Pomaranče so v nevarnosti

Če imate radi pomaranče, vas bo lahko zaskrbela >tale novica. Nasade oranževcev po svetu uničujejo bakterije Candidatus  Liberibacter asiaticus (izvor v Aziji), Candidatus  Liberibacter africanus (izvor v Afriki) in Candidatus Liberibacter americanus, pojavljajo pa se tudi že variantni sevi. Bakterije, ki jih prenašajo insekti povzročajo bolezen, ki ga najpogosteje imenujejo "huanlongbing", včasih tudi zelenenje citrusov.

Probioza in QS

V kratkem eseju nas revija Microbe opozori na objavo v julijski številki revije Applied and Environmental Microbiology, kjer avtorji Medellin-Pena ter sod. govorijo o možnosti interference probiotičnih bakterij z mehanizmom zaznave gostote (t. i. Quorum Sensing - QS) pri patogenih bakterijah.

Med raziskovalci probioze velja, da naj bi probiotični mikroorganizmi sodelovali v vzdrževanju eubioze, torej uravnoteženega prebavnega ekosistema in posledično v kontroli patogenih mikroorganizmov po več poteh. Izločali naj bi protimikrobne učinkovine, tekmovali za prehranske dejavnike, naseljevali vezalna mesta za patogene mikrobe na sluznici prebavil in vzpodbujali naj bi imunski odzov gostitelja.

Omenjena raziskava pa ponuja naslednjo novo možnost razlage preprečevanja naselitve patogenih bakterij, v konkretnem primeru enterohemoragične bakterije Escherichia coli (EHEC) s probiotično aktivno bakterijo Lactobacillus acidophilus  in sicer s pomočjo molekul, ki jih izloča slednja in ki naj bi bile bodisi inhibitor QS signala ali pa bi neposredno vstopale v transkripcijsko regulacijo patogena in bi motile njegovo sposobnost poselitve sluznice.

8 milijonov let stara bakterija raste

Kot poročajo iz Univerze Rutgers so iz različno starih vzorcev antarktičnega ledu uspeli izolirati številne mikroorganizme. Ena od mikrobnih vrst, ki so jo uspeli oživiti, naj bi izvirala celo iz vzorcev ledu starih 8 milijonov let. Komentatatorji opozarjajo, da je podatek treba presojati s pridržkom, saj je pri odvzemu materiala zelo težko preprečiti kontaminacijo z novodobnimi mikroorganizmi.

Šanghajska lestvica 2007

Zdaj pa vsi študenti ljubljanske Univerze in vsi njihovi navijači skok na >tale zapis.  

Gliva Pilobolus

Prav po slučaju sta se pretekli teden kar dva imenitna (in eminentna) blogerja lotila pripovedi o nenavadni glivi Pilobolus. Oglasil se je Elio Schaechter in predstavil zgodovinski dokument iz 19. stoletja z opisom te glive. Pisanje, ki človeka prevzame zaradi temeljitosti naravoslovnega opazovanja in izbranega jezika opisa o opazovanem. In oglasil se je z daljšim zapisom o tem organizmu Bora Zivkovic in dokazal, da je tudi v sodobnem tekstu mogoče na izjemno zanimiv način predstaviti mikroorganizem, ki je res posebnost tudi med glivami. Najprej zaradi niše, ki jo zaseda, najti jo je namreč mogoče na odležanem govejem blatu. In kako tja pride: po precej zanimivi in pustolovski poti. Iz micelija, ki se razvije na govejem iztrebku izrastejo sporangiofore z značilnim mešičkom s sporami. Mešiček se zaradi osmotsko aktivne vsebine napolni s tekočino in ko tlak v vrečki preseže njeno vzdržljivost, mešiček poči in izstreli lepljivo sporo v okolico, kjer se prilepi npr. na travne bilke. Govedo pri paši použije spore in... nadaljevanje si pa le preberite pri Bori, ki je to živahno pojasnil in tudi zgodbo učinkovito slikovno opremil.

Patogeneza gliv

Tokrat nam bloger Elio ponuja v branje članek o nevretenčarjih kot modelnih organizmih za preučevanje patogeneze gliv.

Cirkadialni cikel pri mikrobih

O kronobiologiji v mikrobiologiji sem že pisal. Bloger Coturnix nam znova ponuja obsežnejši tekst o cirkadialnih "urah" (s ponovitvami v 24 urah) pri mikroorganizmih.

Phoenix na poti proti Marsu

Danes (04. 08.) so iz floridskega izstrelišča Cape Canaveral proti Marsu uspešno izstrelili raketo Delta s pristajalnim modulom Phoenix Mars Lander. Modul je opremljen z orodjem za izkop talnih vzorcev vsaj iz globine pol metra, vzorce pa naj bi nato analizirali s vrsto instrumentov s katerimi želijo ugotoviti ali vsebujejo tla organske molekule.

Gorivna celica na celulolozo

Ali je kaj čudnega, če se celo biološke vede zadnje čase v povečanem obsegu ukvarjajo s problematiko energetske oskrbe človeštva. Naj po blogu bio.com povzamem citat prof. M. Regana iz Univerze Penn State: "Imamo mikrobne gorivne celice, ki jih poganjajo vse vrste bioloških razgradljivih materialov, vključno z glukozo, odpadnimi vodami in drugimi organskimi ostanki. S celulozo je malo težje; ne poznamo mikroorganizma, ki bi razgrajeval celulozo in bil istočasno sposoben reducirati anodo. To težavo skušamo zdaj premostiti z združevanjem mikrobov, ki znajo razgraditi/fermentirati celulozo in drugih, ki ob izkoriščanju fermentacijskih produktov prejšnjih, reducirajo anodo." Trenutno se Reganova skupina ukvarja z dvema anaerobnima mikroorganizmoma, celulolitično bakterijo, ki jo poznamo tudi iz vampa goveda in prebavil termitov Clostridium cellulolyticum in elektroaktivno bakterijo Geobacter sulfurreducens.

Scitalks

Marsikaj zanimivega boste našli tudi mikrobiologi, le poglejte sem.

Novost v genskem uravnavanju

Za gensko utišanje je na voljo več načinov, ki pa niso najbolj učinkoviti. Pri t. i. "knockout" metodi (postopek izbijanja genov) je učinek ugašanja nepovraten, ustavljalcev, kot so tetraciklini žal ni mogoče učinkovito nadzorovati in tudi izkoriščanje RNA interference ni povsem uspešno. Zdaj pa The Scientist povzema julijsko objavo v reviji Cell izpod perese J.J. Collinsa in sod., ki obeta novo orodje za uravnavanje izražanja genov in naj bi odpravilo dosedanje omejitve. Prepričan sem, da nam bo dr. Dolinar v svojem berljivem jeziku na svojem blogu predstavil podrobnosti članka, do katerega žal nimam spletnega dostopa.

Virus proti raku

Biomedicinski informacijski portal bio.com nas seznani z zanimivim kliničnim preskusom novega zdravljenja sarkoma. Zdravstvena ustanova in biotehnološha firma sta pri dveh pacientih zastavili klinični preskus z zdravilom Reolysin, ki pa ni, kot bi morda pričakovali kemoterapevtik, ampak živi virus, ki ubija kancerozne a je neškodljiv za normale celice.

iGEM2006 znova na TV Pika

Kot lahko beremo v današnji Delovi prilogi Znanost bo TV Pika 29. julija ob 16.00 ponovila oddajo iz serije Sadovi znanja v kateri se predstavljajo študenti ljubljanske Univerze (med osmimi udeleženci je bilo kar šest mikrobiologov(inj)), pod vodstvom svojega mentorja prof. dr. R. Jerale, ki so lani v ZDA zmagali na prestižnem mednarodnem tekmovanju mladih raziskovalcev iGEM 2006.

Genomika posamezne mikrobne celice

Znana in brez dvoma ena večjih omejitev v preučevanju mikrobnih ekosistemov je nemoč pri gojenju nekaterih mikroorganizmov ko posledično ne uspemo pridobiti potrebnih količin dednega materiala za genomske študije. Nedvomno molekularne metode, s katerimi dokazujemo celoto dednih naborov organizmov v ekosistemu in jih danes učinkovito uveljavlja metagenomika, pomembno premagujejo omenjeno težavo. Niso pa zanemarljivi alternativni pristopi in eden od teh je iniciativa določevanja genomov posameznih mikrobnih celic (angl. "Microbial Single Cell Genomics" - MSCG), s katero obidemo stopnjo gojitve mikrobih celic. V izvedbi izkoriščamo mikroskopske preparativne in nanotehnološke postopke. Upati je mogoče, da bo ta pristop omogočil, da iz podatkov funkcijske celovitosti, ki jo nudijo metagenomski podatki, izdvojimo prispevek, ki ga v ekosistemu imajo posamezne mikrobne vrste.

Nasilno proti evoluciji

V Združenih državah Amerike aktivnosti kreacionistov in protievolucionistov ne presegajo zgolj meje razumnosti, občasno sežejo celo preko meja zakonitega. Zaradi nedavnih resnih groženj posameznim študentom in učiteljem na Univerzi Kolorado v Boulderju išče policija nestrpneža, ki je trenutno sicer na begu.   

