Predstavitev iGEM 2007

O ponovnem velikem uspehu ekipe ljubljanske Univerze na tekmovanju iGEM 2007 v Bostonu ( ZDA) sem že pisal (>1, >2, >3, >4). Zdaj je prišlo iz Kemijskega Inštituta Ljubljana in Univerze v Ljubljani vabilo, s katerim oba organizatorja in udeleženci vabijo na predstavitev projekta:

3. in 4. novembra 2007 je na znameniti univerzi Massachusetts Institute of Technology (MIT) potekalo tekmovanje študentskih ekip z raziskovalnimi projekti na področju sintezne biologije. Ekipa ljubljanskih študentov je dosegla odličen uspeh z uvrstitvijo projekta o zdravljenju HIV med šest finalistov, osvojitvijo zlate medalje
ter prvega mesta med projekti s področja zdravja in medicine.

Vabimo Vas na predstavitev odmevnega zmagovalnega
projekta slovenske ekipe v ponedeljek, 3. decembra 2007 ob 13. uri, v Veliki predavalnici Kemijskega inštituta Ljubljana, Hajdrihova 19.

Po predstavitvi bodo člani zmagovalne ekipe z veseljem odgovarjali na vaša vprašanja.

V želji, da se na dogodku srečamo, vas lepo pozdravljamo!

Prof. dr. Andreja Kocijančič, rektorica, Univerza v Ljubljani
in
Doc. dr. Peter Venturini , direktor,  Kemijski inštitut, Ljubljana

Tekmovanje iGEM 2007, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, ZDA, november 2007 (več informacij: www.ki.si)

Člani zmagovalne ekipe:

ŠTUDENTI:
Katja Kolar
Anja Korenčič
Rok Gaber
Andrej Ondračka
Peter Cimermančič
Saša Jereb
Marko Bitenc

MENTORJI:
prof. Roman Jerala (Kemijski inštitut)
doc. dr. Marko Dolinar (Fakulteta za
kemijo in kemijsko tehnologijo UL)
dr. Mojca Benčina (Kemijski inštitut)
dr. Mateja Manček Keber (Kemijski inštitut)
Gabriela Panter (Kemijski inštitut)
Karolina Ivičak (Kemijski inštitut)

e-knjiga o biotehnologiji

Splet je bogatejši za dragoceno e-knjigo v odprtem dostopu: Microbial Metabolism and Biotehnology. Delo je donacija avtorja Horsta W Dolleja, DSc, DSc (hc), pomočnika direktorja izpostave MIRCEN-Biotechnology Brisbane, IOBB sekretariatu v Kampali za namene izobraževanja v biotehnologiji v sodelovanju z Univerzo Kyambogo v Ugandi.

Hopanoidi

Ko pri obravnavi bakterijskih membran poudarjamo vlogo hopanoidov pri utrjevanju njihove strukture oz. zagotavljanju fluidnosti membran morda premalo izpostavimo njihov dodaten pomen v evolucijskih študijah. O njihovem pomenu, ko služijo kot molekularni fosili, pri prokariontih lahko preberemo v prispevku Fossil fats izpod peresa Tanje Bosak, objavljenem na Elijevem blogu. 

Mikrobne gorivne celice

Vsi, ki se ukvarjate z vprašanji biološko pridobljenih energetskih virov, ste pri brskanju po literaturi bržčas že naleteli na ime Brucea E. Logana iz Penn State University. Njegovo in delo njegovih sodelavcev pušča odmevne sledove zlasti v mikrobni proizvodnji vodika in v njegovi uporabi v mikrobnih gorivnih celicah.

Nov dom mikrobiologije na UW

Dober dokaz, kakšen pomen pripisujejo razvoju v mikrobiologiji je tudi nova zgradba mikrobioloških ved na Univerzi Wisconsin Madison. Je tudi dober primer povzovanja javnih in zasebnih finančnih sredstev. Vrednost impozantne zgradbe je 121 milijonov dolarjev, pri čemer je javnih sredstev bilo za 50 milijonov, medtem, ko so 71 milijonov zagotovili sponzorji, darovalci ipd.   

Kataložni iskalec kemikalij

Kadar npr. iščete določeno kemikalijo po katalogih proizvajalcev v splošnih spletnih iskalcih boste morda slabe volje, ker vas bo zasula množica nekoristnih podatkov. Tu vam lahko pomaga namenski  iskalec R&D Chemicals.

