Občni zbor SMD

 

Spoštovane članice in člani SMD,

vabimo vas na redni letni občni zbor Slovenskega mikrobiološkega društva, ki bo 31. marca 2015 ob 17.00 uri v Izoli na Fakulteti za vede o zdravju, Univerza na Primorskem, Polje 42 (bolnišnica Izola, levi trakt, 3. nadstropje, predavalnica 4). Vabilo z dnevnim redom najdete v pripeti datoteki.

V okviru občnega zbora bo tudi predavanje prof. Carla V. Bruschi in prof. Valentine Tosato z naslovom: »Genome engineering through chromosome KO and BIT translocation in yeast model cells: biomedical and biotechnological outcomes”. Kratki povzetek predavanja s CV-jem obeh predavateljev si lahko preberete v pripeti datoteki.

Vabljeni!

Predavanje na NIB

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja: Primerjalna in funkcionalna genomika rastlinskih patogenih bakterij –fitoplazem, ki ga bo predstavila

dr. Martina Šeruga Musić, Univerza v Zagrebu, Fakulteta za znanost, Oddelek za biologijo, Hrvaška

Predavanje bo v četrtek, 2. aprila 2015 ob 12.00 uri v predavalnici B5 v Biološkem središču, Večna pot 111, Ljubljana.

Nov primer Ebole v Liberiji

Potem ko so od zadnjega zaključenega primera ebole 5. marca v Liberiji pričeli odštevati 42 dni do preklica obolenja v državi, so v petek diagnosticirali nov primer bolezni. Izbruh je toliko bolj zagaten, ker ga ne morejo povezati s preteklimi primeri in bolnica tudi ni potovala v sosednje države, kjer bolezen še traja. Liberija je med zahodnoafriškimi državami, kjer že več kot leto dni pustoši ebola, plačala s 4.200 žrtvami največji davek tej bolezni.  

Odpornost proti antibiotikom -10 najpogostejših groženj

Vse več patogenih bakterijskih vrst postaja odpornih proti antibiotikom (OpA) in v najhujšem primeru proti različnim skupinam antibiotikov (t.i. multipla OpA). Med desetimi najpogosteje omenjanimi vrstami najdemo: Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus (MRSA), Mycobacterium tuberculosis, Neisseria gonorrhoeae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Clostridium difficile, Streptococcus pyogenes in Burkholderia cepacia.

Simpozij ISAM 2015

Organizacijski odbor ISAM2015 obvešča, da bo od 25. - 27. junija 2015 v Portorožu (Grand hotel Bernardin) potekal mednarodni simpozij iz anaerobne mikrobiologije (ISAM2015).

Več informacij lahko zainteresirani najdete na spletni strani prireditve.

Mikrobiologija zidanega okolja

Jonathan Eisen je v zapisu na blogu microBEnet zbral povezave do odprtih spletnih učnih vsebin, ki obdelujejo mikrobiologijo človekovega pozidanega okolja (poskus prevoda iz angl.: Built Environment).

Sicer pa, če vas mika poiskati odprte učne vsebine še iz kakšnega drugega področja si lahko pomagate z MITjevim iskalnikom.  

Darwinov dan.

Danes po svetu praznujemo Darwinov dan!  Datum njegovega rojstnega dne se je ponovil že 206 krat.

Zdaj še GRO.

Če smo se že navadili na kratico GSO (genetsko spremenjen organizem), tako smo namreč prilagodili angleško kratico GMO (genetically modified organism), bomo zdaj morali v naš jezikovni repertoar dodati še kratico GRO. Kar naj bi bila okrajšava za “genetsko rekodirani organizem”; Angleži so temu namreč nadeli ime “genetically recoded organism – GRO”. Raziskovalci iz Harvarda in Yalea so razvili bakterijo, ki ne more preživeti zunaj zelo kontroliranega okolja, torej ne more preživati pobega v naravno okolje. To ji daje atribut “okoljsko varnega GSO”, razen tega pa tako prirejenim industrijskim mikroorganizmom zagotavlja večjo odpornost npr. proti virusnim okužbam. Skrivnost leži v spremenjenem genetskem kodu bakterije, ki ji omogoča oz. jo celo obvezuje na uporabo sintetične aminokisline, ki je sicer v naravi ne najdemo.  

Mikrobna gorivna celica

Norveškim raziskovalcem je uspelo ukrotiti bakterije za pogon gorivne celice. Za prehrano bakterij uporabljajo odplake iz mlekarske industrije, postopek torej vodo čisti, vzporedna korist pa je pridobljena električna energije. V končnem cilju naj bi v procesu čiščenja odpadne vode skušali pridobiti dovolj energije za njegovo vzdrževanje.

Nov (prelomni?) antibiotik

Zadnjih nekaj tednov je v medijih veliko navdušenih poročil o odkritju novega antibiotika teixobactina. Gre za antibiotik, ki  pomeni tudi najdbo predstavnika nove protimikrobne skupine, kar se ni zgodilo že več kot desetletje. Posebno obetavno je upanje, da mikroorganizmi proti novemu antibiotiku težko, če sploh ustvarjajo odpornost. A da sam ne modrujem preveč, naj svetujem povezavo, ki prinaša kar nekaj zanimivosti, povezanih z novo učinkovino.       

Kam gredo raziskave mikrobioma?

V preglednem članku “Where Next for Microbiome Research?” v januarski številki revije PLOS Biology nam enajst avtorjev predstavi kako vidijo nadaljevanje raziskav človekovega mikrobioma(ov).

Kot pravi Gene Tyson bomo kmalu bomo vstopili v obdobje, ko "bo število populacijskih genomov, deponiranih v javnih bazah podatkov prekosilo tiste iz izolatov in posameznih celic". Vsi avtorji, navedeni v nadaljevanju, opozarjajo da se bo težišče premaknilo od opisovanja sestave mikrobnih združb k osvetlitvi načel, ki določajo njihovo sestavo, dinamiko in funkcije. Kako bo mogoče odkrivati ta načela? Elhanan Borenstein predlaga pristop, ki bi temeljil na sistemski biologiji, zlasti po poti razvoja matematičnih in računalniških modelov interakcije med sestavnimi deli posameznih združb, ki bodo ključnega pomena za razumevanje delovanja in dinamike microbiomov. Evolucijska biologa Howard Ochman in Andrew Moeller želita razvozlati, kako se mikrobni sklopi razvijajo, vendar nas opozarjata, da upoštevamo tudi vlogo mikrobnih združb v evoluciji organizmov in si dovolita razburljivo napoved, da bodo mikrobi vpleteni tudi v pojasnjevanje evolucije eusocialnosti in sodelovanja. Brett Finlay poudarja potrebo po razvozlavanju osnov mehanizmov - posebej kemičnih/metabolnih signalov - za interakcije med člani mikrobnih združb in z njihovimi gostitelji. Poudarja, kako bo to znanje omogočilo ustvarjanje novih orodij za manipulacijo mikrobiote, kar je ključni izziv nadaljnjih raziskav. Heidi Kong spodbuja k razkritju mehanizmov, na katerih temelji povezanost med posameznimi površinami kože, motnjami na njih ter njihovo mikrobioto. Jeffrey Gordon omenja več zanimivih možnosti kot tudi izzivov, ko manipulacija črevesne mikrobiote predstavlja izboljšanje človeške prehrane in zdravja. Končno Karen Nelson, Karim Dabbagh in Hamilton Smith predlagajo, kako nam uporaba sintetičnih genomov s katerimi bi ustvarili nove mikroorganizme in celo sintetične mikrobiome ponuja nov način spreminjanja mikrobiote. Na splošno bi morale prihodnje raziskave mikrobioma, kar zadeva molekule in mehanizme, ki sodelujejo v interakcijah med člani mikrobnih združb in njihovih gostiteljev privesti do odkritja vznemirljive nove biologije in transformativnega zdravljenja.

Mikrobiološki večeri v Hiši eksperimentov

Slovensko mikrobiološko društvo organizira v sodelovanju s Hišo eksperimentov predavanje dr. Tine Eleršek “To ni packarija, to so alge”.

Predavanje bo v četrtek, 29.1.2015, ob 19.00 v Hiši eksperimentov (Trubarjeva cesta 39, Ljubljana). 

Štipendija SMD za mlade mikrobiologe

Zelo razveseljiva in obetavna ponudba prihaja iz Slovenskega mikrobiološkega društva:

Slovensko mikrobiološko društvo podeljuje dve štipendiji mladim mikrobiologom za udeležbo na konferenci »International Conference for Young Scientists: Hot Topics in Microbiology“

Konferenco organizira Češkoslovaško mikrobiološko društvo v sodelovanju z mikrobiološkimi društvi iz Slovenije, Hrvaške in Madžarske in bo potekala od 23.04. do 26.04.2015 v Štrbské Pleso, High Tatras, Slovaška.  Rok za prijavo in oddajo prispevkov je 15. februar 2015, dodatne informacije so na voljo na spletni strani kongresa  http://htmicro.sk/ . Dodeljena bo štipendija v višini stroškov kotizacije kongresa (400 EUR).  

Pogoji za dodelitev štipendije mlademu mikrobiologu:

• kandidat je član Slovenskega mikrobiološkega društva in ima poravnane članske obveznosti, 
• ni starejši od 36 let, 
• ima sprejet prispevek na konferenci v obliki kratkega predavanja in je prvi avtor prispevka (odločitev organizatorjev o izboru prispevkov bo znana do 28.02.2015)  ni prejemnik FEMS štipendije za udeležbo na tej konferenci.

Za dodelitev štipendije se prijavite z življenjepisom in priloženim izvlečkom prijavljenega prispevka ter s strani organizatorja izdanim dokazilom o sprejetem prispevku v obliki kratkega predavanja. Prijavo z oznako na ovojnici »Za dodelitev štipendije HTMicro2015« pošljite najkasneje do 09. marca 2015 (datum oddaje na pošti) na naslov: Slovensko mikrobiološko društvo Jamnikarjeva 101 1000 Ljubljana  ali v elektronski obliki na naslov smd@smd.si .

V kolikor bosta na razpis prispela več kot dva ustrezna prispevka (sprejet prispevek za kratko predavanje), bo upravni odbor SMD izmed prispelih prijav izbral za štipendiranje le dva kandidata.

Zn. svet. dr. MATJAŽ OCEPEK, predsednik SMD

Srečno 2015!

Veliko uspehov vam želim v prihajajočem letu, a za doseganje tega cilja ne žrtvujte osebnega miru in zdravja.

Zimmerjevo leto

Carl Zimmer je eden mojih najljubših avtorjev popularne znanosti. V zadnjem letošnjem zapisu na svojem blogu The Loom nam je nanizal svoje letošnje prispevke in predavanja s povezavami.

