GrippeNet.fr

Francoski Nacionalni inštitut zdravja, Univerza P.&M. Curie in še nekatere druge ustanove so kot raziskovalni projekt oblikovale spletno mesto GrippeNet. Je tudi del evropskega projekta Infleunzanet, v katerem sodelujejo Avstrija, Belgija, Francija, Nemčija, Italija, Nizozemska, Portugalska, Švedska, Švica in Velika Britanija. Značilnost teh iniciativ pa je sodelovanje prostovoljnih poročevalcev o pojavljanju gripoznih obolenj, kar omogoča aktualno spremljanje njihovega širjenja.

Potuhnjena virusna strategija

Raziskovalci na MIT so odkrili zanimiv način zelo usmerjenega vplivanja na rast bakterij s strani virusov. Fotosintetske morske bakterije, ki živijo v območju limitirane oskrbe s fosforjem, si morajo pomagati z zelo stresnimi dodatnimi mehanizmi za privzemanje fosforja. Ko ta njihov stres zaznajo virusi, ponudijo bakterijam pomoč s tem, da jih ob virusni okužbi oskrbijo z genetsko informacijo za še učinkovitejšo oskrbo s fosforjem. Ta pa služi predvsem za obilno namnoževanje virusnega materiala v okuženi bakterijski celici, ki nato ob propadu celice predstavlja vir nove virusne okužbe za ciljno bakterijsko populacijo.

Patogeni v učnih laboratorijih

Zaradi vse pogostejših poročil o infekcijah s patogenimi bakterijskimi sevi, predvsem s salmonelami, v učnih laboratorijih, so ameriški centri za nadzor bolezni (CDC) pripravili posebno priporočilo za učitelje, študente in vodje ustanov pri izvedbi praktičnega pouka v takšnih laboratorijih.

Virtualni muzej bakterij

Trije partnerji so se odločili ustanoviti Virtualni muzej bakterij: britanska Fondacija za bakteriologijo dr. Blaserja (FBB), britansko Društvo za aplicirano mikrobiologijo (SfAM) in Waksmanova fondacija za mikrobiologijo (WFM).

Gates znova Globalnemu fondu

Na novinarski konferenci na Svetovnem ekonomskem forumu v Davosu je Bill Gates sporočil, da bo njegova “The Bill & Melinda Gates Foundation” vložila še 750 milijonov $ v Globalni fond za borbo proti AIDSu, tuberkulozi in malariji. V zadnjih desetih letih so Gatesovi že namenili temu fondu 650 milijonov $.

Virus Schmallenberg

Povzemam po spletnem forumu FluTrackers.com: pri majhnih in velikih prežvekovalcih so koncem lanskega leta ugotovili obolenje, ki ga povzroča arbovirus iz rodu Orthobunyavirus in je začasno imenovan virus Schmallenberg. Prva poročila o obolenjih so bila iz Nemčije in Nizozemske, nedavno pa v istem viru poročajo tudi o obolelih ovcah v Veliki Britaniji in Franciji. Simptomatika je primerljiva z boleznijo Akabane, zanjo je značilno poškodovanje fetusa, čemur sledi zvrgavanje ali se rojevajo kongenitalno prizadeti mladiči. Virus prenašajo insekti, bolezen je po svetu dokaj razširjena, a je v Evropi doslej ni bilo. Ni znano, da bi bil za virus občutljiv človek, tudi ne povzroča obolenj pri konjih, prašičih, mačkah in pseh, čeprav se pri njih občasno ugotovljajo specifična protitelesa brez druge simptomatike. Bolezen pa se lahko prenese na divje prežvekovalce.    

Elektronska taksonomija

Pri prepoznavi mikroorganizmov in njihovem razvrščenju se je v novejšem času za določene namene močno uveljavila t.i. tipizacija na osnovi multilokusnih zaporedij (v SBD slovarju tudi: tipizacija na osnovi zaporedij več lokusov) (originalno angl.:  multilocus sequence typing - MLST). Rezultate sekvenčne analize je mogoče odlagati tudi na spletu in z izgradnjo ustreznih baz se močno povečuje dodana vrednost hitrejše primerjave rezultatov in prepoznave novih sevov v pristopu, za katerega se uveljavlja ime elektronska taksonomija. Na Imperial College London so vzpostavili spletni portal eMLSA.net in vabijo k sodelovanju. Prav tako so odprtega dostopa druge podobne baze: na univerzi Oxford – PubMLST, baze MLST Databases na univerzi v Corku in baze na Institute Pasteur v Parizu Pasteur MLST Databases.

Vpliv prebavnega mikrobioma na pojavnost srčnih obolenj

Sporočila nedavnih raziskav, objavljena v reviji FASEB in zaključki povzeti v članku MedicalXpress, nakazujejo realen vpliv črevesne mikrobne združbe (pravimo ji tudi mikrobiom prebavil) na resnost pojava srčnih obolenj pri poskusnih živalih. Ob predpostavki, da visok nivo hormona leptina v krvi pomembno povečuje riziko pojave srčnih obolenj, so v dveh poskusih vplivanja na prebavni mikrobiom uspeli dokazati znižanje leptina. Bodisi da so dodajali antibiotik z izrazitiom vplivom na črevesni mikrobiom (vankomicin) ali pa so na sestavo mikrobioma vplivali z dodatkom probiotika, za katerega je znano, da znižuje nivo leptina (Lactobacillus plantarum 299v). V obeh primerih so na poskusnih miškah dokazali zmanjšanje kardialnega rizika, medtem ko je predhodno dodajanje leptina živalim kardiopreventivni učinek antibiotika ali probiotika izničilo. 

Strah pred ptičjo gripo, tokrat drugače

Zgodba začenja septembra lani na evropski konferenci o influenci na Malti in odmeva tudi danes. Še več, postala je prav vroča tema, tako zaradi odmevov v zdravstvenih krogih, kot zaradi vpliva, ki ga bo lahko imela na politiko javnega objavljanja raziskovalnih dosežkov. Skupina raziskovalcev Erasmus Medical Centra iz nizozemskega Rotterdama je na konferenci predstavila rezultate svojih raziskav virusa ptičje gripe H5N1, napovedali pa so tudi že pisno objavo. Z virusom pričje gripe se lahko okužijo tudi ljudje s tem, da pri njih povzroča obolenje z veliko smrtnostjo, ki lahko preseže 50%. K sreči ta virus ni zelo kužen za sesalce, potreben je tesen stik z bolnimi živalmi. Vendar pa so holandski raziskovalci z vnosom specifičnih mutacij preoblikovali virus tako, da se je med poskusnimi živalmi, za študij patogeneze influence je najprimernejši beli dihur, pričel širiti s hitrostjo, ki je sicer značilna za sezonsko gripo. Seveda se je strokovna javnost in z njo ob živahnem pokritju s strani novinarjev tudi širša javnost odzvala z zaskrbljenostjo, reagirali pa so tudi organi zdravstvenega nadzora po svetu. Ker je del raziskav vezan tudi na sodelovanje z ameriškimi laboratoriji se je sestal ameriški Nacionalni svetovalni odbor za biološko varnost pri Nacionalnih inštitutih za zdravje (NIH) in avtorjem raziskave predlagal moratorij za objavo nekaterih ključnih podatkov o patogenostnih determinantah spremenjenega virusa. Tudi svetovna zdravstvena organizacija (WHO) svari pred objavo delov raziskovalnih podatkov pridobljenih v nedavnih raziskavah pričje gripe. Razlog vseh teh svaril je seveda strah, da bi podatke lahko zlorabili bioteroristi. Vendar pa je predlagani ukrep v neskladju z splošno prakso, da raziskovalci svoje raziskovalne dosežke, ki »preživijo« predhodno ekspertno oceno, objavijo. Številni, zlasti ameriški raziskovalci opozarjajo, da je predlagani ukrep strokovne cenzure podatkov predvsem v škodo znanosti, saj prav objave novih spoznanj sprožajo nova odkritja, ta pa so ključna seveda tudi za napredek na področju javnega zdravstvenega varstva.

