EDU spleti

Na EDU forumu ameriškega društva mikrobiologov (ASM) so učitelji, člani ASM, zbrali najbolj priljubljene spletne strani, ki se jim zdijo koristne pri pouku mikrobiologije. Nastal je kar lep spisek URL naslovov:

www.cdc.gov

http://www.microbelibrary.org/

www.asm.org

http://www.asm.org/division/c/index.htm

http://www.asm.org/division/c/index.htm

http://www.dpd.cdc.gov/DPDx/

http://www.promedmail.org/pls/otn/f?p=2400:1000:

http://www.doctorfungus.org/index.htm

http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/

http://foodsafe.ucdavis.edu/music.html

http://www.kensbiorefs.com/Microbio.html

http://www.biofilmsonline.com/cgi-bin/biofilmsonline/index.html

http://www.biofilmsonline.com/cgi-bin/biofilmsonline/ed_laboratory_exercises.html

http://www.erc.montana.edu/biofilmbook/

http://www.erc.montana.edu/

http://phil.cdc.gov/phil/home.asp

http://dermatlas.med.jhmi.edu/derm/index.cfm

http://www.bio.davidson.edu/projects/aidspopculture

http://the-aids-pandemic.blogspot.com/

http://phobos.apple.com/WebObjects/MZStore.woa/wa/viewPodcast?id=159063569

http://www.bacteriamuseum.org/

http://vm.cfsan.fda.gov/~mow/intro.html

http://people.ku.edu/~jbrown/bugs.html

http://www-cyanosite.bio.purdue.edu/index.html

http://www-cyanosite.bio.purdue.edu/index.html

http://www.microbeworld.org/

http://commtechlab.msu.edu/sites/dlc-me/zoo/

http://microbiol.org/

http://www.scotcal.co.uk/murray.asp

http://schaechter.asmblog.org/schaechter/

http://www.cdc.gov/ncidod/eid/index.htm
http://www.wadsworth.org/

http://web.mst.edu/~microbio/MOWhome.html
http://www.kcom.edu/faculty/chamberlain/

http://www.lumen.luc.edu/lumen/DeptWebs/microbio/med/gram/gram-stn.htm

http://halo.umbi.umd.edu/~haloed/

Evolucija višjih evkariontov

Potem ko se je v zemeljski atmosferi pričel pojavljati kisik nekako 2,5 milijarde let nazaj je šele pred 600 milijoni let dosegel koncentracije, ki so omogočile razvoj večceličnega življenja in s tem tudi razvoj višjih organizmov, vključno z živalmi. Raziskovalci v marčevski številki revije Nature, kot povzema Physorg.com, ugotavljajo, da je bil čas skoraj dveh milijard let evolucijsko torej precej skromen, razlog zadržane evolucije pa iščejo v pomanjkanju tako kisika kot molibdena v oceanskem okolju. Molibden je namreč potreben v fiksaciji dušika, kar zagotavlja oskrbo s potrebnimi sestavinami celične gradnje.

Zgodnja evolucija življenja in tRNA

Nedavni članek v PLoS Computational Biology (članek je odprto dostopen) skuša predstaviti univerzalno filogenetsko drevo življenja nekoliko drugače, kot je veljalo doslej in sicer na osnovi sekvence in sekundarne strukture prenašalne RNK (tRNA). Po novi sliki, ki bo nedvomno izzvala zavrnitve ali vsaj komentarje, so arheje najstarejša skupina, ki preide v dve mlajši, v arhejsko in v bakterijsko-evkarijsko. Izvor virusov je vezan na arhejsko linijo.

HOMD baza

Baza ustnega mikrobioma človeka (Human Oral Microbiome Database - HOMD) želi znanstveni skupnosti zagotoviti izčrpno informacijo o približno 600 prokariontskih mikrobnih vrstah iz ustne votline človeka. Večina teh vrst je še negojenih in niso poimenovane, prepoznane so zgolj po zaporedju njihove 16S rRNA.

O higienski hipotezi

Vse pogosteje se tudi v popularni literaturi in v časopisnih medijih navaja t. i. higienska hipoteza, ki predpostavlja, da pomanjkanje izpostavljenosti kužnim dražljajem, torej infektom v zgodnji otroški dobi, povečuje kasnejšo telesno občutljivost za alergije in avtoimunska obolenja. Žal hipotezi ugovarja prav toliko argumentov, kot jih navajajo v njen zagovor, tako da je nesmiselno, da bi se zato odpovedovali osebni higieni ali se izogibali vakcinaciii. Lahko prisluhnete podkastu na omenjeno temo (bodite pozorni, da imate vključen zvočni predvajalnik za mp3 dokumente npr. iTunes).

