjih o rizičnosti uživanja rdečega mesa, se boste vegetarijanci med vami najbrž široko nasmehnili, nekateri pa najbrž tudi rekli: “… saj smo vedeli…”.      

Delavnica o molekularni filogenetiki

Povzemam email obvestilo kolege dr. M. Črnigoja, ki ga je poslal članom SMD.:

Delavnica o molekularni filogenetiki, od ponedeljka 23. do srede 25. septembra 2013, Ljubljana

Kmetijski inštitut Slovenije bo v okviru projekta CropSustaIn v sodelovanju z European Bioinformatics Institut (EMBL-EBI) iz Velike Britanije organiziral praktično delavnico z naslovom

Molecular Phylogenetics.

Udeleženci se bodo seznanili s programskimi orodji za molekularne študije, se naučili konstruirati in interpretirati filogenetska drevesa ter testirati evolucijske hipoteze.

Kdaj? Od ponedeljka 23. do srede 25. septembra 2013
Kje? Predvidoma v računalniški učilnici na Biotehniški fakulteti v Ljubljani, Jamnikarjeva ulica 101, Ljubljana.
Informacije o programu najdete >tukaj:

Delavnica bo v angleškem jeziku. Število mest je omejeno. Udeležba po principu prijav do zasedbe prostih mest.
Kotizacije ni.
Prijavite se tako, da izpolnite formular

(http://www.cropsustain.si/archives/620)

in ga do 16. aprila 2013 pošljete na barbara.geric@kis.si. O izboru boste obveščeni po e-pošti do 7. maja 2013.

Koronavirusno opozorilo

Na spletnem portalu WHO, spletni strani GAR, preberemo sporočilo, cit: “

23. marec 2013 – Ministrstvo za zdravje Saudske Arabije je obvestilo WHO o novem, potrjenem primeru infekcije z “novim koronavirusom (nCoV)”.  Pacient je bil v kontaktu s prejšnjim primerom opisanem v Disease Outbreak News 12. marca 2012. Ta oseba je obolela za blago obliko bolezni, je ozdravela in bila odpuščena iz bolnišnice. Trenutno je premalo znanega o načinu in izvoru prenosa. Do danes je WHO zbrala obvestila o 16 potrjenih primerih okužb človela z nCoV, vključno z devetimi smrtnimi primeri.”

Več o koronavirusnih infekcijah lahko preberete tudi >tukaj. 

Odlični MicroBe

Med blogi, ki sem jih odkril v zadnjem času me najbolj navdušuje MicroBe. Zaradi aktualnih vsebin in zaradi odličnih slik in ilustracij. Avtorico je mogoče slediti tudi na Twitterju in Facebooku.

Mikrobiom in diabetes

Najnovejše raziskave sesalskega mikrobioma (mikroorganizmov, ki jih nosimo na in v sebi) odkrivajo njegove presenetljive medsebojne učinke na hormonsko regulacijo in imunski status gostiteljskega organizma. Marklova s sodelavci v prispevku »Sex differences in the gut microbiome drive hormone-dependent regulation of autoimmunity«, objavljenem nedavno v reviji Science, opozori na vpliv prebavne mikrobne združbe na pojav diabetesa tipa 1 pri diabetesnih modelnih miših v spregi s statusom spolnih hormonov, ko so ženske živali za diabetes občutljivejše od moških. S prenosom vsebine debelega črevesa iz moških na ženske živali je bilo pri slednjih mogoče omejiti riziko nastanka sladkorne bolezni, mehanizem pa je bil vezan na povečanje ravni testosterona pri ženskih živalih. Pri brezkličnih živalih teh vplivov ni bilo mogoče spremljati.

Nova imunološka revija v OD

Založba John Wiley & Sons, Inc.  je najavila v okviru svojega programa Wiley Open Access novo odprtodostopno revijo za področje imunologije “Immunity, Inflammation and Disease”.

Vse je povsod…

Ed Yong povzema v svojem blogu raziskavo, ki so jo nedavno objavili raziskovalci pod vodstvom J. Gilberta iz Univerze v Chicagu. Ugotovitve iz njihove objave navezuje Yong na izrek Nizozemca Beckinga iz leta 1934: “Vse je povsod, okolje pa izbira”. Raziskava vzorcev morske vode iz Rokavskega preliva je v sestavi mikrobnih skupin, spremljanih s sodobnimi molekularnimi metodami ugotavljanja zaporedja DNK, ugotovila v poprečju 44% skladnost s podatki iz obsežne baze ICOMM (International Census of Marine Microbes). Yong citira Gilberta: “Vsak vodni delec oceanov je lahko kjerkoli vsakih 10.000 let in organizmi v njih so prisotni 3 milijarde let”, nato pa sam nadaljuje: “Dovolj je časa, da se lahko premaknejo kamorkoli”.

Mikrobiološki slovar v novem spletnem okolju na Termanii

Na spletnem portalu Termania, njegov spletni založnik je Amebis d.o.o. iz Kamnika, bo v bogatem naboru spletnih slovarjev poslej na voljo tudi Mikrobiološki slovar, ki nastaja v terminološki komisiji Slovenskega mikrobiološkega društva (TK SMD). Doslej je v slovar vključenih 4500 gesel s področij mikrobiologije in imunologije, ki so dostopna v odprtem dostopu. Slovar je oblikovan kot projekt s stalnim dograjevanjem zato TK SMD vabi uporabnike k sodelovanju za njegovo izboljšavo tako da predloge, pripombe in kritična sporočila pošiljate na elektronski naslov franc.nekrep<at>gmail.com.

Srečno 2013!

V novem letu želim vsem maksimiranje dobrega in minimiranje, še bolje, ukinjanje vsega slabega! Ne smemo pozabiti, da vzvode držimo v svojih rokah: in skupaj lahko obvladamo vse vzvode. Krepko poprimimo!