Srečno 2009

Želim vsem veliko zadovoljstva in zdravja v letu 2009.

Garažna biotehnologija

Povzamem naj začetek nedavnega članak v USA Today: “Appleov računalnik je nastal v garaži, enako je bilo z Googlovim iskalnikom. Zdaj se amaterski radovedneži igrajo doma s temeljnimi gradniki življenja. Ob uporabi doma narejenih laboratorijskih pripomočkov in z izkoriščanjem bogatega znanja, ki je na voljo na spletu, skušajo ti ljubitelji oblikovati nove življenjske oblike s pomočjo genskega inženirstva – torej na področju, na katerem so se dolgo mučili zgolj doktorandi v univerzitetnih laboratorijih ali v laboratorijih korporacij. Na svojem domu v San Franciscu npr. 31 letna računalniška programerka Meredith L. Patterson poskuša razviti gensko spremenjene jogurtove bakterije, ki bi zasvetile zeleno, če bi prišle v stik z melaminom, s kemikalijo, ki je npr. kitajsko otroško hrano spremenila v smrtonosni napoj.”

Nov hobi se uveljavlja, zato članek omeni tudi izzive in tveganja, vredno ga je torej prebrati, a nam kaj kaj več kot počakati ne preostane. Kakšen tok bo tokratni modni val ubral je namreč ta trenutek težko napovedati.

Življenje je rezultat dveh velikih skokov

Izvleček v World Science nam v poljudni obliki predstavi članek J. L. Payna in sodelavcev s tezo, da je življenje, predvsem v kategoriji velikosti organizmov na Zemlji, rezultat dveh velikih skokov znotraj biogenega dogajanja, ki je trajalo 3,5 milijarde let, dveh skokov, ki sta oba vezana na porast kisika v atmosferi. Članek sam je revija PNAS ponudila v odprtem dostopu in ga je vredno prebrati. 

Naselitev prebavil s patogeni

Patogene bakterije najdejo v prebavnem traktu seveda okolje z luksuzno ponudbo hranil, soočene pa so tudi s številnimi dejavniki gostiteljeve obrambe. Vendar so mikrobi nanje pripravljeni pri čemer uporabljajo kaskado zaporednih prilagoditev, kot nam to dobro opiše v PNAS Yixin Shi in kot je to povzeto na portalu Biology News Net. 

Voščim prijetne praznike

Vsem svojim bralcem želim prijazno božično praznovanje, v novem letu pa zdravja in veliko blogarskih užitkov.

Ebola virus pri filipinskih prašičih

Pri filipinskih prašičih so ugotovili virus Ebola (vE) seva Preston, ne sicer kot vzrok obolenja, ampak kot vzporedno infekcijo. Strokovnjaki Svetovne zdravstvene organizacije (WHO) so kljub temu zaskrbljeni in načrtujejo izredne ukrepe in nadzor. Prašiči so namreč v lastnostih zadrževanja virusov zelo primerljivi človeku in lahko predstavljajo posodo za genetsko mešanje virusov, ki se iz prašičev prenašajo na človeka.

vE je znan v petih sevih in trije med njimi so povezani z izbruhi hude hemoragične mrzlice v afriških državah. Leta 1989 so raziskovalci ameriških vojaških laboratorijev USAMRIID odkrili pri poskusnih obolelih opicah vE, ki pa je bil komaj patogen za človeka in tega so po mestu najdbe poimenovali sev Reston. Njegova posebnost je tudi, da se pri okužbah razširja po zraku za razliko od hemoragičnih sevov, ki se prenašajo zgolj s telesnimi tekočinami.

The Open Microbiology Journal

Založnik Bentham Science Publishers vključuje svojo novo revijo The Open Microbiology Journal (TOMJ) v odprti dostop na portalu PubMed Central. TOMJ je vrstniško ocenjevana (peer reviewed) revija, ki objavlja raziskovalne prispevke, revijalne preglede in kratke prispevke (letters) na področjih molekularne, eksperimentalne in klinične mikrobiologije.

Animacije

Animacije s področij mikrobiologije, biotehnologije, ekologije in okoljevarstva vam bodo všeč; študentom za lažjo predstavo, učiteljem za pripravo zanimivejših predstavitev.  

Mandlji kot prebiotiki

Prebiotiki so sestavine v hrani, ki jih v naši prebavi in presnovi ne moremo izkoristiti, lahko jih pa kot vir energije in rasti uporabijo mikroorganizmi, ki naseljujejo naša prebavila. Zlasti je podprta rast koristnih črevesnih bakterij, ki jih pogosto uporabljamo kot prehranske dodatke v vlogi t. i. probiotikov.

G. Mandalari in sod. iz ameriškega Inštituta za prehranske raziskave (IFR) poročajo, da imajo izrazit prebiotski učinek mandlji in da je ta vpliv najbrž vezan na v mandljih vsebovane lipide.

Alzheimerjeva bolezen

Raziskovalci Univerze Manchester (Vel. Britanija) so presenetili z domnevo, da je virus Herpes simplex tipa 1 (med drugim povzroča npr. herpes na ustnici) močan rizični dejavnik za nastanek Alzheimerjeve bolezni.

iBOL

iBOL je kratica za "The International Barcode of Life project", za projekt z izjemno obsežnim ciljem - zbrati in povezati knjižnice sekvenc in oblikovati tehnologijo za hitro in ceneno identifikacijo organizmov. Več >tukaj.

