Konec subvencij za zeleni etanol?

Ta teden je ameriški senat s prepričljivo večino ( 73 : 27 ) izglasoval ukinitev 6 milijard dolarjev težkih subvencij za proizvodnjo etanola iz bioloških virov kot lahko preberemo v medijih. Brez dvoma zanimiv preobrat ob sicer še vedno splošnem zagovoru in iskanju alternativnih energetskih rešitev. Vendarle neučinkovita bioetanolna tehnologija pač ne more več kljubovati vse večjemu negodovanju nasprotnikov zaradi njenih vplivov na trge prehranskih virov.

Holesterol dviga protimikrobno odpornost H. pylori

Nove raziskave dajo slutiti, da holesterol povečuje odpornost bakterije Helicobacter pylori proti številnim antibiotikom in tudi proti endogenemu protimikrobnemu peptidu LL-37, lahko preberemo v študiji avtorja Davida McGeeja iz Univerze Louisiana State.

Podrobnosti o E. coli O104:H4

Izbruh obolenj zaradi okužbe z bakterijo Escherichia coli O104:H4 v Nemčiji se umirja, ni pa še izzvenel. Čas, ki je medtem pretekel, je omogočil zelo natančno prepoznanje ozadja okužb in če želite res izčrpno predstavitev znanega, pojdite na spletno stran MicrobeWorld in prisluhnite podkastu (bodite pa pripravljeni, da traja posnetek 76 minut). Na spletni strani boste našli tudi kopico zelo uporabnih tematsko vezanih povezav. 

Znova… o higieni rok

Vem, da mikrobiologov ni treba poučevati o higieni in zlasti o higieni rok, posebno ne na tako poudarjen način kot ga ponuja video The Dirt… Vendar boste morda kdaj v položaju, da morate nekomu iz laične javnosti enostavno in vendar učinkovito predstaviti problem prenosa okužb z rokami. Zlasti v časih, ko zaradi nedavnega incidenta z okuženo hrano v Nemčiji, znova več govorimo tudi o higieni.

Biologija & biotehnologija – e-knjige v odprtem dostopu

Ameriška The National Academies Press je v odprti dostop ponudila preko 4000 e-knjig. Potrebna je samo osebna prijava. Najdete jih: za področje biologije in za področje biotehnologije.

EHEC sev analiziran na Kitajskem

O tem kako je tekla analitika nedavnega izbruha obolenj z bakterijo Escherichia coli v Nemčiji lahko preberemo >tukaj. Izvemo tudi čemu so izbrali za analitiko genoma povzročitelja kitajski Beijiing Genomics Institute, analiza pa je tudi pokazala, da je ta izolat EHEC, serotipa O104, odporen proti aminoglikozidnim, makrolidnim in betalaktamskim antibiotikom ter predstavlja lahko zato dodaten problem tudi v zdravljenju.

Springer o EHEC

Dobra novica! Na spletu založbe Springer bo do 1. septembra letos v odprtem dostopu preko 400 člankov o enterohemoragični E. coli, ki jih na spletni strani založbe prikličete z geslom "Enterohaemorrhagic and Escherichia and coli" ali pa neposredno na spletni strani www.springer.com/ehec.

DNK za spremljanje prometa živil

V zadnjem času slišimo vse pogosteje dve sintagmi, ki sta povezani s sledenjem izvora prehranskih virov, npr.: “od vil do vilic” ali “od njive do hladilnika”. Pri sledenju izvora živil živalskega vira in posledično tudi v prepoznavi kvalitete se danes pojavlja kot močno orodje tudi DNK tehnologija, kot smo lahko nedavno prebrali v The Washington Post; k njej se ne zateka samo živilsko sanitarna služba, ampak v vse večji meri tudi trgovina in večji ponudniki hrane, kot so restavracije, hoteli, šole in zdravstvene ustanove.

O EHEC v Nemčiji – novi podatki

Potem ko je v EU zaradi španskih kumaric skoraj izbruhnil trgovinski in sicer tudi politični spopad, ki ga večina označuje kot škandal; saj se spomnimo, da zaradi prvotnega suma, da so kumarice vzrok epidemija z enterohemoragično E. coli (EHEC) v Nemčiji; se zdaj nakazuje obrat. Po najnovejših podatkih naj bi nemški epidemiologi našli vzrok epidemije v kalčkih lokalnega izvora. Upajmo, da imajo tokrat prav!       

Na Videolectures o podnebnih spremembah

O “Mejah našega planeta in podnebnih spremembah” govori v Videolectures prof. dr. Lučka Kajfež Bogataj, klimatologinja iz BF UL.

Radi potujete?

Koristno opozorilo! MicrobiologyBytes priporoča vsem, ki se odpravljate na potovanje v eksotične kraje, da si ogledate spletno stran Malaria Hotspots.

Še o življenju na arzenu

Gotovo bo letos med znanstvenimi objavami povsem pri vrhu odmevnosti raziskava o mikrobnem življenju, ki naj bi temeljilo namesto na fosforju, na arzenu. Pred časom sem nekaj prvih kritičnih odmevov že omenil, zdaj pa je zgodba, ki doživlja izjemno popularnost, dobila nove, konkretnejše glasove kritikov in tudi nove odzive prve avtorice raziskave.   

Bakterije kot sprožilci Parkinsonove bolezni?

Bakterija Helicobacter pylori ne preneha buriti duhov. Potem ko je bilo potrebno kar precej časa in tudi prepričevanja javnosti s strani avstralskih raziskovalcev, ki so dokazovali njeno povezanost z želodčno patologijo, zdaj njeni raziskovalci sprožajo novo živahno razpravo.  Na letošnjem kongresu ameriškega mikrobiološkega društva je skupina raziskovalcev iz univerze Louisiana State predstavila tezo, po kateri naj bi ta bakterija, ki prebiva v želodcu približno polovice človeštva, bila med sprožilnimi dejavniki pri nastanku Parkinsonove bolezni.

Da pa v novejšem času bakterije mikrobioma prebavil vse pogosteje omenjajo kot dejavnike sistemskih vplivov pri različnih gostiteljskih organizmih potrjuje tudi novica v Scientific American o vplivu bakterij v prebavilih na vedenjske spremembe preskusnih živali.

Črne koze ostanejo

Potem, ko je večina pričakovala, da se bo Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) odločila, da uniči zaloge sevov virusa črnih koz v zadnjih dveh skladiščih, ki še uradno obstajata (v ZDA in v Rusiji) je današnja Skupščina WHO sklenila, da odloži odločanje o tem do leta 2014.

V živo iz ASM 2011

Še danes in jutri lahko preko portala Microbe World spremljate v živo (avdio+video) pogovore in intervjuje iz letošnjega kongresa Ameriškega mikrobiološkega društva. 

S sladkorji povečana učinkovitost antibiotikov

V nedavni študiji, objavljeni v reviji Nature in povzeti v reviji Discover, raziskovalci predstavljajo zanimivo možnost povečanja učinkovitosti nekaterih antibiotikov z istočasnim dodajanjem sladkorjev, kot so  manitol, fruktoza ali glukoza. Ta dodatek je zlasti učinkovit v borbi proti mikroorganizmom, ki preživijo zgodnjo fazo delovanja antibiotikov, bodisi, ker so v  fazi ti. dormance ali pa ker so zaščiteni v biofilmih.  

Ligenj v vesolju

Med potniki na tokratnem potovanju z vesoljskim plovilom Endeavour (mimogrede, na zadnjem poletu tega čolnička) je tudi mlad ligenj. Pa ga nimajo za obogatitev kuharske ponudbe, ampak naj bi preučevali, kako “dobre bakterije” uspevajo v pogojih majhne težnosti. Predvsem jih zanima, ali spremenjeni pogoji v vesolju lahko spremenijo “obnašanje” mikroorganizmov t.i. mikrobioma, torej avtohtone mikrobne združbe.

Še o mikrobiomu

Na omrežju LinkedIn se skupina Systems Biology posveča tudi tematiki mikrobioma. Kot pravi eden od udeležencev Chris Carter: “…Virusi, bakterije in drugi patogeni so vpleteni v številne bolezni človeka: Alzheimerjevo bolezen, epilepsijo, multiplo sklerozo, Parkinsonovo bolezen, ADHD, avtizem, bipolarno motnjo, depresijo, shizofrenijo, artritis, sindrom razdražljivih prebavil, debelost, rak in številne druge…”. Vpletenost prikazuje indeks s povezavami v Pubmed.