Strokovna srečanja mikrobiologov v januarju 2015

Iz spleta prevzemam napoved strokovnih prireditev v januarju 2015, pomembnih za mikrobiološko stroko:

January 11 - 14, 2015   Natural Products Discovery and Development in the Post Genomic Era, San Diego, CA, USA  
Further information: SIMB Society for Industrial Microbiology and Biotechnology. In light of the rapid progress and growing interest in this area, the Society for Industrial Microbiology and Biotechnology, The Korean Society for Microbiology and Biotechnology, and The Society for Actinomycetes Japan are jointly sponsoring a new international meeting on Natural Products Discovery and Development in the Post Genomic Era.

January 11 - 16, 2015   Precision Genome Engineering and Synthetic Biology: Designing Genomes and Pathways; Big Sky, MT, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 11 - 16, 2015   The Biological Code of Cell Signaling: A Tribute to Tony Pawson, Steamboat Springs, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 11 - 16, 2015   Viral Immunity, Breckenridge, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 14 - 14, 2015   SFAM Winter Meeting, London, UK  
Further information: SFAM Society for Applied Microbiology.

January 17 - 18, 2015   Immunology of Fungal Infections: Identifying the Common Beneficial Host-Pathogen Interaction, Galveston, TX, USA  
Further information: Gordon Research Seminar.

January 18 - 23, 2015   Genomics and Clinical Microbiology, Cambridge, UK  
Further information: Wellcome Trust. Advanced Course. Training in the latest laboratory techniques and data-analysis tools for PhD students, postdocs and clinicians.

January 18 - 23, 2015   Immunology of Fungal Infections: Basic Mechanisms and Translational Implications, Galveston, TX, USA  
Further information: Gordon Research Conference.

January 19 - 20, 2015   The Microbiome Forum Asia, Kuala Lumpur, Malaysia  
Further information: Global Engage Conference. The latest academic and industry research will explore the human microbiome.

January 20 - 25, 2015   Immunity to Veterinary Pathogens: Informing Vaccine Development, Keystone, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 21 - 22, 2015   Pharmaceutical Microbiology conference, London, UK  
Further information: Explores key issues in data review and analysis, contamination control strategies, strategies for low endotoxin recovery and best practice in sterile and non-sterile manufacture.

January 22 - 23, 2015   Flow Chemistry, India, Mumbai, India  
Further information: This meeting is dedicated to the integration of flow chemistry into everyday practice throughout the world by delivering the latest knowledge and making it available for the entire chemistry community.

January 22 - 23, 2015   Microfluidics and Lab on a Chip,  India, Mumbai, India  
Further information: The program will consist of moderated sessions and engaging an expert panel on research themes at the core of Microfluidics and Lab-on-a-Chip technology.

January 22 - 27, 2015   Host Response in Tuberculosis, Santa Fe, NM, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 24 - 25, 2015   Physical Virology: The Expanding Interface of Viral Characterization and Engineering Application, Ventura, CA, USA  
Further information: Gordon Research Seminar.

January 25 - 30, 2015   Epigenetics and Cancer, Keystone, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 25 - 30, 2015   Physical Virology: Integrating Global Significance with Atomic Level Understanding, Ventura, CA, USA  
Further information: Gordon Research Conference.

January 26 - 30, 2015   Laboratory Diagnosis of Human Parasitic Infections, Leiden, The Netherlands  
Further information: ESCMID Course

January 26 - 30, 2015   Working with the Human Genome Sequence,
Blantyre, Malawi  
Further information: Wellcome Trust. Advanced Course. Training in the latest laboratory techniques and data-analysis tools for PhD students, postdocs and clinicians.

January 27 - 28, 2015   Diagnostics and Biomarkers: Online Event
Online conference,  
Further information: Using a pioneering new platform especially developed for scientific events, this conference will be broadcast to your PC or mobile device on 27th -28th January 2015.

January 28 - 30, 2015   Genomic Medicine for Clinicians, Cambridge, UK  
Further information: Wellcome Trust. Workshops and Summer Schools. Intensive, interactive discussion and hands-on training.

January 30 - 30, 2015   BIA Workshop in Infectious Diseases: 8th HIV Dilemmas Conference, Manchester , UK  
Further information: Mixture of challenging cases are drawn from real life, all presented by experts using interactive key pad voting throughout. For anyone involved in diagnosis and treatment of infection in HIV patients.

January 30 - February 1, 2015   4th UK RNA Splicing Meeting, Cumbria, UK  
Further information: Biochemical Society conference.

Mikrobiologija v družbenih omrežjih.

Ta povezava na Webicino bo najbrž všeč vsem ljubiteljem družbenih omrežij med mikrobiologi. Zbrane so povezave do novic, blogov, podkastov, mrež, tviterjev, wikijev, video strani, mobilnih aplikacij, iskalnih orodij, prezentacij in drugih virov, ki so povezane z mikrobiologijo. Dobrodošli bodo zlasti komentarji z dodatnimi koristnimi povezavami!

Epidemiološko kartiranje

Skupina Spatial Ecology and Epidemiology Group na Department of Zoology Univerze v Oxfordu (Vel. Britanija) se ukvarja s projekti kartiranja nekaterih infektivnih bolezni in njihovih vektorjev. Podatke objavljajo odprtodostopno preko spletnega portala GitHub. Pri tem zajemajo podatke iz različnih bibliografskih virov (npr. PubMed), vključujejo podatke iz sodelav ali pa iz sorodnih internetnih virov zdravstvenega nadzora kot je npr. HealthMap oz. kot je primer nadzora lokacije bolezenskega vektorja v Malaria Atlas Project.

Knjiga, ki navdušuje

Konec leta je tudi priložnost, ko se marsikje poklonijo popularnim in uglednim sodržavljanom. Nemci to počno npr. s prireditvijo Menschen 2014 – Ljudje 2014 (ki pravkar teče na programu ZDF). Med letošnje Nemke/Nemce 2014  se je uvrstila tudi mladenka Giulia Enders. Mesto si je zaslužila  kot avtorica letos najbolje prodajane knjige na nemškem trgu. Prodanih je bilo 800.000 izvodov knjige z naslovom Darm mit Charme – Črevo s šarmom. Giulia je nadebudna študentka medicine, ki jo je med medicinskimi temami prevzelo dogajanje v naših prebavilih. Z delom je pravzprav postavila prijazen spomenik sožitju človeka z njegovo mikrobno združbo v prebavnem traktu. Delo odlikujeta zelo popularna pripoved, ki jo učinkovito dopolnjujejo simpatične risane ilustracije. Kot nalašč (in seveda ne gre za slučaj) je trenutno preučevanje človekove mikrobne združbe, t.i. projekt mikrobiom (Human Microbiome Project) med najbolj vročimi raziskovalnimi temami v naravoslovju.  

Mikrobiom v blogu

Zdaj že tretje leto lahko spremljamo vesti o prebavnem mikrobnem okolju na blogu Gut Microbiota Worldwatch. Spletno stran pripravljajo pri European Society of Neurogastroenterology and Motility (ESNM) in je namenjena objavljanju aktualnih vesti o prebavnem mikrobiomu za najširšo javnosti ter medije. Od nedavna je stran na voljo v treh jezikih, poleg angleščine tudi v francoščini in španščini.  ESNM sicer pripravlja tudi spletišče Gut Microbiota for Health, ki pa je namenjeno strokovni javnosti za strokovne razprave na temo prebavne mikrobne združbe. 

Vabilo na strokovno srečanje BioBosh

Prenašam vabilo:

Vabljeni na dogodek BioBash, ki se bo odvil 4. decembra 2014 ob 18h v prostorih Fakultete za računalništvo in informatiko na Večni poti 113 v Ljubljani.

Namen BioBash dogodkov je medsebojno povezovanje strokovnjakov s področij ved o življenju, bioinformatikov, matematikov, računalničarjev ter vseh, ki jih zanima obdelava bioloških podatkov. S tovrstnimi srečanji želimo spodbujati diskusijo in izmenjavo znanj na področju bioinformatike – hitro razvijajoče se vede, ki zahteva močno interdisciplinarno sodelovanje.

Osrednja tema dogodka bo “Uporabniška izkušnja v bioinformatiki / User Experience in Bioinformatics”. Kakšna bioinformatična orodja so danes na voljo raziskovalcem? Zakaj je nekatera lažje uporabljati od drugih? Zakaj nekateri bioinformatiki pri svojem delu raje uporabo ukazne vrstico od grafičnih vmesnikov? Je učenje dela z ukazno vrstico res tako težavno? Odgovore na takšna in podobna vprašanja bomo skupaj iskali tekom dogodka. Prisluhnili boste lahko trem predavateljem, sodelovali na interaktivnem kvizu in prisluhnili debati na okrogli mizi. Srečanje bomo sklenili z neformalnim druženjem.

Na predavateljski oder bodo stopili:
prof. dr. Blaž Zupan – vodja Laboratorija za bioinformatiko na Fakulteti za računalništvo in informatiko UL,
Alenka Šmid – raziskovalka na Fakulteti za farmacijo UL,
dr. Sabina Berne in Kristina Marton – raziskovalki na Biotehniški fakulteti UL.

Vse novice v povezavi z dogodkom bomo objavili na FB strani
http://goo.gl/dzPNaC
Dogodek je brezplačen, a vas zaradi boljše organizacije vljudno naprošamo, da svojo udeležbo potrdite prek portala Eventbrite na naslovu  http://goo.gl/3Gcaj4

Prijazen pozdrav
Ekipa Genialis

Predavanje

Prenašam vabilo na predavanje:

V organizaciji Mednarodnega zdravstvenega foruma ZF UL bo potekalo dne 26.11.2014 ob 11.00 uri v predavalnici 118 Zdravstvene fakultete vabljeno predavanje z naslovom:
When bacteria adhere to a surface there is more to it than counting numbers
Predaval bo prof. dr. Henk J. Busscher, University Medical Centre Groningen, Groningen, Netherlands
Predavanje bo v potekalo v angleškem jeziku. Vabilo najdete tukaj.

Vljudno vabljeni!

Prof. dr. Polonca Trebše, l.r.
Prodekanja za kakovost in mednarodno sodelovanje

Odkod poimenovanja genov

Ali ste se že kdaj vprašali kako dobijo geni svoja imena, kratke veččrkovne oznake? Odkod so imena kot MAPK1 ali EGFR. Kratek prispevek v NY Timesu pojasni skrivnost kovanja the oznak. 

Predavanje SMD

Vljudno vabljeni na predavanje “Natural variation in the social soil bacterium Myxococcus xanthus”. Predaval bo dr. Michiel Vos, v četrtek, 13. 11. 2014 ob 10:00h v predavalnici B1, Biološko središče, Večna pot 111, Biotehniška fakulteta, UL.

Definicija prokarionta

Morda je res čas, da se znova zamislimo nad ustreznostjo definicije “prokarionta”. O tem smiselno razpravlja N. Nanninga v Schaechterjevem blogu.

Predavanje Bitka z mikrobi

Znanost na cesti vabi na predavanje prof. dr. Davida Stoparja Bitka z mikrobi.

Sproti o eboli

Zelo aktualno poroča o eboli v posebnem spletnem časniku Ebola Virus Outbreak agencija NBC News.

