Biološka slikovna zbirka

Založnik revij odprtega dostopa BioMed Central (BMC) razširja svojo ponudbo s slikovno podatkovno bazo Biology Image Library. Vanjo bodo vključevali slikovni material iz sedmih področij vključno s slikami iz člankov, ki jih objavljajo revije v izdaji BMC. Baza ima iskalno orodje z več iskalnimi atributi, razen tega pa bodo slike opremljene z obsežnimi anotacijami. Uporabnikom ponujajo tudi možnost kreiranja lastnih slikovnih zbirk v formatu PowerPoint.

Poklicne možnosti v biotehnologiji

Na spletni strani Bio-Link si lahko naložite publikacijo “Careers in Biotechnology”, avtoric Gine Frierman-Hunt in Julie Solberg. Brez dvoma dobrodošla pomoč pri študijski izbiri, izbiri poklica in tudi kot orientacija za zaposlovalce. Vsebina bo koristna seveda tudi za snovalce šolskih kurikularnih programov. Dokument je v .pdf formatu!

Bakterije učinkovito odstranjujejo onesnaženje v Mehiškem zalivu

Po nesreči na naftni ploščadi Deepwater Horizon v Mehiškem zalivu se je v globini 1.000 do 1.200 m razširil oblak naftnega razlitja v razdalji do 15 km. Aktualna študija raziskovalcev iz kalifornijske ustanove Lawrence Berkeley National Laboratory razkriva, da mikrobna aktivnost doslej neznanega mikroorganizma precej učinkoviteje razgrajuje naftno onesnaženje, kot so lahko pričakovali. Kot navaja Terry Hazen, mikrobni ekolog, ki vodi to raziskavo v laboratorijih Berkeley, je priliv nafte bistveno pospešil razrast psihrofilnih (hladnemu okolju prilagojenih) proteobakterij taksonomske skupine gama, ki so sorodni sicer znanim razgrajevalcem naftnih ogljikovodikov. Preseneča tudi ugotovitev, da povečana mikrobna aktivnost k sreči ni resneje zmanjšala kisikove prisotnosti v območju naftnega oblaka.

Zbirnik znanstvenih blogov

Tale zapis bo gotovo zanimiv tudi za mikrobiološko srenjo.

Revija Archaea v odprtem dostopu

Archaea je vrstniško ocenjevana (“peer-reviewed”) odprtodostopna revija, ki jo izdaja založniška hiša Hindawi. Objavljajo izvirne znanstvene prispevke, kot tudi pregledne članke, ki obravnavajo vse vidike raziskav arhej, vključno z bioinformatiko, biotehnologijo, okoljsko tematiko, encimologijo, genetiko, presnovo, molekularno biologijo, molekularno ekologijo, filogenijo in ultrastrukturo.

Prihodnost genskega sekvenciranja

Kako vidi prihodnost genske analitike Jay Flatley, predsednik in predstojnik podjetja Illumina, lahko preberemo v temle intervjuju. Illumina je z več kot 60% svetovnega tržnega deleža v segmentu opreme za sekvenciranje brez dvoma vodilno podjetje, ki trenutno tudi določa cene storitev v tem področju z eksplozivno rastjo.

Preklic pandemije H1N1

Svetovna zdravstvena organizacija (WHO) je preklicala pandemijo H1N1. Od številnih pomislekov, ki jih je sama razglasitev izzvala, je ugasnil le del. Nekatere dileme načenja v svoji razpravi bloger  Vincent, večina pa jih bo najbrž še dolgo polnila bloge in kolumne v postpandemičnem obdobju. 

Nasveti za bodoče znanstveni(k)ce

Simpatične in koristne napotke vam, ki se odločate za pot v znanost, ponuja bloger Ethan Siegel v zapisu Advice for Young Aspiring Scientists. Koristni bodo, za katerokoli strokovno kariero se že odločate, npr. tudi za biološke vede, čeprav je avtor astrofizik. In veliko nasvetov in razlogov za motivacijo dodajajo tudi komentatorji tega zapisa. Vsekakor vredno branja.

Vakcina proti gripi za cepilno sezono 2010/2011

FDA je objavila seve virusov vsebovanih v vakcini proti sezonski gripi, ki jo bodo pričeli pripravljati za cepilno sezono 2010/2011. Vakcina bo vsebovala viruse podobne trem sevom:

• A/California/7/09 (H1N1) (sev pandemične influence iz leta 2009),
• A/Perth /16/2009 (H3N2)
• B/Brisbane/60/2008.

Zaenkrat je predvidenih šest proizvajalcev vakcine: CSL Limited, Novartis Vaccines and Diagnostics, Glaxo Smith Kline Biologicals, ID Biomedical Corporation, MedImmune Vaccines Inc., in Sanofi Pasteur Inc.

