Preiskovanje bioloških podatkovnih zbirk

D. Yvonne Jones nam v svojem članku, objavljenem v reviji ISTL (Issues in Science and Technology Librarianship) ponuja izkušnjo o učinkovitosti preiskovanja pomembnejših bioloških podatkovnih baz. Nasvet je uporaben  zlasti, če ni na voljo kompleksnejšega vira indeksiranih objav oz. profesionalnega servisa za rešerširanje. Uporabila je nekatere pogostejše baze, ki so tudi spletno dostopne (nekatere morda ob potrebni začasni registraciji!): ArticleFirst, BasicBIOSIS, Google Scholar, ECO, HighWire, MEDLINE,  ProQuest, SciFinder Scholar, WilsonWeb in  jih primerjala z iskanjem v BIOSIS Previews za katero je predpostavila, da je najrelevantnejša, ker gre za komercialno bazo iz hiše Thomson. Za iskalno strategijo priporoča preiskovanje z bazo Article First, dopolnjeno z ECO ali HighWire, dodatno pa s SciFinder Scholar, ki dodaja pomembne zadetke (zlasti ko gre za kemijske podatke). Presenetljivo učinkovito je bilo iskanje z Google Scholar servisom, ki je tudi prikazal največ člankov, ki jih ni zajelo preiskovanje BIOSIS baze.

Čudovito...

Tale slika je izjemna; mimogrede: je letošnja zmagovalka tekmovanja, ki ga vsako leto razpisuje WildBird Magazine.

O inteligentnem načrtu

O inteligentnem načrtu (o posebni obliki oživljanja kreacionističnega nauka), ste lahko tokrat prebrali tudi v Sobotni prilogi časnika Delo (članek Smisel smisla smislu smisla izpod peresa Uroša Škerla, 24. 12. 2005). Inteligentni načrt – ID ( po angleškem Intelligent Design) doživlja trenutno v ZDA pravi razcvet in to kot v posmeh v letu, v katerem je ugledna revija Science razglasila kot vrhunski dosežek v znanosti prav napredek v Darwinovem evolucijskem nauku. K sreči je v decembrskih dneh sodna oblast v primeru zahteve šolskih oblasti v kraju Dover (država Pennsilvanija), zavrnila, da bi ob pouku evolucijskega nauka učence učili tudi o ID, saj gre po mnenju sodnika Johna Jonesa III za versko motiviran nauk in ne za znanost. Priporočam pa, da na spletni stran Ayn Rand Institute-a prisluhnete predavanju Keith Lockitcha: Creationism in Camouflage: The "Intelligent Design" Deception (RealAudio® ali Windows Media® Audio).

Vse o gripi

Januarska (2006) številka revije Emerging Infectious Diseases Journal, ki jo izdaja ameriški CDC, je skoraj v celoti namenjena gripi in virusom gripe. Zelo dobrodošlo!  

Prijetne praznike želim

Naj bo današnji vpis namenjen eni sami stvari, namreč dobrim željam. Da svojim  zvestim bralcem zaželim vesel Božič in prijeten skok v novo leto 2006. In da bomo skladni z  blogovsko navado, naj bo kot priporočena božična povezava >tale in za Novo leto >tale.  

Še enkrat o vakcini proti antraksu

Na University of Central Florida v ZDA so v laboratoriju prof. dr. Henryja Daniella uspeli pripraviti učinkovito in varno vakcino proti antraksu, ki so jo pridobili v gensko spremenjeni tobakovi rastlini. S to vakcino je uspelo zavarovati miši, da so nato preživele umetno infekcijo z letalno dozo povzročiteljev antraksa. Ne zgolj varnost vakcine, tudi učinkovitost njene priprave je obetavna stran novega načina proizvodnje. Na enem hektaru bi bilo mogoče pridelati do 900 milijonov doz vakcine. V Daniellovi skupini so vakcinalni gen vnesli v genom kloroplastov tobakove rastline. Po nekajtedenski rasti spremenjene rastline v laboratoriju so izolirali vakcino in jo injicirali mišim. V laboratorijih National Institutes of Health so nato okužili miške z nekajkratno smrtno dozo virulentnih bakterij Bacillus anthracis  in živali so preživele.

Koncept se bistveno razlikuje od nekega drugega poskusa, ki so ga letos predstavili na kongresu Ameriškega mikrobiološkega društva in ki tudi temelji na rastlini kot proizvajalcu zdravila. Dr. Les Baillie iz University of Maryland Biotechnology Institute je v medinštitutski raziskavi predstavil pripravo t. i. »rastlinskih protiteles« (angl. »plantibodies«). V Bailliejevi skupini so najprej izbrali humane celice, ki pri cepljenih ljudeh, zaščitenih proti antraksu, proizvajajo zaščitna protitelesa. Nato so gene, ki kodirajo nastanek protiteles prenesli v rastlinske celice. Zaščitna protitelesa so zdaj proizvedle rastline – iz listov so jih nato izolirali in preskusili njihovo zaščitno moč na poskusnih miših. Protitelesa iz rastlin so bila enako učinkovita kot humana protitelesa imuniziranih ljudi. Takšna protitelesa lahko uporabimo preventivno pred infekcijo ali pa po infekciji kot zdravilo.