Varujmo se stresa

Saj vsi vemo, da nam stres ni v prid, vendar tale prispevek nam pojasni, kako postanemo v stresnem stanju izrazito občutljivi za infekcije. 

Knjiga o H. pylori

Vsem, ki se ukvarjate z bakterijo Helicobacter pylori ; v kolikor še ne veste: pri Caister Academic Press je izšla monografija o njej.

Kreacionisti se smešijo še naprej

Tole zgodbo o vedenjskih vzorcih, ki si jih privoščijo ameriški kreacionisti (ali bolje zagovorniki ID - inteligentnega načrta) velja povedati. Posneli so namreč nov propagandistični film Expelled in vanj vključili tudi nekaj intervjujev z znanimi evolucionisti. Mimogrede je treba omeniti, da so do teh pogovorov prišli tudi po zvijačni poti, ko intervjuvancem npr. niso povedali pravega razloga za snemanje. Pa to je že drugi del zgodbe. Najzanimivejši je dogodek, ko so znanemu evolucijskemu biologu PZ Myersu, sicer profesorju na Univerzi Minnesota in med drugim avtorju zelo odmevnega bloga Pharyngula prepovedali ogled filma in to po zelo nenavadnem postopku. In povedati je treba, da je prav PZ Meyers bil eden od intervjuvanih iz filma. Drugi je bil drug znani evolucionist, Richard Dawkins, ki je, zanimivo, tudi bil na predstavitvi filma in njemu so ogled dovolili (morda ga niso prepoznali?). Sicer si pa lahko njuno pričevanje o dogodku pogledate na video spotu. Kdor bi pa rad prebral nekaj več o ozadju celotne zgodbe bo moral na Dawkinsov splet.

Nova mikroskopija

Nedavno so bili v reviji Nature predstavljeni rezultati nove mikroskopske metode, ki je zahtevna kombinacija računalniške tehnologije in elektronske ultramikroskopije, v t.i. kriomikroskopiji s posamičnimi elektroni. Predstavljena je bila upodobitev virusa epsilon 15 in slike so bile markantne, najprej ker učinkovito zamrzovanje ohranja zelo realistično strukturo objekta, ob tem pa je mogoče zlahka prepoznati delce velike polovico nanometra, kar pomeni, da razkrivamo razdalje blizu ravni atomov.

Senzorsko odkrivanje antraksa

Na tržišču se je pojavil detektor za hitro dokazovanje šestih patogenih dejavnikov, ki jih lahko pričakujemo v morebitnem bioterorističnem zračnem napadu, med drugim povzročitelje antraksa, črnih koz, toksina ricina in botulinus toksina ter še dveh drugih bakterij.

Nov napad na mikobakterije

Razikovalcem Weill Medical Collegea na Univerzi Cornell je uspel zanimiv korak v obvladovanje infekcije z Mycobacterium tuberculosis. Vodilna avtorica raziskave dr. Ruslana Bryk pojasnjuje pomen mikobakterijskega encima znanega s kratico DlaT (dihidrolipoamidna acetiltransferaza) v presnovi bakterije, ki jo ob tem varuje pred oksidativnimi poškodbami s strani humanih imunskih celic, kot so makrofagi. V poskusih na morskih prašičkih so dokazali, da je DlaT ključna molekula v razvoju aktivnega obolenja iz latentne okužbe. Zato so raziskovalci izbrali prav to molekulo kot tarčo in v obsežnem presejalnem testu preiskali 15.000 spojin, da bi našli take, ki inhibirajo DlaT. Našli so jih v kemijski skupini rodaninov in verjamejo, da bo s temi inhibitorji uspelo podpreti imunski odziv gostitelja v obvladovanju latentnih mikobakterijskih celic.

O bakteriofagih

Če bi radi pridobili nekaj aktualnega znanja o bakterijskih virusih, zlasti o njihovi ekologiji, potem preberite članek "Optimal Foraging by Bacteriophages through Host Avoidance" v novem zvezku American Naturalist-a, ki je na voljo v odprtem dostopu.

Microbial Biotechnology

Microbial Biotechnology je nova znanstvena revija, ki jo bo za britansko društvo Society for Applied Microbiology izdajala založba Wiley-Blackwell. V letu 2008 bodo predvidoma članki na spletu še prosto dostopni.