Bartoneloze

V prvi svetovni vojni so vojaki epidemično obolevali za t. i. rovovsko mrzlico (trench fever), ki jo povzroča bakterija Bartonella quintana. V tem bakterijskem rodu so še nekatere druge patogene vrste, pri nas npr. B. henselae, ki povzroča bolezen mačje opraskanine. Zdaj so v ZDA odkrili novo vrsto, B. rochalimae, ki naj bi bila vzrok vročinskega obolenja z anemijo, vnetjem vranice in prizadetosjo srca in osrčnika. Prenašala naj bi se od glodalcev preko bolh na človeka in strokovnjaki se zaradi povečevanja števila rjavih podgan v Evropi bojijo, da bi lahko te postale izvor epidemije tega obolenja tudi v Evropi.

Sorodstvena pomoč

Kadar so v stiksi, oz. jim grozi pomanjkanje, poiščejo amebe pomoč pri sorodstvu, poročajo raziskovalci.  Če stradajo, se poiščejo in oblikujejo gruče v katerih se nekatere žrtvujejo, da druge preživijo.

Predstavitev iGEM 2008

Mojim zvestim bralcem bo morda zanimivo tudi tole vabilo, ki ga pošiljajo iz KI v Ljubljani:

"Vabimo Vas na predstavitev zmagovalnega projekta slovenske ekipe

v ponedeljek, 1. decembra 2008 ob 15. uri, v Veliki predavalnici Kemijskega inštituta Ljubljana, Hajdrihova 19

V začetku novembra 2008 je na znameniti univerzi Massachusetts Institute of Technology (MIT) potekalo tekmovanje 84 študentskih ekip najboljših svetovnih univerz z raziskovalnimi projekti na področju sintezne biologije. Ekipa študentov Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo, Biotehniške fakultete in Medicinske fakultete Univerze v Ljubljani je s projektom priprave cepiva proti bakteriji, ki povzroča raka na želodcu in tankem črevesju, ki so ga pripravljali na Kemijskem inštitutu dosegla prvo mesto v generalni razvrstitvi (Grand Prize), zlato medaljo in prvo mesto na področju zdravja in medicine.

Po predstavitvi bodo člani zmagovalne ekipe z veseljem odgovarjali na vaša vprašanja.

V želji, da se na dogodku srečamo, vas lepo pozdravljamo!

Prof. dr. Roman Jerala, Vodja ekipe Igem2008 in vodja Laboratorija za biotehnologijo                                                   

Prof. dr. Janko Jamnik, direktor."

Nov slovenski blog znanstvene vsebine

Naročniki Googlove skupine "Kvarkadabra obvestila" smo danes dobili sporočilo, da je pričel z delom nov slovenski blog, cit: "... v katerem poskušamo predstaviti delo znanstvenika. Blog smo poimenovali "Laboratorijski dnevniki: Zgodbe iz znanstvenikovega vsakdana"...".

Ko sem seveda, radoveden, pokukal na blog, sem videl, da je prvi zapis nastal že 10. oktobra in da se je zbrala simpatična skupina avtorjev, ki načenjajo prav zanimive teme. Slovenska strokovna blogosfera se torej še kar krepi in naj bo kar se da dolgoživa!  

Bakterijska celična stena

Zelo nazorne posnetke in risbe bakterijske celične stene in zanimiv komentar k fizični konstrukciji tega celičnega elementa najdete v članku revije Live Science.

Nova vrsta virusa Ebola

Kot poroča revija New Scientist so v zapadni Ugandi odkrili novo vrsto virusa Ebola. Poimenovali so ga Bundibugyo po pokrajini, kjer se je bolezen, za katero naj bi umrlo 35% od obolelih v doslej edinem izbruhu, pojavila.

Zaporedje DNK virusa Bundibugyo se razlikuje od drugih virusov Ebola za 32% kodonov, kar bi po raziskovalcu Townerju lahko pomenilo težavo pri pripravi univerzalne vakcine proti Eboli.

Originalni članek o najdbi virusa je objavljen v odprtodostopni reviji PLoS Pathogens.

Ekipa se vrača iz iGEMa

V "deželici" smo še vedno pod močnim vtisom uspeha naše študentske ekipe, ki je zmagala na prestižnem svetovnem srečanju mladih raziskovalcev sintezne biologije, iGEM 2008 (o tem tudi >tukaj in >tukaj).

Zdaj se študenti in mentorji, ki so jih spremljali, vračajo in za tiste, ki bodo želeli njihov prihod počastiti (proslaviti !) navajam predviden čas prihoda, kot mi ga je sporočil prof. dr. Jerala: "...iz New Yorka se vračajo v soboto zvečer in priletijo v nedeljo (23. 11) ob 16.50 v Muenchen. Od tam jih bo kombi odpeljal v Ljubljano, predvidoma pridejo okrog 23.00h, najbrž do Kemijskega inštituta..."    

4. kongres SMD

Med 19. in 22. novembrom 2008, torej prihodnji teden, se lahko v Portorožu udeležite 4. kongresa Slovenskega mikrobiološkega društva z mednarodno udeležbo. Na spletni strani najdete natančnejše podatke o kongresni prireditvi.

S krajšim predavanjem za ogrevanje: "Učna orodja Spleta 2.0 za mikrobiologijo" bom  sodeloval na okrogli mizi "New Challenges for Microbiology Education in Bologna Era", s katero kongres pričenja z delom v sredo, 19. novembra popoldan. (predavanje bo od srede tudi dostopno na spletu).

Bakterije za boljšo aromo

Vinski pokuševalci dobro vedo, kako pomemben je pri okušanju odtenkov arom tudi vonj. