Leptospiroza

Leptospire so povzročitelji obolenj, ki v nekaterih področjih sveta povzročajo hude probleme - pripisujejo jim letno do 500.000 kliničnih primerov obolenj pri človeku z 5 do 20% smrtnostjo. Živali, ki so nosilci npr. povzročitelja Leptospira interrogans, tega z urinom izločajo v vodo, kjer, kot so verjeli doslej, naj bi organizem vztrajal planktonsko, torej prosto plavajoč v vodi. Francoski raziskovalci pa so se zdaj ekologiji leptospir posvetili bolj poglobljeno in ugotovili, da je 90% leptospir sposobnih v kratkem času ustvariti na površinah v vodnem okolju biofilme, ko površino poselijo z mikrobno trato, ki mikroorganizme zadrži in jih tudi sicer varuje pred neugodnimi vplivi v okolju. Sposobnost ustvarjanja mikrobnega filma naj bi imela pomembno vlogo tudi v patogenezi poselitve sluznic obolelega organizma. 

Biotechnology for Biofuels

Odslej bomo lahko pri elektronskem založniku BioMed Central v odprtem dostopu spremljali novo revijo Biotechnology for Biofuels. Kot naslov pove bo revija posvečena raziskavam in razvoju v področju bioenergentov. Druga revija iz iste hiše Molecular Cytogenetics pa bo zanimiva zlasti za molekularne biologe in genetike.

Užitni ovoji živil

Že dalj časa v pripravi številnih živil uporabljajo ovoje, ki so užitni in morajo torej biti v vseh pogledih neškodljivi. Pretežno so v uporabi rastlinski materiali, s tem je namreč zadoščeno tudi vegetarijanskemu okusu. Zdaj pa iščejo nove poti tudi pri tej obdelavi živil. Poslej naj bi ovoji ne bili zgolj embalaža, ampak bi imeli tudi protimikrobni učinek in izboljšali naj bi živilu okus ter prehransko vrednost.

NextBio

Kdor bi želel preskusiti še kak učinkovit iskalnik v biomedicinskih vedah, naj poskusi z NextBio. Pohvalijo se zlasti s tesno povezavanostjo s ključnimi farmacevtskimi firmami in vodilnimi ustanovami biološkega raziskovanja. 

Študentsko delo

Tale zapis je namenjen predvsem tistim bralcem bloga, ki ste poklicno povezani z mikrobiološko stroko. Bližajo se počitnice in oglašajo se študenti, ki bi želeli poletje delovno izkoristiti ter uporabiti študentsko delo tudi tako, da bi pridobili tudi kaj strokovnega znanja. Če imate v svojih delovnih okoljih kakšno tako delo vas vabim, da omogočite našim študentom mikrobiologije takšno izkušnjo. Predlagam, da mi sporočite na moj elektronski naslov franc.nekrep<afna>gmail.com vaše ponudbe in jih bom posredoval študentom.

Difuzijske omejitve velikih bakterijskih celic

Celice npr. ćloveškega telesa, ki v velikosti znatno presegajo velikost bakterijskih celic imajo zelo kompleksno notranjo celično strukturo in dostavne sisteme, ki zagotavljajo, da so bistvene beljakovine v celici vedno na mestu, kjer so potrebne. Manjše bakterijske celice tako kompleksne zgradbe ne potrebujejo, saj za transport pomembnih celičnih elementov zadostuje difuzija. Ko pa so pred leti odkrili bakterije, katerih velikost znatno presega velikost poprečne predstavnice, npr. vrsta Epulopiscium fishelsoni  sega v dolžino do 600 µm, medtem ko je celica E. coli dolga vsega 2 µm, se je takoj postavilo vprašanje, kako te velikanke presegajo difuzijske omejitve. Kot kaže leži odgovor v nenavadni razporeditvi bakterijskega genoma pri njih. Te celice imajo namreč močno pomnožene genome, ocenjujejo da jih je 80.000 do 120.000, ki so razporejeni po vsej celici. Preračunava razmerja med volumnom celice in količino genetskega materiala potrjuje predpostavko, da ta rešitev ohranja ključne celične funkcije v dosegu difuzijskih gibanj.

Cell Host & Microbe

Znanstvena založba Cell je razširila nabor svojih publikacij še z revijo Host & Microbe. Revija je namenjena interakcijam med gostiteljem in mikrobno celico. Dostop do elektronskih člankov je plačljiv, občasno pa je v zvezku tudi kakšen članek v odprtem dostopu (Featured Articles). V oddelku Movie Gallery pa objavljajo tudi video klipe, ki so prav tako odprtodostopni.

Tipkovnice in higiena

Po neki ameriški raziskavi so računalniške tipkovnice bogato naseljene z bakterijami, tudi s takimi, ki so lahko potencialno nevarne. Razlog so predvsem navade uporabnikov, ki svojo delovno površino okužujejo s kihanjem in kašljanjem in ki dodatno prispevajo k njeni mikrobni poselitvi s pomanjkljivo osebno higieno.

Napoved učinkovitejše imunske preventive

V prihodnje se obetajo še učinkovitejši predvsem pa hitrejši postopki v pripravi imunskih zaščitnih pripravkov, ki bi bili zlasti uporabni v prestrezanju tveganj zaradi morebitnega širjenja nekaterih pandemij (npr. ptičje gripe).

Nanodelci kot morebitno tveganje

Prav je, da ob uvajanju novih tehnologij spremljamo tudi njihove morebitne neugodne stranske učinke. Tako je Zhiqiang Hu, profesor na Univerzi Missouri, opozoril na nevarnost srebrovih nanodelcev za tehnologije čiščenja odpadnih vod. Na trgu so izdelki, kot so npr. nogavice v katerih ti delci ustavljajo rast bakterij, ki so razlog neprijetnega vonja, ali pa v sodobnih pralnih strojih s temi delci razkužujejo oblačila. Pojavljajo pa se novi predlogi za še obsežnejšo rabo.

S prehodom delcev v odpadno vodo se lahko pojavijo težave, bodisi pri čiščenju odpadne vode, kjer so nanje zlasti občutljive bakterije, ki sodelujejo v odstranjevanju dušikovih spojin ali pa se pojavijo učinki v naravnem okolju. Z odtekanjem obdelanih odpadnih vod v odprte vodotoke lahko namreč tem delcem pripišemo nepredvidljive učinke v naravnem okolju oz. ob uporabi čistilniškega mulja na površinah bi ti delci lahko zašli tudi v prehransko verigo. Srebrove nanodelce namreč povezujejo s povečanim obsegom nastajanja reaktivnih kisikovih zvrsti (RKZ ali angl. ROS). Raziskave bodo zato v prihodnje usmerjene tudi v sleditev nanodelcev in posledic njihovega delovanja v naravnem kroženju snovi.

Viri biomase za energijo

V novejšem času se poročila o poskusih najdbe novih bioenergetskih virov kar prehitevajo (glej tudi >tukaj). Na Univerzi Teksas v Austinu so razvili bakterije, ki proizvajajo celulozo, to pa nato v nadaljevanju predelamo v etanol. Za proizvodno mikrobne biomase so izbrali cianobakterije, ki poleg tega da so fotosintezne in torej izkoriščajo v energetski oskrbi neizčrpen svetlobni vir, fiksirajo iz ozračja dušik in v proizvodnji ni potrebna namenska oskrba s tem hranilom. Cianobakterije so spremenili tako, da so jim vstavili gene za sintezo celuloze iz bakterije Acetobacter xylinum in spremenjeni organizem izloča celulozo v obliki gela, ki je zlahka razgradljiv do glukoze za razliko od kristalinične rastlinske celuloze.

Nova protimikrobna strategija

Nov način borbe proti patogenim, zlasti še za antibiotike rezistentnim bakterijem preskušajo raziskovalci na jeruzalemski The Hebrew University. Bakterije se v telesu ob pomanjkanju nekaterih hranil lahko potuhnejo v t. i. dormantno stanje in se na ta način tudi učinkovito izognejo delovanju antibiotikov. Novi postopek temelji na oskrbi s pogosto limitnimi viri železa in magnezija, kar stradajoče neaktivne bakterije vrne v razmnoževanje in takrat jih lahko z antibiotiki učinkovito pokončamo.