Zdravilne učinkovine povezane z mikrobiomom

Skupina raziskovalcev pod vodstvom Michaela Fischbacha iz kalifornijske univerze v San Franciscu odkriva biosintetske produkte bakterij človeškega mikrobioma z antibiotskim učinkom. Bakterijski izločki mikrobioma bi morda v prihodnje lahko služili tudi kot zdravilne učinkovine za različne druge namene (kot nevrotransmiterji, imunski regulatorji…), kot je Fischbach povedal v pogovoru za revijo Economist.

Pomoč ameriške vojske v katastrofi z Ebolo v Z. Afriki

Vznemiri me vsaka napoved uporabe vojaške sile pri urejanju česarkoli, vendar me tokratna napoved angažiranja ameriških vojakov v borbi proti Eboli navdaja z globoko simpatijo. Prepričan sem, da je bistveni cilj posega urejanje kaotičnih razmer v prizadetem področju, kjer so lokalni oblastni dejavniki popolnoma izgubili nadzor nad širjenjem te strahotne bolezni. Ker spremlja akcijo tudi zajetna finančna pomoč, pridobiva dogajanje po daljšem času bolj optimističen videz. Napovedi npr. evropske agencije ECDC so bile namreč izrazito črnoglede in samo upati je mogoče, da bodo odločni in koncertirani posegi v organizacijo in infrastrukturo zdravstveno humanitarne kampanje zagotovili čimprejšnji ugoden preobrat.   

O eboli v Science

Tudi v revijalni hiši Science so se odločili, da bodo novice in znanstvene prispevke, ki obdelujejo problematiko ebole sprostili v prost dostop na posebni spletni strani. 

Ebola raziskave na Flipboardu

OA založba PLoS se je odločila, da bo ponudila vse prispevke iz svojega korpusa objav na temo Ebole v posebni izdaji Flipboarda z imenom PLOS Ebola Collection. S to potezo želi izboljšati pretok informacij o tej aktualni in akutni zdravstveni grožnji, ki pretresa svet. Podoben namen ima tudi njihova promocija posebne novičarske strani za hitro obveščanje PLOS Currents Outbreaks.

O mlečnokislinskih bakterijah

O lastnostih mlečnokislinskih bakterij, o njihovem pomenu v mikrobiomu gostiteljev in o njihovi uporabi v klasičnih biotehnoloških rešitvah si lahko preberete v 12 prispevkih, ki so s povezavami dosegljivi v BioMed Central blogu.   

Mikrobiologija v družbenih medijih

Splet Webicine nam je pripravil zelo uporaben zbir spletnih vsebin za mikrobiologijo v družbenih medijih: novic, blogov, podkastov, forumov, twiterjev, wikijev, video portalov, mobilnih aplikacij, iskalnikov, predstavitvenih aplikacij in drugih virov.

Je Ebola tudi v DR Kongo

V današnjih zapisih na blogu H5N1 se kopičijo podatki o izbruhu nalezljivega obolenja s številnimi smrtnimi izidi v Demokratični republiki Kongo. Na voljo naj bi bili tudi že prvi pozitivni izvidi, da je posredi virus Ebole. Izvor naj bi ne bil vezan na prenos iz Zap. Afrike, ampak naj bi se ljudje okužili lokalno z zaužitjem opičjega mesa (t.i. bush meat).  

Mikrobiom in obnašanje

Avtor C. Zimmer nam v prispodobi pripiše vlogo marionete, ki jo upravljajo mikroorganizmi našega mikrobioma. Sodobne molekularne tehnike prepoznavanja mikrobne identitete so omogočile intenzivno preučevanje mikrobnih združb, tistih, ki naseljujejo naše navzven odprte organe ter tistih, ki jih nosimo na površini telesa. Ugotovitve zadnjega desetletja, ki se kopičijo s skoraj modno ihtavostji so pripeljale do presenetljivih ugotovitev. Tako v pomembnih nalogah sodelovanja mikroorganizmov pri prebavi, pri zagotavljanju učinkovitih obrambnih mehanizmov proti patogenim organizmov pa vse do najbolj presenetljivih podmen o vplivu mikroorganizmov mikrobioma na obnašanje gostitelja tako v odzivih na okoljske vplive in z vplivom na njegove prehranske navade. Raziskave  na poskusnih živalih kažejo, da je mogoče z mikroorganizmi razložiti celo vplive na socialno sobivanje. To brez dvoma pomeni bistvene prednosti za gostitelja, prav tako pa tudi za njegovo mikrobno združbo. Raziskovalci se radi poigravajo z načrti, da če mikroorganizmi manipulirajo nas, potem moramo najti poti, da bomo zmogli tudi mi manipulirati njih.   

Listerija na Danskem

Na Danskem pa tudi drugod po Evropi je precej zaskrbljenosti povzročila vest o okužbah z listerijo (bakterija Listeria monocytogenes), ki naj bi svoj izvor imele v klobasah iz prašičjega mesa in naj bi v zadnjem letu zahtevale že 12 življenj. Nekaj osnovnih informacij o povzročitelju in bolezni si lahko preberete tukaj, kjer je sicer zgodba vezana na primere listerioze v ZDA, povezane z zauživanjem koščičastega sadja. 

Odličen intervju v Dnevniku o eboli

V današnjem Dnevniku najdete odličen intervju s prof. dr. Tatjano Avšič-Županc o eboli in naši pripravljenosti na ev. nevarnost vnosa te bolezni (bojim se, da članek na spletu ni odprtodostopen, uporabniki Piana pa ga lahko preberejo).

Sicer pa lahko prisluhnete izčrpnejšemu pogovoru o eboli v oddaji na Intelekti

Aktualne vesti o Eboli.

Trenutno je blog H5N1 spletna stran, ki najizčrpneje in najobširneje poroča o tragičnem dogajanju v zahodni Afriki, kjer skušajo omejiti širjenje mrzlice Ebola.  Po podatkih WHO je do 1. avgusta umrlo že 887 od skupno 1.603 obolelih.

Zdaj se pojavljajo tudi že prva poročila o eksperimentalni možnosti seroterapije Ebole, ki je kot kaže bilo uporabljena tudi pri obeh obolelih, ki ju zdravijo na ameriških tleh.

PS.: NBC News objavlja v posebni prilogi Ebola virus outbreak tekoče novice o dogajanju.  

Prevoz bolnikov z Ebolo v ZDA

Mikrobiologe, zlasti še medicinske mikrobiologe in tudi epidemiologe trenutno najbolj zaposluje izbruh vročice Ebola v državah zahodne Afrike. Zaradi možnosti intenzivnejšega zdravljenja so se ameriške zdravstvene oblasti odločile, da ta trenutek dva pacienta pod posebno strogim režimom prevoza in nato oskrbe iz Liberije prepeljejo v ZDA v univerzitetno klinično bolnišnico Emory. Vrhunske strokovne kapacitete v ZDA zagotavljajo, da je rešitev povsem brez nevarnosti za prebivalstvo, saj gre za preverjen scenarij ravnanja z boleznimi najvišje stopnje rizika.

PS.: gotovo si želite več podatkov o tej bolezni; splošno vedenje ponuja ta zapis, o trenutnem stanju pa poroča CNN.   

Dejavniki vpliva BioMed Central mikrobioloških revij

Hiša Thomson Reuters (ISI) je objavila nove dejavnike vpliva (Impact Factors – IF). Odprtodostopni revijalni ponudnik BioMed Central ima zdaj med ocenjenimi že kar lepo število svojih revij. In poglejmo si, kako so se odrezale njihove mikrobiološke in biotehnološke  revije:

AIDS Research and Therapy 1,84

Annals of Clinical Microbiology and Antimicrobials 1,51

Biological Research 1,04

Biotechnology for Biofuels 6,22

BMC Bioinformatics 2,67

BMC Biotechnology 2,59

BMC Infectious Diseases 2,56

BMC Microbiology 2,98

Gut Pathogens 2,07

Immunity and Aging 2,32

Malaria Journal 3,49

Microbial Cell Factories 4,25

Parasites & Vectors 3,25

Retrovirology 4,77

Veterinary Research 3,38

Virology Journal 2,09

Znova o Eboli

Dr. A. J. Cann je na svojem blogu MicrobiologyBytes zbral 7 aktualnih skupin podatkov o Eboli virusu, ki jih neposredno kopiram (upam, da mi avtor ne bo zameril, ker sem si tako poenostavil ta zapis):

WHO Ebola virus factsheet

Structure of Ebola virus

How to make a vaccine against Ebola virus (Like this)

Why some Ebola virus strains are more virulent than others

Ebola virus entry requires a cholesterol transporter

Discovery of an Ebolavirus-like virus in Europe

Ebola has lots of sneaky ways of avoiding the immune system

Ta trenutek poročajo mediji o 729 žrtvah, ob neobvladani bolezni v trenutno štirih državah zahodne Afrike seveda ta številka še zdaleč ni končna. 

Chikungunya v ZDA

Ameriške epidemiologe je letos presenetil pojav obolenja Chikungunya (beri: čikungunja), ki je sicer obolenje znano v tropskih območjih Afrike in ga prenašajo komarji. Javljajo o dveh primerih na Floridi in širjenje tudi v Karibe. Bolezen prenašajo med drugimi tudi tigrasti komarji Aedes albopictus, ki se v zadnjih letih v povečani meri širijo tudi pri nas. Znani so kot prenašalci različnih virusnih obolenj kot so mrzlica zahodnega Nila, denga, rumena mrzlica in zgoraj omenjena čikungunja. V Sloveniji teh nalezljivih bolezni k sreči (še) ni, čeprav so lani virus zahodnega Nila dokazali v krvi bolnika, ki je prebolel prehladno obolenje. Za tigrastega komarja je značilno, da je samica (pikajo kot pri avtohtonih komarjih samo te) nadelžna predvsem preko dneva, pik pa pušča močno rdečino in srbečico. Več o komarjih, ki se razmnožujejo v stoječih vodah, imenujejo jih zato tudi kontejnerski komarji, lahko preberete tukaj. Prav zaradi značilne ekologije razmnoževanja komarjev je treba pri omejevanju nadloge, ki jo predstavljajo komarji, preprečevati zastajanje vode npr. v lužah pa v odpadni embalaži zlasti so znane kot kotišče komarjev odvržene avtomobilske pnevmatike.  

Populariziranje znanosti

Razširjanju znanstvenih dognanj v javnosti je namenjen portal PUBLISCIZE. Vključite se lahko kot raziskovalec, ki želi širiti svoja spoznanja, kot organizacija, ko to želi v širšem kontekstu ali kot znanstveni navdušenec, ki želi spremljati aktualna sporočila.

