Zoonotska B. abortus

Bakterija Brucella abortus je v številnih državah pogost patogen pri govedu. Prenaša se lahko tudi na človeka, najpogosteje preko nepasteriziranega mleka in izdelkov. Zoonoza se redko oblikuje v smrtonosno infekcijo, izraža pa se v zoprnih gripoznih bolezenskih znakih, redkeje kulminira v meningitis in encefalitis.  Povzročitelj je bil dolgo na spiskih kandidatnih mikroorganizmov za razvoj biološkega orožja.

Več o virusu Schmallenberg

Že v januarju sem na kratko omenil kopičenje novic o virusu Schmallenberg. Tokrat nam bloger Bamford prinaša precej izčrpnejše informacije o tem zanimivem virusu iz skupine bunjavirusov. 

O bioloških študijskih programih

V zadnjem času sem na blogih že nekajkrat opozoril na spletišča, ki predstavljajo ali portale spletnih študijskih programov oz. učnih vsebin ali pa svetujejo povezave do njih ( >1  ; >2  ; >3 ; >4  ; >5  ) . Omenil sem v zadnjem času zelo aktualen način obrnjene učilnice (angl. “flipped classroom”) (  >tukaj  ) in pa tako imenovane tečaje MOOC ( >tukaj  ). Seveda to ni vse v široki paleti različnih možnosti spletnega ali kombiniranega klasičnega in spletnega pouka, ki ga danes srečujemo v svetu.

Pri izbiri primernega študijskega programa je seveda zelo pomembno, da kandidat vnaprej pridobi o njem nekaj osnovnih, a ključnih informacij. In temu je, konkretno za študij biologije, namenjen projekt v katerem v sodelovanju z nekaterimi ameriškimi univerzami pripravljajo spletišče Online Biology Degree,  ki bo brez dvoma zelo dobrodošel morebitnim kandidatom pri odločitvi o izbiri študija bioloških vsebin.

IBS in črevesna mikrobiota

Študija Cedars-Sinai Medical Centra iz Los Angelesa je prispevala ključne podatke k ugotovitvi, da je sindrom razdražljivih prebavil (angl.: Irritable Bowel Syndrome, IBS) povezan s spremenjeno mikrobno poselitvijo prebavil.  

Rak in infekcije

Zamisliti se velja nad zaključkom v zapisu AJ Cannovega bloga:

Okoli 2 milijona rakavih obolenj je vsako leto povzročenih s kužnimi dejavniki (bakterijami, virusi…). Uporaba razpoložljivih postopkov javnega zdravstva za preprečevanje infekcij, kot so vakcinacije, varne injekcijske prakse ali protimikrobne terapije lahko imajo pomemben učinek na prihodnje obremenitve z rakom v svetu.

Simpozij Molekularna medicina in biotehnologija

Medicinska fakulteta UL vabi na simpozij z mednarodno udeležbo z naslovom Molekularna medicina in biotehnologija, ki bo potekal med 27. in 29. junijem 2012.

Predavanje, petek 11. maja

NIB vabi na predavanje (kopija vabila):

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja:

»Bakterije hruševega ožiga in njihovi plazmidi - Plasmids and virulence in E. amylovora and related pathogens«,

ki ga bo izvedel Dr. Pablo Llop, gostujoči raziskovalec na Nacionalnem inštitutu za biologijo.

Predavanje bo potekalo v petek, 11. maja 2012, ob 14. uri, v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B2.

Predavanje, sreda 9. maj

Iz spletne strani SMD kopiram naslednje vabilo:

Veterinarska fakulteta vas vabi, da se udeležite fakultetnega predavanja z naslovom “Emerging vector-born viral diseases”, ki ga bo predstavil prof. dr. Francesco Tolari, profesor s področja virologije z Veterinarske fakultete v Pisi.

Predavanje bo v sredo, 9. maja 2012, ob 13. uri v podiplomski predavalnici Veterinarske fakultete na Gerbičevi 60 v Ljubljani.

Prof. dr. Tolari (njegov laboratorij: http://www.vet.unipi.it/content/papia/gruppo-di-virologia-veterinaria) se poučuje in se ukvarja z različnimi vprašanji na področju veterinarske virologije. Predvsem ga zanimajo nove pojavi vektorskih bolezni kot je virus Schamlenberg, novi pojavi virusnih zoonoz (Crimean Congo haemorrhagic fever in Rift Valley Fever) in drugimi virusnimi vprašanji z vidika preventive, vakcinacije in  eradikacije.

Kočljivost akademskega publiciranja

Članek P. McKnighta v časniku The Vancouve Sun ne samo, da na kratko obnovi škandalozni primer objave ponarejenih rezultatov raziskave, s katero je A. Wakefield leta 1998 skušal dokazati zvezo med cepljenjem proti otroškim nalezljivim boleznim in avtizmom, ampak stori še korak dalje. Avtor opozori na zaskrbljujoč pojav iz objave umaknjenih znanstvenih člankov, ki v zadnjem desetletju dosega desetkratno povečanje ter istočasno pokaže na kočljivost današnje prakse znanstvene publicistike, ko novinarjev sogovornik G. Begley pravi, cit.: “…akademski sistem in postopek kolegialnega ocenjevanja tolerirata in morda nehote spodbujata  ... publiciranje napačnih, izbranih in neponovljivih podatkov.”

Česen je res koristen

Učinkovina v česnu, diallyl sulfid, naj bi bila učinkovitejša v kontroli infekcij, ki se širijo z živili, od antibiotikov, sporoča študija Xiaonan Luja in sod. Za zdravljenje infekcij uživanje česna sicer ne bo dovolj, prepoznana aktivna substanca pa bi lahko služila v pripravi hrane za omejevanje kontaminacije opreme in živil.

O etičnih odločitvah v znanosti

Na blogu Doing good science v SA blogosferi sem se ustavil na zanimivem zapisu o tem, koga vse zadevajo etične odločitve v znanosti. Avtorica Stemwedel skuša na koncu pridobiti tudi stališča bralcev na dileme, ki se jih v zapisu loteva. Z enako radovednostjo ponavljam njena vprašanja in upam na odziv tudi bralcev tega bloga:

1. Vas osebno zanima s čim se znanost in raziskovalci ukvarjajo? Če da, kako bi to zanimanje opisali? Če ne, zakaj ne?
2. Ali mislite, da naj raziskovalci obravnavajo “javnost” kot zainteresiranega partnerja, kadar se odločajo v etičnih dilemah? Zakaj da in zakaj ne?
3. Če menite, da razskovalci morajo obravnavati “javnost” kot deležnika, kadar se odločajo v etičnih vprašanjih, kako naj ravnajo, da bodo pridobili resničen odziv javnega interesa?
4. In, zavoljo ravnotežja, ali menite, da naj člani t.i. javnosti, kadar presojajo etične odločitve, upoštevajo interese znanosti in raziskovalcev. Zakaj da in zakaj ne?

ISAM8 simpozij

Osmo srečanje evropskih anaerobnih mikrobiologov: 8th International Symposium on Anaerobic Microbiology (ISAM8)
bo organiziral Institut za mikrobiologijo Univerze v Innsbrucku (Avstrija) med 25. in 27. junijem 2013. V obravnavi bodo poleg klasičnih tem: mikrobiologija vampa, mikrobiologija bioplinske proizvodnje, anaerobna obdelava odpadanih vod, anaerobi in njihovi habitati, anaerobne gojitvene metode, molekularni pristop k analizi mikrobnih združb tudi druge povezane vsebine.

Doslej neznan hibridni virusni genom

Tole bo pa odmevalo med virologi!

Intestinalna mikrobiota in diabetes

Potrditev ugotovitev objavljenih v Breaktrough Digest bo nedvomno izjemna vzpodbuda za poglabljanje študija intestinalne mikrobiote.

Predavanje v torek

Naj vas opozorim na predavanje, ki nanj vabijo na CTK blogu in bo namenjeno Aditivom v prehrani.

Predavanje v ponedeljek

Posredujem vabilo Biotehniške fakultete UL:

Vljudno vabljeni na predavanje:
Diversification and adaptation of bacterial populations in soil fostered by horizontal transfer of plasmids
Profesor Kornelia Smalla (Julius Kühn-Institut – Federal Research Centre for Cultivated Plants (JKI), Dept. Epidemiology and Pathogen Diagnostics, Braunschweig, Nemčija)

Predavanje bo v ponedeljek, 23.4. 2012 ob 9:00 v predavalnici B2, Biološko središče, Večna pot 111

POVZETEK PREDAVANJA
It is increasingly recognized that the transfer of conjugative plasmids across species boundaries plays a vital role in the adaptability of bacterial populations in soil. There are specific driving forces and constraints of plasmid transfer within bacterial communities in soils. Plasmid-mediated genetic variation allowed rapid adaptive responses to challenges like irregular antibiotic or metal concentrations, or opportunities like the utilization of xenobiotic compounds. Cultivation-independent detection and capture of plasmids from soil bacteria, and complete sequencing provided new insights into their role and ecology. Broad-host-range plasmids like those belonging to IncP-1 transfer a wealth of accessory functions which are carried by similar plasmid backbones. Plasmids with a narrower host range can be more specifically adapted to particular species and often transfer genes which complement chromosomally encoded functions. Plasmids seem to be an ancient and successful strategy to ensure survival of a soil population in spatial and temporal heterogeneous conditions with various environmental stresses or opportunities, that occur irregularly or as a novel challenge in soil.

