9 milijonov genov

Prebavila človeka naj bi vsebovala vsaj 9 milijonov posameznih (edinstvenih) bakterijskih genov. Podatek je objavljen v članku Xing Yanga in sod. v reviji PLoS ONE in je ocena pridobljena na osnovi analize gojitvenih poskusov, študija metagenoma bakterij, ki jih ni mogoče gojiti in ocene različnosti bakterijskih populacij v mikrobni združbi prebavil. To je 400 kratna vrednost števila genov v humanem genomu, ki ga danes ocenjujejo z 23.000 geni in precej presega prvotne ocene, ki so govorile, da gre za faktor 100.

Še en slovenski biotehnološki blog

Na “ogled se je postavil” nov blog, ki se bo ukvarjal z biotehnologijo; nagajivo je njegovo ime: Haj TEH Lou TEH . Že prekaljenemu blogerju Ilji čestitke in obilo korajže pri zdaj že njegovem drugem blogu.

Insignia: računalniška mikrobna identifikacija

Science Daily piše: “…zdaj ko je znanih že stotine sekvenc genomov bakterij in virusov lahko oblikujemo teste, s katerimi bo mogoče hitro ugotavljati njihovo prisotnost zgolj na temelju njihove DNK. Ti testi lahko odkrijejo patogene mikroorganizme v mešanici organskega materiala na temelju kratkih, specifičnih sekvenc, ki jim pravimo “DNK podpisi”.”

A. Phillippy in sod. iz Univerze Maryland v ZDA so razvili računalniški program s katerim je mogoče z veliko zanesljivostjo prepoznavati te “mikrobne podpise”.  O tem poročajo tudi v odprtodostopni reviji PLoS Computational Biology. Računalniški program so imenovali Insignia in je dostopen tudi na posebnem spletnem naslovu.

Črevesne bakterije mokarja razgrajujejo stiropor

Zanimiva najdba je uspela mladi, komaj 16-letni Tajvanki (najbrž dijakinji) Tseng I-Ching, za kar je prejela tudi letošnjo ISEFovo nagrado (International Science & Engineering Fair).  V prebavnem traktu hrošča mokarja (Tenebrio molitor) je namreč našla bakterijo, ki je sposobna razgradnje ekspandiranega polistirena.

Ker vemo, da tudi mravlje uničujejo stiroporno izolacijo, bi bilo zanimivo ugotoviti ali tudi njim pomagajo črevesni mikrobni sodelavci. Skoraj bi verjel, da je tudi to že kje v strokovni literaturi obdelano.

Mobilni telefoni v telemikroskopiji

Prispevek v reviji Diagnostic Pathology opozori na zanimiv vidik prodora sodobne informacijske tehnologije v telemedicini. Neposredna uporaba mobilnih telefonov opremljenih s kamero zagotavlja dostop do sodobnih daignostičnih uslug tudi v ozemeljsko oddaljenih področjih. Način je posebno uporaben takrat, kadar za drugačne oblike prenosa slike nimamo na voljo ustreznega širokopasovnega omrežja. Uporabljena je bila tehnika direktnega posnetka mikroskopskega preparata (s tako imenovano “štuporamo” tehniko, kjer lečo fotoparata neposredno približamo okularju mikroskopa), sliko pa nato pošljemo v oddaljeni center za telediagnozo v mobilnem protokolu MMS (Multimedia Messaging Services).

Ali bodo starejši odpornejši proti gripi H1N1

Revija Lancet prinaša zanimiv razmislek k razlagi, čemu naj bi bili starejši ljudje odpornejši proti virusu aktualne “mehiške gripe” H1N1. Leta 1977 se je v pandemični obliki razširjal virus iz skupine H1N1 v takrat z “Rusko gripo” poimenovani epizodi. Avtor članka ugiba, ali ima trenutni sev dovolj antigenske podobnosti z virusom izpred 40 let, da bi v določeni meri varoval starejše pred okužbo ali vsaj pred hujšim obolenjem in zaključuje, da bodo prihodnji meseci morda potrdili to tezo.