Dodaten poziv k previdnosti

Dr. Marc Lipsitch je profesor epidemiologije in direktor Centra za dinamiko kužnih bolezni na Harvard School of Public Health. Ti podatki so nedvomno reference, ki dajejo še dodatno težo  njegovemu nedavnemu prispevku v New York Timesu, kjer opozarja na grožnje, ki prihajajo lahko tudi iz svetovnih raziskovalnih ustanov. Grožnje zaradi nevarnosti razširjanja kužnih bolezni iz laboratorijev. Celo najuglednejši niso varni pred napakami, kot je bilo predstavljeno tudi že na tem blogu >tukaj in >tukaj.

V podporo svaril, ki prihajajo iz različnih virov je N.Y. Times nedavno objavil še nov dokaz malomarnega ravnanja z najnevarnejšimi mikroorganizmi. V laboratoriju Nacionalnih institutov za zdravje (National Institutes of Health) v Bethesdi so našli epruvete z oznako, da vsebujejo virus črnih koz, kar je kasneje potrdila preiskava v CDC. Zadeva je toliko resnejša, ker gre za vrsto patogenega dejavnika, ki ga, potem ko so bile črne koze kot bolezen v svetu iztrebljena, smejo nadzorovano hraniti zgolj v dveh svetovnih laboratorijih, v ZDA in v Rusiji.        

Dogodki v CDC opozarjajo

Ob nedavnem varnostnem spodrsljaju v ameriških CDC laboratorijih, ki sem ga že omenil, zdaj mediji poročajo o nadaljnjih nerodnostnih v tej vrhunski in referenčni instituciji v preteklih letih. Poročila naj ne bi sprožala preplaha, bodo pa gotovo dobro navodilo za vse podobne ustanove pri preverjanju njihovih lastnih praks.

Ebola ne odjenja

Tokratni izbruh ebole postaja največji v beleženi zgodovini te bolezni, poroča v najnovejšem sporočilu ameriška zvezni institut CDC. Potem ko so bili 21. marca letos javljeni prvi primeri bolezni v Gvineji se je nekaj jasneje pojavila bolezen še v sosednji Liberiji in potem še v državi Sierra Leone. Na dan 18. junija je reagistriranih 528 primerov z 337 smrtnimi izidi, kar pomeni 64% smrtnost. Doslej največji izbruh je bil v letih 2000 in 2001 v Ugandi z 425 primeri in 53% smrtnostjo. WHO je zaradi resnosti položja tokrat že tudi zaprosila za pomoč organizacije, ki imajo ekspertizo in kadrovske kapacitete, da podprejo lokalne oblasti pri koordinaciji ukrepov. Velika problema sta dolgo zadrževanje virusa v preživelih in načini oskrbovanja umrlih pri lokalnih obpogrebnih navadah. Ena od neznank tokratnega izbruha je njegov izvor; kaže, da so primarni vir rastlinojedi netopirji, kasneje pa se seveda bolezen prenaša ob nezaščitenem stiku s telesnimi tekočinami obolelih.

Nesreča nikoli ne počiva

Mediji so nas presenetili z nenavadno vestjo o nesreči, ko je bilo pred dnevi v CDC laboratorijih v Atlanti (ZDA) 75 raziskovalcev izpostavljenih potencialni okužbi z živimi bakterijami Bacillus anthracis.  Nesreča naj bi se zgodila ob prenosu bakterij iz laboratorija z visoko zaščitno stopnjo v laboratorij z nižjo varnostno stopnjo, pri čemer pa mikrobne celice niso bile ustrezno inaktivirane. Vse sodelavce, ki so bili potencialno ogroženi, so zaščitili z antibiotikom in z antraksovo vakcino. 

Rokovanje in zdravje…

Naletel sem na zanimiv zapis, v katerem avtor predstavi razmislek čemu bi se naj v zdravstvenih ustanovah ljudje izogibali rokovanja. Res je, da je nudenje roke star civilizacijski običaj, ko s ponujeno neoboroženo roko želimo zbuditi zaupanje pri tujcu oz. obiskovalcu. Rokovanje je s časom nadgradilo miroljubni pomen še z dobronamernostjo. Ta gib brez dvoma vsebuje pomirljivo konotacijo, s katero prav zdravnik pri pacientu izzove zaupanje in mu na nek način tudi posreduje občutenje sočutja. In vendar je prav koncentracija patogenih dejavnikov v okolju zdravstvenih ustanov dovolj tehten argument, da je izogibanje rokovanju vendarle izbira manjšega zla proti riziku, ki so mu ljudje v tem okolju izpostavljeni. Prenos infekta z rokami je pač ena najpogostejših oblik njegovega razširjanja.           

Ko je pri cepilni zaščiti javno pred zasebnim…

Z užitkom sem prebral zapis Jennifer A. Anyaegbunam na blogu KevinMD.com. Navdušilo me je zavedanje poslanstva nekoga, ki je, kot sama navaja, še študentka medicine pa je kot kaže že v stiku s pacienti in jim pogumno skuša pomagati pri odločanju za vakcinalno zaščito. Posebno pozorno in pravzaprav s presenečenjem sem prebral tudi povezan komentar dopisnika LAT Michaela Hiltzicka, cit.: “The lesson of all this is that vaccination is not an individual choice to be made by a parent for his or her own offspring. It’s a public health issue, because the diseases contracted by unvaccinated children are a threat to the community”,  ko pogumno postavi javni interes pred zasebnega in ostro napade protivakcinalne aktiviste, ki jim daje hrbet relativno liberalna praksa vakcinalne zaščite v ZDA.

Novorojenčki se ne rodijo sterilni

Skozi celotno 20. stoletje je veljalo, skoraj kot dogma, prepričanje, da se novorojenčki rojevajo sterilni. Da jih naselijo prvi mikroorganizmi šele pri prehodu skozi porodni kanal in seveda kasneje, ob stiku s širnim svetom. Carl Zimmer nam zdaj na svoj značilni poljudni način predstavi razvoj povsem drugačnega razmišljanja v svojem članku v NYT.

Sprašujem pa se, ali bomo zdaj morali revidirati rezultate številnih raziskav na brezkličnih živalih iz prejšnjega stoletja, ki so bile osnova t.i. reje gnotobiotskih preskusnih živali.

S spletom na kongresu ASM v Bostonu

Na FB spletni strani Microbeworld lahko spremljate video pogovore o težiščnih temah na letošnjem kongresu Ameriškega mikrobiološkega društva v Bostonu.

Osebni genomski projekt (PGP) raste

Ameriški osebni genomski projekt (Personal Genome Project – PGP) uspešno raste, kot lahko preberemo v NYT. Potem ko je leta 2005 pričel z 10 udeleženci (med njimi so bile tudi znane osebnosti) jih je danes vključenih že 3.360. V projekt želijo vključiti 100.000 prostovoljcev. Njihovi podatki: genetski, mikrobiomski, zdravstveni in drugi bi bili javno dostopni, seveda ob zakriti identiteti.

Cepljenje je tudi za odrasle

40.000 ljudi umre letno v ZDA zaradi bolezni, proti katerim se bi lahko zaščitili s cepljenjem, nam pove kratek prispevek na strani Ameriškega društva za mikrobiologijo – ASM. Ne bi govoril v tem trenutku o razlogu, ki je gotovo močan in je posledica nerazumnega aktivizma proticepilcev. Dobršen del razlogov je še vedno vezan tudi na neznanje, ker ljudem manjkajo odgovori na nekatera ključna vprašanja:

• Kaj so cepiva in kako delujejo?
• Čemu se morajo cepiti tudi odrasli?
• Kako cepljenje odraslih pripomore k zdravju naših otrok?
• Ali so cepiva varna in kako to vemo?

Na omenjeni spletni strani si lahko ogledate poročilo Adult Vaccines – A Grown Up Thing to Do, kjer najdete odgovore na ta vprašanja.

CDC portal s podkasti

Včasih kakšnemu tekstu raje prisluhnem, kot ga preberem. Posebno koristni pa so posnetki govorjenega teksta, kadar nam je branje oteženo npr. na potovanju, ob neugodnih svetlobnih razmerah ali ob ne premočnem a motečem hrupu v okolju. Takrat so dobrodošli govorjeni teksti, ki jih najdemo v različnih podkastih. Tak koristen naslov za podkaste o zdravstvenem varstvu najdete na CDC spletu na njihovi strani Podcasts at CDC. Nekaj prav koristnih posnetkov sem našel tam. 

Kaj je mikrobiom že prinesel?

Naj se lotim razmišljanja o mikrobiomu, predvsem o njegovi komponenti v prebavilih, bolj pragmatično; deloma zato, ker celotnega biokemijskega ozadja presnovne fiziologije ne obvladam dovolj, da bi ga lahko uporabljal v argumentaciji, na drugi strani pa pogrešam v razpravah na trenutni ravni znanja premalo posluha za splošno evolucijsko presojo fenomena. Tudi v luči vpliva prehranskih vzorcev naših prednikov. Je pa nekaj točk, kjer se že z današnjo ravnijo znanja o mikrobiom(u)ih lahko okoristimo, celo ukrepamo. Zlasti ker je vloga mikrobioma v evoluciji vseh simbiontsko odvisnih organizmov (takšna pa so pravzaprav vsa organizemska občestva) nedvomna. Prepričan sem, da je odhod novorojenčka iz startnega bloka na njegov življenjski kros nujno potrebno podpreti s čim kvalitetnejšim mikrobiomom. Na današnji ravni znanja velja, da je najboljši mikrobni vcepek tisti, ki mu je zagotovljen s strani matere ob klasičnem porodu, nato pa v nadaljevanju z dojenjem, jutri pa bo to morda že determiniran farmacevtski pripravek. Druga, dovolj realna uporabnost novih znanj je uveljavitev spremembe doktrine pri uporabi antibiotikov in podpora antibiotske terapije s pro/preobiotično spremljevalno terapijo, čeprav je ta cilj bolj vprašljiv, saj že ima karakteristike poseganja v »black box«. Tretja domena uporabnih rešitev je vključevanje pro/prebiotskih pripravkov v zdravljenje disbiotičnih stanj (naj omenim samo obetavne rezultate s fekalnimi transplantati). Tu, kot v prejšnji kazuistiki, je v dragoceno pomoč mogoče vključiti mikrobno profiliranje črevesne vsebine, ki je v svetu že marsikje del diagnostične palete (http://www.gdx.net/product/10150). Četrta pa je danes zelo popularno, empirično prilagajanje prehranskih modelov, kjer je seveda black box riziko še toliko večji. Značilen primer razhajanja v pristopu je soočanje različnih modelov od »low carb«, preko vegetarijanskih do veganskih diet. Vse te seveda imajo učinek, saj je dokazljivo mogoče s prehranjevanjem spreminjati mikrobiom, celo relativno hitro, vendar končne napovedi učinkov na meta nivoju, vključno s sicer zelo zanimivimi, a vendarle vprašljivimi fenomeni na »gut-brain axis« so neprepričljive. Razne zelo fiksirane prehranske »promikrobiomske« sheme so še vse premalo podprte s statistično analitiko.