Odpornost “starih” bakterij na “nove” antibiotike

Nedavna raziskava odpornosti na antibiotike pri bakterijah, ki so bile milijone let izolirane v odročnih okoljih in so jo opravili raziskovalci kanadske univerze MacMaster, je zbudila v strokovni javnosti precej pozornosti.  V podzemnih jamah Lechuguilla Cave, katerih deli niso bili dostopni s površja celo do sedem milijonov let, so zbrali obilen nabor bakterijskih izolatov, skupaj 93 sevov. Pri njih so nato v obsežnih laboratorijskih raziskavah ugotavljali odpornost na širok nabor sodobnih antibiotikov, tudi takih, ki so v rabi redko, zgolj v skrajnem primeru multiple rezistence, kot je npr. daptomicin. Če pomislimo, kakšno je pravzaprav funkcionalno oz. evolucijsko ozadje delovanja antibiotikov nas najdba, da so v skupnem naboru preskušanih bakterij našli primerke odpornih bakterij skoraj za vsako od uporabljenih skupin antibiotikov, ne sme posebej presenetiti. Kar je bilo za raziskovalno skupino večje presenečenje je, da so poleg sicer dobro znanih rezistenčnih genov pri teh jamskih bakterijah odkrili tudi nove, doslej neznane mehanizme odpornosti proti antibiotikom.

Z GS izvornimi celicami nad HIV

Skupina raziskovalcev na UCLA je z gensko spremembo izvornh celic uspela te preoblikovati v imunske celice, ki so sposobne v organizmu napasti celice okužene s HIV virusom. V članku objavljenem v PLOS Pathogen so  prikazali rezultate raziskave v kateri so uspeli v celicah na humaniziranem živalskem modelu ustaviti virusnih razvoj v celicah.

Mikrobiološki večer

Povzemam iz spleta:

Vljudno vabljeni  na 6. MIKROBIOLOŠKI VEČER SMD v Hiši eksperimentov, v sklopu katerega se bo odvijalo poljudnoznanstveno predavanje dr. Tatjane Tišler z naslovom: Mikroorganizmi kot pokazatelji okolju nevarnih lastnosti onesnaževal
Številne kemikalije in komercialni proizvodi, ki jih uporabljamo v vsakdanjem življenju, imajo poleg uporabnih lastnosti tudi nezaželjene, pogoste med njimi so strupenost, obstojnost in kopičenje v organizmih. V času njihove proizvodnje, transporta, skladiščenja in uporabe le-te zaidejo v vodno okolje, kjer lahko škodljivo delujejo na tam živeče vodne organizme, posredno pa tudi na zdravje ljudi. Kako ovrednotiti in napovedati potencialne negativne učinke onesnaževal na organizme? Z uporabo bioloških preskusov pridobimo koristne informacije. Ravno mikroorganizmi so skupina organizmov, ki jih pogosto uporabljamo za oceno strupenosti, obstojnosti in tudi estrogenske aktivnosti kemikalij, njihovih mešanic in komercialnih proizvodov.
Predavanje bo v ČETRTEK, 19.4.2012, z začetkom ob 20.30
Lokacija: Hiša eksperimentov, Trubarjeva c. 39
Vstopnine ni! Število prostih mest je omejeno!

O bakterijski evoluciji

Na tale blogerski zapis o evoluciji bakterij pa moram opozoriti bralce.

Grozljivost kihanja

Spomladanski čas prinaša dodatne izzive za nadaljevanje prehladnih obolenj s katerimi nas je osrečeval že zimski čas. Zmanjšana splošna odpornost zaradi dolgega zimskega obdobja, hitre spremembe temperature in lahkomiselno hiter prehod na spomladansko garderobo in še bi lahko našteval, so razlogi, da smo še vedno v času, ko nas ogrožajo prehladna obolenja. Eden prvih znakov, da smo soočeni z virusno okužbo, je seveda kihanje in to je pojav, ki je tudi najučinkovitejši prenašalec infekta na soljudi. Da podkrepim trditev vabim na ogled sicer estetsko kočljivega video inserta, ki je pa na drugi strani tako zelo poučen, da si ga vendarle velja ogledati. In ob kihanju ne pozabimo na priporočila CDC o našem ravnanju pri tem:
- usta in nos zakrijemo s papirnim robcem, ki ga odvržemo v posodo za smeti,
- če nimate robca, kihnite v oblačilo nadlakta ali komolca, nikakor v roko,
- pogosto si umijte roke z milom in toplo vodo vsaj za 20 sekund, če to ni mogoče so koristni dezinfekcijski prtički za enkratno uporabo.

Zanimiva okrogla miza

Posredujem del emaila iz Slovenske kinoteke:

slovenska kinoteka
dvorana silvana furlana
miklošičeva 28
ljubljana

četrtek, 5. aprila 2012

17:00 okrogla miza, sodelujejo:
- dr. Katarina Keber, socialna zgodovinarka medicine, izvedenka za epidemije kolere v naših krajih (Zgodovinski inštitut Milka Kosa pri SAZU)
- mag. Marjana Kos, arhivska svetovalka s področja kulture, izvedenka za epidemije črnih koz v naših krajih (Zgodovinski arhiv Ljubljana)
- prim. doc. dr. Alenka Kraigher, dr. med., izvedenka za epidemiologijo, predstojnica Centra za nalezljive bolezni in okoljska tveganja (Inštitut za varovanje zdravja Republike Slovenije)
- doc. dr. Miroslav Petrovec, dr med., specialist klinične mikrobiologije (vodja laboratorija za diagnostiko virusnih infekcij, Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo, Medicinska fakulteta Univerze v Ljubljani)
- Dušan Rebolj, filmski publicist, izvedenec za kinematografijo z okužbo, filme o okužbah
- Miha Zadnikar, moderator okrogle mize

18:45 film Variola vera
Goran Marković, Jugoslavija 1981, 35mm, 1.66, barvni, 110', brez prevoda
Jugoslovan na poti po Vzhodu od revnega trgovca na bazarju kupi piščal, ki je okužena s smrtonosnim virusom črnih koz. Ob pristanku na letališču v Beogradu se zgrudi in prepeljejo ga v bolnišnico, kjer zdravniki zaman poskušajo postaviti diagnozo. Medtem se virus razširi na druge bolnike in bolnišnično osebje. Okuženi po nekaj urah začnejo umirati in v stavbi zavlada silen preplah. Razglašeno je stanje karantene in na pomoč prihitijo izvedenci Svetovne zdravstvene organizacije. V žanr srhljivke ovita alegorija razpadajočega režima, posneta po resnični epidemiji črnih koz, ki je leta 1972 izbruhnila v Beogradu. Nagrada za najboljši scenarij in režijo na festivalu v Valenciji.

Nepričakovane nevarnosti naftnega izlitja

Iz ameriških laboratorijev prihajajo vznemirljive novice. Raziskovalci Univerze Auburn so pri preiskavi katranskih kep, ki jih naplavlja na obale mehiškega zaliva po katastrofalnem izlitju nafte na ploščadi Deepwater Horizon v letu 2010, našli tudi nevarne mikroorganizme. V njih kar mrgoli tudi patogenih bakterij, kot je npr. Vibrio vulnificus, znan kot povzročitelj zastrupljanja z ostrigami. V kepah so dokazali tudi do 100 kratno koncentracijo teh bakterij kot v okoliški morski vodi in desetkratno koncentracijo, kot na pesku, kjer so jih našli.

Metagenomika v kontroli voda

Raziskovalci laboratorijev javnega zdravstva v kanadski provinci British Columbia razvijajo novo analitiko za preverjanje neoporečnosti vodnih virov. Današnjo metodo dostave vodnih vzorcev v osrednje laboratorije, kjer se opravi eno ali dvodnevno gojenje in prepoznava mikroorganizmov, naj bi nadomestilo testiranje na samem mestu odvzema vzorca z metodami, ki bodo temeljile na metagenomiki, torej z ugotavljanjem genetske sledi mikroorganizmov v aktualnem vodnem vzorcu. 

Biology Questions

Ste izpraševalec na temo bioloških ved in pripravljate vprašalnik? Ste študent pred izpitom za enega od predmetov: biokemija, celična biologija, mikrobiologija, zoologija, fiziologija, embriologija, botanika, genetika, evolucija, ekologija in o boleznih, pa bi radi preverili svoje znanje? Spletna stran Biology Questions ponuja 1800 vprašanj in odgovorov.

