Biolistična transfekcija

Tudi tokrat vas bom napotil na blog Césarja Sáncheza in sicer za ogled videoklipa o pripravi z DNA prekritih zlatih projektilov za biolistično transfekcijo tarčnih celic. Bodite v zapisu pozorni tudi na predstavitev revije JoVE in bloga JoVE, kjer pripravljajo podobne zanimive predstavitve eksprimentalnih tehnik.

CRISPR

Je kratica za genetsko zaporedje s precej zapletenim imenom, ki v angleščini zveni tako: "clusters of regularly interspaced short palindromic repeats". Po letu 1987 so jih odkrili v številnih prokariontskih genomih, npr. v 40% bakterijskih in v 90% arhejskih. CRISPR je zaporedje (angl. array) direktnih ponovitev, ki ga prekinjajo kratki vmesniki (angl. "spacers") in njihovo število variira med organizmi, kot je različno tudi število vmesnikov. V posameznem organizmu so zaporedja v glavnem enaka, vmesniki pa variirajo. Zgodba je postala zanimiva, ko so odkrili, da zaporedje v nekaterih vmesnikih ustreza zaporedju v nekaterih fagih ali plazmidih. V mlekarski industriji, kjer okužbe z bakterijskimi fagi predstavljajo hud problem pri ohranjanju funkcionalnosti delovnih organizmov, je na voljo veliko za fage rezistentnih bakterij, kot tudi njihovih genomskih sekvenc. Pri izzivanju novih rezistentnih bakterij so opazili zanimiv pojav: vsak nov rezistenten bakterijski sev je v CRISPR zaporedju pridobil tudi nove vmesnike, katerih zaporedje je ustrezalo zaporedju kužnega fagnega genoma, govorili bi lahko o prirojeni adaptivni imunosti bakterij. Podrobneje je tema predstavljena v Elijevem blogu, tisti ki imajo dostop do Nature edicij pa si lahko preberejo tudi obsežnejši revijalni pregled.

Nekaj za mikrobiologe, ki ljubijo tudi ptice

Tale bloger se je pa res potrudil; pripravil je zbirko audio klipov za ljubitelje ptičjega petja. Prihaja pomladni čas, ko jih bomo še posebno veseli. Avtor dodaja vsakokratne opise ptic iz wikipedije. Morda bodo nekateri obžalovali, ker je zadeva samo v nemškem jeziku.

Energenti iz alg

Iz Kalifornije prihaja vest, da je firma Solazyme razvila nov postopek pretvorbe biomase do bioenergentov s pomočjo alg. Za razliko od dosedanjih postopkov, kjer so algam dajali prednost zaradi sposobnosti fotosinteze, so se, zanimivo in nenavadno, v novi rešitvi odločili za njihovo gojenje v zaprtih bioreaktorjih. V proizvodnji uporabljajo gensko spremenjene organizme, pri čemer alge pretvarjajo sladkorni substrat do olj, ki jih nato predelajo v dizelsko gorivo (Soladiesel TM).

Porajajoče se nalezljive bolezni

Raziskovalci londonskega Zoološkega društva (Zoological Society of London (ZSL)) so s sodelavci še iz dveh ameriških univerz pripravili geografski zemljevid o razširjenosti t. i. porajajočih se nalezljivih bolezni (angl. "emerging infectious diseases" - EIDs) v svetu. V objavi v reviji Nature so analizirali podatke o pojavih 335 teh obolenj med leti 1940 in 2004. Pretežno število izbruhov ima svoj vir v vrstah prostoživečih živali.

Preskakujoči geni in HIV

Iz skupine profesorja Towersa iz britanskega UCL (University College London) prihajajo vzpodbudne novice o možnosti zaščite človeka pred virusom HIV. Z novo odkritimi geni, ki opice varujejo pred retrovirusi kot je HIV, načrtujejo raziskovalci razvoj genske terapije za AIDS pri človeku. Najdba temelji na razumevanju bioloških mehanizmov, kako se lahko retrovirusi selijo med različnimi živalskimi vrstami in kakšno vlogo imajo pri tem t. i. preskakujoči geni (angl. "jumping genes", sl. tudi "preskočni geni") v zagotavljanju imunosti pri nekaterih opicah.

