Dajmo znanstvene dosežke na wikipedijo

Po prebiranju zapisa na Bengtssonovem blogu si prav lahko predstavljam ustvarjanje nove scene znanstvene žurnalistike o kateri govori. Ko se povežeta ideji odprtega dostopa in vsedostopne wikipedije. Ko bodo znanstvene revije avtorju omogočile (ali pa celo od njega zahtevale), da bo vzporedno z originalnim znanstvenim člankom pripravil tudi članek formatiran za objavo v wikipediji, ki pa bo prav tako recenziran z vrstniško oceno (peer review) in bo namenjen predstavitvi znanstvenega prispevka širši javnosti. Kje so koristi? Najprej v javnem dostopu do informacije v poljudnejši formulaciji vendar še vedno z neokrnjeno kompetenco. In s tem se okrepi položaj wikipedije kot ključnega globalnega portala relevantnega znanja, ki je zaradi učinkovite povezanosti z najpomembnejšimi spletnimi iskalniki tudi široko uporaben in uporabljan. Avtor ponudi svoje vedenje v odprt dostop in s tem poveča svojo prepoznavnost in pridobi povratno korist opaženosti v znanstveni srenji. Ker je mogoče pričakovati, da se bo slej ko prej to tudi vključevalo v sisteme ocenjevanja vplivnosti, se krog interesov avtorja, financerja raziskave, publicista in javnosti smiselno zaključi.

Ameriško Vrhovno sodišče o GSO

Ameriško Vrhovno sodišče (U.S. SC) je prvič v svoji zgodovini razsojalo v zadevi, ki zadeva genetsko spremenjene rastline. Zavrnilo je razsodbo nižjega sodišča, ki je prepovedalo sejanje Monsantove lucerne, spremenjene tako, da je odporna na herbicid Roundup. Kalifornijsko sodišče je namreč leta 2007 razsodilo, da je kmetijsko ministrstvo izdalo dovoljenje za komercialno rabo genetsko spremenjene lucerne brez ustrezne presoje vpliva na okolje, kot to zahteva zvezna zakonodaja in odredilo splošno prepoved uporabe. Zagovorniki GSO so z odločitvijo SC zadovoljni, čeprav menijo da na na sam primer ne bo imela posebnega, zlasti ne takojšnjega učinka, bo pa imela dolgoročen vpliv na podobne sodne postopke.

Letošnja ASMCUE

Konferenca ASMCUE je vsakoletna prireditev Ameriškega mikrobiološkega društva (ASM) na temo predstavitve aktualnih znanstvenih dosežkov in učinkovitih učnih strategij v mikrobiologiji. Običajna se je udeleži okoli 300 mikrobiologov, ki so povezani z izobraževanjem v stroki. Letošnji sestanek je bil med 20. in 23. majem v San Diegu. Na zame priljubljenem blogu Small Things Considered, ki ga ureja Elio Schaechter, v gostujočem zapisu o obisku te konference simpatično piše Amy Cheng Vollmer.    

Bonnie Bassler prisluškuje bakterijam

Sporazumevanje med bakterijami, s strokovnim imenom “zaznavanje celične gostote” (angl. “quorum sensing”) je še vedno med najbolj nenavadnimi pojavi pri enoceličnih organizmih. Temu fenomenu se že leta posveča profesorica dr. Bonnie Bassler iz Univerze Princeton o čemer sem pisal tudi že na tem blogu. Na portalu Life Science je nedavno objavljen prispevek, ki v razumljivem jeziku seznani bralca  z nekaterimi aktualnimi poudarki o tej temi.