Opozorilo: da boste lahko prebrali članek v reviji Lancet, se boste morali (brezplačno) registrirati za branje članka, ki je sicer v odprtem dostopu.

Pripenjanje in celična energetika

Pripenjanje bakterij na površine in ustvarjanje biofilmov imata velik pomen tako v mikrobni ekologiji, medicinski mikrobiologiji in biotehnologiji. Raziskava D.G. Browna in Yongsuk Honga in Univerze Lehigh (Bethlehem, PA, ZDA) kaže, da imajo fizikalnokemijski pojavi ob približevanju površine mikrobne celice površini pripenjanja pomemben učinek na celično energetiko, brez povezave s ponudbo hranil. 

Celotni osebni genom za 48.000 dolarjev

Morda je na nek način, zaradi časovnega sovpadanja, celo povezan s sejmom tržne genetike o katerem piše na svojem blogu dr. Dolinar, vendar je daljši zapis, ki ga prinaša novi GenomeWeb Daily News, zanimiv tudi zato ker prinaša nekatere novejše podatke o dogajanju na področju osebne genomike. Laiku bo zlasti zanimivo tisto o cenovnih gabaritih in da se tudi na tem področju razvnema neusmiljen konkurenčni boj. Če je bila cena celotne osebne genomske sekvence pri firmi Knome še v maju 99.500 ameriških $, zdaj firma Illumina najavlja ceno vsega 48.000 US$. Zapis prinaša tudi nekatere cene različnih genskih testov za sekvence na rizičnih lokusih za različna obolenja.  

Kakorkoli sporna je že ta tema, o čemer je že pred časom pisal dr. Jelen, tudi v nadaljevanju, ostaja dejstvo, da se bomo morali z njo v prihodnje vse pogosteje soočati, tudi v luči razmišljanj, kot jih v junijski številki slovenjene revije Le Monde Diplomatique (izdaja Delo) prinašata članka novinarke Emilie Guyonnet “Ženske pod vplivom” in “Kaj genetika dolguje evgeniki”.

Oklicana 6. stopnja ogroženosti pred pandemijo

Kot poročajo novinarske agencije je Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) razglasila prvo pandemijo v 21. stoletju zaradi ogroženosti z novo (prašičjo) gripo H1N1. Kaj predstavljajo te stopnje je opisano na tej strani pri WHO.

Kasneje danes naj bi na sedežu WHO sklicali novinarsko konferenco, kjer bodo predvidoma predstavili podrobnosti k sklepu, ki je za nekatere presenečenje, za druge pa celo pretirana reakcija. Odtehtano pišejo o novici v tem BBCjevem članku.

Nov (bio)blog

Na blogu Nove biologije sem z veseljem prebral novico, da je slovenska strokovna blogosfera bogatejša za blog BioNovice. Kot je sam zapisal njegov avtor, mikrobiolog Borut Jerman: “Bioblog Bionovice objavlja spise s področij bioznanosti in vsakodnevno spremlja vplive na bioindustrijo.” Kolega Jerman: Dobrodošli na spletu! 

Biominerali kot priložnost

Globokomorski mineralni gomolji (angl. nodule) in obloge (angl. crust) ne nastajajo zgolj po poti kemijske mineralizacije ampak tudi ob sodelovanju mikrobioloških procesov ko govorimo o biomineralizaciji. Wang in Mueller v nedavnem revijalnem članku v Trends in Biotechnology (doi:10.1016/j.tibtech.2009.03.004) o biomineralih pojasnjujeta novejša spoznanja o sodelovanju mikrobnih mrež, ki sestavljajo zunanje ovoje mikroorganizmov (t.i. ovoji S), pri odlaganju mineralov in o možnostih biotehnološkega izkoriščanja tega pojava.