Mikrobni genomski projekti - GOLD

GOLD (Genomes Online Database) je spletni vir za celovit dostop do mikrobnih genomskih projektov, zaključenih in tistih, ki so v teku kot tudi do metagenomov in in meta podatkov. V odprtem dostopu pa si lahko preberete pregledni članek o bazi GOLD, ki je bil objavljen v reviji Nucleic Acids Research.

Genom endosimbiontskih vključkov

Elio v svojem zapisu postavlja vprašanje, ki si ga je že marsikdo zastavil: čemu mitohondriji in kloroplasti niso oddali vse svoje DNA jedru, kot se je to zgodilo hidrogenosomom in nekaterim drugim evkariontskim organelom? Komentarji ponujajo nekaj prav dobrih pojasnil.

V čast Karlu Linneju

Institut Smithsonian je z današnjim simpozijem proslavil 300 let rojstva švedskega botanika Karla Linneja (Carolus Linnaeus), utemeljitelja binomskega poimenovanja v biologiji.    

RNA interferenca proti insektom

Zaščita rastlin pred insekti po poti genske spremembe, ko v rastlino vnesemo sistem za proizvodnjo bakterijskega toksina Bt s katerim sicer bakterija Bacillus thuringiensis v naravi obvladuje širjenje insektov, je znan in priznano učinkovit pristop. Seveda z omejitvami, ker bodisi ne obvladuje vseh herbivorih insektov in ker tudi občutljivi insekti s časom postanejo odporni. Zdaj pa se obeta, kot poročajo raziskovalci multinacionalke Monsanto, nova možnost pri omejevanju škod, ki jih povzročajo insekti in sicer s pomočjo t. i. RNA interference. Članek, ki se sklicuje na dve objavi v Nature Biotechnology, predstavlja morebitno novo možnost, ki jo obetajo raziskave, seveda pa opozori tudi na zadržanost, preden ne bo zadeva temeljiteje raziskana v vseh podrobnostih.

EID pri žabah

S problemom t. i. na novo se porajajočih infektivnih bolezni (»emerging i. diseases« - EID) se medicinske in ekološke vede vse intenzivneje ukvarjajo. V novejšem času ne zgolj pri ljudeh, ampak tudi pri živalih. Poučno je zato prebrati sestavek o širjenju glivnega obolenja pri žabah, kjer se kot poseben dejavnik razširjanja vključujejo tudi fizikalni vplivi okolja.

Še iz Bostona

Na svojem blogu Nove biologije se aktualna iz Bostona oglaša dr. Dolinar, eden od obeh mentorjev (drugi je dr. Jerala) slovenske zmagovalne ekipe.

Sveže iz Bostona

Oglasil se je Rok Gaber s kratko a razveseljivo novico iz tekmovanja iGEM2007; cit:

"Zmagali smo v svoji kategoriji (Health & Medicine) tako, da smo premagali kar nekaj znanih univerz. Skupno glavno nagrado je osvojila univerza v Pekingu."

Naši ekipi iskreno čestitam za uspeh, ki je toliko večji, ker je vloga favorita zaradi lanske zmage bila gotovo zelo obremenjujoča!!!   

"Naši" na iGEM2007

Kot obljubljeno, sporočam sveže novice iz Bostona. Te so izjemno vzpodbudne!!! Član ekipe R. Gaber sporoča, da se je tudi letos slovenska ekipa uvrstila v finale!!! Njihovi konkurenti bodo "trdi": U Paris, U Berkeley, U Peking, UCSF, USTC. Finalni nastop bo danes; takoj ko dobim sporočilo, se oglasim.

Malarija in krvne skupine

Raziskovalci Univerze v Edinburghu so ugotovili, da naj bi bolniki s krvno skupino 0 obolevali za manj resnimi oblikami malarije. Ugotovitev ponuja možnost iskanja novih načinov zdravljenja te, upoštevaje število žrtev, za človeštvo še vedno strašljive bolezni.

Koepidemičnost AIDSa in TB

Resno zaskrbljenost avtorja lahko začutimo iz zapisa na Science Blogu, ki obravnava naraščajoč trend sočasnega pojavljanja AIDSa in tuberkuloze (TB) v subsaharski Afriki, ko obseg razširjenosti obolenja označi kar s pojmom koepidemije. Približno tretjina od 40-tih milijonov s HIVom okuženih ljudi v svetu je istočasno okuženih tudi s TB. V subsaharski Afriki je stanje precej resnejše, saj poročajo, da je polovica novih primerov TB takih z istočasno infekcijo s HIVom, ob tem pa se izraziteje širijo infekcije s povzročitelji TB, ki so odporni proti več različnim protimikrobnim sredstvom.