Prebavni mikrobiom vse bolj razburja

Mikrobna skupnost prebavil (zanjo se v zadnjem času v navezavi na molekularne metode njenega določanja uveljavlja pojem »mikrobiom«) postaja vse aktualnejši objekt raziskovanja, zahvaljujoč vedno novim vplivom, ki jih raziskovalci povezujejo z njo. Skupina na Univerzi v Readingu pod vodstvom prof. Glenna Gibsona npr. že nekaj let poskuša s spreminjanjem črevesne mikrobne združbe izboljšati zdravje avtistov za katere je znano, da njihovo stanje spremljajo pogoste prebavne motnje. Žal so nedavni klinični preskus morali predčasno prekiniti, vendar ne zaradi neučinkovitosti zdravljenja s probiotskim dodatkom ampak, nasprotno, zaradi tako značilnih pozitivnih učinkov v preskusni skupini, da starši otrok, ki bi naj po testnem protokolu v nadaljevanju raziskave prešli na dodajanje placeba, niso želeli preskusa nadaljevati. Profesor Gibson seveda načrtuje ponovitev preskusa.

Še več pozornosti je zbudilo več nedavnih objav iz skupine prof. J. I. Gordona, ki opozarjajo da določene mikrobne skupine črevesnega mikrobioma lahko pomembno vplivajo na telesno težo gostitelja oz. so udeležen dejavnik pri debelosti; ugotovitev, ki so jo najprej ugotovili pri preskusnih živali (>1; >2), zdaj pa potrdili tudi pri ljudeh ( >1; >2; >3).

Rezultati, ki presegajo doslej pričakovane, omogočajo napovedi, da bi z načrtnim poseganjem v prebavno mikrobno združbo, ko jo bomo bolje poznali, z dodajanjem ustreznih mikroorganizmov (probiotikov) ali z izboljšanjem pogojev za njihovo uveljavitev v prebavnem traktu (s prebiotiki) dosegli morebitne učinke v preventivi različnih presnovnih obolenj, tudi npr. pri sladkorni bolezni oz. v lajšanju težav pri kroničnih sistemskih obolenjih.

Metagenomics 2007

Priporočam vam, da preberete poročilo iz letošnje tretje konference Metagenomics 2007, ki ga je na svojem blogu pripravil J. A. Eisen. Govori o tretji mednarodni konferenci, ki je bila med 11. in 13. julijem na UC San Diego v La Jolli. In naj ponovim za avtorjem zapisa - metagenomika je simultano sekvenciranje genomov mikrobnih združb. Že iz Eisnovega poročila je čutiti močan poudarek metagenomiki humanega mikrobioma, ki je prevladoval na letošnji konferenci. Vsekakor poleg samega zapisa preberite še ponujene povezave k posameznim prispevkom s tega kongresa oz. do strani nastopajočih avtorjev. Zlasti si poglejte ponujeni webcast.

Naj se na tem mestu posujem s pepelom; podobne priložnosti, da bi na tem blogu poročal o mednarodnem simpoziju anaerobne mikrobiologije ISAM 2007, ki sem ga mimogrede sicer omenil, nisem izkoristil. Opravičilo: bil sem žal prisoten samo na manjšem delu nastopov. Upanje pa še vedno ostaja, da bodo organizatorji na sami simpozijski spletni strani objavili povzetek s kongresa, morebiti objavili abstrakte referatov in posterjev, ali pa celo objavili polne tekste referatov, za katere so jim avorji morda dali dovoljenja za objavo. V svetu je danes to vse bolj v rabi, se vam ne zdi?

Mikroblogologija

Dobri Moselio Schaechter nas v svojem včerajšnjem zapisu pod zanimivo skovanko "Microblogology" opozori na zanimiv video klip v avtorstvu Chris Condayan iz hiše ASM - prispevek za podcast v portalu MicrobeWorld. Ta video nas opozori na posebno skupino evkariontskih organizmov, namreč na mikrobiološke blogerje ali blogerske mikrobiologe. V kratkih predstavitvah nam nekateri bolj izpostavljeni mikroblogologi (nekaj za Domna!) pripovedujejo zakaj počno to kar počno in zakaj je to dobro v znanosti. Srečamo se z Johnom Logsdonom na blogu Sex, genes & evolution, z Jonathanom Badgerjem na T. taxus, z Valerijo na Yersinia blogu, z Larryjem Moranom na blogu Sandwalk, s Taro Smith na blogu Aetiology in seveda z M. Schaechterjem na blogu Smal Things Considered.

Live Earth

Prav ta trenutek povezuje svet akcija Live Earth s katero skušajo glasbeniki opozoriti na nasilje, ki ga človek povzroča klimi in preživetju življenja. Zmanjševanje biotske pestrosti je na to tesno vezana tema in čeprav današnje dogajanje ni edinstveno v zgodovini življenja na Zemlji, kar nam predstavlja tudi članek The Sixth Extinction, je za današnjo dramo mogoče v veliki meri kriviti človeka.

O nekoliko drugačnih oblikah življenja...

Ameriška agencija National Research Council podpira s sredstvi poleg raziskav in iskanja življenja zunaj našega planeta tudi razisave o nenavadnih ("weird") oblikah življenja, ki nas morda obdaja pa ga ne zaznavamo. Poročilo o projektu "The Limits of Organic Life in Planetary Systems" obravnava tudi take vidike zaznave življenja. Preberete ga lahko v polnem tekstu v zbirki portala The National Academies Press (NAP). Nekaj tega razmišljanja najdete tudi v članku Carla Zimemrja v reviji Discover.

Mimogrede, na portalu NAP boste v odprtem dostopu našli še marsikatero zanimivo  in koristno knjigo.

Wikipedijin mikrobiološki portal

Mikrobiologom, ki obvladate francoščino in zlasti onim, ki želite preveriti kakšen strokovni pojem v francoskem jeziku priporočam portal Wikipedije Portail Microbiologie. In seveda: geslo Louis Pasteur je gotovo na tem portalu zelo avtentično pričevanje o velikem Francozu.  

MikroRNA

MikroRNA (miRNA) so majhni delci  nekodirajoče RNA (21 do 23 nukleotidov v dolžino), ki jih najdemo pri živalih, rastlinah in virusih in urejajo izražanje genov tako da se "vmešavajo" v delovanje sporočilne RNA. Raziskovalci so odkrili pri sesalcih veliko število miRNA, vendar slabo poznamo in razumemo raven ekspresije in specifičnosti teh molekul (Melissa Lee Phillips). Zdaj so v reviji Cell objavili atlas eksprimirane sesalske miRNA pri čemer ugotavljajo, da je za veliko večino miRNA odgovornih sorazmerno malo miRNA genov in tudi da je le malo miRNA specifične za posamezna tkiva ali celične tipe.

Energetsko varčnejša proizvodnja piva

V reviji Ad Litteram (št. 16, 2007) iz INRA centra v francoskem Nantesu lahko preberemo o projetu MALTECO, ko skušajo zmanjšati porabo energije v proizvodnji slada, pomembne surovine v proizvodnji piva. Po slajenju, torej po kalitvi ječmena potrebujemo veliko energije za njegovo sušenje - do 1000 kWh na tono ječmena. Pri francoski letni proizvodnji slada pomeni to letno energetsko porabo 1,25 milijarde kWh! Projekt cilja na pomembno znižanje vlage v ječmenu, ko kalitev še ne bo prizadeta, kar bi omogočilo do 30% (!) zmanjšano porabo energije pri sušenju.

O biotehnologiji

Ena najvplivnejših revij, za katero z upravičenostjo lahko rečemo, da ustvarja svetovno javno mnenje je The New York Review of Books. V letošnji julijski številki ugledni ameriški fizik in matematik ter znanstveni guru Freeman Dyson objavlja pomemben članek na temo biotehnologije Our Biotech Future. Ker je članek dostopen v odprtem dostopu ga vsekakor preberite. (Hvala tudi Petru Subru za napotilo k članku.)

Mikrobna "transmutacija"

Članek v reviji Scientific American nam razkriva še eno radikalno potezo raziskovalcev Inštituta J. Craiga Venterja (JCVI), namreč "transmutacijo" (navajam pojem, kot ga uporablja članek) bakterije Mycoplasma mycoides. Celoto njenega genoma so očistili ev. pripetih proteinov in dodali gene za rezistenco na antibiotik tetraciklin ter gene zaradi katerih se bo gostiteljska celica obarvala modro za lažjo prepoznavo na gojišču. Temu genetskemu materialu so nato dodali celice sorodne bakterije Mycoplasma capricolum in suspenzijo za minuto premešali. Po triurni inkubaciji so dodali tetraciklin, tako da so preživele zgolj celice, ki so privzele genom M. mycoides in prenesli celice na trdno gojišče. Po treh dneh so zrasle velike modre kolonije, rezistentne na antibiotik. Približno vsaka 150.000-ča celica M. capricolum je privzela novo DNA in jo prenesla na hčerinske celice, ki niso več izražale DNA izvornega organizma gostiteljske M. capricolum, temveč so kazale celoto fenotipa bakterije M. mycoides. Vsekakor poskus cilja v pridobitev modela za oblikovanje funkcionalne celice s sintetičnim genomom, kar je eden bistvenih ciljev Venterjevega projekta, o čemer govori tudi dr. Dolinar v svojem blogu.