Vedno poudarjam, da me navdušuje intenzivnost raziskovanja mikrobioma, vendar moramo zaradi izkušenj pri podobnih »hype« projektih vključiti varovalke. Najprej, da se ne povampirijo različni »zaslužkarji« saj tudi znanost ni cepljenja proti tej nevarnosti. Nato, da ne nastane na tej točki nekritično »verovanje«, ki nujno potem pripelje do različnih prerokov, ti pa lahko naredijo dobri nameri veliko škodo. Zlasti v ZDA so npr. na tem področju zacveteli številni projekti; nič ni hudega da so konkurenčni, saj konkurenčnost izčiščuje, vendar projekti niso vedno enako kvalitetno preverjeni v tezah. Zaradi tega pa bo zopet lahko, ob delnih polomijah, ki bodo nujna posledica, trpela sama osnovna ideja. Težava pri vseh genomskih projektih je, da so neenakomerno podprti z metodološkim znanjem. Tak je npr. problem s človeškim genomom ter uvajanjem njegove rabe v personalno medicino in nekaj podobnega lahko pričakujemo v njegovem nadaljevanju, v mikrobiomskem projektu. Izjemno hitro razvijajoče tehnike sekveniranja so navrgle ogromne količine podatkov, ni pa še na voljo dovolj kvalitetnih metod za obdelavo teh »big data« podatkovnih baz, ki bi zadovoljivo odgovorile na bistvena vprašanja »vzrok – posledica«.

Izbruh ebole v R. Gvineji

Pri izbruhu hemoragične mrzlice v Republiki Gvineji (nekdanji francoski Gvineji) naj bi po potrditvah francoskega laboratorija iz Lyona šlo za ebolo. Prvi primeri bolezni naj bi bili registrirani 9. februarja. Po obvestilih gvinejskih oblasti naj bi doslej  v prefekturah Gueckedou in Macenta zbolelo 89 ljudi, umrlo pa jih je 59. Na pomoč je priskočila tujina, predvsem iz skupine Zdravnikov brez meja, ki je na področje poslala ekipo 24 zdravnikov in drugega zdravstvenega osebja. Pojavil se je že sum, da so se pojavili primeri tudi že v sosednji Republiki Siera Leone zaradi tesne povezanosti obeh gospodarstev. Bolezen je izjemno kužna in zanjo je značilna velika smrtnost, ki lahko presega 80% obolelih.

Kaj skriva Twitterjeva značka #microbiome

Študija v reviji Gut razkriva prve znake, da so morda bakterijski proteinski signali povezani s Chronovo boleznijo, kar ponuja nove poti v molekularni diagnostiki.

Če bomo upoštevali, da povsod z nami sobivajo in da nas po številu lastnosti in učinkov močno presegajo mikoorganizmi našega bivalnega okolja, ga bomo morda poslej znali učinkoviteje načrtovati za naše potrebe. Od izbire gradbenih materialov, do načrtovanja ogrevalnih in ventilaciskih sistemov do spremembe bivanjskih navad in higienskih normativov, kot to predstavlja prispevek v reviji Wired.

Odlična video predstavitev dogajanja v imunski obrambi črevesne sluznice v povezavi s kronično vnetno črevesno boleznijo iz revije Nature Immunology.

V obsežnem pregledu podatkov iz 15 samostojnih študij izstopa podatek o močni povezavi med rojstvom s carskim rezom in povečanim BMI, povečano težo in debelostjo v odrasli dobi. Ker število carskih rezov v svetu narašča je vredno odkriti razloge tega pojava, ki bi med drugim lahko imel vzrok tudi v različnem mikrobiomu pri vaginalnem ali pri rojstvu s carskim rezom.

Med desetimi najbolj izpostavljenimi tehnologijami, ki bodo oblikovale prihodnost najdemo tudi terapevtike, ki temeljijo na humanem mikrobiomu.

Nekaj novičk z geslom “mikrobiom”

V okviru OpenBiome nastaja v ZDA prva banka črevesne vsebine, ki bo oskrbovala bolnišnice z nadzorovano črevesno mikrobioto za zdravljenje pacientov okuženih z bakterijo Clostridium difficile. Ameriška afencija FDA pripravlja standarde za uporabi tega specifičnega biološkega zdravila (t.i. fekalnega transplantata).

Obsežnejšo razpravo o dilemah fekalne transplantacije in priprave fekalnih transplantatov (ali naj se obravnavajo kot “zdravilo” ali kot “organ”)  ponuja članek izpod peresa M.B. Smitha in sod. v reviji Nature.

Že nekaj časa vemo, da prehranska sestava vpliva na sestavo črevesne mikrobne združbe, ki pomembno sodeluje v prebavi. Novejše raziskave odkrivajo, da je prilagajanje prebavne mikrobiote precej hitro. Razvojno je seveda, zlasti ob spreminjajoči ponudbi in skromni oskrbi s hrano bilo za človeka ugodno, če se je mikrobna združba hitro prilagodila in tako pospešeno zagotavljala dober izkoristek hranil.

Suzuki in Woobey sta želela preučiti vpliv geografske lokacije na sestavo črevesne mikrobne flore. Ugotavljata pozitivno korelacijo pri predstavniki Firmicutes in negativno korelacijo pri predstavnikih skupine Bacteroidetes in zemljepisno širino. To je v skladu s t. i. Bergmanovim pravilom, po katerem naj bi se človek prilagodil na hladnejši klimat s povečanim indeksom telesne mase. Pri človeku naj bi bila namreč debelost povezana s porastom firmikutov in zmanjšanjem števila bakteroidet v črevesu.

Wiley Online Library je pripravila zbirko odprtodostopnih člankov iz letnika 2013 njihove revije Neurogastroenterology & Motility, ki obdelujejo tematiko prebavnega mikrobioma.

OD revija MicrobiologyOpen v ISI ocenjevanju

Revija MicrobiologyOpen, ki jo izdaja založnik Wiley in je namenjena objavljanju odprtodostopnih (OD) prispevkov je uvrščena v ocenjevanje vpliva po ISI lestvicah. S tem je seveda postala še bolj zanimiva za vse avtorje, ki morajo med razlogi za izbiro revije upoštevati tudi vrednotenje za karierne potrebe, kot to določajo npr. kriteriji naše agencije ARRS, želijo pa objavljati v OD. Revija MicrobiologyOpen objavlja vrhunske prispevke v vseh področjih mikrobiološke znanosti, zagotavlja hitro objavo in omogoča odprtodostopno licenco CC BY.

6. Slovenski mikrobiološki kongres, 2014

Kot kaže se nam v septembru letos obeta na Bledu 6. Slovenski mikrobiološki kongres, skoraj na mesec natančno po 21 letih od prvega kongresa, ki smo ga imeli med 24. in 27. septembrom 1993 prav tako na Bledu. Sledili so: 2. kongres SMD 1998 v Portorožu med 27. in 30. septembrom 1998; pod okriljem 1. kongresa FEMS  v Ljubljani med 29. junijem in 3. julijem leta 2003 je tekel tudi 3. kongres SMD. Nato smo imeli 4. kongres SMD z mednarodno udeležbo v Portorožu med 19. in 22. novembrom 2008 in sledila je skupna prireditev Slovenskega biokemijskega društva (9. kongres) in Slovenskega mikrobiološkega društva (5. kongres) 12. do 15. oktober leta 2011 v Mariboru.  

Predavanje

Iz SMD sporočajo:

VABILO NA PREDAVANJE
Dr. Magdalena Krzymowska: Molekularni dialog med iznajdljivima nasprotnikoma: rastlino  in patogeno bakterijo."

Nacionalni inštitut za biologijo
Biološko središče v Ljubljani,
sreda, 5. 2. 2014, ob 15.00

Rak kolona in mikrobiom

Vincent Racaniello in njegova tokratna sodelavca (M. Schmidt in M. Swanson) skušajo na portalu s podkasti TWiN (This Week in Microbiology)  v tem tednu z več prispevki razložiti kako mikrobiom prebavil uravnava tumorigenezo v debelem črevesu in kako  mikrobni presnovek butirat sodeluje pri delovanju makrofagov v prebavilih. 

Nekaj minut za boljši strokovni jezik

Vabim vas prebiranju kritičnega zapisa in k sodelovanju s komentarji.

Predavanje 20. jan. 2014

Predaval bo:
Profesor dr. Kevin Foster
“Cooperation and competition in microbial communities”
Department of Zoology, 
University of Oxford, UK

Predavanje bo v ponedeljek, 20. 1. 2014 ob 9:00h
v predavalnici B5, Biološko središče, Večna pot 111, Biotehniška fakulteta, UL

Povezava na Fosterjev laboratorij, kjer dobite dodatne informacije o njegovem raziskovalnem delu: http://zoo-kfoster.zoo.ox.ac.uk/
Vabi  prof. dr. Mandić-Mulec, Katedra za mikrobiologijo - Biotehniška fakulteta  in SMD. 

2014 – naj izpolni pričakovanja!

Moja blogarija na Mikrob(io)logu ni bila zelo obilna v preteklem letu. Začelo se je sicer zelo obetavno, z najavo nove izdaje Slovenskega mikrobiološkega slovarja na portalu Termania. Ta zdaj že učinkovito deluje. Kar pogrešam, je vključitev uporabnikov v njegovo dopolnjevanje. Hvaležen bi bil za vsak namig za bogatenje mikrobiološke terminologije ali pa seveda za kritiko obstoječega. Za ta namen je na voljo poseben MISLO blog, kjer lahko s komentarji sodelujete pri delu terminološke komisije Slovenskega mikrobiološkega društva. Kasneje v letu sem na blogu obvestil tudi o novem slovarskem portalu ASPlus firme AMEBIS, ki vključuje tudi uporabo našega slovarja.

Na blogu sem se kar nekajkrat ustavil pri tematiki, ki je tudi sicer v sodobni mikrobiološki literaturi zelo prisotna. Namreč obravnava človekovega mikrobioma; tak je bil zapis Mikrobiom in diabetes, pa zapisi Tisoč milijard celic, EdYoung o mikrobiomu  (>1   in >2), Enteromamarno vzpostavljanje dojenčkovega mikrobioma?  in Mikrobi iz ust vpleteni v karcinogenezo?. Sicer sem nekaj vsebin posvetil virusom (>1, >2, >3, >4, >5 in >6) in pa seveda moji priljubljeni temi -  vakcinaciji (>1, >2, >3).

Ob koncu leta seveda nisem mogel mimo osrednjega dogodka slovenske akademske mikrobiologije, 20. obletnice študija mikrobiologije na UL (>1, >2). Upam samo, da bomo lahko materiale iz Zbornika kmalu imeli tudi v spletni obliki, kar organizatorji Akademije obljubljajo.

Vse dobro voščim

Spoštovani bralci,

želim vam in vašim domačim prijazen praznični čas, v novem letu

pa veliko zdravja in osebnega zadovoljstva,

bloger Franc

Mikroorganizmi za kmetijstvo

Poročilo "How Microbes can Help Feed the World", ki ga je pripravila Ameriška mikrobiološka akademija (American Academy of Microbiology) se loteva najaktualnejših vprašanj povezanosti mikroorganizmov in kmetijske dejavnosti. Čemu so rastlinam potrebni mikrobi, katere mikroorganizme potrebujejo in kakšne so pravzaprav interakcije in kakšen je že naš obseg znanja o tem? In seveda, kako to znanje lahko pomaga prehraniti svet?