O “ribostikalih”

V ScienceDaily beremo o učinkovitem sistemu presnovne regulacije pri bakterijah. Gre za t.i. ribostikala (angl. »riboswitch«), ki delujejo na primerljivem principu svetlobnega senzorskega stikala v vaši veži, ki se odzove na gibanje obiskovalca. Ribostikala aktivirajo gene, ko v celici zaznajo določene presnovke. Evkarionti podobnega mehanizma ne poznajo, zato je to seveda lahko pot do razvoja novih antibiotikov.

O vplivu prebavne mikrobiote na obnašanje

“Raziskovalci iz švedskega Karolinska Institute in singapurskega Genome Institute of Singapore pod vodstvom Svena Petterssona so nedavno objavili v Proceedings of the National Academy of Sciences, da ima normalna črevesna mikrobna združba, bakterije, ki naseljujejo prebavila, pomemben vpliv na možganski razvoj in posledično na obnašanje odraslega osebka” preberemo v aprilski številki revije Scientific American.

Okužbe z bakterijo Salmonella typhimurium

Zadnjih nekaj tednov se je ameriška CDC ukvarjala s precej nenavadnim izbruhom večjega števila infekcij z bakterijo Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium, za katere sumijo, da imajo izvor v kliničnih in učnih mikrobioloških laboratorijih in to v več zveznih državah. Primer je vsekakor zelo poučen zlasti za vse, ki delujejo v takšnih laboratorijih, posebno pa še za vse, ki jim je zaupan nadzor nad varnostjo dela v takšnih laboratorijih, zato je vsekakor koristno prebrati poročilo CDC. 

Lwoff Award za prof. Radmana

Najprestižnejšo nagrado Evropske mikrobiološke federacije (FEMS), Lwoff Award, ki se podeljuje vsako tretje leto, bo prejel prof. Miroslav Radman, kot lahko preberemo na hrvaškem portalu Znanost. Nagrada mu bo vročena ob priliki 4. evropskega kongresa FEMS v Ženevi, junija letos. Prof. Radman je eden najeminentnejših svetovnih molekularnih biologov, med drugim je tudi redni član Francoske akademije znanosti. Je v preteklosti že nekajkrat predaval tudi v Sloveniji. (Hvala blogerki Vesni za sporočilo.)

O škodi zaradi opuščanja cepljenja

O obsegu škode in o neprijetnostih, ki nastanejo, če zaradi opuščanja cepljenja pride do izbruha infekcijske bolezni, pred katero se lahko sicer z vakcinacijo zavarujemo, piše na primeru manjšega incidenta z izbruhom ošpic v ameriški zvezni državi Arizona, ki ga je k sreči bilo mogoče omejiti, članek v reviji Wired.

Vsekakor se velja dvakrat zamisliti, predvsem pa temeljito posvetovati z zdravniki, preden se iz kakršnegakoli razloga, morda tudi opravičljivega, odločimo za opustitev cepljenja. Vse prelahkotno se odločajo posamezniki, ki se izrekajo proti cepljenju, še huje pa je, da prepričujejo tudi druge o opustitvi cepilne zaščite predvsem otrok, zaradi katere se je v preteklem stoletju razširjenost infekcijskih bolezni dramatično zmanjšala, oz. je prišlo celo do izkoreninjenja npr. črnih koz.    

Bakterijska radijska komunikacija.

Teoretični fiziki so ponudili podmeno, kako bi morda lahko bakterije ustvarjale in prenašale elektromagnetno valovanje v območju radijskih valov. Najdba je v zgodnji fazi oblikovanja v hipotezo, kot beremo v reviji Wired. Avtorji Widom in skupina, ki so objavili prispevek v arhivu s predodtisi arXiv, navezujejo svoje predpostavke na zaznavo elektromagnetnega valovanja, ki naj bi imelo izvor v  bakterijski DNK, o čemer so pred časom poročali Montagnier in sod. in skušajo pojavu dodati teoretično utemeljitev. Valovanju pripisujejo morebitno vlogo znotrajcelične in medcelične komunikacije.

Ali uničiti ohranjene seve virusa črnih koz?

Na virus črnih koz je vezanih kar nekaj mejnikov. Je povzročitelj iz skupine bolezni, ki so v različnih obdobjih človekovega obstoja pomorila največ ljudi, ta virus je bil med prvimi, ki so ga zelo natančno preučili in bil je prvi proti kateremu je bila razvita učinkovita vakcinacija (Jenner leta 1796). Črne koze so bile prva bolezen, ki je bila leta 1980 proglašena kot izkoreninjena. Samo dve državi v svetu uradno hranita kulture tega virusa, Združene države Amerike in Rusija. Zadnja leta poteka živahna razprava ali bi bilo potrebno te zaloge uničiti. Nekatere misli v podporo in proti temu načrtu, o katerem bo leto razpravljala tudi Svetovna zdravstvena organizacija (WHO), najdete v tem zanimivem zapisu.

Črevesni mikrobi lahko ogrožajo

V zadnjih letih lahko opazujemo izjemno naraščanje preučevanja mikrobiote, zlasti tiste v prebavnem traktu. O tem sem že pisal. Seveda je zanimanje razumljivo, če upoštevamo, da črevesna mikrobna združba pomembno sodeluje v prebavi in presnovi gostiteljevega organizma. Povsem v skladu s tem je mogoče razumeti tudi nedavne raziskave, v katerih ugotavljajo, da določeni mikroorganizmi pri razgradnji maščob v črevesu proizvajajo ali pa sodelujejo pri sestavljanju spojin, ki povečujejo tveganje za nastajanje srčnožilnih bolezni.

Z nanodelci nad mikroorganizme

Tokrat prihaja novica zanimiva za mikrobiologe, zlasti tiste, ki se borijo s patogenimi mikrobi iz nanotehnoloških laboratorijev. Raziskovalci IBM in Inštituta za bioinženirstvo in nanotehnologijo iz Singapura so razvili biološko razgradljive in samosestavljive nanodelce, ki učinkovito ubijajo patogene mikroorganizme, tudi take, ki so odporni proti več različnim antibiotikom. Članek je bil pravkar objavljen v Nature Chemistry.

Sožitje alg in vretenčarjev

Nenavadno sožitno razmerje alge in močerada so razkrili raziskovalci na kanadski Dalhousie University iz Halifaxa.  Celice alg simbiontsko živijo v jajčecih močerada in posebno presenetljivo je, da oskrbujejo partnersko organizem torej embrijo s kisikom, medtem ko se alga okorišča z dušikovimi spojinami jajčeca. In še bolj nenavadna je podmena, da najbrž močeradovo jajčece “podeduje” alge od staršev, torej po poti t.i. vertikalnega prenosa, ker so alge odkrili tudi v reprodukcijskih organih starševske dvoživke. 