Bolezen Chapare

V Boliviji naj bi odkrili nov ubijalski virus. Bolezen Chapare, kot so jo poimenovali po kraju prve najdbe naj bi bila iz skupine hemoragičnih vročic, povzročitelj pa virus iz skupine arenavirusov, kot lahko preberemo v izvirnem članku v PLoS Pathogens.  

O nanobakterijah

Po prvih poročilih o nanobakterijah v zgodnjih 80tih letih prejšnjega stoletja se je zgodba obnovljala z novimi opazovanji vsakih nekaj let. Zdaj kaže, da jo bo mogoče ovreči, kot kažejo raziskave Jana Martela iz tajvanske Univerze Chang Gung in Johna Younga iz Univerze Rockefeller v New Yorku. Potem ko so nanobakterije med drugim povezovali z zgodnjim nastankom življenja na zemlji zdaj kaže, da so značilno oblikovani delci zgolj kroglice iz kalcijevega karbonata, torej krede, ki pa so lahko prekriti z slojem proteinov ali drugega organskega materiala.

Cirkularno in linearno

Vemo, da je genetski material pri prokariontskih organizmih večinoma zaključen v krožno zanko, pri evkariontih pa je linerano oblikovan. No, bakterije včasih od osnovnega pravila odstopajo, tako da poznamo tudi pri njih linearne genome. Poskus preoblikovanja krožnega kromosoma bakterije Escherichia coli v linerano obliko je uspel tako daleč, da se spremenjeni organizem v svojih funkcijah ni bistveno razlikoval od divjega seva. O tem in drugih zanimivosti bakterijskih kromosomov tokrat na Elijevem blogu pripoveduje njegova sodelavka Merry Youle.  

Darwinovi manuskripti

Splet "The Complete Work of Charles Darwin Online", ki ga ureja Univerza Cambridge je pripravil dostop do manuskriptov Darwinovih del. 

O GSO

Če niste bili pozorni: na blogu Nove biologije je dr. Marko Dolinar zadnjih sedem zapisov  posvetil gensko spremenjenim organizmom. Razen tega pa je na novičarskem blogu Razgledi.net objavil daljši zapis na isto temo, ki je sprožila obsežno razpravo. In še en nasvet; preberite si tudi tale zapis mag. N. Pečenka v Mladini.

Celuloliza v rastlini

Prof. Mariam Sticklen iz Univerze Michigan State je pri iskanju možnosti za izkoriščanje odpadne rastlinske biomase ubrala zelo posebno pot. Kot pravi v sporočilu: "... da lahko lignocelulozno biomaso pretvorimo v etanol jo je potrebno najprej obdelati, da odstranimo lignin in tako omogočimo dostop encimom do polisaharidov. V tem poročilu je predstavljen spremenjen način biosinteze lignina, ki zmanjšuje potrebo po predhodni obdelavi in prikazani so rezultati spremembe genoma koruze, tako da sama proizvaja potrebne encime za presnovo celuloze v koruzni biomasi do sladkorjev primernih za fermentacijo. Uporabljeni (in v rastlino vključeni, dodal FVN.) so encimi: endo-celulaza termofilne bakterije Acidothermus cellulolyticus , eksocelulaza glive Trichoderma reesei in beta-glukozidaza vampne bakterije Butyrivibrio fibrisolvens. Transgena koruzna rastlina proizvaja te encime zgolj v listih in steblih in jih skladišči v znotrajceličnih razdelkih (vakuolah). Tako je preprečeno, da bi hidrolitični encimi motili citoplazemske funkcije ali razgradili polisaharide rastlinske celične stene preden je rastlina požeta in pripravljena za obdelavo. Tako je zagotovljen tudi povečan obseg sinteze encimov v rastlini."

Sliši se kot znanstvena fantastika in prav zanimivo bo spremljati nadaljnjo usodo te koruze, ki so ji dali ime Spartan Corn III.

"Informirane" bakterije

Članek "Bakterije načrtovane za iskanje pesticidov" v reviji Nature nam ponuja vrsto, v tem trenutku sicer še spekulativnih možnosti, kako izkoristiti bakterije za nadzor okolju neprijaznih kemijskih spojin. Izhodišče predloga je oblikovanje molekularnega stikala (angl. riboswitch - "ribostikalo") v celici Escherichia coli. Bakterija po prepoznavi npr. atrazina v okolju s specifičnimi receptorji na površini svoje celice, aktivira z ribostikalom gen, ki sproži gibanje bakterije v smeri naraščajoče koncentracije pesticida. Če bakterijo opremimo še s sposobnostjo razgradnje pesticida, ga ta ne bo samo poiskala ampak tudi uničila.

Aligatorji se uspešno zoperstavljajo infekcijam

Ugotovitev, da se aligatorji uspešno borijo proti infekcijam je pripeljala raziskovalce na sled antibiotsko aktivnih snovi v njihovih levkocitih, ki so učinkovite tako proti glivam kot je Candida in številnim bakterijam, tudi takim iz skupine MRSA (proti meticilinu rezistentni stafilokoki).

Povsem drugo pot borbe proti zoprnim MRSA bakterijam pa so ubrali raziskovalci na Univerzi Arizona State, ki so za nekatere gline ugotovili protimikrobno učinkovitost, kar omogoča razmislek o pripravi glinenih zdravilnih oblog.

Boj proti malariji se nadaljuje

V povzetku nam revija Microbe predstavlja raziskavo C. Doerig in sod. (Univerza Glasgow) z zanimivo napovedjo morebitne nove tarče za kontrolo povzročitelja malarije, bolezni torej, ki vsako leto prizadene 350 do 500 milijonov ljudi in ki umori med 1 in 3 milijoni žrtev, predvsem otrok. Pri Plasmodium falciparum  so našli atipično proteinsko kinazo brez homologa v človeških celicah in z njeno onesposobitvijo je mogoče okrniti razmnoževanje parazita predvsem pa onemogočiti njegov prenos v komarje vektorje.

Mikrobne gorivne celice

Vse več je v strokovni literaturi poročil o raziskavah t. i. mikrobnih gorivnih celic (MFC). Obeti so, da bi lahko kot "gorivo" zanje uporabljali odpadno organsko snov, kot pravi prof. B. Rittmann iz Biodesign Institute na Univerzi Arizona State.

Didušikov oksid kot TGP

Ob pogostem omenjanju ogljikovega dioksida in metana kot pomembnih toplogrednih plinov (TGP) kar pozabljamo na didušikov oksid (N2O), je opozoril prof. D. Richardson na nedavnem kongresu SGM. Sicer plin, ki ga poznamo tudi kot smejalni plin, predstavlja le 9% vseh toplogrednih plinskih emisij a ima 300 krat večji toplogredni potencial kot CO2. V atmosferi lahko preživi 150 let in njegova koncentracija se letno povečuje za 50 ppb ali 0,25%.

Kadar so bakterije soočene s pomanjkanjem kisika, pravi prof. Richardson, nekatere med njimi preidejo na izrabo nitratov, pri tem pa se sprošča N2O v okolje. Največ ga prispevata biološko čiščenje odpadnih vod in deponije odpadkov ter kmetijstvo ob neustrezno odmerjenem gnojenju.

Ebola vakcina

Kot kaže je ameriškim in kanadskim raziskovalcem uspela priprava vakcine proti eni najhujših virusnih infekcij, ki ogrožajo človeka, proti obolenju Ebola. Uspešni preskusi na primatih zdaj odpirajo pot v klinično preskušanje pri ljudeh.

Video o črevesnih mikroorganizmih pri človeku

V video arhivu revijalne založbe Nature, o čemer poročam tudi drugje, je mogoče najti tudi video klip o črevesnih mikroorganizmih pri človeku. Zanimiv je zlasti poudarek na razliki v sestavi črevesne združbe pri debelih in vitkih osebkih.

