20 let študija mikrobiologije na UL

Letos mineva dvajset let, kar je bil na Biotehniški fakulteti Univerze v Ljubljani ustanovljen nov, medoodelčni visokošolski  študij mikrobiologije. 5. decembra, v Tednu Univerze v Ljubljani, bo na Biotehniški fakulteti temu dogodku posvečena celodnevna Akademija, več o dogodku najdete ne tem naslovu. 

Umrl je Frederick Sanger

Med novicami iz sveta znanosti danes najbolj odmeva sporočilo, da je včeraj v starosti 95 let umrl dr. Fred Sanger, doslej prvi prejemnik dveh Nobelovih nagrad v kemiji. Prvo je leta 1985 prejel za določitev aminokislinskega zaporedja v govejem insulinu, drugo skupaj z W. Gilbertom in P. Bergom leta 1980, za razvoj sekveniranja DNK po t.i. Sangerjevi metodi.

Za arXive zdaj še bioRxiv

Po vzoru zelo popularnega arhiva za objave e-predodtisov (preprintov) znanstvenih prispevkov v fizikalnih in nekaterih drugih vedah arXiv, ki ga gosti Univerza Cornell je zdaj oblikovan tudi arhiv za odlaganje e-člankov v bioloških vedah, bioRxiv, ki je našel zatočišče na serverjih Laboratorija Cold Spring Harbor (CHSL), kot to najavljajo v svojih novicah PhysOrg.

Arhiv bo sprejemal neobjavljene predodtisne prispevke, ki jim bodo avtorji določili disciplinarno pripadnost (dvajset in več: med drugim biokemije, bioinformatike, imunologije, mikrobiologije…) vedam o življenju, z izjemo (pred)kliničnih študij, označili pa naj bi tudi ali gre za Nove rezultate, Potrjevalne rezultate ali  Protislovne rezultate.

Pred objavo arhiv člankov ne bo ocenjeval z vrstniško oceno (peer review) in jih tudi ne posebej oblikoval, pregledali pa bodo korektnost zapisa in ocenili ev. neznanstvenost vsebine. Objava ne pomeni nikakršne podpore ali ocene s strani bioRxiva, omogočila pa bo avtorju, da bo pridobil pomemben odziv bralcev za kasnejšo pripravo članka za objavo.

Kongresi IUMS 2014

Mednarodna zveza mikrobioloških društev/zvez – IUMS, objavlja razpis kongresov Zveze IUMS 2014: XIV^th International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology; XIV^th International Congress of Mycology in XVI^th International Congress of Virology, ki bodo v kanadskem Montrealu od 27. julija do 1. avgusta  2014.

Genomski podatki v odprtem dostopu

Revija Science v svoji rubriki ScienceInsider predstavlja nov britanski Personal Genome Project, ki bo temeljil na odprti dostopnosti podatkov.  Tako genomskih podatkov kot zdravstvenih podatkov prostovoljcev, ki so se pripravljeni vključiti v projekt. V prvem letu bi vključili 50 kandidatov, kasneje želijo projekt razširiti na 100.000 udeležencev. Projekt ima veliko paralel s projektom, ki ga je leta 2005 pričel George Church na Univerzi Harvard. Church se je zavedal pomislekov, ki jih imajo posamezniki zlasti pri javni objavi svojih zdravstvenih podatkov, vendar jih je opozoril, da je ob današnjih tehnoloških možnostih pretoka informacij tako in tako nemogoče zagotoviti anonimnost. Zato je ponudil možnost obdelave genomskih in zdravstvenih podatkov prostovoljcem, ki dajo na razpolago podatke brez zagotovila  anonimnosti, v projektu pa jim pokrijejo  strošek sekvenciranja genoma. Kljub temu, da si Church ne postavlja posebnih ciljev o obsegu zajetih udeležencev pa je vesel, ker se ideja širi tudi že v druge države; podobni projekti delujejo danes v Kanadi, Nemčiji in J. Koreji.

Konferenca o aspergilozi.

Hartley Taylor Medical Communications Ltd. organizira 6. mednarodno konferenco o aspergilozi - 6th Advances Against Aspergillosis conference – v Madridu med 27. februarjem in 1. marcem 2014.

