Ciljano proti ptičji gripi

Raziskovalci mednarodne skupine so pri ljudeh prebolevnikih izolirali protitelesa proti ptičji gripi. Omenjajo, da lahko tudi in vitro gojijo celice, ki proizvajajo ta protitelesa, tako da bi bila izvedljiva tudi njihova proizvodnja v večjih količinah, kar bi omogočila tudi pasivno zaščito ogroženih ali obolelih.  

Genom J. D. Watsona

Prečitan je genski zapis dednine dr. Jamesa D. Watsona, edinega še živega odkritelja strukture DNA. Po mnenju nekaterih odpira ta dogodek obdobje izdelave osebnih genomskih kart, ki naj bi predvsem podprle učinkovitost osebne medicinske obravnave. Firma 454 Life Sciences, ki izdeluje zmogljive naprave za določanje genskega zaporedja, na kakršni je bil "prečitan" tudi omenjeni genom, je potrebovala za njegovo pripravo dve meseca ob strošku manjšem kot 1 milijon dolarjev. Podatek nam predstavlja tudi presenetljiv napredek, ki ga je tehnologija določanja zaporedja (sekven(c)iranja) doživela v zadnjih letih. Spomnili se bomo, da je prvi človekov genom bil pripravljen leta 2003 po 13 letih dela in ob nepredstavljivem strošku ca. 3 milijarde dolarjev. Kot navajajo razvijalci nove opreme bo že v kratkem času na opremi, ki je na voljo, mogoče strošek znižati na vsega 100.000 US$ za posamezen genom človeka. V nekaj prihodnjih letih bi lahko dosegli stroškovni prag 10.000 US$, kar bi že bilo sprejemljivo za redno vključevanje genetskega zaporedja v presoje zdravstvenega stanja pacientov.

Kot zanimivost velja povedati, da je skoraj istočasno kot Watsonov genom v bazo GenBank (ki deluje v odprtem dostopu) bil odložen tudi genom dr. J. Craiga Venterja, enega od raziskovalcev, ki je bistveno prispeval pri pripravi prve humane genske karte. In v prihodnje načrtujejo pripravo genskih kart še nekaterih uglednih raziskovalcev in tudi ljudi, katerih genski zapisi bi bili zanimivi za medicinska raziskovanja.

miRNA v algah

Doselj je veljalo, da najdemo microRNA zgolj pri večceličnih organizmih. Najnovejše ugotovitve spreminjajo to predpostavko.

Izpit je lahko tudi tak

Tole bo najbrž zanimalo tudi mikrobiologe & biotehnologe.

Laboratorijski dnevnik

Uvodničar revije Nature utemeljeno zagovarja prakso laboratorijskega dnevnika. Razumljiva je obveza dnevnika v koncesioniranih in akreditiranih laboratorijih. Vendar je dnevnik nuja v vsakem raziskovalnem laboratoriju, saj je to najboljša zaščita pred ugovori o nekorektnosti raziskovalnih postopkov. Zagotavljajo možnost uveljavljanja prednostnih sklicev v patentih pravdah. In so najučinkovitejša in najmanj vpadljiva uveljavitev pravic iz soavtorstva raziskovalnih objav. Sodobna digitalna tehnike je uveljavila laboratorijske e-dnevnike, ki prinašajo številne prednosti v primerjavi s klasičnim papirnim dokumentom.

Globalno segrevanje

Bela hiša bo na junijskem zasedanju najrazvitejših svetovnih gospodarstev G8 v točki reševanja globalne klime najverjetneje zavrnila predlog, v katerem A. Merkel v imenu EU ter ob soglasju Japonske predlaga 50% zmanjšanje toplogrednih plinov do leta 2050.

In kot beremo v USA Today so mikrobiologi na pravkar končanem kongresu ASM v Torontu opozorili, da klimatske spremembe zaradi vplivov na prihodnje razširjanje infektivnih bolezni sprožajo resno zaskrbljenost med strokovnjaki.

Jezikoslovci, na pomoč

Bralce prosim za nasvet oz. pomoč. Po spletu sem iskal slovensko rabo za angl. pojem "biodiversity".

Za angleške pojme mi je iskanje z Googlom ponudilo:

"biodiversity": 29.300.000 zadetkov
"biological diversity": 1.280.000 zadetkov
"biotic diversity": 106.000 zadetkov

Iskanje z Najdi si. mi je dalo rezultat:

"biodiverziteta": 553 zadetkov
"bioraznolikost": 12 zadetkov
"bioraznovrstnost" in "biorazličnost": vsaka po 7 zadetkov
"biotska raznovrstnost": 12.828 zadetkov
"biotska raznolikost": 280 zadetkov
"biotska različnost": 37 zadetkov
"biotična raznovrstnost": 15 zadetkov
"biotična raznolikost": 5 zadetkov
"biotična različnost": brez zadetkov
"biološka raznovrstnost": 1.099 zadetkov
"biološka raznolikost": 356 zadetkov
"biološka različnost": 61 zadetkov

SSKJ (slovar slovenskega knjižnega jezika) ima pojem "biotičen", nima pa pojma "biotski".
SP (slovenski pravopis) 2001 ima oba pojma, daje pa prednost pojmu "biotičen".
Še morda koristen podatek: slovenska Wikipedija obdeluje pojem pod "biodiverziteta", kamor preusmerja tudi pojem "biotska raznolikost".

In zdaj sem v zadregi: ob prevladujoči rabi "biotska raznovrstnost", kot jo izdaja splet, ta ni povsem v skladu s priporočilom SP 2001 pa tudi sicer je družina pojmov zares pestra in uporabnika bega. Na pomoč!

P.S.: (Če bralci lahko svetujete jezikoslovca, ki bi se bil pripravljen vključiti v razpravo, vas prosim, da mu posredujete tole vprašanje.)

Granatno jabolko

Granatno jabolko (Punica granatum) je sicer znano med gurmani, zdaj pa so ugotovili, da imata sok granatnega jabolka in njegov polifenolni ekstrakt protivirusni in protibakterijski učinek. Na zdravje torej!

Bojmo se soli

Prebitek soli v prehrani poslej ne bo zgolj dejavnik rizika pri krvožilnih obolenjih ampak tudi pri želodčnih težavah. Raziskovalci so namreč ugotovili, da povečana koncentracija soli v želodcu kot kaže inducira delovanje genov pri bakteriji Helicobacter pylori, povzročiteljici želodčnega ulkusa.

Iščemo zastonjski članek

Tole simpatično zgodbo blogerske kolegice-mikrobiologinje, kako jo je izkušnja mladega zdravnika splošne prakse, ki je iskal zastonjski strokovni članek, izzvala da se je nato naloge lotila še sama, vam pa moram posredovati. Začenja zelo splošno(1): s PubMed in z Googlom, nadaljuje sicer tudi s PubMed nekoliko bolj poglobljeno(2) in končuje z rafiniranim(3) iskanjem v PubMedu. In velja prebrati tudi vse komentarje!     

Scientoskop

Dva mlada študenta naravoslovja sta se pod geslom "Velika odkritja in male bizarnosti iz sveta znanosti (ter drugi pojavi na planetu Zemlja)" odločila za pripravljanje bloga z imenom Scientoskop. Prvi zapisi so zelo zanimivi in obetavni. Naj jima zavzetost ne pojenja prehitro! Skupnost slovenskih "strokovnih blogerjev" se torej krepi.

Nov blog v Exploratorium

Mary K. Miller je publicistka in ponudnica Webcast gostiteljske platforme Exploratorium. Pričela je pisati nov blog The Accidental Scientist, ki bo posvečen predstavljanju pristopov in metod s katerimi znanstveniki raziskujejo svet.

Mycologia o filogeniji gliv

Res škoda, da revija Mycologia ni v odprtem dostopu, saj bo številka November/December 2006, vol. 98  zlasti za vse preučevalce gliv postala ključni priročnik. Predstavlja petletni raziskovalni projekt "Deep Hypha" v katerem je sodelovalo več kot 100 sistematikov gliv in oblikovalo filogenijo kraljestva gliv, ki smo jo v takšni poglobljeni in sodobni obdelavi dolgo pogrešali. 

Antibiotiki od zdavnaj

Moselio Schaechter nas v svojem blogu Small Things Considered želi obzirno opozoriti, da insekti uporabljajo antibiotike v kontroli mikroorganizmov že 50 milijonov let, torej precej dlje kot to uspeva najrazvitejši skupini med sesalci.