Mikrobi in fosilna goriva

Ena od iniciativ J. Craiga Venterja je tudi v Marylandu (ZDA) stacionirano podjetje Synthetic Genomics. Njegov direktor Ari Patrinos v intervjuju razkriva načrte za učinkovitejše zajemanje fosilnih goriv s pomočjo mikroorganizmov. Vsekakor je zanimiv podatek, ki ga navaja, da iz naftne vrtine z danes uporabljanimi postopki črpanja pridobimo le 50% nafte. Ta namreč v nahajališču zaostaja v obsežnih območjih zemeljskega matriksa. Ljudje zadnjih 30 do 40 let zaman iščejo rešitve kako povečati izplen s pomočjo mikroorganizmov. Prepričan je, da bodo z novimi metodami mikrobne genomike, ki jih uporabljajo pri Synthehtic Genomics, uspeli ta cilj doseči.

Slovenci in gobe

Današnja kolumna v Dnevnikovem Objektivu (30. 6. 2007) me je vzpodbudila, da sem malo pobrskal po slovenskem spletu za koristnimi povezavami za gobarske zanesenjake, za kakršne veljamo Slovenci. Nekaj prvih (čeprav skromnih...) informacij h geslu Gobe najdemo že na slovenski Wikipediji ( in potem še podrobneje >tukaj). Z iskalcem Najdi.si sem zelo hitro prišel do strani Gobarskega društva (GD) "Lisička" iz Maribora. Od tod je bila pot enostavna do spletov nekaterih drugih GD, hitro pa sem našel tudi povezavo do Uredbe o varstvu samoniklih gliv, ki je seveda za vsakega gobarja prvo in nujno napotilo za ukvarjanje s to ljubiteljsko dejavnostjo. Hitro je mogoče najti tudi zvezo z Mikološko zvezo Slovenije, ki je krovna organizacija gobarskega društvenega življenja in tudi od tod so utrte številne virtualne poti do lokalnih GD v Sloveniji in drugih tematskih povezav. Dobrodošli bodo komentarji z nasveti o drugih koristnih povezavah.  

Tudi letos na iGEM

Udeleženka lanskega, za slovensko ekipo zmagoslavnega iGEM 2006  (in tudi >tukaj), mikrobiologinja Alja Oblak mi je poslala pismo, ki ga objavljam v poglavitnem delu zaradi več zanimivih informacij v njem.

"...Rada bi vas namreč obvestila, da je bila izbrana nova ekipa, ki bo Slovenijo in s tem Univerzo v Ljubljani zastopala na tekmovanju iGEM 2007! Med člani ekipe sta tudi mikrobiolog četrtega letnika (Rok Gaber) in biotehnolog tretjega letnika (Marko Bitenc).

Na blogu prof. Dolinarja ( http://novebiologije.blogspot.com/, 4. maj 06) so navedeni tudi ostali člani ekipe, vsi pa so že pridno začeli z delom v laboratoriju za biotehnologijo (KI) in laboratorijih FKKT. 

"Štafetno palico" smo torej uspešno predali novi generaciji, a tudi našo lansko ekipo še čaka naloga. Med 24. in 26. junijem bo v Švici v Zurichu potekal tretji svetovni kongres iz sintezne biologije ( http://www.syntheticbiology3.ethz.ch/ ). Nas in ekipo London Imperial (prvo in drugo mesto na iGEM06) so namreč povabili, da še na kongresu predstavimo naše projekte.

V Sloveniji sintezna biologija kot kaže ne bo zamrla..."

Kaj naj dodam: da lanski ekipi iskreno čestitam za ponovno priznanje, ko so jih povabili na Kongres sintezne biologije v Švici in da bomo letošnji ekipi trdno držali pesti za čim boljšo uvrstitev na iGEM 2007!

WorldWideScience.org

Tudi bralcem tega bloga toplo priporočam spremljanje razvoja in uporabo pomembnega novega globalnega znanstvenega portala  WorldWideScience.org.

Mikrobiološki laboratorij

Zdaj so sicer počitnice in učni laboratoriji mirujejo, vendar na tem videu je mogoče videti, kako je, ko so študenti pri delu. Če bo kakšen radoveden kandidat študija mikrobiologije brskal po tem blogu, naj ve, da ga takšno praktično soočenje z laboratorijem zdaj čaka že v prvem letniku (prenovljenega bolonjskega) študija. Le zvočno ozadje ni tako intenzivno :-)  .

Bioplin na blogih

Kogar zanimajo aktualna vprašanja o energetski oskrbi človeštva s pomočjo bioenergije bo slej ko prej naletel tudi na teme o bioplinu. In tega se lotevajo tudi v številnih blogih; primer izpisa blogov na to temo najdete >tukaj, kogar pa zanimajo novice s tega področja pa jih bo našel >tukaj.

...pričenja ISAM 2007

Smo tik pred zdajci: jutri odpira vrata 5. mednarodni simpozij anaerobne mikrobiologije ISAM 2007 v organizaciji Oddelka za zootehniko Biotehniške fakultete UL na matični lokaciji oddelka v Grobljah (Rodica) pri Domžalah.  Po uvodnem predavanju dr. H. J. Flinta iz RRI (Rowett Research Institute) v Vel. Britaniji v četrtek, 21. 06.  2007 ob 8.00 zvečer bo preko 60 prijavljenih udeležencev prisluhnilo 32 referentom iz 12 držav in si ogledalo 22 predstavitev na posterjih od petka do nedelje opoldan.

Scintilla

Skupina revij Nature skrbno spremlja tudi razvoj novih medijev: korak v to smer je tudi nova zbirka  spletnih naslovov Scintilla. V zbirki bomo našli obsežen izbor vsebin iz znanstvenih blogov, revij in podatkovnih baz, ki jih lahko izbirate po svojem posebnem interesu. Za uporabo potrebujete registracijo, ki pa je brezplačna.

Mrzlica Q

Časniki nas v zadnjem času ponovljeno seznanjajo z okužbami z mrzlico Q pri ljudeh, ko so bili npr. z njo soočeni dijaki Srednje veterinarske šole in študenti Veterinarske fakultete UL, ki so se okužili pri praktičnem pouku na fakultetnem poskusnem posestvu na Vremščici (>1 in >2). O tem bodo govorili tudi na posvetu v torek,  19. 6. 2007 na Veterinarski fakulteti, kamor vabijo študente pa tudi druge, ki jih tematika zanima.

In kaj je mrzlica Q?  Je kužno obolenje živali, ki pa se prenaša tudi na človeka in velja torej za zoonozo. Povzroča jo bakterija Coxiella burnetii, občutljivi organizmi pa se z njo okužijo v stiku z okuženimi živalmi, kužnina pa se prenaša po zraku in s telesnimi izločki obolelih, prenašajo jo tudi klopi. Inkubacijska doba je od 9 do 40 dni; bakterija pa je zelo kužna, saj zadostuje za okužbo vsega nekaj celic (ali celo ena sama). Obolenje poteka pogosteje z gripoznimi simptomi, lahko pa preide tudi v resnejše zdravstveno stanje z jetrnimi, pljučnimi idr. komplikacijami.

Bratomorne bakterije

Na zanimiv način nam predstavi Schaechter pnevmokoke, namreč kot bratomorne bakterije. Bakterije Streptococcus pneumoniae proizvajajo bakteriocine in bakteriolizine s protimikrobnim učinkom ne zgolj proti tujim, ampak tudi proti lastni vrsti. Ta fenomen je vezan tudi s celično kompetenco; ubijalske celice so kompetentne torej lahko privzemajo ekstracelularno DNK medtem, ko so celice, ki podležejo, to  lastnost izgubile.

Razloge za ta fenomen odkrivajo nekatere nove raziskave npr., da pojav ni zgolj povezan s povečano možnostjo genske izmenjave, ampak zagotavlja tudi sproščanje virulenčnih dejavnikov in njihovo izmenjavo med virulentnimi sevi.

Patent za sintetično življenje

Revija Wired sporoča, da so raziskovalci Inštituta J. Craig Venter vložili patentno zahtevo za minimalni bakterijski genom, ki so ga v celoti sintetizirali v laboratoriju. Organizem naj bi pogojno dobil ime Mycoplasma laboratorium, zanj pa se je uveljavil tudi že vzdevek "Synthia". V patentni zahtevi naj bi zapisali da gre za:  "...minimalni nabor proteine kodirajočih genov, ki zagotavlja informacijo potrebno za podvajanje prosto živečega organizma v bogatem bakterijskem gojišču...".

Strokovni blogi

Ta spisek strokovnih (znanstvenih) blogov pa le preglejte, skoraj gotovo boste našli  kaj zanimivega zase!