Iz Kvarkadabre…

Tole je res vredno ogleda!

Portal klinične mikrobiologije/imunologije

Ameriško mikrobiološko društvo - The American Society for Microbiology (ASM) je pripravilo nov portal za klinične mikrobiologe in imunologe – Clinical Microbiology Portal. 

Carl von Linné

Na današnji dan, pred 234 leti je umrl (10. januar 1778 v Uppsali) švedski naravoslovec Carl von Linné, najprej izobraževan kot botanik, nato aktiven kot zdravnik, v naravoslovju  pa velja za očeta taksonomije, ki jo utemelji s svojim najbolj znanim delom Systema Naturae, katerega značilnost je dvoimensko (binominalno, binarno) poimenovanje organizmov in struktura hierarhije taksonov od vrste, roda, reda do razreda. 

The Microbiology Network

The Microbiology Network ekspertno svetuje v vprašanjih mikrobiološkega nadzora in dobre proizvodne prakse v farmacevtiki in zdravstvenih dejavnostih. Omogoča spremljanje tudi preko Twitterja.

Še en zagovor vakcinacije

Zapis S. L. Weinreba v NYT je gotovo prepričljiv zagovor nujnosti vakcinacije. Če sodelujemo v različnih dobrodelnih aktivnostih, ker čutimo to kot obvezo zaradi sobivanja v skupnosti, ima enako vrednost tudi če sprejmemo nase obvezo cepljenja. Tako z zagotavljanjem čredne imunosti pomagamo prav njim, ki so v skupnosti in zaradi skupnosti posebej ogroženi.

Louis Pasteur, rojen pred 189 leti

Na današnji dan se je leta 1822 v francoskem mestu Dole rodil Louis Pasteur; kemik in mikrobiolog; zaradi zapuščine na različnih področjih mikrobiologije pa najbrž njen najimenitnejši utemeljitelj.

Praznično voščilo

Prijazen božično novoletni praznični čas in vse dobro v prihajajočem letu želim vsem svojim bralcem in komentatorjem.

 

Sovražni govor drugačne vrste

Te dni pogosto slišimo besedi “Sovražni govor”. Vendar, če nekdo neti odpor proti enemu najmočnejših orožij, ki ga ima zdravstvo v zaščiti pred infekcijskimi boleznimi, namreč pred vakcinacijo, je tudi to zame sovražni govor. Govorjenje, ki sesuva zaupanje v medicinsko znanost, v medicinsko doktrino, v organizacijo zdravstvenega sistema in v požrtvovalno zdravstveno osebje, ki ga vzpostavlja. Teoretiki zarot, ki pisarite pamflete, kot je tale na blogu Vocja cesnja, zbudite se iz svojih blodenj in orazumite se vendar!!!   

Biotehnološka revolucija – niz videoklipov

Vse pogosteje slišimo sintagmo “Biotehnološka revolucija”. Prisluhnimo pripovedovalcem v 6 nadaljevanjih, kako daleč smo in kam nas bo še odpeljala. 

Googlovo napovedovanje gripe

Pri Googlu so se lotili zanimivega projekta. V servisu Google Flu Trends spremljajo pogostost iskanja vsebin o gripi s strani uporabnikov iskalnika. Ko so v preteklih letih primerjali te podatke z uradnimi podatki o pojavljanju bolezni, ki jih objavljajo zdravstvene službe v deželah vključenih v poskus, so ugotovili veliko skladnost obeh trendov. Več o tem je mogoče prebrati v članku. Slovenije žal še ni med državami, ki jih je mogoče spremljati, nam najbližji državi sta Avstrija in Madžarska.

Nevarni “strupi” v cepivih?

Če vas misel na cepljenje še vedno plaši pa niste zaprisežen(a) nasprotnik(ca) cepljenja, ampak ste zgolj negotovi ali morda strašilne besede aktivistov, ki svarijo pred cepljenjem, vendar nimajo svoje teže, vam svetujem prebrati tale zapis blogerja s psevdonimom Mutant Dragon. Avtor na poljuden način predstavi pomembne prednosti cepljenja, nato pa pojasni tudi čemu vsebujejo vakcine nekatere dodatke, ki bi morda lahko zbujali skrb. In ki jih zastraševalci tako radi uporabljajo kot argument, da bi nas odvrnili od cepljenja oz. prepričali starše, da naj svojih otrok ne dajo cepiti.

In da posebej odvrnem mamice od zavračanja vakcinacije naj svetujem branje še enega simpatičnega zapisa mamice blogerke Jeanne Garbarino. 

Mikrobiološke revije ASM

Ali ste vedeli, da nabor 12 revij, jih izdaja Ameriško mikrobiološko društvo (ASM) objavi letno 23% vseh mikrobioloških člankov in da ti članki pritegnejo 37% vseh citatov v področju mikrobiologije.

Štiri revije iz nabora ASM zasedajo mesta med 20 revijami razvrščenimi po ISIjevem dejavniku vpliva: 3., 5., 18. in 20. Med najbolj citiranimi revijami v mikrobiologiji zasedajo revije, ki jih izdaja ASM 1., 2., 3. in 4. mesto. (Povzeto po reviji Microbe.) 

Ošpice grozijo

V zadnjem času so tudi v naših medijih nekajkrat poročali  o  zaskrbljujočem pojavljanje ošpic, kljub temu, da je zagotovljeno učinkovito cepljenje proti tej izjemno kužni otroški bolezni, ki jo razen tega lahko spremljajo tudi zelo zaskrbljujoče komplikacije. Velja zato prebrati poročilo Evropskega centra za preventivo in kontrolo bolezni (ECDC - European Centre for Disease Prevention and Control). Kdor želi najti jasno sporočilo kako pomembna je vakcinalna zaščita, ga bo v tem poročilu zagotovo našel.

Življenje na arzenu… ne gre!

Skoraj natančno pred letom dni je mikrobiologe zlasti pa biologe, ki iščejo izvor življenja, “pretresla” vest o bakterijah, ki bi naj bile sposobne vgrajevati arzen v svojo DNK. NASA, ki je stala izza projekta, je skoraj napovedovala odkritje nove domene živega sveta, celo namigovanje na zunajzemeljski izvor je bilo čutiti. Objava je imela izjemen odmev, pri čemer se je zlasti močno, prav vzorčno, odzvala spletna znanstvena socialna komentatorska scena. Blogi in forumi so brenčali od medklicev in priznati je treba, da je v odzivih prevladovala skepsa. Zdaj po letu dni kaže, da je bila skepsa na mestu; znana je zgradba genoma, o arzenu v DNK ni duha ne sluha, kaže celo, da bakterija, gre za vrsto iz rodu Halomonas, ni posebno prilagojena na velike koncentracije arzena.

Trdoživa odpornost na antibiotike

Kanadski raziskovalci so ugotovili, da je pri živalih, pri katerih v zdravljenju že dve leti in pol niso uporabljali antibiotikov, še vedno mogoče najti bakterije, ki so postale odporne na antibiotike, uporabljene v preteklosti.

Celice na skupnih poteh

Enkraten zapis o srečevanju in prepoznavanju: Are You Me or Am I You? Elio je zakon!

Mikrobiologija/virologija pri Wileyju

Ne razumite tega kot reklamo za založbo Wiley, vendar spisek je koristen in tudi cene so nekoliko “porezali”.

Obletnica Darwinovega kapitalnega dela

24. novembra se spominjamo obletnice izida Darwinovega za celotno znanost prelomnega dela “O izvoru vrst” (s polnim naslovom v originalu “On the Origin of Species by Means of Natural Selection, or the Preservation of Favoured Races in the Struggle for Life”), ki je prvič izšlo 24. 11. 1859.