Kje nanotehnologija ponuja podporo laboratorijem

Krajši pregledni odprtodostopni prispevek nam predstavi nekatere možnosti, kjer nanotehnološke rešitve napovedujejo vstop v laboratorijsko diagnostiko. 

24. oktober – dan polia

Zakaj velja današnji datum za dan polia in kakšna je trenutna pojavnost tega obolenja je imenitno opisal prof. V. Racaniello na svojem blogu, seveda pa razpravlja tudi kako daleč smo od globalne eradikacije bolezni.  

Teden Odprtega dostopa v Sloveniji

Letošnji, zdaj že tradicionalni Teden odprtega dostopa med 21. in 27. oktobrom bo v Sloveniji obogaten z mednarodno videokonferenco, ki jo pripravljata Centralna tehniška knjižnica Univerze v Ljubljani in Univerzitetna knjižnica Univerze v Mariboru ob tehnični podpori Arnesa. Osrednji dogodek  videokonference bo intervju s prof. dr. Petrom Suberjem, gurujem svetovnega gibanja Odprtega dostopa (Open Access). Nekaj prvih podatkov o konferenci odkriva koncept vabila:

Mednarodni teden odprtega dostopa, 21. oktober do 27. oktober 2013

Centralna tehniška knjižnica Univerze v Ljubljani  v sodelovanju z Univerzo v Ljubljani in
Univerzitetna knjižnica Maribor Univerze v Mariboru
s tehnično podporo Arnesa

vas ob mednarodnem tednu odprtega dostopa vabita na videokonferenčni pogovor s profesorjem ameriške univerze Harvard dr. Petrom Suberjem, enim izmed utemeljiteljev  ideje odprtega dostopa do znanstvenih del.

Pogovor bo potekal 21. oktobra 2013 ob 15.30 uri hkrati v zbornični dvorani rektorata Univerze v Ljubljani (moderator Miro Pušnik, direktor CTK)
in
v Podreccini dvorani rektorata Univerze v Mariboru (moderator prof. dr. Jozsef Györkös).

Prof. dr. Peter Suber je eden izmed utemeljiteljev ideje odprtega dostopa do znanstvenih del in raziskovalnih podatkov.  Bil je član BOAI – Budapest Open Access Initiative, ki je leta 2001 utemeljila nov model licenciranja znanstvenih objav.  Leta 2003 je bil prof. Suber imenovan na mesto raziskovalca v organizaciji SPARC – Scholarly Publishing and Academic Resources Coalition in od leta 2009 deluje na Univerzi Harvard. Leta 2011 je postal direktor HOAP – Harvard Open Access Project, leta 2013 pa še direktor pisarne »Harvard Office for Scholarly Communication«.  Je avtor številnih publikacij, še posebej znana je njegova knjiga Open Access (v OA dostopna na http://mitpress.mit.edu/books/open-access).

V odprti interaktivni diskusiji s poudarkom na dosedanjih izkušnjah v Sloveniji bomo razpravljali o: pomenu in  licenciranju odprtega dostopa, o odnosu založnikov do  odprtega dostopa,  o zahtevah evropskih in ameriških znanstvenoraziskovalnih politik, o sistemih  vrednotenja ter o  odmevnosti znanstvenega dela v odprtem dostopu.

Udeleženci ste vljudno vabljeni k aktivnemu sodelovanju. Zaradi lažje organizacije mednarodnega pogovora vas prosimo za predhodno prijavo
na e-naslov irena.jaksa@ctk.uni-lj.si (Ljubljana) in dunja.legat@um.si (Maribor).

Videokonferenčni pogovor bo mogoče spremljati tudi preko spleta; spletni naslov bo naknadno objavljen na spletnih straneh Centralne tehniške knjižnice (http://www.ctk.uni-lj.si/) in Univerzitetne knjižnice Maribor (www.ukm.si).

Vljudno vabljeni!

