Projekt človekovega mikrobioma

Ameriški NIH (National Institutes of Health) so objavili uradni pričetek projekta določitve genomov mikroorganizmov, ki naseljujejo človeško telo. Čeprav biomasa mikrobnih celic na/v našem telesu komaj dosega procent ali dva naše telesne teže pa število mikroorganizmov desetkratno presega število celic našega telesa, število mikrobnih genov pa najbrž dosega 100 kratno vrednost humanega genoma. Projekt se bo v segmentih ukvarjal z mikrobnimi prebivalci petih področij telesa: prebavil, ustne votline, kože, nosne votline in ženskega urogenitalnega trakta. Pričakujejo določitev zaporedja 600 mikrobnih vrst in tako bi število znanih mikrobnih genomov preseglo tisočico. O projektu je izčrpneje že pred časom pisal J. A. Eisen v svojem blogu in tako je storil tudi sedaj.

Voščilo

Vsem svojim bralkam in bralcem želim prijazno božično praznovanje in voščim srečno Novo leto.

Ozadje Crohnove bolezni

Novičarska stran Univerze Liverpool nas seznani z zanimivo najdbo svojih raziskovalcev. Skupina raziskovalcev pod vodstvom profesorja Jona Rhodesa ugotavlja, da morda bakterija Mycobacterium paratuberculosis, ki je sicer znana kot povzročiteljica obolenja pri govedu, posredno pri človeku vpliva na obrambo telesa pred bakterijo Escherichia coli, za katero je znano, da jo pri Crohnovi bolezni najdemo v obolelem tkivu v povečanem številu. Predpostavljajo, da naj bi mikobakterije našle pot v telo s pomočjo mleka in mlečnih izdelkov. Pri govedu omenjena klica namreč povzroča Johnovo bolezen, katere značilnost je izčrpavajoča, z diarejo podprta bolezenska slika. Doslej povezav te bolezni z obolenji pri človeku niso dokazovali. Rhodes pripisuje vpliv mikobakterije sproščanju kompleksne molekule, ki vsebuje sladkor manozo. Ta molekula naj bi preprečevala funkcijo makrofagov, belih krvničk, pri uničenju bakterij Escherichia coli povezanih s Crohnovo boleznijo.

Čista voda

Dostop do čiste, neoporečne vode je ključen za življenje. S to temo so se ukvarjali na posvetu Ameriške akademije za mikrobiologijo in nastal je dokument Clean Water - What is acceptable microbial risk? Najdete ga (v .pdf obliki) na spletni strani Ameriškega društva za mikrobiologijo (ASM), kjer so na voljo tudi podkasti s sorodnimi temami.

Pri Zares o GSO

Na blogu politične stranke Zares se danes zaključuje spletna razprava o gensko spremenjenih organizmih (GSO). Poleg uvodnih besed in obsežnega nabora povezav do za temo relevantnih spletnih virov najdemo v zapisu preko 130 komentarjev bralcev bloga v zanimivi izmenjavi nasprotujočih si mnenj v razpravi, ki se je začela 29. novembra.

Spirit je na Marsu morda naletel na življenju prijazne pogoje

Kot beremo v BBCjevi novički je Nasino robotsko vozilo Spirit na svoji že 1400 dni dolgi poti morda naletelo na zemljišče z lastnostmi, primernimi za mikrobno delovanje. Izkopan depozitni material je najbrž nastal, ko je voda vročih vrelcev zalila vulkansko zemljino. Spirit seveda ni opremljen za odkrivanje znakov življenja, saj je namenjen izključno preučevanju geoloških pojavov. Trenutna najdba pa bo gotovo vzpodbuda za nadaljnje misije, ki jih načrtujeta tako Nasa kot tudi Evropska vesoljska agencija.

Google News mikrobiologom

Večini ne bom povedal ničesar novega. Novičarska platforma Google News omogoča tudi iskanje aktualnih dogodkov na izbrano temo. Obljubljajo preiskovanje preko 4500 informacijskih virov. Pa da ne podaljšujem debate; preskusimo iskanje novic z geslom "bacteria". Ta trenutek (16. dec. ob 17.35) je bilo 8400 in en zadetek; če sprožim časovno razvrščanje je zadnja novica stara 41minut. In to je novička Use caution this holiday season when decorating. In kakšno ima zvezo z mikrobiologijo: v tekstu najdete zanimivo priporočilo, kako svoje hišne ljubljenčke zavarujete pred nevarnostmi božično-novoletnega okraševanja; naj kar citiram:

Water in the tree stand can serve as a reservoir for harmful bacteria if pets drink it. Prevent access by using an enclosed container or covering the stand with a tree skirt.

Zanimivo?; najbrž boste rekli: tako... tako... Prepričan pa sem, da boste po opisani poti našli tudi kakšno zares koristno novico.

