Popularnost CRISPR/CAS9 samo raste

Sistem CRISPR/CAS9 se vse bolj uveljavlja pri poseganje v genomsko strukturo, tako za analitične kot terapevtske namene. Tekst Sternberga in Doudne nam prijazno predstavi osnove tega molekularnega orodja. Ob tem pa vse pogosteje srečujemo tudi opozorila o etičnih vidikih nove tehnologije.  

Nehoteni premor

Če me med (najbrž redkimi) bralci tega bloga kdo pogreša, naj povem, da bom še vsaj tri tedne odsoten. Sem se namreč preselil (Dom starejših, Notranje Gorice) in Telekom potrebuje vsaj tri tedne, da mi prenese moj internetni račun na novo lokacijo. Naj živi naša komunikacijska  ekspeditivnost! Se pa šele zdaj zavedam, kaj pomeni odvisnost, čeprav gre v tem primeru za spletno.

Občni zbor SMD

 

Spoštovane članice in člani SMD,

vabimo vas na redni letni občni zbor Slovenskega mikrobiološkega društva, ki bo 31. marca 2015 ob 17.00 uri v Izoli na Fakulteti za vede o zdravju, Univerza na Primorskem, Polje 42 (bolnišnica Izola, levi trakt, 3. nadstropje, predavalnica 4). Vabilo z dnevnim redom najdete v pripeti datoteki.

V okviru občnega zbora bo tudi predavanje prof. Carla V. Bruschi in prof. Valentine Tosato z naslovom: »Genome engineering through chromosome KO and BIT translocation in yeast model cells: biomedical and biotechnological outcomes”. Kratki povzetek predavanja s CV-jem obeh predavateljev si lahko preberete v pripeti datoteki.

Vabljeni!

Predavanje na NIB

Nacionalni inštitut za biologijo Vas vabi, da se udeležite predavanja: Primerjalna in funkcionalna genomika rastlinskih patogenih bakterij –fitoplazem, ki ga bo predstavila

dr. Martina Šeruga Musić, Univerza v Zagrebu, Fakulteta za znanost, Oddelek za biologijo, Hrvaška

Predavanje bo v četrtek, 2. aprila 2015 ob 12.00 uri v predavalnici B5 v Biološkem središču, Večna pot 111, Ljubljana.

Nov primer Ebole v Liberiji

Potem ko so od zadnjega zaključenega primera ebole 5. marca v Liberiji pričeli odštevati 42 dni do preklica obolenja v državi, so v petek diagnosticirali nov primer bolezni. Izbruh je toliko bolj zagaten, ker ga ne morejo povezati s preteklimi primeri in bolnica tudi ni potovala v sosednje države, kjer bolezen še traja. Liberija je med zahodnoafriškimi državami, kjer že več kot leto dni pustoši ebola, plačala s 4.200 žrtvami največji davek tej bolezni.  

Odpornost proti antibiotikom -10 najpogostejših groženj

Vse več patogenih bakterijskih vrst postaja odpornih proti antibiotikom (OpA) in v najhujšem primeru proti različnim skupinam antibiotikov (t.i. multipla OpA). Med desetimi najpogosteje omenjanimi vrstami najdemo: Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus (MRSA), Mycobacterium tuberculosis, Neisseria gonorrhoeae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Clostridium difficile, Streptococcus pyogenes in Burkholderia cepacia.

Simpozij ISAM 2015

Organizacijski odbor ISAM2015 obvešča, da bo od 25. - 27. junija 2015 v Portorožu (Grand hotel Bernardin) potekal mednarodni simpozij iz anaerobne mikrobiologije (ISAM2015).

Več informacij lahko zainteresirani najdete na spletni strani prireditve.

Mikrobiologija zidanega okolja

Jonathan Eisen je v zapisu na blogu microBEnet zbral povezave do odprtih spletnih učnih vsebin, ki obdelujejo mikrobiologijo človekovega pozidanega okolja (poskus prevoda iz angl.: Built Environment).

Sicer pa, če vas mika poiskati odprte učne vsebine še iz kakšnega drugega področja si lahko pomagate z MITjevim iskalnikom.  

Darwinov dan.

Danes po svetu praznujemo Darwinov dan!  Datum njegovega rojstnega dne se je ponovil že 206 krat.

Zdaj še GRO.