Razširjanje virusov v telesu

Kot kaže, bo treba ponovno preučiti načine razširjanja virusov v telesu in povezanost transporta ter patogeneze zlasti pri virusih z afiniteto za celice centralnega živčnega sistema (CŽS), ko je to primer z virusom stekline ali virusi herpesa. Veljalo je, da je potreben poseben protein, s katerim se virus pritrdi na celično transportno sprego, ki ga prenese v CŽS in doslej so verjeli, da ima to vlogo protein LC8. Raziskave prof. Matthiasa Schnella in sodelavcev iz Jefferson Medical College-a Univerze Thomas Jefferson iz Philadelphije (ZDA) pa kažejo drugače. Zlovešči protein naj bi ne imel vloge v transportu virusa, ampak je povezan kot transkripcijski faktor v njegovi reprodukciji. Primerjali so obnašanje virusa v povezavi z LC8 proteinom in brez te povezave; v obeh primerih je sicer virus inficiral možgane, vendar nepovezani virus ni povzročil obolenja. Torej bo zdaj treba najti novo razlago za transport virusa v telesu.

EOL - The Encyclopedia of Life

Obeta se nam nov kapitalni spletni enciklopedijski projekt, v katerem naj bi katalogizirali vse znane oz. poimenovane biološke vrste, po današnjih podatkih 1,8 milijona. Projekt z imenoma The Encyclopedia of Life - EOL naj bi deloval po principih odprtega dostopa, kot Wikipedia, idejni oče je znani ekolog iz Harvarda E.O. Wilson, organizatorji pa so številne ugledne ustanove znanja. Nekaj koristnih info in napotkov za uporabo najdete tudi >tukaj.

Nenavaden bakterijski genom

Korejski in švedski raziskovalci so v nedavno mapiranem genu rikecije Orientia tsutsugamushi (prej imenovana  Rickettsia tsutsugamushi), povzročiteljice ene od oblik tifusnega obolenja, ki ga prenašajo insekti, odkrili močno povečano število podvojenih genskih sekvenc, kar je za prokariontske genome zelo nenavadno. V članku v reviji PNAS poročajo, da ima preučevana bakterija tudi dvestokrat večjo podvojenost genetskih zaporedij kot bližnja sorodnica Rickettsia prowazekii, tudi povzročiteljica tifusa.  

Bakterije iz asfalta

Raziskovalci kalifornijske univerze UC Riverside so v naravnih nahajališčih asfalta Rancho La Brea našli več kot 200 novih bakterijskih vrst. Najdba jih je po svoje presenetila, saj velja asfalt kot izrazito življenju neprijazno okolje (več o asfaltu >tukaj). Ob tem te bakterije lahko preživijo v mešanici težkih olj katranskega tipa brez vode in z malo ali brez kisika. Seveda predstavljajo ti mikroorganizmi in njihovi encimi izziv za iskanje številnih biotehnoloških rešitev: za uporabo v bioremediacijskih postopkih pri odstranjevanju naftnih razlitij, v razvoju biogoriv kot alternativne energetske opcije, v podpori izkoriščanja naftnih virov iz težko dostopnih fosilnih zalog in tudi v biomedicinskih raziskavah pri iskanju novih zdravil.

Metagenomika telesne poseljenosti z mikroorganizmi

Kožo in sluznice človeka naseljuje desetkrat več mikrobnih celic, kot je lastnih telesnih celic. Pri tem je mikrobna prisotnost povezana s pomembnimi funkcijami gostiteljevega organizma, ne nazadnje mikrobi pomembno sodelujejo pri prebavi hrane in v zaščiti telesa pred patogenimi mikroorganizmi, povezujejo pa jih tudi z nekaterimi neinfektivnimi obolenji. Le kakšen procent teh naseljencev na in v telesu nam je doslej uspelo tudi gojiti in ustrezno preučiti. Sedaj pa nam v pomoč prihaja metagenomika, postopek, ki med drugim omogoča analizo mikrobnega genoma brez predhodnega namnoževanja mikroorganizma. Ameriški nacionalni zdravstveni inštituti (NIH) zdaj načrtujejo t. i. projekt humanega mikrobioma, ki ga nekateri v obsežnosti, predvsem pa v pomenu primerjajo kar s humanim genomskim projektom.

Alergija na kovine

Mehanizmi, ki so v ozadju vse pogostejših alergij na kovine, niso pojasnjeni. Največkrat poročajo o alergijah na nikelj, znane pa so tudi preobčutljivosti na krom, srebro in celo zlato. Raziskovalci, ki želijo ta fenomen pojasniti, iščejo razlago predvsem v vpletenosti bakterijskih infekcij, kot objavlja revija Nature. Pri tem naj bi bakterijski lipopolisaharidi podobno kot adjuvansi vzpodbudili preobčutljivostno reakcijo na kovine.  

Ptičja gripa na Google Earth

Raziskovalci iz Univerze Colorado-Boulder so na osnovi Googlove aplikacije Earth pripravili interaktivni zemljevid na katerem je mogoče spremljati razširjanje virusa H5N1, predvsem iz primarnih žarišč v Aziji. Spremljanje spreminjanja tega virusa in razširjanje različnih genotipov vse od prvega pojavljanja v letu 1996 do danes naj bi v prihodnje omogočalo tudi natančnejše napovedi globalne ogroženosti s ptičjo gripo. Na tej povezavi pa si lahko ogledate tudi informativni video o novi Googlovi aplikaciji.

Blogi Unilever Centra

Na spletu Unilever Cambridge Centre for Molecular Informatics (University of Cambridge) sem našel nekaj uporabnih blogov, ki bodo zlasti koristni bioinformatikom:
petermr’s blog - A Scientist and the Web
Brighten the Corners - Andrew Walkingshaw’s weblog
Jim Downing - Coding trombonist
Peter Corbett - Teaching computers to read chemistry papers
The CML Blog - Blogging Chemical Markup Language

Gigantska gliva

Za predzgodovinski fosil Prototaxites, za katerega so dolgo verjel, da je bil iglavec, so zdaj ugotovili, da je bil ogromna gliva, ki je dosegala v višino tudi 6 metrov. Fosil, ki so ga odkrili že pred stoletjem in so ga našli na številnih zemeljskih lokacijah naj bi živel pred 420 in 350 milijoni let.

Nastopanje v akademski javnosti

Vse, ki ne spremljate romunov's bloga, naj opozorim na >tale zapis.  

Zlobne bakterije prevladajo

Geni, ki povečujejo virulenco bakterij bistveno pripomorejo k njihovemu evolucijskemu preživetju pravi Brett Finlay iz Howard Hughes Medical Institute (HHMI) v nedavni raziskavi, objavljeni v reviji Current Biology. Številne bakterijske vrste si med seboj izposojajo bistvene virulenčne dejavnike, prepoznava tega mehanizma pa bi pomembno pripomogla k preprečevanju razširjanje patogenov. V prispevku v HHMI News Finlay uporabi posrečeno metaforo, ko primerja ta fenomen z izmenjavo dokumentov v računalniškem  programu.  Pravi: “Bakterije kot da imajo svoj internet, s katerega si druga od druge presnamejo genetske sekvence”.

Novi sevi ptičje gripe

Nedavna obsežnejša raziskava genomov virusa ptičje gripe H5N1 iz zapadnih izvorov (Evrope, Bližnjega Vzhoda in Afrike) je odkrila nekatera zaskrbljujoča dejstva.  Med drugim so lahko dokazali prerazporejanje genetskega materiala z nastankom novih sevov tudi že pri zapadnih sevih, pri več sevih so našli tudi mutacije, značilne za seve, ki so povzročili smrtne primere pri človeku v letu 2006 in da je razširjanje sevov iz Azije v delu tudi posledica človeškega vpliva.

Wiki je car!

Letos smo s študenti vsakoletno seminarsko obvezo pri enem od predmetov izvedli nekoliko drugače. Za sodelovalno pripravo seminarjev smo uporabili wiki platformo. Hvaležno naj povem, da nam je prof. Dolinar omogočil gostovanje na njegovem wikiju Nove biologije. Letošnje prispevke pri predmetu Okoljevarstvena biotehnologija (4. letnik študija mikrobiologije) najdete >tukaj. V petih srečanjih izvedenih v načinu problemsko temeljenega pouka (PBL), smo letos obdelali šest tem. Tokrat je za razliko od prejšnjih let, ko smo pripravljali esejski tekst, opravljeno temo pomenila seminarska vsebina, ki jo je skupina pripravila kot wiki vsebino in kot nastop podprt s .ppt aplikacijo. Izkušnja je izjemna, predvsem zaradi zares prizadevnega dela obeh PBL skupin. Res pa je, da smo lahko pri delu koristno uporabili izkušnjo z wiki platformo, ki so jo nekateri med študenti poznali iz svojega sodelovanja v zmagovalni skupini skupini iGEM 2006.