EDU spleti

Na EDU forumu ameriškega društva mikrobiologov (ASM) so učitelji, člani ASM, zbrali najbolj priljubljene spletne strani, ki se jim zdijo koristne pri pouku mikrobiologije. Nastal je kar lep spisek URL naslovov:

www.cdc.gov

http://www.microbelibrary.org/

www.asm.org

http://www.asm.org/division/c/index.htm

http://www.asm.org/division/c/index.htm

http://www.dpd.cdc.gov/DPDx/

http://www.promedmail.org/pls/otn/f?p=2400:1000:

http://www.doctorfungus.org/index.htm

http://botit.botany.wisc.edu/toms_fungi/

http://foodsafe.ucdavis.edu/music.html

http://www.kensbiorefs.com/Microbio.html

http://www.biofilmsonline.com/cgi-bin/biofilmsonline/index.html

http://www.biofilmsonline.com/cgi-bin/biofilmsonline/ed_laboratory_exercises.html

http://www.erc.montana.edu/biofilmbook/

http://www.erc.montana.edu/

http://phil.cdc.gov/phil/home.asp

http://dermatlas.med.jhmi.edu/derm/index.cfm

http://www.bio.davidson.edu/projects/aidspopculture

http://the-aids-pandemic.blogspot.com/

http://phobos.apple.com/WebObjects/MZStore.woa/wa/viewPodcast?id=159063569

http://www.bacteriamuseum.org/

http://vm.cfsan.fda.gov/~mow/intro.html

http://people.ku.edu/~jbrown/bugs.html

http://www-cyanosite.bio.purdue.edu/index.html

http://www-cyanosite.bio.purdue.edu/index.html

http://www.microbeworld.org/

http://commtechlab.msu.edu/sites/dlc-me/zoo/

http://microbiol.org/

http://www.scotcal.co.uk/murray.asp

http://schaechter.asmblog.org/schaechter/

http://www.cdc.gov/ncidod/eid/index.htm
http://www.wadsworth.org/

http://web.mst.edu/~microbio/MOWhome.html
http://www.kcom.edu/faculty/chamberlain/

http://www.lumen.luc.edu/lumen/DeptWebs/microbio/med/gram/gram-stn.htm

http://halo.umbi.umd.edu/~haloed/

Evolucija višjih evkariontov

Potem ko se je v zemeljski atmosferi pričel pojavljati kisik nekako 2,5 milijarde let nazaj je šele pred 600 milijoni let dosegel koncentracije, ki so omogočile razvoj večceličnega življenja in s tem tudi razvoj višjih organizmov, vključno z živalmi. Raziskovalci v marčevski številki revije Nature, kot povzema Physorg.com, ugotavljajo, da je bil čas skoraj dveh milijard let evolucijsko torej precej skromen, razlog zadržane evolucije pa iščejo v pomanjkanju tako kisika kot molibdena v oceanskem okolju. Molibden je namreč potreben v fiksaciji dušika, kar zagotavlja oskrbo s potrebnimi sestavinami celične gradnje.

Zgodnja evolucija življenja in tRNA

Nedavni članek v PLoS Computational Biology (članek je odprto dostopen) skuša predstaviti univerzalno filogenetsko drevo življenja nekoliko drugače, kot je veljalo doslej in sicer na osnovi sekvence in sekundarne strukture prenašalne RNK (tRNA). Po novi sliki, ki bo nedvomno izzvala zavrnitve ali vsaj komentarje, so arheje najstarejša skupina, ki preide v dve mlajši, v arhejsko in v bakterijsko-evkarijsko. Izvor virusov je vezan na arhejsko linijo.

HOMD baza

Baza ustnega mikrobioma človeka (Human Oral Microbiome Database - HOMD) želi znanstveni skupnosti zagotoviti izčrpno informacijo o približno 600 prokariontskih mikrobnih vrstah iz ustne votline človeka. Večina teh vrst je še negojenih in niso poimenovane, prepoznane so zgolj po zaporedju njihove 16S rRNA.

O higienski hipotezi

Vse pogosteje se tudi v popularni literaturi in v časopisnih medijih navaja t. i. higienska hipoteza, ki predpostavlja, da pomanjkanje izpostavljenosti kužnim dražljajem, torej infektom v zgodnji otroški dobi, povečuje kasnejšo telesno občutljivost za alergije in avtoimunska obolenja. Žal hipotezi ugovarja prav toliko argumentov, kot jih navajajo v njen zagovor, tako da je nesmiselno, da bi se zato odpovedovali osebni higieni ali se izogibali vakcinaciii. Lahko prisluhnete podkastu na omenjeno temo (bodite pozorni, da imate vključen zvočni predvajalnik za mp3 dokumente npr. iTunes).

Varujmo se stresa

Saj vsi vemo, da nam stres ni v prid, vendar tale prispevek nam pojasni, kako postanemo v stresnem stanju izrazito občutljivi za infekcije. 

Knjiga o H. pylori

Vsem, ki se ukvarjate z bakterijo Helicobacter pylori ; v kolikor še ne veste: pri Caister Academic Press je izšla monografija o njej.

Kreacionisti se smešijo še naprej

Tole zgodbo o vedenjskih vzorcih, ki si jih privoščijo ameriški kreacionisti (ali bolje zagovorniki ID - inteligentnega načrta) velja povedati. Posneli so namreč nov propagandistični film Expelled in vanj vključili tudi nekaj intervjujev z znanimi evolucionisti. Mimogrede je treba omeniti, da so do teh pogovorov prišli tudi po zvijačni poti, ko intervjuvancem npr. niso povedali pravega razloga za snemanje. Pa to je že drugi del zgodbe. Najzanimivejši je dogodek, ko so znanemu evolucijskemu biologu PZ Myersu, sicer profesorju na Univerzi Minnesota in med drugim avtorju zelo odmevnega bloga Pharyngula prepovedali ogled filma in to po zelo nenavadnem postopku. In povedati je treba, da je prav PZ Meyers bil eden od intervjuvanih iz filma. Drugi je bil drug znani evolucionist, Richard Dawkins, ki je, zanimivo, tudi bil na predstavitvi filma in njemu so ogled dovolili (morda ga niso prepoznali?). Sicer si pa lahko njuno pričevanje o dogodku pogledate na video spotu. Kdor bi pa rad prebral nekaj več o ozadju celotne zgodbe bo moral na Dawkinsov splet.

Nova mikroskopija

Nedavno so bili v reviji Nature predstavljeni rezultati nove mikroskopske metode, ki je zahtevna kombinacija računalniške tehnologije in elektronske ultramikroskopije, v t.i. kriomikroskopiji s posamičnimi elektroni. Predstavljena je bila upodobitev virusa epsilon 15 in slike so bile markantne, najprej ker učinkovito zamrzovanje ohranja zelo realistično strukturo objekta, ob tem pa je mogoče zlahka prepoznati delce velike polovico nanometra, kar pomeni, da razkrivamo razdalje blizu ravni atomov.

Senzorsko odkrivanje antraksa

Na tržišču se je pojavil detektor za hitro dokazovanje šestih patogenih dejavnikov, ki jih lahko pričakujemo v morebitnem bioterorističnem zračnem napadu, med drugim povzročitelje antraksa, črnih koz, toksina ricina in botulinus toksina ter še dveh drugih bakterij.

Nov napad na mikobakterije

Razikovalcem Weill Medical Collegea na Univerzi Cornell je uspel zanimiv korak v obvladovanje infekcije z Mycobacterium tuberculosis. Vodilna avtorica raziskave dr. Ruslana Bryk pojasnjuje pomen mikobakterijskega encima znanega s kratico DlaT (dihidrolipoamidna acetiltransferaza) v presnovi bakterije, ki jo ob tem varuje pred oksidativnimi poškodbami s strani humanih imunskih celic, kot so makrofagi. V poskusih na morskih prašičkih so dokazali, da je DlaT ključna molekula v razvoju aktivnega obolenja iz latentne okužbe. Zato so raziskovalci izbrali prav to molekulo kot tarčo in v obsežnem presejalnem testu preiskali 15.000 spojin, da bi našli take, ki inhibirajo DlaT. Našli so jih v kemijski skupini rodaninov in verjamejo, da bo s temi inhibitorji uspelo podpreti imunski odziv gostitelja v obvladovanju latentnih mikobakterijskih celic.

O bakteriofagih

Če bi radi pridobili nekaj aktualnega znanja o bakterijskih virusih, zlasti o njihovi ekologiji, potem preberite članek "Optimal Foraging by Bacteriophages through Host Avoidance" v novem zvezku American Naturalist-a, ki je na voljo v odprtem dostopu.