FDA omejuje uporabo nekaterih antibiotikov

Zaradi zaščite učinkovitosti antibiotikov v humani medicinski rabi se je ameriška Food and Drug Administration (FDA) odločila, da bo s prepovedjo omejila nekatere oblike rabe cefalosporinov v živinorejski  proizvodnji.

Novo biogorivo

Naraščajoče cene fosilnih goriv in in opozorila o končnosti njihovih zalog silijo v iskanje novih energentov. Energetski nosilci iz bioloških virov so pomemben cilj iskanja v R&R energetskih laboratorijih. Blog Pharmaceutical microbiology poroča o raziskavah v ameriškem Joint BioEnergy Institute (JBEI), ki najavljajo zanimiv energent, metil keton; proizvajajo ga z gensko spremenjenimi bakterijami Escherichia coli. Goriva na tej osnovi bi naj imela zelo veliko sposobnost zgorevanja, ki ga merimo s cetanskim številom (za merjenje učinkovitosti dizelskih goriv).

Vodnik po mikrobnem svetu

Najbrž vsi poznamo različne vodnike po rastlinskem ali živalskem svetu. To so priročniki, ki strokovni in laični javnosti omogočajo npr. sprehode v naravi in prepoznavo živega svet v različnih okoljih. Zdaj pa razmišlja evolucijski biolog prof. Jonathan A. Eisen iz Univerze v Kaliforniji (Genome Center v Davisu), da bi nekaj podobnega, najbrž pa ne v papirnem mediju, pripravili tudi za mikrobe. O tem govori Eisen v intervjuju za revijo Wired, na njegovem blogu pa najdete tudi predavanje, ki ga je nedavno imel na konferenci AAAS.  

Morski hidrotermalni mikrobiomi

Za ugasle podmorske hidrotermalne izvire je veljalo, da so mikrobno revni oz. so povsem mikrobno nenaseljeni za razliko od aktivnih izvirov (“black smokers” – črni dimniki) z bogato mikrobno združbo udeleženo v presnovi žvepla in metana in torej s pomembno biogeokemijsko funkcijo. Novejše genomske raziskave mikrobioma ugaslih izvirov vendarle kažejo, sicer skromno, mikrobno prisotnost, a s spremenjeno združbo, ki je posledica mikrobne sukcesije. V njej prevladujejo mikrobne skupine alfa-, beta-, delta- in gamaproteobakterij ter predstavnikov debla Bacteroidetes, so pa skoraj brez epsilonproteobakterij, značilnih za aktivne izvire. 

Virologija 101

Prof. Vincent Racaniello iz univerze Columbia je na svojem virološkem blogu pripravil spletni tečaj Virology 101, kamor je vključil povezave do predavanj iz preteklih let, kot tudi do podkastov in tematskih viroloških vsebin kot je npr. blok predavanj Influenza 101 ter praktikum kot je Toolbox. Res enkratna učna izkušnja.   

Žalujem…

Danes smo na zadnji poti pospremili tragično preminulega mikrobiologa dr. Tomaža Koprivnjaka.

Stroški razvoja zdravil

V zadnji tednih, tudi v zvezi s protesti proti sporazumu ACTA in ob razpravah o avtorskih oz. patentnih pravicah, je bilo v javnosti pogosto slišati kritike proti neusmiljeno visokim cenam in profitom, ki jih dosegajo farmacevtske firme po svetu. Brez ambicije, da bi jih zagovarjal pa bi vendarle priporočil v branje članek v reviji Forbes o stroških razvoja novih zdravil, ki dosežejo tržišče. Novinarji revije so obdelali podatke za 12 večjih svetovnih proizvajalcev (ki so predvsem izdelovalci t.i. bioloških zdravil) v zadnjih 14 letih in ugotavljajo, da segajo ocene stroškov razvoja posameznega zdravil od štirih do skoraj dvanajst milijard US$. Do teh presenetljivih številk, ki močno odstopajo od tistih, ki smo jih doslej lahko prebirali v medijih, pridemo seveda če prištejemo tudi stroški neuspešnega razvoja, saj velja groba ocena da od desetih zdravil, ki jih sprejmejo v testiranje, doseže trg le eno.

Mikrobiom Zemlje

Na nedavnem letnem srečanju Ameriškega združenja za napredek znanosti (American Association for the Advancement of Science – AAAS) je bil opazen del obravnave namenjen preučevanju zemeljskega mikrobioma, kot lahko preberemo v blogu Cosmic Log v zapisu Scientists map the world’s microbes izpod peresa Alana Boyla. Zlasti so markantni nekateri številčni podatki o mikrobni biomasi našega okolja.

Razprave o ptičji gripi še burijo duha

Nabor živahnih razprav, ki jih je sprožilo dogajanje okoli poskusov z manipuliranim virusom ptičje gripe H5N1, ki sem jih nedavno omenil >tukaj  in ki jih je v dveh odličnih zapisih v blogu prestavil kolega dr. Dolinar ( >1  in >2  ) in o katerih je govorila tudi kolegica dr. Avšič-Županc na Valu 202 , so nedavno »obogatile« razprave vidnih svetovnih virologov o tem, kako nevaren je pravzaprav virus H5N1. Pregledu tega dogajanja se je poglobljeno posvetila znanstvena novinarka Helen Branswell v zadnji številki revije Scientific American. Ta drugi “šopek” vprašanj zadeva namreč patogenost oz. virulenco samega virusa. Potem, ko v večini razprav najdemo podatek, da gre za virus, ki se sicer ne prenaša s kapljičnim prenosom in torej ta viroza ni posebno nalezljiva, je virus močno patogen, saj so avtorji navajali smrtnost okuženih, ki dosega skoraj 60%. In v to številko so se obregnili nekateri ugledni virologi s trditvijo, da pravzaprav ne gre za presojo virulence seva, ampak za nedorečenost zdravstvene statistike. Ni namreč nedvoumnih podatkov, kolikšen je dejanski obseg prenosa virusa na ljudi brez izraženega izbruha bolezni. Nekaj študij o preverjanju serološke slike med prebivalstvom, ki je verjetno prišlo v stik z virusom H5N1, ni zelo prepričljivih zaradi majhnega števila zajetih podatkov, kaže pa vendarle, da sicer v omejenem številu serološko pozitivno reagirajo tudi ljudje, ki niso gripozno zboleli. Virologa Palese in Racaniello, predvsem s ciljem zagovora sprostitve člankov Yoshihire Kawaoke in Rona Fouchiera, pravita, da je mogoče predpostaviti, da so podatki o fatalnosti virusa pretirani tudi za desetiško stopnjo. Pritegniti je mogoče razmisleku, da je presoja o virulenci na osnovi izračuna iz primerov, ki so zaradi resnosti obolenja hospitalizirani in je pri njih mogoče nedvoumno določiti tip virusa in primerov, ki nato zaradi obolenja umro, res neustrezna. Seveda pa si nihče ne upa izreči dokončne ocene o dejanski patogenosti tega virusa. Previdnost je razumljiva, tudi ker nekateri nedavni članki vendarle govorijo o relativno dramatični in specifični pojavnosti patoanatomskih sprememb v pljučih pri virusni okužbi s H5N1.

“Okužba z aflatoksini”…?; …nikakor!

V zadnjem času (razumljivo: zaradi aktualnega dogajanja) je v medijih pogosto zaslediti rabo “okužba z aflatoksini”. Na to nepravilno rabo me opozarjajo tudi bralci.

Beseda “okužba” (manj pogost:"okužitev" "okuženje") ali s tujko "infekcija" je vdor in poselitev gostitelja s patogenimi organizmi. Tako  je pojem obdelan tudi v Mikrobiološkem slovarju. Medtem pa bi za prisotnost toksinov, v konkretnem primeru aflatoksinov bila edina pravilna raba "onesnaženje z aflatoksini" ali "prisotnost aflatoksinov", "vsebnost aflatoksinov", s tujko "kontaminacija".

Res pa je, da v primeru "kontaminacije" SSKJ in SP pojasnjujeta ta pojem z "onesnaženje", "okuženje", vendar bi to slednje po moje bilo sprejemljivo le, kadar gre za prisotnost organizmov npr. okuženje vode (tj. prisotnost mikroorganizmov v vodi).

Previden je treba biti pri rabi zveze "zastrupitev z aflatoksini". Ne gre za zgolj za prisotnost; zastrupitev je aktiven procesin opisuje npr. stanje organizma z njegovim odzivom na prisotnost toksina.

Za okrepitev navedenega naj prenesem še opis iz Slovenskega medicinskega e-slovarja:
”okúžba -e ž vdor mikroorganizmov v telo in njihovo razmnoževanje, ki mu lahko sledijo klinični bolezenski znaki; sin. infectio, infekcija (1); prim. infekt, infestacija, invazija.”