Ed Young o mikrobiomu

Ed Young je zame eden najbolj vznemirljivih pripovedovalcev napetih zgodb iz znanosti, eden najboljših popularizatorjev znanja. Nekateri ga najbrž že poznate iz njegovega bloga Not Exactly Rocket Science. V podkastu, ki ga najdemo na BBCjevem portalu se je Ed Young (navdušeno kot zmeraj) lotil mikrobioma.

Mikrobiologija 1993 - 2013

Ko boste brskali po knjigi Mikrobiologija za znanje in napredek, ki jo je BF izdala ob 20. obletnici univerzitetnega študija mikrobiologije boste naleteli tudi na podatek, da je med letoma 1993 in 2012 na študiju diplomiralo 524 diplomiranih mikrobiologov in da jih je med njimi 145 doktoriralo. Vsekakor izjemen podatek in potrditev kvalitete tega študijskega programa.

Nikoli izpeta zgodba o avtizmu in vakcinaciji

Z razširjanjem medijskega prostora, pri tem mislim predvsem na njegov virtualni del, v katerega vstopa vse več neprofesionalnih posredovalcev novic se seveda povečuje nevarnost vnosa nekvalitetnih vsebin. In ne samo to, kot v samoobrambni reakciji se lahko zgodi, da se tudi uveljavljeni mediji ujamejo v zanko promocije za vsako ceno in naredijo napako, ko tudi sami ne preverijo dovolj verodostojnosti virov. O tem zanimivo pripovedujejo sogovorniki na podkastu Micropod, kjer obnavljajo zdaj res že klasično (pri čemer pa ne rečem, da ni vedno znova aktualna) zgodbo, ko je zdravnik Wakefield skušal naprtiti krivdo za nastanek avtizma cepljenju otrok.

20 let študija mikrobiologije na UL

Letos mineva dvajset let, kar je bil na Biotehniški fakulteti Univerze v Ljubljani ustanovljen nov, medoodelčni visokošolski  študij mikrobiologije. 5. decembra, v Tednu Univerze v Ljubljani, bo na Biotehniški fakulteti temu dogodku posvečena celodnevna Akademija, več o dogodku najdete ne tem naslovu. 

Umrl je Frederick Sanger

Med novicami iz sveta znanosti danes najbolj odmeva sporočilo, da je včeraj v starosti 95 let umrl dr. Fred Sanger, doslej prvi prejemnik dveh Nobelovih nagrad v kemiji. Prvo je leta 1985 prejel za določitev aminokislinskega zaporedja v govejem insulinu, drugo skupaj z W. Gilbertom in P. Bergom leta 1980, za razvoj sekveniranja DNK po t.i. Sangerjevi metodi.

Za arXive zdaj še bioRxiv

Po vzoru zelo popularnega arhiva za objave e-predodtisov (preprintov) znanstvenih prispevkov v fizikalnih in nekaterih drugih vedah arXiv, ki ga gosti Univerza Cornell je zdaj oblikovan tudi arhiv za odlaganje e-člankov v bioloških vedah, bioRxiv, ki je našel zatočišče na serverjih Laboratorija Cold Spring Harbor (CHSL), kot to najavljajo v svojih novicah PhysOrg.

Arhiv bo sprejemal neobjavljene predodtisne prispevke, ki jim bodo avtorji določili disciplinarno pripadnost (dvajset in več: med drugim biokemije, bioinformatike, imunologije, mikrobiologije…) vedam o življenju, z izjemo (pred)kliničnih študij, označili pa naj bi tudi ali gre za Nove rezultate, Potrjevalne rezultate ali  Protislovne rezultate.

Pred objavo arhiv člankov ne bo ocenjeval z vrstniško oceno (peer review) in jih tudi ne posebej oblikoval, pregledali pa bodo korektnost zapisa in ocenili ev. neznanstvenost vsebine. Objava ne pomeni nikakršne podpore ali ocene s strani bioRxiva, omogočila pa bo avtorju, da bo pridobil pomemben odziv bralcev za kasnejšo pripravo članka za objavo.

Kongresi IUMS 2014

Mednarodna zveza mikrobioloških društev/zvez – IUMS, objavlja razpis kongresov Zveze IUMS 2014: XIV^th International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology; XIV^th International Congress of Mycology in XVI^th International Congress of Virology, ki bodo v kanadskem Montrealu od 27. julija do 1. avgusta  2014.

Genomski podatki v odprtem dostopu

Revija Science v svoji rubriki ScienceInsider predstavlja nov britanski Personal Genome Project, ki bo temeljil na odprti dostopnosti podatkov.  Tako genomskih podatkov kot zdravstvenih podatkov prostovoljcev, ki so se pripravljeni vključiti v projekt. V prvem letu bi vključili 50 kandidatov, kasneje želijo projekt razširiti na 100.000 udeležencev. Projekt ima veliko paralel s projektom, ki ga je leta 2005 pričel George Church na Univerzi Harvard. Church se je zavedal pomislekov, ki jih imajo posamezniki zlasti pri javni objavi svojih zdravstvenih podatkov, vendar jih je opozoril, da je ob današnjih tehnoloških možnostih pretoka informacij tako in tako nemogoče zagotoviti anonimnost. Zato je ponudil možnost obdelave genomskih in zdravstvenih podatkov prostovoljcem, ki dajo na razpolago podatke brez zagotovila  anonimnosti, v projektu pa jim pokrijejo  strošek sekvenciranja genoma. Kljub temu, da si Church ne postavlja posebnih ciljev o obsegu zajetih udeležencev pa je vesel, ker se ideja širi tudi že v druge države; podobni projekti delujejo danes v Kanadi, Nemčiji in J. Koreji.

Konferenca o aspergilozi.

Hartley Taylor Medical Communications Ltd. organizira 6. mednarodno konferenco o aspergilozi - 6th Advances Against Aspergillosis conference – v Madridu med 27. februarjem in 1. marcem 2014.

Kje nanotehnologija ponuja podporo laboratorijem

Krajši pregledni odprtodostopni prispevek nam predstavi nekatere možnosti, kjer nanotehnološke rešitve napovedujejo vstop v laboratorijsko diagnostiko. 

24. oktober – dan polia

Zakaj velja današnji datum za dan polia in kakšna je trenutna pojavnost tega obolenja je imenitno opisal prof. V. Racaniello na svojem blogu, seveda pa razpravlja tudi kako daleč smo od globalne eradikacije bolezni.  

Teden Odprtega dostopa v Sloveniji

Letošnji, zdaj že tradicionalni Teden odprtega dostopa med 21. in 27. oktobrom bo v Sloveniji obogaten z mednarodno videokonferenco, ki jo pripravljata Centralna tehniška knjižnica Univerze v Ljubljani in Univerzitetna knjižnica Univerze v Mariboru ob tehnični podpori Arnesa. Osrednji dogodek  videokonference bo intervju s prof. dr. Petrom Suberjem, gurujem svetovnega gibanja Odprtega dostopa (Open Access). Nekaj prvih podatkov o konferenci odkriva koncept vabila:

Mednarodni teden odprtega dostopa, 21. oktober do 27. oktober 2013

Centralna tehniška knjižnica Univerze v Ljubljani  v sodelovanju z Univerzo v Ljubljani in
Univerzitetna knjižnica Maribor Univerze v Mariboru
s tehnično podporo Arnesa

vas ob mednarodnem tednu odprtega dostopa vabita na videokonferenčni pogovor s profesorjem ameriške univerze Harvard dr. Petrom Suberjem, enim izmed utemeljiteljev  ideje odprtega dostopa do znanstvenih del.

Pogovor bo potekal 21. oktobra 2013 ob 15.30 uri hkrati v zbornični dvorani rektorata Univerze v Ljubljani (moderator Miro Pušnik, direktor CTK)
in
v Podreccini dvorani rektorata Univerze v Mariboru (moderator prof. dr. Jozsef Györkös).

Prof. dr. Peter Suber je eden izmed utemeljiteljev ideje odprtega dostopa do znanstvenih del in raziskovalnih podatkov.  Bil je član BOAI – Budapest Open Access Initiative, ki je leta 2001 utemeljila nov model licenciranja znanstvenih objav.  Leta 2003 je bil prof. Suber imenovan na mesto raziskovalca v organizaciji SPARC – Scholarly Publishing and Academic Resources Coalition in od leta 2009 deluje na Univerzi Harvard. Leta 2011 je postal direktor HOAP – Harvard Open Access Project, leta 2013 pa še direktor pisarne »Harvard Office for Scholarly Communication«.  Je avtor številnih publikacij, še posebej znana je njegova knjiga Open Access (v OA dostopna na http://mitpress.mit.edu/books/open-access).

V odprti interaktivni diskusiji s poudarkom na dosedanjih izkušnjah v Sloveniji bomo razpravljali o: pomenu in  licenciranju odprtega dostopa, o odnosu založnikov do  odprtega dostopa,  o zahtevah evropskih in ameriških znanstvenoraziskovalnih politik, o sistemih  vrednotenja ter o  odmevnosti znanstvenega dela v odprtem dostopu.

Udeleženci ste vljudno vabljeni k aktivnemu sodelovanju. Zaradi lažje organizacije mednarodnega pogovora vas prosimo za predhodno prijavo
na e-naslov irena.jaksa@ctk.uni-lj.si (Ljubljana) in dunja.legat@um.si (Maribor).

Videokonferenčni pogovor bo mogoče spremljati tudi preko spleta; spletni naslov bo naknadno objavljen na spletnih straneh Centralne tehniške knjižnice (http://www.ctk.uni-lj.si/) in Univerzitetne knjižnice Maribor (www.ukm.si).

Vljudno vabljeni!

Celični privzem genetskega materiala

Danec Søren Overballe-Petersen je v poskusih, v katerih je želel dokazati, da lahko bakterije privzemajo tudi dele razgrajenega genetskega materiala iz okolja, pravzaprav opozoril na nekoliko zanemarjen, a zelo verjeten mehanizem zgodnjih evolucijskih dogajanj. Dele sintetične DNK, ki jih je Overballe-Petersen dodajal kulturi bakterije Acinetobacter baylyi so celice vgradile v svoj genom in avtor predpostavlja, da celice uspejo privzeti material s pasivno absorbcijo. Kasneje je enak postopek ponovil z razgrajenimi deli genoma višjih organizmov, ki so prav tako končali v bakterijski celici. Dejanska usoda tako osvojenega genetskega materiala sicer ni znana, vendar številni avtorji verjamejo, da je to bila ena od pomembnih poti zgodnje celične evolucije, ki jo kasneje nadgradijo aktivni prenosi genetskega materiala med celicami.  