“Osebna” črevesna mikrobiota

Že kar nekaj časa poznamo prakso shranjevanja celic in tkiv v celičnih bankah. Najbolj znano je brez dvoma shranjevanje krvi, med bolj zanimivimi pa je npr. v svetu uveljavljen postopek shranjevanja popkovne krvi, ki naj bi predstavljala vir izvornih celic za primer potreb po avtolognih celicah v kasnejšem življenju otroka/odraslega. Zdaj pa se obeta še nova možnost shranjevanja žive biomase povezane z našim telesom, tokrat iz nekoliko bolj nenavadnega vira. Ameriški  raziskovalci so objavili raziskavo o možnosti shranjevanja črevesne mikrobiote, torej mikrobne združbe, ki naseljuje naš prebavni trakt, z namenom njenega nadomeščanja v primeru kasnejše potrebe. Mikrobna združba posameznika je specifične sestave, je pa tudi spremenljiva zaradi različnih vplivov. Če je sprememba mikrobiote posledica patološkega stanja v prebavilih ali pa je celo sprememba mikrobne združbe vzrok za prebavno patologijo, potem postane zanimiva možnost obnovitve mikrobne združbe v stanje pred nastopom bolezenskega stanja. Pogost vzrok za temeljito in kritično spremembo mikrobne združbe v prebavilih je npr. uživanje zlasti širokospektralnih antibiotikov. V določeni a omejeni meri je mogoče motnje, ki jih spremlja taka disbioza, kot pravimo stanju sesutja naravne mikrobne poseljenosti prebavil, popravljati z dodajanjem kultur t.i. probiotičnih mikroorganizmov. Zdravljenje večine težav, ki jih spremlja disbioza pa bi lahko v učinkovitejši meri podprli z obnovitvijo avtohtone mikrobiote. V to smer so bile do nedavna usmerjane raziskave nadomestitve črevesne združbe z materialom črevesne vsebine zdravega a heterolognega dajalca. Ker pa smo rekli, da je sestava združbe značilna za posameznika je prikladnejša možnost, da bi mikrobno združbo, shranjeno v nekem predhodnem obdobju, vsekakor pa po možnosti v obdobju odraslosti, ohranili, po potrebi pa tudi namnožili. Posebno ta zadnji ukrep je doslej predstavljal ključno težavo, namnoževanje črevesne mikrobiote v laboratorijskih pogojih je namreč skrajno težavno. Raziskava ameriške skupine iz medicinske fakultete washingtonske univerze pa najavlja rešitev tako problema namnoževanja specifične in raznolike sestave izbrane mikrobne združbe, predvsem pa zagotavlja tudi možnost njene prepoznave. Klasična analiza celotne palete mikroorganizmov s pomočjo klasične tehnike gojenja in identifikacije mikroorganizmov iz prebavil, je namreč za ta namen neuporabna. Novi pristopi, ki temeljijo na preverjanju zapisa genetskega nabora članov mikrobiote pa omogoča prav to: preveritev ustreznosti sestave v “osebni mikrobni združbi”. In tako definirano združbo lahko nato po potrebi  vnesemo v prebavila prejemnika.   

Fotovoltaika po biološko

V prihodnje naj bi bila vezanost zadovoljitve človekovih potreb po energiji s pomočjo zajemanja sončne svetlobe morda še izrazitejša. Mešana raziskovalna skupina raziskovalcev iz Univerze Washington in Nacionalnega laboratorija iz Oak Ridga raziskujejo klorosome, celične organele z najučinkovitejšim naravnim sistemom za zajemanje svetlobe, ki jih najdemo npr. v zelenih fotosinteznih algah. Izkušnje, ki jih pridobivajo s preučevanjem delovanja klorosomov, jim bodo morda omogočile simuliranje biohibridnih fotovoltaičnih sončnih celic.

Medigra stresnega odziva gostitelja in črevesne mikrobiote

Vse več je podatkov, ki utrjujejo podmeno, da črevesna mikrobiota ne vpliva na gostiteljevo zdravje zgolj neposredno (s presnovki, ki nastajajo ob razgradnji črevesne vsebine) ampak tudi posredno, med drugim preko odziva na stresne vplive s posledicami v motnjah imunskega sistema. Kot ugotavljajo raziskovalci iz Univerze Ohio State v raziskavi, pravkar objavljeni v reviji Brain, Behavior, and Immunity, vpliva stres na ravnotežje naravne mikrobne združbe v prebavilih (npr. s premikom v deležih posameznih predstavnikov v združbi), za njo pa vemo, da je pomemben dejavnik regulacije imunskega sistema.

Bakterije proti zobnim oblogam

Novica v ScienceDaily povzema rezultate japonske raziskave (objavljeni bodo v J. Appl. Environ. Microbiol.), ko so v “in vitro” študiji ugotovili, da bakterija Streptococcus salivarius, sicer znana kot nenevarna prebivalka ustne votline, lahko z encimi, ki jih proizvaja omejuje nastajanje zobnih oblog.

Preživitvena strategija stalne mikrobiote prebavil

Ars Technica na kratko povzema objavo v Nature Immunology o tem kako bakterije stalne (indigene, avtohtone) mikrobiote vzpostavijo homeostatsko ravnotežje z imunskim sistemom gostitelja. 

Ali se obeta četrta taksonomska domena?

New Scientist povzema objavo v PLoS One v kateri skupina uglednih molekularnih biologov med njimi npr. Jonathan Eisen in Craig Venter poročajo o nenavadnih genskih sekvencah odkritih v vzorcih globokomorskega ekosa, ki bi zaradi svoje različnosti lahko predstavljale organizme četrte taksonomske domene, ob arhejah, bakterijah in evkariontih. Obsežnejši opis ozadja nastajanja članka J. Eisen zapiše tudi na svojem blogu, vključno z vsemi zadržki in pomisleki, ki jih ima kot avtor. Tako je morda bolje, da se z zgodbo seznanite najprej iz zapisa na blogu.    

Oborožiti salmonele za boj proti raku

Raziskovalci na Univerzi v Minnesoti so v poskusih na miših razvili način borbe proti raku prebavil s pomočjo gensko spremenjenih salmonel. Bakterije so spremenili tako, da so jim zmanjšali patogenost, dodali pa so jim sposobnost proizvodnje interlevkina 2, ki spodbudi imunski odziv v borbi proti raku. Salmonele zaradi narave svoje invazivnosti prodirajo v celice gostitelja in celo prednostno v rakave celice. Če jih oborožimo z imunskim modulatorjem interlevkinom, tega prenesejo v osrčje malignega procesa.

Z uravnavanjem holesterola nad infekte.

Potem, ko so ugotovili povezavo med ravnijo krvnega holesterola in aktivnostjo imunskega sistema, se zdaj raziskovalna skupina pod vodstvom Petra Ghazala sprašuje, ali bi bilo mogoče z medikamentoznim zniževanjem holesterola, npr. s statini, podpreti  imunski sistem pri zaščiti telesa pred infekcijami.

Biobutanol kot gorivo

Kot alternativo proizvodnji “zelenega energenta” bioetanola se vse pogosteje omenja biobutanol. Zaradi daljše ogljikovodikove verige je primernejši kot zamenjava bencina od bioetanola v motorjih z notranjim zgorevanjem. Pri izrabi hranil iz energetskih surovin kot so sladkorna pesa, koruza in druga žita, nekatere trave ter kmetijski žetveni ostanki fermentativno pridobimo energent s pomočjo bakterij Clostridium acetobutylicum, pa tudi gensko spremenjenih (GS) drugih bakterijskih vrst iz rodu Clostridium, GS bakterij Escherichia coli  ali pa GS kvasovk.  

Znova: bakterije iz vesolja

V mikrobiološki srenji, posebno v astrobiologiji, je znova zakrožila šokantna vest, kot lahko preberemo na blogu MicrobiologyBytes. NASIn astrobiolog Richard Hoover naj bi v ostankih meteorita odkril fosilne ostanke bakterij. Seveda se je takoj oglasila strokovna javnost, večinoma s skepso. Še vedno je namreč v spominu neka druga, podobna najdba, ki ostaja do danes sporna, namreč odkritje struktur, ki bi naj spominjale ne bakterijske celice, v meteoritu ALH 84001 leta 1996. Tokratna najdba zbuja nezaupanje tudi, ker je bila objavljena v ne najbolj ugledni reviji Journal of Cosmology, ki je znana po precej nekritični podpori ideje panspermije.

P.S. (9:00): pravkar berem v LA Times, da se je tudi NASA distancirala od objave.

S probiotiki proti H. pylori

Španski raziskovalci sporočajo, da so našli sev probiotične bakterije Bifidobacterium bifidum CECT 7366 s funkcionalnim vplivom na bakterijo Helicobacter pylori , ki je znana, da povzroča pri človeku razjede na dvanajstniku in v želodcu. S poskusi na miškah so ugotovili, da je dodajanje tega probiotičnega seva izrazito zmanjšalo število želodčnih razjed v primerjavi s kontrolno skupino poskusnih živali in tudi poškodovanost želodčnega tkiva se je ob daljšem dodajanju probiotikov zmanjšala.

