Slovenija gre znova v Boston: na iGEM 2007

Absolvent mikrobiologije Rok Gaber se mi je oglasil s sporočilom, da zaključujejo priprave za odhod v Boston na iGEM 2007. Spomnimo se, da je slovenska ekipa v lanskem letu na tem prestižnem tekmovanju ZMAGALA (>1  in >2). Kolega Gaber je tudi obljubil, da se mi bo s poti oglašal, tako da spremljajte sporočila, ki jih bom nemudoma vedno objavil na tem blogu.

Na vsak način si oglejte spletno stran njihovega projekta in pokukajte še na splet s predstavitvijo njihovih konkurentov.

IN SEVEDA: ŽELIMO JIM USPEŠNO ZASTOPANJE SLOVENSKIH BARV, 3. in 4. NOVEMBRA PA BOMO TRDNO DRŽALI PESTI ZANJE!!! 

Virusni vdor, ki ga zagreši obramba

Bakterije, ki povzročajo rakavo razraščanje tkiva pri rastlinah (glej tudi Agrobacterium tumefaciens - povzročitelj koreninskega raka ali golšavosti korenin) izkoriščajo za vdor v celično jedro in kasneje v genom obrambni sistem rastline. V članku "Trojan horse strategy in Agrobacterium transformation - Abusing MAPK-targeted VIP1 defence signalling" v reviji Science (318, 453 (2007)) to zdaj pojasnjujejo avstrijski raziskovalci. Prof. Hirt razloži, kako bakterijska T-DNA za vstop v jedro izkoristi celično beljakovino rastline, znano z imenom VIP1 in ki je pravzaprav del celične obrambe pred bakterijskim vdorom. Imunski obrambni sistem rastline po zaznavi prisotnosti tujih molekul v citoplazmi sproža specifične proteinske kinaze, ki fosforilirajo vrsto regulatorskih obrambnih proteinov v citoplazmi. Tak obrambni protein je tudi regulator VIP1, ki po fosforilaciji pridobi možnost vstopa v celično jedro, kjer naj bi aktiviral ustrezne gene v celični obrambi. In prav na ta protein se pripne bakterijska T-DNA, kot trojanski konj skupaj z njim vstopi v jedro in se nato integrira v genom gostitelja ter prične s svojim tumorigenim delovanjem.

Virusi za nanotehnologijo

Članek "Virus-Built Electronics" v Technology Review (za ogled se boste morali prijaviti) vsekakor lahko razburka bralčevo domišljijo. Poroča namreč o možnostih oblikovanja vlaknastih nanostruktur s pomočjo virusov. Kako skupina okoli raziskovalke Angela Belcher na MIT vidi uporabo novih vlaknastih materialov, ki se lahko povezujejo z neorganskimi materiali v baterijah, tranzistorjih ali solarnih celicah in kako je v take prilagoditve mogoče vključiti postopke ciljane evolucije, si velja prebrati v članku.

Digital Folders Network

Tržna načela seveda tudi niso mogla obiti znanstvene blogosfere, kar v načelu ni nič slabega. Učinkovitejše trženje reklamnega prostora je seveda predvsem povezano z obiskom in to sili v združevanje tematskih blogov v manjše ali večje blogerske mreže. Istočasno to prispeva k učinkovitejšim iskalnim rezultatom (slavni SEO). Poskus take mreže je tudi Digital Folders Network, ki ga pa tukaj omenjam predvsem zato, ker je v njem našel zatočišče tudi blog Science in Review, blogerja Antonia Marquesa s kategorijo tudi mikrobioloških vsebin. Znotraj tega je nedavno bilo mogoče zaslediti projekt Science Linked:Bacteria, za katerega je skupina avtorjev prispevala nekaj izvrstnih tematskih esejskih vsebin, ki jih toplo priporočam v branje.  

Metagenomika in CCD

Tokrat se je blogerka Sandra Porter razgovorila o uporabi metagenomike pri odkrivanju nepojasnjenih vzrokov nekaterih bolezni iz skupine t.i. na novo porajajočih se bolezni ("emerging diseases"). Uporabila je za primer trenutno, kot kaže, zelo resen problem izginjanja čebel v Ameriki, natančneje bolezen CCD (edini prevod, ki sem ga našel na slovenskih spletih: "kolaps čebeljega roja"). Ob številnih drugih vzrokih iščejo vzrok tudi v infektivnih dejavnikih in ker je seveda klasičnim zahtevam Kochovih postulatov pogosti težko zadostiti, ko iščemo povzročitelje neznanih bolezni, se zdaj ponuja metagenomika kot zelo obetaven pristop. Kot svetuje Porterjeva je vredno pobrskati po Science/AAAS webinarju avtorjev iz univerze Columbia.  

Iz Lekovih novic

V Lekovih Sporočilih za javnost  lahko 4. 10. 2007 preberemo o njihovem novem Razvojnem centru biofarmacevtike in v nadaljevanju prispevka tudi zanimive novice o bioloških generikih, ki jih pripravlja Sandoz, med drugim rekombinantni rastni hormon (tu se jim je prikradel v prispevek tiskarski škrat, saj je namesto somatropina pravilno ime za ta hormon somatotropin) in rekombinantni eritropoetin. (Hvala študentu J. Berniku za opozorilo o članku). 