Terapija z bakteriofagi

Opozoril bi vas na zapis v blogu Césarja Sáncheza o zdravljenju bakterijskih infekcij z bakteriofagi, predvsem pa na zanimiv video klip, ki ga je o tej temi pripravilo uredništvo BBC Two v oddaji Horizon. César dodaja tudi nekaj povezav k sorodnim spletnim zapisom.

Izstradanje bakterij

Skupina raziskovalcev na Univerzi Vanderbilt je odkrila v nekaterih imunskih celicah beljakovine, ki ustavijo rast na antibiotike rezistentnih sesov Staphylococcus aureus (npr. znanih kot MRSA), tako, da jih pravzaprav "izstradajo", saj jim preprečijo dostop do za rast pomembnih mangana in cinka. Proteini z imenom calprotectini imajo namreč kelatne lastnosti, torej sposobnost vezave teh mineralnih hranil.

Pričetek večceličnosti

Pri enoceličnih hoanoflagelatih, bičkasti praživalih, so odkrili več skupin genov, take ki določajo proteine, pomembne v medceličnem signaliziranju in druge, ki sodelujejo pri povezovanju celic, kot značilnega pojava večceličenga združevanja. Morda je najdena manjkajoča pot do prednikov višjih večceličnih organizmov, ugibajo N. King, D. Rokhsar in sodelavci, avtorji člankov v Nature in Science.

Študentom 3. in 4. letnika mikrobiologije

Morda vas zanima tale honorarna zaposlitev.

Termiti in bioetanol

Bakterije, ki v prebavilih pomagajo termitom pri razgradnji celulozne biomase, naj bi omogočile razvoj učinkovitejših postopkov za proizvodnjo bioetanola iz lesa in trav. Pri firmi ZeaChem (Menlo Park, CA), so razvili postopek, utemeljen na omenjenih bakterijah, ki naj bi omogočil za 50% večji izplen bioetanola v primerjavi z obstoječimi postopki.

Mlečnokislinske bakterije in HIV

Zdravniki ugotavljajo, da mlečnokislinske bakterije, konkretno vrste Lactobacillus, lahko v vaginalnem okolju z vodikovim peroksidom, ki ga proizvajajo, omejujejo prisotnost virusa HIV. Ob zmanjšani ravni virusa se seveda zmanjša tudi možnost prenosa virusa pri spolnem kontaktu med osebami.

Tetoviranje za vnos vakcin

Nemški raziskovalci predlagajo, da bi bilo mogoče z iglo za tetoviranje v telo vnašati vakcine. Pri raziskavah na miškah so z vakcinacijo po tej poti dosegli 16 močnejši imunski odziv, kot sicer z injiciranjem v mišično tkivo. Zaradi bolečega postopka seveda tak način ne bi bil primeren za preventivno vakcinacijo otrok, učinkovit pa bi bil najbrž za vakcinacijo pri nekaterih vrstah raka.

JOVE

Nima nič opraviti z bogom Jupitrom; JOVE je kratica za Journal of Visualized Experiments. Če vam še ni prišla pred oči jo je vsekakor vredno obiskati, to spletno video revijo za in o biološkem raziskovanju. Pomagala vam bo vedno, ko boste naleteli na novo laboratorijsko tehniko pa je opis običajno preskromen za ponovitev, ko se ubadate s težavami v analitiki pa nimate pri roki kolega(ice), ki bi vam svetoval(a), ko uporablajte analizni postopek, ki je že zdavnaj zastarel pa nimate časa, da bi preskusili novega ali, ko nikjer ne najdete svojega protokola za analizo, ker ste ga nekje založili. Morda je prav ta(ka) metoda predstavljena v JOVE?