Predavanje v Hiši eksperimentov

Slovensko mikrobiološko društvo (SMD) in Hiša eksperimentov vabita na 2. mikrobiološki večer v Hiši eksperimentov, v sklopu katerega se bo odvijalo poljudnoznanstveno predavanje prof. dr. Romane Marinšek Logar z naslovom: "Kako izkoristiti mikroorganizme za pridobivanje energije ali  zgodba o bioplinu." Predavanje bo v sredo, 16. 3. 2011, z začetkom ob 20.30 uri.

50 let metuljevega učinka

Simpatična pripoved o tem, kako je pred petdesetimi leti prof. Edward Lorenz, profesor meteorologije na MIT, opazil in nato poimenoval pojav, ko imajo lahko majhne spremembe kolosalne učinke, kot “metuljev učinek”. Saj veste, to je teza, da zamah metuljevih kril lahko v končnem učinku sproži nastanek tornada. (Za mikrobiologe: potemtakem ima lahko tudi zavesljaj bakterijskega bička morda podobne usodne posledice?) 

O sintezni biologiji in iGEM

V reviji BIOS, ki je za krajši čas odprtodostopna na serverjih ljubljanske univerze je izšel članek “Synthetic Biology and the International Genetically Engineered Machines Competition” v katerem ob konceptu sintezne biologije avtorji predstavljajo tudi tekmovanje iGEM kot vstopno točko mladim raziskovalcem v to področje. Do sem vse dobro, vendar ob naštevanju dosežkov različnih študentskih skupin v preteklih letih zaman iščemo omembo gotovo najuspešnejše države na tem tekmovanju. Skupine študentov ljubljanske univerze, ki so pod vodstvom prof. dr. Romana Jerale v preteklih letih osvojile daleč največ in najprestižnejših odličij (npr. trikrat glavno nagrado) niso omenjene niti z besedo. Značilnost znanstvenega poročanja je tudi objektivnost, ki jo seveda v tem članku pogrešam.    

The Microbe project

Ameriška Urad za politiko znanost in tehnologijo ter Nacionalni svet za znanost in tehnologijo sta vzpostavila nov projekt z imenom The Microbe Project. Povezal naj bi najrazličnejše zvezne agencije z misijo “maksimiranja priložnosti, ki jih ponuja genomsko temeljena znanost o mikroorganizmih v korist znanosti in družbe s pomočjo koordiniranja naporov med agencijami s cilji vzpodbujanja in širjenja raziskovanja, infrastrukturnega razvoja in izobraževanja." Spletna stran naj bi predstavljal portal za vse sodelujoče agencije na ciljih projekta.

Nepričakovan horizontalni genski prenos

To o čemer poročajo raziskovalci Northwestern Univerze iz Chicaga je zares presenetljivo. Horizontalni genski prenos med “sorodstveno”, torej filogenetsko bližnjimi organizmi, ni kakšna posebnost. Tokrat pa so dokazali 685 baznih parov dolgo gensko sekvenco L1 iz človekovega genskega nabora v patogenem sevu bakterije Neisseria gonorrhoeae pri nekako 11% preiskanih izolatih. Ob tem tega segmenta tudi ni bilo mogoče najti v drugih vrstah nejserij, npr. v vrsti Neisseria meningitidis ali v komenzalnih vrstah. Zaradi velike skladnosti v bakterijah najdenih delov genoma s humano sekvenco (98 do 100%) raziskovalci sodijo, da gre za evolucijsko sorazmerno nedaven prenos. 

Kvasovke, ki omejujejo “vinski” glavobol

Tole bo najbrž zanimivo za vse ljubitelje rujne kapljice, ki trpijo za glavoboli po zaužitju vina. Seveda zgodba ne govori o glavobolu kot posledici prekomernega uživanja vina!

Raziskovalci na Univerzi British Columbia so razvili kvasovke, ki v rdečih vinih in v chardonnayju proizvedejo manj biogenih aminov, snovi, ki so vzrok za spremenjen okus vina in pri številnih ljudeh povzročijo zvišan krvni tlak in migrene. Ker pa gre za mikroorganizme, ki so pridobljeni z gensko tehnologijo, se vinarji bojijo priznati uporabo teh kvasovk, saj bi to lahko pomenilo zavračanje takega vina s strani nasprotnikov GSO. Zlasti bo problem z izvozom takega vina v Evropo, kjer je obvezno označevanje, da je bilo živilo pridobljeno z  uporabo GS organizmov.

Darwinov dan

Pred 202 leti je bil na današnji dan rojen Charles Robert Darwin.

Bill Gates v podporo vakcinaciji

Moje občudovanje Billa Gatesa, kljub moji zasvojenosti z internetom, ne sega v njegovo Microsoft obdobje, ampak je vezano na njegovo sedanjo vlogo filantropa, najznačilneje izraženo v Bill&Melinda Gates fundaciji. In ko sem danes prebral zapis na blogu Respectful insolescence, kjer v intervjuju B. Gates odločno označi lažno dilemo o povezanosti vakcinacije in avtizma kot "absolutno laž", sem mu v svojem točkovanju pripisal krepko število točk. Če se zavedamo, kakšen javnomnenjski odmev imajo Gatesove izjave, potem je s tem naredil kampanji cepilne zaščite otrok in odraslih pomembno dodatno uslugo, ob vsej finančni podpori, ki jo njegova fundacija namenja zlasti uvajanju cepljenja otrok v deželah v razvoju. 

Mikrobiologom všečni članki v letu 2010

Elio&Mery blog znova prinaša branja vreden zapis. Elio in sod. so povprašali vrsto svojih kolegic(ov), kateri članki v preteklem letu so jim pustili največ vtisa. Nabralo se je kakšnih 20 člankov, ki so brez dvoma “must read” kategorija.

Mitohondrije med bakterijske taksone!

V tokratnem zapisu na svojem blogu nas J. A. Eisen opozori na članek in pobudo, ki je nedavno bila predstavljena v reviji Trends in Microbiology. Avtor M.J. Pallen v članku “Time to recognise that mitochondria are bacteria?” predlaga, da se za mitohondrije v bakterijski domeni oblikuje lastna družina. Eisen mu zelo priteguje v tem mnenju, s poudarkom, da če imamo za endosimbionte lastne skupine, zakaj bi ne bilo tako tudi za mitohondrije, ki so filogenetsko bakterije.

Članek je res vredno prebrati, žal ni mogoče ubogati Eisena, da ga prenesemo iz odprtega dostopa in ga čimbolj razširimo med bralstvo, ker članek ni (več) prosto dostopen. Treba bo skočiti na Science Direct za tiste, ki to možnost imajo (če mi sporočite svoj email, vam tekstovno kopijo pošljem v priponki).

Kreacionistični učitelji biologije

“Ne mor’š verjet” sem si rekel, ko sem prebral tole novico, posredovano iz članka v reviji Science prejšnji teden. Celih 13% anketiranih ameriških učiteljev biologije aktivno promovira kreacionizem, medtem ko večina od 900 anketiranih poučuje evolucijski nauk neučinkovito in nekvalitetno.

Močno upam, da je pri nas stanje zelo drugačno!

GS probiotik

Poročajo o uspešnih poskusih na miškah z gensko spremenjenim probiotikom na osnovi bakterije Lactobacillus acidophilus pri zdravljenju dveh modelnih oblik kolitisa. Po 13 dnevnem zdravljenju je probiotik skoraj povsem umiril vnetje debelega črevesa in ustavil bolezen v 95%.

Omajana primernost naravnega plina?

Metan nam s svojo vpletenostjo v zgodbo o klimatskih spremembah vedno znova zmeša štrene. Novi izračuni ameriške EPA o vrednosti naravnega plina (NG) kot zamenjave npr. za premog kot gorivo namreč kažejo, da so predhodni izračuni, ko bi naj NG bil za polovico prijaznejši v svojem prispevku k bilanci toplogrednih plinov  od premoga, precej manj ugodni. Zaradi vzporednih, doslej neevidentiranih izpustov metana pri zajemanju NG je ta v energetski izrabi komaj 25% čistejši od premoga.  