Microbial Biotechnology

Microbial Biotechnology je nova znanstvena revija, ki jo bo za britansko društvo Society for Applied Microbiology izdajala založba Wiley-Blackwell. V letu 2008 bodo predvidoma članki na spletu še prosto dostopni.

ETiBR

Nedvomno bodo raziskovalci v biomedicini toplo pozdravili novo elektronsko revijo iz založniške hiše Cell Press "Evaluating Techniques in Biomedical Research" (ETiBR) ki v odprtem dostopu objavlja poročila o pomembnejših tehnikah v biološkem raziskovanju: kako pridobiti podatke, kako jih predstaviti in kaj v eksperimentu pomenijo kontrole.

Bakterije v mitohondrijih

Še pred časom je Elio Schaechter pisal o zanimivi najdbi endosimbiontskih bakterij, torej takih, ki živijo znotraj drugih celic in sicer pri klopih Ixodes ricinus, prenašalcih Lymske borelioze. Posebna zanimivost takratne najdbe je bila, da so sožitne bakterije, pogojno so jih takrat poimenovali Candidatus Midichloria mitochondrii, našli ne v citoplazmi, ampak znotraj mitohondrijev, ki so pri klopih precej veliki. V novem zapisu nas Elio seznanja z nadaljnjimi najdbami, ko so mitohondrijske prebivalce, podobne M. mitochondrii našli zdaj tudi pri drugih vrstah klopov.

Genome Projector

(Povzemam po Bio-ITWolrd): Kazaharu Arakawa iz Univerze Keio (Japonska) je po uspehu s svojim projektom ECell 3D zdaj pripravil novo bioinformacijsko orodje. Tokrat gre za iskalnik po genomskih bazah, ki je močno inspiriran z sodobnim grafičnim pristopom, kot ga uporabljata npr. Google in iTunes. Govorimo o programu Genome Projector, ki ga trenutno sestavljajo štirje tematski zemljevidi za pregled 320 bakterijskih genomov.

Z virusi nad možganske tumorje

Iz Univerze Yale poročajo, da so njihovi raziskovalci ugotovili v poskusih na miših, kako virus, soroden povzročitelju stekline učinkovito uničuje celice posebno malignega možganskega raka, pušča pa zdravo tkivo neokvarjeno. Tkivo humanega glioblastoma, opremljeno z barvnim markerjem so transplantirali miškam in nato po parenteralni aplikaciji prav tako barvno označenega virusa vezikularnega stomatitisa sledili njegovo obnašanje. V nekaj dneh je virus dosegel možgane, selektivno prodrl v tumorsko tkivo in ga razgradil, zdravega tkiva pa se ni lotil. Postopek seveda pušča odprta številna vprašanja, zlasti čemu je virus tako selektivno učinkovit; tudi odgovor na to je nadaljnja naloga raziskovalnega tima pod vodstvom prof. Van den Pola.

Lepljenje nanodelcev na bakterije

Kot kaže prodira nanotehnologija v vse pore vsakdanjosti. Po poročilih iz Univerze Clemson (J. Karolina, ZDA) so razvili poseben dodatek krmi za perutnino, kjer naj bi dodani nanodelci varovali živali pred okužbami z bakterijami, prisotnimi v krmi. Skrivnost tiči v dodatku drobnih mikroskopskih kroglic iz polistirena na katere so pritrjeni sladkorni radikali, ki jih bakterije prepoznajo in se nanje prilepijo. Oblepljene s številnimi nanodelci bakterije ne morejo razviti svojega patogenega delovanja ter se ob praznjenju črevesa brez učinka izločijo iz organizma. Končni cilj je razviti zaščito ljudi, zlasti otrok v deželah v razvoju pred črevesnimi obolenji, ki so posledica neustreznih higiensko sanitarnih pogojev.

Zahvala mentoricam in mentorjem

Vsem, ki ste zamudili včerajšnji dogodek v organizaciji Slovenskega društva za visokošolsko didaktiko (SDVD) želim priklicati obžalovanje in tudi malo slabe vesti. Vsekakor bi si tehtnost dogodka zaslužila bolj poseljen avditorij, kljub temu pa upam, da smo slavljencem, skupini mentoric in mentorjev, ki so vodili letošnje slovenske študente na vnovično zmagovalno pot v Boston (ZDA) na tekmovanje iGEM 2007, prisotni uspeli pokazati svoje navdušenje in hvaležnost pri udejanjaju najtehtnejšega univerzitetnega poslanstva, dela s študenti. Prijetno vodenje prireditve, iskrivi nagovori, poučna predstavitev zmagovalnega projekta in simpatična glasbena spremljava so dali dogodku komorno podobo, ki jo velikokrat na uradnih proslavah pogrešamo. Ponovno čestitke tako mentoricam in mentorjem kot študentom za izjemen razlog prijetne prireditve.      

Energenti četrte generacije

Znani, marsikdo bo rekel kar razvpiti molekularni genetik Craig Venter je v predavanju v kalifornijskem Montereyu pred avditorijem s številnimi ugledneži predstavil svoj projekt mikrobne energetske prihodnosti z besedami: "Naš skromen cilj je nadomestiti petrokemijsko industrijo in zagotoviti poglavitni energetski vir." V t.i. četrti generaciji energetske oskrbe naj bi z manipuliranimi oblikami življenja ob uporabi CO2 proizvajali metan kot energetski vir.

Umetni sneg in bakterije

Marsikje v svetu danes v pripravi umetnega snega dodajajo k vodi, ki jo uporabljajo, mikroorganizme, žive ali mrtve. Mikroorganizmi naj bi kot jedra kristalizacije olajšali ustvarjanje kristalov ledu. Ta podatek je skladen tudi z novejšimi najdbami, ko v deževnih kapljah in snežnih kristalih dokazujejo stalno prisotnost mikrobnih celic. Med mikroorganizmi največkrat omenjajo kot posebno "zaslužno" za nastajanje kristalov ledu bakterijo, ki je tudi znana kot rastlinski patogen, namreč Pseudomonas syringae.

Proteini, ki bakterije zaščitijo pred antibiotiki

Raziskovalca Ibba in Roy iz Univerze Ohio State sta prepoznala vlogo dveh proteinov, ki omogočata bakterijam, da pridobijo odpornost proti nekaterim antibiotikom. Morda se bo izkazalo celo, da gre za snovi, ki so odgovorne za odpornost bakterije Staphylococcus aureus na meticilin, bolj znane po oznaki MRSA.

Preučevala sta dva proteina poimenovana MprF1 and MprF2, ki rezistentnim bakterijskim celicam spremenita naboj citoplazemske membrane iz negativnega v pozitivno stanje. Veliko antibiotikov ima pozitiven naboj in jih privlačijo negativno nabite celice; če spremenijo naboj to antibiotske molekule odbija. Beljakovinske molekule MprF prizadenejo membranski potencial po poti posebnih prenašalnih RNK (tRNA), ki vključujejo aminokisline v membransko strukturo, kar membrani spremeni naboj.

EOL - Encyclopedia of Life

Na spletni strani EOL lahko prebiramo prve zapise mega projekta Encyclopedia of Life, ki je nastal na pobudo znanega ekologa E.O. Wilsona in z začetnim vlaganjem fundacije MacArthur in fundacije Sloan.

Mikrobna filozofija

Tokrat nas je Elio napotil na spletni naslov Dimensions of Microbiology na Univerzi Exeter (UK), kjer najdemo povezave do vsebin socioloških in filozofskih vidikov vezanih na mikrobiologijo. Skoraj nenavadne vsebine a bi bilo škoda, ko bi jih človek zgrešil.

Ebola vakcina

Kmalu lahko morda pričakujemo učinkovito vakcino za obrambo pred strašljivimi virusi iz družine Filoviridae, povzročitelji hemoragičnih vročinskih obolenj kot sta Ebola in Marburg. Na poskusnih živalih, v konkretnem primeru na opicah, so preskusili kombinirano vakcino, v kateri so uporabili zgolj virusne delce (vakcina iz skupine t. i. podenotnih vakcin; z angl. oznako VLP - "virus like particles"). Preskus je bil zelo uspešen.