O mikrobioti podzemlja in o “mikrobioti” nasploh

Pa nam je ušla priložnost (ali pa morda ne…), da bi izkoristili naše kraško podzemlje in ga preučili še v vidikih njegove mikrobiote. Vas je pojem »mikrobiota« presenetil; o tem poklepetamo še na koncu. Zdaj pa o tem, zakaj sem v ta zapis vpletel naš Kras. Namreč na novičarskem spletu Asu News sem našel zanimivo vest o tem, kako so se na Univerzi v Arizoni odločili, da raziščejo ali mikroorganizmi v podzemlju pomagajo pri oblikovanju jamskih stalagmitnih in stalaktitnih struktur. Raziskavo financira NSF in škoda, da naš ARRS nima takšnih ambicij. Morda pa še le ni vse zamujeno, morda fantje in dekleta iz Phoenixa le ne bodo odkrili vseh skrivnosti. Morda so vmes takšne, v katerih je naš Kras vendarle unikaten, tako kot je izbor tega slovenskega imena unikatna oznaka za ves svetovni kraški svet. Za takšno ekskluzivo se pač splača potruditi.

Zdaj pa še o »mikrobioti«. Vse več slovenskih mikrobiologov se ogreva za prenos tega pojma iz angleškega jezikovnega okolja tudi v naš jezik. V angleščini najdemo dve rabi, ena je edninska, »microbiota« in pomeni skupnost mikroorganizmov v določenem okolju. Druga prvotnejša, danes redkejša pa je množinska in kot sinonim nadomešča pojem »mikroorganizem«, torej »different microbiota« = različni mikroorganizmi. In kako je pri nas? Pojem »mikrobiota« naj bi prav tako zasedel obe pojmovni niši, kot npr. v angleščini. Pa se najprej še pomudimo pri etimologiji: pojem je sestavljena iz dveh delov. »mikro« in »biot(a)«. O vseh pojmovnih povezavah s predpono »mikro« ne velja izgubljati besed, podredna zloženka zajema vse, kar je majhno. Pojmov »biot« ali »biota« pa ne najdemo ne v SSKJ in ne v SP. Pa uporabimo najdi.si in …veliko zadetkov! Pojme »biot(a)« najdemo v različnih rabah, vedno pa v neki povezavi z življenjem. Kaj pa geslo »mikrobiot«? V eSlovarju najdemo pojem »mikrobiot« = mikroskopska flora in favna določenega predela. In pojem najdemo še v slovenskem medicinskem e-slovarju: mikrobiót -a m organizem kot sestavni del mikroflore in mikrofavne. To pa ni pojem, kot bi ga radi uporabljali mikrobiologi za poimenovanje mikrobne združbe na neki lokaciji. Vsaj tako sem razumel, da predlagatelji želijo uporabljati za ekološki pojem obliko »mikrobiota« (edn., ž.sp.), namreč kot sinonim za neustrezno sintagmo »mikrobna flora«. Tako rabo razkriva tudi iskanje na spletu. Vendar tu naletimo še na dodatno težavo. Botaniki to besedo uporabljajo za slovensko obče ime za rastlino Microbiota decussata. Kako naprej; mislim, da bi bila koristna še beseda jezikoslovcev!

Avtizem in črevesni mikroorganizmi

Presenetljiv je članek v New Scientistu, ko pravi, da naj bi pri otrocih z avtizmom ugotovili v urinu poseben kemijski profil, ki bi ga bilo mogoče celo uporabiti kot morebiten zgodnji diagnostični test. Značilna kemijska slika naj bi bila povezana s specifično črevesno mikrobno združbo, ki jo ugotavljajo pri otrocih z avtizmom in ponuja se razlaga, da naj bi črevesni mikroorganizmi bili celo vzrok za nastanek avtizma. Predvsem naj bi bila bakterijska skupina klostridijev tista, ki bi naj s svojimi presnovnimi produkti vplivala na možganski razvoj.

Kako deluje akupunktura?

Članek v reviji Nature Neuroscience razkriva mehanizem s katerim je mogoče pojasniti kako akupunktura lahko pripomore k zmanjšanju bolečine. Akupunkturo kljub podpori in zagovoru, ki jo ima v Svetovni zdravstveni organizaciji za zdravljenje nekaterih bolezenskih stanj, vendarle spremlja skepsa strokovnjakov.

Zdaj so M. Nedergaard in sod.  v poskusu na miših ugotovili, da zabadanje in značilna rotacija igle sprošča specifične nevrotransmiterje, ti pa z vezavo na adenozin A1 receptorje, locirane na živčnih vlaknih, ki prenašajo bolečino, omejujejo aktivnost vlaken in omejujejo bolečino.