Celični privzem genetskega materiala

Danec Søren Overballe-Petersen je v poskusih, v katerih je želel dokazati, da lahko bakterije privzemajo tudi dele razgrajenega genetskega materiala iz okolja, pravzaprav opozoril na nekoliko zanemarjen, a zelo verjeten mehanizem zgodnjih evolucijskih dogajanj. Dele sintetične DNK, ki jih je Overballe-Petersen dodajal kulturi bakterije Acinetobacter baylyi so celice vgradile v svoj genom in avtor predpostavlja, da celice uspejo privzeti material s pasivno absorbcijo. Kasneje je enak postopek ponovil z razgrajenimi deli genoma višjih organizmov, ki so prav tako končali v bakterijski celici. Dejanska usoda tako osvojenega genetskega materiala sicer ni znana, vendar številni avtorji verjamejo, da je to bila ena od pomembnih poti zgodnje celične evolucije, ki jo kasneje nadgradijo aktivni prenosi genetskega materiala med celicami.  

Apoptoza lahko aktivira herpesviruse

Rezultati nedavne raziskave objavljene v Journal of Virology in jih povzema blog Biology NewsNet razkrivajo, da lahko apoptoza, programirana celična smrt, aktivira herpesviruse v propadajoči celici. Ker tudi pri nekaterih oblikah kemoterapije lahko pride do apoptoze ima ta ugotovitev seveda velik pomen in je lahko vzrok za vznemirjenje pri zdravljenju raka.

Predavanje prof. S. J. Sørensena

Povzemam vest Slovenskega mikrobiološkega društva:

Vljudno vabljeni na predavanje

Social interactions in complex microbial communities - Survival of the fittest or the friendliest?

Professor Søren J. Sørensen

Section of Microbiology, Department of Biology, University of Copenhagen

Predavanje bo v četrtek, 19.9. 2013 ob 13:00 v predavalnici B5, Biološko središče, Večna pot 111

POVZETEK PREDAVANJA

Multispecies biofilms are predominant in almost all natural environments, setting the scene for various competitive and cooperative interactions that affect overall functionality and fitness of the individual strains and the community.

We have developed a model defining synergism, antagonism and neutrality within multispecies biofilms, based on the proportion of the species that are present and their ability to form monospecies biofilm. The model was validated experimentally in control systems of isogenic strains differing only in their ability of biofilm formation as single species. We applied this model to characterize the interactions in multispecies biofilm formation of bacterial consortia isolated from a variety of natural habitats.

Furthermore we have developed a simple assay for screening of antagonistic interactions among bacterial isolates. This approach was used to investigate the number of antagonistic interactions among bacteria co-isolated from the same environmental sample in comparison to interactions between isolates from different environments.

Recent research has revealed that bacterial plasmids and biofilm formation are interconnected in many ways. Horizontal transfer rates are typically higher in biofilm communities compared with those in planktonic states. Biofilms, furthermore, promote plasmid stability and may enhance the host range of mobile genetic elements that are transferred horizontally. Plasmids, on the other hand, are very well suited to promote the evolution of social traits such as biofilm formation. This, essentially, transpires because plasmids are independent replicons that enhance their own success by promoting inter-bacterial interactions. They typically also carry genes that heighten their hosts’ direct fitness. I present a couple of examples from our most recent research of how plasmids can promote biofilm formation in natural environments and reveal some of the molecular mechanisms behind this phenomenon.

In conclusion, we present results indicating ubiquity of synergism in multispecies biofilm formation in complex bacterial communities.

Vabi prof. dr. Mandić-Mulec, Katedra za mikrobiologijo, Biotehniška fakulteta in Slovensko mikrobiološko društvo.

Mikrobiološki blogi na Tumblr

Na blogerskem portalu Tumblr sem našel nekaj odličnih mikrobioloških blogov:

http://littlemicrobiologyblog.tumblr.com/

http://microbiologymeasure.tumblr.com/

http://vetstudent-microbiologymaniac.tumblr.com/

http://microbiologyandvirology.tumblr.com/

Enteromamarno vzpostavljanje dojenčkovega mikrobioma?