O prednikih

Blogerka Atkinson nam v svojem zapisu, tudi z obilo šaljivosti (ko se malo poigra z akronimom PVC), predstavi zanimiv nedavni članek v reviji Science. Žal članek izpod peresa Devosa in Reynauda ni v odprtem dostopu, razpravlja pa o možnosti, da so morda bakterijske skupine Planctomycetes, Verrucomicrobia in Chlamydiae (PVC) v številnih lastnostih zelo blizu temu, čemur iskalci začetkov življenja pravijo tudi LUCA (Last Universal Common Ancestor) - o tem Atkinsonova razpravlja tudi v nekem drugem svojem zapisu). Bralec bo torej imel kar nekaj dela, da bo iz obeh zapisov preko linkov obdelal članke, ki jih blogerka ponuja v podporo svojemu razmisleku.    

Prenos prionov z aerosoli

Nemško-švicarska študija objavlja eksperimentalni dokaz o prenosu prionov (povzročiteljev Creutzfeldt–Jakobove bolezni in bolezni norih krav) v aerosolih. To seveda ne pomeni, da smo v naravnem okolju ogroženi  npr. zaradi stika s potencialno obolelim govedom, vendarle pa ugotovitev prinaša opozorilo za strožjo varnostno presojo dela v diagnostičnih laboratorijih in v proizvodnjah, kjer bi delavci lahko prišli v stik z okuženimi govejimi trupi.  

O Open Accessu (ali “odprtem dostopu” po naše)

Da na tem blogu pišem o odprtem dostopu, ko je to vendarle tema, ki jo običajno obdelujem v blogu LiLoLe je razlog, ker bi rad opozoril na zapis blogerja, ki ga vedno z užitkom prebiram, namreč prof. J. A. Eisena, evolucionista na UC Davis. Všeč mi je, ker se je tokrat Jonathan temeljito razjezil zaradi neumestne rabe pojma Open Access. Sicer si pa preberite njegov zapis.  

Vrednosti metana v Mehiškem zalivu že normalne

Kot so objavile Novice Univerze Texas A&M so raziskovalci te univerze in kalifornijske Univerze iz Santa Barbare ugotovili, da se je raven metana v Mehiškem zalivu presenetljivo vrnila v obseg normalnih vrednosti že vsega nekaj mesecev po masivnem izpustu nafte in zemeljskega plina ob katastrofi na naftni ploščadi  Deepwater Horizon. Po podatkih oceanografov Johna Kesslerja (Texas A&M U) in Davida Valentinea (UCSB) je bakterijska razrast (v obliki značilnega fenomena cvetenja) odstranila preko 200.000 ton sproščenega metana.

O umetnih proteinih

Verjamem, da večina mojih bralcev sledi blog Nove biologije. Če ga tokrat še niste obiskali vam toplo priporočam pisanje >o umetnih proteinih v izvrstnem zapisu dr. Dolinarja.

Želodčna mikrobiota in alergijska obolenja

Komur se je pri branju prejšnjega zapisa in v njem svetovanih virov o prebavni mikrobioti povečala radovednost o njenih vplivih na zdravje naj vsekakor posluša tudi podkast z intervjujem Carla Zimmerja in prof. Blaserja, ki pripovedujeta zanimivo zgodbo o bakteriji, prebivalki v želodcu človeka, o Helicobacter pylori. Mikroorganizem, ki že nekaj let razburja medicinsko stroko zaradi njegove povezave s peptičnimi razjedami v želodcu in želodčnim rakom, naj bi po predpostavkah Blaserja imel precej večji vpliv na človekovo zdravje kot so opisane težave in ni omejen samo na želodec in ni samo negativen.

O prebavni mikrobioti

Bloger Kevin svoj prednovoletni blog zapis namenja mikroorganizmom v naših prebavilih. Živahen nedavni razvoj na dveh področjih, v imunologiji in mikrobiologiji prebavil je opozoril na vzporednice, ki jih imajo imunologija, mikrobiologija, prehrana in presnova, zlasti ob odkrivanju ozadja vse pogostejših obolenj v razvitem svetu kot so astma in avtoimunske bolezni. Prebavila so bogato naseljena z mikroorganizmi, to vemo že dolgo, vendar nam šele nove možnosti raziskav, s poudarkom na molekularnih tehnikah, ponujajo popolnejšo sliko o njihovem pomenu v prebavni fiziologiji in patologiji gostitelja. Dokončna potrditev predpostavk o vplivu prehranskega režima na sestavo mikrobne združbe in ugotovitve o njenem vplivu na imunski odziv gostitelja dajejo tem raziskavam novo opravičilo in zagon. Danes povezujemo prebavno mikrobioto  (neologizem, ki se tudi pri nas uveljavlja za mikrobno združbo nekega ekosistema) s številnimi stanji in obolenji pri človeku: z debelostjo, sladkorno boleznijo, alergijami, revmatoidnim artritisom in številnimi drugimi. Ob tem pa nam npr. uporaba mikrobiote zdravega človeka omogoča v obliki t. i. fekalnega transplantata zdravljenje kroničnih vnetij prebavil.

V tovrstnih raziskavah pri nas k sreči prav nič ne zaostajamo za tujino, ena od skupin s to usmeritvijo je tudi ekipa na Inštitutu za mikrobiologijo in mikrobno biotehnologijo Oddelka za zootehniko BF v Rodici pri Domžalah. 

mBiosphere

Pred letom sem že opozoril na novo odprtodostopno mikrobiološko revijo, mBio iz hiše ASM. Zdaj so se uredniki mBio odločili, da bodo vse sveže novice o objavah v reviji predstavljali v posebnem blogu mBiosphere.

Na današnji dan…

Naravoslovci se današnjega dne spominjamo zaradi dveh dogodkov. Tega dne leta 1822 se je v francoskem kraju Dole rodil Louis Pasteur, kemik in eden od utemeljiteljev mikrobiologije kot vede in stroke. In na ta dan leta 1931 se je Charles Darwin odpravil na krovu ladje Beagle na svojo znamenito pot okoli sveta, ki ga je inspirirala pri oblikovanju njegove evolucijske teorije.   

Užijmo praznični čas

 

Vsem bralcem želim prijazno božično praznovanje in veliko dobrega v novem letu, vaš bloger Franc

O znanstvenem žurnalizmu

Toplo priporočam vsem svojim bralcem, da si preberete članek Bore Živkoviča “The Line Between Science and Journalism is Getting Blurry….Again” iz spletnega časnika Science Progress.

Izvor haitske kolere

Vsem nam je živo pred očmi tragika povezana z letošnjim izbruhom kolere v potresno prizadetem Haitiju. Dodatno je zadeva doživela veliko medijsko pozornost zaradi nemirov, ko so se domačini spopadli z enotami Združenih narodov iz Nepala, ki naj bi prinesli kolero na Haiti. Primera se se je takoj lotila Svetovna zdravstvena organizacija (WHO), ki je angažirala raziskovalce na Howard Hughes Medical Institute (HHMI) pod vodstvom dr. Matthewa Waldorja. Po podatkih WHO je doslej na Haitiju zbolelo več kot 93.00 ljudi, umrlo pa 2.100 in izbruh bo po vsej verjetnosti trajal vsaj še leto dni. Raziskovalci HHMI so ob uporabi najsodobnejše opreme za sekvenciranje (ki je, mimogrede, še v razvoju) preiskali več sevov Vibrio cholerae na ravni analize celotnega genoma. V nekaj dneh so ugotovili, da po vsej verjetnosti sev, ki so v ozadju tega izbruha ne izvira iz Južne Amerike, kjer sicer občasno poročajo o endemskih žariščih te bolezni, ampak da ima verjeten izvor v Južni Aziji. Raziskava doslej ni potrdila konkretnega suma povezanosti izbruha kolere z nepalskimi vojaki, saj raziskovalci niso imeli na voljo seva kolere z izvorom v Nepalu.

Kot lahko tudi preberemo v tem viru je zanimiva ne samo učinkovitost razkritja izvora, ampak tudi izjemna ekspeditivnost v objavi rezultatov. Potem ko so raziskovalci prejeli prve haitske seve 8. novembra letos je bil koncept z ugotovitvami poslan reviji 19. novembra in članek je bil objavljen v New England Journal of Medicine že 9. decembra. Vprašamo se lahko koliko bo tudi  to dejstvo dodalo k vrednosti indeksa citiranosti.