Brez dvoma bo ponujena teorija intenzivirala raziskave te prastare kitajske ljudske zdravilske prakse.    

Izkoreninjenje črnih koz naj bi odprlo pot AIDSu

Nedavno objavljena raziskava v BMC Immunology je ponudila presenetljivo podmeno, da je prenehanje cepljenja proti črnim kozam, ki je sledilo izkoreninjenju te bolezni v svetu, odprlo pot razširjanju virusa HIV. Vakcina proti črnim kozam naj bi do določene mere zagotavljala tudi zaščito pred virusom HIV in to naj bi tudi potrdile nedavne raziskave, v katerih so primerjali občutljivost HIV-1 virusa v mononuklearnih celicah iz periferne krvi pridobljenih od oseb imuniziranih z vakcinijo in od necepljenih oseb ter ugotovili značilno večjo občutljivost virusa v celicah vakciniranih oseb.

Sintetična bakterijska celica

Kot poroča dnevnik Guardian je v današnji številki revije Science objavljen članek raziskovalne skupine pod vodstvom J. Craiga Venterja z naslovom “Creation of a Bacterial Cell  by a Chemically Synthesized Genome”. V nadaljevanju je prevod izvlečka članka:

“Poročamo o oblikovanju, sintezi in sestavljanju 1,08 Mbp velikega genoma (bakterije) Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 začetem iz podatkov digitaliziranega genomskega zaporedja in nato njegovega vstavka v prejemniško celico (bakterije) Mycoplasma capricolum da bi ustvarili nove celice bakterije Mycoplasme mycoides, ki bodo nadzorovane zgolj s sintetičnim kromosomom. Edina DNK v celicah je pripravljeno sintetično zaporedje DNK, ki vključuje zaporedje “vodnega znaka”  ter druge narejene genske delecije in polimorfizme  in mutacije pridobljene v postopku izgradnje. Nove celice imajo pričakovane fenotipske lastnosti in so sposobne kontinuiranega samopomnoževanja.” 

Carl Zimmer je na svojem blogu to priložnost pospremil s pomenljivim vprašajem in dodal nekaj povezanih in  koristnih literaturnih virov.

Slovenski iGEM odmeva še naprej

Kot lahko preberemo v blogu DNE Tehno, se slovenski ekipi iGEM iz lanskega leta obeta novo priznanje; cit:

“Skupina slovenskih študentov in njihov mentor Roman Jerala s Kemijskega inštituta so prejeli dve nominaciji za prestižno nagrado World Innovation Award. Podeljujejo jo za raziskave, odkritja in projekte, ki naj bi imeli največji vpliv na prihodnost človeštva.”

Čestitamo!

Mikrobiologija v videu

César Sánchez je mikrobiolog in njegov blog Twisted Bacteria sem že omenjal na tem blogu. Tokrat svetujem ogled njegovega izbora mikrobioloških video klipov, ki jih je povezal na You Tube v posebni zbirki Cesar's channel. Sicer pa lahko Sancheza spremljate tudi na Twitterju.

Ask a Biologist

Kljub temu, da v predstavitvenem tekstu avtorji strani Ask a Biologist zapišejo, da je predvsem namenjena šolarjem, naj vas to ne odvrne od obiska. K sreči v nadaljevanju vzpodbudno pojasnijo, da bodo dobrodošla vprašanja kogarkoli, ne glede na starost. Lahko rečem, da se bom, po prvem vtisu sodeč, pogosto vračal na ta spletni naslov. 

Nova vrsta povzročitelja malarije

Raziskovalci iz London School of Hygiene & Tropical Medicine ter Hospital for Tropical Diseases na Mahidol University iz Bangkoka so v skupni raziskavi ugotovili, da malarijo, za katero je doslej veljalo da jo povzroča Plasmodium ovale, povzročata pravzaprav dva različna parazita. 