Evolucija lahko razkrije tudi šibkost bakterij

Ed Young v zapisu na svojem blogu Not just rocket science pravi tako:

“Bakterije, ki nas trpinčijo med boleznijo niso nikoli povsem enake kot tiste, ki so prišle v naše telo ob začetku infekcije. S sposobnostjo, da hitro rastejo in si izmenjujejo gene, se lahko hitro prilagodijo naši imunski obrambi in zdravilom, katerim jih izpostavljamo. Evolucija je najmočnejše orožje, ki ga kužne bakterije imajo, so pa raziskovalci (Tami Lieberman in Jean-Baptiste Michel) našli način, kako jo lahko izkoristijo proti njim. Pokazala sta, da lahko iste prilagoditve, ki krepijo bakterije, tudi razkrijejo njihove slabosti.”

Vredno je prebrati ves Ed Youngov zapis.

Prenos bakterijskih genov v genom živali

Vse več je dokazov, da je horizontalni genski prenos (HGP) prisoten tudi med domenami. Tako M. Zarowiecka v Nature Reviews Microbiology povzema poročila o HGP funkcionalno pomembnih bakterijskih genov v nematode.

iPad za molekularne biologe

Če ste lastnik iPada vam bodo gotovo dobrodiošli tile nasveti o aplikacijah, ki so na voljo za področje molekularne biologije.  

Spomin na Louisa Pasteurja

Študentski kolega Bojan Papić je izsledil in na FB opozoril na zvočni zapis oddaje RTV Slo o enem od utemeljiteljev mikrobiologije, Louisu Pasteurju. Prav primerno v času, ko se spominjamo njegovega rojstvo (27. december 1822) in njegove smrti (28. september 1895).

Genski prenos obsežnejši od pričakovanj

Revija Wired povzema študijo v kateri so Alm in sodelavci iz MIT v reviji Nature predstavili obseg t.i. horizontalnega genskega prenosa med bakterijami. Ugotovljen obseg prenosa je znatno večji od pričakovanega. Prenos genov je večji med sorodnimi bakterijami in pogostejši med mikroorganizmi, ki zasedajo iste ekološke niše, npr. v prebavnem traktu človeka ali v tleh.

Mikrobiološke tehnike

Študenti mikrobiologije, ki se pravkar seznanjate s klasično mikrobiološko laboratorijsko tehniko, si lahko na spletišču YouTube v portalu kalifornijske univerze v Davisu (POCTCTR) ogledate video o nekaterih rutinskih mikrobioloških laboratorijskih postopkih. Sicer pa lahko na YouTube najdete obilico tovrstnega uporabnega video gradiva.

Varni pred bioterorizmom?

Pri prebiranju tega (nekoliko daljšega) članka sem se v razpoloženju gibal med radovednostjo, paranoidnostjo (zaradi slabo obvladovane biološke grožnje) in presenečenjem (zaradi birokratskega in klientelističnega ozadja organiziranosti opisanega varnostnega sistema).

Grafična predstavitev humanega mikrobioma

Revija Wired je objavila slikovit in izpoveden grafikon človekovega mikrobioma, ki ga je pripravil Carl Zimmer.  

Učinek statinov odvisen od mikrobiote prebavil

Ob nedvomnem učinku statinov na zniževanje holesterola je vendar mogoče opazovati, da so pri nekaterih ljudeh učinkovitejši kot pri drugih. Raziskovalna skupina pod vodstvom prof. Rima Kaddurah-Daouk-a iz univerze Duke je ugotovila, da so lahko mikroorganizmi prebavnega trakta vzrok očitnih razlik v delovanju statinov, v konkretnem primeru simvastatina, pri različnih pacientih. V študiji objavljeni v PLoS One avtorji priporočajo, da je potrebno pri obravnavi kardiovaskularnih bolezni upoštevati interakcije med genomom, mikrobiomom prebavil in okoljskimi dejavniki. Študij presnovnega profila lahko omogoči učinkovitejšo, osebno naravnano terapijo.

Če bi bilo mogoče bolj nadzorovano uravnavati delovanje statinov, bi se morda lahko izognili nekaterim neprijetnim stranskim učinkom (myopatije), ki so vezani na njihovo uporabo. In morda bi z izborom probiotikov lahko izločili del teh vplivov.

Virusi so tudi veliki

Carl Zimmer je izčrpen zapis na svojem blogu posvetil virusom velikanom. Poročilom o skupini virusov, ki so jo zadnja leta različne skupine raziskovale pod imenom mimivirusi, se je zdaj pridružila nova objava, ki morda predstavlja novo skupino teh virusov. Zaradi različnosti, ko jih primerjamo z mimivirusi in znova izrazito velikega genoma, ki presega 1.000 genov, so avtorji novi skupini nadeli pravzaprav pričakovano ime megavirusi, v konkretnem preiskovanem primeru pa Megavirus chilensis. Že pri iskanju razlag za velikost genoma mimivirusov so raziskovalci preigravali različne možnosti, med drugim, da so v evoluciji ti virusi nakopičevali genski nabor do velikosti, ki npr. presega tudi stokratno vrednot najmanjših virusov (virus gripe npr. vsebuje vsega 10 genov). Zdaj so avtorji, ki so odkrili megaviruse  (ti naj bi se v lastnostih genskega nabora bistveno razlikovali od drugih mimivirusov), dopustili tudi drugo možnost oz. razlago za tako velik genom. Da je morda šlo za celice, ki so postopoma v prilagajanju na parazitski način življenja postopoma izgubljale gene in pristale na ravni gradnje in funkcije, značilne za viruse.  

Povezave do novic z predstavitvami teh virusov sem vključil tudi v nov, zanimiv način združevalne predstavitve novičarskih objav: blogerskih, časopisnih in drugih, v portalu Scoop.it. Gre za zapisa iz bloga Loom pri reviji Discover Magazin in iz revije Wired, oboje pa sem povzel iz Scoop zbirnika MicrobiologyBytes.     

5. kongres SMD v Mariboru

V Mariboru bo jutri pričel z delom 5. kongres Slovenskega mikrobiološkega društva (SMD), skupaj s kongresom Slovenskega biokemijskega društva in bo trajal do 15. 10. 2011. Več o dogodku na spletni strani.

Samočistilna tkanina

Kot beremo v novičarskem ScienceDaily so znanstveniki kalifornijske univerze v Davisu razvili bombažno vlakno, ki uniči  bakterije in razgradi toksične spojine kot so npr. pesticidi, kadar so izpostavljeni svetlobi.

Nobelove nagrade 2011

Danes dopoldan je Komite za Nobelove nagrade objavil letošnje nagrajence za fiziologijo ali medicino. To so Bruce A. Beutler, Jules A. Hoffmann in Ralph M. Steinman, ki so prejeli nagrado za njihov prispevek na področju imunologije.

(Kmalu po objavi je nastopila zadrega, ko se je razvedela tragična novica, da je dr. Steinman preminil pred tremi dnevi po dolgi borbi z rakom, Nobelove nagrade pa se ne podeljujejo posthumno. Končna odločitev bo sledila.)

Molekularno biološki karneval št. 14

Na blogu LabRat, ki gostuje v Scientific American blogosferi, si lahko ogledamo povezave do zapisov v tokratnem, že 14. karnevalu molekularne biologije. 

Prihaja cepljenje proti gripi

Ob začetku letošnje sezone cepljenja proti gripi se mi je zdel zanimiv pogled v dogajanje leta 2009, ko je bil svet soočen s pandemijo t.i. prašičje gripe z virusom H1N1. Pobrskal sem v historičnem arhivu CDC in našel podatke, da je v takratnem izbruhu samo v ZDA  med aprilom 2009 in februarjem 2010 bilo 59 milijonov okuženih (srednja vrednost ocene), 265.000 hospitaliziranih in 12.000 smrtnih primerov, ki jih je bilo mogoče pripisati omenjenemu virusu. Spomnili se bomo še, kako so po zaključku epidemije številni kritiki oporekali tako odločitvi WHO, da je razglasila pandemijo, kot tudi kampanjam cepljenja v številnih državah v nadaljevanju pandemije. Kako zlahka pozabljamo dogodke in kako lahkotno nekateri pametujejo vse do tega da cepljenje celo označujejo za zaroto farmacevtskih firm.