Precej pozornosti je vzbudila pravkaršnja objava predpostavke o vertikalnem prenosu materinih črevesnih mikroorganizmov z dojenjem na dojenčka. Že v abstraktu je omenjena hipoteza o morebitni enteromamarni poti prehoda enteralnih mikroorganizmov v mleko. Ker ta trenutek še nimam dostopa do celotnega članka naj pač zgolj izrazim pomislek k takem mehanizmu in predstavljam si, da ga bo, v kolikor še ni, potrebno pač temeljito podkrepiti z eksperimentalnimi dokazi. 

Cepljenje v družbenih omrežjih

Vsi, ki želite aktualno spremljati problematiko cepljenja si boste brez dvoma z radovednostjo ogledali zapis o vakcinaciji v družbenih omrežjih, ki so ga pripravili na portalu Webicina. In verjamem, da se boste nato z naklonjenostjo redno vračali na povezave, ki so jih zbrali in se po potrebi tudi polemično odzivali. Temu vendar služijo družbena omrežja!    

Predavanje o nevrocisticerkozi

Prenašam vabilo iz spleta SMD:

Vljudno vabljeni na predavanje prof. dr. Ane Flisser z naslovom »Nevrocisticerkoza – več kot zapostavljena bolezen«, ki se bo v ponedeljek, 9. septembra 2013, pričelo ob 14.00 uri in bo potekalo v mali predavalnici Medicinske fakultete v Ljubljani.

Nevrocisticerkoza je ena izmed zapostavljenih parazitskih bolezni, ki jo pri človeku povzročajo ličinke svinjske trakulje Taenia solium. Je najpogostejša parazitska okužba osrednjega živčevja in glavni vzrok pridobljene epilepsije. Endemična je v večini razvijajočih se držav Azije, Latinske Amerike ter srednje in južne Afrike. Vse pogosteje o njej poročajo tudi v razvitih državah, predvsem zaradi povečanega priseljevanja bolnikov, okuženih s T. solium, in pogostega potovanja turistov v endemične kraje. V posameznih primerih se pojavlja tudi pri nas. Prof. dr. Ana Flisser je profesorica in raziskovalka na Nacionalni mehiški univerzi (Universidad Nacional Autónoma de México), ki svoje raziskovalno delo posveča (nevro)cisticerkozi in teniozi. Je avtorica številnih mednarodno odmevnih člankov in predsednica XIII mednarodnega parazitološkega kongresa (XIII International Congress of Parasitology – ICOPA XIII), ki bo prihodnje leto v Mehiki. V okviru svojega predavanja bo predstavila tudi ta kongres.

Vljudno vabljeni!

Mikrobi iz ust vpleteni v karcinogenezo?

Doslej je veljalo, da le bakterija Helicobacter pylori  sodeluje pri nastanku malignega obolenje, v konkretnem primeru želodčnega raka. Mehanizem naj bi bil vezan na bakterijsko presnovo prehranskih sestavin v kancerogene dejavnike. Zdaj pa v dveh ločenih študijah skupina iz Harvard Medical School pod vodstvom Aleksandra Kostica in druga skupina iz Case Western Reserve University pod vodstvom Mare Roxane Rubinstein poročata, da ima lahko podobno vlogo bakterija Fusobacterium nucleatum. Kot  preberemo v preglednem prispevku v reviji The Scientist lahko komenzalna bakterija F. nucleatum tudi sicer v ustih povzroča periodontalne težave. Vendar je že pred časom dvema skupinama raziskovalcev, eni iz Kanade in drugi iz ameriškega Cambridgea uspelo povezati njeno številčnejšo prisotnost v črevesu s povečano pogostostjo kolorektalnega raka. Sedaj pa v eksperimentalni študiji na miših skupini iz Harvarda in Clevelanda skušata razložiti ozadje nastajanja tega raka. Bakterija naj bi namreč izzvala predvnetno stanje, ki preide v onkogeno dogajanje, njegovo ozadje pa bodo morale razložile nadaljnje študije, ko bodo določile obseg vpletenosti samih fuzobakterije in seveda tudi ev. interakcije preostalega mikrobioma v pojavljanju tega kolorektalnega malignoma.