ETiBR

Nedvomno bodo raziskovalci v biomedicini toplo pozdravili novo elektronsko revijo iz založniške hiše Cell Press "Evaluating Techniques in Biomedical Research" (ETiBR) ki v odprtem dostopu objavlja poročila o pomembnejših tehnikah v biološkem raziskovanju: kako pridobiti podatke, kako jih predstaviti in kaj v eksperimentu pomenijo kontrole.

Bakterije v mitohondrijih

Še pred časom je Elio Schaechter pisal o zanimivi najdbi endosimbiontskih bakterij, torej takih, ki živijo znotraj drugih celic in sicer pri klopih Ixodes ricinus, prenašalcih Lymske borelioze. Posebna zanimivost takratne najdbe je bila, da so sožitne bakterije, pogojno so jih takrat poimenovali Candidatus Midichloria mitochondrii, našli ne v citoplazmi, ampak znotraj mitohondrijev, ki so pri klopih precej veliki. V novem zapisu nas Elio seznanja z nadaljnjimi najdbami, ko so mitohondrijske prebivalce, podobne M. mitochondrii našli zdaj tudi pri drugih vrstah klopov.

Genome Projector

(Povzemam po Bio-ITWolrd): Kazaharu Arakawa iz Univerze Keio (Japonska) je po uspehu s svojim projektom ECell 3D zdaj pripravil novo bioinformacijsko orodje. Tokrat gre za iskalnik po genomskih bazah, ki je močno inspiriran z sodobnim grafičnim pristopom, kot ga uporabljata npr. Google in iTunes. Govorimo o programu Genome Projector, ki ga trenutno sestavljajo štirje tematski zemljevidi za pregled 320 bakterijskih genomov.

Z virusi nad možganske tumorje

Iz Univerze Yale poročajo, da so njihovi raziskovalci ugotovili v poskusih na miših, kako virus, soroden povzročitelju stekline učinkovito uničuje celice posebno malignega možganskega raka, pušča pa zdravo tkivo neokvarjeno. Tkivo humanega glioblastoma, opremljeno z barvnim markerjem so transplantirali miškam in nato po parenteralni aplikaciji prav tako barvno označenega virusa vezikularnega stomatitisa sledili njegovo obnašanje. V nekaj dneh je virus dosegel možgane, selektivno prodrl v tumorsko tkivo in ga razgradil, zdravega tkiva pa se ni lotil. Postopek seveda pušča odprta številna vprašanja, zlasti čemu je virus tako selektivno učinkovit; tudi odgovor na to je nadaljnja naloga raziskovalnega tima pod vodstvom prof. Van den Pola.

Lepljenje nanodelcev na bakterije

Kot kaže prodira nanotehnologija v vse pore vsakdanjosti. Po poročilih iz Univerze Clemson (J. Karolina, ZDA) so razvili poseben dodatek krmi za perutnino, kjer naj bi dodani nanodelci varovali živali pred okužbami z bakterijami, prisotnimi v krmi. Skrivnost tiči v dodatku drobnih mikroskopskih kroglic iz polistirena na katere so pritrjeni sladkorni radikali, ki jih bakterije prepoznajo in se nanje prilepijo. Oblepljene s številnimi nanodelci bakterije ne morejo razviti svojega patogenega delovanja ter se ob praznjenju črevesa brez učinka izločijo iz organizma. Končni cilj je razviti zaščito ljudi, zlasti otrok v deželah v razvoju pred črevesnimi obolenji, ki so posledica neustreznih higiensko sanitarnih pogojev.

Zahvala mentoricam in mentorjem

Vsem, ki ste zamudili včerajšnji dogodek v organizaciji Slovenskega društva za visokošolsko didaktiko (SDVD) želim priklicati obžalovanje in tudi malo slabe vesti. Vsekakor bi si tehtnost dogodka zaslužila bolj poseljen avditorij, kljub temu pa upam, da smo slavljencem, skupini mentoric in mentorjev, ki so vodili letošnje slovenske študente na vnovično zmagovalno pot v Boston (ZDA) na tekmovanje iGEM 2007, prisotni uspeli pokazati svoje navdušenje in hvaležnost pri udejanjaju najtehtnejšega univerzitetnega poslanstva, dela s študenti. Prijetno vodenje prireditve, iskrivi nagovori, poučna predstavitev zmagovalnega projekta in simpatična glasbena spremljava so dali dogodku komorno podobo, ki jo velikokrat na uradnih proslavah pogrešamo. Ponovno čestitke tako mentoricam in mentorjem kot študentom za izjemen razlog prijetne prireditve.      