Vatikan o Darwinu II

Lani oktobra sem omenil sestanek o Darwinovem nauku, ki ga je organizirala katoliška cerkev. Kot lahko preberemo novico v Razgledih je papež Benedikt XVI. zdaj izdal knjigo „Stvarjenje in evolucija“, kjer naj bi bile objavljene tudi misli takratnega njegovega predavanja. Nisem si mogel kaj, da se ne bi na novičko v Razgledih v komentarju oglasil z nasvetom, kako lahko bralci tudi najdejo referenčno mesto, kjer znajo pojasniti Darwinove "zmote".

Kje so časi (1986), ko je znal papež Janez Pavel II. povsem drugače priznati veličino Darwinove misli. Sicer si bodo pa bralci, medtem ko bodo čakali, da bodo v slovenščino prevedli novo Ratzingerjevo knjigo, lahko čas krajšali z branjem trenutne svetovne uspešnice evolucionista Richarda Dawkinsa "Bog kot zabloda" (The God Delusion), ki smo jo pravkar dobili pri založbi Modrijan v slovenskem prevodu. Ja, to je tisti R. Dawkins, ki ga je lani revija Prospect uvrstila med tri najvplivnejše živeče intelektualce izza N. Chomsk(y)ega in U. Eca.

Kvantne osnove fotosinteze

Kot kaže je raziskovalcem ameriških laboratorijev iz sklopa ministrstva za energijo (DOE) - Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL) in iz kalifornijske Univerze Berkeley uspelo razložiti temeljne zakonitosti kako uspeva narava v fotosintezI s skoraj 100% učinkovitostjo prenesti sončno energijo po poti celičnih molekularnih sistemov do pretvorbe v kemijsko energijo.

Mikrobni genomi in DOE

Ameriški Department of Energy (DOE) zdaj že deseto leto podpira enega najambicioznejših projektov odkrivanja mikrobnih genomov v svetu. V svojem Joint Genome Institute (JGI), na ključni lokaciji v kalifonijskem Walnut Creeku, je na voljo 25% vseh svetovnih laboratorijskih kapacitet za sekvenciranje mikrobnih genomov. Samo v lanskem letu so z ekipo 270 zaposlenih določili zaporedje 80 mikrobnih genomov, kar je navrglo okoli 316 megabaznih parov prepoznane mikrobne DNK. Ta trenutek je znanih 414 popolnih bakterijskih sekvenc (110 iz JGI) in 31 arhejskih sekvenc (31 iz JGI). Samo na JGI imajo za naslednje petletno obdobje v načrtu sekvenciranje 2.000 mikrobnih genomov, ker pa se istočasno strmo vzpenja učinkovitost analiznih metod bo to število nedvomno preseženo. Seveda vodilo inštitucije ni zgolj akademska radovednost; značilen primer je nedavno sekvenciranje kvasovke Pichia stipitis, ki je znana po doslej največji učinkovitost mikrobne razgradnje ksiloze (sestavina lignoceluloze), kar ima seveda izrazit pomen pri iskanju učinkovitejše proizvodnje etanola iz biomase (povzeto po reviji Microbe).

Mycobacterium bovis pri ljudeh

Med  mikobakterijami je Mycobacterium tuberculosis (M. tb.) najpogostejši povzročitelj tuberkuloze pri ljudeh. Precej redkeje jo povzroča M. bovis (M.b.), čeprav vedno ni bilo tako. V splošnem velja, da se okužba z M. tb. prenaša  od človeka na človeka, medtem ko se z M. b., za katero že ime izdaja, da je njen poglavitni gostitelj govedo, okužimo s prenosom od živali, največkrat z neustrezno higiensko obdelanim mlekom. Včasih, ko še ni bila uveljavljena obvezna pasterizacije tržnega mleka je bilo takih prenosov več kot danes, kasneje pa so bili bolj izpostavljeni takemu prenosu kvečjemu ljudje, ki so profesionalno pogoste bili v stiku z bolnim govedom: živinorejci, veterinarji in delavci v klavnicah, vendar je tega le 1% vseh primerov tuberkuloze. Prenos M. b. iz človeka na človeka je izjemno redka in pravzaprav nenavadna možnost. In vendar so nedavno zaznali prav tak primer v Birminghamu v Veliki Britaniji, kjer so v obdobju treh let obravnavali šest primerov obolenja, ko se je prenos zgodil med ljudmi, ki so sicer bili v pogostejšem kontaktu. Štirje pacienti so pri tem imeli oslabljen imunski sistem bodisi zaradi infekcije s HIV virusom, zaradi diabetesa ali zaradi zlorabe alkohola in steroidov, kar so bili razlogi posebne občutljivosti za okužbo. Ta primer seveda opozarja, da pa je okužba z M. b. lahko večji problem v področjih z večjo pogostostjo HIV okužb in kjer tudi okužbe živali z M. b. niso ustrezno obvladane, kot je to primer npr. s subsaharsko Afriko.

Kateri virus?

Če vas mika, da bi malo preskusili svoje znanje o pomembnejših virusnih skupinah vam pri BioReliance ponujajo >tole igro.  

O patogenih mikroorganizmih prebavil

Učni in informacijski splet Open Learning on Enteric Pathogens ima že daljšo tradicijo, z novo grafično podobo pa je še prijaznejši in uporabnejši.  

Sporulacija bloga

Simpatičen izgovor si je za nekoliko daljši premor v pisanju bloga omislil naš francoski blogerski kolega na bacterioblogu: "bacterioblog ni mrtev, je sporuliral...". LOL.

Aha, kaj je že sporulacija ( >1, >2 ) ?

Parazitova zvitost

Glodavci zbežijo če zavohajo mačji urin. Izgubijo pa ta strah, če so okuženi s protozojskim parazitom Toxoplasma gondii. Ta parazit lahko svoj življenjski krog zaključi le, če glodavca požre mačka. Raziskovalci na Univerzi Stanford so ugotovili, da je pri okuženih živalih parazit v glavnem lociran v delu možgan z imenom amigdala, v področju, pravijo mu tudi center za strah, ki sodeluje v obdelavi pomembnih emocionalnih reakcij živali.

Znova o zgodnjem nastanku življenja

Vsi poznamo eksperiment s katerim sta Stanley Miller in Harold Urey iz Univerze v Chicagu leta 1953 želela ponoviti dogodke na zgodnji Zemlji, ki naj bi vodili v nastanek življenja. V stekleni bučki z izbrano plinsko mešanico nad tekočino sta s sprožanjem električnega iskrenja skušala pričarati pogoje podobne ozračju v katerem  naj bi nevihtne strele omogočile sintezo kompleksnih kemijskih spojin. Manj pa vemo, da je sicer v eksperimentu v katerem sta uporabila metansko amonijsko mešanico res v pridobljeni prajuhi bilo mogoče dokazati obilo aminokislin, ki so potrebne za gradnjo beljakovin, da pa so jima poskus oporekali, ker naj bi izbrana plinska mešanica ne ustrezala dejanski sestavi plinov v zgodnji zemeljski atmosfere. Miller je nato poskus ponovil leta 1983 z mešanico ogljikovega dioksida in dušika, kar naj bi bil pravi posnetek takratne atmosfere in v poskusu je res nastala komaj kakšna aminokislina, kar je seveda ovrglo prvotno tezo. Zdaj Millerjev učenec  Jeffrey Bada iz Inštituta Scripps v kalifornijskem mestu La Jolla skuša z novimi podatki potrditi pravilnost razmišljanja svojih predhodnikov. Bada je predpostavil, da so v spodletelem eksperimentu nastajali  nitriti, ki razgradijo aminokisline takoj po nastanku. Ker pa naj bi na prvotni Zemlji bili prisotni tudi železo in karbonatni minerali, ti lahko nevtralizirajo nitrite in kisline. V izhodiščni juhi je Bada ustrezno razširil nabor komponent, ponovil Miller-Ureyjevo razelektritev in dobil juho bogato z aminokislinami. Novi podatki seveda odpirajo nova ugibanja in tudi nove pomisleke, kljub temu pa je predstavitev Badovih rezultatov na nedavni letni konferenci Ameriškega kemijskega društva zbudila veliko pozornosti in odobravanja.  