Stresno izzvan antibiotik

Raziskovalci na Massachusetts Institute of Technology (MIT) so uspeli izzvati proizvodnjo antibiotsko aktivne učinkovine pri bakteriji, ki dotlej ni veljala za proizvajalko antibiotikov. Talno bakterijo Rhodococcus fascians so gojili v prisotnosti bakterije iz rodu Streptomyces, pri katerih je proizvodnja antibiotskih snovi običajna, zato so pričakovali, da bodo v tej kokulturi podlegli rodokoki. Zgodilo pa se je prav obratno, propadle so streptomicete in raziskovalci so ugotovili, da so rodokoki nepričakovano izdelali antibiotsko snov, ki so jo imenovali rodostreptomicin. Zaenkrat ostaja ozadje tega pojava nepojasnjeno, predpostavljajo pa, da je morda v tekmovanju rodokokov in streptomicet stresni odziv pri prvih zaradi ogroženosti induciral na antibiotski učinkovini temeljeno obrambo. Ob tem so raziskovalci ugotovili še, da je najdeni antibiotik posebno učinkovit proti  Helicobacter pylori  kar morda obeta novo obliko zdravljenja želodčne razjede pri človeku.

Biolistična transfekcija

Tudi tokrat vas bom napotil na blog Césarja Sáncheza in sicer za ogled videoklipa o pripravi z DNA prekritih zlatih projektilov za biolistično transfekcijo tarčnih celic. Bodite v zapisu pozorni tudi na predstavitev revije JoVE in bloga JoVE, kjer pripravljajo podobne zanimive predstavitve eksprimentalnih tehnik.

CRISPR

Je kratica za genetsko zaporedje s precej zapletenim imenom, ki v angleščini zveni tako: "clusters of regularly interspaced short palindromic repeats". Po letu 1987 so jih odkrili v številnih prokariontskih genomih, npr. v 40% bakterijskih in v 90% arhejskih. CRISPR je zaporedje (angl. array) direktnih ponovitev, ki ga prekinjajo kratki vmesniki (angl. "spacers") in njihovo število variira med organizmi, kot je različno tudi število vmesnikov. V posameznem organizmu so zaporedja v glavnem enaka, vmesniki pa variirajo. Zgodba je postala zanimiva, ko so odkrili, da zaporedje v nekaterih vmesnikih ustreza zaporedju v nekaterih fagih ali plazmidih. V mlekarski industriji, kjer okužbe z bakterijskimi fagi predstavljajo hud problem pri ohranjanju funkcionalnosti delovnih organizmov, je na voljo veliko za fage rezistentnih bakterij, kot tudi njihovih genomskih sekvenc. Pri izzivanju novih rezistentnih bakterij so opazili zanimiv pojav: vsak nov rezistenten bakterijski sev je v CRISPR zaporedju pridobil tudi nove vmesnike, katerih zaporedje je ustrezalo zaporedju kužnega fagnega genoma, govorili bi lahko o prirojeni adaptivni imunosti bakterij. Podrobneje je tema predstavljena v Elijevem blogu, tisti ki imajo dostop do Nature edicij pa si lahko preberejo tudi obsežnejši revijalni pregled.

Nekaj za mikrobiologe, ki ljubijo tudi ptice

Tale bloger se je pa res potrudil; pripravil je zbirko audio klipov za ljubitelje ptičjega petja. Prihaja pomladni čas, ko jih bomo še posebno veseli. Avtor dodaja vsakokratne opise ptic iz wikipedije. Morda bodo nekateri obžalovali, ker je zadeva samo v nemškem jeziku.

Energenti iz alg

Iz Kalifornije prihaja vest, da je firma Solazyme razvila nov postopek pretvorbe biomase do bioenergentov s pomočjo alg. Za razliko od dosedanjih postopkov, kjer so algam dajali prednost zaradi sposobnosti fotosinteze, so se, zanimivo in nenavadno, v novi rešitvi odločili za njihovo gojenje v zaprtih bioreaktorjih. V proizvodnji uporabljajo gensko spremenjene organizme, pri čemer alge pretvarjajo sladkorni substrat do olj, ki jih nato predelajo v dizelsko gorivo (Soladiesel TM).

Porajajoče se nalezljive bolezni

Raziskovalci londonskega Zoološkega društva (Zoological Society of London (ZSL)) so s sodelavci še iz dveh ameriških univerz pripravili geografski zemljevid o razširjenosti t. i. porajajočih se nalezljivih bolezni (angl. "emerging infectious diseases" - EIDs) v svetu. V objavi v reviji Nature so analizirali podatke o pojavih 335 teh obolenj med leti 1940 in 2004. Pretežno število izbruhov ima svoj vir v vrstah prostoživečih živali.

Preskakujoči geni in HIV

Iz skupine profesorja Towersa iz britanskega UCL (University College London) prihajajo vzpodbudne novice o možnosti zaščite človeka pred virusom HIV. Z novo odkritimi geni, ki opice varujejo pred retrovirusi kot je HIV, načrtujejo raziskovalci razvoj genske terapije za AIDS pri človeku. Najdba temelji na razumevanju bioloških mehanizmov, kako se lahko retrovirusi selijo med različnimi živalskimi vrstami in kakšno vlogo imajo pri tem t. i. preskakujoči geni (angl. "jumping genes", sl. tudi "preskočni geni") v zagotavljanju imunosti pri nekaterih opicah.

Terapija z bakteriofagi

Opozoril bi vas na zapis v blogu Césarja Sáncheza o zdravljenju bakterijskih infekcij z bakteriofagi, predvsem pa na zanimiv video klip, ki ga je o tej temi pripravilo uredništvo BBC Two v oddaji Horizon. César dodaja tudi nekaj povezav k sorodnim spletnim zapisom.

Izstradanje bakterij

Skupina raziskovalcev na Univerzi Vanderbilt je odkrila v nekaterih imunskih celicah beljakovine, ki ustavijo rast na antibiotike rezistentnih sesov Staphylococcus aureus (npr. znanih kot MRSA), tako, da jih pravzaprav "izstradajo", saj jim preprečijo dostop do za rast pomembnih mangana in cinka. Proteini z imenom calprotectini imajo namreč kelatne lastnosti, torej sposobnost vezave teh mineralnih hranil.

Pričetek večceličnosti

Pri enoceličnih hoanoflagelatih, bičkasti praživalih, so odkrili več skupin genov, take ki določajo proteine, pomembne v medceličnem signaliziranju in druge, ki sodelujejo pri povezovanju celic, kot značilnega pojava večceličenga združevanja. Morda je najdena manjkajoča pot do prednikov višjih večceličnih organizmov, ugibajo N. King, D. Rokhsar in sodelavci, avtorji člankov v Nature in Science.

Študentom 3. in 4. letnika mikrobiologije

Morda vas zanima tale honorarna zaposlitev.

Termiti in bioetanol

Bakterije, ki v prebavilih pomagajo termitom pri razgradnji celulozne biomase, naj bi omogočile razvoj učinkovitejših postopkov za proizvodnjo bioetanola iz lesa in trav. Pri firmi ZeaChem (Menlo Park, CA), so razvili postopek, utemeljen na omenjenih bakterijah, ki naj bi omogočil za 50% večji izplen bioetanola v primerjavi z obstoječimi postopki.

Mlečnokislinske bakterije in HIV

Zdravniki ugotavljajo, da mlečnokislinske bakterije, konkretno vrste Lactobacillus, lahko v vaginalnem okolju z vodikovim peroksidom, ki ga proizvajajo, omejujejo prisotnost virusa HIV. Ob zmanjšani ravni virusa se seveda zmanjša tudi možnost prenosa virusa pri spolnem kontaktu med osebami.

Tetoviranje za vnos vakcin

Nemški raziskovalci predlagajo, da bi bilo mogoče z iglo za tetoviranje v telo vnašati vakcine. Pri raziskavah na miškah so z vakcinacijo po tej poti dosegli 16 močnejši imunski odziv, kot sicer z injiciranjem v mišično tkivo. Zaradi bolečega postopka seveda tak način ne bi bil primeren za preventivno vakcinacijo otrok, učinkovit pa bi bil najbrž za vakcinacijo pri nekaterih vrstah raka.