Dodatno pozornost mi je pritegnila vest, da so raziskovalci kalifornijske univerze iz Los Angelesa nedavno odkrili izredno močno prekuženost (89%) prašičje populacije v Afriki, konkretno v Kamerunu. Eden od raziskovalcev te najdbe, dr. Smith ugotavlja, da je sicer ta virus vseprisoten, vendar če se različni virusni sevi (prašičji sevi, humani sevi, ptičji sevi) mešajo npr. v telesu prašiča, lahko nastanejo hibridni sevi s potencialom nove pandemije, zaradi česar je potrebno biti zelo pozoren.

Usodne melone

Kot je sporočila ameriška CDC, predstavljajo nedavne okužbe z listerijami v melonah največji tak izbruh okužbe z živili v desetletju.  Doslej je v 18 zveznih državah zbolelo 72 ljudi, 13 okuženih je umrlo. Melone imajo izvor na eni sami farmi v zvezni državi Kolorado. 

“Ne” antibiotikom…, za vsako ceno?

V tretji avgustovski številki revije Nature je mikrobiolog Martin Blaser objavil zanimiv, na nek način tudi provokativen članek »Antibiotic overuse: Stop the killing of beneficial bacteria«. Kot provokativnega članek oceni tudi znana revija Wired, ki pa se z avtorjem več kot toliko ne spušča v razpravo.

V svojem razmišljanju, v nadaljevanju pa tudi pri svetovanju, Blaser skuša preusmeriti sicer prevladujočo pozornost od uporabe, zlasti prekomerne uporabe antibiotikov, ki je vzrok nastajanja mikrobne odpornosti nanje, k vplivu antibiotikov na mikrobno združbo, mikrobiom, predvsem tistega v prebavilih. Ta vpliv označuje kot pomembnejšega pri presoji vpliva na človekovo zdravje.

Opozorilo utemelji s podatkom, da v ZDA mladenič/mladenka do 18. leta prejmeta 10 do 20 terapij z antibiotiki, pri čemer seveda prizna, da je ta praksa pomemben dejavnik v ozadju današnjega doživetja človeka, ki se v poprečju pomika k 80. letom.

Nadaljuje pa s podmeno, utemeljeno z njegovimi lastnimi laboratorijskimi izkušnjami in poročili drugih avtorjev, da je vpliv antibiotikov na koristno mikrobno združbo uničujoč, tak, da si ta nikoli več povsem ne opomore. In nato zaide v ne povsem utemeljene domneve, da so te temeljite spremembe mikrobioma razlog za povečano občutljivost za infekcije in za pojav nekaterih obolenj, katerih frekvenca se je v zadnjih letih povečala, kot je npr. debelost, sladkorna bolezen tipa 1, alergije in astma. Sicer se previdno omeji v svoji podmeni s predlogom, da je treba ta razmerja še preučiti, vendar pa istočasno takoj predlaga ukrepe. Zanimivo, naveže na evolucijsko ozadje nastanka sobivanja mikrobne združbe z gostiteljskimi organizmi, ki tem prinaša številne prednosti. Vendar potem Blaser v predlaganih ukrepih kar nekako pozabi na evolucijske zakonitosti. V zgodbo pripelje zaradi podkrepitve svoje teze še konkreten primer poselitve želodca z bakterijo Helicobacter pylori, ki naj bi v začetku prejšnjega stoletja poseljevala želodec vsakega človeka, danes pa jo v razvitem svetu najdemo le še pri 6% otrok. Antibiotiki naj bi bili deloma razlog tega izginjanja, ki bi pa naj imelo za posledico spremljajoče pojavljanje obolenj kot so gastroezofagealni refluks in rak požiralnika, okrepi pa svojo tezo še s podmeno, da je mogoče izginotje H. pylori pri otrocih povezati tudi z večjo pojavnostjo astme, senenega nahoda in kožnih alergij.

V nadaljevanju avtor izreče zanimiv stavek, na katerem je mogoče temeljiti našo nadaljnjo razpravo, pravi namreč: “Vsaka naslednja generacija začenja življenje z manjšim darilom starih mikroorganizmov kot predhodna.” In v nadaljevanju, kljub temu, da sicer prizna, da dogajanja v razvoju mikrobioma še preslabo razumemo, pogumno svetuje, da bi naj omejili uporabo antibiotikov v nosečnosti in v dobi odraščanja! Sprašujem, ali ima v mislih tudi korektno indicirano uporabo?

Vsekakor lahko pritegnem vsakemu razumnemu omejevanju uporabe antibiotikov, vendar je treba pri navezovanju na problem kvalitete mikrobioma vendarle upoštevati tudi zakonitosti razvoja mikrobnih združb s katerimi sobivamo: v prebavilih, na različnih drugih sluznicah in na koži. Originalna poselitev se zgodi ob rojstvu, poglavitni mikrobni vir je večinoma sluznica rodil matere. To pa naseljuje mikrobna združba, ki je bila skozi generacije v svojem razvoju izpostavljena okoljskemu pritisku različnih dejavnikov: medmikrobnim konkurenčnim in sožitnim dogajanjem, imunski obrambi gostitelja in seveda tudi robustnim vplivom fizičnega in kemijskega okolja, kamor lahko uvrstimo zlasti v prebavilih vpliv prehrane in tudi vpliv antibiotikov. In k temu slednjemu vplivu dodajam vprašanje: v kolikšni meri mu velja pripisovati katastrofalen vpliv, če npr. v članku skupine avtorjev pod vodstvom Vanesse M. D’Costa iz revije Nature tega tedna pod naslovom »Antibiotic resistance is ancient« lahko preberemo, da so ugotovili rezistenčne gene proti antibiotikom tudi v talnih vzorcih starih več kot 30.000 let. Antibiotiki so že po svoji osnovni definiciji biološki regulatorji tudi evolucijskega dogajanja torej je njihov vpliv od nekdaj dejavnik evolucijske medigre. Seveda: koncentracijskega vpliva, ki je posledica močno intenzivirane terapevtske rabe teh učinkovin, ni mogoče podcenjevati. Da bi pa, preden natančneje poznamo znotrajmikrobiomske vplive, zgolj zaradi podmene, da uporaba antibiotikov siromaši biotsko pestrost človekovih mikrobiomov, omejili njihovo uporabo tudi v nedvomno indiciranih primerih terapije? Potem mi je pa za omejitev rabe antibiotikov že bolj všeč razlog, da povečana zlasti pa nesmotrna raba antibiotikov do ogrožajoče stopnje povečuje odpornost mikroorganizmov na antibiotike, ki lahko konča v katastrofalni multipli rezistenci in da je zavoljo tega potrebno povleči zavoro.

Nato pa v članku znova pridemo do dela, kjer lahko avtorju pritegnem ob nekem njegovem drugem predlogu. Ko namreč svetuje, da bi iskali učinkovitejše probiotike s katerimi bi sanirali z antibiotiki prizadeto mikrobno združbo mikrobioma. In tu naj spomnim na zapis v blogu, kjer sem predstavil delo raziskovalcev washingtonske univerze pri razvoju t. i. »osebne človekove mikrobiote«. Ta bi vsekakor najhitreje zagotavljala okrevanje mikrobne združbe, ki jo je npr. prizadela antibiotska terapija ali pa je njeno ravnotežje porušeno iz drugega vzroka.

O kugi v 14. stoletju

Na novičarskem spletu BioScholar lahko preberemo, da je skupina nemških in kanadskih raziskovalcev dokazala, da je povzročitelj najbolj dramatičnega pomora v človeški zgodovini, znanega tudi kot Črna smrt, ko je med leti 1348 to 1353 umrla več kot tretjina takratne evropske populacije, povzročitelj, ki ga tudi danes prepoznavamo kot Yersinia pestis. Primerjava delov genetskega zapisa bakterije iz žrtev izpred 600 let in današnjih sevov Y. pestis je razkrila, da ta ne kaže bistvenih razlik. 

Še o grožnji , ki jo predstavlja cepilna abstinenca

S podatki iz urednikovega članka v zadnji številki revije Nature naj podprem svoje nedavno pisanje o cepilni abstinenci.

