Podoktorsko mesto ne temo nekodirajoče RNA

Morda bi pa koga zanimalo razpisano podoktorsko mesto na Univerzi v Kopenhagnu - lahko pa da imate morda znanko/znanca, ki bi ga mikalo raziskovanje  v projektu "Nekodirajoča RNA v tehnologiji in zdravstvu". Ali pa se komu samo utrne ideja o morebitnem sodelovanju z danskima skupinama, ki razpisujeta omenjeno pozicijo. Razpis se zaključuje 27. februarja letos.

Novo (v) (o) mikrobiomu

Res izjemna zbirka člankov, ki obravnavajo tematiko mikrobioma (mikrobne poselitve organizmov in okolja), ki nastaja v blogu dr. Elizabete Bik iz Univerze Stanford pod imenom Microbiome Digest -Bik's Picks s praktično vsakodnevnim ažuriranjem. Kapo dol, bi rekli po naše! 

O mikrobiomu v ZDA

Blog MicroBEnet nas opozarja na članek o obsegu in vsebinah raziskovanja mikrobioma v ZDA, ki je pravkar izšel v Nature Microbiology in je na voljo v odprtem dostopu. 

Znova ebola v Siera Leone

Po 123 dnevih  se je v Siera Leone ponovno pojavila ebola in sicer s smrtnim primerom. Ta vest je seveda šokantna, ker je sledila le kratek čas potem ko je WHO razglasila Zapadno Afriko kot prosto ebole. O bolezni lahko preberete več tudi na spletni strani našega NIJZ.

Ozadje mikrobioma v debelosti

O mehanizmih ozadja vpliva telesnega mikrobioma na debelost govori nedavni članek v reviji Gut, ki je na voljo v odprtem dostopu.

Vse najboljše!

Vsem bralcem želim v novem letu 2016 veliko zdravja in osebnega zadovoljstva, vaš bloger Franc.

Zgodovina mikrobiologije

Simpatičen pregled zgodovine mikrobiologije v nizu korifej, ki so postavljali mejnike stroke in znanosti. Sicer je pa na YouTube kanalu Microbiology RAMU'S še več uporabnih videoposnetkov. 

2. Mikrobiološki večer

SLOVENSKO MIKROBIOLOŠKO DRUŠTVO 
vabi na 
2. MIKROBIOLOŠKI VEČER »Prihodnost mikrobiologije – lokalno in globalno« 
ki bo 02. 12. 2015 s pričetkom ob 18:00 uri v Viteški dvorani Biotehniške fakultete na Rodici  
 

PROGRAM: 
18:00 – 18:15  Pozdravni nagovor predsednika SMD, znan. svet. dr. Matjaž Ocepek

18:15 – 18:45  »Stare« bakterijske zoonoze – nova grožnja? - Vloga mikrobiologa v
veterinarski medicini, viš. znan. sod. dr. Mateja Pate, Veterinarska fakulteta, UL
 
18:50 – 20:00 OKROGLA MIZA: Smeri razvoja mikrobiologije: nove priložnosti in izzivi za
mikrobiologe

20:00  Družabni program 
 
Pogled v prihodnost mikrobiologije bo vsekakor zahteval dodatno diskusijo ob prijetni glasbi, prigrizku in pijači, za kar bo poskrbljeno v družabnem delu večera. 
 
Udeležba je brezplačna!     
 
Vljudno vabljeni!  
 
Znan. svet. dr. Matjaž Ocepek, predsednik SMD 

MiniSimpozij na KI

Kemijski inštitut v Ljubljani vabi na 4. MiniSimpozij "PROTEINSKE PORE, SEKVENCIRANJE IN BIOINFORMATIKA" v svoji Veliki predavalnici 5. novembra 2015 s pričetkom ob 12. uri.

Molov dan

Kemiki danes slavijo t.i. "molov dan (Mole Day)" ko neformalno počastijo Avogadrovo število, na katerem temelji osnovna merska enota množine snovi.   