Vsem, ki se sprašujete, čemu se biogeneriki, kljub izteku patentne zaščite originala le stežka prebijejo v uporabo, svetujem v branje prispevek "Biological / Biotechnological generics cannot exist", ki ga prinaša spletna stran VFAbio.     

Blog Action Day

Se spomnite: k Dnevu blogerske akcije, 15. oktobru, ki je bil posvečen okolju, nas je pozval tudi bloger Žiga. Žal ne vem, kako je akcija uspela pri nas. Googlovi pravijo, da je bilo po svetu preko 20.000 sodelujočih blogerjev. Pri Googlovem Bloggerju so izdvojili nekatere markantnejše bloge posvečene okolju:

Cleantech Blog - o novih okoljsko prijaznih energijah;

The Conscious Earth - z zdravim okoljem proti globalnemu segrevanju;

Earth Meanders - trajnostni koncepti v okolju;

Environmental Action Blog - okolje in zelena energija;

The Future is Green - prihodnost trajnostno uravnotežene družbe;

The Green Skeptic - kako živimo s svojo zemljo in okoljem;

Haute*Nature - o trajnostni usmerjenosti;

The Lazy Environmentalist - trajnostnost ni težka;

Lights Out America - kako organizirati energetsko varčevanje;

The Nature Writers of Texas - izbor zapisov o naravi;

Rachel Carson Centennial Book Club - dediščina Rachel Carson nas zavezuje;

Sustainablog - trajnostno novičarstvo;

These Come From Trees - pragmatično okoljevarstvo.

Darwin200

Naravoslovci se bomo tja do leta 2009 vse pogosteje oglašali na spletni strani Darwin200, ki se bo polnila z različnimi počastitvami, namenjenimi velikemu utemeljitelju evolucijske teorije, Charlesu Darwinu (v slovenščini >tukaj). Osrednji dogodek bo vsekakor slavje ob dvestotem Darwinovem rojstnem dnevu, 12. februarju leta 2009. Slavje pa se bo začelo že z julijem 2008, ko mineva 150 let od predstavitve teorije in bo trajalo do novembra leta 2009, ko se bomo spominjali stopetdesetletnice izida njegovega kapitalnega dela "On the Origin of Species by Means of Natural Selection", ki ga najdemo tudi >tukaj.

Second Life v znanosti

Odgovor na vprašanje, kakšna bo usoda prvih previdnih vstopov akademske sfere v enega od fenomenov spleta 2.0, v splet Second Life, ostaja v časovni distanci.  Nekaj prvih vtisov nam sporoča odlična blogerka Sandra Porter, ki je nedavno z blogerskim kolegom Boro Zivkovicem nastopila v Second Life.

C. Zimmer klepeta s C. Venterjem

Priljubljeni bloger Carl Zimmer objavlja na diavlogu bloggingheads.tv svoj pogovor s Craigom Venterjem v katerem se lotevata nekaterih ključnih, vmes tudi spornih projektov kontroverznega molekularnega biologa Venterja. Če boste, radovedni, še brskali po bloggingheads portalu boste naleteli še na kakšen zanimiv video zapis. 

Še en bloger mikrobiolog

Slovenskim blogerjem se je pridružil še en študent mikrobiologije z blogom SYMH. Dobrodošel!

Nature o mikrobnih interakcijah

Vse bralce, ki niste že sami opazili, bi rad opozoril na izjemen nabor člankov o interakcijah mikroorganizem : gostitelj ("Host–microbe interactions"), ki jih je ta teden objavila revija Nature. In najpomembnejše je to, da je izbor na voljo v odprtem dostopu.  

Helicobacter pylori proti astmi?

Presenetljiva je ugotovitev, predstavljena na nedavni konferenci ameriškega društva infekcijskih bolezni, da bakterija Helicobacter pylori, ki v starejši dobi povzroča čir na želodci in želodčnega raka, pri otrocih predstavlja zaščito pred astmo. Otroci v starosti med 3 in 13 leti, ki so imeli v želodcu H. pylori, so za 53 % redkeje zboleli za astmo kot tisti, ki so bili brez te bakterije, kot je pokazala študija, opravljena pri 3.327 otrocih.

Težave v sterilnih območjih pri NASI

NASA želi svoja vesoljska vozila, predvsem nekatere sestavne dele, zaščititi pred kontaminacijo z mikroorganizmi in prašnimi delci. Prostori, kjer sestavljajo komponente, so opremljeni z protimikrobnimi filtri, delavci pa nosijo zaščitno obleko in obrazne maske. Ti varnostni ukrepi imajo več razlogov, ne nazadnje želijo z njimi preprečiti, da bi z opremo prenesli mikroorganizme iz zemlje na druge planete. To bi lahko npr. motilo pri kasnejšem ugotavljanju izvorov življenja v našem osončju. Nedavne raziskave prav teh sterilnih prostorov pri NASI pa so pokazale, da so naseljeni z številnimi mikroorganizmi, ki so odporni tudi proti običajno uporabljanim razkužilom. Tradicionalno preverjanje okuženosti prostorov z gojitvenimi postopki v tem primeru ni bilo uspešno. Šele s postopki ribosomalne RNA genske analize je bilo mogoče dokazati bakterijsko kontaminacijo, ki je doselj ni bilo mogoče odkriti v takšni raznolikosti.