Mammalian Genome

Iz založbe Springer sporočajo:
In April you will have the chance to read and download all articles from Mammalian Genome for FREE.

Kakšni že dvojčki

Kot kaže bomo zdaj morali pojmu enojajčnih (ali identičnih) dvojčkov in dvojajčnih dvojčkov dodati nov pojem, namreč možnost polidentičnih dvojčkov. Novica v reviji Nature namreč poroča o primeru dvojčkov, ki sta identična po materini strani, vsebujeta pa le mešanico genov očetovih spermijev.   

Jajčna celica se je namreč istočasno združila z dvema celicama spermijev, dvojčka sta torej himerna organizma, kjer ima vsak od dvojčkov del očetovih genov iz dveh različnih spermijev.

Tak dogodek je izjemno redek, najprej zaradi nenavadne oplodnje jajčne celice, nato da se je jajčna celica razdelila in končno, ker je pojav stroka sploh zaznala. Zanimivo bo slišati, kakšno naj bi bilo slovensko poimenovanje takega pojava.

Energija iz koruze...ne!

Ta novica vsekakor osvetljuje prihodnost bioenergije v nekoliko spremenjeni luči. Seveda je ne izloča iz nabora možnosti prihodnje energetske oskrbe sveta, zaostruje pa izbor surovin v postopkih biološkega pridobivanja energentov. Besede namestnika ameriškega energetskega ministra Claya Sella, da, cit: "...prihodnost bioenergentov ni temeljena na koruzi" so v delu brez dvoma sprožili premiki na trgu koruze, ko se je njena cena v zadnjem letu podvojila in dosegla najvišjo vrednost v zadnjih desetih letih. Ameriška proizvodnja etanola, naj bi iz količine 21 milijard litrov v letu 2007 skočila na 30 milijard litrov letno, kar napoveduje skoraj 80 biorafinerij, ki so letos pričele z delom.  

Proti-znanost

V zadnji številki Nature (7134) so se lotili obravnave problema, ki ga ni mogoče podcenjevati, ne glede na to, da se razumnik z občutkom za empirično utemeljeno znanost zlahka ogradi od njega. Na univerzah v Veliki Britaniji narašča število prvostopenjskih programov v t. i. komplementarni medicini, kjer se komentatorjem še zlasti zdijo sporni programi v homeopatiji. Sicer je pa vredno prebrati oba prispevka: novico urednika Jima Gilesa in komentar farmakologa Davida Colquhouna, oba sta prosto dostopna tudi na Colquhounovi spletni strani. Še en dokaz, kam lahko zapelje visoke šole iskanje polnjenja vpisnih mest za vsako ceno oz. z drugimi besedami kaj lahko pomeni za znanstveno poslanstvo visokih šol, kadar nekritično "prisluhnejo zahtevam trga".        

Ohranjanje pluripotentnosti embrionalnih izvornih celic (EIC)

Embrionalne izvorne celice (EIC) predstavljajo za prihodnost regenerativne medicine pomembno upanje. Vendar se ob etičnih problemih kot resno dodatno težavo navaja tudi njihovo gojitev in ohranjenje pluripotentnosti teh celic t. j. da se ne diferencirajo in tako ohranijo sposobnost kasnejšega razvoja v katerokoli tkivo ali organ. Za ta namen jih gojimo na mišjih fibroblastih, t.i. skrbniških celicah. Te celice EIC trajno zagotavljajo biokemijske signale, ki preprečijo diferenciacijo, so pa izvor drugih težav, ki omejujejo uporabnost EIC (npr. kontaminacijo EIC z mišjimi glikoproteini, kar ob uporabi EIC nato lahko izzove močan imunski odziv). Zdaj pa poročajo raziskovalci (objava M. Kahna in sod. v Proceedings of the National Academy of Sciences v prejšnjem tednu), da jim je uspela izolacija majhne molekula IQ-1, ki lahko prepreči spontano diferenciacijo EIC. To odkritje ima lahko izjemen pomen za nadaljni razvoj EIC do njihove klinične aplikacije.

Vakcina, ki naj prepreči razvoj raka

Dve ugledni ustanovi: Arizona State University (ASU) ter Klinika Mayo se lotevata kočljivega raziskovalnega projekta, katerega končni cilj ni nič manj kot vakcina, ki naj bi preprečila nastanek raka. Pot, ki ji želijo slediti je tako zunaj običajnih konceptov, da ne vidijo možnosti kandidature za javna sredstva, zato se zanašajo na angažiranje rizičnega oz. zasebnega kapitala.

Kot meni S.A. Johnston, vodja projekta, je v temelju nastajanja večine tumorjev celica, ki prestopi meje običajne celične kontrole in se začenja nenadzorovano deliti. S prehodom v rakavo celico pričenja ta proizvajati proteine, ki so tuji imunskemu sistemu telesa, a se uspejo pritajiti, da jih organizem ne prepozna in ne vzpostavi proti njim obrambe. V preskusih na živalih so ugotovili, da je z vakcinacijo s temi proteini vendarle mogoče izzvati imunski odziv, ki prepreči rast tumorja. Težava pa je, da je proteinski podpis (tj. njegova specifična zgradba) tumorskih celic pri vsakem posamezniku različen. Torej, tudi če zbolita dva bolnika za enakim tipom tumorja, se proteini njunih tumorskih celic razlikujejo. To seveda onemogoča izdelavo preventivne vakcine. In vendar raziskovalci predpostavljajo, da bo mogoče vendarle najti dovolj značilne vzorce podobnosti med proteini, torej najti značilen podpis, ki bi s svojo nespecifičnostjo omogočil pripravo preventivne vakcine. Nestrpno lahko pričakujemo, ali jim bo uspelo.

Robert Koch in Mycobacterium tuberculosis

Natanko pred 125 leti, na večer 24. marca 1882 je dr. Robert Koch (1843-1910) v predavanju v Fiziološkem društvu v Berlinu izbranemu avditoriju predstavil svoje odkritje bakterije Mycobacterium tuberculosis. Nekaj kasneje je predavanju sledila objava njegovega članka "Die Aetiologie der Tuberculose" v reviji Berliner Klinische Wochenschrift: 19 (1882) 15, str. 221-230. Ob številnih drugih odkritjih in iznajdbah, zaradi katerih ga radi imenujejo "očeta bakteriologije", je prav odkritje povzročitelja tuberkuloze pomembno pripomoglo k odločitvi, da so mu leta 1905 podelili Nobelovo nagrado za fiziologijo/medicino.

Trojna simbioza

Poročil o taki obliki simbioze v literaturi ni veliko. Objava Márqueza in sod. v reviji Science, ki jo citira The Scientist govori o sožitnem odnosu tropske trave Dichanthelium lanuginosum z endofitno glivo Curvularia protuberata, ki naseljuje korenine trave, gliva pa gosti dvovijčni RNA virus, ki glivi in posledično travi dodato omogoča odpornost za visoke temperature; te v okolju rasti "trojčka" dosegajo 65 st. C. Zanimiva je dodatna najdba, da infekcija negostiteljske rastline npr. paradižnika s to glivo, rastlini prav tako zagotovi toplotno toleranco; to ima seveda pomembne biotehnološke implikacije.

Galij proti bakterijam

Preprečiti bakterijam dostop do železa (Fe) s kelatorji je znana strategija kontrole mikrobne rasti (1 in 2). Zdaj pa so na Univerzi Washington iz Seattla v laboratoriju Pradeepa Singha in sod. dokazali, da galij (Ga), ki je kemijsko soroden Fe in je sposoben zamenjati ta za bakterije bistven element ter zavreti npr. rast bakterije Pseudomonas aeruginosa. Ta je znana kot spremljajoča težava pri cistični fibrozi in je tudi pogosta povzročiteljica hospitalnih infekcij. Zdi se, da omagujočim antibiotikom prihajajo na pomoč kemoterapevtiki.

Taksonomija biologij

Prof. Dolinar v podnaslovu svojega bloga Nove biologije pravi: "... biologija ni ena, biologij je več...". Da je razvrščanje pomembno za opredeljevanje strok in ved in po poti profesionalne identifikacije na nek način tudi za dobro počutje strokovnjakov, ki v njih delujejo, je najbrž mogoče razumeti. Da pa so lahko različne taksonomije tudi vzrok za razhajanje in sprožanje slabe volje je tudi znano. Zlasti, ko skušajo nekateri delitve namesto za namene iskanja stičnih točk in možnosti za povezovanje, uporabiti za kvalitativno razlikovanje, česar si seveda ni mogoče želeti.