Sledovi mononegavirusov v živalskih genomih

Kot lahko preberemo v prilogi Science Now, raziskovalci iz okolja univerze Princeton sporočajo zanimivo in v marsičem presenetljivo najdbo. Virusi, ki povzročajo hemoragične mrzlice npr. Ebola in Marburg, naj bi bili vključeni v genome nekaterih sesalcev že nekaj deset milijonov let. Viruse iz družin Filovirideae in Bornaviridae, čeprav so RNA virusi in se težje preoblikujejo v DNK molekule, ki se nato lahko vključujejo v živalski genom, so našli pri številnih živalskih organizmih, npr. pri človeku, ribah in drugih vretenčarjih. Njihova funkcija sicer ni znana, ker pa so se uspeli ohraniti skozi milijone leto evolucije, raziskovalci sklepajo, da so najbrž na nek način koristni nosilcu.

Nukleolinus – ponovno odkrit

V standardni nabor celičnih komponent bo treba vključiti nov element, pravzaprav ga bo treba vključiti ponovno, saj je bil odkrit že pred 150 leti, a je bil nato pozabljen. Nukleolinus je celična sestavina v jedru številnih celic, vključno z nevretenčarskimi jajčnimi celicami in nekaterimi celicami sesalcev. Skupina raziskovalcev iz Marine Biological Laboratory’s (MBL) v Woods Holeu in iz univerze Illinois v Urbani je predstavila najdbo v Proceedings of the National Academy of Sciences  (PNAS) ob tem, ko je opisala tudi metodo opazovanja, ki premošča dosedanje težave pri opazovanju nukleolina. Strukturi pripisujejo vlogo pri delitvi celice.

Kajenje in periodontalna obolenja

Kadilcem, ki so po običaju nezaupljivi do vseh, ki jim svetujejo opustitev razvade, se bo ta vest morda zdela za lase privlečena in samo nov korak v splošni protikadilski kampanji. Vendar naj bi opustitev kajenja zmanjšala število nezaželenih bakterij, ki jih nadomestijo bakterije ugodnega poteka periodontalnih obolenj, kot ugotavlja skupina raziskovalcev iz ameriških univerz Ohio State in  Columbus ter britanske univerze iz Newcastla v objavi v Journal of Clinical Microbiology. Rezultati podpirajo kritični pomen svetovanja odvajanja kajenja v periodontalni terapiji.

Multipla skleroza in bakterije prebavil

Raziskovalci kalifornijskega tehnološkega instituta (Caltech) v svoji raziskavi opozarjajo na morebitno povezavo med multiplo sklerozo (MS) in bakterijami prebavne cevi. Seveda ne trdijo, da bakterije neposredno povzročajo MS, naj bi pa sodelovale pri ustvarjanju pogojev, ob katerih se bolezen lahko razvije.

Kaj je “bakterijoterapija”

Svobodni znanstveni publicist Carl Zimmer je pred nedavnim v New York Timesu predstavil morebitno novo terapevtsko možnost, imenovano “bakterijoterapija” ali “fekalna transplantacija”. Opisal je izkušnjo dr. A. Khorutsa, gastroenterologa iz Univerze v Minnesoti, ki je s to metodo ozdravil hudo črevesno infekcijo, povzročeno z bakterijo Clostridium difficile. Njegova pacientka je mesece trpela za hudo diarejo, ki jo je izčrpavala ob grožnji, da jo tudi usmrti. Po neuspešni uporabi različnih antibiotikov se je dr. Khoruts odločil za transplantacijo. Vendar ne za prenos tkiva, ampak je prenesel v debelo črevo pacientke manjši vzorec črevesne vsebine njenega soproga. Diareje je izginila po enem dnevu in se od takrat, (to je bilo leta 2008), ni vrnila. Zdravnik in njegovi sodelavci pa se niso zadovoljili zgolj s tem rezultatom; preučili so tudi genetski zapis bakterij v črevesu pacientke pred in po transplantaciji. Pred posegom je bila mikrobna združba v obupnem stanju, tega, kar velja kot “normalna flora”, sploh ni bilo mogoče najti. Štirinajst dni po transplantaciji je mikrobno združbo v zdravljenem črevesu že obvladovala mikrobna združba, prenesena iz črevesa njenega moža.

Od takrat so dr. Khoruts in sodelavci in izvedli še 15 takih transplantaciji in s trinajstimi so ozdravili svoje paciente. Zdaj preučujejo katere mikrobne vrste so posebno pomembne za pregon Clostridium difficile iz črevesa. Zavedajo se kompleksnosti vprašanja in da še zdaleč niso pri dokončnem odgovoru, vendar obeti so odlični.

Carl Zimmer nam v svoje članku predstavlja tudi širše ozadje mikrobiomike, področja, ki se nezadržno širi in odpira številne možnosti, s posebnim poudarkom prav v področju zdravstvenega varstva.

