Kaj skriva Twitterjeva značka #microbiome

Študija v reviji Gut razkriva prve znake, da so morda bakterijski proteinski signali povezani s Chronovo boleznijo, kar ponuja nove poti v molekularni diagnostiki.

Če bomo upoštevali, da povsod z nami sobivajo in da nas po številu lastnosti in učinkov močno presegajo mikoorganizmi našega bivalnega okolja, ga bomo morda poslej znali učinkoviteje načrtovati za naše potrebe. Od izbire gradbenih materialov, do načrtovanja ogrevalnih in ventilaciskih sistemov do spremembe bivanjskih navad in higienskih normativov, kot to predstavlja prispevek v reviji Wired.

Odlična video predstavitev dogajanja v imunski obrambi črevesne sluznice v povezavi s kronično vnetno črevesno boleznijo iz revije Nature Immunology.

V obsežnem pregledu podatkov iz 15 samostojnih študij izstopa podatek o močni povezavi med rojstvom s carskim rezom in povečanim BMI, povečano težo in debelostjo v odrasli dobi. Ker število carskih rezov v svetu narašča je vredno odkriti razloge tega pojava, ki bi med drugim lahko imel vzrok tudi v različnem mikrobiomu pri vaginalnem ali pri rojstvu s carskim rezom.

Med desetimi najbolj izpostavljenimi tehnologijami, ki bodo oblikovale prihodnost najdemo tudi terapevtike, ki temeljijo na humanem mikrobiomu.

Nekaj novičk z geslom “mikrobiom”

V okviru OpenBiome nastaja v ZDA prva banka črevesne vsebine, ki bo oskrbovala bolnišnice z nadzorovano črevesno mikrobioto za zdravljenje pacientov okuženih z bakterijo Clostridium difficile. Ameriška afencija FDA pripravlja standarde za uporabi tega specifičnega biološkega zdravila (t.i. fekalnega transplantata).

Obsežnejšo razpravo o dilemah fekalne transplantacije in priprave fekalnih transplantatov (ali naj se obravnavajo kot “zdravilo” ali kot “organ”)  ponuja članek izpod peresa M.B. Smitha in sod. v reviji Nature.

Že nekaj časa vemo, da prehranska sestava vpliva na sestavo črevesne mikrobne združbe, ki pomembno sodeluje v prebavi. Novejše raziskave odkrivajo, da je prilagajanje prebavne mikrobiote precej hitro. Razvojno je seveda, zlasti ob spreminjajoči ponudbi in skromni oskrbi s hrano bilo za človeka ugodno, če se je mikrobna združba hitro prilagodila in tako pospešeno zagotavljala dober izkoristek hranil.

Suzuki in Woobey sta želela preučiti vpliv geografske lokacije na sestavo črevesne mikrobne flore. Ugotavljata pozitivno korelacijo pri predstavniki Firmicutes in negativno korelacijo pri predstavnikih skupine Bacteroidetes in zemljepisno širino. To je v skladu s t. i. Bergmanovim pravilom, po katerem naj bi se človek prilagodil na hladnejši klimat s povečanim indeksom telesne mase. Pri človeku naj bi bila namreč debelost povezana s porastom firmikutov in zmanjšanjem števila bakteroidet v črevesu.

Wiley Online Library je pripravila zbirko odprtodostopnih člankov iz letnika 2013 njihove revije Neurogastroenterology & Motility, ki obdelujejo tematiko prebavnega mikrobioma.

OD revija MicrobiologyOpen v ISI ocenjevanju

Revija MicrobiologyOpen, ki jo izdaja založnik Wiley in je namenjena objavljanju odprtodostopnih (OD) prispevkov je uvrščena v ocenjevanje vpliva po ISI lestvicah. S tem je seveda postala še bolj zanimiva za vse avtorje, ki morajo med razlogi za izbiro revije upoštevati tudi vrednotenje za karierne potrebe, kot to določajo npr. kriteriji naše agencije ARRS, želijo pa objavljati v OD. Revija MicrobiologyOpen objavlja vrhunske prispevke v vseh področjih mikrobiološke znanosti, zagotavlja hitro objavo in omogoča odprtodostopno licenco CC BY.

6. Slovenski mikrobiološki kongres, 2014

Kot kaže se nam v septembru letos obeta na Bledu 6. Slovenski mikrobiološki kongres, skoraj na mesec natančno po 21 letih od prvega kongresa, ki smo ga imeli med 24. in 27. septembrom 1993 prav tako na Bledu. Sledili so: 2. kongres SMD 1998 v Portorožu med 27. in 30. septembrom 1998; pod okriljem 1. kongresa FEMS  v Ljubljani med 29. junijem in 3. julijem leta 2003 je tekel tudi 3. kongres SMD. Nato smo imeli 4. kongres SMD z mednarodno udeležbo v Portorožu med 19. in 22. novembrom 2008 in sledila je skupna prireditev Slovenskega biokemijskega društva (9. kongres) in Slovenskega mikrobiološkega društva (5. kongres) 12. do 15. oktober leta 2011 v Mariboru.  