Novo o patogenosti antraksa

Zanimiva nedavna študija v PNAS, ki jo povzema Scientific American v svojem blogu, odkriva, da je posameznikova občutljivost za patogenost povzročitelja antraksa v večji meri odvisna od genetske osnove kot je veljalo doslej. Razliko naj bi določala regulacija gena CMG2, ki kodira določen protein na površini celic. To seveda sproža takoj tudi misel o novih možnostih zdravljenja te infekcije.

Darwinov dan

Na Darwinov dan, ki ga slavimo 12. februarja, se spominjamo rojstva Charlesa Darwina leta 1809. Ves februar bodo po svetu organizirali številne spominske prireditve, kot lahko preberemo na spletni strani njegove fundacije.

GrippeNet.fr

Francoski Nacionalni inštitut zdravja, Univerza P.&M. Curie in še nekatere druge ustanove so kot raziskovalni projekt oblikovale spletno mesto GrippeNet. Je tudi del evropskega projekta Infleunzanet, v katerem sodelujejo Avstrija, Belgija, Francija, Nemčija, Italija, Nizozemska, Portugalska, Švedska, Švica in Velika Britanija. Značilnost teh iniciativ pa je sodelovanje prostovoljnih poročevalcev o pojavljanju gripoznih obolenj, kar omogoča aktualno spremljanje njihovega širjenja.

Potuhnjena virusna strategija

Raziskovalci na MIT so odkrili zanimiv način zelo usmerjenega vplivanja na rast bakterij s strani virusov. Fotosintetske morske bakterije, ki živijo v območju limitirane oskrbe s fosforjem, si morajo pomagati z zelo stresnimi dodatnimi mehanizmi za privzemanje fosforja. Ko ta njihov stres zaznajo virusi, ponudijo bakterijam pomoč s tem, da jih ob virusni okužbi oskrbijo z genetsko informacijo za še učinkovitejšo oskrbo s fosforjem. Ta pa služi predvsem za obilno namnoževanje virusnega materiala v okuženi bakterijski celici, ki nato ob propadu celice predstavlja vir nove virusne okužbe za ciljno bakterijsko populacijo.

Patogeni v učnih laboratorijih

Zaradi vse pogostejših poročil o infekcijah s patogenimi bakterijskimi sevi, predvsem s salmonelami, v učnih laboratorijih, so ameriški centri za nadzor bolezni (CDC) pripravili posebno priporočilo za učitelje, študente in vodje ustanov pri izvedbi praktičnega pouka v takšnih laboratorijih.

Virtualni muzej bakterij

Trije partnerji so se odločili ustanoviti Virtualni muzej bakterij: britanska Fondacija za bakteriologijo dr. Blaserja (FBB), britansko Društvo za aplicirano mikrobiologijo (SfAM) in Waksmanova fondacija za mikrobiologijo (WFM).

Gates znova Globalnemu fondu

Na novinarski konferenci na Svetovnem ekonomskem forumu v Davosu je Bill Gates sporočil, da bo njegova “The Bill & Melinda Gates Foundation” vložila še 750 milijonov $ v Globalni fond za borbo proti AIDSu, tuberkulozi in malariji. V zadnjih desetih letih so Gatesovi že namenili temu fondu 650 milijonov $.

Virus Schmallenberg

Povzemam po spletnem forumu FluTrackers.com: pri majhnih in velikih prežvekovalcih so koncem lanskega leta ugotovili obolenje, ki ga povzroča arbovirus iz rodu Orthobunyavirus in je začasno imenovan virus Schmallenberg. Prva poročila o obolenjih so bila iz Nemčije in Nizozemske, nedavno pa v istem viru poročajo tudi o obolelih ovcah v Veliki Britaniji in Franciji. Simptomatika je primerljiva z boleznijo Akabane, zanjo je značilno poškodovanje fetusa, čemur sledi zvrgavanje ali se rojevajo kongenitalno prizadeti mladiči. Virus prenašajo insekti, bolezen je po svetu dokaj razširjena, a je v Evropi doslej ni bilo. Ni znano, da bi bil za virus občutljiv človek, tudi ne povzroča obolenj pri konjih, prašičih, mačkah in pseh, čeprav se pri njih občasno ugotovljajo specifična protitelesa brez druge simptomatike. Bolezen pa se lahko prenese na divje prežvekovalce.    

Elektronska taksonomija

Pri prepoznavi mikroorganizmov in njihovem razvrščenju se je v novejšem času za določene namene močno uveljavila t.i. tipizacija na osnovi multilokusnih zaporedij (v SBD slovarju tudi: tipizacija na osnovi zaporedij več lokusov) (originalno angl.:  multilocus sequence typing - MLST). Rezultate sekvenčne analize je mogoče odlagati tudi na spletu in z izgradnjo ustreznih baz se močno povečuje dodana vrednost hitrejše primerjave rezultatov in prepoznave novih sevov v pristopu, za katerega se uveljavlja ime elektronska taksonomija. Na Imperial College London so vzpostavili spletni portal eMLSA.net in vabijo k sodelovanju. Prav tako so odprtega dostopa druge podobne baze: na univerzi Oxford – PubMLST, baze MLST Databases na univerzi v Corku in baze na Institute Pasteur v Parizu Pasteur MLST Databases.

Vpliv prebavnega mikrobioma na pojavnost srčnih obolenj

Sporočila nedavnih raziskav, objavljena v reviji FASEB in zaključki povzeti v članku MedicalXpress, nakazujejo realen vpliv črevesne mikrobne združbe (pravimo ji tudi mikrobiom prebavil) na resnost pojava srčnih obolenj pri poskusnih živalih. Ob predpostavki, da visok nivo hormona leptina v krvi pomembno povečuje riziko pojave srčnih obolenj, so v dveh poskusih vplivanja na prebavni mikrobiom uspeli dokazati znižanje leptina. Bodisi da so dodajali antibiotik z izrazitiom vplivom na črevesni mikrobiom (vankomicin) ali pa so na sestavo mikrobioma vplivali z dodatkom probiotika, za katerega je znano, da znižuje nivo leptina (Lactobacillus plantarum 299v). V obeh primerih so na poskusnih miškah dokazali zmanjšanje kardialnega rizika, medtem ko je predhodno dodajanje leptina živalim kardiopreventivni učinek antibiotika ali probiotika izničilo. 

Strah pred ptičjo gripo, tokrat drugače

Zgodba začenja septembra lani na evropski konferenci o influenci na Malti in odmeva tudi danes. Še več, postala je prav vroča tema, tako zaradi odmevov v zdravstvenih krogih, kot zaradi vpliva, ki ga bo lahko imela na politiko javnega objavljanja raziskovalnih dosežkov. Skupina raziskovalcev Erasmus Medical Centra iz nizozemskega Rotterdama je na konferenci predstavila rezultate svojih raziskav virusa ptičje gripe H5N1, napovedali pa so tudi že pisno objavo. Z virusom pričje gripe se lahko okužijo tudi ljudje s tem, da pri njih povzroča obolenje z veliko smrtnostjo, ki lahko preseže 50%. K sreči ta virus ni zelo kužen za sesalce, potreben je tesen stik z bolnimi živalmi. Vendar pa so holandski raziskovalci z vnosom specifičnih mutacij preoblikovali virus tako, da se je med poskusnimi živalmi, za študij patogeneze influence je najprimernejši beli dihur, pričel širiti s hitrostjo, ki je sicer značilna za sezonsko gripo. Seveda se je strokovna javnost in z njo ob živahnem pokritju s strani novinarjev tudi širša javnost odzvala z zaskrbljenostjo, reagirali pa so tudi organi zdravstvenega nadzora po svetu. Ker je del raziskav vezan tudi na sodelovanje z ameriškimi laboratoriji se je sestal ameriški Nacionalni svetovalni odbor za biološko varnost pri Nacionalnih inštitutih za zdravje (NIH) in avtorjem raziskave predlagal moratorij za objavo nekaterih ključnih podatkov o patogenostnih determinantah spremenjenega virusa. Tudi svetovna zdravstvena organizacija (WHO) svari pred objavo delov raziskovalnih podatkov pridobljenih v nedavnih raziskavah pričje gripe. Razlog vseh teh svaril je seveda strah, da bi podatke lahko zlorabili bioteroristi. Vendar pa je predlagani ukrep v neskladju z splošno prakso, da raziskovalci svoje raziskovalne dosežke, ki »preživijo« predhodno ekspertno oceno, objavijo. Številni, zlasti ameriški raziskovalci opozarjajo, da je predlagani ukrep strokovne cenzure podatkov predvsem v škodo znanosti, saj prav objave novih spoznanj sprožajo nova odkritja, ta pa so ključna seveda tudi za napredek na področju javnega zdravstvenega varstva.

Iz Kvarkadabre…

Tole je res vredno ogleda!

Portal klinične mikrobiologije/imunologije

Ameriško mikrobiološko društvo - The American Society for Microbiology (ASM) je pripravilo nov portal za klinične mikrobiologe in imunologe – Clinical Microbiology Portal. 