Raziskovalno delo za študenta mikrobiologije

S posredovanjem SMD sem prejel zanimivo ponudbo dr. Jerneja Uleta iz MRC Laboratory of Molecular Biology Cambridge, UK:

Imam prosto mesto za študenta, ki bi za pol leta obiskal naš laboratorij in delal z mojim postdocom, Julianom Konigom. Julian ima v pripravi izredno zanimiv članek, a rabi pomoč, da lahko v pol leta konča poskuse. Tema je evolucija možgan. Delo vključuje predvsem molekularno biologijo, delo z splicing minigeni in mutacijami vezavnih mest za protein hnRNP C. Organizmi: HeLa celice in bakterije. Sicer je projekt baziran na sistemski biologiji, pri bioinformatiki sodeluje skupina Blaža Zupana. Projekt je nadaljevanje zgodbe, ki je bila objavljena letos v NSMB (Konig et al, iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution). Tule več o projektu in naši skupini: http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/jule/Ule_Lab_Homepage.html. Plača bi bila približno 1100 funtov na mesec. Moj kontakt je jule@mrc-lmb.cam.ac.uk.
lp,
Jernej

Predavanje prof. dr. Jureta Piškurja

Iz katedre za molekularno genetiko in biologijo mikroorganizmov Oddelka za biologijo BF sporočajo:

Vabimo vas na predavanje prof. dr. Jureta Piškurja z Univerze v Lundu  na Švedskem, ki bo v ponedeljek, 13. 12. 2010, ob 13.15. uri  v predavalnici P5 v Biološkem središču. Naslov predavanja je: Molekularni mehanizmi pri vzporedni evoluciji kvasovk. Kratek avtorjev povzetek predavanja: 

The fundamental characteristic of the Saccharomyces yeasts is their ability to degrade sugars to two-carbon components, in particular ethanol, even in the presence of excess oxygen. This characteristic is called the Crabtree effect and represents the background for the “make-accumulate-consume” strategy , which in natural habitats helps Saccharomyces yeast to out-compete other microorganisms. A whole genome duplication (WGD) and promoter-rewiring in the Saccharomyces cerevisiae lineage, which occurred around 100 mya, were the main molecular events providing the background for evolution of this strategy. Here we show that the Dekkera bruxellensis lineage, which separated from the Saccharomyces yeasts more than 200 mya, also efficiently make, accumulate and consume ethanol and acetic acid. Analysis of promoter sequences indicate that the D. bruxellensis lineage, just like S. cerevisiae, underwent a massive loss of a specific cis-regulatory element from dozens of genes associated with respiration, and we show that this promoter-rewiring contributes to the observed Crabtree effect.  Apparently, the same molecular mechanism has been employed independently by at least two distinct lineages.

(Hvala za posredovano sporočilo doc. dr. Jerneji Ambrožič Avguštin)

Napovedna mikrobiologija

Področju v mikrobiologiji, kjer uporabljamo matematične modele za napovedovanje rastnih značilnosti mikroorganizmov (kinetika, inhibicija…) pravimo napovedna mikrobiologija (angl.: “predictive microbiology”). Pomemben razvoj je doživela zlasti v prehranski in medicinski mikrobiologiji.

Nabor spletnih virov za področje napovedne mikrobiologije najdete na spletni strani USDA-NAL.

Umrl je Frank Fenner

Kot je sporočila avstralska nacionalna univerza (ANU) je umrl njihov dolgoletni član, mikrobiolog, zaslužni prof. dr. Frank Fenner. Raziskoval je viruse koz, posebne zasluge pa si je pridobil z vodenjem skupine pri Svetovni zdravstveni organizaciji, ko se je leta 1969 pričel ukvarjati s projektom eradikacije črnih koz, postal 1977 vodja projekta in je leta 1980 objavil njegov uspešen zaključek, ki je pomenil globalno zatrtje tega strašljivega epidemičnega obolenja.

Atmosfera – mikrobni ekosistem

Kot lahko preberemo v New Scientistu, v kubičnem zraka najdemo do 100 milijonov mikroorganizmov. Njihovo raznolikost nekateri primerjajo z ekosistemom tal, čeprav je prvi neprimerljivo manj raziskan, pred aeromikrobiologijo so torej pomembni izzivi. Mikrobi zraka naj bi namreč pomembno sodelovali tudi pri klimatskih spremembah.

NASA sklicala tiskovno konferenco.

Nasa je nekaj zadnjih dni napovedovala tiskovno konferenco z zelo presenetljivimi novicami o življenju v vesolju. Morda so bralci popularnih medijev pričakovali več, slišati je bilo tudi odmeve tipa: “…tresla se je gora, rodila se je miš.” Vendar pa je dr. Felisa Wolfe-Simon, ki je na konferenci predstavila svoje raziskave poudarila, da doslej odkrito samo odpira vrata do novih spoznanj o naravi življenja na drugačnih osnovah, kot smo jih poznali doslej. Njena raziskovalna skupina je namreč ugotovila, da lahko določene ekstremofilne bakterije za sestavljanje DNK uporabijo tudi element arzen namesto za naše dosedanje pojmovanje običajnega fosforja. Sicer je pa novinarski sklic NASA namenila tudi objavi odkritja novih območij vesolja, kjer predvidevajo pogoje za prisotnost življenja; objava konkretnih podatkov naj bi kmalu sledila v reviji Science. Kritični poročevalci pravijo, da je eden od razlogov tako odmevnega sklica tiskovne konference tudi v želji, da bi NASA uspela navdušiti državo za dodatna vlaganja v raziskave vesolja.

Neugotovljeni HIV

Današnji dan nas opozarja na AIDS. Po oceni ECDC je 30% okuženih s HIV nediagnosticiranih; po državah ta podatek niha med 15% in 50%.

Etika in sintezna biologija

O tem, kako presoja raziskave v sintezni biologiji bioetična komisija ameriškega predsednika Obame govori njena predsednica profesorica Amy Gutmann. 

Ali se izražamo razumljivo

O tem, ali se v strokovnem pisanju, konkretneje v mikrobioloških tekstih, vedno ustrezno izražamo, nas skuša opozoriti znani mikrobiolog in pisec Bernard Dixon. Nekatere njegove pripombe o slabi rabi so seveda vezane na specifično uporabo v angleškem jeziku, nekaj pa je tudi takih, na katere lahko naletimo tudi v drugih jezikih. Tako lahko brez dvoma pritegnemo njegovemu ugovoru proti uporabi sintagme “genetska koda” (v odvisnosti od smisla tudi “genska koda”) namesto “kodiranega zaporedja v genomu”, ker ga je občasno mogoče zaslediti v tudi v našem popularnem žurnalističnem pisanju. Zelo umesten je tudi Dixonov pomislek o preveč razširjeni rabi pojma “supermikrob” (v angl. “superbug”), ker ga uporabljajo za označevanje zelo različnih mikrobnih lastnosti pri čemer je bralca lahko samo zbegan. Tako nekateri s tem pojmom opisujejo mikroorganizme, ki so prilagojeni na življenje v ekstremnih okoljih, drugi posebno patogene mikroorganizme in tretji zopet take, ki so odporni na večino antibiotikov. Dixonu lahko pritegnemo npr. tudi pri zavračanju besede “metodologija” namesto “metoda”, ker je prva pač brez potrebe pompozna. V zaključku svojega zapisa Dixon zelo korektno prizna, da je vendar treba tudi pri presoji izražanja v stroki upoštevati razvoj jezika, vendar ne na škodo poglavitne naloge jezika. Najprej so poskusi spreminjanja izrazov lahko majhni in zato nepomembni, drugi pa lahko izboljšajo izpovednost besed in s tem razumljivost teksta. Tudi ni nič narobe, če iščemo nove, izpovednejše besede, s tem pa, da jih uvajamo v rabo npr. za določen pojav ali lastnost s potrpežljivostjo in doslednostjo. (Hvala kolegu dr. Odiču, ker me je opozoril na Dixonov članek).

Bakterije z “repom”

Ob vseh doslej znanih načinih bakterijskega gibanja (z bički, s polzenjem…) so pri nekaterih patogenih bakterijah, takih, ki prodirajo v celice gostitelja, odkrili poseben način premikanja, ki temelji na izkoriščanju znotrajcelične strukture gostiteljevih aktinskih vlaken. Bakterije proizvajajo posebno beljakovino, znano kot faktor za podporo nukleacije (nucleation-promoting factors). Ta poveže celična aktinska vlakna v snop, ki ostaja izza bakterije kot rep in nekako potiska bakterijo naprej. Princip lepo predstavljata tako risba kot tudi mikrofotografija v katerih so bakterije rdeče obarvane in aktinski repki zeleno. 

Človekovo mesto

Tokrat predlagam, da sprejmemo igro, ki nam jo ponuja revija Discover in si v obliki urbane metafore Človekovega mesta (Humanville) ogledamo naš mikrobiom. Pojem “mikrobiom” se je danes uveljavil za “predstavitev vseh mikroorganizmov, njihovih genestkih elementov (genomov) in okoljskih interakcij v definiranem okolju (wikipedija).

Članek na simpatično poljuden način predstavi značilno razliko v mikrobiomih tudi sorodnejših organizemskih vrst in uveljavi tezo, da je  njihova sestava v pomembnem delu odvisna od vrstne narave osebka. Raziskave mikrobnih združb Goriljega mesta, Šimpanzjega mesta in Bonobovega mesta kažejo značilna odstopanja od mikrobioma Človekovega mesta in odražajo evolucijsko pogojen razvoj gostiteljev.

Mikrobiologija od včeraj za jutri

Pod gornjim geslom je včeraj Slovensko mikrobiološko društvo SMD v Cankarjevem domu proslavilo 50 let obstoja. Zbor je pozdravila tudi soproga predsednika republike, gospa Barbara Miklič-Türk in popestrila dogodek z drobci spominov na svojo mamo dr. Danico Miklič, četrto predsednico društva. Slavnostni govornik je bil predsednik SAZU prof. dr. Jože Trontelj s temo o etičnih vidikih raziskovanj v biomedicini. Poleg prispevkov o zgodovini društva in o izobraževanju mikrobiologov smo lahko prisluhnili kolegom, ki so s predstavitvijo najodmevnejših raziskav zadnjih let identificirali ključna področja znanosti in stroke, kjer se udejanja mikrobiologija: v okoljskih vedah, v živilstvu, v zdravstveni zaščiti rastlin, živali in človeka in v biotehnologiji. Okrogla miza je sledila ob nizanju današnjih izkušenj rdeči niti, kako še doreči prihodnji strokovni in poklicni profil mikrobiologov.

Akademijo je zaključila podelitev tradicionalnih priznanj, Plenčičevih priznanj in Plenčičevega odličja SMD. Naj se tudi po tej poti še enkrat svojim strokovnim kolegicam in kolegom zahvalim za podelitev Plenčičevega odličja, “za življenjsko delo na pedagoškem področju mikrobiologije” kot je zapisano v obrazložitvi. In zahvalim naj se za priložnost, da sem lahko član tako imenitnega slovenskega mikrobiološkega občestva.

Ultra-mega-maksi bioplinska naprava

Kitajska je velika država. In loteva se velikih projektov. Ob vsej spoštljivosti do “velikega” pa mi vendarle ostajajo “majhni” pomisleki k projektu trenutno največje bioplinske naprave na svetu, temeljene na obdelavi odplak iz goveje farme Huishan v pokrajini Liaoning na severovzhodu Kitajske z 250.000 (!) živalmi. No, pravzaprav naj bi v napravi anaerobno obdelovali gnojevko od samo 60.000 živali. Pomisleke imam lahko predvsem zato, ker nimam podatkov o podrobnostih te tehnologije. Pridobljeni bioplin bodo pretvarjali do električne energije; te naj bi bilo za 37.639 MWh letno. Na napravi naj bi pridelali tudi 619.770 ton gnojil in zmanjšali ogljikov izpust za 180.000 ton. Žal ni podatka npr. o izbrani tehnologiji za pripravo gnojila; če je to zgolj pregnita gnojevka se bi najprej vprašal o ekonomičnosti rešitve zaradi potrebnih površin ob predpostavki razdalj za razvoz gnojevke na teh površinah.

Ali biologija izgublja intuitivno razumljivost?

Če se vam zdi ta stavek nenavaden prisluhnite video klipu Nobelovega nagrajenca Paula Nursea in razumeli boste od kod prihaja to vprašanje.

50 let Slovenskega mikrobiološkega društva

S slavnostno akademijo 24. novembra 2010 v ljubljanskem Cankarjevem domu bo Slovensko mikrobiološko društvo praznovalo 50 let svojega delovanja. Na spletu SMD najdete vabilo in program prireditve.

Nova Microbe Library

Ameriško mikrobiološko društvo (ASM) je nekoliko spremenilo izgled in uporabo svojega učnega portala Microbe Library. Ker so ga ločili od revije Journal of Microbiology & Biology Education (JMBE) ima zdaj status odprtodostopnega spleta, za uporabo katerega se morate zgolj registrirati. V zbirkah Atlas, Protocol in Visual bodo tako učitelji kot študenti našli veliko vsebin koristnih za pouk mikrobiologije. 

Koreninski internet

Preko 80% rastlinja ima korenine poseljene z nitjem, ki ga spletajo glive. Nitasta struktura, ki ji pravimo mikoriza, zajema iz tal minerale in vodo in del posreduje rastlini v zameno za druge hranilne sestavine. Zdaj pa odkrivajo še morebitno novo nalogo, ki bi jo naj imela ta mreža, namreč sporočanje med rastlinami; v konkretnem primeru naj bi šlo za aktiviranje obrambe pred parazitskim napadom. Dosedanja opazovanja še nimajo odgovorov, obeti pa so zanimivi.

Kam je vsa…nafta…šla?

Tudi znanost še vedno išče ostanke katastrofalnega naftnega razlitja v Mehiškem zalivu. Del je brez dvoma bil zajet, del je mogoče najti v priobalju in na obalah, del nafte je v podvodnih “oblakih”, nekaj nafte je izhlapelo, del pa je vendarle že vstopil tudi v prehransko verigo morskega življa. Skupina raziskovalcev iz Alabame odkriva pot nafte, ki so jo presnovili mikroorganizmi in jo je zdaj na osnovi značilne strukture ogljikovih spojin mogoče slediti vzdolž prehranske verige, od bakterij, preko planktonskih organizmov vse tja do višjih organizmov, rib in morskih sesalcev. Sedanja študija seveda nima ambicij presojati vse ev. toksične in druge okoljske učinke, slej ko prej pa bo ta vidik deležen pozornosti v nadaljevanju njihovih in drugih raziskav.

Rezultati iGEM 2010

Zdaj si lahko ogledate tudi končno listo vseh nagrad na letošnjem iGEM tekmovanju. Slovenski izplen je res izjemen!

Odmevi slovenske iGEM zmage v blogosferi

V blogosferi (manj v klasičnih medijih) že odmeva izjemna slovenska zmaga na tekmovanju iGEM 2010:

http://leokinmann.blogspot.com/2010/11/at-231pm-randy-said-igem-2010-will-be.html

http://biocamp.blogspot.com/2010/11/igem-2010-winner-slovenia-team.html

http://24ur.com/novice/slovenija/med-najboljsimi-so-bili-zopet-najboljsi-slovenci.html

http://www.synthesis.cc/2010/11/igem-2010-slovenia-wins.html

http://www.reddit.com/r/biology/comments/e30cx/finalists_of_international_genetically_engineered/

iGEM znova slovenski

Kot je bilo mogoče pred nekaj minutami prebrati na Twitterju je slovenski ekipi na iGEM 2010 znova uspelo osvojiti Veliko nagrado. Čas je, da začnemo govoriti o SLOVENSKEM FENOMENU. Iskrene čestitke vsem, ki so zaslužni za ta izjemen uspeh!