O planktomicetah

Mikroorganizmi v deblu Planctomycetes so najbrž med večjimi posebneži v domeni Bacteria. Ne vsebujejo npr. peptidoglikana, ki je sicer univerzalno prisoten v bakterijski celični steni. Ob tem jim jedrni material ovija dvoslojna membrana, kar pa seveda ne pomeni, da gre za gradnjo jedra kot jo poznamo pri evkariontih. Zanimiv zapis o skupini nam je namenil Moselio Schaechter na svojem blogu.

O kužninah...

Različnim vidikom kužnine se posveča blog Epidemix.

Bakterije proti insektom

Agromikrobiologi iz ARS v Beltsvillu (ZDA) poročajo o odkritju nove vrste bakterije Chromobacterium subtsugae, katere toksini ubijajo koloradskega hrošča in tudi pomembno omejujejo rast še nekaterih drugih rastlinskih škodljivcev.

Genom C. botulinum

Raziskovalci na britanskem Wellcome Trust Sanger Institute v Cambridge-u so določili zaporedje genoma bakterije Clostridium botulinum, proizvajalke najmočnejšega znanega strupa, botulinus toksina ali botoksa in povzročiteljice botulizma. Bakterijo oz. njen toksin pogosto omenjajo tudi v scenarijih bioterorističnih napadov.

Ciljano proti ptičji gripi

Raziskovalci mednarodne skupine so pri ljudeh prebolevnikih izolirali protitelesa proti ptičji gripi. Omenjajo, da lahko tudi in vitro gojijo celice, ki proizvajajo ta protitelesa, tako da bi bila izvedljiva tudi njihova proizvodnja v večjih količinah, kar bi omogočila tudi pasivno zaščito ogroženih ali obolelih.  

Genom J. D. Watsona

Prečitan je genski zapis dednine dr. Jamesa D. Watsona, edinega še živega odkritelja strukture DNA. Po mnenju nekaterih odpira ta dogodek obdobje izdelave osebnih genomskih kart, ki naj bi predvsem podprle učinkovitost osebne medicinske obravnave. Firma 454 Life Sciences, ki izdeluje zmogljive naprave za določanje genskega zaporedja, na kakršni je bil "prečitan" tudi omenjeni genom, je potrebovala za njegovo pripravo dve meseca ob strošku manjšem kot 1 milijon dolarjev. Podatek nam predstavlja tudi presenetljiv napredek, ki ga je tehnologija določanja zaporedja (sekven(c)iranja) doživela v zadnjih letih. Spomnili se bomo, da je prvi človekov genom bil pripravljen leta 2003 po 13 letih dela in ob nepredstavljivem strošku ca. 3 milijarde dolarjev. Kot navajajo razvijalci nove opreme bo že v kratkem času na opremi, ki je na voljo, mogoče strošek znižati na vsega 100.000 US$ za posamezen genom človeka. V nekaj prihodnjih letih bi lahko dosegli stroškovni prag 10.000 US$, kar bi že bilo sprejemljivo za redno vključevanje genetskega zaporedja v presoje zdravstvenega stanja pacientov.

Kot zanimivost velja povedati, da je skoraj istočasno kot Watsonov genom v bazo GenBank (ki deluje v odprtem dostopu) bil odložen tudi genom dr. J. Craiga Venterja, enega od raziskovalcev, ki je bistveno prispeval pri pripravi prve humane genske karte. In v prihodnje načrtujejo pripravo genskih kart še nekaterih uglednih raziskovalcev in tudi ljudi, katerih genski zapisi bi bili zanimivi za medicinska raziskovanja.

miRNA v algah

Doselj je veljalo, da najdemo microRNA zgolj pri večceličnih organizmih. Najnovejše ugotovitve spreminjajo to predpostavko.

Izpit je lahko tudi tak

Tole bo najbrž zanimalo tudi mikrobiologe & biotehnologe.

Laboratorijski dnevnik

Uvodničar revije Nature utemeljeno zagovarja prakso laboratorijskega dnevnika. Razumljiva je obveza dnevnika v koncesioniranih in akreditiranih laboratorijih. Vendar je dnevnik nuja v vsakem raziskovalnem laboratoriju, saj je to najboljša zaščita pred ugovori o nekorektnosti raziskovalnih postopkov. Zagotavljajo možnost uveljavljanja prednostnih sklicev v patentih pravdah. In so najučinkovitejša in najmanj vpadljiva uveljavitev pravic iz soavtorstva raziskovalnih objav. Sodobna digitalna tehnike je uveljavila laboratorijske e-dnevnike, ki prinašajo številne prednosti v primerjavi s klasičnim papirnim dokumentom.

Globalno segrevanje

Bela hiša bo na junijskem zasedanju najrazvitejših svetovnih gospodarstev G8 v točki reševanja globalne klime najverjetneje zavrnila predlog, v katerem A. Merkel v imenu EU ter ob soglasju Japonske predlaga 50% zmanjšanje toplogrednih plinov do leta 2050.

In kot beremo v USA Today so mikrobiologi na pravkar končanem kongresu ASM v Torontu opozorili, da klimatske spremembe zaradi vplivov na prihodnje razširjanje infektivnih bolezni sprožajo resno zaskrbljenost med strokovnjaki.

Jezikoslovci, na pomoč

Bralce prosim za nasvet oz. pomoč. Po spletu sem iskal slovensko rabo za angl. pojem "biodiversity".

Za angleške pojme mi je iskanje z Googlom ponudilo:

"biodiversity": 29.300.000 zadetkov
"biological diversity": 1.280.000 zadetkov
"biotic diversity": 106.000 zadetkov

Iskanje z Najdi si. mi je dalo rezultat:

"biodiverziteta": 553 zadetkov
"bioraznolikost": 12 zadetkov
"bioraznovrstnost" in "biorazličnost": vsaka po 7 zadetkov
"biotska raznovrstnost": 12.828 zadetkov
"biotska raznolikost": 280 zadetkov
"biotska različnost": 37 zadetkov
"biotična raznovrstnost": 15 zadetkov
"biotična raznolikost": 5 zadetkov
"biotična različnost": brez zadetkov
"biološka raznovrstnost": 1.099 zadetkov
"biološka raznolikost": 356 zadetkov
"biološka različnost": 61 zadetkov

SSKJ (slovar slovenskega knjižnega jezika) ima pojem "biotičen", nima pa pojma "biotski".
SP (slovenski pravopis) 2001 ima oba pojma, daje pa prednost pojmu "biotičen".
Še morda koristen podatek: slovenska Wikipedija obdeluje pojem pod "biodiverziteta", kamor preusmerja tudi pojem "biotska raznolikost".

In zdaj sem v zadregi: ob prevladujoči rabi "biotska raznovrstnost", kot jo izdaja splet, ta ni povsem v skladu s priporočilom SP 2001 pa tudi sicer je družina pojmov zares pestra in uporabnika bega. Na pomoč!

P.S.: (Če bralci lahko svetujete jezikoslovca, ki bi se bil pripravljen vključiti v razpravo, vas prosim, da mu posredujete tole vprašanje.)

Granatno jabolko

Granatno jabolko (Punica granatum) je sicer znano med gurmani, zdaj pa so ugotovili, da imata sok granatnega jabolka in njegov polifenolni ekstrakt protivirusni in protibakterijski učinek. Na zdravje torej!

Bojmo se soli

Prebitek soli v prehrani poslej ne bo zgolj dejavnik rizika pri krvožilnih obolenjih ampak tudi pri želodčnih težavah. Raziskovalci so namreč ugotovili, da povečana koncentracija soli v želodcu kot kaže inducira delovanje genov pri bakteriji Helicobacter pylori, povzročiteljici želodčnega ulkusa.

Iščemo zastonjski članek

Tole simpatično zgodbo blogerske kolegice-mikrobiologinje, kako jo je izkušnja mladega zdravnika splošne prakse, ki je iskal zastonjski strokovni članek, izzvala da se je nato naloge lotila še sama, vam pa moram posredovati. Začenja zelo splošno(1): s PubMed in z Googlom, nadaljuje sicer tudi s PubMed nekoliko bolj poglobljeno(2) in končuje z rafiniranim(3) iskanjem v PubMedu. In velja prebrati tudi vse komentarje!     

Scientoskop

Dva mlada študenta naravoslovja sta se pod geslom "Velika odkritja in male bizarnosti iz sveta znanosti (ter drugi pojavi na planetu Zemlja)" odločila za pripravljanje bloga z imenom Scientoskop. Prvi zapisi so zelo zanimivi in obetavni. Naj jima zavzetost ne pojenja prehitro! Skupnost slovenskih "strokovnih blogerjev" se torej krepi.

Nov blog v Exploratorium

Mary K. Miller je publicistka in ponudnica Webcast gostiteljske platforme Exploratorium. Pričela je pisati nov blog The Accidental Scientist, ki bo posvečen predstavljanju pristopov in metod s katerimi znanstveniki raziskujejo svet.