V letih 2009 in 2010 je manj od polovice ameriških zveznih držav doseglo ciljno 95% precepljenost predšolskih otrok  proti ošpicam. Dodatno zaskrbljujoče je, ker v nekaterih delih države neutemeljena abstinenca dosega 25%, sveži podatki pa kažejo, da se stanje še poslabšuje. Ob tem urednik opozarja, da evropski podatki svarijo pred posledicami, saj je npr. v Franciji v prvih treh mesecih tega leta za ošpicami obolelo 4.937 ljudi, več kot v celotnem letu 2010. Po podatkih WHO je v 30 evropskih državah v začetku tega leta značilno narastlo število obolelih; sledi caveat: z nadaljevanjem trenda bo lahko ogrožena čredna imunost, ki pa je garant zaščite načrtovano nevakciniranih in imunsko kompromitiranih prebivalcev.

V nadaljevanju avtor izrazito poziva zlasti politike, da se izognejo nespametnim izjavam, ki bi kompromitirale ta zdravstveni ukrep, kot se je to nedavno zgodilo ob nastopu republikanske predsedniške kandidatke Michele Bachmann.

NYT Profil: Richard Dawkins

New York Times je svojo zadnjo rubriko Profiles in science posvetil prof. Richardu Dawkinsu, dodal pa tudi link z intervjujem. Avtor Powell ga je predstavil skozi številne sledi, ki jih Dawkins pušča v intelektualni srenji, všeč pa mi je, da je prednostno izpostavil njegovo vlogo najvplivnejšega živečega evolucijskega biologa.

Program MyMicrobes

Evropski molekularno biološki laboratorij (EMBL) v Heidelbergu je oblikoval program preučevanja mikrobioma prebavil, za katerega vabi k sodelovanju širšo javnost. Splet MyMicrobes bo deloval kot splošni portal programa in kot socialno omrežje. Kdor bi želel izdelavo genskega zapisa mikrobne združbe svojega prebavnega trakta, se lahko prijavi k sodelovanju in za ceno 1500 € mu bodo naredili analizo, v nadaljevanju projekta pa se bo v socialnem omrežju oblikoval tudi forum z razpravami o ugotovitvah. Program temelji na predpostavki, da naš prebavni trakt naseljuje množica mikroorganizmov in da spremembe v ravnotežju te združbe sodelujejo pri stanjih kot je debelost in pri vnetnih obolenjih črevesne sluznice. Razumevanje odnosov v mikrobni združbi, danes naj bi poznali tri osnovne “enterotipe” črevesnega mikrobioma, naj bi omogočilo učinkovitejše načrtovanje prehranjevanja in zdravljenje bolezni.

Imunski sistem si delimo s hominidnimi bratranci.

Novejše primerjalne raziskave genetskih determinant imunskega odgovora med različnimi linijami hominidov kažejo, da so križanja med predniki današnjega človeka, neandertalcev in t.i. Denisovega človečnjaka (o njem je pred časom pisal dr. Dolinar), modernemu človeku zagotovila današnjo učinkovito imunsko obrambo, o čemer beremo v BBC news, ko povzemajo poročilo v reviji Science.    

Celična slikovna galerija

Letošnji nagrado Labby, ki jo revija The Scientist podeljuje spletom s slikovnimi in video vsebinami je po izboru bralcev  prejela spletna galerija slik The Cell. Izjemna zakladnica slikovnega materiala, ki je uporaben tudi pri pouku.

Ta blog berejo tudi zunaj Slovenije :)

Prosim, ne jemljite tega zapisa kot samovšečnega. Res je da sem danes zelo srečen. Dvakratni kolega, v mikrobiologiji in v bloganju, César Sánchez, ki je dalj časa delal na španski univerzi v Oviedu, zdaj pa je urednik pri Nature Publishing Group,  že leta izdaja enega najodmevnejših strokovnih blogov Twisted Bacteria. Danes je na svojem blogu objavil zapis Microbiology blogs: a list of 20 great blogs for microbe lovers in na mestu deset sem ugledal svoj blog. Skoraj me je kap; glede na to, da je Mikrob(io)log pisan v slovenščini si nisem predstavljal, da ga v tujini sledijo. Res pa je, da se mi je pred časom že javil nek drug izjemno popularen bloger iz Cezarjevega spiska, namreč Moselio Schaechter, ki za ASM piše blog The Small Things Considered in  mi je predlagal, da na blog vključim prevajalnik v angleščino, ker ga je zanimalo o čem paberkujem. 
Prav v septembru pred šestimi leti sem pričel s svojimi zapisi in ni lepšega darila za tak jubilej kot je današnji Cesarjev zapis pač nisem mogel pričakovati. Šestletno delo torej vendarle ni ostalo neopaženo. In z užitkom bom nadaljeval, dokler bom zmogel. Vesel bom če me boste spremljali, še bolj, če boste zapise komentirali in hvala vsem, ki ste mi doslej občasno pošiljali namige, da bi bilo koristno obdelati kakšno temo. 

Novi “lovci na mikrobe”

Odličen članek znanstvene novinarke Gine Kolate v New York Timesu “The New Generation of Microbe Hunters” nam predstavi nove možnosti hitre diagnostike kužnih bolezni, kot jih ponuja genska tehnologija.

Pa še h geslu “lovci na mikrobe”; ta naj vas spomni na kultno knjigo Paula de Kruifa “Microbe Hunters”, ki je prvič izšla davnega leta 1926 (imamo jo tudi v slovenskem prevodu).

Koriander kot protibakterijski dodatek

Koriander Coriandrum sativum je ena najstarejših začimbnih rastlin, ki jo s pridom uporablja tudi ljudska medicina. Zdaj pa so portugalski raziskovalci - dr. Fernanda Domingues (Universidade da Beira Interior) preverjali baktericidnost koriandrovega olja na 12 pogostejših bakterijskih sevih, med drugim z vrstami E. coli, Salmonella enterica, Bacillus cereus in z na meticilin rezistentnim sevom Staphylococcus aureus (MRSA). Že dodatek 1.6% koriandrovega olja je zamoril ali vsaj ustavljal rast pri skoraj vseh vseh preiskovanih bakterijskih sevih.

Raziskovalci vidijo v pripravi novih prehranskih dodatkov na osnovi koriandra možnost zmanjšanja tveganja z boleznimi, ki se prenašajo z živili in pri preprečevanju bakterijskega kvarjenja živil.

MicroBEnet

V okviru microBEnet projekta je nastal spletni portal microBEnet, ki je namenjen razširjanju informacij o mikrobiologiji bivalnega okolja (“build environment”). Z lastnim blogom in z uporabo socialnih omrežij bodo avtorji zagotavljali stik med raziskovalci, učitelji in študenti v ciljnem področju, tak primer je tudi oblikovanje lastne skupine v orodju Mendeley.  

Molekula, ki je sprožila nastanek življenja

Prijazno razložen nastanek življenja, ki temelji na predpostavki o ribonukleinski kislini (RNK) kot ključni molekuli (RNK svet – “RNA world”), kot se je oblikovala v zadnjih 50 letih.

Trojna simbioza

Med agrumi so v rodu Citrus tri izvirne vrste: mandarina, pomelo in citrona in vse tri pogosto napadajo parazitski kaparji, tak je npr. Planococcus citri – agrumov volnati kapar. In ta je prav zanimiv posebnež. Ne zato, ker izkorišča endosimbiontske bakterije, saj je to med žuželkami pogost pojav; bakterije, ki jih parazit skriva v sebi so posebneži, saj se tudi same okoriščajo s simbiozo. Pri prebavi in presnovi rastlinskih sokov torej kaparju pomembno pomagajo bakterije, večja med njimi, uvrščamo jo med betaproteobakterije, je Tremblaya princeps. Preseneča njen izjemno skromen genom, ki vsebuje vsega 121 genov, kar ji seveda za preživetje ne zadostuje. Zato si pomaga z lastnim endosimbiontom, ta je iz skupine gamaproteobakterij, Moranella endobia in šele skupaj ti dve bakteriji uspeta razgraditi proteine v soku do aminokislin, ki jih potrebuje kapar. Pojav omenjene bakterijske sestavljene endosimbioze je prav priročen model za preučevanje in razumevanje mitohondrijskega izvora pri evkariontih. 

