Tudi tako bakterije proizvajajo kisik

Sid Perkins nam v Science News predstavlja objavo v Nature, kjer avtorji Ettwig in sod. razkrivajo nov, presenetljiv način proizvodnje kisika iz nitrita pri katerem bakterije izkoriščajo metan v kisika revnih sedimentih.

O starosti življenja

Biokemik L. Moran se v znanem blogu Sandwalk loteva ne tako nove a stalne dileme o dokazih zgodnjega življenja na zemlji. V glavnem danes v učbenikih srečamo podmeno, da je življenje na zemlji mogoče s fosilnimi ostanki dokazovati že tri in pol milijarde let nazaj. Gre za znano trditev mikropaleontologa J. W. Schopfa, ki je leta 1993 z objavo v reviji Science dokazoval prisotnost mikrobnih fosilov v starožitnih kameninah iz Zapadne Avstralije (blizu mesta Marble Bar) za katere je določena starost 3,465 milijarde let. Njegovi podatki, kot tudi nekateri drugi o mikrofosilnih ostankih na Grenlandu izpred 3,7 milijarde let so bili v znanstveni literaturi pogosto in tehtno napadeni, v delu tudi ovrženi. Kot smiselno opozarja prof. Moran, je ena od težav v načinu poročanja o znanstvenih odkritjih v poljudnih, zlasti popularnih medijih. V njih pogosto prevlada senzacionalizem, zaradi katerega je sicer lahkotno objavljena prva vest o nekem odkritju, kasnejše raziskave, ki ji oporekajo pa so prezrte. Avtor v zapisu z nekaterimi navedbami iz znanstvene literature učinkovito dokumentira ta fenomen in opozarja, da je treba vse trditve v učbenikih o zgodnjih dokazih življenja opremiti z ustreznim svarilom o njihovi vprašljivosti.

Najbolj “vroči” raziskovalci

Na Thomson Reutersovi lista najbolj “vročih” raziskovalcev za leto 2009 (po TR Science Watch), se je na prvo mesto zavihtel Rudolf Jaenisch, ki je s svojim laboratorijem za izvorne (zarodne) celice na MIT, zakoličil nove mejnike v stroki.  

Sekvenatorji po svetu

Bloger Nick Loman na blogu Pathogens: Genes and Genomes spremlja razširjenost visoko zmogljivih naprav za določanje genskega zaporedja - sekvenatorjev v svetu. Na zemljevidu nam predstavi tudi njihovo geografsko razširjenost, stanje po državah, izdelovalcih in ustanovah-centrih pa lahko preverite tudi v statistični tabeli. Ta trenutek v svetu med skupno 775 napravami (toliko jih je avtorju pač uspelo zaslediti) v 275 centrih prevladuje Illumina Genome Analyser 2 (prej Solexa), v precejšnji razdalji pa sledita Roche 454 in ABI SOLiD. Če zaupamo zemljevidu so nam trenutno najbližje naprave na avstrijski Univerzi v Grazu (1x454) in v Padovi (1xSOLiD in 1x454).

Namesto prstnega odtisa “mikrobni odtis” ?

Metodam v forenziki se morda pridružuje nova. Članek v PNAS razkriva možnost, ko bi lahko sledi, ki jih pušča človek na predmetih prepoznali tudi po njihovi mikrobni sestavi. Združba mikroorganizmov, ki naseljuje npr. naše dlani je namreč zelo specifična in bo z njo mogoča doseči tudi individualno prepoznavo. To bo priročno zlasti takrat, ko prstnih odtisov ni mogoče zaznati, npr. v sledovih na tkanini. Prvi avtor članka N. Fierer ugotavlja, da je na človekovi roki najti do 100 vrst bakterij in le 13% je skladnih med dvema osebama. 

Parazitologija človeka

Pri založbi Didakta je izšla knjiga prof. dr. Jerneja Logarja “Parazitologija človeka”. Založba predstavlja knjigo tako: “V knjigi Parazitologija človeka so podrobno opisani biološki temelji preživetja posameznih medicinsko pomembnih parazitov v ekosistemu, nazorno je predstavljen odnos parazitov do človeka kot njihovega potencialnega gostitelja.”

Ubijalski mitohondriji

Sindrom sistemskega vnetnega odgovora (systemic inflammatory response syndrome - SIRS) je pojav s pogostim smrtnim izidom. Enega od razlogov zanj razkriva v nedavnem prispevku v reviji Nature dr. C. Hauser. Iz citološke evolucije vemo, da so mitohondriji “potomci” bakterijski celic, ki so jih evkariontske celice po evolucijski prilagoditvi vključile v svojo energetsko presnovo. Ker so del celične notranjosti se imunski sistem na mitohondrijske antigene ne odziva. Ob večjih poškodbah tkiv in celic (npr. ob travmatskih poškodbah) pa lahko povečana količina sproščenih mitohondrijev vendarle sproži silovit imunski odziv, značilen za SIRS.

Boj proti komarjem

Raziskovalci na Univerzi Cornell so na dobri poti, da razvijejo inovativen postopek za boj proti komarjem, ki prenašajo vrsto bolezni kot npr. mrzlico denge, rumeno mrzlico in druge. Odkrili so namreč protein, ki onemogoči komarjem izločanje tekočine, kar je za te krvosesne živali ključnega pomena za preživetje. Načrtovani insekticid bi preprečil uriniranje insektov, ki je pri prehranjevanju s krvjo kritična fiziološka potreba zaradi obremenitve s tekočino in solmi, seveda pa vsaka telesna preobtežitev onemogoča tudi učinkovit let te zračne nadloge.

Genomika “rulz”…

Firma Pacific BioSciences, ki je nedavno sklenila odmevno partnerstvo z mikroprocesorskim gigantom Intel, najavlja, da bo z letom 2013 ponudila mapiranje humanega genoma za manj kot 1000 US$…

Naše telo kot ladja za križarjenje

Znani kolumnist (tudi v New York Timesu) in pisec poljudnoznanstvene literature Carl Zimmer je tokrat na svojem blogu The Loom v zapisu “I For One Welcome Our Microbial Overlords” duhovito povzel in metaforično obogatil nedavni članek iz revije Nature o genskem katalogu humane mikrobne flore, ko pravi: “Človeško telo je do določene mere za mikrobe kot luksuzna ladja za križarjenje. Vkrcajo se nanjo, ko se rodimo in se naselijo v svoje kajute: na kožo, na jezik, v nosno votlino, v grlo, v želodec, v rodila, v prebavni trakt in mi jih prevažamo, kamorkoli gremo.” . Verjamem, da boste tudi z užitkom prebrali originalni članek Junjie Qin in sod. “A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing” iz gornje povezave.

Bioetanol: …tako…tako.

Mislim, da se morajo zagovorniki proizvodnje bioetanola na koruzi kot surovini globoko zamisliti nad pomisleki Kevina Druma. Ob optimističnem scenariju npr. bioetanol sprosti okoli 92 g CO₂ na MJ (megajoule) energije, ob 94 - 96 g na MJ pri bencinu. Da ne govorimo o drugih oblikah “kolateralne škode” o katerih govori avtor: (a) povečanje cen hrane, (b) intenziviranje kmetijske proizvodnje, (c) sprememba namembnosti kmetijskih površin (pri kapitalnih proizvajalcih žit) in (d) sprememba rabe tal v preostanku sveta.