Apoptoza lahko aktivira herpesviruse

Rezultati nedavne raziskave objavljene v Journal of Virology in jih povzema blog Biology NewsNet razkrivajo, da lahko apoptoza, programirana celična smrt, aktivira herpesviruse v propadajoči celici. Ker tudi pri nekaterih oblikah kemoterapije lahko pride do apoptoze ima ta ugotovitev seveda velik pomen in je lahko vzrok za vznemirjenje pri zdravljenju raka.

Predavanje prof. S. J. Sørensena

Povzemam vest Slovenskega mikrobiološkega društva:

Vljudno vabljeni na predavanje

Social interactions in complex microbial communities - Survival of the fittest or the friendliest?

Professor Søren J. Sørensen

Section of Microbiology, Department of Biology, University of Copenhagen

Predavanje bo v četrtek, 19.9. 2013 ob 13:00 v predavalnici B5, Biološko središče, Večna pot 111

POVZETEK PREDAVANJA

Multispecies biofilms are predominant in almost all natural environments, setting the scene for various competitive and cooperative interactions that affect overall functionality and fitness of the individual strains and the community.

We have developed a model defining synergism, antagonism and neutrality within multispecies biofilms, based on the proportion of the species that are present and their ability to form monospecies biofilm. The model was validated experimentally in control systems of isogenic strains differing only in their ability of biofilm formation as single species. We applied this model to characterize the interactions in multispecies biofilm formation of bacterial consortia isolated from a variety of natural habitats.

Furthermore we have developed a simple assay for screening of antagonistic interactions among bacterial isolates. This approach was used to investigate the number of antagonistic interactions among bacteria co-isolated from the same environmental sample in comparison to interactions between isolates from different environments.

Recent research has revealed that bacterial plasmids and biofilm formation are interconnected in many ways. Horizontal transfer rates are typically higher in biofilm communities compared with those in planktonic states. Biofilms, furthermore, promote plasmid stability and may enhance the host range of mobile genetic elements that are transferred horizontally. Plasmids, on the other hand, are very well suited to promote the evolution of social traits such as biofilm formation. This, essentially, transpires because plasmids are independent replicons that enhance their own success by promoting inter-bacterial interactions. They typically also carry genes that heighten their hosts’ direct fitness. I present a couple of examples from our most recent research of how plasmids can promote biofilm formation in natural environments and reveal some of the molecular mechanisms behind this phenomenon.

In conclusion, we present results indicating ubiquity of synergism in multispecies biofilm formation in complex bacterial communities.

Vabi prof. dr. Mandić-Mulec, Katedra za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta in Slovensko mikrobiološko društvo.

Mikrobiološki blogi na Tumblr

Na blogerskem portalu Tumblr sem našel nekaj odličnih mikrobioloških blogov:

http://littlemicrobiologyblog.tumblr.com/

http://microbiologymeasure.tumblr.com/

http://vetstudent-microbiologymaniac.tumblr.com/

http://microbiologyandvirology.tumblr.com/

Enteromamarno vzpostavljanje dojenčkovega mikrobioma?

Precej pozornosti je vzbudila pravkaršnja objava predpostavke o vertikalnem prenosu materinih črevesnih mikroorganizmov z dojenjem na dojenčka. Že v abstraktu je omenjena hipoteza o morebitni enteromamarni poti prehoda enteralnih mikroorganizmov v mleko. Ker ta trenutek še nimam dostopa do celotnega članka naj pač zgolj izrazim pomislek k takem mehanizmu in predstavljam si, da ga bo, v kolikor še ni, potrebno pač temeljito podkrepiti z eksperimentalnimi dokazi. 

Cepljenje v družbenih omrežjih

Vsi, ki želite aktualno spremljati problematiko cepljenja si boste brez dvoma z radovednostjo ogledali zapis o vakcinaciji v družbenih omrežjih, ki so ga pripravili na portalu Webicina. In verjamem, da se boste nato z naklonjenostjo redno vračali na povezave, ki so jih zbrali in se po potrebi tudi polemično odzivali. Temu vendar služijo družbena omrežja!    

Predavanje o nevrocisticerkozi

Prenašam vabilo iz spleta SMD:

Vljudno vabljeni na predavanje prof. dr. Ane Flisser z naslovom »Nevrocisticerkoza – več kot zapostavljena bolezen«, ki se bo v ponedeljek, 9. septembra 2013, pričelo ob 14.00 uri in bo potekalo v mali predavalnici Medicinske fakultete v Ljubljani.

Nevrocisticerkoza je ena izmed zapostavljenih parazitskih bolezni, ki jo pri človeku povzročajo ličinke svinjske trakulje Taenia solium. Je najpogostejša parazitska okužba osrednjega živčevja in glavni vzrok pridobljene epilepsije. Endemična je v večini razvijajočih se držav Azije, Latinske Amerike ter srednje in južne Afrike. Vse pogosteje o njej poročajo tudi v razvitih državah, predvsem zaradi povečanega priseljevanja bolnikov, okuženih s T. solium, in pogostega potovanja turistov v endemične kraje. V posameznih primerih se pojavlja tudi pri nas. Prof. dr. Ana Flisser je profesorica in raziskovalka na Nacionalni mehiški univerzi (Universidad Nacional Autónoma de México), ki svoje raziskovalno delo posveča (nevro)cisticerkozi in teniozi. Je avtorica številnih mednarodno odmevnih člankov in predsednica XIII mednarodnega parazitološkega kongresa (XIII International Congress of Parasitology – ICOPA XIII), ki bo prihodnje leto v Mehiki. V okviru svojega predavanja bo predstavila tudi ta kongres.

Vljudno vabljeni!

Mikrobi iz ust vpleteni v karcinogenezo?

Doslej je veljalo, da le bakterija Helicobacter pylori  sodeluje pri nastanku malignega obolenje, v konkretnem primeru želodčnega raka. Mehanizem naj bi bil vezan na bakterijsko presnovo prehranskih sestavin v kancerogene dejavnike. Zdaj pa v dveh ločenih študijah skupina iz Harvard Medical School pod vodstvom Aleksandra Kostica in druga skupina iz Case Western Reserve University pod vodstvom Mare Roxane Rubinstein poročata, da ima lahko podobno vlogo bakterija Fusobacterium nucleatum. Kot  preberemo v preglednem prispevku v reviji The Scientist lahko komenzalna bakterija F. nucleatum tudi sicer v ustih povzroča periodontalne težave. Vendar je že pred časom dvema skupinama raziskovalcev, eni iz Kanade in drugi iz ameriškega Cambridgea uspelo povezati njeno številčnejšo prisotnost v črevesu s povečano pogostostjo kolorektalnega raka. Sedaj pa v eksperimentalni študiji na miših skupini iz Harvarda in Clevelanda skušata razložiti ozadje nastajanja tega raka. Bakterija naj bi namreč izzvala predvnetno stanje, ki preide v onkogeno dogajanje, njegovo ozadje pa bodo morale razložile nadaljnje študije, ko bodo določile obseg vpletenosti samih fuzobakterije in seveda tudi ev. interakcije preostalega mikrobioma v pojavljanju tega kolorektalnega malignoma.

Evropski biotehnološki kongres 2014

Prihodnji Evropski biotehnološki kongres 2014 bo gostila Italija v mestu Lecce od 15. do 18. maja prihodnje leto. Več o tem najdete na spletni strani Eurobiotech2014.

Mesto podoktorskega raziskovalca

Posredujem sporočilo iz IB MF o prostem mestu podoktorskega raziskovalca na MF UL:

Pozdravljeni,
želim vas opozoriti na razpis za delovno mesto postdoktorskega raziskovalca (mesto sistematizirano kot asistent z doktoratom) na Medicinski fakulteti, Inštitut za biokemijo, ki bo objavljen 22. 8. 2013 in zaključen 30. 8. 2013. Zaposlitev za 3 leta oz. za čas projekta se bo predvidoma začela s septembrom 2013.

Iščemo postdoktorskega raziskovalca, ki bi sodeloval na projektu »Nef, izločen z eksosomi iz celic okuženih z virusom HIV, pomembno prispeva k razvoju nevroloških simptomov AIDS-a«, katerega vodja je akad. prof. dr. Boris Matija Peterlin. Cilj projekta je ovrednotiti in razumeti vlogo virusnega proteina Nef v nevroloških zapletih AIDS-a in oceniti primernost Nef-eksosomov iz likvorja in/ali krvi kot biomarkerjev za prisotnost tega stanja. Projekt poskuša osvetliti trenutno najbolj aktualen problem pri zdravljenju bolnikov okuženih s HIV-om, to je, zakaj se kljub učinkoviti antiretrovirusni terapiji pri bolnikih pogosto pojavijo nevrološki zapleti.

Delo bo potekalo na Inštitutu za biokemijo Medicinske fakultete, v sodelovanju s Celico d.o.o. (prof. dr. Marko Kreft), Kemijskim inštitutom (prof. dr. Ema Žagar, dr. Polona Bedina Zavec), Inštitutom za biologijo celice MF (prof. dr. Peter Veranič), Centrom odličnosti Cipkebip (prof. dr. Dušan Turk), Zdravstveno fakulteto (prof. dr. Veronika Kralj Iglič) in laboratorijem akad. prof. Peterlina na University of California San Francisco, ZDA. Delo se bo izvajalo na možganskih celičnih linijah in primarnih celicah kot tudi na bioloških vzorcih likvorja in krvi s HIV-om okuženih bolnikov. Pri delu bo koristilo znanje o splošnih tehnikah v celični biologiji, biokemiji in molekularni biologiji, ter poznavanje osnovnih viroloških tehnik.

Iščemo energičnega, motiviranega kandidata, sposobnega timskega dela, ki ga veseli raziskovalno delo na tematiki HIV-a in nevrotoksičnosti. Kandidati s predhodnimi izkušnjami v omenjenih tehnikah bodo obravnavani prednostno, znanje le-teh pa ni pogoj.

Če imate še kakšna vprašanja, se prosim obrnite na moj e-mail naslov: metka.lenassi@mf.uni-lj.si.

Lep pozdrav,
Metka Lenassi

Ed Young o mikrobiomu

Ed Young je znan kot pisec tekstov o znanosti v številnih revijah kot so Nature, New Scientist, Wired, the Guardian, the Times, vrsto let pa je zlasti v spletni znanstveni skupnosti prisoten kot priljubljen bloger. Z blogom Not Exactly Rocket Science je pričel še na portalu ScienceBlogs, kasneje smo ga našli med med blogi revije Discover, zdaj pa gostuje v blogosferi revije National Geographic. Radi ga gostijo tudi na BBC in v povezavi z danes zelo aktualno temo mikrobne poseljenosti našega telesa oz. našega mikrobioma predlagam, da prisluhnete njegovemu nastopu (zvočni zapis) v oddaji Four Thought, ki ga je imel pred časom. V zanj značilnem poljudnem jeziku nam predstavi nekatere bolj splošne značilnosti tega simbiontskega pojava, ki nam zagotavlja komfortno življenje pa vse do nekaterih novejših še v raziskave vpetih presenetljivih spoznanj in tudi napovedi njihove morebitne prihodnje uporabe.     