Carl von Linné

Na današnji dan, pred 234 leti je umrl (10. januar 1778 v Uppsali) švedski naravoslovec Carl von Linné, najprej izobraževan kot botanik, nato aktiven kot zdravnik, v naravoslovju  pa velja za očeta taksonomije, ki jo utemelji s svojim najbolj znanim delom Systema Naturae, katerega značilnost je dvoimensko (binominalno, binarno) poimenovanje organizmov in struktura hierarhije taksonov od vrste, roda, reda do razreda. 

The Microbiology Network

The Microbiology Network ekspertno svetuje v vprašanjih mikrobiološkega nadzora in dobre proizvodne prakse v farmacevtiki in zdravstvenih dejavnostih. Omogoča spremljanje tudi preko Twitterja.

Še en zagovor vakcinacije

Zapis S. L. Weinreba v NYT je gotovo prepričljiv zagovor nujnosti vakcinacije. Če sodelujemo v različnih dobrodelnih aktivnostih, ker čutimo to kot obvezo zaradi sobivanja v skupnosti, ima enako vrednost tudi če sprejmemo nase obvezo cepljenja. Tako z zagotavljanjem čredne imunosti pomagamo prav njim, ki so v skupnosti in zaradi skupnosti posebej ogroženi.

Louis Pasteur, rojen pred 189 leti

Na današnji dan se je leta 1822 v francoskem mestu Dole rodil Louis Pasteur; kemik in mikrobiolog; zaradi zapuščine na različnih področjih mikrobiologije pa najbrž njen najimenitnejši utemeljitelj.

Praznično voščilo

Prijazen božično novoletni praznični čas in vse dobro v prihajajočem letu želim vsem svojim bralcem in komentatorjem.

 

Sovražni govor drugačne vrste

Te dni pogosto slišimo besedi “Sovražni govor”. Vendar, če nekdo neti odpor proti enemu najmočnejših orožij, ki ga ima zdravstvo v zaščiti pred infekcijskimi boleznimi, namreč pred vakcinacijo, je tudi to zame sovražni govor. Govorjenje, ki sesuva zaupanje v medicinsko znanost, v medicinsko doktrino, v organizacijo zdravstvenega sistema in v požrtvovalno zdravstveno osebje, ki ga vzpostavlja. Teoretiki zarot, ki pisarite pamflete, kot je tale na blogu Vocja cesnja, zbudite se iz svojih blodenj in orazumite se vendar!!!   

Biotehnološka revolucija – niz videoklipov

Vse pogosteje slišimo sintagmo “Biotehnološka revolucija”. Prisluhnimo pripovedovalcem v 6 nadaljevanjih, kako daleč smo in kam nas bo še odpeljala. 

Googlovo napovedovanje gripe

Pri Googlu so se lotili zanimivega projekta. V servisu Google Flu Trends spremljajo pogostost iskanja vsebin o gripi s strani uporabnikov iskalnika. Ko so v preteklih letih primerjali te podatke z uradnimi podatki o pojavljanju bolezni, ki jih objavljajo zdravstvene službe v deželah vključenih v poskus, so ugotovili veliko skladnost obeh trendov. Več o tem je mogoče prebrati v članku. Slovenije žal še ni med državami, ki jih je mogoče spremljati, nam najbližji državi sta Avstrija in Madžarska.

Nevarni “strupi” v cepivih?

Če vas misel na cepljenje še vedno plaši pa niste zaprisežen(a) nasprotnik(ca) cepljenja, ampak ste zgolj negotovi ali morda strašilne besede aktivistov, ki svarijo pred cepljenjem, vendar nimajo svoje teže, vam svetujem prebrati tale zapis blogerja s psevdonimom Mutant Dragon. Avtor na poljuden način predstavi pomembne prednosti cepljenja, nato pa pojasni tudi čemu vsebujejo vakcine nekatere dodatke, ki bi morda lahko zbujali skrb. In ki jih zastraševalci tako radi uporabljajo kot argument, da bi nas odvrnili od cepljenja oz. prepričali starše, da naj svojih otrok ne dajo cepiti.

In da posebej odvrnem mamice od zavračanja vakcinacije naj svetujem branje še enega simpatičnega zapisa mamice blogerke Jeanne Garbarino. 

Mikrobiološke revije ASM

Ali ste vedeli, da nabor 12 revij, jih izdaja Ameriško mikrobiološko društvo (ASM) objavi letno 23% vseh mikrobioloških člankov in da ti članki pritegnejo 37% vseh citatov v področju mikrobiologije.

Štiri revije iz nabora ASM zasedajo mesta med 20 revijami razvrščenimi po ISIjevem dejavniku vpliva: 3., 5., 18. in 20. Med najbolj citiranimi revijami v mikrobiologiji zasedajo revije, ki jih izdaja ASM 1., 2., 3. in 4. mesto. (Povzeto po reviji Microbe.) 

Ošpice grozijo

V zadnjem času so tudi v naših medijih nekajkrat poročali  o  zaskrbljujočem pojavljanje ošpic, kljub temu, da je zagotovljeno učinkovito cepljenje proti tej izjemno kužni otroški bolezni, ki jo razen tega lahko spremljajo tudi zelo zaskrbljujoče komplikacije. Velja zato prebrati poročilo Evropskega centra za preventivo in kontrolo bolezni (ECDC - European Centre for Disease Prevention and Control). Kdor želi najti jasno sporočilo kako pomembna je vakcinalna zaščita, ga bo v tem poročilu zagotovo našel.

Življenje na arzenu… ne gre!

Skoraj natančno pred letom dni je mikrobiologe zlasti pa biologe, ki iščejo izvor življenja, “pretresla” vest o bakterijah, ki bi naj bile sposobne vgrajevati arzen v svojo DNK. NASA, ki je stala izza projekta, je skoraj napovedovala odkritje nove domene živega sveta, celo namigovanje na zunajzemeljski izvor je bilo čutiti. Objava je imela izjemen odmev, pri čemer se je zlasti močno, prav vzorčno, odzvala spletna znanstvena socialna komentatorska scena. Blogi in forumi so brenčali od medklicev in priznati je treba, da je v odzivih prevladovala skepsa. Zdaj po letu dni kaže, da je bila skepsa na mestu; znana je zgradba genoma, o arzenu v DNK ni duha ne sluha, kaže celo, da bakterija, gre za vrsto iz rodu Halomonas, ni posebno prilagojena na velike koncentracije arzena.

Trdoživa odpornost na antibiotike

Kanadski raziskovalci so ugotovili, da je pri živalih, pri katerih v zdravljenju že dve leti in pol niso uporabljali antibiotikov, še vedno mogoče najti bakterije, ki so postale odporne na antibiotike, uporabljene v preteklosti.

Celice na skupnih poteh

Enkraten zapis o srečevanju in prepoznavanju: Are You Me or Am I You? Elio je zakon!

Mikrobiologija/virologija pri Wileyju

Ne razumite tega kot reklamo za založbo Wiley, vendar spisek je koristen in tudi cene so nekoliko “porezali”.

Obletnica Darwinovega kapitalnega dela

24. novembra se spominjamo obletnice izida Darwinovega za celotno znanost prelomnega dela “O izvoru vrst” (s polnim naslovom v originalu “On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life”), ki je prvič izšlo 24. 11. 1859.

Evolucija lahko razkrije tudi šibkost bakterij

Ed Young v zapisu na svojem blogu Not just rocket science pravi tako:

“Bakterije, ki nas trpinčijo med boleznijo niso nikoli povsem enake kot tiste, ki so prišle v naše telo ob začetku infekcije. S sposobnostjo, da hitro rastejo in si izmenjujejo gene, se lahko hitro prilagodijo naši imunski obrambi in zdravilom, katerim jih izpostavljamo. Evolucija je najmočnejše orožje, ki ga kužne bakterije imajo, so pa raziskovalci (Tami Lieberman in Jean-Baptiste Michel) našli način, kako jo lahko izkoristijo proti njim. Pokazala sta, da lahko iste prilagoditve, ki krepijo bakterije, tudi razkrijejo njihove slabosti.”

Vredno je prebrati ves Ed Youngov zapis.

Prenos bakterijskih genov v genom živali

Vse več je dokazov, da je horizontalni genski prenos (HGP) prisoten tudi med domenami. Tako M. Zarowiecka v Nature Reviews Microbiology povzema poročila o HGP funkcionalno pomembnih bakterijskih genov v nematode.

iPad za molekularne biologe

Če ste lastnik iPada vam bodo gotovo dobrodiošli tile nasveti o aplikacijah, ki so na voljo za področje molekularne biologije.  

Spomin na Louisa Pasteurja

Študentski kolega Bojan Papić je izsledil in na FB opozoril na zvočni zapis oddaje RTV Slo o enem od utemeljiteljev mikrobiologije, Louisu Pasteurju. Prav primerno v času, ko se spominjamo njegovega rojstvo (27. december 1822) in njegove smrti (28. september 1895).