Nobelove nagrade 2007

Letošnjo Nobelovo nagrado za fiziologijo ali medicino so dobili doktorji Mario Capecchi (70, ZDA), Martin Evans (66, Vel. Britanija) in Oliver Smithies (82, ZDA) za razvoj homologne rekombinantne tehnike (ciljanje genov - "gene targeting") in tehnologije onesposabljanja genov pri miših ("knockout mice"). Vredno je prebrati o tem zapise v blogih Terra Sigillata in The Daily Transcript. Trojica je leta 2001 prejela podobno prestižno Laskerjevo nagrado in lahko preberete obrazložitev za podelitev takratne nagrade.  

Varnost v laboratorijih

Raziskave ameriških novinarjev in kongresnih preiskovalcev ugotavljajo, da v ZDA še vedno pomanjkljivo skrbijo za varnost v najbolj izpostavljenih laboratorijih, kjer se ukvarjajo s tako resnimi patogenimi mikroorganizmi kot so povzročitelji antraksa, ebole in črnih koz. Po terorističnih in vzporednih bioloških napadih v letu 2001 so v ZDA za 40 krat (!) povečali financiranje raziskav posebno nevarnih kužnih bolezni. In kljub temu so ugotovili od leta 2003 vsaj 100 nesreč v ameriških laboratorijih, ki so posledica pomanjkljivih varnostnih ukrepov pri tako kočljivem delu.

Slepič z razlogom

Sodobna medicina je vse doslej proglašala slepič kot odvečen organ. Kot del črevesa, ki kvečjemu povzroča težave, kadar se vname. Zdaj pa so raziskovalci univerze Duke našli pojasnilo, ko naj bi imel slepič v prebavni fiziologiji vendarle svojo jasno in pomembno vlogo, ki jo je mogoče celo evolucijsko zagovarjati. Na kratko, je nekakšen rezervoar koristnih mikroorganizmom, ki pomembno sodelujejo pri prebavi, in kadar zaradi različnih razlogov začasno izginejo iz prebavne cevi, se lahko rekolonizirajo iz slepiča. Nov dokaz, da evolucija pač ne dopušča odvečnosti.

Sintezni spomin v kvasovkah

Vsekakor vabim bralce tega bloga da odidejo na blog Nove biologije in preberejo pomembno predstavitev članka o sinteznem spominu pri kvasovkah. In hvala dr. Dolinarju za dragoceno sporočilo; verjamem, da nas bo tej tematiki še obveščal.

Mikrobno bogastvo morskih globin

Nove, izboljšane metode določanja genskega zaporedja, citirane z oznako "454 tag sequencing", premikajo meje mikrobne metagenomike do novih skrajnosti. Raziskovalci MBL (Marine Biological Laboratory) Woods Hole in Inštituta JISAO Univerze Washington v skupnem raziskovalnem projektu preučevanja mikrobne poselitve globokomorskih hidrotermalnih izvirov blizu obale Oregona poročajo o tri tisoč (?!?) novih arhejskih vrstah in sedemintrideset tisoč (?!?) novih bakterijskih vrstah.

Nova vloga za telomere?

Za telomere, trakove ponovljenih DNA zaporedij, je doslej veljalo, da varujejo kot nekakšni potrošni blažilci na koncih linearnih kromosomov pomembno DNA v notranjosti kromosoma. Zdaj ugotavljajo, da naj bi telomere imele vlogo tudi v kodiranju RNA, čeprav še ne vedo njenega pravega pomena.

Preproste gorivne celice

Kot lahko preberemo v članku iz New Scientista, so študenti na MIT (Massachusetts Institute of Technology, Boston, ZDA) razvili mikrobno gorivno celico, ki izkorišča kot "gorivo" rastlinske odpadke. Torej rešitev, ki bo v nadalnjem tehnološkem razvoju morda ponudila cenen energetski vir tudi za dežele v razvoju. In nekaj podobnega nam ponuja spletišče HowStuffWorks.

Društvo študentov mikrobiologije

Danes sem na svoje bloge dodal v nabor priporočenih spletišč naslov Društva študentov mikrobiologije (Slovenije). Po kar nekaj manj uspešnih poskusih v preteklih letih je zdaj zaživelo spletišče, ki pa res obeta veliko, ki bo poleg informacijske funkcije imelo brez dvoma tudi močno povezovalno vlogo. K odločitvi in zasnovi zelo obetavnega in všečnega spleta urednikom čestitam in jim želim, da jih navdušenje in volja ne mineta. POČNETE DOBRO IN KORISTNO DELO!