Če smo se že navadili na kratico GSO (genetsko spremenjen organizem), tako smo namreč prilagodili angleško kratico GMO (genetically modified organism), bomo zdaj morali v naš jezikovni repertoar dodati še kratico GRO. Kar naj bi bila okrajšava za “genetsko rekodirani organizem”; Angleži so temu namreč nadeli ime “genetically recoded organism – GRO”. Raziskovalci iz Harvarda in Yalea so razvili bakterijo, ki ne more preživeti zunaj zelo kontroliranega okolja, torej ne more preživati pobega v naravno okolje. To ji daje atribut “okoljsko varnega GSO”, razen tega pa tako prirejenim industrijskim mikroorganizmom zagotavlja večjo odpornost npr. proti virusnim okužbam. Skrivnost leži v spremenjenem genetskem kodu bakterije, ki ji omogoča oz. jo celo obvezuje na uporabo sintetične aminokisline, ki je sicer v naravi ne najdemo.  

Mikrobna gorivna celica

Norveškim raziskovalcem je uspelo ukrotiti bakterije za pogon gorivne celice. Za prehrano bakterij uporabljajo odplake iz mlekarske industrije, postopek torej vodo čisti, vzporedna korist pa je pridobljena električna energije. V končnem cilju naj bi v procesu čiščenja odpadne vode skušali pridobiti dovolj energije za njegovo vzdrževanje.

Nov (prelomni?) antibiotik

Zadnjih nekaj tednov je v medijih veliko navdušenih poročil o odkritju novega antibiotika teixobactina. Gre za antibiotik, ki  pomeni tudi najdbo predstavnika nove protimikrobne skupine, kar se ni zgodilo že več kot desetletje. Posebno obetavno je upanje, da mikroorganizmi proti novemu antibiotiku težko, če sploh ustvarjajo odpornost. A da sam ne modrujem preveč, naj svetujem povezavo, ki prinaša kar nekaj zanimivosti, povezanih z novo učinkovino.       

Kam gredo raziskave mikrobioma?

V preglednem članku “Where Next for Microbiome Research?” v januarski številki revije PLOS Biology nam enajst avtorjev predstavi kako vidijo nadaljevanje raziskav človekovega mikrobioma(ov).

Kot pravi Gene Tyson bomo kmalu bomo vstopili v obdobje, ko "bo število populacijskih genomov, deponiranih v javnih bazah podatkov prekosilo tiste iz izolatov in posameznih celic". Vsi avtorji, navedeni v nadaljevanju, opozarjajo da se bo težišče premaknilo od opisovanja sestave mikrobnih združb k osvetlitvi načel, ki določajo njihovo sestavo, dinamiko in funkcije. Kako bo mogoče odkrivati ta načela? Elhanan Borenstein predlaga pristop, ki bi temeljil na sistemski biologiji, zlasti po poti razvoja matematičnih in računalniških modelov interakcije med sestavnimi deli posameznih združb, ki bodo ključnega pomena za razumevanje delovanja in dinamike microbiomov. Evolucijska biologa Howard Ochman in Andrew Moeller želita razvozlati, kako se mikrobni sklopi razvijajo, vendar nas opozarjata, da upoštevamo tudi vlogo mikrobnih združb v evoluciji organizmov in si dovolita razburljivo napoved, da bodo mikrobi vpleteni tudi v pojasnjevanje evolucije eusocialnosti in sodelovanja. Brett Finlay poudarja potrebo po razvozlavanju osnov mehanizmov - posebej kemičnih/metabolnih signalov - za interakcije med člani mikrobnih združb in z njihovimi gostitelji. Poudarja, kako bo to znanje omogočilo ustvarjanje novih orodij za manipulacijo mikrobiote, kar je ključni izziv nadaljnjih raziskav. Heidi Kong spodbuja k razkritju mehanizmov, na katerih temelji povezanost med posameznimi površinami kože, motnjami na njih ter njihovo mikrobioto. Jeffrey Gordon omenja več zanimivih možnosti kot tudi izzivov, ko manipulacija črevesne mikrobiote predstavlja izboljšanje človeške prehrane in zdravja. Končno Karen Nelson, Karim Dabbagh in Hamilton Smith predlagajo, kako nam uporaba sintetičnih genomov s katerimi bi ustvarili nove mikroorganizme in celo sintetične mikrobiome ponuja nov način spreminjanja mikrobiote. Na splošno bi morale prihodnje raziskave mikrobioma, kar zadeva molekule in mehanizme, ki sodelujejo v interakcijah med člani mikrobnih združb in njihovih gostiteljev privesti do odkritja vznemirljive nove biologije in transformativnega zdravljenja.