Mikrobizem teroirja

Lokalni vinogradniški pogoji, Francozi so za to uveljavili pojem "teroir", pomembno (so)določajo vinski karakter. Tehtnih znanstvenih razlag za vlogo posameznih določevalcev pri oblikovanju vinskega fenotipa žal ni posebno veliko. Zdaj pa so raziskovalci v novozelandskem Aucklandu vendarle dodali konkretnejšo potrditev, da lokalna mikrobna sestava kvasovk v fermentaciji sauvignona povzroči določljivo razliko.

Stanje antibiotikov v 2015

Na vprašanja: Kakšno je trenutno stanje v rabi antibiotikov in odpornosti nanje pri človeku in živalih v svetu? V deželah z nizkim in srednjim dohodkom? Kakšni pristopi na nacionalni strani lahko pomagajo državam v borbi proti odpornosti na antibiotike?  dobite odgovore v publikaciji "The State of the World's Antibiotics, 2015", ki jo najdete v prostem dostopu na strani CDDEP.

The State of the World's Antibiotics, 2015

What is the current state of antibiotic use and resistance in humans and animals around the globe? In low- and middle-income countries? What national-level strategies can help countries combat antibiotic resistance? - See more at: http://cddep.org/publications/state_worlds_antibiotics_2015#sthash.5H0jyT1E.dpuf

What is the current state of antibiotic use and resistance in humans and animals around the globe? In low- and middle-income countries? What national-level strategies can help countries combat antibiotic resistance? - See more at: http://cddep.org/publications/state_worlds_antibiotics_2015#sthash.5H0jyT1E.dpuf

What is the current state of antibiotic use and resistance in humans and animals around the globe? In low- and middle-income countries? What national-level strategies can help countries combat antibiotic resistance? - See more at: http://cddep.org/publications/state_worlds_antibiotics_2015#sthash.5H0jyT1E.dpuf

What is the current state of antibiotic use and resistance in humans and animals around the globe? In low- and middle-income countries? What national-level strategies can help countries combat antibiotic resistance? - See more at: http://cddep.org/publications/state_worlds_antibiotics_2015#sthash.5H0jyT1E.dpuf

What is the current state of antibiotic use and resistance in humans and animals around the globe? In low- and middle-income countries? What national-level strategies can help countries combat antibiotic resistance? - See more at: http://cddep.org/publications/state_worlds_antibiotics_2015#sthash.5H0jyT1E.dpuf

What is the current state of antibiotic use and resistance in humans and animals around the globe? In low- and middle-income countries? What national-level strategies can help countries combat antibiotic resistance? - See more at: http://cddep.org/publications/state_worlds_antibiotics_2015#sthash.5H0jyT1E.dpuf

Mikrobni oblak

Vsi, ki z zanimanjem spremljamo raziskovanje človekovega mikrobioma se bomo morali navaditi na novo sintagmo, ki se uveljavlja v tem področju. Govorim o geslu "mikrobni oblak", ki predstavlja mikrobni prispevek posameznika v ozračje bivalnega okolja. Obširneje o tem govorijo raziskovalci s prvim avtorjem J. F. Meadowom v prispevku "Humans differ in their personal microbial cloud", ki je tudi prostodostopen v PeerJ bazi. Avtorji opozorijo na različne vidike pomena raziskav mikrobnega oblaka, tako v epidemiološkem, ekološkem kot ne nazadnje forenzičnem kontekstu vnosa mikroorganizmov personalnega mikrobioma v okolje. V odličnem podkastu o tej tem spregovorijo tudi J. Meadow, J. Eisen in N. Stockton.  

Odprto drevo življenja

Preko vikenda se je na spletu pojavil  prvi osnutek digitalnega  “drevesa  življenja” v katerem raziskovalci predstavljajo, kaj vemo o pribl. 2,3 milj. poimenovanih organizemskih vrstah in kako so te med seboj povezane. Projekt je poskus uveljavitve koncepta odprte znanosti, saj so k sodelovanju povabljeni vsi, ki razpolagajo s podatki o novoodkritih organizmih. Razen tega pa seveda s svojo prosto spletno dostopnostjo promovira odprti dostop do, za številne vede, pomembnih podatkov. Podrobnosti o nastajanju in izvedbi projekta najdemo tudi na lastnem blogu.