Mycologia o filogeniji gliv

Res škoda, da revija Mycologia ni v odprtem dostopu, saj bo številka November/December 2006, vol. 98  zlasti za vse preučevalce gliv postala ključni priročnik. Predstavlja petletni raziskovalni projekt "Deep Hypha" v katerem je sodelovalo več kot 100 sistematikov gliv in oblikovalo filogenijo kraljestva gliv, ki smo jo v takšni poglobljeni in sodobni obdelavi dolgo pogrešali. 

Antibiotiki od zdavnaj

Moselio Schaechter nas v svojem blogu Small Things Considered želi obzirno opozoriti, da insekti uporabljajo antibiotike v kontroli mikroorganizmov že 50 milijonov let, torej precej dlje kot to uspeva najrazvitejši skupini med sesalci.

Razširjanje virusov v telesu

Kot kaže, bo treba ponovno preučiti načine razširjanja virusov v telesu in povezanost transporta ter patogeneze zlasti pri virusih z afiniteto za celice centralnega živčnega sistema (CŽS), ko je to primer z virusom stekline ali virusi herpesa. Veljalo je, da je potreben poseben protein, s katerim se virus pritrdi na celično transportno sprego, ki ga prenese v CŽS in doslej so verjeli, da ima to vlogo protein LC8. Raziskave prof. Matthiasa Schnella in sodelavcev iz Jefferson Medical College-a Univerze Thomas Jefferson iz Philadelphije (ZDA) pa kažejo drugače. Zlovešči protein naj bi ne imel vloge v transportu virusa, ampak je povezan kot transkripcijski faktor v njegovi reprodukciji. Primerjali so obnašanje virusa v povezavi z LC8 proteinom in brez te povezave; v obeh primerih je sicer virus inficiral možgane, vendar nepovezani virus ni povzročil obolenja. Torej bo zdaj treba najti novo razlago za transport virusa v telesu.

EOL - The Encyclopedia of Life

Obeta se nam nov kapitalni spletni enciklopedijski projekt, v katerem naj bi katalogizirali vse znane oz. poimenovane biološke vrste, po današnjih podatkih 1,8 milijona. Projekt z imenoma The Encyclopedia of Life - EOL naj bi deloval po principih odprtega dostopa, kot Wikipedia, idejni oče je znani ekolog iz Harvarda E.O. Wilson, organizatorji pa so številne ugledne ustanove znanja. Nekaj koristnih info in napotkov za uporabo najdete tudi >tukaj.

Nenavaden bakterijski genom

Korejski in švedski raziskovalci so v nedavno mapiranem genu rikecije Orientia tsutsugamushi (prej imenovana  Rickettsia tsutsugamushi), povzročiteljice ene od oblik tifusnega obolenja, ki ga prenašajo insekti, odkrili močno povečano število podvojenih genskih sekvenc, kar je za prokariontske genome zelo nenavadno. V članku v reviji PNAS poročajo, da ima preučevana bakterija tudi dvestokrat večjo podvojenost genetskih zaporedij kot bližnja sorodnica Rickettsia prowazekii, tudi povzročiteljica tifusa.  

Bakterije iz asfalta

Raziskovalci kalifornijske univerze UC Riverside so v naravnih nahajališčih asfalta Rancho La Brea našli več kot 200 novih bakterijskih vrst. Najdba jih je po svoje presenetila, saj velja asfalt kot izrazito življenju neprijazno okolje (več o asfaltu >tukaj). Ob tem te bakterije lahko preživijo v mešanici težkih olj katranskega tipa brez vode in z malo ali brez kisika. Seveda predstavljajo ti mikroorganizmi in njihovi encimi izziv za iskanje številnih biotehnoloških rešitev: za uporabo v bioremediacijskih postopkih pri odstranjevanju naftnih razlitij, v razvoju biogoriv kot alternativne energetske opcije, v podpori izkoriščanja naftnih virov iz težko dostopnih fosilnih zalog in tudi v biomedicinskih raziskavah pri iskanju novih zdravil.

Metagenomika telesne poseljenosti z mikroorganizmi

Kožo in sluznice človeka naseljuje desetkrat več mikrobnih celic, kot je lastnih telesnih celic. Pri tem je mikrobna prisotnost povezana s pomembnimi funkcijami gostiteljevega organizma, ne nazadnje mikrobi pomembno sodelujejo pri prebavi hrane in v zaščiti telesa pred patogenimi mikroorganizmi, povezujejo pa jih tudi z nekaterimi neinfektivnimi obolenji. Le kakšen procent teh naseljencev na in v telesu nam je doslej uspelo tudi gojiti in ustrezno preučiti. Sedaj pa nam v pomoč prihaja metagenomika, postopek, ki med drugim omogoča analizo mikrobnega genoma brez predhodnega namnoževanja mikroorganizma. Ameriški nacionalni zdravstveni inštituti (NIH) zdaj načrtujejo t. i. projekt humanega mikrobioma, ki ga nekateri v obsežnosti, predvsem pa v pomenu primerjajo kar s humanim genomskim projektom.

Alergija na kovine

Mehanizmi, ki so v ozadju vse pogostejših alergij na kovine, niso pojasnjeni. Največkrat poročajo o alergijah na nikelj, znane pa so tudi preobčutljivosti na krom, srebro in celo zlato. Raziskovalci, ki želijo ta fenomen pojasniti, iščejo razlago predvsem v vpletenosti bakterijskih infekcij, kot objavlja revija Nature. Pri tem naj bi bakterijski lipopolisaharidi podobno kot adjuvansi vzpodbudili preobčutljivostno reakcijo na kovine.  

Ptičja gripa na Google Earth

Raziskovalci iz Univerze Colorado-Boulder so na osnovi Googlove aplikacije Earth pripravili interaktivni zemljevid na katerem je mogoče spremljati razširjanje virusa H5N1, predvsem iz primarnih žarišč v Aziji. Spremljanje spreminjanja tega virusa in razširjanje različnih genotipov vse od prvega pojavljanja v letu 1996 do danes naj bi v prihodnje omogočalo tudi natančnejše napovedi globalne ogroženosti s ptičjo gripo. Na tej povezavi pa si lahko ogledate tudi informativni video o novi Googlovi aplikaciji.

Blogi Unilever Centra

Na spletu Unilever Cambridge Centre for Molecular Informatics (University of Cambridge) sem našel nekaj uporabnih blogov, ki bodo zlasti koristni bioinformatikom:
petermr’s blog - A Scientist and the Web
Brighten the Corners - Andrew Walkingshaw’s weblog
Jim Downing - Coding trombonist
Peter Corbett - Teaching computers to read chemistry papers
The CML Blog - Blogging Chemical Markup Language

Gigantska gliva

Za predzgodovinski fosil Prototaxites, za katerega so dolgo verjel, da je bil iglavec, so zdaj ugotovili, da je bil ogromna gliva, ki je dosegala v višino tudi 6 metrov. Fosil, ki so ga odkrili že pred stoletjem in so ga našli na številnih zemeljskih lokacijah naj bi živel pred 420 in 350 milijoni let.

Nastopanje v akademski javnosti

Vse, ki ne spremljate romunov's bloga, naj opozorim na >tale zapis.  

Zlobne bakterije prevladajo

Geni, ki povečujejo virulenco bakterij bistveno pripomorejo k njihovemu evolucijskemu preživetju pravi Brett Finlay iz Howard Hughes Medical Institute (HHMI) v nedavni raziskavi, objavljeni v reviji Current Biology. Številne bakterijske vrste si med seboj izposojajo bistvene virulenčne dejavnike, prepoznava tega mehanizma pa bi pomembno pripomogla k preprečevanju razširjanje patogenov. V prispevku v HHMI News Finlay uporabi posrečeno metaforo, ko primerja ta fenomen z izmenjavo dokumentov v računalniškem  programu.  Pravi: “Bakterije kot da imajo svoj internet, s katerega si druga od druge presnamejo genetske sekvence”.

Novi sevi ptičje gripe

Nedavna obsežnejša raziskava genomov virusa ptičje gripe H5N1 iz zapadnih izvorov (Evrope, Bližnjega Vzhoda in Afrike) je odkrila nekatera zaskrbljujoča dejstva.  Med drugim so lahko dokazali prerazporejanje genetskega materiala z nastankom novih sevov tudi že pri zapadnih sevih, pri več sevih so našli tudi mutacije, značilne za seve, ki so povzročili smrtne primere pri človeku v letu 2006 in da je razširjanje sevov iz Azije v delu tudi posledica človeškega vpliva.

Wiki je car!

Letos smo s študenti vsakoletno seminarsko obvezo pri enem od predmetov izvedli nekoliko drugače. Za sodelovalno pripravo seminarjev smo uporabili wiki platformo. Hvaležno naj povem, da nam je prof. Dolinar omogočil gostovanje na njegovem wikiju Nove biologije. Letošnje prispevke pri predmetu Okoljevarstvena biotehnologija (4. letnik študija mikrobiologije) najdete >tukaj. V petih srečanjih izvedenih v načinu problemsko temeljenega pouka (PBL), smo letos obdelali šest tem. Tokrat je za razliko od prejšnjih let, ko smo pripravljali esejski tekst, opravljeno temo pomenila seminarska vsebina, ki jo je skupina pripravila kot wiki vsebino in kot nastop podprt s .ppt aplikacijo. Izkušnja je izjemna, predvsem zaradi zares prizadevnega dela obeh PBL skupin. Res pa je, da smo lahko pri delu koristno uporabili izkušnjo z wiki platformo, ki so jo nekateri med študenti poznali iz svojega sodelovanja v zmagovalni skupini skupini iGEM 2006.