Nov konzervans

Potem ko v paleti sredstev za konzerviranje živil že kar nekaj časa nismo naleteli na poročilo o kakšnem novem pripravku se nam zdaj obeta nepričakovano učinkovit nov konzervans. Mikrobiolog dr. Dan O'Sullivan iz Univerze v Minnesoti je patentiral peptid s protimikrobnim delovanjem, imenoval ga je bisin pri čemer je z imenom želel poudariti njegovo bližnje kemijsko sorodstvo z drugim uveljavljenem konzervansom, ki se široko uporablja za konzerviranje mlečnih izdelkov, namreč z nisinom. Oba sodita v skupino t.i. lantibiotikov.

Bisin naj bi bil učinkovit proti vrsti patogenih organizmov, pomembna posebnost je, da deluje tudi proti po Gramu negativnim povzročiteljev zastrupitev s hrano, kot so E. coli in salmonele pa tudi proti listerijam. Sredstvo naj bi bilo tako učinkovito, da govorijo kar o trajni zaščiti živil, kar je treba seveda vzeti “cum grano salis”.

Vsekakor bo treba pred dokončno uveljavitvijo novega konzervansa odgovoriti na vrsto pomembnih vprašanj o njegovi varnosti in uporabnosti, obet pa je vsekakor dobrodošel.

Kljub živahni presnovi ni rasti

Raziskovalce, ki spremljajo dogajanje v vodah Mehiškega zaliva po lanskoletni nesreči na ploščadi Deepwater Horizon, ko se je v morje izlilo milijone sodčkov nafte preseneča obnašanje mikroorganizmov. Mikrobi sicer presenetljivo učinkovito razgrajujejo naftno onesnaženje, vendar pa se ne razmnožujejo, torej njihovo število pomembneje ne narašča. Sumijo, da je razlog v pomanjkanju fosfora v vodnem okolju, ko sicer bogata energetska oskrba, ki jo ponuja naftni substrat, ta ne zagotavlja tudi vseh drugih potrebnih hranil za celično rast.

Nova skupina talnih gliv

Raziskovalci švedske Univerze kmetijskih ved (SLU) iz Uppsale pod vodstvom prof. Anne Rosling so vzgojili in identificirali skupino talnih gliv, ki naj bi bile razširjene praktično povsod v svetu, ki pa so jih doslej poznali le po DNK zapisu. Glivam, ki so jih uvrstili v razred Archaeorhizomycetes, bodo zdaj, ko jih lahko gojijo, lahko določili tudi pomen v talnih ekosistemih.

Eksperta o virologiji

V oddaji Intelekta na RTV SLO urednika novega učbenika virologije dr. Poljak in dr. Petrovec govorita o tem publicističnem dosežku in tudi sicer o področju njune profesionalne ekspertize, o virologiji.  Prisluhnete jima lahko na podkastu.

Konferenca o bioplinski mikrobiologiji

Med 14. in 16. septembrom bo nemški Leipzig gostil 1. mednarodno konferenco o bioplinski mikrobiologiji. Več podatkov najdete na spletni strani organizatorja.

20 najboljših univerz s programom mikrobiologije v ZDA

Če ste se odločili za študij mikrobiologije  (na eni od stopenj) v ZDA vam bo morda uporaben tale spisek 20 najboljših univerz, na katerih izvajajo študijske programe mikrobiologije. Upoštevajte seveda, da je študij v tej državi načeloma plačljiv! Če gre za univerzo, ki ni na tem spisku, potem vsekakor preverite kakšna je akreditacija univerze, ki bi vas morda zanimala.

O vakcinalni abstinenci

Skočite na zapis v blogu Na faksu in če vam je kaj mar za stvar se oglasite s svojim komentarjem.

Termofilna razgradnja celuloze

Raziskovalci kalifornijske univerze in univerze iz Marylanda so v vročih vrelcih Nevade odkrili hipertermofilne mikroorganizme iz skupine arhej, ki lahko razgradijo celulozo tudi pri temperaturah nad vreliščem. Celulazni encimi teh arheje so namreč najaktivnejši pri temperaturi 109 °C, razpolovna doba encima je 5 ur pri 100 °C in odporen je proti detergentom, visoki slanosti in ionskim reagentom. Celulaze s takimi lastnostmi obetajo uporabo v proizvodnji biogoriv, saj omogočajo visokotemperaturno predhodno obdelavo vlakninskega substrata.

Na vidiku enotna zaščita proti različnim sevom virusa influence.

Raziskovalci britanskega inštituta za medicinske raziskave v Mill Hill in švicarskega inštituta za biomedicinske raziskave so odkrili in opisali protitelo, ki uspešno napada vse seve virusa influence A, vključno s prašičjo gripo, ptičjo gripo in špansko gripo.

Poziv k strožjemu nadzoru

Britanska Akademija medicinskih ved je objavila poročilo Animals containing human material o nadzoru nad raziskavami vnosa človeških tkiv, celic ali genetskega materiala v živali. Študija obravnava znanstvene, socialne, etične, varnostne in pravne vidike te vrste raziskovanja.

Vakcina gripe 2011/2012

Ameriška FDA je odobrila letošnji trivalentno (sezonsko) vakcino proti gripi za prihajajočo sezono gripe 2011/2012. Cepivo bo varovalo proti trem sevom primerljivih virusov gripe:

• A/California/7/09 (H1N1)
• A/Perth/16/2009 (H3N2)
• B/Brisbane/60/2008

Vakcina je licencirana za šest proizvajalcev: CSL Ltd., GlaxoSmithKline Biologicals, ID Biomedical, MedImmune Vaccines, Novartis Vaccines&Diagnostics in Sanofi Pasteur. Zadnji proizvajalec bo proizvajal tudi vakcino (Fluzone Intradermal) za nov način intradermalne mikroaplikacije, ki je odobrena z letom 2011.

Starši, pazljivo pri izbiri živalskih ljubljenčkov

Ameriški Centri za nadzor in preprečevanje bolezni (Centers for Disease Control and Prevention – CDC) v svoji koristni novičarski prilogi CDC Features opozarjajo, da naj bodo starši pri izbiri reptilov in dvoživk v vlogi hišnih ljubljenčkov pozorni. Da se jih naj izogibajo ali pa naj poskrbijo za zelo strogo higieno. Te živali so namreč pogosto nosilci bakterij iz rodu Salmonella. Zanimiv je npr. detajl iz ameriške zakonodaje, kjer je prepovedana prodaja želv s premerom manjšim kot 10 centimetrov, saj je znano, da otroci radi svoje igrače nosijo k ustom.

Poklic “mikrobiolog”

Nekdo vas je povprašal, ali mu lahko na kratko predstavite poklic mikrobiologa. Napotite ga na to spletno stran in v nadaljevanju se bosta lažje pogovarjala, ker bo imel veliko dodatnih vprašanj.

Pediatri strožji pri obveznem cepljenju

Pediatri v ZDA so problem vakcinalne zaščite otrok znova dvignili na raven javne pozornosti. Nekatere pediatrične ambulante so namreč izbrale strogo odločitev, da si morajo starši, ki svojih otrok ne bodo cepili po cepilni shemi, ki jo določi zdravnik, poiskati drugega zdravnika.  

Nevarnost zaradi E. coli O104 še ni premagana

V najnovejšem poročilu Evropskega centra za preprečevanje in nadzor obolenj, ki ga povzema revija Wired,  je sporočeno, da se obseg epidemičnega izbruha infekcij z E. coli O104 sicer umirja, dodani so tudi številčni podatki, vendar je nevarnost občasnega pojavljanja predvidena vsaj še za naslednja tri leta, kot opozarja Evropska agencija za varnost živil (EFSA). Ni namreč znano, koliko je še neuporabljenega semena solatnih kalčkov, ki so bili ključni dejavnik širjenja okužbe.    