Že pred časom je raziskovalec Alex Palazzo v svojem blogu The Daily Transcript ponudil v razpravo taksonomijo znanstvenih področij, ki jo je podrobneje obdelal za področje ved o življenju, kjer tudi sam deluje, druge vede pa je skušal predvsem izzvati k sodelovanju. Zdaj je svojo razvrstitev ponovno predstavil, tokrat že z nekaterimi dopolnitvami iz razprave, predvsem pa se je med tem časom nabralo veliko različnih odzivov. Kakorkoli se človek že opredeli do tega poskusa, vsekakor ponuja zanimivo branje.

Ali je globalno segrevanje potegavščina?

Tudi v našem prostoru je že zakrožil link do videa The Great Global Warming Swindle. To je pravzaprav TV film, ki ga je  TV Channel 4 iz Velike Britanije predvajal 8. marca letos in skuša na drugačen način osvetliti problematiko globalnega segrevanja in klimatskih sprememb. Predvsem želi izključiti kot vzrok segrevanja povečevanje koncentracije toplogrednih plinov, konkretneje CO2, v ozračju. Vsem, ki vas tematika zanima priporočam skok na blog Real Climate, kjer med drugim že teče razprava tudi o tem filmu. Dragocenost tega bloga je bogat nabor povezav do različnih, za to področje aktualnih spletnih virov.

"Lab-on-a-chip"

Miniaturizacija analiznih metod sili tudi v mikrobiologijo in tudi v njen klinični del. Sandrin post iz ScienceBloga in Yahoojeva novica to dobro ilustrirata.

In ker smo že omenili Sandro, to je Dr. Sandra Porter, ki poleg tega, da ima odličen blog Discovering Biology in a Digital World, sodeluje tudi v projektu priprave učnih materialov Geospiza.  

Pospešitev evolucije

Skupina raziskovalcev iz teksaške univerze Rice verjame, da mikroorganizmi uspevajo izrazito pospeševati evolucijo s stalnim prenosom delov DNK  - v procesu znanem kot horizontalni genski prenos (HGP) - med organizmi. "Vemo, da večina DNK v genomih nekaterih živalskih in rastlinskih vrst - vključno s človekom, mišjo, pšenico in koruzo - prihaja iz vključkov HGP" pravi Michael Deem, genski inženir iz Rice univerze, v izjavi za časnik.

Novim antibiotikom na sledi

Penicilin vemo, da ima izjemno pomembno vlogo v protimikrobni oz. v protiinfekcijski zaščiti, ne nazadnje ker inspirira raziskovalce pri iskanju novih protimikrobnih sredstev. Njegova bistvena prednost je, da je minimalno toksičen za višje organizme, zahvaljujoč posebnemu načinu delovanja na mikroorganizme. Njegov protibakterijski mehanizem temelji namreč na sesutju bakterijske celične stene, ki je brez strukturne primerljivosti v evkariontskih celicah. Odtod tudi netoksičnost penicilina za evkariontske celice. Zdaj na podobnih načelih učinkov na bakterijsko celično steno iščejo nove antibiotske molekule, kot poročajo raziskovalci na HHMI. Eden od encimov, ki sodeluje pri gradnji bakterijske celične stene tako da iz glikolipidne strukture lipida II odvzema sladkorje za gradnjo celične stene je najresnejši kandidat za cilj antibiotika, ki bi s simulacijo lipida II blokiral encimsko funkcijo in s tem onemogočil sestavljanje celične stene.

Tveganje prehlada na letalskih prevozih

Sicer redke epidemiološke študije ugotavljajo, da okoli 20% potnikov v prvem tednu po letalskem prevozu obolijo za akutno respiratorno boleznijo in da spremljevalci na poletih pogosteje zbolevajo za respiratornimi infekcijami kot kontrolna populacija. 

Ob ugotavljanju spektra mikrobnih povzročiteljev je največ infekcij z virusi influence in parainfluence, sledijo adenovirusi, metapnevmovirusi, koronavirusi in rinovirusi. Infekcije z bokavirusi, respiratornimi sincicijskimi virusi ter z legionelami, mikoplazmami in klamidijami so zgolj izjema (po Fleming Forumu).

Metaanaliza v podporo terapije septičnega šoka

Metaanaliza je statistična metoda v kateri uporabimo za vrednotenje zanesljivosti hipoteze primerjavo večjega števila študij na izbrano temo. Nedavna metaanalitična študija (povzemam po Fleming forumu) ugotavlja, da je preživetje pacientov s sepso, ki so prejemali poliklonsko i/v imunoglobulinsko terapijo ugodnejše v primerjavi z bolniki, ki so dobili placebo ali so bili brez take terapije.

A. baumannii v Iraku

Acinetobacter baumannii je patogena bakterija, ki povzroča oportunistične infekcije, pogosto hospitalnega izvora. V zadnjem času poročajo o velikih težavah s tem mikroorganizmov pri ranjencih v Iraku zlasti ko gre za seve, ki so zelo odporni proti številnim antibiotikom. S poglobljenimi študijami genoma tega organizma skušajo predvsem razložiti pomen in oblike prenosa t. i. "otokov patogenosti" med različnimi mikrobnimi skupinami po poti horizontalnega genskega prenosa.

Učinkovito odstranjevanje virusov iz pitne vode

Raziskovalci iz Univerze Delaware so razvili nov, cenen način odstranjevanja nezaželenih mikroorganizmov, vključno z virusi, iz pitne vode. Postopek, ki so ga tudi patentno zaščitili, temelji na postopku filtracije preko zelo reaktivnega elementarnega železa. Tako bi lahko zamenjali današnje načine dezinfekcije vode, pretežno s klornimi pripravki, ki pa lahko zapuščajo v vodi toksične stranske produkte.

V položaju smo, ko po podatkih World Health Organization (WHO) več kot milijarda ljudi nima dostopa do varnih virov pitne vode; posebno zaskrbljujoče je stanje v deželah v razvoju. Vsako leto beležimo štiri milijarde primerov diareje, predvsem pri otrocih in 88% teh primerov je posledica neustreznih vodnih virov ter njihove neustrezne sanitacije.

Učinkovitost predlaganega načina čiščenja dosega tudi 99,999% odstranjevanje virusnih delcev, ki so danes v večini zakonodaj tarča po kateri presojamo učinke čiščenja vode. Postopke je tudi poceni, ob tem pa omogoča celo obdelavo voda, ki se npr. v kmetijstvu uporabljajo pri namakanje polj za pridelavo presnih živil in v predelavi takih živil.

Pišemo v DNA

Ideja je bila v zraku že dolgo. Ne nazadnje, molekuli DNA že od nekdaj pravimo "informacijska molekula". Ampak zdaj so se zadeve lotili konkretneje. Na japonski univerzi Keio so pripravili umetno sekvenco DNA v katero so kodirali sintagmo slavne Einsteinove enačbe "e= mc2 1905!" in to vključili v genom bakterije Bacillus subtilis. In kaj si obetajo od tega: predvsem naj bi s prenosom sekvence skozi mikrobne generacije ohranili informacijo brez časovnih omejitev. Človek se sicer vpraša, kako bodo sekvenco zavarovali pred mutacijami, vendar v bakterijskem svetu najdemo rešitev tudi za to. Spomnimo se samo, kako uspe Deinococcus radiodrurans ohranjati pravopis DNA zaporedja.    

Promocija biologij

V predzadnejm postu citiram tudi Zimmerjev blog. Prav je, da dodam še kakšno besedo o tem zanimivem publicistu. Carl Zimmer je avtor številnih poljudno znanstvenih knjig in pogost pisec popularnih člankov v uglednih revijah za promocijo znanosti kot so The New York Times Magazine, National Geographic, Science, Newsweek, Popular Science in Discover. Večino člankov v polnem besedilu najdete na njegovi spletni strani, kjer boste našli tudi številne druge koristne povezave.   

Celična teorija

Na blogu Migrations boste našli berljiv zgodovinski pregled o nastanku celične teorije. Tudi sicer za celične biologe zelo uporaben blog.