Mesto za doktoranda v znanostih o življenju

Naš nekdanji študent, danes uspešen raziskovalec na Finskem, dr. Matjaž Barborič, razpisuje v svojem laboratoriju na Univerzi v Helsinkih mesto za doktoranda:  

A doctoral student position in the field of RNA Polymerase II Gene Regulation & RNA biology is open in Barboric laboratory at Biomedicum Helsinki 1, University of Helsinki. Strong background in
molecular biology, biochemistry and/or bioinformatics is required. Applications are accepted on continuous basis, but the post will be filled as soon as a competitive candidate is identified. The position is open in a young laboratory led by Matjaz Barboric, Ph.D. at the Institute of Biomedicine, Department of Biochemistry & Developmental Biology at University of Helsinki, Finland. My research group, which is currently composed of two doctoral students and a postdoctoral fellow, investigates the mechanisms that regulate transcription elongation by RNA polymerase II. This phase in gene transcription has emerged only recently as a major regulatory step in metazoan gene expression. By using biochemistry, molecular biology, genetics and systems biology approaches, we are seeking to understand biological roles of transcription elongation kinases, their function in mRNA synthesis and processing, as well as the significance of RNA polymerase II elongation control in human diseases such as cancer. Moreover, we are investigating the role of coding and non-coding RNA in controlling these processes. Among others, our research efforts are supported currently by the grants from the Academy of Finland, Sigrid Juselius Foundation, University of Helsinki 3-Year Research Grant and The Marsha Rivkin Center for Ovarian Cancer Research, US.
Requirements. Are you a creative and independent thinker? Are you ready for the hard work that the Ph.D. requires? Are you a motivated and an outstanding student with a strong academic record who is a quick learner and in a position to put a mark in a competitive field of gene transcription? Have you recently received a Masters degree in molecular biology, biochemistry, bioinformatics or related fields or are you finishing up with such studies? Do you have good spoken and written command in English? If yes, then please send your application including a cover letter, CV, your research interests, and 2-3 letters of reference to matjaz.barboric@helsinki.fi.
Employment conditions. Selected candidates will be offered a grant for 1 year. Upon successful performance review, the students will be offered an employment contract in accordance to the University of Helsinki salary scale system.
For further information, please contact:
Matjaz Barboric, Ph.D.
Principal Investigator
Institute of Biomedicine, Biochemistry & Developmental Biology
Faculty of Medicine, University of Helsinki
Biomedicum Helsinki 1, Room B233b
Haartmaninkatu 8, 00290 Helsinki, Finland
Email: matjaz.barboric@helsinki.fi
Web:
Matjaz Barboric
https://tuhat.halvi.helsinki.fi/portal/en/persons/matjaz-barboric(09c0e783-7ec6-4b97-81a7-0706b1f08925).html
Institute of Biomedicine
http://www.biomed.helsinki.fi/english/

Odkriti gigantski virusi

Skupina francoskih raziskovalcev, večinoma iz univerze Aix-Marseille iz sklopa CNRS, je nedavno v reviji Science objavila najdbo največjih doslej odkritih virusov. Predlagajo poimenovanje z rodovnim imenom Pandoravirusi, s čimer simbolično namigujejo na možnost, da to odkritje obeta nova presenečenja pri pojasnjevanju izvora življenja, kot bi odpirali Pandorino skrinjico. Virusa z velikostjo delcev okrog enega mikrometra imata genoma z velikostjo 2,5 megabaz (Pandoravirus salinus, iz obalnega morskega mulja v Čilu),  oz. 1,9 megabaz (Pandoravirus dulcis, iz sladkovodnega jezera v Avstraliji). Doslej največji znani virus je bil Megavirus chilensis, z 1,18 megabazami v genomu, odkrit 2011, pred tem pa Mimivirus z 1,1 megabazami, odkrit 1992. Vsi ti virusi, vključno z novoodkritima pandoravirusoma so zajedavci ameb; genoma pandoravirusov imata 2.500 oz. 1.900 genov in za večino njih funkcije še ne poznajo, 93% teh genov je različnih od kateregakoli drugega organizma. Avtorji ugibajo ali ne gre za zelo reduciran genom parazitskih bakterij oz. ali morda celo za povsem novo taksonomsko domeno živega sveta.

  
slika: Claverie in Abergel

O mikroorganizmih v našem bivalnem okolju

Ne zgolj skrb za zdravje, tudi veliko boljše možnosti za raziskovanje ekoloških niš, ki jih zasedajo mikroorganizmi, so v zadnjih letih močno povečale obseg raziskovanja mikroorganizmov, ki so v stiku s človekom. Seveda ima pri tem največ zaslug razmah negojitvenih metod identifikacije mikroorganizmov, ki jih je omogočila molekularna biologija. Med najbolj zanimivimi mikrobnimi nišami so seveda tiste vezane na človekovo telo, njegovo kožo in notranje votle organe. Število objav o pestrosti različnih delnih ali celotnih poselitev telesa z mikrobnimi združbami, v obliki t.i. mikrobiomov, skokovito narašča. Z različnimi poudarki, prevladujejo pa seveda preučevanja vplivov mikrobiomov na človekovo zdravje. Posredno pa se množijo tudi preučevanja drugih ekosistemov, ki samo deloma vključujejo vpliv na človeka npr. preučevanje mikroorganizmov v človekovem bivalnem okolju. Zanimiv povzetek ene od takih raziskav nam v svojem blogu LabRat predstavlja dr. Gouldova v zapisu “How bacteria get inside your house”. Kako pomemben vidik raziskav predstavljajo te teme dokazuje tudi oblikovanje posebnega omrežja “microBEnet – microbiology of the Build Environment network”, z več tekočimi projekti, pri čemer stik z javnostjo zagotavlja tudi zanimiv blog.       

Koronavirusni strah se krepi

S povzročiteljem srednjevzhodnega respiratornega sindroma, ki je znan po udomačeni kratici MERS-CoV, se zdaj intenzivno ukvarjajo tudi že na ameriški CDC, kot poročajo mediji. Potem ko je pred desetimi leti dvignil preplah koronavirus, znan s kratico SARS, se zdaj virologi in epidemiologi koronavirusnih infekcij lotevajo z veliko večjim spoštovanjem, kot dotlej. Vsekakor podatki, da je vsaj polovica zbolelih, ki se zdaj pojavljajo že tudi izven Bližnjega Vzhoda, tudi podlegla virusni infekciji z MERS-CoV, seveda opravičujejo načrtovanje resnih ukrepov za boj proti nevarnosti, toliko bolj, ker je učinkovito ukrepanje leta 2003 pri omejevanju SARSa dober razlog za premišljen epidemiološkopreventivni pristop.    

Related articles

• WHO: New guidelines for investigating MERS cases (crofsblogs.typepad.com)

Bi radi podatke o novem zdravilu?

Bodisi kot pacient ali kot laični radovednež ste se najbrž že znašli v zadregi, kje dobiti  zanesljive podatke o kakšnem (novejšem) zdravilu. To vrzel zdaj lahko zapolnite z brskanjem po spletišču Drug Chatter.  Iskanje vas vodi do podatkov proizvajalcev pa tudi do različnih odmevov v družbenih omrežjih. Lahko se naročite tudi na sprotno obveščanje o novostih na svoj email naslov. 

Kongres

Posredujem sporočilo Slovenskega genetskega društva (SGD):

SGD vabi na 10. Balkanski kongres humane genetike in 2. srečanje Alpe Adria, ki bo na Bledu med 10. in 12. oktobrom 2013.

 

(klik)

10^th Balkan congress of human genetics and
2^nd Alpe Adria meeting of human genetics

Bled, Slovenia 10. – 12. October 2013

Predavanje

Posredujem vabilo Nacionalnega inštituta za biologijo:

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja:

»Uporaba humanih pluripotentnih matičnih celic za gojenje nadomestnih tkiv«,

ki ga bo predstavila dr. Darja Marolt, NYSCF-Helmsley Investigator, The New York Stem Cell Foundation Research Institute, New York, USA

Predavanje bo potekalo v četrtek, 20.6.2013 ob 15.30 uri, v Biološkem središču, Večna pot 111, v Ljubljani, v predavalnici B2.

Povzetek predavanja:

Napredek na področjih biologije matičnih celic, biomaterialov in tkivnega inženirstva v zadnjih desetletjih je omogočil razvoj postopkov za gojenje človeških tkivnih nadomestkov, s široko možnostjo uporabe v bioloških raziskavah, regenerativni medicini ter pri razvoju novih zdravil. Pri tem se uporabljajo različni tipi matičnih celic, ki imajo glede na cilje raziskav specifične prednosti in slabosti. Pri raziskavah regeneracije tkiv in organov so v ospredju odrasle matične celice, pluripotentne matične celice pa predstavljajo večji izziv za razvoj kliničnih aplikacij. Vendar pa pluripotentne matične celice s svojim rastnim in diferenciacijskim potencialom predstavljajo neprecenljivo orodje za razvoj naprednih modelov humanih tkiv za biološke študije in razvoj zdravil. Pri teh aplikacijah je ključen izziv razvoj ponovljivih postopkov za gojenje, diferenciacijo in organizacijo matičnih celic v zrela, stabilna tkiva. Naše študije so usmerjene v razvoj tkivnih nadomestkov za izboljšanje regeneracije kosti. Predstavili bomo značilnosti različnih tipov matičnih celic, ter postopke gojenja funckionalnih, pacientu lastnih kostnih nadomestkov v laboratoriju. Predstavili bomo tudi smernice za širšo uporabo humanih pluripotentnih matičnih celic v regenerativni medicini, raziskavah bolezni ter pri razvoju novih zdravil.

Predavanje bo potekalo v slovenskem jeziku.

Vljudno vabljeni!

Tudi pri Googlu so se spomnili Petrija

Tole povzemam po članku v Guardianu:

Google je počastil rojstni dan iznajditelja petrijeve plošče (mi ji rečemo tudi petrijevka) Juliusa Richarda Petrija, ki je bil rojen 31. maja 1852 z značilno sliko v svojem iskalnem polju (t.i. doodle).

Petri je študiral na Akademiji kralja Wilhelma v Berlinu za vojaškega zdravnika in je kasneje delal na Državnem zdravstvenem uradu z Robertom Kochom, ki velja za očeta moderne bakteriologije.

Doodle prikazuje šest petrijevk, sliko pa ustvarja rast bakterij v ploščah.

Petri ni bil prvi, ki je uporabil agar, snov, ki jo proizvajajo alge, za gojenje bakterij, je pa izdelal posodo v kateri se to dogaja. Petrijevka je omogočila bolšo prepoznavo bakterij in bolezni, ki jih povzročajo. Petrijeve plošče so se kasneje iz laboratorija preselile tudi v učilnice, kjer jih spozna vsak učenec biologije.

Petri je umrl 20. decembra 1921.