Z zvijačo do DNK podatkov

Za izsleditev Bin Ladna naj bi ameriška CIA uporabila zvijačo, ko je organizirala v območju Abbottabada, kjer so sumili, da je njegovo skrivališče, akcijo cepljenja proti hepatitisu B. Po tej poti so pridobili DNK dokaze o identiteti prebivalcev skrbno varovanega Bin Ladnovega prebivališča.

GS živali še daleč od prehranskega trga

Medtem, ko so gensko spremenjene (GS) rastline v številnih državah pomemben del proizvodnih kapacitet v zagotavljanju tako industrijskih rastlin kot prehranskih virov, podobnega prodora GS organizmov v živinoreji ne najdemo. Prispevek v LabSaints, potem ko našteje nekatere primere, ko so uporabili tehnike genskega prenosa pri živalih za doseganje rejsko zanimivih lastnosti (hitro rastoči atlantski lososi, prašiči z reguliranim izločanjem fosforja v iztrebkih in ribe s povečano odpornostjo proti obolenjem) predstavi tudi razloge, čemu še ni uspelo legalizirati dovoljenj za komercializacijo teh živali oz. ustreznih prehranskih produktov. 

EU omogočila omejevanje uporabe GS prehranskih virov

Evropski parlament je s prepričljivo večino (548 za, 84 proti in 31 vzdržanih) omogočil članicam evropske skupnosti (cit. Nature newsblog) da ob utemeljitvi z okoljskimi razlogi uporabijo večjo fleksibilnost pri preprečevanju ali omejevanju gojenja gensko spremenjenih (GS) rastlin v svojih državah, pri čemer s tem ne bodo kršile mednarodne trgovinske zakonodaje. Ob tem jim je omogočena tudi vzpostavitev kompenzacij za konvencionalne in organske kmetovalce, kadar jih prizadene kontaminacija z GSO.

Biology Direct

V novi najavi člankov revije Biology Direct (izdaja BioMed Central) boste našli nekaj izjemnih revijalnih pregledov za področje mikrobiologije. Revija ima dejavnik vpliva 3,74 in je v odprtem dostopu, ponuja pa razen tega inovativen način recenzije. Avtorji lahko izberejo ocenjevalca iz nabora recenzentov, ki ga ponuja revija, namesto anonimnega pa je mogoče izbrati javno recenzijo, kar nedvomno povečuje verodostojnost postopka.

Učinkovitejša presnova vlaknine pri rastlinojedih živalih

Prebavni trakt domačih živali je tretji najpogostejši vir v ozračje sproščenega metana kot posledice človekove aktivnosti in je na tretjem mestu med vsemi emisijami metana na zemlji. Rastlinojede živali namreč za učinkovito izkoriščanje svoje hrane potrebujejo sodelovanje mikroorganizmov v prebavnem traktu pri čemer mikrobom, potrebnim za razgradnjo celuloze, presnovno pomagajo metanogene bakterije. Boljše kot je to sodelovanje, učinkoviteje žival izkorišča vlakninasto krmo za svojo rast in prirejo proizvodov. Zdaj pa so ameriški in avstralski raziskovalci pri neki vrsti kengurujev odkrili, da izločajo te živali približno 80% manj metana na enoto použite prebavljive energije kot drugi rastlinojedi. Iz prebavil kengurujev so osamili novo vrsto bakterije, ki proizvaja znatno manj metana ob siceršnji neokrnjeni učinkovitosti prebave rastlinske vlaknine. Izločanje metana iz prebavil rastlinojedov, zlasti še prežvekovalcev, ni zgolj okoljski problem, saj je metan med najneugodnejšimi toplogrednimi plini; po tej poti živali izgubijo tudi precej s krmo použite in v prebavnih mikrobnih procesih v metan prevezane energije. Mikrobna presnova v prebavilih ima torej dve lici, brez mikrobnega sodelovanja prebava in presnova vlaknine ne bi bila mogoča, a mikrobno sodelovanje zahteva svoj energetski davek. Tokratno odkritje novega mikroorganizma (ali skupine mikroorganizmov), ki bi naj bil manjši proizvajalec metana, a bi ustrezno zagotavljal partnerstvo celulolitičnim mikroorganizmov, bi pomenilo seveda pomemben korak k ekološko uravnoteženi, vendar še vedno proizvodno učinkoviti živinoreji.

B&K varnost v mikrobiološkem laboratoriju

Obilico koristnih napotkov in povezav do virov o biološki in kemijski varnosti v mikrobioloških laboratorijih najdete na spletni strani Biosafety Presentation and Resources.

Potuhnjenost povzročitelja lymske borelioze

Po besedah prof. Nicole Baumgarth, avtoritete na področju imunologije iz Centra za primerjalno medicino na UC Davis, je bakterija Borrelia burgdorferi, ki povzroča lymsko boreliozo, razvila poseben način, kako se izogniti imunski obrambi gostitelja. Bakterija se naseli v limfnih vozlih, kjer sicer sproži primarni imunski odziv, istočasno pa tako okvari arhitekturo limfnega vozla, da ta ni sposoben zagotoviti učinkovite in dolgotrajne zaščite s protitelesi. To je tudi razlog, da se lahko ljudje v endemskih območjih ponovljeno okužijo s spirohetami, kot zaradi specifične oblike pravimo tem bakterijam.

Konec subvencij za zeleni etanol?

Ta teden je ameriški senat s prepričljivo večino ( 73 : 27 ) izglasoval ukinitev 6 milijard dolarjev težkih subvencij za proizvodnjo etanola iz bioloških virov kot lahko preberemo v medijih. Brez dvoma zanimiv preobrat ob sicer še vedno splošnem zagovoru in iskanju alternativnih energetskih rešitev. Vendarle neučinkovita bioetanolna tehnologija pač ne more več kljubovati vse večjemu negodovanju nasprotnikov zaradi njenih vplivov na trge prehranskih virov.

Holesterol dviga protimikrobno odpornost H. pylori

Nove raziskave dajo slutiti, da holesterol povečuje odpornost bakterije Helicobacter pylori proti številnim antibiotikom in tudi proti endogenemu protimikrobnemu peptidu LL-37, lahko preberemo v študiji avtorja Davida McGeeja iz Univerze Louisiana State.

Podrobnosti o E. coli O104:H4

Izbruh obolenj zaradi okužbe z bakterijo Escherichia coli O104:H4 v Nemčiji se umirja, ni pa še izzvenel. Čas, ki je medtem pretekel, je omogočil zelo natančno prepoznanje ozadja okužb in če želite res izčrpno predstavitev znanega, pojdite na spletno stran MicrobeWorld in prisluhnite podkastu (bodite pa pripravljeni, da traja posnetek 76 minut). Na spletni strani boste našli tudi kopico zelo uporabnih tematsko vezanih povezav. 

Znova… o higieni rok

Vem, da mikrobiologov ni treba poučevati o higieni in zlasti o higieni rok, posebno ne na tako poudarjen način kot ga ponuja video The Dirt… Vendar boste morda kdaj v položaju, da morate nekomu iz laične javnosti enostavno in vendar učinkovito predstaviti problem prenosa okužb z rokami. Zlasti v časih, ko zaradi nedavnega incidenta z okuženo hrano v Nemčiji, znova več govorimo tudi o higieni.

Biologija & biotehnologija – e-knjige v odprtem dostopu

Ameriška The National Academies Press je v odprti dostop ponudila preko 4000 e-knjig. Potrebna je samo osebna prijava. Najdete jih: za področje biologije in za področje biotehnologije.

EHEC sev analiziran na Kitajskem

O tem kako je tekla analitika nedavnega izbruha obolenj z bakterijo Escherichia coli v Nemčiji lahko preberemo >tukaj. Izvemo tudi čemu so izbrali za analitiko genoma povzročitelja kitajski Beijiing Genomics Institute, analiza pa je tudi pokazala, da je ta izolat EHEC, serotipa O104, odporen proti aminoglikozidnim, makrolidnim in betalaktamskim antibiotikom ter predstavlja lahko zato dodaten problem tudi v zdravljenju.

