Listerije blokirajo celični odziv na stres

Nekatere bakterije, med njimi Listeria monocytogenes, obvladajo obrambo napadene celice tako, da blokirajo proces sumoilacije, ki, med drugim, celicam omogoča odziv na stres. Listerije v celici (znano je, da so te bakterije znotrajcelični paraziti), sproščajo toksine, ki reprogramirajo celično obrambo pred napadalci. To so ugotovitve dr. P.F. Cossartove, objavljene v nedavnem članku v reviji Nature.

Kronično vnetje želodca in kolorektalni rak.

Nedavna študija dr. Duanea Smoota in sodelavcev iz Univerze Howard v Washingtonu kaže na povezavo med kroničnim vnetjem želodca, v ozadju katerega je bakterijska infekcija s Helicobacter pylori  in kolorektalnimi polipi, pogostimi predhodniki raka na debelem črevesu.

Ocene o številu mikrobnih vrst drastično povečane

Kot lahko preberemo v zadnji številki revije Nature so v skupini ICoMM (International Census of Marine Microbes), kjer se ukvarjajo z identifikacijo mikroorganizmov v morskih okoljih močno korigirali število znanih mikrobnih vrst (bakterij, arhej, protistov in virusov). Ob začetku dela ICoMM leta 2003 je bilo prepoznanih okoli 6.000 mikrobnih vrst, po obsežnih preiskavah okoli 1.200 vzorcev iz svetovnih morij danes ocenjujejo, da bodo našli vsaj 600.000 vrst, ocenjujejo pa , da naj bi v svetovnih morjih bilo vsaj 20 milijonov mikrobnih vrst, po nekaterih ocenah še celo precej več.

ICoMM je eden od 14 projektov iz programa Štetje morskega življa (Census of Marine Life), ki združuje preko 2.000 raziskovalcev iz 80 držav.

Pretirana higiena in imunost

V javnosti je precej zagovornikov pridobilo razmišljanje, da pretirana higiena v otroški dobi pravzaprav pomeni tveganje za neučinkovitost imunskega statusa in večjo izpostavljenost alergijam kasneje. Druga taka predpostavka je vezana na pred leti predstavljene ugotovitve na Univerzi Warwick, da odraščanje z domačimi živalmi otroke lahko celo zavaruje pred astmo. V podporo obeh tez je mogoče razumeti članek v aprilski številki Applied and Environmental Microbiology, da sta praksa dnevnega varstva otrok na eni in specifična mikrobna sestava domačega prahu, na katero pomembno vpliva prisotnost domačih živali, na drugi strani, lahko povezani tako s tveganjem za razvoj astme kot z zaščito pred njo.

Hipolargeni mlečni izdelki

Že iz začetkov rabe mlečnokislinskih bakterij kot probiotikov velja, da pomembno sodelujejo pri uravnavanju učinkovitosti gostiteljevega imunskega sistema. Zdaj je mešani francosko argentinski raziskovalni skupini uspelo potrditi hipotezo, da lahko proteaze mlečnokislinskih bakterij učinkovito podpro pepsinsko razgradnjo mlečnih beljakovin, zlasti v smeri hidrolize epitopov, kar pomeni zmanjšanje alergenosti živil oz. pot v razvoj hipoalergenih prehranskih proizvodov.

O GSO rastlinah

Prof. dr. B. Javornikova, vodja študije biotehnologije na BF, vabi v  sredo, 21. aprila 2010 ob 14.00h v predavalnico D1, Jamnikarjeva 101, na predavanje z naslovom: BIOTECHNOLOGY-DERIVED (GM) CROPS:  AN OVERVIEW OF DISCOVERY, DEVELOPMENT AND ENVIRONMENTAL RISK ASSESSMENT. 

Predavatelj bo Thomas E. Nickson iz službe Regulatory Environmental Policy pri firmi Monsanto Company.

95 milijonov let stari fosilni ostanki, tudi bakterijski

V jantarju, starem 95 let milijonov let, najstarejšem, kar so ga doslej našli na afriškem kontinentu, so raziskovalci mešane, ameriško nemške, skupine odkrili tudi fosilne ostanke organizmov iz te dobe. V jantarju je bilo ujetih 13 različnih vrst insektov in pajkov, parazitske glive in tudi filamentozne bakterije, ob ostankih rastlin cvetnic in praproti.

Predavanje prof. dr. Prosserja

Posredujem vabilo prof. dr. Mandičeve iz BF za predavanje prof. dr. J. I. Prosserja:

Spoštovani,
vljudno vabimo na predavanje eminentnega gosta iz tujine, prof. J. I. Prosserja, ki prihaja  iz Univerze v Aberdeenu na Škotskem. Predavanje organizira Slovensko mikrobiološko društvo, s strani Biotehniške fakultete pa Katedra za mikrobiologija.