Mikrobi se selijo s človekom

Preučevanje genetske različnosti mikrobnih vrst, ki so bodisi patogene ali so prebivalke živalskih indigenih ekosistemov (primer prebavil) daje zanimivo možnost spremljanja migracij mikroorganizmov in njihov gostiteljev v zgodovini biosfere. Na to pot se je v devetdesteih letih prejšnjega stoletja odpravil Mark Achtman, ko je pričel zbirati seve želodčne parazitske bakterije Helicobacter pylori iz različnih geografskih lokacij (po Zimmerju). S takim pristopom se je namreč mogoče lotiti pojasnjevanja številnih pojavov iz konteksta genealogije mikroorganizmov in njihovih gostiteljev, torej tudi pojavljanje človeških ras in etničnih skupin ter njihovih migracij. Achtmanov nedavni članek v reviji Nature opozarja na primerljivost razhajanja genetske skladnosti pri H. pylori in razširjanja človeške vrste v zadnjih 100.000 letih. Vsi se ne strinjajo z njim in pojasnjujejo vzorce o katerih govori Achtman kot rezultate nedavnih preskokov H. pylori iz živalskih gostiteljev na človeka.

Open Laboratory 2006

Sicer z rahlo zakasnitvijo naj predstavim zanimivo antologijo The Open Laboratory, ki je res luč sveta zagledal že januarja letos. Bora Zivkovic, biolog (konkretneje kronobiolog) iz Univerze Severna Karolina in odmeven bloger, je prireditev The Science Blogging Conference januarja 2007 uporabil kot priložnost za izdajo 50 najboljših blogov iz kategorije t.i. znanstvenih blogov v zanimivem zborniku. Ta je kupljiv tako v elektronski kot papirni obliki. Znanstveni blogi v blogosferi sicer niso izrazito številčna kategorija, postajajo pa vse vplivnejši. Dober promocijski učinek je vsekakor imela omenjena konferenca, ki naj bi postala tudi vsakoletno srečanje. Organizatorji že tudi zbirajo predloge prispevkov za antologijo leta 2007.  V Borovem postu najdete tudi povezave do številnih blogov iz različnih področij znanstvenega snovanja. 

Zgodovinski sprehod

Dovolite, da vas Steven Johnson (sicer tudi avtor knjige The Gost Map) v svojem video predavanju popelje v leto 1854 v čas znanega izbruha kolere v Londonu, ko je duhovnik John Snow dokazal izvor epidemije v vodnih virih in postavil enega od temeljev nadaljnjemu razvoju epidemiologije.

Ob tem boste gotovo boste postali pozorni od kod prihaja informacija; gre za spletni servis TEDTalks, kjer boste lahko našli še množico nič manj zanimivih nastopov uglednih in enkratnih predavateljev našega časa. Mene je najbolj fasciniral Hans Rosling, tudi zaradi izjemne grafične prezentacije, na kateri je zgradil svoj nastop (oglejte si še splet Gapminder). In seveda ne smete zamuditi Richarda Dawkinsa ter številnih drugih (ko boste enkrat na tem spletu, ga boste težko zapustili).

100 in 1 o Zemlji

Res, da je ta spletna stran na Spletu že več let, vendar je še vedno zanimiva in vmes je tudi nekaj dejstev povezanih z mikrobiologijo.  

Blog Moselia Schaechterja

Na vsak način vas moram opozoriti na blog The Small Things Considered - The Microbe Blog, avtorja Moselia Schaechterja.  

Porajajoče se infekcijske bolezni

Pri spletni založbi ameriških CRC (Centri za nadzor in preprečevanje bolezni) je že izšla marčevska številka e-revije "Porajajoče se infekcijske bolezni" (Emerging Infectious Diseases).  

Protipotresne bakterije

Ta trenutek šele v laboratorijskem preskusu, skušajo raziskovalci okoljskega inženirstva na UC iz Davisa talne bakterije Bacillus pasteurii uporabiti za utrjevanje peščenih tal. Predpostavljajo, da bi bakterije lahko z odlaganjem kalcita (Ca karbonata) med peščena zrna te povezale kot cement. Z vbrizgavanjem bakterijske kulture in dodajanjem hranil ter kisika so DeJong in sodelavci uspeli pesek, ki se ob obremenitvi obnaša kot tekočina, povezati v čvrsto gmoto. Princip bi lahko služil za utrjevanje globokih peščenih tal, ki jih zdaj pred gradnjo zgradb zaradi protipotresne zaščite utrjujejo z okolju neprijaznimi kemijskimi sredstvi.

Plavajo "v levo"

Da bi pojasnili učinkovitost naseljevanja epitela sečil, so raziskovalci z univerze Yale, ki so preučevali infekcije sečnih poti z Escherichio coli, morali uporabili tudi znanja iz hidrodinamike. Zanimiva je ugotovitev, da bakterije pri napredovanju z bički v nasprotnem toku tekočine, odklanja od premega gibanja in jih pri gibanju odnaša... v levo.     

GSO za zdravo hrano

Avtor FBAE bloga nam predstavlja disertacijsko delo holandskega raziskovalca Elia Schijlena iz Univerze Amsterdam, ki se je lotil genetskega spreminjanja paradižnika. Povečal je protioksidativne lastnosti plodov s povečanjem vsebnosti flavonoidov, v želji povečati njihov varovalni učinek pa je vključil tudi paradižniku tuje vrste flavonoidov vinske trte in detelje.

Odličen blog

Že kar nekaj časa nazaj je, kar sem bralce opozoril na blog, ki ga vsem naravoslovcem toplo priporočam. To je "The Blog around the Clock". Prizadevno osveževan in vedno zanimiv.

Nature Network

Za predstavitev bo morda dovolj prepričljivo, če posredujem izseček, kako Nature Network opisuje svoje poslanstvo:

"Nature Network spletno mesto za raziskovalce, ki jim omogoča srečevanja, pogovore in spremljanje najnovejših novic in prireditev. Mreža omogoča lokalno in globalno povezovanje in je prosta v dostopu, ponuja forume, predstavlja skupine, omogoča oblikovanje blogov in posreduje delovna mesta."

Blog Glive

Slovenska strokovna blogosfera se je povečala za blog Glive. Kot pravi avtor bodo tarča tega bloga "pogosto spregledani organizmi, ki pa imajo v ekosistemu nepogrešljivo vlogo". "Srečno!" na pot novemu blogu. 

Blog karneval o biotehnologiji

Na Biotech Blogu najdete tokratni (mislim, da je že deveti) blog karneval na temo biotehnologije. In kaj je blog karneval? Preberite si tukaj.

Vedenje, ki bega duha

Mikroskope und Fernrohre verwirren nur den reinen Geist
                                                                   Johann Wolfgang v. Goethe

(Mikroskopi in daljnogledi samo begajo čistost duha.)

Proti hospitalnim infekcijam

Zanimiv nov pristop pri omejevanju bolnišničnih infekcij napovedujejo na University College London Hospital. Preskusili so zaščitno haljo, ki popolneje ovija bolnika, razen tega pa je tkanina kemijsko obdelana in preprečuje razširjanje celo zloglasnih MRSA sevov bakterije  Staphylococcus aureus, ki so odporni proti več različnim antibiotikom.

Koža - mikrobiološki paradiž

Raziskovalci na New York University School of Medicine so v najnovejši raziskavi s pomočjo molekualrnih identifikacijskih metod ugotovili na koži, našem največjem organu, do 182 bakterijskih vrst, od katerih 8% doslej še sploh ni bilo opisanih. Pri tem je diverziteta mikrobne poselitve posameznika izrazita, saj je preko 70% najdenih mikrobnih vrst unikatnih za posamezne preiskovance. Ugotovljeni so bili tudi dodatni vpliv, ki spreminjajo sestavo kožne mikrobne združbe, od spola preiskovanih, vplivov vremena in svetlobe do uporabe kozmetičnih sredstev.   

Do biogoriva tudi z algami

V vsesplošni ihti iskanja alternativnih energentov se zdaj ob etanolu, vodiku, bioplinu, biodizlu pojavljajo še napovedi, da bi za nadomestne energetske vire poskrbele alge. Olja so naravni proizvod alg; s predelavo alg bi lahko pridobili naftnim primerljive energente: bencin, dizelsko gorivo, letalska goriva in surovine za proizvodnjo plastičnih materialov in zdravil. Pri tem bi za rafiniranje surovega vmesnega produkta (angl. pojem "biocrude"), lahko uporabili obstoječe predelovalne kapacitete naftnih rafinerij. Kot nam članek predoči, pa so na voljo tudi še drugačne možnosti, kjer lahko izkoristimo ogljikohidratno komponento biomase alg (zanimivo je prebrati tudi komentarje bralcev k članku).  