Genski prenos obsežnejši od pričakovanj

Revija Wired povzema študijo v kateri so Alm in sodelavci iz MIT v reviji Nature predstavili obseg t.i. horizontalnega genskega prenosa med bakterijami. Ugotovljen obseg prenosa je znatno večji od pričakovanega. Prenos genov je večji med sorodnimi bakterijami in pogostejši med mikroorganizmi, ki zasedajo iste ekološke niše, npr. v prebavnem traktu človeka ali v tleh.

Mikrobiološke tehnike

Študenti mikrobiologije, ki se pravkar seznanjate s klasično mikrobiološko laboratorijsko tehniko, si lahko na spletišču YouTube v portalu kalifornijske univerze v Davisu (POCTCTR) ogledate video o nekaterih rutinskih mikrobioloških laboratorijskih postopkih. Sicer pa lahko na YouTube najdete obilico tovrstnega uporabnega video gradiva.

Varni pred bioterorizmom?

Pri prebiranju tega (nekoliko daljšega) članka sem se v razpoloženju gibal med radovednostjo, paranoidnostjo (zaradi slabo obvladovane biološke grožnje) in presenečenjem (zaradi birokratskega in klientelističnega ozadja organiziranosti opisanega varnostnega sistema).

Grafična predstavitev humanega mikrobioma

Revija Wired je objavila slikovit in izpoveden grafikon človekovega mikrobioma, ki ga je pripravil Carl Zimmer.  

Učinek statinov odvisen od mikrobiote prebavil

Ob nedvomnem učinku statinov na zniževanje holesterola je vendar mogoče opazovati, da so pri nekaterih ljudeh učinkovitejši kot pri drugih. Raziskovalna skupina pod vodstvom prof. Rima Kaddurah-Daouk-a iz univerze Duke je ugotovila, da so lahko mikroorganizmi prebavnega trakta vzrok očitnih razlik v delovanju statinov, v konkretnem primeru simvastatina, pri različnih pacientih. V študiji objavljeni v PLoS One avtorji priporočajo, da je potrebno pri obravnavi kardiovaskularnih bolezni upoštevati interakcije med genomom, mikrobiomom prebavil in okoljskimi dejavniki. Študij presnovnega profila lahko omogoči učinkovitejšo, osebno naravnano terapijo.

Če bi bilo mogoče bolj nadzorovano uravnavati delovanje statinov, bi se morda lahko izognili nekaterim neprijetnim stranskim učinkom (myopatije), ki so vezani na njihovo uporabo. In morda bi z izborom probiotikov lahko izločili del teh vplivov.

Virusi so tudi veliki

Carl Zimmer je izčrpen zapis na svojem blogu posvetil virusom velikanom. Poročilom o skupini virusov, ki so jo zadnja leta različne skupine raziskovale pod imenom mimivirusi, se je zdaj pridružila nova objava, ki morda predstavlja novo skupino teh virusov. Zaradi različnosti, ko jih primerjamo z mimivirusi in znova izrazito velikega genoma, ki presega 1.000 genov, so avtorji novi skupini nadeli pravzaprav pričakovano ime megavirusi, v konkretnem preiskovanem primeru pa Megavirus chilensis. Že pri iskanju razlag za velikost genoma mimivirusov so raziskovalci preigravali različne možnosti, med drugim, da so v evoluciji ti virusi nakopičevali genski nabor do velikosti, ki npr. presega tudi stokratno vrednot najmanjših virusov (virus gripe npr. vsebuje vsega 10 genov). Zdaj so avtorji, ki so odkrili megaviruse  (ti naj bi se v lastnostih genskega nabora bistveno razlikovali od drugih mimivirusov), dopustili tudi drugo možnost oz. razlago za tako velik genom. Da je morda šlo za celice, ki so postopoma v prilagajanju na parazitski način življenja postopoma izgubljale gene in pristale na ravni gradnje in funkcije, značilne za viruse.  

Povezave do novic z predstavitvami teh virusov sem vključil tudi v nov, zanimiv način združevalne predstavitve novičarskih objav: blogerskih, časopisnih in drugih, v portalu Scoop.it. Gre za zapisa iz bloga Loom pri reviji Discover Magazin in iz revije Wired, oboje pa sem povzel iz Scoop zbirnika MicrobiologyBytes.     

5. kongres SMD v Mariboru

V Mariboru bo jutri pričel z delom 5. kongres Slovenskega mikrobiološkega društva (SMD), skupaj s kongresom Slovenskega biokemijskega društva in bo trajal do 15. 10. 2011. Več o dogodku na spletni strani.

Samočistilna tkanina

Kot beremo v novičarskem ScienceDaily so znanstveniki kalifornijske univerze v Davisu razvili bombažno vlakno, ki uniči  bakterije in razgradi toksične spojine kot so npr. pesticidi, kadar so izpostavljeni svetlobi.

Nobelove nagrade 2011

Danes dopoldan je Komite za Nobelove nagrade objavil letošnje nagrajence za fiziologijo ali medicino. To so Bruce A. Beutler, Jules A. Hoffmann in Ralph M. Steinman, ki so prejeli nagrado za njihov prispevek na področju imunologije.

(Kmalu po objavi je nastopila zadrega, ko se je razvedela tragična novica, da je dr. Steinman preminil pred tremi dnevi po dolgi borbi z rakom, Nobelove nagrade pa se ne podeljujejo posthumno. Končna odločitev bo sledila.)

Molekularno biološki karneval št. 14

Na blogu LabRat, ki gostuje v Scientific American blogosferi, si lahko ogledamo povezave do zapisov v tokratnem, že 14. karnevalu molekularne biologije. 

Prihaja cepljenje proti gripi

Ob začetku letošnje sezone cepljenja proti gripi se mi je zdel zanimiv pogled v dogajanje leta 2009, ko je bil svet soočen s pandemijo t.i. prašičje gripe z virusom H1N1. Pobrskal sem v historičnem arhivu CDC in našel podatke, da je v takratnem izbruhu samo v ZDA  med aprilom 2009 in februarjem 2010 bilo 59 milijonov okuženih (srednja vrednost ocene), 265.000 hospitaliziranih in 12.000 smrtnih primerov, ki jih je bilo mogoče pripisati omenjenemu virusu. Spomnili se bomo še, kako so po zaključku epidemije številni kritiki oporekali tako odločitvi WHO, da je razglasila pandemijo, kot tudi kampanjam cepljenja v številnih državah v nadaljevanju pandemije. Kako zlahka pozabljamo dogodke in kako lahkotno nekateri pametujejo vse do tega da cepljenje celo označujejo za zaroto farmacevtskih firm.

Dodatno pozornost mi je pritegnila vest, da so raziskovalci kalifornijske univerze iz Los Angelesa nedavno odkrili izredno močno prekuženost (89%) prašičje populacije v Afriki, konkretno v Kamerunu. Eden od raziskovalcev te najdbe, dr. Smith ugotavlja, da je sicer ta virus vseprisoten, vendar če se različni virusni sevi (prašičji sevi, humani sevi, ptičji sevi) mešajo npr. v telesu prašiča, lahko nastanejo hibridni sevi s potencialom nove pandemije, zaradi česar je potrebno biti zelo pozoren.

Usodne melone

Kot je sporočila ameriška CDC, predstavljajo nedavne okužbe z listerijami v melonah največji tak izbruh okužbe z živili v desetletju.  Doslej je v 18 zveznih državah zbolelo 72 ljudi, 13 okuženih je umrlo. Melone imajo izvor na eni sami farmi v zvezni državi Kolorado. 

“Ne” antibiotikom…, za vsako ceno?

V tretji avgustovski številki revije Nature je mikrobiolog Martin Blaser objavil zanimiv, na nek način tudi provokativen članek »Antibiotic overuse: Stop the killing of beneficial bacteria«. Kot provokativnega članek oceni tudi znana revija Wired, ki pa se z avtorjem več kot toliko ne spušča v razpravo.

V svojem razmišljanju, v nadaljevanju pa tudi pri svetovanju, Blaser skuša preusmeriti sicer prevladujočo pozornost od uporabe, zlasti prekomerne uporabe antibiotikov, ki je vzrok nastajanja mikrobne odpornosti nanje, k vplivu antibiotikov na mikrobno združbo, mikrobiom, predvsem tistega v prebavilih. Ta vpliv označuje kot pomembnejšega pri presoji vpliva na človekovo zdravje.

Opozorilo utemelji s podatkom, da v ZDA mladenič/mladenka do 18. leta prejmeta 10 do 20 terapij z antibiotiki, pri čemer seveda prizna, da je ta praksa pomemben dejavnik v ozadju današnjega doživetja človeka, ki se v poprečju pomika k 80. letom.