Profesor Prosser  je mednarodno priznan znanstvenik na področju mikrobne ekologije, avtor več kot 150 znanstvenih člankov in  številnih knjig, dobitnih mnogih mednarodnih priznanj, vabljen predavatelj na številnih univerzah po svetu  ter odgovorni urednik priznane revije s področja mikrobiologija  “FEMS Microbiology Ecology”.  Predavanje bo v petek, 16. 4. 2010 ob 10h v B5, Biološko središče.

Veselimo se vaše udeležbe
S prisrčnimi pozdravi
prof. dr. Ines Mandič-Mulec

Še enkrat cianobakterije za biogorivo

Raziskovalci na Arizona State University so se lotili genskega spreminjanja cianobakterij z namenom proizvodnje in izločanja maščobnih kislin v gojišče. Z vnosom encima tioesteraze so povečali celično proizvodnjo maščobnih kislin vse do ravni, ko začno celice z difuzijo izločati kisline v okolico. Za nadaljnje povečanje prestopa kislin v medij so spremenili tudi lastnosti celičnih ovojev – sloja S in peptidoglikana – tako da maščobne kisline z večjo lahkoto prehajajo celično steno. Učinek prestopa so tako uspeli povečati za tri krat. In izboljšav so se lotili še na tretji način: z dodajanjem genov za prekomerno proizvodnjo maščobnih kislin in z odstranitvijo nekaterih presnovnih korakov, ki niso pomembni za preživetje celic. Vse to s poglavitnim končnim ciljem ohranitve celične rasti ob podpori proizvodnje maščobnih komponent na poti do izrabe teh fotosinteznih mikroorganizmov za proizvodnjo bioenergentov.

Blog s podkasti

Če tega bloga še niste odkrili sami, vas moram nanj opozoriti. Blog BacterioFiles prinaša zvočne zapise aktualnih novic iz sveta mikrobiologije. Ob zapisu v mp3 formatu, ki si ga lahko presnamete na svoj iPod ali drug predvajalnik in ga boste poslušali npr. naslednjič na avtobusu ali vlaku, avtor Jesse Noar za vsako zgodbo dodaja tudi dodatne podatke, slikovne in tekstovne. Ob tem vas z linki opozarja tudi na druge zanimiv zgodbe iz področja, ki jih prinašajo različne spletne novičarske strani.

Na sledi novi protimikrobni strategiji

Raziskovalka prof. V. Sperandio iz Univerze Texas razkriva morebitno novo pot zdravljenja prehransko vezanih infekcij. Patogene bakterije naj bi v prebavilih prepoznale gostiteljeve hormonalne signale, konkretneje adrenalina in ta jih nato vzpodbudi k proizvodnji toksinov. Skupina okoli Sperandijeve pa je prepoznala molekulo LED209, ki preprečuje bakterijsko vezavo adrenalina in s tem prekine signal sprožanja toksinske proizvodnje. Dodatna prednost predlaganega nadomeščanja antibiotikov z regulatorji hormonalnega vpliva je tudi, da medtem ko antibiotiki lahko sprožijo bakterijski SOS odziv, ki poveča virulenco, tega LED209, ki nima vpliva na mikrobno rast, ne povzroči.

Tudi tako bakterije proizvajajo kisik

Sid Perkins nam v Science News predstavlja objavo v Nature, kjer avtorji Ettwig in sod. razkrivajo nov, presenetljiv način proizvodnje kisika iz nitrita pri katerem bakterije izkoriščajo metan v kisika revnih sedimentih.

O starosti življenja

Biokemik L. Moran se v znanem blogu Sandwalk loteva ne tako nove a stalne dileme o dokazih zgodnjega življenja na zemlji. V glavnem danes v učbenikih srečamo podmeno, da je življenje na zemlji mogoče s fosilnimi ostanki dokazovati že tri in pol milijarde let nazaj. Gre za znano trditev mikropaleontologa J. W. Schopfa, ki je leta 1993 z objavo v reviji Science dokazoval prisotnost mikrobnih fosilov v starožitnih kameninah iz Zapadne Avstralije (blizu mesta Marble Bar) za katere je določena starost 3,465 milijarde let. Njegovi podatki, kot tudi nekateri drugi o mikrofosilnih ostankih na Grenlandu izpred 3,7 milijarde let so bili v znanstveni literaturi pogosto in tehtno napadeni, v delu tudi ovrženi. Kot smiselno opozarja prof. Moran, je ena od težav v načinu poročanja o znanstvenih odkritjih v poljudnih, zlasti popularnih medijih. V njih pogosto prevlada senzacionalizem, zaradi katerega je sicer lahkotno objavljena prva vest o nekem odkritju, kasnejše raziskave, ki ji oporekajo pa so prezrte. Avtor v zapisu z nekaterimi navedbami iz znanstvene literature učinkovito dokumentira ta fenomen in opozarja, da je treba vse trditve v učbenikih o zgodnjih dokazih življenja opremiti z ustreznim svarilom o njihovi vprašljivosti.