WHO obvešča javnost

O bogati vsebini spleta Svetovne zdravstvene organizacije (WHO) ni potrebno izgubljati besede; dovolj je pogledati na indeks spletnih podstrani. Med njimi mi je padla v oči stran Epidemic and Pandemic Alert and Response (EPR), kjer objavljajo aktualna sporočila o razširjanju epidemičnih obolenj; posebno všeč mi je praksa, da skušajo s posebnimi članki tudi izobraževati, zlasti tiste, ki v medijih poročajo o gibanju nalezljivih bolezni. V ozadju je pač spoznanje, da je kvalitetna, argumentirana informacija seveda boljša kot samo informacija.

Informativni dan

Vse srednješolce, ki se odločate za nadaljevanje študija in vas zanima področje ved o življenju vabim, da se udeležite informativnega dneva na BF, kjer vam bomo predstavili tudi ŠTUDIJ MIKROBIOLOGIJE.  Predstavitve bodo v petek, 9. februarja 2007 ob 10. uri in ob 15. uri ter v soboto, 10. februarja 2007 ob 10. uri na Jamnikarjevi 101 v Ljubljani, 2. stavba, pritličje, predavalnica 4 Oddelka za agronomijo. Letos se boste vpisovali že v prenovljene t.i. "bolonjske" programe, zato je morda še pomembneje, da prisluhnete predstavitvam novosti. Nekaj bistvenih informacij o študiju mikrobiologije najdete tudi >tukaj.

Animacije za mikrobiologijo

Pomagal mi je post prof. Dolinarja, da sem našel spletno stran Max Animations z izvrstnimi animacijami za širše področje ved o življenju. Vmes so tudi take, ki bodo gotovo navdušile študente mikrobiologije.

ISAM2007

V organizaciji Katedre za mikrobiologijo in mikrobno biotehnologijo (predstojnik prof. dr. Gorazd Avguštin) bo med 21. in 24. junijem 2007 na Oddelku za zootehniko BF UL potekal 5. mednarodni simpozij anaerobne mikrobiologije ISAM2007. Pokrovitelji simpozija so Federacija evropskih mikrobioloških društev (FEMS), Slovensko mikrobiološko društvo (SMD) in Oddelek za zootehniko BF (OZ BF).

Domači in tuji raziskovalci bodo predstavili najnovejše dosežke iz raziskav mikrobne različnosti, molekularnih, genetskih in biokemijskih značilnosti anaerobnih mikroorganizmov iz prebavil živali in človeka ter drugih anaerobnih okolij, kot tudi možnosti nadzora in spreminjanja mikrobnih združb in aktivnosti v teh okoljih.

Celoten Darwinov opus na spletu

Želim vas opozoriti na tale splet: The Complete Work of Charles Darwin Online. Baje, da je poleg kapitalnih del v različnih izdajah preslikana tudi vsa njegova korespondenca. Izdaja: Univerza v Cambridgeu. Dragoceno!

MicrobeWiki

MicrobeWiki je prosto dostopen wiki o mikrobih in mikrobiologiji, ki ga pripravljajo študenti, pregledujejo pa mikrobiolgi na Kenyon College-u v državi Ohio, ZDA. Pripravljen je v štirih modulih:
Microbial Biorealm: enciklopedija o bakterijah, arhejah in evkariontskih mikrobih;
Viral Biorealm: enciklopedija o virusih;
Microbial World News: novice iz mikrobiologije;
Microbial Mythology: o napakah in sporih v mikrobiologiji.

Bakterije za zasneževanje

Spletna stran Sciencentral News objavlja ugotovitve Virginije Walker iz kanadske Queen's University, da bo z bakterijo, ki jo je odkrila, morda mogoče v prihodnje izboljšati postopke priprave umetnega snega. Če upoštevamo izkušnje z letošnjo zimo, bi bili žičničarji tega najbrž zelo veseli.

H5N1 pri mačkah

Po reviji New Scientist povzemam to novico:
"Ptičja gripa ni izginila. Nedavno odkritje, da je virus ptičje gripe H5N1 močno razširjen med mačkami na različnih koncih Indonezije, opozarja na nevarnost, da bi nevarni virus ob mutaciji veliko lažje ogrozil tudi človeka."

Kot lahko preberemo v CDC članku, naj bi bil virus H5N1 veliko bolj patogen za felide (zool.: družina mačk) kot drugi virusi infleunce. 

Navdušen sem...

Tako kot sem včasih dnevno "skočil" vsaj na Open Access News pa na KeBio3 in Hapax Legomena, kadarkoli sta se pojavila z novim postom, zdaj dnevno nestrpno odpiram tudi Nove biologije, izjemen blog kolege prof. Dolinarja. Naj se mu "črnilo nikoli ne posuši"! Mikrobiologi in vsi drugi zasvojenci z vedami o življenju, obisk velja!     

Znanstveni YouTube

V novi raziskovalni e-reviji, o kateri pišem tudi v LiLoLe, Journal of Visualized Experiment (JoVE), je ena od rubrik namenjena tudi video predstavitvam v mikrobiologiji.

Activia tudi v ZDA

Activia probiotični jogurti so v Evropi dobro uveljavljeni in priljubljeni. Zdaj so si ime naredili tudi v ZDA, kot poroča NewYork Times (za branje njihovih člankov se morate prijaviti, a je registracija brezplačna). Activia je v letu dni, kar je na ameriškem trgu, že iztržila več kot 100 milijonov US$.

Vabilo na iGEM2007

O odmevni zmagi slovenskih študentov na prestižnem tekmovanju iz sintezne biologije iGEM2006 sem pisal >tukaj in >tukaj. Zdaj so se mentorji zmagovalne skupine iz Kemijskega inštituta odločili, da bodo tudi letos oblikovali tekmovalno skupino in vabijo študente iz področij ved o življenju, naravoslovja in tehnike, da se prijavijo na izbor. Vse o vabilu najdete na spletnem naslovu iGEM2006.

Nadležni nahod

Zdaj pozimi pogosto izrečemo stavek, da traja zdravljen nahod štirinajst dni, nezdravljen pa dva tedna. In da taka infekcija praviloma ima svoj konec, skušajo zdaj razkriti raziskovalci v skupini Lun O. Liu-ja na inštitutu Johns Hopkins. In ugotovili so, da ima pri tem pomembno vlogo poseben protein z imenom Carabin, ki ga po vdoru virusa izdelujejo specializirane bele krvničke.

Ko torej ob prehladu virus vdre v gostiteljske celice, si jih podredi tako, da postanejo prave virusne tovarne, ki izdelujejo nove in nove virusne delčke. Na to bele krvničke imunskega sistema sprožajo različne mehanizme za obvladovanje infekcije, s posebnimi snovmi npr. ubijajo okužene celice istočasno pa v funkcijo "prižigajo" tudi različne gene za pomoč obrambi. Ko so Liu in sodelavci ob tem dodajali celicam tudi novoodkrito beljakovino Carabin so ugotovili, da ta v marsičem ustavlja prižiganje delovanja genov, torej omejuje imunski odgovor. Kot bi imeli opravka s časovnim stikalom, ki po določenem času ustavi imunsko odzivanje. In ob tem so ugotovili, da so virusi sprožilci imunskega odgovora pa tudi dejavnik, ki sproža sintezo Carabina. Gre torej za povezan način sprožanja in omejevanja obrambne reakcije. In če je tako, vidijo raziskovalci v Carabinu tudi morebitno možnost za ustavljanje nezaželenih imunskih odgovorov, kot ga srečamo npr. pri zavračanju organskih transplantatov.

Imunska vzpodbuda

Načini delovanja imunskih adjuvansov, snovi, ki v povezavi z antigenom spodbudijo imunski odziv nanj, še vedno niso povsem jasni. Vendarle pa je veliko tega, kar danes vemo o tem, predstavljeno v zares odličnem sestavku izpod peresa Kate Travis, objavljenem v The Scientistu.

Cafe Scientifique

V okviru tradicionalnih prireditev Cafe Scientifique, ki jih organizira slovenski British Council, bomo v torek, 30. januarja ob 18.00 lahko prisluhnili predavanju dr. Mary N. Heneghan iz School of Biological Sciences, Univerza Bristol in dr. Jožeta Brzina iz IJS Ljubljana na temo "Glive, pozabljeno kraljestvo?". Moderator: dr Robert Monro, direktor British Council Slovenia.

DMOZ je zopet aktiven

Kot je bilo že omenjeno tudi drugje v naši blogosferi, je zdaj internetni direktorij DMOZ, ki ga pripravljajo uporabniki spleta in je v zadnjem delu lanskega leta imel težave, zdaj znova funkcionalen. Za mikrobiologijo pomembne naslove najdete >tukaj.