Znanost v ameriški predvolilni tekmi

Bora Zivkovic zares dela čast svoji vlogi urednika spletne skupnosti pri založbi/reviji PLoS-ONE (Public Library of Science). Tako nas trenutno v svojem blogu aktualno seznanja s selitvijo razprave ameriških predsedniških kandidatov tudi v področje znanosti in znanstvene politike. Pripravil je zares bogat izbor spletnih povezav, ki nam omogočajo, da si bomo lahko ustvarili ne le sliko o poteku enega od segmentov politične kampanje ampak tudi vtis o širših okvirih v katerih deluje znanost v ameriških domačih pogojih in kako seva globalno.

Tudi znanstvena javnost se na priložnost aktivno odziva, npr. skupina blogerjev iz mreže ScienceBlogs je sprožila poziv Call for a Presidential Science Debate, v socialni mreži Facebook pa se je oblikovala posebna diskusijska skupina na to temo in s kazalcem na obetavno spletno stran Sciencedebate2008.

O sintezni biologiji

Spletni časnik Razgledi.net nam danes v rubriki Gost Razgledov prinaša tehten članek o sintezni biologiji izpod peresa dr. Marka Dolinarja "Sintezna biologija: pravi čas za dobre ideje". Dr. Dolinar je eden od mentorjev zmagovalne ekipe študentov UL iz letošnjega tekmovanja  iGEM2007.

Literatura (za radovednost, za darilo...)

Prikličite >tole stran in boste lahko na inventiven način brskali po Amazonovi knjižni ponudbi mikrobioloških tekstov.

Proizvodnja etanola in govedoreja

Ameriški proizvajalci etanola na žitnem substratu so sklenili zanimivo partnerstvo z govedorejci, ki govedu pokrmijo vrelne žitne ostanke, kar povečuje gospodarnost obeh proizvodenj. Žal prakso spremljajo ugotovitve, da se je pri tako krmljenem govedu v blatu povečala količina bakterij Escherichia coli serotipa H157, ki predstavljajo povečano zdravstveno tveganje za ljudi.

ITOL

ITOL (Interactive Tree Of Life) je spletno orodje za pripravo in prirejanje filogenetskih dreves. Model je primerljive funkcionalnosti drugim drevesnim modelom ob tem pa je preglednješi in lahko ga oblikujemo v bitmapnih ali vektorskih grafičnih oblikah. Poleg že pripravljenih lahko pripravite tudi filogenetska drevesa iz lastnih podatkov.

Državna in zasebna znanost

Na spletnih naslovih državnih administracij, ki so posvečene znanosti, je običajno omogočen prost dostop do raziskovalnih vsebin, ki so financirane iz proračunskih sredstev, ali vsaj do povezav k takim vsebinam. Dva dobra primer sta splet ameriške administracije Science.gov in splet EU Research. Zanimiv in drugačen pristop najdemo v evropskem spletu EurActiv.com, ki kljub podjetniško inspiriranemu konceptu ohranja aktualne znanstvene informacije v odprtem dostopu.

150 let mlečnokislinske fermentacije

Tale zapis je nastal iz začudenja nad načinom, kako so si na Pasteurjevem inštitutu v Lillu prilastili leto 1857 kot rojstni dan mikrobiologije, cit. po blogu Twisted Bacteria:
"(...) 2007 is the year of the 150th anniversary of Microbiology, born in Lille on August 3rd 1857, when Louis Pasteur, then dean of the Science Faculty at the Lille University, presented his work on lactic acid fermentation at the Société des Sciences de Lille".

Kljub spornosti takega prisvajanja zgodovine pa je vsekakor mogoče počastiti omenjeni datum kot 150 letnico pomembnega Pasteurjevega dela na mlečnokislinski fermentaciji in kot enega od ključnih mejnikov kasnejše biotehnologije.

Mikoplazme pišejo zgodovino

Mikoplazme, ki so jih nekoč zaradi majhnosti celic mikrobiologi podcenjujoče obravnavali, v teh časih zares pišejo zgodovino. Najprej seveda zaradi nedavnih poskusov pri oblikovanju sintetične celice. Da pa so polne tudi drugih presenečenj nam razkrije tale zapis pri Eliu.  

Svetlobni vplivi

Ko je nedolgo tega precejšnje presenečenje izzvala objava, da postanejo bakterije Brucella abortus  virulentnejše, če so izpostavljene svetlobi, se kot kaže zdaj zgodba nadaljuje. Lastnost stopnjevane patogenosti so pripisali na svetlobo občutljivi proteinski domeni LOV, ki naj bi sicer ne imela druge znane funkcije. Zdaj pa poročajo, vest povzemam po Elijevem blogu, da pri bakteriji Caulobacter crescentus, LOV sodeluje pri pripenjanju celic na površino. LOV, v tem primeru kot domena histidinske kinaze LovK, povzroči, da se ob obsevanju z modro svetlobo bakterijske celice čvrsteje pritrdijo na površino, ki jo naseljujejo.