Nadaljuje pa s podmeno, utemeljeno z njegovimi lastnimi laboratorijskimi izkušnjami in poročili drugih avtorjev, da je vpliv antibiotikov na koristno mikrobno združbo uničujoč, tak, da si ta nikoli več povsem ne opomore. In nato zaide v ne povsem utemeljene domneve, da so te temeljite spremembe mikrobioma razlog za povečano občutljivost za infekcije in za pojav nekaterih obolenj, katerih frekvenca se je v zadnjih letih povečala, kot je npr. debelost, sladkorna bolezen tipa 1, alergije in astma. Sicer se previdno omeji v svoji podmeni s predlogom, da je treba ta razmerja še preučiti, vendar pa istočasno takoj predlaga ukrepe. Zanimivo, naveže na evolucijsko ozadje nastanka sobivanja mikrobne združbe z gostiteljskimi organizmi, ki tem prinaša številne prednosti. Vendar potem Blaser v predlaganih ukrepih kar nekako pozabi na evolucijske zakonitosti. V zgodbo pripelje zaradi podkrepitve svoje teze še konkreten primer poselitve želodca z bakterijo Helicobacter pylori, ki naj bi v začetku prejšnjega stoletja poseljevala želodec vsakega človeka, danes pa jo v razvitem svetu najdemo le še pri 6% otrok. Antibiotiki naj bi bili deloma razlog tega izginjanja, ki bi pa naj imelo za posledico spremljajoče pojavljanje obolenj kot so gastroezofagealni refluks in rak požiralnika, okrepi pa svojo tezo še s podmeno, da je mogoče izginotje H. pylori pri otrocih povezati tudi z večjo pojavnostjo astme, senenega nahoda in kožnih alergij.

V nadaljevanju avtor izreče zanimiv stavek, na katerem je mogoče temeljiti našo nadaljnjo razpravo, pravi namreč: “Vsaka naslednja generacija začenja življenje z manjšim darilom starih mikroorganizmov kot predhodna.” In v nadaljevanju, kljub temu, da sicer prizna, da dogajanja v razvoju mikrobioma še preslabo razumemo, pogumno svetuje, da bi naj omejili uporabo antibiotikov v nosečnosti in v dobi odraščanja! Sprašujem, ali ima v mislih tudi korektno indicirano uporabo?

Vsekakor lahko pritegnem vsakemu razumnemu omejevanju uporabe antibiotikov, vendar je treba pri navezovanju na problem kvalitete mikrobioma vendarle upoštevati tudi zakonitosti razvoja mikrobnih združb s katerimi sobivamo: v prebavilih, na različnih drugih sluznicah in na koži. Originalna poselitev se zgodi ob rojstvu, poglavitni mikrobni vir je večinoma sluznica rodil matere. To pa naseljuje mikrobna združba, ki je bila skozi generacije v svojem razvoju izpostavljena okoljskemu pritisku različnih dejavnikov: medmikrobnim konkurenčnim in sožitnim dogajanjem, imunski obrambi gostitelja in seveda tudi robustnim vplivom fizičnega in kemijskega okolja, kamor lahko uvrstimo zlasti v prebavilih vpliv prehrane in tudi vpliv antibiotikov. In k temu slednjemu vplivu dodajam vprašanje: v kolikšni meri mu velja pripisovati katastrofalen vpliv, če npr. v članku skupine avtorjev pod vodstvom Vanesse M. D’Costa iz revije Nature tega tedna pod naslovom »Antibiotic resistance is ancient« lahko preberemo, da so ugotovili rezistenčne gene proti antibiotikom tudi v talnih vzorcih starih več kot 30.000 let. Antibiotiki so že po svoji osnovni definiciji biološki regulatorji tudi evolucijskega dogajanja torej je njihov vpliv od nekdaj dejavnik evolucijske medigre. Seveda: koncentracijskega vpliva, ki je posledica močno intenzivirane terapevtske rabe teh učinkovin, ni mogoče podcenjevati. Da bi pa, preden natančneje poznamo znotrajmikrobiomske vplive, zgolj zaradi podmene, da uporaba antibiotikov siromaši biotsko pestrost človekovih mikrobiomov, omejili njihovo uporabo tudi v nedvomno indiciranih primerih terapije? Potem mi je pa za omejitev rabe antibiotikov že bolj všeč razlog, da povečana zlasti pa nesmotrna raba antibiotikov do ogrožajoče stopnje povečuje odpornost mikroorganizmov na antibiotike, ki lahko konča v katastrofalni multipli rezistenci in da je zavoljo tega potrebno povleči zavoro.

Nato pa v članku znova pridemo do dela, kjer lahko avtorju pritegnem ob nekem njegovem drugem predlogu. Ko namreč svetuje, da bi iskali učinkovitejše probiotike s katerimi bi sanirali z antibiotiki prizadeto mikrobno združbo mikrobioma. In tu naj spomnim na zapis v blogu, kjer sem predstavil delo raziskovalcev washingtonske univerze pri razvoju t. i. »osebne človekove mikrobiote«. Ta bi vsekakor najhitreje zagotavljala okrevanje mikrobne združbe, ki jo je npr. prizadela antibiotska terapija ali pa je njeno ravnotežje porušeno iz drugega vzroka.

O kugi v 14. stoletju

Na novičarskem spletu BioScholar lahko preberemo, da je skupina nemških in kanadskih raziskovalcev dokazala, da je povzročitelj najbolj dramatičnega pomora v človeški zgodovini, znanega tudi kot Črna smrt, ko je med leti 1348 to 1353 umrla več kot tretjina takratne evropske populacije, povzročitelj, ki ga tudi danes prepoznavamo kot Yersinia pestis. Primerjava delov genetskega zapisa bakterije iz žrtev izpred 600 let in današnjih sevov Y. pestis je razkrila, da ta ne kaže bistvenih razlik. 

Še o grožnji , ki jo predstavlja cepilna abstinenca

S podatki iz urednikovega članka v zadnji številki revije Nature naj podprem svoje nedavno pisanje o cepilni abstinenci.

V letih 2009 in 2010 je manj od polovice ameriških zveznih držav doseglo ciljno 95% precepljenost predšolskih otrok  proti ošpicam. Dodatno zaskrbljujoče je, ker v nekaterih delih države neutemeljena abstinenca dosega 25%, sveži podatki pa kažejo, da se stanje še poslabšuje. Ob tem urednik opozarja, da evropski podatki svarijo pred posledicami, saj je npr. v Franciji v prvih treh mesecih tega leta za ošpicami obolelo 4.937 ljudi, več kot v celotnem letu 2010. Po podatkih WHO je v 30 evropskih državah v začetku tega leta značilno narastlo število obolelih; sledi caveat: z nadaljevanjem trenda bo lahko ogrožena čredna imunost, ki pa je garant zaščite načrtovano nevakciniranih in imunsko kompromitiranih prebivalcev.

V nadaljevanju avtor izrazito poziva zlasti politike, da se izognejo nespametnim izjavam, ki bi kompromitirale ta zdravstveni ukrep, kot se je to nedavno zgodilo ob nastopu republikanske predsedniške kandidatke Michele Bachmann.

NYT Profil: Richard Dawkins

New York Times je svojo zadnjo rubriko Profiles in science posvetil prof. Richardu Dawkinsu, dodal pa tudi link z intervjujem. Avtor Powell ga je predstavil skozi številne sledi, ki jih Dawkins pušča v intelektualni srenji, všeč pa mi je, da je prednostno izpostavil njegovo vlogo najvplivnejšega živečega evolucijskega biologa.

Program MyMicrobes

Evropski molekularno biološki laboratorij (EMBL) v Heidelbergu je oblikoval program preučevanja mikrobioma prebavil, za katerega vabi k sodelovanju širšo javnost. Splet MyMicrobes bo deloval kot splošni portal programa in kot socialno omrežje. Kdor bi želel izdelavo genskega zapisa mikrobne združbe svojega prebavnega trakta, se lahko prijavi k sodelovanju in za ceno 1500 € mu bodo naredili analizo, v nadaljevanju projekta pa se bo v socialnem omrežju oblikoval tudi forum z razpravami o ugotovitvah. Program temelji na predpostavki, da naš prebavni trakt naseljuje množica mikroorganizmov in da spremembe v ravnotežju te združbe sodelujejo pri stanjih kot je debelost in pri vnetnih obolenjih črevesne sluznice. Razumevanje odnosov v mikrobni združbi, danes naj bi poznali tri osnovne “enterotipe” črevesnega mikrobioma, naj bi omogočilo učinkovitejše načrtovanje prehranjevanja in zdravljenje bolezni.

Imunski sistem si delimo s hominidnimi bratranci.

Novejše primerjalne raziskave genetskih determinant imunskega odgovora med različnimi linijami hominidov kažejo, da so križanja med predniki današnjega človeka, neandertalcev in t.i. Denisovega človečnjaka (o njem je pred časom pisal dr. Dolinar), modernemu človeku zagotovila današnjo učinkovito imunsko obrambo, o čemer beremo v BBC news, ko povzemajo poročilo v reviji Science.    