Kepe (gomolje), ki jih sestavlja več kovin - predvsem mangan (20–30%), železo (5–25%) in baker (0.2–1.2%) - najdemo običajno v večjih morskih globinah (4000 – 6000 m). Rastejo počasi, ca. 1 mm na milijon let, pretežna lokacija so globine pacifiškega oceana.

S kobaltom bogate obloge feromangana najdemo v globinah med 800 do 2400 m in prekrivajo skalne površine v debelini do 20 cm. Ob obeh glavnih sestavinah (Mn in Fe) so lahko za izkoriščanje ekonomsko zanimivi še sledovni elementi Co (0.2–0.5%) in Ni (0.2–1.4%) pa tudi lantan (La), cerij (Ce), neodim (Nd) in samarij (Sm). Znova jih najdemo v Pacifiku pa tudi v Indijskem in Atlantskem oceanu. So starejše tvorbe - do 80 milijonov let, hitrost nastajanja je primerljiva gomoljem.

Biomineralizacijski procesi sodelujejo pri nastajanju tako gomoljev kot oblog. V gomoljih se manganovi oksihidroksidi oz. koloidi vežejo na površino bakterij ali arhej, ki služijo kot kristalizacijska jedra. V oblogah pa se apnenčasti mikrobni skelet apnenčastih alg t. i. kokolitov (angl. coccolithophores) deloma izmenja z manganovimi oksidi in tako se ustvarijo pogoje za mineralizacijsko odlaganje različnih elementov.

Dosedanja spoznanja ponujajo ideje kako bi bilo mogoče izkoriščati morske depozitne mineralne zaloge npr. mangana. Dovolj pove že podatek, da sta mangan in železo v morski vodi prisotna v izjemno nizkih koncentracijah (ca. 0.0004 ppm), prevladujeta pa v gomoljih, kjer predstavljata več kot 30% njihove teže in ocenjujejo, da je npr. v gomoljih vezanih več kot 3 x 10^11 ton mangana. Kasneje pa se že zarisujejo strategije za razvoj tehnologij kopičenja in koncentriranja tudi drugih, zlasti sledovnih prvin iz morskega okolja.

Nova pojavnost kreacionizma

Kot kaže se nam ob klasični kreacionistični šoli in ob njeni mlajši sestri inteligentnem načrtu zdaj pojavlja še tretja različica namreč teistična evolucija, ki jo zagovarja dr. Francis Collins, ki je nedavno v ta namen oblikoval tudi spletno stran BioLogos Foundation. Ta ugledni molekularni genetik si je izjemne zasluge pridobil kot vodja projekta humanega genoma (HGP), vzbudil pa veliko pozornost z izpričano pripadnostjo protestantski veroizpovedi.

Zdaj kaže, da so s tem najmanj zadovoljni pri ustanovi Discovery Institute, ki je glavno oporišče kreacionističnih idej in ki so na svoji nedavni spletni strani Faith+Evolution zastavili konkretno vprašanje (najbrž najprej Collinsu): Ali je evolucija skladna z vero?

Nov povzročitelj hemoragične mrzlice

Iz Univerze Columbia (ZDA) poročajo o identifikaciji novega virusa, povzročitelja hemoragične mrzlice (vročice), ki je zahteval štiri smrtne žrtve med petimi obolelimi v Južni Afriki. Začasno poimenovan virus Lujo naj bi sodil v skupino Arenaviridae in ga kot kaže karakterizira zelo visoka smrtnost in zmerna sposobnost širjenja, glede na tokratni pojav pa sodi med nozokomialne infekcije, torej med obolenja, ki se širijo v bolnišničnem okolju.  

Mikrobna poselitev kože

Najnovejše raziskave kažejo, da je naša koža bogato poseljena s številnimi in različnimi mikroorganizmi. Približno 1.000 različnih bakterijskih vrst (in 100 milijard posameznih celic) najdemo na različnih delih telesa v zelo spremenljivi gostoti in večinoma gre za bakterije, ki pomembno podpirajo funkcije gostiteljevega organizma.