Energenti četrte generacije

Znani, marsikdo bo rekel kar razvpiti molekularni genetik Craig Venter je v predavanju v kalifornijskem Montereyu pred avditorijem s številnimi ugledneži predstavil svoj projekt mikrobne energetske prihodnosti z besedami: "Naš skromen cilj je nadomestiti petrokemijsko industrijo in zagotoviti poglavitni energetski vir." V t.i. četrti generaciji energetske oskrbe naj bi z manipuliranimi oblikami življenja ob uporabi CO2 proizvajali metan kot energetski vir.

Umetni sneg in bakterije

Marsikje v svetu danes v pripravi umetnega snega dodajajo k vodi, ki jo uporabljajo, mikroorganizme, žive ali mrtve. Mikroorganizmi naj bi kot jedra kristalizacije olajšali ustvarjanje kristalov ledu. Ta podatek je skladen tudi z novejšimi najdbami, ko v deževnih kapljah in snežnih kristalih dokazujejo stalno prisotnost mikrobnih celic. Med mikroorganizmi največkrat omenjajo kot posebno "zaslužno" za nastajanje kristalov ledu bakterijo, ki je tudi znana kot rastlinski patogen, namreč Pseudomonas syringae.

Proteini, ki bakterije zaščitijo pred antibiotiki

Raziskovalca Ibba in Roy iz Univerze Ohio State sta prepoznala vlogo dveh proteinov, ki omogočata bakterijam, da pridobijo odpornost proti nekaterim antibiotikom. Morda se bo izkazalo celo, da gre za snovi, ki so odgovorne za odpornost bakterije Staphylococcus aureus na meticilin, bolj znane po oznaki MRSA.

Preučevala sta dva proteina poimenovana MprF1 and MprF2, ki rezistentnim bakterijskim celicam spremenita naboj citoplazemske membrane iz negativnega v pozitivno stanje. Veliko antibiotikov ima pozitiven naboj in jih privlačijo negativno nabite celice; če spremenijo naboj to antibiotske molekule odbija. Beljakovinske molekule MprF prizadenejo membranski potencial po poti posebnih prenašalnih RNK (tRNA), ki vključujejo aminokisline v membransko strukturo, kar membrani spremeni naboj.

EOL - Encyclopedia of Life

Na spletni strani EOL lahko prebiramo prve zapise mega projekta Encyclopedia of Life, ki je nastal na pobudo znanega ekologa E.O. Wilsona in z začetnim vlaganjem fundacije MacArthur in fundacije Sloan.

Mikrobna filozofija

Tokrat nas je Elio napotil na spletni naslov Dimensions of Microbiology na Univerzi Exeter (UK), kjer najdemo povezave do vsebin socioloških in filozofskih vidikov vezanih na mikrobiologijo. Skoraj nenavadne vsebine a bi bilo škoda, ko bi jih človek zgrešil.

Ebola vakcina

Kmalu lahko morda pričakujemo učinkovito vakcino za obrambo pred strašljivimi virusi iz družine Filoviridae, povzročitelji hemoragičnih vročinskih obolenj kot sta Ebola in Marburg. Na poskusnih živalih, v konkretnem primeru na opicah, so preskusili kombinirano vakcino, v kateri so uporabili zgolj virusne delce (vakcina iz skupine t. i. podenotnih vakcin; z angl. oznako VLP - "virus like particles"). Preskus je bil zelo uspešen.

Stresno izzvan antibiotik

Raziskovalci na Massachusetts Institute of Technology (MIT) so uspeli izzvati proizvodnjo antibiotsko aktivne učinkovine pri bakteriji, ki dotlej ni veljala za proizvajalko antibiotikov. Talno bakterijo Rhodococcus fascians so gojili v prisotnosti bakterije iz rodu Streptomyces, pri katerih je proizvodnja antibiotskih snovi običajna, zato so pričakovali, da bodo v tej kokulturi podlegli rodokoki. Zgodilo pa se je prav obratno, propadle so streptomicete in raziskovalci so ugotovili, da so rodokoki nepričakovano izdelali antibiotsko snov, ki so jo imenovali rodostreptomicin. Zaenkrat ostaja ozadje tega pojava nepojasnjeno, predpostavljajo pa, da je morda v tekmovanju rodokokov in streptomicet stresni odziv pri prvih zaradi ogroženosti induciral na antibiotski učinkovini temeljeno obrambo. Ob tem so raziskovalci ugotovili še, da je najdeni antibiotik posebno učinkovit proti  Helicobacter pylori  kar morda obeta novo obliko zdravljenja želodčne razjede pri človeku.