Springer o EHEC

Dobra novica! Na spletu založbe Springer bo do 1. septembra letos v odprtem dostopu preko 400 člankov o enterohemoragični E. coli, ki jih na spletni strani založbe prikličete z geslom "Enterohaemorrhagic and Escherichia and coli" ali pa neposredno na spletni strani www.springer.com/ehec.

DNK za spremljanje prometa živil

V zadnjem času slišimo vse pogosteje dve sintagmi, ki sta povezani s sledenjem izvora prehranskih virov, npr.: “od vil do vilic” ali “od njive do hladilnika”. Pri sledenju izvora živil živalskega vira in posledično tudi v prepoznavi kvalitete se danes pojavlja kot močno orodje tudi DNK tehnologija, kot smo lahko nedavno prebrali v The Washington Post; k njej se ne zateka samo živilsko sanitarna služba, ampak v vse večji meri tudi trgovina in večji ponudniki hrane, kot so restavracije, hoteli, šole in zdravstvene ustanove.

O EHEC v Nemčiji – novi podatki

Potem ko je v EU zaradi španskih kumaric skoraj izbruhnil trgovinski in sicer tudi politični spopad, ki ga večina označuje kot škandal; saj se spomnimo, da zaradi prvotnega suma, da so kumarice vzrok epidemija z enterohemoragično E. coli (EHEC) v Nemčiji; se zdaj nakazuje obrat. Po najnovejših podatkih naj bi nemški epidemiologi našli vzrok epidemije v kalčkih lokalnega izvora. Upajmo, da imajo tokrat prav!       

Na Videolectures o podnebnih spremembah

O “Mejah našega planeta in podnebnih spremembah” govori v Videolectures prof. dr. Lučka Kajfež Bogataj, klimatologinja iz BF UL.

Radi potujete?

Koristno opozorilo! MicrobiologyBytes priporoča vsem, ki se odpravljate na potovanje v eksotične kraje, da si ogledate spletno stran Malaria Hotspots.

Še o življenju na arzenu

Gotovo bo letos med znanstvenimi objavami povsem pri vrhu odmevnosti raziskava o mikrobnem življenju, ki naj bi temeljilo namesto na fosforju, na arzenu. Pred časom sem nekaj prvih kritičnih odmevov že omenil, zdaj pa je zgodba, ki doživlja izjemno popularnost, dobila nove, konkretnejše glasove kritikov in tudi nove odzive prve avtorice raziskave.   

Bakterije kot sprožilci Parkinsonove bolezni?

Bakterija Helicobacter pylori ne preneha buriti duhov. Potem ko je bilo potrebno kar precej časa in tudi prepričevanja javnosti s strani avstralskih raziskovalcev, ki so dokazovali njeno povezanost z želodčno patologijo, zdaj njeni raziskovalci sprožajo novo živahno razpravo.  Na letošnjem kongresu ameriškega mikrobiološkega društva je skupina raziskovalcev iz univerze Louisiana State predstavila tezo, po kateri naj bi ta bakterija, ki prebiva v želodcu približno polovice človeštva, bila med sprožilnimi dejavniki pri nastanku Parkinsonove bolezni.

Da pa v novejšem času bakterije mikrobioma prebavil vse pogosteje omenjajo kot dejavnike sistemskih vplivov pri različnih gostiteljskih organizmih potrjuje tudi novica v Scientific American o vplivu bakterij v prebavilih na vedenjske spremembe preskusnih živali.

Črne koze ostanejo

Potem, ko je večina pričakovala, da se bo Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) odločila, da uniči zaloge sevov virusa črnih koz v zadnjih dveh skladiščih, ki še uradno obstajata (v ZDA in v Rusiji) je današnja Skupščina WHO sklenila, da odloži odločanje o tem do leta 2014.

V živo iz ASM 2011

Še danes in jutri lahko preko portala Microbe World spremljate v živo (avdio+video) pogovore in intervjuje iz letošnjega kongresa Ameriškega mikrobiološkega društva. 

S sladkorji povečana učinkovitost antibiotikov

V nedavni študiji, objavljeni v reviji Nature in povzeti v reviji Discover, raziskovalci predstavljajo zanimivo možnost povečanja učinkovitosti nekaterih antibiotikov z istočasnim dodajanjem sladkorjev, kot so  manitol, fruktoza ali glukoza. Ta dodatek je zlasti učinkovit v borbi proti mikroorganizmom, ki preživijo zgodnjo fazo delovanja antibiotikov, bodisi, ker so v  fazi ti. dormance ali pa ker so zaščiteni v biofilmih.  

Ligenj v vesolju

Med potniki na tokratnem potovanju z vesoljskim plovilom Endeavour (mimogrede, na zadnjem poletu tega čolnička) je tudi mlad ligenj. Pa ga nimajo za obogatitev kuharske ponudbe, ampak naj bi preučevali, kako “dobre bakterije” uspevajo v pogojih majhne težnosti. Predvsem jih zanima, ali spremenjeni pogoji v vesolju lahko spremenijo “obnašanje” mikroorganizmov t.i. mikrobioma, torej avtohtone mikrobne združbe.

Še o mikrobiomu

Na omrežju LinkedIn se skupina Systems Biology posveča tudi tematiki mikrobioma. Kot pravi eden od udeležencev Chris Carter: “…Virusi, bakterije in drugi patogeni so vpleteni v številne bolezni človeka: Alzheimerjevo bolezen, epilepsijo, multiplo sklerozo, Parkinsonovo bolezen, ADHD, avtizem, bipolarno motnjo, depresijo, shizofrenijo, artritis, sindrom razdražljivih prebavil, debelost, rak in številne druge…”. Vpletenost prikazuje indeks s povezavami v Pubmed.

O “ribostikalih”

V ScienceDaily beremo o učinkovitem sistemu presnovne regulacije pri bakterijah. Gre za t.i. ribostikala (angl. »riboswitch«), ki delujejo na primerljivem principu svetlobnega senzorskega stikala v vaši veži, ki se odzove na gibanje obiskovalca. Ribostikala aktivirajo gene, ko v celici zaznajo določene presnovke. Evkarionti podobnega mehanizma ne poznajo, zato je to seveda lahko pot do razvoja novih antibiotikov.

O vplivu prebavne mikrobiote na obnašanje

“Raziskovalci iz švedskega Karolinska Institute in singapurskega Genome Institute of Singapore pod vodstvom Svena Petterssona so nedavno objavili v Proceedings of the National Academy of Sciences, da ima normalna črevesna mikrobna združba, bakterije, ki naseljujejo prebavila, pomemben vpliv na možganski razvoj in posledično na obnašanje odraslega osebka” preberemo v aprilski številki revije Scientific American.

Okužbe z bakterijo Salmonella typhimurium

Zadnjih nekaj tednov se je ameriška CDC ukvarjala s precej nenavadnim izbruhom večjega števila infekcij z bakterijo Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium, za katere sumijo, da imajo izvor v kliničnih in učnih mikrobioloških laboratorijih in to v več zveznih državah. Primer je vsekakor zelo poučen zlasti za vse, ki delujejo v takšnih laboratorijih, posebno pa še za vse, ki jim je zaupan nadzor nad varnostjo dela v takšnih laboratorijih, zato je vsekakor koristno prebrati poročilo CDC. 

Lwoff Award za prof. Radmana

Najprestižnejšo nagrado Evropske mikrobiološke federacije (FEMS), Lwoff Award, ki se podeljuje vsako tretje leto, bo prejel prof. Miroslav Radman, kot lahko preberemo na hrvaškem portalu Znanost. Nagrada mu bo vročena ob priliki 4. evropskega kongresa FEMS v Ženevi, junija letos. Prof. Radman je eden najeminentnejših svetovnih molekularnih biologov, med drugim je tudi redni član Francoske akademije znanosti. Je v preteklosti že nekajkrat predaval tudi v Sloveniji. (Hvala blogerki Vesni za sporočilo.)