Dolgoživost spor B. anthracis

Ob zadnjem primeru pojava antraksa pri govedu pri nas sem skušal malo ponoviti svoje vedenje od dolgoživosti spor B. anthracis v naravnem okolju. Ubral sem preprostejšo, čeprav seveda manj zanesljivo pot in sem pobaral kar "strička Googla". Kar prvi zadetek mi je ponudil še dodatno zanimivost. Poleg zelo dolgega vztrajanja spor v tleh je epidemiološko morda pomembno, da se bakterija tudi namožujejo v tleh s pomočjo izkoriščanja drugih talnih organizmov, kar so eksperimentalno lahko potrdili za pražival Acanthamoeba castellanii. Kar zadeva dolgoživost spor B.a. navaja Wikipedia preko 70 let, najdemo pa tudi navedke o vztrajanju v tleh za dobo 300 let. Občasne najdbe spor bakterij iz rodu Bacillus v nekaj milijonov let starih fosilnih ostankih, ki jih je bilo mogoče znova aktivirati, pa ostajajo vprašljive zaradi težav pri nadzoru eksperimentalnega postopka. 

Mikrobiološki članki v OD na PeerJ

Na spletni arhivski strani PeerJ so v odprtodostopni obliki na voljo članki vodilnih avtorjev v mikrobiologiji. Novejše predstavitev najdete >tukaj.

Koristna iniciativa

Obeta se nam rešitev za težavo, ki zadnja leta močno ovira razvoj vitalnih zdravil, zlasti vakcin. Trije raziskovalci, kot poroča Business Insider, predlagajo oblikovanje projektne fondacije, ki bi razvijalcem omogočila pospešitev preverjanja učinkovitosti in tako uvajanja novih vakcin.

Obetavna vakcina

Mediji so v preteklih dneh obsežno obveščali javnost ( >tukaj, >tukaj ), da je poskusna vakcina proti Eboli, ki so jo v zadnjih mesecih preskušali na ogroženih območjih vzhodne Afrike, pokazala izjemno učinkovitost. Podrobnosti o tem, kako je projekt razvoja te vakcine tekel skozi zadnja leta nam predstavlja dr. Racaniello na svojem blogu. In istočasno z razgrnitvijo dolgotrajnih naporov tega projekta tudi najbolje zavrne pogoste očitke in začudenje, da že prej ni bilo na voljo ustrezne zaščite.    

"Kvote" za kongresne odbore

V zadnji številki e-revije Inside Higher Ed mi je pozornost zbudil prispevek Scotta Jaschika "Ending All-Male Panels" predvsem zato, ker je svojo tezo obdelal na primeru Ameriškega mikrobiološkega društva (ASM). Tema, ki se je je Jaschik lotil, je nediskriminatorno vključevanje žensk v organizacijo kongresnih prireditev, še zlasti ko gre za panelne odbore. ASM je namreč v zadnjih letih doseglo izjemne uspehe pri uravnoteževanju ženske prisotnosti. Število ženskih predavateljev na njihovih zelo odmevnih letnih kongresih je od leta 2011 do letos narastlo od 26,7% na 48,5% in število panelnih odborov, kjer so prevladovali moški je padlo od 35,7% na 4,1% v istem obdobju, kot je mogoče prebrati v študiji A. Cassadevalla in sod., ki jo citira Jaschik. V citiranem članku so zanimive tudi druge ugotovitve, npr. ta: "Med člani ASM danes ženske predstavljajo večino med študenti in podoktorandi tako da to predstavljajo prihodnost društva". In nadaljuje: "Torej je pomembno posredovati to sporočilo v naslednjo generacijo, da v tem področju ni diskrimintorne meje, kar zadeva spol.". Samo želimo si lahko, da je mogoče tak trend pričakovati tudi v našem okolju. 

Mikrobiologija - konference

Poglejmo, katere konference, pomembne za mikrobiologe, nas še čakajo v tem letu.