In če si boste ogledali celoten potek glasovanja za nagrade, boste videli, da je uspeh še večji.  

iGEM 2010

Tudi letos (med 6. in 8. novembrom) se na MIT borijo študentske raziskovalne skupine iz vsega sveta na tekmovanju iGEM. In tudi letos so zraven slovenski študenti pod vodstvom izkušene mentorske ekipe pod vodstvom prof. Romana Jerale. Na zemljevidu si lahko ogledate od kod prihajajo letošnje ekipe, skupaj jih je 128. Dogajanje lahko spremljate tudi preko Twitterja. 

Družabna omrežja pomagajo napovedovati epidemije

Družabna omrežja nam res lezejo pod kožo. Z njimi si med drugim povečujemo število sodelavcev v svojih hobijih. Moja FB prijateljica Vesna mi je npr. pravkar posredovala povezavo do izjemnega video klipa, ki bi ga morda sam zgrešil. To je, zanimivo, video iz TED konference (Nicholas Christakis: How social networks predict epidemics) in se ukvarja prav s socialnimi omrežji, konkretneje o tem, kako je s spremljanjem omrežij mogoče napovedovati razširjanje različnih epidemičnih pojavov, npr. od bolezenskih stanj do razširjanja inovativnih idej. Človeka prisili v globok razmislek…

Polio v Kongu

Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) objavlja zaskrbljujočo vest. V novici iz letošnjega 4. novembra lahko preberemo o pojavu 120 paralitičnih primerov in 58 smrtnih primerov poliomielitisa v republiki Kongo, večinoma, po današnjih podatkih, pri mladih med 15. in 25. letom starosti. Izbruh predstavlja seveda hud izziv za organizacijo The Global Polio Eradication Initiative, ki ima med dolgoročnejšimi cilji tudi globalno izkoreninjenje poliomielitisa po vzoru črnih koz.

Virusni velikani

Pred leti so pri sladkovodni amebi odkrili okužbo z virusnim velikanom, ki je imel v DNK genomu preko milijon baznih parov. Virus so uvrstili v skupino t. i. mimivirusov. Zdaj so podoben gigantski virus odkrili pri morskem enoceličarju Cafeteria roenbergensis. Virus, zaenkrat imenovan CroV, ima linearen DNK genom velik 700.00 baznih parov (700kb), kodira okoli 550 beljakovin in ima na koncih DNK molekule ponovljene sekvence, ki spominjajo na telomere evkariontskih celic.

Video o metagenomu prebavil

Leta 2010 pričakujejo, da bo zaključen eden od trenutnih genomskih megaprojektov – projekt humanega metagenoma. V igri je preučevanje genomov bakterij, ki naseljujejo našo prebavno cev in predstavljajo 99% genov, ki jih najdemo na/v našem telesu. O tem pripoveduje video na YouTube kanalu MetaHIT. 

Ogroženi netopirji

V ZDA zapirajo podzemne jame, da bi omejili širjenje bolezni, ki desetka netopirje, poročajo na Wired Science blogu. Sindrom belih smrčkov, ki ga povzroča gliva Geomyces destructans je v zadnjih petih letih pokončal najmanj milijon netopirjev in ogroža obstoj nekaterih netopirskih vrst.

O upravljanju z mikrobnimi viri

Na povabilo SFAM je prof. dr. W. Verstraete iz Univerze v Ghentu predstavil v izjemnem predavanju “Upravljanje z mikrobnimi viri”. Nastop nas brez dvoma prevzame in lahko ga brez pretiravanja označimo kar za  “visoko pesem mikrobnih skupnosti”. Ogled video klipa vas bo zadovoljil večkratno: narejen je v simpatični tehnodidaktični obliki, ko skoraj občutimo, da smo del avditorija, predavatelj nas oskrbi z množico bibliografskih virov za kasnejši poglobljen študij posameznih tematik in dobili boste obilo teoretičnih ter praktičnih informacij in spodbud na obsežnem področju okoljske mikrobne biotehnologije. Spoštovani kolegi, spoštovani študenti: vzemite si uro časa, ne bo vam žal, prof. Verstraete ve o čem govori in je prepričljiv.    

Izkoreninjena goveja kuga

15. oktobra letos je generalni direktor FAO razglasil uspešen zaključek programa globalnega izkoreninjenja goveje kuge (Global Rinderpest Eradication Programme's - GREP), ki so ga pričeli v letu 1994. S tem je izkoreninjena druga virusna bolezen v zgodovini medicinskih ved, potem ko so bile zatrte črne koze pri človeku leta 1980.  

Najdaljši genom ima rastlina

Raziskovalci laboratorija Jodrell iz sestave ustanove Kew, kraljevski botanični vrtovi, so odkrili pri rastlini Paris japonica, redki rastlini iz Japonske, dosedaj najdaljši genom. Kot največji genom je doslej veljal tisti pri ribi pljučarici Protopterus aethiopicus  s ca. 130 milijardami baznih parov. Spomnimo se, da je človekov genom dolg okoli 3 milijarde baznih parov, rastlina Paris j. pa ima genom dolg okoli 150 milijard baznih parov.

Vendar pa pravi dr. Nick Lane iz Oddelka za genetiko, evolucijo in okolje na londonskem University College, da ni nujno, da bo ta rekordni podatek veljal dolgo, saj je prav mogoče, da bi pri kakšni amebi našli še obsežnejši genom. No, če pogledamo v Wikipedio, tam podatek dejansko že najdemo (Polychaos dubium). Torej bi za novico iz Jodrella morali pravzaprav opozoriti, da govori o večceličnih organizmih

VHM

Virusne hemoragične mrzlice (VHM) so obolenja z razponom kliničnih slik od blagih do hudih, med zadnjimi se nekateri izbruhi lahko končajo s smrtjo pretežnega števila obolelih (npr. pri Eboli). Nedavni prispevek v reviji Wired “Lassa fever: Coming to an airport near you” nas prepričljivo opozori, da ob sicer prevladujoči pojavnosti teh obolenj v za nas eksotičnih področjih, sodoben, predvsem zračni transport, lahko to realnost dramatično primakne v naše bližnje okolje. Vredno branja in razmisleka.

Bakterije proti virusu denge

V naslednjem letu bodo v Avstraliji in Vietnamu naselili v naravno okolje komarje, okužene z bakterijo Wolbachia. Takšni komarji so v manjši meri sposobni prenašati virus mrzlice denga, imajo pa tudi pol krajšo življenjsko dobo, kar dodatno omejuje raznos denge, saj virus prenašajo le starejši insekti. Bakterija Wolbachia se prenaša na potomce preko jajčec okuženih samic, okužene prenašalke pa se hitro uveljavljajo v populaciji saj imajo selekcijsko prednost, ker le one se lahko parijo z okuženimi samci, medtem ko se neokužene samice ne morejo.

Je odkrit vzrok CCD?

Morda so raziskovalci na dobri poti, da pojasnijo ozadje skrivnostnega sindroma propadanja čebeljih družin (angl. Colony Collapse Disorder - CCD). Odkrili so namreč kombinacijo virusa in glive, katerih patogeneza bi morda lahko pojasnila nadlego, ki resno prizadeva svetovno čebelarstvo.

Vakcinacija nosečnic

Nedvomno vzpodbudna novica za nosečnice: otroci mater, ki so bile v času nosečnosti vakcinirane proti gripi, imajo skoraj 40% manjšo verjetnost hospitalizacij zaradi gripoznih obolenj, ugotavljajo raziskovalci J.H.B. School of Public Health iz Baltimora.

O arhejah

Skupina organizmov z imenom arheje (Archaea) si v naših učbenikih biologije le stežka utira pot do priznanja samostojne taksonomske kategorije (domene) v biološkem razvrščanju in poimenovanju. Da temu ni tako samo pri nas, lahko preberemo tudi v nedavnem prispevku D. Mungerja v reviji Seed. In na nekatera novejša presenetljiva spoznanja o biologiji te nenavadne organizemske skupine nas tudi opozori avtor.

Brada - riziko

Na svoja stara mikrobiološka leta sem moral zvedeti, da sem s svojo brado rizičen :-) za svojo okolico: članek v Appl Environ Microbiol. Vidim pa, da je bil ta raziskovalni prispevek nagrajen z letošnjo IG Nobelovo nagrado za področje javnega zdravstva. Sicer pa zabavajte se in uživajte ob še nekaterih nagradah revije AIR.