Najbolj “vroči” raziskovalci

Na Thomson Reutersovi lista najbolj “vročih” raziskovalcev za leto 2009 (po TR Science Watch), se je na prvo mesto zavihtel Rudolf Jaenisch, ki je s svojim laboratorijem za izvorne (zarodne) celice na MIT, zakoličil nove mejnike v stroki.  

Sekvenatorji po svetu

Bloger Nick Loman na blogu Pathogens: Genes and Genomes spremlja razširjenost visoko zmogljivih naprav za določanje genskega zaporedja - sekvenatorjev v svetu. Na zemljevidu nam predstavi tudi njihovo geografsko razširjenost, stanje po državah, izdelovalcih in ustanovah-centrih pa lahko preverite tudi v statistični tabeli. Ta trenutek v svetu med skupno 775 napravami (toliko jih je avtorju pač uspelo zaslediti) v 275 centrih prevladuje Illumina Genome Analyser 2 (prej Solexa), v precejšnji razdalji pa sledita Roche 454 in ABI SOLiD. Če zaupamo zemljevidu so nam trenutno najbližje naprave na avstrijski Univerzi v Grazu (1x454) in v Padovi (1xSOLiD in 1x454).

Namesto prstnega odtisa “mikrobni odtis” ?

Metodam v forenziki se morda pridružuje nova. Članek v PNAS razkriva možnost, ko bi lahko sledi, ki jih pušča človek na predmetih prepoznali tudi po njihovi mikrobni sestavi. Združba mikroorganizmov, ki naseljuje npr. naše dlani je namreč zelo specifična in bo z njo mogoča doseči tudi individualno prepoznavo. To bo priročno zlasti takrat, ko prstnih odtisov ni mogoče zaznati, npr. v sledovih na tkanini. Prvi avtor članka N. Fierer ugotavlja, da je na človekovi roki najti do 100 vrst bakterij in le 13% je skladnih med dvema osebama. 

Parazitologija človeka

Pri založbi Didakta je izšla knjiga prof. dr. Jerneja Logarja “Parazitologija človeka”. Založba predstavlja knjigo tako: “V knjigi Parazitologija človeka so podrobno opisani biološki temelji preživetja posameznih medicinsko pomembnih parazitov v ekosistemu, nazorno je predstavljen odnos parazitov do človeka kot njihovega potencialnega gostitelja.”

Ubijalski mitohondriji

Sindrom sistemskega vnetnega odgovora (systemic inflammatory response syndrome - SIRS) je pojav s pogostim smrtnim izidom. Enega od razlogov zanj razkriva v nedavnem prispevku v reviji Nature dr. C. Hauser. Iz citološke evolucije vemo, da so mitohondriji “potomci” bakterijski celic, ki so jih evkariontske celice po evolucijski prilagoditvi vključile v svojo energetsko presnovo. Ker so del celične notranjosti se imunski sistem na mitohondrijske antigene ne odziva. Ob večjih poškodbah tkiv in celic (npr. ob travmatskih poškodbah) pa lahko povečana količina sproščenih mitohondrijev vendarle sproži silovit imunski odziv, značilen za SIRS.

Boj proti komarjem

Raziskovalci na Univerzi Cornell so na dobri poti, da razvijejo inovativen postopek za boj proti komarjem, ki prenašajo vrsto bolezni kot npr. mrzlico denge, rumeno mrzlico in druge. Odkrili so namreč protein, ki onemogoči komarjem izločanje tekočine, kar je za te krvosesne živali ključnega pomena za preživetje. Načrtovani insekticid bi preprečil uriniranje insektov, ki je pri prehranjevanju s krvjo kritična fiziološka potreba zaradi obremenitve s tekočino in solmi, seveda pa vsaka telesna preobtežitev onemogoča tudi učinkovit let te zračne nadloge.

Genomika “rulz”…

Firma Pacific BioSciences, ki je nedavno sklenila odmevno partnerstvo z mikroprocesorskim gigantom Intel, najavlja, da bo z letom 2013 ponudila mapiranje humanega genoma za manj kot 1000 US$…