Vatikan o Darwinu II

Lani oktobra sem omenil sestanek o Darwinovem nauku, ki ga je organizirala katoliška cerkev. Kot lahko preberemo novico v Razgledih je papež Benedikt XVI. zdaj izdal knjigo „Stvarjenje in evolucija“, kjer naj bi bile objavljene tudi misli takratnega njegovega predavanja. Nisem si mogel kaj, da se ne bi na novičko v Razgledih v komentarju oglasil z nasvetom, kako lahko bralci tudi najdejo referenčno mesto, kjer znajo pojasniti Darwinove "zmote".

Kje so časi (1986), ko je znal papež Janez Pavel II. povsem drugače priznati veličino Darwinove misli. Sicer si bodo pa bralci, medtem ko bodo čakali, da bodo v slovenščino prevedli novo Ratzingerjevo knjigo, lahko čas krajšali z branjem trenutne svetovne uspešnice evolucionista Richarda Dawkinsa "Bog kot zabloda" (The God Delusion), ki smo jo pravkar dobili pri založbi Modrijan v slovenskem prevodu. Ja, to je tisti R. Dawkins, ki ga je lani revija Prospect uvrstila med tri najvplivnejše živeče intelektualce izza N. Chomsk(y)ega in U. Eca.

Kvantne osnove fotosinteze

Kot kaže je raziskovalcem ameriških laboratorijev iz sklopa ministrstva za energijo (DOE) - Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL) in iz kalifornijske Univerze Berkeley uspelo razložiti temeljne zakonitosti kako uspeva narava v fotosintezI s skoraj 100% učinkovitostjo prenesti sončno energijo po poti celičnih molekularnih sistemov do pretvorbe v kemijsko energijo.

Mikrobni genomi in DOE

Ameriški Department of Energy (DOE) zdaj že deseto leto podpira enega najambicioznejših projektov odkrivanja mikrobnih genomov v svetu. V svojem Joint Genome Institute (JGI), na ključni lokaciji v kalifonijskem Walnut Creeku, je na voljo 25% vseh svetovnih laboratorijskih kapacitet za sekvenciranje mikrobnih genomov. Samo v lanskem letu so z ekipo 270 zaposlenih določili zaporedje 80 mikrobnih genomov, kar je navrglo okoli 316 megabaznih parov prepoznane mikrobne DNK. Ta trenutek je znanih 414 popolnih bakterijskih sekvenc (110 iz JGI) in 31 arhejskih sekvenc (31 iz JGI). Samo na JGI imajo za naslednje petletno obdobje v načrtu sekvenciranje 2.000 mikrobnih genomov, ker pa se istočasno strmo vzpenja učinkovitost analiznih metod bo to število nedvomno preseženo. Seveda vodilo inštitucije ni zgolj akademska radovednost; značilen primer je nedavno sekvenciranje kvasovke Pichia stipitis, ki je znana po doslej največji učinkovitost mikrobne razgradnje ksiloze (sestavina lignoceluloze), kar ima seveda izrazit pomen pri iskanju učinkovitejše proizvodnje etanola iz biomase (povzeto po reviji Microbe).

Mycobacterium bovis pri ljudeh

Med  mikobakterijami je Mycobacterium tuberculosis (M. tb.) najpogostejši povzročitelj tuberkuloze pri ljudeh. Precej redkeje jo povzroča M. bovis (M.b.), čeprav vedno ni bilo tako. V splošnem velja, da se okužba z M. tb. prenaša  od človeka na človeka, medtem ko se z M. b., za katero že ime izdaja, da je njen poglavitni gostitelj govedo, okužimo s prenosom od živali, največkrat z neustrezno higiensko obdelanim mlekom. Včasih, ko še ni bila uveljavljena obvezna pasterizacije tržnega mleka je bilo takih prenosov več kot danes, kasneje pa so bili bolj izpostavljeni takemu prenosu kvečjemu ljudje, ki so profesionalno pogoste bili v stiku z bolnim govedom: živinorejci, veterinarji in delavci v klavnicah, vendar je tega le 1% vseh primerov tuberkuloze. Prenos M. b. iz človeka na človeka je izjemno redka in pravzaprav nenavadna možnost. In vendar so nedavno zaznali prav tak primer v Birminghamu v Veliki Britaniji, kjer so v obdobju treh let obravnavali šest primerov obolenja, ko se je prenos zgodil med ljudmi, ki so sicer bili v pogostejšem kontaktu. Štirje pacienti so pri tem imeli oslabljen imunski sistem bodisi zaradi infekcije s HIV virusom, zaradi diabetesa ali zaradi zlorabe alkohola in steroidov, kar so bili razlogi posebne občutljivosti za okužbo. Ta primer seveda opozarja, da pa je okužba z M. b. lahko večji problem v področjih z večjo pogostostjo HIV okužb in kjer tudi okužbe živali z M. b. niso ustrezno obvladane, kot je to primer npr. s subsaharsko Afriko.

Kateri virus?

Če vas mika, da bi malo preskusili svoje znanje o pomembnejših virusnih skupinah vam pri BioReliance ponujajo >tole igro.  

O patogenih mikroorganizmih prebavil

Učni in informacijski splet Open Learning on Enteric Pathogens ima že daljšo tradicijo, z novo grafično podobo pa je še prijaznejši in uporabnejši.  

Sporulacija bloga

Simpatičen izgovor si je za nekoliko daljši premor v pisanju bloga omislil naš francoski blogerski kolega na bacterioblogu: "bacterioblog ni mrtev, je sporuliral...". LOL.

Aha, kaj je že sporulacija ( >1, >2 ) ?

Parazitova zvitost

Glodavci zbežijo če zavohajo mačji urin. Izgubijo pa ta strah, če so okuženi s protozojskim parazitom Toxoplasma gondii. Ta parazit lahko svoj življenjski krog zaključi le, če glodavca požre mačka. Raziskovalci na Univerzi Stanford so ugotovili, da je pri okuženih živalih parazit v glavnem lociran v delu možgan z imenom amigdala, v področju, pravijo mu tudi center za strah, ki sodeluje v obdelavi pomembnih emocionalnih reakcij živali.

Znova o zgodnjem nastanku življenja

Vsi poznamo eksperiment s katerim sta Stanley Miller in Harold Urey iz Univerze v Chicagu leta 1953 želela ponoviti dogodke na zgodnji Zemlji, ki naj bi vodili v nastanek življenja. V stekleni bučki z izbrano plinsko mešanico nad tekočino sta s sprožanjem električnega iskrenja skušala pričarati pogoje podobne ozračju v katerem  naj bi nevihtne strele omogočile sintezo kompleksnih kemijskih spojin. Manj pa vemo, da je sicer v eksperimentu v katerem sta uporabila metansko amonijsko mešanico res v pridobljeni prajuhi bilo mogoče dokazati obilo aminokislin, ki so potrebne za gradnjo beljakovin, da pa so jima poskus oporekali, ker naj bi izbrana plinska mešanica ne ustrezala dejanski sestavi plinov v zgodnji zemeljski atmosfere. Miller je nato poskus ponovil leta 1983 z mešanico ogljikovega dioksida in dušika, kar naj bi bil pravi posnetek takratne atmosfere in v poskusu je res nastala komaj kakšna aminokislina, kar je seveda ovrglo prvotno tezo. Zdaj Millerjev učenec  Jeffrey Bada iz Inštituta Scripps v kalifornijskem mestu La Jolla skuša z novimi podatki potrditi pravilnost razmišljanja svojih predhodnikov. Bada je predpostavil, da so v spodletelem eksperimentu nastajali  nitriti, ki razgradijo aminokisline takoj po nastanku. Ker pa naj bi na prvotni Zemlji bili prisotni tudi železo in karbonatni minerali, ti lahko nevtralizirajo nitrite in kisline. V izhodiščni juhi je Bada ustrezno razširil nabor komponent, ponovil Miller-Ureyjevo razelektritev in dobil juho bogato z aminokislinami. Novi podatki seveda odpirajo nova ugibanja in tudi nove pomisleke, kljub temu pa je predstavitev Badovih rezultatov na nedavni letni konferenci Ameriškega kemijskega društva zbudila veliko pozornosti in odobravanja.  

Mammalian Genome

Iz založbe Springer sporočajo:
In April you will have the chance to read and download all articles from Mammalian Genome for FREE.

Kakšni že dvojčki

Kot kaže bomo zdaj morali pojmu enojajčnih (ali identičnih) dvojčkov in dvojajčnih dvojčkov dodati nov pojem, namreč možnost polidentičnih dvojčkov. Novica v reviji Nature namreč poroča o primeru dvojčkov, ki sta identična po materini strani, vsebujeta pa le mešanico genov očetovih spermijev.   