Celična slikovna galerija

Letošnji nagrado Labby, ki jo revija The Scientist podeljuje spletom s slikovnimi in video vsebinami je po izboru bralcev  prejela spletna galerija slik The Cell. Izjemna zakladnica slikovnega materiala, ki je uporaben tudi pri pouku.

Ta blog berejo tudi zunaj Slovenije :)

Prosim, ne jemljite tega zapisa kot samovšečnega. Res je da sem danes zelo srečen. Dvakratni kolega, v mikrobiologiji in v bloganju, César Sánchez, ki je dalj časa delal na španski univerzi v Oviedu, zdaj pa je urednik pri Nature Publishing Group,  že leta izdaja enega najodmevnejših strokovnih blogov Twisted Bacteria. Danes je na svojem blogu objavil zapis Microbiology blogs: a list of 20 great blogs for microbe lovers in na mestu deset sem ugledal svoj blog. Skoraj me je kap; glede na to, da je Mikrob(io)log pisan v slovenščini si nisem predstavljal, da ga v tujini sledijo. Res pa je, da se mi je pred časom že javil nek drug izjemno popularen bloger iz Cezarjevega spiska, namreč Moselio Schaechter, ki za ASM piše blog The Small Things Considered in  mi je predlagal, da na blog vključim prevajalnik v angleščino, ker ga je zanimalo o čem paberkujem. 
Prav v septembru pred šestimi leti sem pričel s svojimi zapisi in ni lepšega darila za tak jubilej kot je današnji Cesarjev zapis pač nisem mogel pričakovati. Šestletno delo torej vendarle ni ostalo neopaženo. In z užitkom bom nadaljeval, dokler bom zmogel. Vesel bom če me boste spremljali, še bolj, če boste zapise komentirali in hvala vsem, ki ste mi doslej občasno pošiljali namige, da bi bilo koristno obdelati kakšno temo. 

Novi “lovci na mikrobe”

Odličen članek znanstvene novinarke Gine Kolate v New York Timesu “The New Generation of Microbe Hunters” nam predstavi nove možnosti hitre diagnostike kužnih bolezni, kot jih ponuja genska tehnologija.

Pa še h geslu “lovci na mikrobe”; ta naj vas spomni na kultno knjigo Paula de Kruifa “Microbe Hunters”, ki je prvič izšla davnega leta 1926 (imamo jo tudi v slovenskem prevodu).

Koriander kot protibakterijski dodatek

Koriander Coriandrum sativum je ena najstarejših začimbnih rastlin, ki jo s pridom uporablja tudi ljudska medicina. Zdaj pa so portugalski raziskovalci - dr. Fernanda Domingues (Universidade da Beira Interior) preverjali baktericidnost koriandrovega olja na 12 pogostejših bakterijskih sevih, med drugim z vrstami E. coli, Salmonella enterica, Bacillus cereus in z na meticilin rezistentnim sevom Staphylococcus aureus (MRSA). Že dodatek 1.6% koriandrovega olja je zamoril ali vsaj ustavljal rast pri skoraj vseh vseh preiskovanih bakterijskih sevih.

Raziskovalci vidijo v pripravi novih prehranskih dodatkov na osnovi koriandra možnost zmanjšanja tveganja z boleznimi, ki se prenašajo z živili in pri preprečevanju bakterijskega kvarjenja živil.

MicroBEnet

V okviru microBEnet projekta je nastal spletni portal microBEnet, ki je namenjen razširjanju informacij o mikrobiologiji bivalnega okolja (“build environment”). Z lastnim blogom in z uporabo socialnih omrežij bodo avtorji zagotavljali stik med raziskovalci, učitelji in študenti v ciljnem področju, tak primer je tudi oblikovanje lastne skupine v orodju Mendeley.  

Molekula, ki je sprožila nastanek življenja

Prijazno razložen nastanek življenja, ki temelji na predpostavki o ribonukleinski kislini (RNK) kot ključni molekuli (RNK svet – “RNA world”), kot se je oblikovala v zadnjih 50 letih.

Trojna simbioza

Med agrumi so v rodu Citrus tri izvirne vrste: mandarina, pomelo in citrona in vse tri pogosto napadajo parazitski kaparji, tak je npr. Planococcus citri – agrumov volnati kapar. In ta je prav zanimiv posebnež. Ne zato, ker izkorišča endosimbiontske bakterije, saj je to med žuželkami pogost pojav; bakterije, ki jih parazit skriva v sebi so posebneži, saj se tudi same okoriščajo s simbiozo. Pri prebavi in presnovi rastlinskih sokov torej kaparju pomembno pomagajo bakterije, večja med njimi, uvrščamo jo med betaproteobakterije, je Tremblaya princeps. Preseneča njen izjemno skromen genom, ki vsebuje vsega 121 genov, kar ji seveda za preživetje ne zadostuje. Zato si pomaga z lastnim endosimbiontom, ta je iz skupine gamaproteobakterij, Moranella endobia in šele skupaj ti dve bakteriji uspeta razgraditi proteine v soku do aminokislin, ki jih potrebuje kapar. Pojav omenjene bakterijske sestavljene endosimbioze je prav priročen model za preučevanje in razumevanje mitohondrijskega izvora pri evkariontih. 

Nov konzervans

Potem ko v paleti sredstev za konzerviranje živil že kar nekaj časa nismo naleteli na poročilo o kakšnem novem pripravku se nam zdaj obeta nepričakovano učinkovit nov konzervans. Mikrobiolog dr. Dan O'Sullivan iz Univerze v Minnesoti je patentiral peptid s protimikrobnim delovanjem, imenoval ga je bisin pri čemer je z imenom želel poudariti njegovo bližnje kemijsko sorodstvo z drugim uveljavljenem konzervansom, ki se široko uporablja za konzerviranje mlečnih izdelkov, namreč z nisinom. Oba sodita v skupino t.i. lantibiotikov.

Bisin naj bi bil učinkovit proti vrsti patogenih organizmov, pomembna posebnost je, da deluje tudi proti po Gramu negativnim povzročiteljev zastrupitev s hrano, kot so E. coli in salmonele pa tudi proti listerijam. Sredstvo naj bi bilo tako učinkovito, da govorijo kar o trajni zaščiti živil, kar je treba seveda vzeti “cum grano salis”.

Vsekakor bo treba pred dokončno uveljavitvijo novega konzervansa odgovoriti na vrsto pomembnih vprašanj o njegovi varnosti in uporabnosti, obet pa je vsekakor dobrodošel.

Kljub živahni presnovi ni rasti

Raziskovalce, ki spremljajo dogajanje v vodah Mehiškega zaliva po lanskoletni nesreči na ploščadi Deepwater Horizon, ko se je v morje izlilo milijone sodčkov nafte preseneča obnašanje mikroorganizmov. Mikrobi sicer presenetljivo učinkovito razgrajujejo naftno onesnaženje, vendar pa se ne razmnožujejo, torej njihovo število pomembneje ne narašča. Sumijo, da je razlog v pomanjkanju fosfora v vodnem okolju, ko sicer bogata energetska oskrba, ki jo ponuja naftni substrat, ta ne zagotavlja tudi vseh drugih potrebnih hranil za celično rast.

Nova skupina talnih gliv

Raziskovalci švedske Univerze kmetijskih ved (SLU) iz Uppsale pod vodstvom prof. Anne Rosling so vzgojili in identificirali skupino talnih gliv, ki naj bi bile razširjene praktično povsod v svetu, ki pa so jih doslej poznali le po DNK zapisu. Glivam, ki so jih uvrstili v razred Archaeorhizomycetes, bodo zdaj, ko jih lahko gojijo, lahko določili tudi pomen v talnih ekosistemih.

Eksperta o virologiji

V oddaji Intelekta na RTV SLO urednika novega učbenika virologije dr. Poljak in dr. Petrovec govorita o tem publicističnem dosežku in tudi sicer o področju njune profesionalne ekspertize, o virologiji.  Prisluhnete jima lahko na podkastu.

Konferenca o bioplinski mikrobiologiji

Med 14. in 16. septembrom bo nemški Leipzig gostil 1. mednarodno konferenco o bioplinski mikrobiologiji. Več podatkov najdete na spletni strani organizatorja.

20 najboljših univerz s programom mikrobiologije v ZDA

Če ste se odločili za študij mikrobiologije  (na eni od stopenj) v ZDA vam bo morda uporaben tale spisek 20 najboljših univerz, na katerih izvajajo študijske programe mikrobiologije. Upoštevajte seveda, da je študij v tej državi načeloma plačljiv! Če gre za univerzo, ki ni na tem spisku, potem vsekakor preverite kakšna je akreditacija univerze, ki bi vas morda zanimala.

O vakcinalni abstinenci

Skočite na zapis v blogu Na faksu in če vam je kaj mar za stvar se oglasite s svojim komentarjem.