Komarji, ki ne prenašajo malarije

Raziskovalci iz Univerze v Arizoni so vzredili gensko spremenjene komarje, ki so v 100% odporni  proti povzročiteljem malarije in torej ne prenašajo bolezni na človeka. To lastnost posredujejo komarji tudi svojim potomcem. Seveda pa je pred raziskovalci zdaj najtežji del naloge, namreč kako dodatno podeliti spremenjenim komarjem kompetitivno prednost, da bodo lahko v okolju izpodrinili naravno populacijo insektov. Žal velja prepričanje, da je ta korak oddaljen še leta.

Virusi v prebavilih

Preučevanju bakterijske poselitve prebavnega trakta (projekt Microbiome) se je zdaj pridružila še študija virusov v prebavilih. Raziskava razkriva, da ima vsaka oseba značilen nabor virusov (večinoma gre za bakteriofage) in da se ta sestava v času ne spreminja močno. Virusna poselitev prebavil pri bližnjih sorodnikih (preučevano tudi pri enojajčnih dvojčkih in njihovih materah) pa ni tako enoznačno podobna kot je to ugotovljeno npr. za bakterijsko združbo.

Kako med ubija bakterije

Tokratni prispevek na blogu MicrobiologyBytes povzema sveže raziskave mehanizmov, na katerih temelji znana baktericidna lastnost meda. Uporaba medu za zdravljenje ran ima dolgo zgodovino, ki jo je zasenčil šele prihod antibiotikov. Zaradi težav z odpornostjo na antibiotike pa zdaj iščejo nove rešitve protimikrobnih strategij in odtod tudi ponovno zanimanje za učinke medu.  Najprej so pojasnjevali protimikrobni učinek medu z vsebnostjo vodikovega peroksida in visoko osmolarnostjo, kasneje so ugotovili vsebnost in učinke metilglioksala, novejše raziskave pa odkrivajo tudi prisotnost čebeljega defenzina-1.

Dajmo znanstvene dosežke na wikipedijo

Po prebiranju zapisa na Bengtssonovem blogu si prav lahko predstavljam ustvarjanje nove scene znanstvene žurnalistike o kateri govori. Ko se povežeta ideji odprtega dostopa in vsedostopne wikipedije. Ko bodo znanstvene revije avtorju omogočile (ali pa celo od njega zahtevale), da bo vzporedno z originalnim znanstvenim člankom pripravil tudi članek formatiran za objavo v wikipediji, ki pa bo prav tako recenziran z vrstniško oceno (peer review) in bo namenjen predstavitvi znanstvenega prispevka širši javnosti. Kje so koristi? Najprej v javnem dostopu do informacije v poljudnejši formulaciji vendar še vedno z neokrnjeno kompetenco. In s tem se okrepi položaj wikipedije kot ključnega globalnega portala relevantnega znanja, ki je zaradi učinkovite povezanosti z najpomembnejšimi spletnimi iskalniki tudi široko uporaben in uporabljan. Avtor ponudi svoje vedenje v odprt dostop in s tem poveča svojo prepoznavnost in pridobi povratno korist opaženosti v znanstveni srenji. Ker je mogoče pričakovati, da se bo slej ko prej to tudi vključevalo v sisteme ocenjevanja vplivnosti, se krog interesov avtorja, financerja raziskave, publicista in javnosti smiselno zaključi.

Ameriško Vrhovno sodišče o GSO

Ameriško Vrhovno sodišče (U.S. SC) je prvič v svoji zgodovini razsojalo v zadevi, ki zadeva genetsko spremenjene rastline. Zavrnilo je razsodbo nižjega sodišča, ki je prepovedalo sejanje Monsantove lucerne, spremenjene tako, da je odporna na herbicid Roundup. Kalifornijsko sodišče je namreč leta 2007 razsodilo, da je kmetijsko ministrstvo izdalo dovoljenje za komercialno rabo genetsko spremenjene lucerne brez ustrezne presoje vpliva na okolje, kot to zahteva zvezna zakonodaja in odredilo splošno prepoved uporabe. Zagovorniki GSO so z odločitvijo SC zadovoljni, čeprav menijo da na na sam primer ne bo imela posebnega, zlasti ne takojšnjega učinka, bo pa imela dolgoročen vpliv na podobne sodne postopke.

Letošnja ASMCUE

Konferenca ASMCUE je vsakoletna prireditev Ameriškega mikrobiološkega društva (ASM) na temo predstavitve aktualnih znanstvenih dosežkov in učinkovitih učnih strategij v mikrobiologiji. Običajna se je udeleži okoli 300 mikrobiologov, ki so povezani z izobraževanjem v stroki. Letošnji sestanek je bil med 20. in 23. majem v San Diegu. Na zame priljubljenem blogu Small Things Considered, ki ga ureja Elio Schaechter, v gostujočem zapisu o obisku te konference simpatično piše Amy Cheng Vollmer.