Jajčna celica se je namreč istočasno združila z dvema celicama spermijev, dvojčka sta torej himerna organizma, kjer ima vsak od dvojčkov del očetovih genov iz dveh različnih spermijev.

Tak dogodek je izjemno redek, najprej zaradi nenavadne oplodnje jajčne celice, nato da se je jajčna celica razdelila in končno, ker je pojav stroka sploh zaznala. Zanimivo bo slišati, kakšno naj bi bilo slovensko poimenovanje takega pojava.

Energija iz koruze...ne!

Ta novica vsekakor osvetljuje prihodnost bioenergije v nekoliko spremenjeni luči. Seveda je ne izloča iz nabora možnosti prihodnje energetske oskrbe sveta, zaostruje pa izbor surovin v postopkih biološkega pridobivanja energentov. Besede namestnika ameriškega energetskega ministra Claya Sella, da, cit: "...prihodnost bioenergentov ni temeljena na koruzi" so v delu brez dvoma sprožili premiki na trgu koruze, ko se je njena cena v zadnjem letu podvojila in dosegla najvišjo vrednost v zadnjih desetih letih. Ameriška proizvodnja etanola, naj bi iz količine 21 milijard litrov v letu 2007 skočila na 30 milijard litrov letno, kar napoveduje skoraj 80 biorafinerij, ki so letos pričele z delom.  

Proti-znanost

V zadnji številki Nature (7134) so se lotili obravnave problema, ki ga ni mogoče podcenjevati, ne glede na to, da se razumnik z občutkom za empirično utemeljeno znanost zlahka ogradi od njega. Na univerzah v Veliki Britaniji narašča število prvostopenjskih programov v t. i. komplementarni medicini, kjer se komentatorjem še zlasti zdijo sporni programi v homeopatiji. Sicer je pa vredno prebrati oba prispevka: novico urednika Jima Gilesa in komentar farmakologa Davida Colquhouna, oba sta prosto dostopna tudi na Colquhounovi spletni strani. Še en dokaz, kam lahko zapelje visoke šole iskanje polnjenja vpisnih mest za vsako ceno oz. z drugimi besedami kaj lahko pomeni za znanstveno poslanstvo visokih šol, kadar nekritično "prisluhnejo zahtevam trga".        

Ohranjanje pluripotentnosti embrionalnih izvornih celic (EIC)

Embrionalne izvorne celice (EIC) predstavljajo za prihodnost regenerativne medicine pomembno upanje. Vendar se ob etičnih problemih kot resno dodatno težavo navaja tudi njihovo gojitev in ohranjenje pluripotentnosti teh celic t. j. da se ne diferencirajo in tako ohranijo sposobnost kasnejšega razvoja v katerokoli tkivo ali organ. Za ta namen jih gojimo na mišjih fibroblastih, t.i. skrbniških celicah. Te celice EIC trajno zagotavljajo biokemijske signale, ki preprečijo diferenciacijo, so pa izvor drugih težav, ki omejujejo uporabnost EIC (npr. kontaminacijo EIC z mišjimi glikoproteini, kar ob uporabi EIC nato lahko izzove močan imunski odziv). Zdaj pa poročajo raziskovalci (objava M. Kahna in sod. v Proceedings of the National Academy of Sciences v prejšnjem tednu), da jim je uspela izolacija majhne molekula IQ-1, ki lahko prepreči spontano diferenciacijo EIC. To odkritje ima lahko izjemen pomen za nadaljni razvoj EIC do njihove klinične aplikacije.

Vakcina, ki naj prepreči razvoj raka

Dve ugledni ustanovi: Arizona State University (ASU) ter Klinika Mayo se lotevata kočljivega raziskovalnega projekta, katerega končni cilj ni nič manj kot vakcina, ki naj bi preprečila nastanek raka. Pot, ki ji želijo slediti je tako zunaj običajnih konceptov, da ne vidijo možnosti kandidature za javna sredstva, zato se zanašajo na angažiranje rizičnega oz. zasebnega kapitala.

Kot meni S.A. Johnston, vodja projekta, je v temelju nastajanja večine tumorjev celica, ki prestopi meje običajne celične kontrole in se začenja nenadzorovano deliti. S prehodom v rakavo celico pričenja ta proizvajati proteine, ki so tuji imunskemu sistemu telesa, a se uspejo pritajiti, da jih organizem ne prepozna in ne vzpostavi proti njim obrambe. V preskusih na živalih so ugotovili, da je z vakcinacijo s temi proteini vendarle mogoče izzvati imunski odziv, ki prepreči rast tumorja. Težava pa je, da je proteinski podpis (tj. njegova specifična zgradba) tumorskih celic pri vsakem posamezniku različen. Torej, tudi če zbolita dva bolnika za enakim tipom tumorja, se proteini njunih tumorskih celic razlikujejo. To seveda onemogoča izdelavo preventivne vakcine. In vendar raziskovalci predpostavljajo, da bo mogoče vendarle najti dovolj značilne vzorce podobnosti med proteini, torej najti značilen podpis, ki bi s svojo nespecifičnostjo omogočil pripravo preventivne vakcine. Nestrpno lahko pričakujemo, ali jim bo uspelo.

Robert Koch in Mycobacterium tuberculosis

Natanko pred 125 leti, na večer 24. marca 1882 je dr. Robert Koch (1843-1910) v predavanju v Fiziološkem društvu v Berlinu izbranemu avditoriju predstavil svoje odkritje bakterije Mycobacterium tuberculosis. Nekaj kasneje je predavanju sledila objava njegovega članka "Die Aetiologie der Tuberculose" v reviji Berliner Klinische Wochenschrift: 19 (1882) 15, str. 221-230. Ob številnih drugih odkritjih in iznajdbah, zaradi katerih ga radi imenujejo "očeta bakteriologije", je prav odkritje povzročitelja tuberkuloze pomembno pripomoglo k odločitvi, da so mu leta 1905 podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo/medicino.

Trojna simbioza

Poročil o taki obliki simbioze v literaturi ni veliko. Objava Márqueza in sod. v reviji Science, ki jo citira The Scientist govori o sožitnem odnosu tropske trave Dichanthelium lanuginosum z endofitno glivo Curvularia protuberata, ki naseljuje korenine trave, gliva pa gosti dvovijčni RNA virus, ki glivi in posledično travi dodato omogoča odpornost za visoke temperature; te v okolju rasti "trojčka" dosegajo 65 st. C. Zanimiva je dodatna najdba, da infekcija negostiteljske rastline npr. paradižnika s to glivo, rastlini prav tako zagotovi toplotno toleranco; to ima seveda pomembne biotehnološke implikacije.

Galij proti bakterijam

Preprečiti bakterijam dostop do železa (Fe) s kelatorji je znana strategija kontrole mikrobne rasti (1 in 2). Zdaj pa so na Univerzi Washington iz Seattla v laboratoriju Pradeepa Singha in sod. dokazali, da galij (Ga), ki je kemijsko soroden Fe in je sposoben zamenjati ta za bakterije bistven element ter zavreti npr. rast bakterije Pseudomonas aeruginosa. Ta je znana kot spremljajoča težava pri cistični fibrozi in je tudi pogosta povzročiteljica hospitalnih infekcij. Zdi se, da omagujočim antibiotikom prihajajo na pomoč kemoterapevtiki.

Taksonomija biologij

Prof. Dolinar v podnaslovu svojega bloga Nove biologije pravi: "... biologija ni ena, biologij je več...". Da je razvrščanje pomembno za opredeljevanje strok in ved in po poti profesionalne identifikacije na nek način tudi za dobro počutje strokovnjakov, ki v njih delujejo, je najbrž mogoče razumeti. Da pa so lahko različne taksonomije tudi vzrok za razhajanje in sprožanje slabe volje je tudi znano. Zlasti, ko skušajo nekateri delitve namesto za namene iskanja stičnih točk in možnosti za povezovanje, uporabiti za kvalitativno razlikovanje, česar si seveda ni mogoče želeti.

Že pred časom je raziskovalec Alex Palazzo v svojem blogu The Daily Transcript ponudil v razpravo taksonomijo znanstvenih področij, ki jo je podrobneje obdelal za področje ved o življenju, kjer tudi sam deluje, druge vede pa je skušal predvsem izzvati k sodelovanju. Zdaj je svojo razvrstitev ponovno predstavil, tokrat že z nekaterimi dopolnitvami iz razprave, predvsem pa se je med tem časom nabralo veliko različnih odzivov. Kakorkoli se človek že opredeli do tega poskusa, vsekakor ponuja zanimivo branje.

Ali je globalno segrevanje potegavščina?

Tudi v našem prostoru je že zakrožil link do videa The Great Global Warming Swindle. To je pravzaprav TV film, ki ga je  TV Channel 4 iz Velike Britanije predvajal 8. marca letos in skuša na drugačen način osvetliti problematiko globalnega segrevanja in klimatskih sprememb. Predvsem želi izključiti kot vzrok segrevanja povečevanje koncentracije toplogrednih plinov, konkretneje CO2, v ozračju. Vsem, ki vas tematika zanima priporočam skok na blog Real Climate, kjer med drugim že teče razprava tudi o tem filmu. Dragocenost tega bloga je bogat nabor povezav do različnih, za to področje aktualnih spletnih virov.