Vlaknina ne varuje pred rakom

Pojavili so se dvomi v splošno prepričanje, da vključevanje vlaknine v živila zmanjšuje riziko raka na debelem črevesu. Meta študija opravljena na Harvard School of Public Health, v kateri so analizirali 13 predhodnih študij s preko 725.000 vključenimi obeh spolov je pokazala, da ta trditev ne drži.  

Metanogeneza na Marsu?

Zanimive najdbe o prisotnosti metana v atmosferi Marsa omogočajo tudi sum o njegovem nastanku v bioloških procesih. Vulkanski, torej geološki izvor metana naj bi spremljala tudi večja koncentracija žveplovega dioksida, če povzamemo pojave na Zemlji. Evropska vesoljska sonda Mars Express je na Marsu ugotovila območja z velikim deležem metan v atmosferi in ta metan bi naj bil sprotnega, torej nedavnega izvora saj sončna svetloba povzroča njegovo razpadanje. To najdbo potrjujejo tudi preiskave z infrardečim teleskopom na Havajih in v Čilu. Istočasno pa s spektroskopskimi raziskavami marsove atmosfere Vladimir Krasnopolsky na University of America v Washington ni mogel ugotoviti žveplovega dioksida na Marsu. Seveda raziskovalci tega še ne morejo uporabiti kot dokaz biogenega izvora metana, pa vendar je možnost, da je v ozadju najdb mikrobno dogajanje veliko bližja. Zlasti še ker tudi najnovejše najdbe metanogenih organizmov v izjemno neprijaznih zemeljskih okoljih podpirajo tako tezo. Tako je Buford Price iz University of California v Berkeleyju našel žive metanogene mikroorganizme v ledu na Grenlandu v globini treh kilometrov, pri čemer je bila na mestu vzorčenja koncentracija metana značilno višja kot v manjši globinah. Pogoje primerljive tem bi bilo povsem mogoče najti tudi na Marsu. Drug primer izolacije metanogenov iz ekstremnih okolij na Zemlji, ki omogočajo primerjavo s pogoji na Marsu pa je uspel skupini Timothyja Krala iz University of Arkansas, ko so našli metanogene arheje v globinskih talnih vzorcih v puščavi v Utahu.      

Pasji genom

Ta teden smo dobili natančen zemljevid genoma psa, tega najzvestejšega človekovega spremljevalca. Izjemna pasemska pestrost, ki odlikuje to živalsko vrsto, bo omogočila, kot pravi prof. Eric Lander iz MIT in Harvarda, enkratno možnost za razumevanje embrionalnega razvoja, nevrobiologije, človeških bolezni in temeljev evolucije. In kljub strošku približno 30 milijonov dolarjev, kolikor je stal projekt, je sekvenčna podatkovna baza, dostopna v odprtem dostopu na več mestih: tukaj, tukaj, tukaj, tukaj in tudi tukaj.  

ASM novice

Iz spletnih novic ASM Weekly Newsdigest povzemam nekaj zanimivosti:
Na Univerzi Texas v Austinu so razvili novo protitelo, učinkovito proti Bacillus anthracis. V poskusih je uspelo poskusne živali zaščititi tudi proti inhalacijskemu antraksu, najresnejši obliki infekcije s to bakterijo.
Raziskovalci na  North Carolina State University College so odkrili v ostrigah nov peptidni antibiotik iz skupine defenzinov.
Kot kaže so v Gabonu odkrili naravni rezervoar smrtonosnega virusa Ebola. To  naj bi bili rastlinojedi netopirji (ti se pretežno prehranjujejo s sadjem) in virus naj v njih ne bi bil trajno prisoten.
Odločitev avtralske firme CSL Ltd, da preneha z izdelavo vakcine proti Q-mrzlici, je naletela na hude kritike v strokovnih krogih. Tudi zato, ker so povzročitelji Q-mrzlice na spisku klic, ki jih potencialno lahko uporabijo bioteroristi.
Iz Howard Hughes Medical Institute (HHMI) sporočajo, da so odkrili gen, ki omogoča mikobakterijam (povzročiteljem tuberkuloze in gobavosti) ustvarjanje biofilmov, kar jim omogoča učinkovito izogibanje pred protimikrobnimi sredstvi.

SDVD

Izkoriščam bralce bloga, zlasti tiste med njimi, ki se ukvarjate z visokošolskim poučevanjem, za aktualno sporočilo:
 
Slovensko društvo za visokošolsko didaktiko (SDVD) organizira zanimivo študijsko srečanje na aktualno temo problemsko naravnanega pouka. Pridite na srečanje (in morda vas zamika tudi, da se včlanite se v naše društvo).
 
Vse pomembne informacije o društvu in napovedanem sestanku najdete na spletni strani: http://www.bfro.uni-lj.si/gost/sdvd/, tako da sledite svežim novicam.