JOVE

Nima nič opraviti z bogom Jupitrom; JOVE je kratica za Journal of Visualized Experiments. Če vam še ni prišla pred oči jo je vsekakor vredno obiskati, to spletno video revijo za in o biološkem raziskovanju. Pomagala vam bo vedno, ko boste naleteli na novo laboratorijsko tehniko pa je opis običajno preskromen za ponovitev, ko se ubadate s težavami v analitiki pa nimate pri roki kolega(ice), ki bi vam svetoval(a), ko uporablajte analizni postopek, ki je že zdavnaj zastarel pa nimate časa, da bi preskusili novega ali, ko nikjer ne najdete svojega protokola za analizo, ker ste ga nekje založili. Morda je prav ta(ka) metoda predstavljena v JOVE?

O nastanku vrst

Po sledi blogerja Bore sem pristal na spletu časnika Guardian, ki je posvetil ob letošnji 150 obletnici izida Darwinovega kapitalnega dela "O nastanku vrst" obsežen nabor prispevkov o utemeljitelju evolucijskega nauka. K njemu se bomo letos, zlasti pa drugo leto ko bomo praznovali 200. obletnico njegovega rojstva, še velikokrat vračali.

Umrl je Joshua Lederberg

V soboto, 2. februarja, je, kot so v ponedeljek objavili na spletni strani Univerze Rockefeller, umrl v 82. letu  eden najimenitnejših raziskovalcev 20. stoletja, prof. Joshua Lederberg, prejemnik Nobelove nagrade za fiziologijo ali medicino v letu 1958. S svojimi raziskovalnimi dosežki v mikrobni genetiki, ko je med drugim pri bakterijah odkril konjugacijo in kasneje pojasnil tudi trandukcijo genetskega materiala, se je med nesmrtne vpisal kot eden od utemeljiteljev razvoja molekularne genetike in biotehnologije. Bil je tudi eden ključnih zagovornikov sporočanja znanstvene misli v javnosti, ko je npr. kot dolgoletni kolumnist časnika The Washington Post pomembno prispeval k pojasnjevanju socialnih vplivov znanstvenega napredka in ko je na številnih poteh v svetu s svojim racionalnim in humanističnim nastopom osvajal tako kolege znanstvenike kot laično javnost. 

Človek kot superorganizem

Bloger César Sánchez ljudi v svojem včerajšnjem zapisu na simpatičen način predstavi kot superorganizme. Hvaležni smo mu lahko za izčrpen nabor povezav do vsebin, ki osvetljujejo njegovo osnovno tezo, povzeto iz zadnje številke Microbiology Today in naslonjeno na nekaj zanimivih številk:

"...človeško telo sestavlja 10^14 lastnih celic, poseljeno pa je z ~10^15 bakterijskimi celicami in z >10^17 virusi, mikrobni metagenom je nekajkrat večji kot 3×10^9 baznih parov humane DNA..."

In še to: Césarjev blog mi je še posebno pri srcu, najprej ker je zares zanimiv in ker ima v svoji blogroli tudi Mikrob(io)loga. Naj vas spomnim, ta vikend je baje proglašen kot Dan Amnestije Blogrole, ko naj bi v svoje blogrole vključevali tiste, ki niso zelo razvpiti blogerji pa jih imamo vseeno radi. Tudi sam ugotavljam, da preveč skoparim s tem priznanjem; obljubim, da se bom poboljšal.

Rečna slepota

V tropskih območjih je ena tamkajšnjih strašljivih bolezni rečna slepote ("river blindness") s pribl. 18 milijoni bolnikov. Dolgo so jo povezovali z nematodnim zajedalcem Onchocerca volvulus. Vendar naj bi po novih spoznanjih ključno krivdo za obolenje morali pripisati povezanosti nematoda z bakterijo iz rodu Wolbachia, za katero je znano, da je gostujoči organizem torej endosimbiont nematodne gliste in ima pomemben vpliv na njen reproduktivni ciklus. Danes prevladuje mnenje, da naj bi za patologijo slepote bili krivi endotoksini, ki jih sprošča Wolbachia. Obsežnejši zapis o tem nenavadnem patogenem druženju, vključno z vprašanji, ki še terjajo odgovor najdemo v zapisu Elijevega bloga.

Predavanje

V katedri za mikrobiologijo na Oddelku za živilstvo BF Večna pot 111, Ljubljana vabijo na predavanje prof. dr. James I. Prosserja iz Univerze Aberdeen (Škotska , UK): 

AMMONIA OXIDISERS – A MOLECULAR ECOLOGY SUCCESS STORY

Predaval bo v torek, 5. 2. 2008 on 12 uri v Biološkem središču BF, Večna pot 111, Ljubljana, predavalnica B4.

Nanotehnološki virusi

Biološke molekule in strukture vedno znova inspirirajo in ponujajo rešitve nanotehnologiji. Virusni ovoji, kapside, bi npr. lahko predstavljali drobne posode za različne namene, kot predlagajo izraelski raziskovalci. Posebno odliko v proizvodnji jim daje njihova samosestavljiva narava. In te posodice bi lahko polnili bodisi z zdravili za dostavo k ciljnim organom v telesu, z nadomestnimi geni na mestih njihove okvare ali odsotnosti, kar izkoriščajo v genski terapiji ali pa kot drobcene kemijske reakcijske posode za pripravo molekularnih računalniških delov.

Potresi dobri za mikroorganizme

Mikrobne celice odkrivajo tudi globoko v tleh, več kilometrov globoko. Tam je mikrobom na voljo skromna ponudba energije, saj sta odsotni tako svetloba in organska snov kot energetska vira. Na voljo je  lahko npr. vodik, raztopljen v globinski vodi. In raziskovalci univerze Stanford predpostavljajo, kot lahko preberemo v NewScientistu, da bi seizmična aktivnost lahko prispevala k ponudbi bistvenih hranil v velikih globinah tektonskih plošč. In morda, predpostavka se nadaljuje, bi lahko taki dogodki tudi ohranjali življenje npr. na Marsu.

Slikovni periodni sistem elementov

Tokrat si oglejte periodni sistem elementov v nekoliko drugačni obliki: z obilno slikovno podporo. Sicer imamo pa tudi na slovenskem spletovju zelo dober periodni sistem, ki je nastal v okviru Svarogovih projektov, v avtorstvu Vanje Bogadija in sod.

Ne "umetno" ampak "sintetično" življenje

V petkovi Reutersovi novici povzemajo objavo Venterjeve raziskovalne skupine v reviji Science o konstrukciji bakterijskega genoma s kemijsko sintezo delov DNA. O njihovih namerah je pred časom na svojem blogu že poročal tudi dr. Dolinar in verjamem, da bo komentiral tudi sedanji korak. Pomenljivo pri tej raziskavi je, kako se je vodja projekta Hamilton Smith eksplicitno ogradil od poimenovanja dogodka, da gre za ustvarjanje umetnega življenja ("artificial life"), kot je novica zašla v medije, ampak želi uporabljati pojem sintetičnega življenja ("synthetic  life").

Elio Schaechter nam je na svojem blogu v prevodu posredoval zelo berljiv prispevek blogerja Miguela Vicentea na to temo.   

Butanol kot biogorivo

Velika popularnost etanola kot biogoriva k sreči ni zavrla iskanja drugih energentov, ki bi jih bilo mogoče proizvajati po biološki poti. Dober kandidat je npr. butanol, najprej zato ker je "energetsko gostejši", torej na enoto volumna vsebuje več energije, ob tem pa tudi po tem, da se za razliko od etanola ne meša z vodo.

V dosedanji proizvodnji je najbolj uveljavljena fermentacija s Clostridium acetobutylicum, ki je naraven proizvajalec 1-butanola. Ker pa so klostridiji precej zahtevni tako v rasti, kot v genetskem spreminjanju, iščejo raziskovalci tudi druge poti. Ena od njih je predstavljena v delu skupine iz UCSL, kjer so se odločili za gensko spreminjanje bakterije Escherichia coli, ki po naravni poti ne proizvaja butanola, zato so jo na inovativen način opremili z dodatnim naborom ustreznih genov.

Sifilis je prišel in Novega sveta?