Evropski biotehnološki kongres 2014

Prihodnji Evropski biotehnološki kongres 2014 bo gostila Italija v mestu Lecce od 15. do 18. maja prihodnje leto. Več o tem najdete na spletni strani Eurobiotech2014.

Mesto podoktorskega raziskovalca

Posredujem sporočilo iz IB MF o prostem mestu podoktorskega raziskovalca na MF UL:

Pozdravljeni,
želim vas opozoriti na razpis za delovno mesto postdoktorskega raziskovalca (mesto sistematizirano kot asistent z doktoratom) na Medicinski fakulteti, Inštitut za biokemijo, ki bo objavljen 22. 8. 2013 in zaključen 30. 8. 2013. Zaposlitev za 3 leta oz. za čas projekta se bo predvidoma začela s septembrom 2013.

Iščemo postdoktorskega raziskovalca, ki bi sodeloval na projektu »Nef, izločen z eksosomi iz celic okuženih z virusom HIV, pomembno prispeva k razvoju nevroloških simptomov AIDS-a«, katerega vodja je akad. prof. dr. Boris Matija Peterlin. Cilj projekta je ovrednotiti in razumeti vlogo virusnega proteina Nef v nevroloških zapletih AIDS-a in oceniti primernost Nef-eksosomov iz likvorja in/ali krvi kot biomarkerjev za prisotnost tega stanja. Projekt poskuša osvetliti trenutno najbolj aktualen problem pri zdravljenju bolnikov okuženih s HIV-om, to je, zakaj se kljub učinkoviti antiretrovirusni terapiji pri bolnikih pogosto pojavijo nevrološki zapleti.

Delo bo potekalo na Inštitutu za biokemijo Medicinske fakultete, v sodelovanju s Celico d.o.o. (prof. dr. Marko Kreft), Kemijskim inštitutom (prof. dr. Ema Žagar, dr. Polona Bedina Zavec), Inštitutom za biologijo celice MF (prof. dr. Peter Veranič), Centrom odličnosti Cipkebip (prof. dr. Dušan Turk), Zdravstveno fakulteto (prof. dr. Veronika Kralj Iglič) in laboratorijem akad. prof. Peterlina na University of California San Francisco, ZDA. Delo se bo izvajalo na možganskih celičnih linijah in primarnih celicah kot tudi na bioloških vzorcih likvorja in krvi s HIV-om okuženih bolnikov. Pri delu bo koristilo znanje o splošnih tehnikah v celični biologiji, biokemiji in molekularni biologiji, ter poznavanje osnovnih viroloških tehnik.

Iščemo energičnega, motiviranega kandidata, sposobnega timskega dela, ki ga veseli raziskovalno delo na tematiki HIV-a in nevrotoksičnosti. Kandidati s predhodnimi izkušnjami v omenjenih tehnikah bodo obravnavani prednostno, znanje le-teh pa ni pogoj.

Če imate še kakšna vprašanja, se prosim obrnite na moj e-mail naslov: metka.lenassi@mf.uni-lj.si.

Lep pozdrav,
Metka Lenassi

Ed Young o mikrobiomu

Ed Young je znan kot pisec tekstov o znanosti v številnih revijah kot so Nature, New Scientist, Wired, the Guardian, the Times, vrsto let pa je zlasti v spletni znanstveni skupnosti prisoten kot priljubljen bloger. Z blogom Not Exactly Rocket Science je pričel še na portalu ScienceBlogs, kasneje smo ga našli med med blogi revije Discover, zdaj pa gostuje v blogosferi revije National Geographic. Radi ga gostijo tudi na BBC in v povezavi z danes zelo aktualno temo mikrobne poseljenosti našega telesa oz. našega mikrobioma predlagam, da prisluhnete njegovemu nastopu (zvočni zapis) v oddaji Four Thought, ki ga je imel pred časom. V zanj značilnem poljudnem jeziku nam predstavi nekatere bolj splošne značilnosti tega simbiontskega pojava, ki nam zagotavlja komfortno življenje pa vse do nekaterih novejših še v raziskave vpetih presenetljivih spoznanj in tudi napovedi njihove morebitne prihodnje uporabe.