O nastanku vrst

Po sledi blogerja Bore sem pristal na spletu časnika Guardian, ki je posvetil ob letošnji 150 obletnici izida Darwinovega kapitalnega dela "O nastanku vrst" obsežen nabor prispevkov o utemeljitelju evolucijskega nauka. K njemu se bomo letos, zlasti pa drugo leto ko bomo praznovali 200. obletnico njegovega rojstva, še velikokrat vračali.

Umrl je Joshua Lederberg

V soboto, 2. februarja, je, kot so v ponedeljek objavili na spletni strani Univerze Rockefeller, umrl v 82. letu  eden najimenitnejših raziskovalcev 20. stoletja, prof. Joshua Lederberg, prejemnik Nobelove nagrade za fiziologijo ali medicino v letu 1958. S svojimi raziskovalnimi dosežki v mikrobni genetiki, ko je med drugim pri bakterijah odkril konjugacijo in kasneje pojasnil tudi trandukcijo genetskega materiala, se je med nesmrtne vpisal kot eden od utemeljiteljev razvoja molekularne genetike in biotehnologije. Bil je tudi eden ključnih zagovornikov sporočanja znanstvene misli v javnosti, ko je npr. kot dolgoletni kolumnist časnika The Washington Post pomembno prispeval k pojasnjevanju socialnih vplivov znanstvenega napredka in ko je na številnih poteh v svetu s svojim racionalnim in humanističnim nastopom osvajal tako kolege znanstvenike kot laično javnost. 

Človek kot superorganizem

Bloger César Sánchez ljudi v svojem včerajšnjem zapisu na simpatičen način predstavi kot superorganizme. Hvaležni smo mu lahko za izčrpen nabor povezav do vsebin, ki osvetljujejo njegovo osnovno tezo, povzeto iz zadnje številke Microbiology Today in naslonjeno na nekaj zanimivih številk:

"...človeško telo sestavlja 10^14 lastnih celic, poseljeno pa je z ~10^15 bakterijskimi celicami in z >10^17 virusi, mikrobni metagenom je nekajkrat večji kot 3×10^9 baznih parov humane DNA..."

In še to: Césarjev blog mi je še posebno pri srcu, najprej ker je zares zanimiv in ker ima v svoji blogroli tudi Mikrob(io)loga. Naj vas spomnim, ta vikend je baje proglašen kot Dan Amnestije Blogrole, ko naj bi v svoje blogrole vključevali tiste, ki niso zelo razvpiti blogerji pa jih imamo vseeno radi. Tudi sam ugotavljam, da preveč skoparim s tem priznanjem; obljubim, da se bom poboljšal.

Rečna slepota

V tropskih območjih je ena tamkajšnjih strašljivih bolezni rečna slepote ("river blindness") s pribl. 18 milijoni bolnikov. Dolgo so jo povezovali z nematodnim zajedalcem Onchocerca volvulus. Vendar naj bi po novih spoznanjih ključno krivdo za obolenje morali pripisati povezanosti nematoda z bakterijo iz rodu Wolbachia, za katero je znano, da je gostujoči organizem torej endosimbiont nematodne gliste in ima pomemben vpliv na njen reproduktivni ciklus. Danes prevladuje mnenje, da naj bi za patologijo slepote bili krivi endotoksini, ki jih sprošča Wolbachia. Obsežnejši zapis o tem nenavadnem patogenem druženju, vključno z vprašanji, ki še terjajo odgovor najdemo v zapisu Elijevega bloga.

Predavanje

V katedri za mikrobiologijo na Oddelku za živilstvo BF Večna pot 111, Ljubljana vabijo na predavanje prof. dr. James I. Prosserja iz Univerze Aberdeen (Škotska , UK): 

AMMONIA OXIDISERS – A MOLECULAR ECOLOGY SUCCESS STORY

Predaval bo v torek, 5. 2. 2008 on 12 uri v Biološkem središču BF, Večna pot 111, Ljubljana, predavalnica B4.