"Lab-on-a-chip"

Miniaturizacija analiznih metod sili tudi v mikrobiologijo in tudi v njen klinični del. Sandrin post iz ScienceBloga in Yahoojeva novica to dobro ilustrirata.

In ker smo že omenili Sandro, to je Dr. Sandra Porter, ki poleg tega, da ima odličen blog Discovering Biology in a Digital World, sodeluje tudi v projektu priprave učnih materialov Geospiza.  

Pospešitev evolucije

Skupina raziskovalcev iz teksaške univerze Rice verjame, da mikroorganizmi uspevajo izrazito pospeševati evolucijo s stalnim prenosom delov DNK  - v procesu znanem kot horizontalni genski prenos (HGP) - med organizmi. "Vemo, da večina DNK v genomih nekaterih živalskih in rastlinskih vrst - vključno s človekom, mišjo, pšenico in koruzo - prihaja iz vključkov HGP" pravi Michael Deem, genski inženir iz Rice univerze, v izjavi za časnik.

Novim antibiotikom na sledi

Penicilin vemo, da ima izjemno pomembno vlogo v protimikrobni oz. v protiinfekcijski zaščiti, ne nazadnje ker inspirira raziskovalce pri iskanju novih protimikrobnih sredstev. Njegova bistvena prednost je, da je minimalno toksičen za višje organizme, zahvaljujoč posebnemu načinu delovanja na mikroorganizme. Njegov protibakterijski mehanizem temelji namreč na sesutju bakterijske celične stene, ki je brez strukturne primerljivosti v evkariontskih celicah. Odtod tudi netoksičnost penicilina za evkariontske celice. Zdaj na podobnih načelih učinkov na bakterijsko celično steno iščejo nove antibiotske molekule, kot poročajo raziskovalci na HHMI. Eden od encimov, ki sodeluje pri gradnji bakterijske celične stene tako da iz glikolipidne strukture lipida II odvzema sladkorje za gradnjo celične stene je najresnejši kandidat za cilj antibiotika, ki bi s simulacijo lipida II blokiral encimsko funkcijo in s tem onemogočil sestavljanje celične stene.

Tveganje prehlada na letalskih prevozih

Sicer redke epidemiološke študije ugotavljajo, da okoli 20% potnikov v prvem tednu po letalskem prevozu obolijo za akutno respiratorno boleznijo in da spremljevalci na poletih pogosteje zbolevajo za respiratornimi infekcijami kot kontrolna populacija. 

Ob ugotavljanju spektra mikrobnih povzročiteljev je največ infekcij z virusi influence in parainfluence, sledijo adenovirusi, metapnevmovirusi, koronavirusi in rinovirusi. Infekcije z bokavirusi, respiratornimi sincicijskimi virusi ter z legionelami, mikoplazmami in klamidijami so zgolj izjema (po Fleming Forumu).

Metaanaliza v podporo terapije septičnega šoka

Metaanaliza je statistična metoda v kateri uporabimo za vrednotenje zanesljivosti hipoteze primerjavo večjega števila študij na izbrano temo. Nedavna metaanalitična študija (povzemam po Fleming forumu) ugotavlja, da je preživetje pacientov s sepso, ki so prejemali poliklonsko i/v imunoglobulinsko terapijo ugodnejše v primerjavi z bolniki, ki so dobili placebo ali so bili brez take terapije.

A. baumannii v Iraku

Acinetobacter baumannii je patogena bakterija, ki povzroča oportunistične infekcije, pogosto hospitalnega izvora. V zadnjem času poročajo o velikih težavah s tem mikroorganizmov pri ranjencih v Iraku zlasti ko gre za seve, ki so zelo odporni proti številnim antibiotikom. S poglobljenimi študijami genoma tega organizma skušajo predvsem razložiti pomen in oblike prenosa t. i. "otokov patogenosti" med različnimi mikrobnimi skupinami po poti horizontalnega genskega prenosa.

Učinkovito odstranjevanje virusov iz pitne vode

Raziskovalci iz Univerze Delaware so razvili nov, cenen način odstranjevanja nezaželenih mikroorganizmov, vključno z virusi, iz pitne vode. Postopek, ki so ga tudi patentno zaščitili, temelji na postopku filtracije preko zelo reaktivnega elementarnega železa. Tako bi lahko zamenjali današnje načine dezinfekcije vode, pretežno s klornimi pripravki, ki pa lahko zapuščajo v vodi toksične stranske produkte.

V položaju smo, ko po podatkih World Health Organization (WHO) več kot milijarda ljudi nima dostopa do varnih virov pitne vode; posebno zaskrbljujoče je stanje v deželah v razvoju. Vsako leto beležimo štiri milijarde primerov diareje, predvsem pri otrocih in 88% teh primerov je posledica neustreznih vodnih virov ter njihove neustrezne sanitacije.

Učinkovitost predlaganega načina čiščenja dosega tudi 99,999% odstranjevanje virusnih delcev, ki so danes v večini zakonodaj tarča po kateri presojamo učinke čiščenja vode. Postopke je tudi poceni, ob tem pa omogoča celo obdelavo voda, ki se npr. v kmetijstvu uporabljajo pri namakanje polj za pridelavo presnih živil in v predelavi takih živil.

Pišemo v DNA

Ideja je bila v zraku že dolgo. Ne nazadnje, molekuli DNA že od nekdaj pravimo "informacijska molekula". Ampak zdaj so se zadeve lotili konkretneje. Na japonski univerzi Keio so pripravili umetno sekvenco DNA v katero so kodirali sintagmo slavne Einsteinove enačbe "e= mc2 1905!" in to vključili v genom bakterije Bacillus subtilis. In kaj si obetajo od tega: predvsem naj bi s prenosom sekvence skozi mikrobne generacije ohranili informacijo brez časovnih omejitev. Človek se sicer vpraša, kako bodo sekvenco zavarovali pred mutacijami, vendar v bakterijskem svetu najdemo rešitev tudi za to. Spomnimo se samo, kako uspe Deinococcus radiodrurans ohranjati pravopis DNA zaporedja.    

Promocija biologij

V predzadnejm postu citiram tudi Zimmerjev blog. Prav je, da dodam še kakšno besedo o tem zanimivem publicistu. Carl Zimmer je avtor številnih poljudno znanstvenih knjig in pogost pisec popularnih člankov v uglednih revijah za promocijo znanosti kot so The New York Times Magazine, National Geographic, Science, Newsweek, Popular Science in Discover. Večino člankov v polnem besedilu najdete na njegovi spletni strani, kjer boste našli tudi številne druge koristne povezave.   

Celična teorija

Na blogu Migrations boste našli berljiv zgodovinski pregled o nastanku celične teorije. Tudi sicer za celične biologe zelo uporaben blog.

Mikrobi se selijo s človekom

Preučevanje genetske različnosti mikrobnih vrst, ki so bodisi patogene ali so prebivalke živalskih indigenih ekosistemov (primer prebavil) daje zanimivo možnost spremljanja migracij mikroorganizmov in njihov gostiteljev v zgodovini biosfere. Na to pot se je v devetdesteih letih prejšnjega stoletja odpravil Mark Achtman, ko je pričel zbirati seve želodčne parazitske bakterije Helicobacter pylori iz različnih geografskih lokacij (po Zimmerju). S takim pristopom se je namreč mogoče lotiti pojasnjevanja številnih pojavov iz konteksta genealogije mikroorganizmov in njihovih gostiteljev, torej tudi pojavljanje človeških ras in etničnih skupin ter njihovih migracij. Achtmanov nedavni članek v reviji Nature opozarja na primerljivost razhajanja genetske skladnosti pri H. pylori in razširjanja človeške vrste v zadnjih 100.000 letih. Vsi se ne strinjajo z njim in pojasnjujejo vzorce o katerih govori Achtman kot rezultate nedavnih preskokov H. pylori iz živalskih gostiteljev na človeka.

Open Laboratory 2006

Sicer z rahlo zakasnitvijo naj predstavim zanimivo antologijo The Open Laboratory, ki je res luč sveta zagledal že januarja letos. Bora Zivkovic, biolog (konkretneje kronobiolog) iz Univerze Severna Karolina in odmeven bloger, je prireditev The Science Blogging Conference januarja 2007 uporabil kot priložnost za izdajo 50 najboljših blogov iz kategorije t.i. znanstvenih blogov v zanimivem zborniku. Ta je kupljiv tako v elektronski kot papirni obliki. Znanstveni blogi v blogosferi sicer niso izrazito številčna kategorija, postajajo pa vse vplivnejši. Dober promocijski učinek je vsekakor imela omenjena konferenca, ki naj bi postala tudi vsakoletno srečanje. Organizatorji že tudi zbirajo predloge prispevkov za antologijo leta 2007.  V Borovem postu najdete tudi povezave do številnih blogov iz različnih področij znanstvenega snovanja.