Mikrobiološki večeri v Hiši eksperimentov

Slovensko mikrobiološko društvo organizira v sodelovanju s Hišo eksperimentov predavanje dr. Tine Eleršek “To ni packarija, to so alge”.

Predavanje bo v četrtek, 29.1.2015, ob 19.00 v Hiši eksperimentov (Trubarjeva cesta 39, Ljubljana). 

Štipendija SMD za mlade mikrobiologe

Zelo razveseljiva in obetavna ponudba prihaja iz Slovenskega mikrobiološkega društva:

Slovensko mikrobiološko društvo podeljuje dve štipendiji mladim mikrobiologom za udeležbo na konferenci »International Conference for Young Scientists: Hot Topics in Microbiology“

Konferenco organizira Češkoslovaško mikrobiološko društvo v sodelovanju z mikrobiološkimi društvi iz Slovenije, Hrvaške in Madžarske in bo potekala od 23.04. do 26.04.2015 v Štrbské Pleso, High Tatras, Slovaška.  Rok za prijavo in oddajo prispevkov je 15. februar 2015, dodatne informacije so na voljo na spletni strani kongresa  http://htmicro.sk/ . Dodeljena bo štipendija v višini stroškov kotizacije kongresa (400 EUR).  

Pogoji za dodelitev štipendije mlademu mikrobiologu:

• kandidat je član Slovenskega mikrobiološkega društva in ima poravnane članske obveznosti, 
• ni starejši od 36 let, 
• ima sprejet prispevek na konferenci v obliki kratkega predavanja in je prvi avtor prispevka (odločitev organizatorjev o izboru prispevkov bo znana do 28.02.2015)  ni prejemnik FEMS štipendije za udeležbo na tej konferenci.

Za dodelitev štipendije se prijavite z življenjepisom in priloženim izvlečkom prijavljenega prispevka ter s strani organizatorja izdanim dokazilom o sprejetem prispevku v obliki kratkega predavanja. Prijavo z oznako na ovojnici »Za dodelitev štipendije HTMicro2015« pošljite najkasneje do 09. marca 2015 (datum oddaje na pošti) na naslov: Slovensko mikrobiološko društvo Jamnikarjeva 101 1000 Ljubljana  ali v elektronski obliki na naslov smd@smd.si .

V kolikor bosta na razpis prispela več kot dva ustrezna prispevka (sprejet prispevek za kratko predavanje), bo upravni odbor SMD izmed prispelih prijav izbral za štipendiranje le dva kandidata.

Zn. svet. dr. MATJAŽ OCEPEK, predsednik SMD

Srečno 2015!

Veliko uspehov vam želim v prihajajočem letu, a za doseganje tega cilja ne žrtvujte osebnega miru in zdravja.

Zimmerjevo leto

Carl Zimmer je eden mojih najljubših avtorjev popularne znanosti. V zadnjem letošnjem zapisu na svojem blogu The Loom nam je nanizal svoje letošnje prispevke in predavanja s povezavami.

Strokovna srečanja mikrobiologov v januarju 2015

Iz spleta prevzemam napoved strokovnih prireditev v januarju 2015, pomembnih za mikrobiološko stroko:

January 11 - 14, 2015   Natural Products Discovery and Development in the Post Genomic Era, San Diego, CA, USA  
Further information: SIMB Society for Industrial Microbiology and Biotechnology. In light of the rapid progress and growing interest in this area, the Society for Industrial Microbiology and Biotechnology, The Korean Society for Microbiology and Biotechnology, and The Society for Actinomycetes Japan are jointly sponsoring a new international meeting on Natural Products Discovery and Development in the Post Genomic Era.

January 11 - 16, 2015   Precision Genome Engineering and Synthetic Biology: Designing Genomes and Pathways; Big Sky, MT, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 11 - 16, 2015   The Biological Code of Cell Signaling: A Tribute to Tony Pawson, Steamboat Springs, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 11 - 16, 2015   Viral Immunity, Breckenridge, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 14 - 14, 2015   SFAM Winter Meeting, London, UK  
Further information: SFAM Society for Applied Microbiology.

January 17 - 18, 2015   Immunology of Fungal Infections: Identifying the Common Beneficial Host-Pathogen Interaction, Galveston, TX, USA  
Further information: Gordon Research Seminar.