Preskus znanja

Ali bi radi preverili svoje znanje v mikrobiologiji. Lahko si sestavite lasten spisek vprašanj, poljubne dolžine in z različnimi vsebinskimi poudarki. Zelo primerno za utrjevanje samozavesti pred zaresnim izpitom! Splet najdete >tukaj.

Imunska neodzivnost

Že leta si raziskovalci razbijajo glavo, čemu v nekaterih tkivih, ki so v stalnem kontaktu z mikroorganizmi, vendarle ne pride do intenzivenga odziva gostitelja nanje. Tak je npr. prebavni trakt, bogato naseljen z mikrobno združbo, ki pomaga pri razgradnji črevesne vsebine, torej hrane. Prisotni mikrobi bi bili pričakovan izziv za sprožanje imnuskega odziva. Morda so zdaj, tako poroča Science Daily, bliže odgovoru, ko so raziskovalci na Dana-Farber Cancer Institute odkrili vrsto limfnih celic, ki imunskemu sistemu "naročajo" neodzivnost na imunogene signale. Ugotovitev bo lahko zanimivo usmerjala raziskave v boljše razumevanje ekologije prebavnega trakta npr. pri uporabi probiotikov, pomembno pa bi lahko pomagala tudi razjasnitvi dogajanja v avtoimunskem odzivu.

Hitri virusni detektor

Kot lahko preberemo v e-reviji Technology Review so raziskovalci na nizozemski univerzi Twente razvili zelo občutljiv senzorski element, ki bi ga bilo mogoče vgraditi v priročno napravo za hitro ugotavljanje (morda v minutah) prisotnosti virusov, npr. pri izbruhih SARSa ali ptičje gripe.

O bioinformatiki

Tokrat bom segel po nekoliko starejšem zapisu v blogu {bio,medical} informatics iz lanskega 21. junija na temo bioinfomatike. Dober uvod v snov ponuja vodilna misel tega bloga (orig. cit. iz Bioinformatics in the 21st century):

“Bioinformatics will be at the core of biology in the 21st century. In fields ranging from structural biology to genomics to biomedical imaging, ready access to data and analytical tools are fundamentally changing the way investigators in the life sciences conduct research and approach problems. Complex, computationally intensive biological problems are now being addressed and promise to significantly advance our understanding of biology and medicine. No biological discipline will be unaffected by these technological breakthroughs.”

In zdaj tisto kar je pritegnilo mojo pozornost v omenjenem postu. Namreč način, kako okolje, ki se zaveda pomena nekega aktualnega novega področja, vzpodbuja njegov razvoj. Znova gre za citat, tokrat iz revije e-Prerie, ki ga bom skušal prevesti:

"Univerza Illinois iz Chicaga (UIC) je trenutno edina učna ustanova v državi (mišljen je Illinois, op. FVN), ki ima akreditiran učni program v bioinfomatiki. UIC ponuja program bioinfomatike pod imenom BiTmaP v vrednosti 12 kreditnih točk. BiTmaP je javni program, ki ga podpira ameriško ministrstvo za delo (U.S. Department of Labor) v višini $3 milijonov dolarjev kot dotacijo Chicago Technology Park-u. Program so oblikovali z željo zapolniti vrzel med nezaposlenimi ali neustrezno zaposlenimi strokovnjaki v informacijski tehnologiji in živahno razvijajočo se skupnostjo v vedah o življenju."

Nov blog v biologijah

To prijetno in vzpodbudno novico moram hitro razširiti med svojim bralstvom, v kolikor je niste že sami odkrili. Slovensko blogosfero, natančneje slovensko strokovno blogosfero je obogatil nov blog z naslovom Nove biologije. Avtorja mi ni treba predstavljati, najprej ker je že na svojem blogu odločno stopil iz anonimnosti razen tega pa je v strokovnih krogih dobro znan: prof. dr. Marko Dolinar. Njegov blog vas bo tudi napotil do nekaterih virov, ki ga predstavljajo na zanimiv način.

Marko, dobrodošel v blogosferi!

Hitro odkrivanje bakterij

Mikrobiološka analitika si morda lahko kmalu obeta izredno pospešitev odkrivanja bakterij v različnih materialih in v zraku. Postopek bo uporaben npr. za dokazovanje prisotnosti patogenih mikroorganizmov v živilih in za odkrivanje namernega sproščanja bioloških bojnih sredstev. Tehnika z oznako DESI (angl.: Desorption Electrospray Ionization) temelji na masni spektroskopiji, kjer pa ni več potrebna dolgotrajnejša priprava vzorca, ki je sicer značilna za odkrivanje bakterij z masnim spektrometrom in daje rezultat v manj kot minuti. Prof. Graham Cooks iz Univerze Purdue v ameriški zvezni državi Indiana, ki razvija metodo, zagotavlja, da je mogoče ugotoviti bakterijsko prisotnost in pripadnost v nanogramskem velikostnem redu (milijardni del grama) pri čemer je natančnost pri ugotavljanju pripadnosti zagotovljena do ravni mikrobne podvrste. Identifikacija temelji na prepoznavni specifične sestave bakterijskih maščobnih kislin. Za hitro odkrivanje bakterijske kontaminacije na terenu razvijajo tudi majhno, prenosno analitsko napravo.

Odpornost proti BSE

Mednarodni skupini ameriških in japonskih raziskovalcev je uspelo s tehnologijo izbijanja gena odgovornega za proizvodnjo prionskih beljakovin "ustvariti" kravo oz. kar ducat takih živali, ki bi naj bile odporne proti bovini spongiformni encefalopatiji (BSE), (v pogovornem jeziku je bolj znana kot bolezen norih krav). Na dokončno potrditev pričakovanega rezultata bo treba seveda še nekaj časa počakati, vendar prva preveritev z izpostavljanjem možganskega tkiva odpornih živali "slabim" prionom v laboratoriju, daje raziskovalcem prav.

Dawkins znova v ofenzivi

Ker ravnokar prebiram najnovejšo knjigo Richarda Dawkinsa "The God Delusion", sem tudi pobrskal po spletu za podatki o avtorju in za odmevi na knjigo. Veliko tega je najti v različnih povezavah, ki jih ponuja ne najbolj ažuren splet katedre na Univerzi Oxford, kjer Dawkins predava, zato je bolje "stopiti" v spletišče Richarda Dawkinsa, preko katerega lahko nato prebrskate njegov uradni osebni splet Richard Dawkins.net, ali pa skočite na splet njegove Fundacije za razum in znanost. Zlasti na osebnem spletu boste v arhivu našli števile video klipe z zanimivimi predavanji na teme evolucijske biologije, sebičnega gena, etike in ateizma.

Knjiga The God Delusion je seveda sprožila številne odmeve v javnosti, zlasti med gnostiki in agnostiki in morda so odzivi za spoznanje živahnejši kot na nekatere njegove prejšnje knjige. Slišati je, da knjigo že prevajajo v slovenščino, čeprav je seveda zaradi njegove briljantne zgovornosti tudi branje v angleščini enkraten doživljaj in izziv. R. Dawkins je vendarle v vrhu najbolj branih živečih avtorjev znanstvene publicistike.

FDA: O.K. za živila iz kloniranih živali

Po portalu Med Over Net povzemam tole novico: Ameriška Administracija za nadzor nad hrano in zdravili (FDA), zvezna agencija, ki je zadolžena za varnost izdelkov, ki pridejo na trg, bo v kratkem sprejela pomembno odločitev o tem, ali se bosta mleko in meso kloniranih živali znašla na ameriških mizah: >več o tem.

Vpliv ehinaceje na črevesni mikrobni ekosistem

Rastlinski ekstrakt iz ameriškega slamnika - ehinaceje (Echinacea purpurea), ki je v uporabi za zdravljenje prehladnih obolenj, delovanje pa naj bi bilo povezano z vzpodbujanjem imunskega odziva, naj bi imel vpliv tudi na mikrobno poselitev prebavnega trakta. Raziskovalca iz Univerze Arkansas, J.C. Foote in L. Hill, sta ugotovila povečanje mikrobnega števila v prebavilih odraslih zdravih oseb po desetdnevnem jemanju rastlinskega ekstrakta ehinaceje. V svojem raziskovalnem poročilu, ki je izšlo v reviji Journal of Clinical Pharmacy and Therapeutics, raziskovalca opozarjata na potrebo po obsežnejših raziskavah o učinkih tega pojava, saj sta ugotovila pomik tudi v skupini mikrooorganizmov, ki imajo lahko neugodne učinke v prebavilih.