Predavanje

Iz SMD sporočajo:

VABILO NA PREDAVANJE
Dr. Magdalena Krzymowska: Molekularni dialog med iznajdljivima nasprotnikoma: rastlino  in patogeno bakterijo."

Nacionalni inštitut za biologijo
Biološko središče v Ljubljani,
sreda, 5. 2. 2014, ob 15.00

Rak kolona in mikrobiom

Vincent Racaniello in njegova tokratna sodelavca (M. Schmidt in M. Swanson) skušajo na portalu s podkasti TWiN (This Week in Microbiology)  v tem tednu z več prispevki razložiti kako mikrobiom prebavil uravnava tumorigenezo v debelem črevesu in kako  mikrobni presnovek butirat sodeluje pri delovanju makrofagov v prebavilih. 

Nekaj minut za boljši strokovni jezik

Vabim vas prebiranju kritičnega zapisa in k sodelovanju s komentarji.

Predavanje 20. jan. 2014

Predaval bo:
Profesor dr. Kevin Foster
“Cooperation and competition in microbial communities”
Department of Zoology, 
University of Oxford, UK

Predavanje bo v ponedeljek, 20. 1. 2014 ob 9:00h
v predavalnici B5, Biološko središče, Večna pot 111, Biotehniška fakulteta, UL

Povezava na Fosterjev laboratorij, kjer dobite dodatne informacije o njegovem raziskovalnem delu: http://zoo-kfoster.zoo.ox.ac.uk/
Vabi  prof. dr. Mandić-Mulec, Katedra za mikrobiologijo - Biotehniška fakulteta  in SMD. 

2014 – naj izpolni pričakovanja!

Moja blogarija na Mikrob(io)logu ni bila zelo obilna v preteklem letu. Začelo se je sicer zelo obetavno, z najavo nove izdaje Slovenskega mikrobiološkega slovarja na portalu Termania. Ta zdaj že učinkovito deluje. Kar pogrešam, je vključitev uporabnikov v njegovo dopolnjevanje. Hvaležen bi bil za vsak namig za bogatenje mikrobiološke terminologije ali pa seveda za kritiko obstoječega. Za ta namen je na voljo poseben MISLO blog, kjer lahko s komentarji sodelujete pri delu terminološke komisije Slovenskega mikrobiološkega društva. Kasneje v letu sem na blogu obvestil tudi o novem slovarskem portalu ASPlus firme AMEBIS, ki vključuje tudi uporabo našega slovarja.

Na blogu sem se kar nekajkrat ustavil pri tematiki, ki je tudi sicer v sodobni mikrobiološki literaturi zelo prisotna. Namreč obravnava človekovega mikrobioma; tak je bil zapis Mikrobiom in diabetes, pa zapisi Tisoč milijard celic, EdYoung o mikrobiomu  (>1   in >2), Enteromamarno vzpostavljanje dojenčkovega mikrobioma?  in Mikrobi iz ust vpleteni v karcinogenezo?. Sicer sem nekaj vsebin posvetil virusom (>1, >2, >3, >4, >5 in >6) in pa seveda moji priljubljeni temi -  vakcinaciji (>1, >2, >3).

Ob koncu leta seveda nisem mogel mimo osrednjega dogodka slovenske akademske mikrobiologije, 20. obletnice študija mikrobiologije na UL (>1, >2). Upam samo, da bomo lahko materiale iz Zbornika kmalu imeli tudi v spletni obliki, kar organizatorji Akademije obljubljajo.

Vse dobro voščim

Spoštovani bralci,

želim vam in vašim domačim prijazen praznični čas, v novem letu

pa veliko zdravja in osebnega zadovoljstva,

bloger Franc

Mikroorganizmi za kmetijstvo

Poročilo "How Microbes can Help Feed the World", ki ga je pripravila Ameriška mikrobiološka akademija (American Academy of Microbiology) se loteva najaktualnejših vprašanj povezanosti mikroorganizmov in kmetijske dejavnosti. Čemu so rastlinam potrebni mikrobi, katere mikroorganizme potrebujejo in kakšne so pravzaprav interakcije in kakšen je že naš obseg znanja o tem? In seveda, kako to znanje lahko pomaga prehraniti svet?

Ed Young o mikrobiomu

Ed Young je zame eden najbolj vznemirljivih pripovedovalcev napetih zgodb iz znanosti, eden najboljših popularizatorjev znanja. Nekateri ga najbrž že poznate iz njegovega bloga Not Exactly Rocket Science. V podkastu, ki ga najdemo na BBCjevem portalu se je Ed Young (navdušeno kot zmeraj) lotil mikrobioma.

Mikrobiologija 1993 - 2013

Ko boste brskali po knjigi Mikrobiologija za znanje in napredek, ki jo je BF izdala ob 20. obletnici univerzitetnega študija mikrobiologije boste naleteli tudi na podatek, da je med letoma 1993 in 2012 na študiju diplomiralo 524 diplomiranih mikrobiologov in da jih je med njimi 145 doktoriralo. Vsekakor izjemen podatek in potrditev kvalitete tega študijskega programa.

