mBiosphere

Pred letom sem že opozoril na novo odprtodostopno mikrobiološko revijo, mBio iz hiše ASM. Zdaj so se uredniki mBio odločili, da bodo vse sveže novice o objavah v reviji predstavljali v posebnem blogu mBiosphere.

Na današnji dan…

Naravoslovci se današnjega dne spominjamo zaradi dveh dogodkov. Tega dne leta 1822 se je v francoskem kraju Dole rodil Louis Pasteur, kemik in eden od utemeljiteljev mikrobiologije kot vede in stroke. In na ta dan leta 1931 se je Charles Darwin odpravil na krovu ladje Beagle na svojo znamenito pot okoli sveta, ki ga je inspirirala pri oblikovanju njegove evolucijske teorije.   

Užijmo praznični čas

 

Vsem bralcem želim prijazno božično praznovanje in veliko dobrega v novem letu, vaš bloger Franc

O znanstvenem žurnalizmu

Toplo priporočam vsem svojim bralcem, da si preberete članek Bore Živkoviča “The Line Between Science and Journalism is Getting Blurry….Again” iz spletnega časnika Science Progress.

Izvor haitske kolere

Vsem nam je živo pred očmi tragika povezana z letošnjim izbruhom kolere v potresno prizadetem Haitiju. Dodatno je zadeva doživela veliko medijsko pozornost zaradi nemirov, ko so se domačini spopadli z enotami Združenih narodov iz Nepala, ki naj bi prinesli kolero na Haiti. Primera se se je takoj lotila Svetovna zdravstvena organizacija (WHO), ki je angažirala raziskovalce na Howard Hughes Medical Institute (HHMI) pod vodstvom dr. Matthewa Waldorja. Po podatkih WHO je doslej na Haitiju zbolelo več kot 93.00 ljudi, umrlo pa 2.100 in izbruh bo po vsej verjetnosti trajal vsaj še leto dni. Raziskovalci HHMI so ob uporabi najsodobnejše opreme za sekvenciranje (ki je, mimogrede, še v razvoju) preiskali več sevov Vibrio cholerae na ravni analize celotnega genoma. V nekaj dneh so ugotovili, da po vsej verjetnosti sev, ki so v ozadju tega izbruha ne izvira iz Južne Amerike, kjer sicer občasno poročajo o endemskih žariščih te bolezni, ampak da ima verjeten izvor v Južni Aziji. Raziskava doslej ni potrdila konkretnega suma povezanosti izbruha kolere z nepalskimi vojaki, saj raziskovalci niso imeli na voljo seva kolere z izvorom v Nepalu.

Kot lahko tudi preberemo v tem viru je zanimiva ne samo učinkovitost razkritja izvora, ampak tudi izjemna ekspeditivnost v objavi rezultatov. Potem ko so raziskovalci prejeli prve haitske seve 8. novembra letos je bil koncept z ugotovitvami poslan reviji 19. novembra in članek je bil objavljen v New England Journal of Medicine že 9. decembra. Vprašamo se lahko koliko bo tudi  to dejstvo dodalo k vrednosti indeksa citiranosti.

Raziskovalno delo za študenta mikrobiologije

S posredovanjem SMD sem prejel zanimivo ponudbo dr. Jerneja Uleta iz MRC Laboratory of Molecular Biology Cambridge, UK:

Imam prosto mesto za študenta, ki bi za pol leta obiskal naš laboratorij in delal z mojim postdocom, Julianom Konigom. Julian ima v pripravi izredno zanimiv članek, a rabi pomoč, da lahko v pol leta konča poskuse. Tema je evolucija možgan. Delo vključuje predvsem molekularno biologijo, delo z splicing minigeni in mutacijami vezavnih mest za protein hnRNP C. Organizmi: HeLa celice in bakterije. Sicer je projekt baziran na sistemski biologiji, pri bioinformatiki sodeluje skupina Blaža Zupana. Projekt je nadaljevanje zgodbe, ki je bila objavljena letos v NSMB (Konig et al, iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution). Tule več o projektu in naši skupini: http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/jule/Ule_Lab_Homepage.html. Plača bi bila približno 1100 funtov na mesec. Moj kontakt je jule@mrc-lmb.cam.ac.uk.
lp,
Jernej

Predavanje prof. dr. Jureta Piškurja

Iz katedre za molekularno genetiko in biologijo mikroorganizmov Oddelka za biologijo BF sporočajo:

Vabimo vas na predavanje prof. dr. Jureta Piškurja z Univerze v Lundu  na Švedskem, ki bo v ponedeljek, 13. 12. 2010, ob 13.15. uri  v predavalnici P5 v Biološkem središču. Naslov predavanja je: Molekularni mehanizmi pri vzporedni evoluciji kvasovk. Kratek avtorjev povzetek predavanja: 

The fundamental characteristic of the Saccharomyces yeasts is their ability to degrade sugars to two-carbon components, in particular ethanol, even in the presence of excess oxygen. This characteristic is called the Crabtree effect and represents the background for the “make-accumulate-consume” strategy , which in natural habitats helps Saccharomyces yeast to out-compete other microorganisms. A whole genome duplication (WGD) and promoter-rewiring in the Saccharomyces cerevisiae lineage, which occurred around 100 mya, were the main molecular events providing the background for evolution of this strategy. Here we show that the Dekkera bruxellensis lineage, which separated from the Saccharomyces yeasts more than 200 mya, also efficiently make, accumulate and consume ethanol and acetic acid. Analysis of promoter sequences indicate that the D. bruxellensis lineage, just like S. cerevisiae, underwent a massive loss of a specific cis-regulatory element from dozens of genes associated with respiration, and we show that this promoter-rewiring contributes to the observed Crabtree effect.  Apparently, the same molecular mechanism has been employed independently by at least two distinct lineages.

(Hvala za posredovano sporočilo doc. dr. Jerneji Ambrožič Avguštin)

Napovedna mikrobiologija

Področju v mikrobiologiji, kjer uporabljamo matematične modele za napovedovanje rastnih značilnosti mikroorganizmov (kinetika, inhibicija…) pravimo napovedna mikrobiologija (angl.: “predictive microbiology”). Pomemben razvoj je doživela zlasti v prehranski in medicinski mikrobiologiji.

Nabor spletnih virov za področje napovedne mikrobiologije najdete na spletni strani USDA-NAL.

Umrl je Frank Fenner

Kot je sporočila avstralska nacionalna univerza (ANU) je umrl njihov dolgoletni član, mikrobiolog, zaslužni prof. dr. Frank Fenner. Raziskoval je viruse koz, posebne zasluge pa si je pridobil z vodenjem skupine pri Svetovni zdravstveni organizaciji, ko se je leta 1969 pričel ukvarjati s projektom eradikacije črnih koz, postal 1977 vodja projekta in je leta 1980 objavil njegov uspešen zaključek, ki je pomenil globalno zatrtje tega strašljivega epidemičnega obolenja.

Atmosfera – mikrobni ekosistem

Kot lahko preberemo v New Scientistu, v kubičnem zraka najdemo do 100 milijonov mikroorganizmov. Njihovo raznolikost nekateri primerjajo z ekosistemom tal, čeprav je prvi neprimerljivo manj raziskan, pred aeromikrobiologijo so torej pomembni izzivi. Mikrobi zraka naj bi namreč pomembno sodelovali tudi pri klimatskih spremembah.

NASA sklicala tiskovno konferenco.

Nasa je nekaj zadnjih dni napovedovala tiskovno konferenco z zelo presenetljivimi novicami o življenju v vesolju. Morda so bralci popularnih medijev pričakovali več, slišati je bilo tudi odmeve tipa: “…tresla se je gora, rodila se je miš.” Vendar pa je dr. Felisa Wolfe-Simon, ki je na konferenci predstavila svoje raziskave poudarila, da doslej odkrito samo odpira vrata do novih spoznanj o naravi življenja na drugačnih osnovah, kot smo jih poznali doslej. Njena raziskovalna skupina je namreč ugotovila, da lahko določene ekstremofilne bakterije za sestavljanje DNK uporabijo tudi element arzen namesto za naše dosedanje pojmovanje običajnega fosforja. Sicer je pa novinarski sklic NASA namenila tudi objavi odkritja novih območij vesolja, kjer predvidevajo pogoje za prisotnost življenja; objava konkretnih podatkov naj bi kmalu sledila v reviji Science. Kritični poročevalci pravijo, da je eden od razlogov tako odmevnega sklica tiskovne konference tudi v želji, da bi NASA uspela navdušiti državo za dodatna vlaganja v raziskave vesolja.

Neugotovljeni HIV

Današnji dan nas opozarja na AIDS. Po oceni ECDC je 30% okuženih s HIV nediagnosticiranih; po državah ta podatek niha med 15% in 50%.