Oviranje glivne rasti z bakterijami

Irski raziskovalci z univerze v Corku poročajo o možnosti preprečevanja rasti glive Candida albicans na silikonskih površinah, kar bi reševalo pogost problem z glivnimi bolnišničnimi infekcijami izzvanimi z medicinskimi implantati. Ugotovili so namreč, da bakterija Pseudomonas aeruginosa proizvaja učinkovine, ki preprečujejo rast gliv in ustvarjanje oblog npr. na površini medicinskih katetrov.

Listerije blokirajo celični odziv na stres

Nekatere bakterije, med njimi Listeria monocytogenes, obvladajo obrambo napadene celice tako, da blokirajo proces sumoilacije, ki, med drugim, celicam omogoča odziv na stres. Listerije v celici (znano je, da so te bakterije znotrajcelični paraziti), sproščajo toksine, ki reprogramirajo celično obrambo pred napadalci. To so ugotovitve dr. P.F. Cossartove, objavljene v nedavnem članku v reviji Nature.

Kronično vnetje želodca in kolorektalni rak.

Nedavna študija dr. Duanea Smoota in sodelavcev iz Univerze Howard v Washingtonu kaže na povezavo med kroničnim vnetjem želodca, v ozadju katerega je bakterijska infekcija s Helicobacter pylori  in kolorektalnimi polipi, pogostimi predhodniki raka na debelem črevesu.

Ocene o številu mikrobnih vrst drastično povečane

Kot lahko preberemo v zadnji številki revije Nature so v skupini ICoMM (International Census of Marine Microbes), kjer se ukvarjajo z identifikacijo mikroorganizmov v morskih okoljih močno korigirali število znanih mikrobnih vrst (bakterij, arhej, protistov in virusov). Ob začetku dela ICoMM leta 2003 je bilo prepoznanih okoli 6.000 mikrobnih vrst, po obsežnih preiskavah okoli 1.200 vzorcev iz svetovnih morij danes ocenjujejo, da bodo našli vsaj 600.000 vrst, ocenjujejo pa , da naj bi v svetovnih morjih bilo vsaj 20 milijonov mikrobnih vrst, po nekaterih ocenah še celo precej več.

ICoMM je eden od 14 projektov iz programa Štetje morskega življa (Census of Marine Life), ki združuje preko 2.000 raziskovalcev iz 80 držav.

Pretirana higiena in imunost

V javnosti je precej zagovornikov pridobilo razmišljanje, da pretirana higiena v otroški dobi pravzaprav pomeni tveganje za neučinkovitost imunskega statusa in večjo izpostavljenost alergijam kasneje. Druga taka predpostavka je vezana na pred leti predstavljene ugotovitve na Univerzi Warwick, da odraščanje z domačimi živalmi otroke lahko celo zavaruje pred astmo. V podporo obeh tez je mogoče razumeti članek v aprilski številki Applied and Environmental Microbiology, da sta praksa dnevnega varstva otrok na eni in specifična mikrobna sestava domačega prahu, na katero pomembno vpliva prisotnost domačih živali, na drugi strani, lahko povezani tako s tveganjem za razvoj astme kot z zaščito pred njo.

Hipolargeni mlečni izdelki

Že iz začetkov rabe mlečnokislinskih bakterij kot probiotikov velja, da pomembno sodelujejo pri uravnavanju učinkovitosti gostiteljevega imunskega sistema. Zdaj je mešani francosko argentinski raziskovalni skupini uspelo potrditi hipotezo, da lahko proteaze mlečnokislinskih bakterij učinkovito podpro pepsinsko razgradnjo mlečnih beljakovin, zlasti v smeri hidrolize epitopov, kar pomeni zmanjšanje alergenosti živil oz. pot v razvoj hipoalergenih prehranskih proizvodov.

O GSO rastlinah

Prof. dr. B. Javornikova, vodja študije biotehnologije na BF, vabi v  sredo, 21. aprila 2010 ob 14.00h v predavalnico D1, Jamnikarjeva 101, na predavanje z naslovom: BIOTECHNOLOGY-DERIVED (GM) CROPS:  AN OVERVIEW OF DISCOVERY, DEVELOPMENT AND ENVIRONMENTAL RISK ASSESSMENT. 

Predavatelj bo Thomas E. Nickson iz službe Regulatory Environmental Policy pri firmi Monsanto Company.