Nikoli izpeta zgodba o avtizmu in vakcinaciji

Z razširjanjem medijskega prostora, pri tem mislim predvsem na njegov virtualni del, v katerega vstopa vse več neprofesionalnih posredovalcev novic se seveda povečuje nevarnost vnosa nekvalitetnih vsebin. In ne samo to, kot v samoobrambni reakciji se lahko zgodi, da se tudi uveljavljeni mediji ujamejo v zanko promocije za vsako ceno in naredijo napako, ko tudi sami ne preverijo dovolj verodostojnosti virov. O tem zanimivo pripovedujejo sogovorniki na podkastu Micropod, kjer obnavljajo zdaj res že klasično (pri čemer pa ne rečem, da ni vedno znova aktualna) zgodbo, ko je zdravnik Wakefield skušal naprtiti krivdo za nastanek avtizma cepljenju otrok.

20 let študija mikrobiologije na UL

Letos mineva dvajset let, kar je bil na Biotehniški fakulteti Univerze v Ljubljani ustanovljen nov, medoodelčni visokošolski  študij mikrobiologije. 5. decembra, v Tednu Univerze v Ljubljani, bo na Biotehniški fakulteti temu dogodku posvečena celodnevna Akademija, več o dogodku najdete ne tem naslovu. 

Umrl je Frederick Sanger

Med novicami iz sveta znanosti danes najbolj odmeva sporočilo, da je včeraj v starosti 95 let umrl dr. Fred Sanger, doslej prvi prejemnik dveh Nobelovih nagrad v kemiji. Prvo je leta 1985 prejel za določitev aminokislinskega zaporedja v govejem insulinu, drugo skupaj z W. Gilbertom in P. Bergom leta 1980, za razvoj sekveniranja DNK po t.i. Sangerjevi metodi.

Za arXive zdaj še bioRxiv

Po vzoru zelo popularnega arhiva za objave e-predodtisov (preprintov) znanstvenih prispevkov v fizikalnih in nekaterih drugih vedah arXiv, ki ga gosti Univerza Cornell je zdaj oblikovan tudi arhiv za odlaganje e-člankov v bioloških vedah, bioRxiv, ki je našel zatočišče na serverjih Laboratorija Cold Spring Harbor (CHSL), kot to najavljajo v svojih novicah PhysOrg.

Arhiv bo sprejemal neobjavljene predodtisne prispevke, ki jim bodo avtorji določili disciplinarno pripadnost (dvajset in več: med drugim biokemije, bioinformatike, imunologije, mikrobiologije…) vedam o življenju, z izjemo (pred)kliničnih študij, označili pa naj bi tudi ali gre za Nove rezultate, Potrjevalne rezultate ali  Protislovne rezultate.

Pred objavo arhiv člankov ne bo ocenjeval z vrstniško oceno (peer review) in jih tudi ne posebej oblikoval, pregledali pa bodo korektnost zapisa in ocenili ev. neznanstvenost vsebine. Objava ne pomeni nikakršne podpore ali ocene s strani bioRxiva, omogočila pa bo avtorju, da bo pridobil pomemben odziv bralcev za kasnejšo pripravo članka za objavo.

Kongresi IUMS 2014

Mednarodna zveza mikrobioloških društev/zvez – IUMS, objavlja razpis kongresov Zveze IUMS 2014: XIV^th International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology; XIV^th International Congress of Mycology in XVI^th International Congress of Virology, ki bodo v kanadskem Montrealu od 27. julija do 1. avgusta  2014.

Genomski podatki v odprtem dostopu

Revija Science v svoji rubriki ScienceInsider predstavlja nov britanski Personal Genome Project, ki bo temeljil na odprti dostopnosti podatkov.  Tako genomskih podatkov kot zdravstvenih podatkov prostovoljcev, ki so se pripravljeni vključiti v projekt. V prvem letu bi vključili 50 kandidatov, kasneje želijo projekt razširiti na 100.000 udeležencev. Projekt ima veliko paralel s projektom, ki ga je leta 2005 pričel George Church na Univerzi Harvard. Church se je zavedal pomislekov, ki jih imajo posamezniki zlasti pri javni objavi svojih zdravstvenih podatkov, vendar jih je opozoril, da je ob današnjih tehnoloških možnostih pretoka informacij tako in tako nemogoče zagotoviti anonimnost. Zato je ponudil možnost obdelave genomskih in zdravstvenih podatkov prostovoljcem, ki dajo na razpolago podatke brez zagotovila  anonimnosti, v projektu pa jim pokrijejo  strošek sekvenciranja genoma. Kljub temu, da si Church ne postavlja posebnih ciljev o obsegu zajetih udeležencev pa je vesel, ker se ideja širi tudi že v druge države; podobni projekti delujejo danes v Kanadi, Nemčiji in J. Koreji.

Konferenca o aspergilozi.

Hartley Taylor Medical Communications Ltd. organizira 6. mednarodno konferenco o aspergilozi - 6th Advances Against Aspergillosis conference – v Madridu med 27. februarjem in 1. marcem 2014.