January 18 - 23, 2015   Genomics and Clinical Microbiology, Cambridge, UK  
Further information: Wellcome Trust. Advanced Course. Training in the latest laboratory techniques and data-analysis tools for PhD students, postdocs and clinicians.

January 18 - 23, 2015   Immunology of Fungal Infections: Basic Mechanisms and Translational Implications, Galveston, TX, USA  
Further information: Gordon Research Conference.

January 19 - 20, 2015   The Microbiome Forum Asia, Kuala Lumpur, Malaysia  
Further information: Global Engage Conference. The latest academic and industry research will explore the human microbiome.

January 20 - 25, 2015   Immunity to Veterinary Pathogens: Informing Vaccine Development, Keystone, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 21 - 22, 2015   Pharmaceutical Microbiology conference, London, UK  
Further information: Explores key issues in data review and analysis, contamination control strategies, strategies for low endotoxin recovery and best practice in sterile and non-sterile manufacture.

January 22 - 23, 2015   Flow Chemistry, India, Mumbai, India  
Further information: This meeting is dedicated to the integration of flow chemistry into everyday practice throughout the world by delivering the latest knowledge and making it available for the entire chemistry community.

January 22 - 23, 2015   Microfluidics and Lab on a Chip,  India, Mumbai, India  
Further information: The program will consist of moderated sessions and engaging an expert panel on research themes at the core of Microfluidics and Lab-on-a-Chip technology.

January 22 - 27, 2015   Host Response in Tuberculosis, Santa Fe, NM, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 24 - 25, 2015   Physical Virology: The Expanding Interface of Viral Characterization and Engineering Application, Ventura, CA, USA  
Further information: Gordon Research Seminar.

January 25 - 30, 2015   Epigenetics and Cancer, Keystone, CO, USA  
Further information: Keystone Conference. Keystone Symposia on Molecular and Cellular Biology.

January 25 - 30, 2015   Physical Virology: Integrating Global Significance with Atomic Level Understanding, Ventura, CA, USA  
Further information: Gordon Research Conference.

January 26 - 30, 2015   Laboratory Diagnosis of Human Parasitic Infections, Leiden, The Netherlands  
Further information: ESCMID Course

January 26 - 30, 2015   Working with the Human Genome Sequence,
Blantyre, Malawi  
Further information: Wellcome Trust. Advanced Course. Training in the latest laboratory techniques and data-analysis tools for PhD students, postdocs and clinicians.

January 27 - 28, 2015   Diagnostics and Biomarkers: Online Event
Online conference,  
Further information: Using a pioneering new platform especially developed for scientific events, this conference will be broadcast to your PC or mobile device on 27th -28th January 2015.

January 28 - 30, 2015   Genomic Medicine for Clinicians, Cambridge, UK  
Further information: Wellcome Trust. Workshops and Summer Schools. Intensive, interactive discussion and hands-on training.

January 30 - 30, 2015   BIA Workshop in Infectious Diseases: 8th HIV Dilemmas Conference, Manchester , UK  
Further information: Mixture of challenging cases are drawn from real life, all presented by experts using interactive key pad voting throughout. For anyone involved in diagnosis and treatment of infection in HIV patients.

January 30 - February 1, 2015   4th UK RNA Splicing Meeting, Cumbria, UK  
Further information: Biochemical Society conference.

Mikrobiologija v družbenih omrežjih.

Ta povezava na Webicino bo najbrž všeč vsem ljubiteljem družbenih omrežij med mikrobiologi. Zbrane so povezave do novic, blogov, podkastov, mrež, tviterjev, wikijev, video strani, mobilnih aplikacij, iskalnih orodij, prezentacij in drugih virov, ki so povezane z mikrobiologijo. Dobrodošli bodo zlasti komentarji z dodatnimi koristnimi povezavami!

Epidemiološko kartiranje

Skupina Spatial Ecology and Epidemiology Group na Department of Zoology Univerze v Oxfordu (Vel. Britanija) se ukvarja s projekti kartiranja nekaterih infektivnih bolezni in njihovih vektorjev. Podatke objavljajo odprtodostopno preko spletnega portala GitHub. Pri tem zajemajo podatke iz različnih bibliografskih virov (npr. PubMed), vključujejo podatke iz sodelav ali pa iz sorodnih internetnih virov zdravstvenega nadzora kot je npr. HealthMap oz. kot je primer nadzora lokacije bolezenskega vektorja v Malaria Atlas Project.