V zgodovinskih virih smo pogosto lahko prebrali, da so sifilis zanesli v Evropo Kolumbovi pomorščaki. Od tod tudi eno od sinonimnih poimenovanj sifilisa kot "španske bolezni". Zdaj to teorijo izvora bolezni v 16. stoletju krepijo tudi genetske študije različnih sevov bakterije Treponema pallidum o čemer lahko preberemo tudi v zapisih v NewScientistu in National Geographic.

V tej zvezi se je zanimivo ozreti po različnih imenih tega obolenja v različnih deželah, kot to opisuje Wikipedija: Italijani in Nemci jo imenujejo "francoska bolezen", Francozi "italijanska b.", Nizozemci (kot omenjeno) "španska b.", Rusi kot "poljska b.", Tahitijci "britanska b.", Turki pa "krščanska bolezen" ali "Franck Disease". Ljudje so pač vedno skušali pripisati izvor vnosu iz soseske, bodisi z vojskami ali mornarji.

Hvala študentu Arnetu Bratkiču, ki me je opozoril na to novico. 

Še o energiji iz odpadkov

Energetska stiska, predvsem pa dražitev energentov povečujeta interes za iskanje novih virov. Veliko je poti k temu cilju, le gospodarnost je omejujoč dejavnik. Intenzivnost raziskav v angažiranje mikrobnih procesov za ta cilj se močno povečuje. O takem prispevku poroča tudi sestavek o izkoriščanju odpadne organske snovi v t. i. mikrobnih gorivnih celicah.

Norovirusi na pohodu

Britanska služba zdravstvenega nadzora (HPA) opozarja, da so se v letošnji zimi infekcije s skupino t. i. norovirusov v Angliji in Walesu podvojile glede na lansko leto. Norovirusi so najpogostejši vzrok infektivnih gastroenteritisov v Veliki Britaniji, saj predvidevajo, da je letos v tem območju bilo že tri milijone obolelih, ki jih zadene predvsem krajše obdobje slabosti z bruhanjem. Zdravniki priporočajo, da ostane pacient v akutni fazi dan ali dva raje doma, s tem se namreč tudi zmanjšuje možnost razširjanja infekta, drug pomemben dejavnik preventive pa je seveda osebna higiena. 

Brusnice in zdravje

Že naše babice so prisegale na zdravilni učinek brusnic. Zdaj, kot kaže, to potrjujejo raziskave o vplivu sestavin brusnic na povzročitelje infekcij, tako na viruse kot na bakterije. Zanimiva vzporedna, a nepojasnjena je ugotovitev, da so ti vplivi izraziti predvsem pri ženskah. Priporočilo ostaja, spijte dva kozarca brusničnega soka dnevno in nič ne bo škodovalo, če to storijo tudi moški... 

Googlova pomoč v epidemiologiji

Za spremljanje prenosa infekcij v skupnostih, še posebej ko gre za problematiko hospitalnih infekcij z večkratno na antibiotike odpornimi bakterijami naj bi uporabili izkušnje in orodja, ki so se uveljavila v spletnih iskalnih orodjih. Googlov PageRank algoritem, ki z ugotavljanjem stikov v velikem številu elementov pojasnjuje njihovo povezanost in težo posameznega elementa, naj bi pomagal pri pojasnjevanju poti razširjanja infekcij v bolnišničnem okolju.

Knjiga o evoluciji v OD

Za knjige v izdaji ameriške založbe The National Academies Press (NAP) najbrž že vemo, da so v odprtem dostopu pri čemer velja poudariti, da je njihova virtualna oblika zelo prijazno urejena za spletnega bralca. In pri njih je zdaj izšla knjiga Science, Evolution, and Creationism v avtorstvu nabora vrhunskih strokovnjakov in zato ni čudno, da jo spremljajo izvrstne ocene.

Okužbe v letalih

Dogodek z bolno potnico, nosilko posebno nevarnega, proti antibiotikom odpornega seva Mycobacterium tuberculosis, ki je v decembru lanskega leta v ZDA sprožila akcijo iskanja morebitnih okuženih sopotnikov, je ponovno okrepila razpravo o preprečevanju podobnih težav. Istočasno je to vrnilo v javno diskusijo posebno ogroženost letalskih potnikov o kateri pogosto ugibamo.

Seveda ni mogoče dovolj poudariti poostrene osebne higiene kot posebno pomembnega preventivnega dejavnika, saj dolgotrajnost potovanja, gosta poseljenost, prehranjevanje na krovu ob nekaterih drugih kočljivih posebnostih letala kot bivalnega prostora (npr. prezračevalni sistem) vsekakor rizičnost bivanja v njem močno povečuje.

Leto 2007 v biotehnologiji

Prehod v novo leto običajno izkoristimo tudi za napovedi in retrospektive. Časnik Technology Review, ki ga izdaja MIT, je pregledal pomembne raziskave preteklega leta v biotehnologiji. V ospredje postavlja osebno genomiko, ki je z objavo genomov dveh uglednih raziskovalcev, Jamesa Watsona, soodkritelja strukture DNA in Craiga Venterja, nosilca privatnega dela projekta humanega genoma tudi okrepila ugibanje, kdaj bo analiza genoma dosegla za slehernika dosegljivo ceno, ki je ta trenutek še pri 350.000 dolarjih.  Dva pomembna projekta z začetkom v letu 2007 se intenzivneje posvečata mikrobnim združbam z metagenomskim pristopom, to je z analizo celotnega genetskega nabora vseh v izbranem ekosistemu prisotnih mikroorganizmov. Aktualna cilja sta: prebavila termitov, kar naj bi pripomoglo tudi k iskanju učinkovite poti proizvodnje etanola iz celuloze in določitev humanega mikrobioma, kar naj bi predvsem pomagalo k boljšemu zdravju človeka. Raziskavam izvornih celic je kot luč na koncu tunela pomenila nedavno objavljena metoda reprogramiranja odraslih celic, ki bo ob nadaljnjih raziskavah morda poslej omogočila opustitev pridobivanje embrionalnih izvornih celic iz embrijev ali jajčec. Nevromedicina bo s preusmeritvijo interesa za globoko možgansko stimulacijo k pacientom s hudimi možganskimi poškodbami, ki se npr. v povečanem številu pojavljajo v vojaških operacijah, morda lahko pripomogla k njihovi učinkoviti rehabilitaciji. In še to: človek je genetsko bolj raznolik, kot je veljalo doslej; raziskave z uporabo mikromrež kažejo, da so številne oblike genetskega polimorfizma specifično povezane z genetsko pogojenimi boleznimi kot so sladkorna bolezen, Crohnova bolezen in srčna obolenja.

Dobri nameni ob Novem letu

Avtorja tega reka žal ne vem, vsekakor pa mu pritrjujem:“Ljudje so zelo zaskrbljeni, koliko pojedo med Božičem in Novim letom, resnično skrbeti pa bi jih moralo, kaj bodo pojedli med Novim letom in Božičem.”

Projekt človekovega mikrobioma

Ameriški NIH (National Institutes of Health) so objavili uradni pričetek projekta določitve genomov mikroorganizmov, ki naseljujejo človeško telo. Čeprav biomasa mikrobnih celic na/v našem telesu komaj dosega procent ali dva naše telesne teže pa število mikroorganizmov desetkratno presega število celic našega telesa, število mikrobnih genov pa najbrž dosega 100 kratno vrednost humanega genoma. Projekt se bo v segmentih ukvarjal z mikrobnimi prebivalci petih področij telesa: prebavil, ustne votline, kože, nosne votline in ženskega urogenitalnega trakta. Pričakujejo določitev zaporedja 600 mikrobnih vrst in tako bi število znanih mikrobnih genomov preseglo tisočico. O projektu je izčrpneje že pred časom pisal J. A. Eisen v svojem blogu in tako je storil tudi sedaj.

Voščilo

Vsem svojim bralkam in bralcem želim prijazno božično praznovanje in voščim srečno Novo leto.

Ozadje Crohnove bolezni

Novičarska stran Univerze Liverpool nas seznani z zanimivo najdbo svojih raziskovalcev. Skupina raziskovalcev pod vodstvom profesorja Jona Rhodesa ugotavlja, da morda bakterija Mycobacterium paratuberculosis, ki je sicer znana kot povzročiteljica obolenja pri govedu, posredno pri človeku vpliva na obrambo telesa pred bakterijo Escherichia coli, za katero je znano, da jo pri Crohnovi bolezni najdemo v obolelem tkivu v povečanem številu. Predpostavljajo, da naj bi mikobakterije našle pot v telo s pomočjo mleka in mlečnih izdelkov. Pri govedu omenjena klica namreč povzroča Johnovo bolezen, katere značilnost je izčrpavajoča, z diarejo podprta bolezenska slika. Doslej povezav te bolezni z obolenji pri človeku niso dokazovali. Rhodes pripisuje vpliv mikobakterije sproščanju kompleksne molekule, ki vsebuje sladkor manozo. Ta molekula naj bi preprečevala funkcijo makrofagov, belih krvničk, pri uničenju bakterij Escherichia coli povezanih s Crohnovo boleznijo.

Čista voda

Dostop do čiste, neoporečne vode je ključen za življenje. S to temo so se ukvarjali na posvetu Ameriške akademije za mikrobiologijo in nastal je dokument Clean Water - What is acceptable microbial risk? Najdete ga (v .pdf obliki) na spletni strani Ameriškega društva za mikrobiologijo (ASM), kjer so na voljo tudi podkasti s sorodnimi temami.

Pri Zares o GSO

Na blogu politične stranke Zares se danes zaključuje spletna razprava o gensko spremenjenih organizmih (GSO). Poleg uvodnih besed in obsežnega nabora povezav do za temo relevantnih spletnih virov najdemo v zapisu preko 130 komentarjev bralcev bloga v zanimivi izmenjavi nasprotujočih si mnenj v razpravi, ki se je začela 29. novembra.

Spirit je na Marsu morda naletel na življenju prijazne pogoje

Kot beremo v BBCjevi novički je Nasino robotsko vozilo Spirit na svoji že 1400 dni dolgi poti morda naletelo na zemljišče z lastnostmi, primernimi za mikrobno delovanje. Izkopan depozitni material je najbrž nastal, ko je voda vročih vrelcev zalila vulkansko zemljino. Spirit seveda ni opremljen za odkrivanje znakov življenja, saj je namenjen izključno preučevanju geoloških pojavov. Trenutna najdba pa bo gotovo vzpodbuda za nadaljnje misije, ki jih načrtujeta tako Nasa kot tudi Evropska vesoljska agencija.

Google News mikrobiologom

Večini ne bom povedal ničesar novega. Novičarska platforma Google News omogoča tudi iskanje aktualnih dogodkov na izbrano temo. Obljubljajo preiskovanje preko 4500 informacijskih virov. Pa da ne podaljšujem debate; preskusimo iskanje novic z geslom "bacteria". Ta trenutek (16. dec. ob 17.35) je bilo 8400 in en zadetek; če sprožim časovno razvrščanje je zadnja novica stara 41minut. In to je novička Use caution this holiday season when decorating. In kakšno ima zvezo z mikrobiologijo: v tekstu najdete zanimivo priporočilo, kako svoje hišne ljubljenčke zavarujete pred nevarnostmi božično-novoletnega okraševanja; naj kar citiram:

Water in the tree stand can serve as a reservoir for harmful bacteria if pets drink it. Prevent access by using an enclosed container or covering the stand with a tree skirt.

Zanimivo?; najbrž boste rekli: tako... tako... Prepričan pa sem, da boste po opisani poti našli tudi kakšno zares koristno novico.

Znanost v ameriški predvolilni tekmi

Bora Zivkovic zares dela čast svoji vlogi urednika spletne skupnosti pri založbi/reviji PLoS-ONE (Public Library of Science). Tako nas trenutno v svojem blogu aktualno seznanja s selitvijo razprave ameriških predsedniških kandidatov tudi v področje znanosti in znanstvene politike. Pripravil je zares bogat izbor spletnih povezav, ki nam omogočajo, da si bomo lahko ustvarili ne le sliko o poteku enega od segmentov politične kampanje ampak tudi vtis o širših okvirih v katerih deluje znanost v ameriških domačih pogojih in kako seva globalno.

Tudi znanstvena javnost se na priložnost aktivno odziva, npr. skupina blogerjev iz mreže ScienceBlogs je sprožila poziv Call for a Presidential Science Debate, v socialni mreži Facebook pa se je oblikovala posebna diskusijska skupina na to temo in s kazalcem na obetavno spletno stran Sciencedebate2008.

O sintezni biologiji

Spletni časnik Razgledi.net nam danes v rubriki Gost Razgledov prinaša tehten članek o sintezni biologiji izpod peresa dr. Marka Dolinarja "Sintezna biologija: pravi čas za dobre ideje". Dr. Dolinar je eden od mentorjev zmagovalne ekipe študentov UL iz letošnjega tekmovanja  iGEM2007.

Literatura (za radovednost, za darilo...)

Prikličite >tole stran in boste lahko na inventiven način brskali po Amazonovi knjižni ponudbi mikrobioloških tekstov.

Proizvodnja etanola in govedoreja

Ameriški proizvajalci etanola na žitnem substratu so sklenili zanimivo partnerstvo z govedorejci, ki govedu pokrmijo vrelne žitne ostanke, kar povečuje gospodarnost obeh proizvodenj. Žal prakso spremljajo ugotovitve, da se je pri tako krmljenem govedu v blatu povečala količina bakterij Escherichia coli serotipa H157, ki predstavljajo povečano zdravstveno tveganje za ljudi.

ITOL

ITOL (Interactive Tree Of Life) je spletno orodje za pripravo in prirejanje filogenetskih dreves. Model je primerljive funkcionalnosti drugim drevesnim modelom ob tem pa je preglednješi in lahko ga oblikujemo v bitmapnih ali vektorskih grafičnih oblikah. Poleg že pripravljenih lahko pripravite tudi filogenetska drevesa iz lastnih podatkov.

Državna in zasebna znanost

Na spletnih naslovih državnih administracij, ki so posvečene znanosti, je običajno omogočen prost dostop do raziskovalnih vsebin, ki so financirane iz proračunskih sredstev, ali vsaj do povezav k takim vsebinam. Dva dobra primer sta splet ameriške administracije Science.gov in splet EU Research. Zanimiv in drugačen pristop najdemo v evropskem spletu EurActiv.com, ki kljub podjetniško inspiriranemu konceptu ohranja aktualne znanstvene informacije v odprtem dostopu.

150 let mlečnokislinske fermentacije

Tale zapis je nastal iz začudenja nad načinom, kako so si na Pasteurjevem inštitutu v Lillu prilastili leto 1857 kot rojstni dan mikrobiologije, cit. po blogu Twisted Bacteria:
"(...) 2007 is the year of the 150th anniversary of Microbiology, born in Lille on August 3rd 1857, when Louis Pasteur, then dean of the Science Faculty at the Lille University, presented his work on lactic acid fermentation at the Société des Sciences de Lille".

Kljub spornosti takega prisvajanja zgodovine pa je vsekakor mogoče počastiti omenjeni datum kot 150 letnico pomembnega Pasteurjevega dela na mlečnokislinski fermentaciji in kot enega od ključnih mejnikov kasnejše biotehnologije.

Mikoplazme pišejo zgodovino

Mikoplazme, ki so jih nekoč zaradi majhnosti celic mikrobiologi podcenjujoče obravnavali, v teh časih zares pišejo zgodovino. Najprej seveda zaradi nedavnih poskusov pri oblikovanju sintetične celice. Da pa so polne tudi drugih presenečenj nam razkrije tale zapis pri Eliu.  

Svetlobni vplivi

Ko je nedolgo tega precejšnje presenečenje izzvala objava, da postanejo bakterije Brucella abortus  virulentnejše, če so izpostavljene svetlobi, se kot kaže zdaj zgodba nadaljuje. Lastnost stopnjevane patogenosti so pripisali na svetlobo občutljivi proteinski domeni LOV, ki naj bi sicer ne imela druge znane funkcije. Zdaj pa poročajo, vest povzemam po Elijevem blogu, da pri bakteriji Caulobacter crescentus, LOV sodeluje pri pripenjanju celic na površino. LOV, v tem primeru kot domena histidinske kinaze LovK, povzroči, da se ob obsevanju z modro svetlobo bakterijske celice čvrsteje pritrdijo na površino, ki jo naseljujejo.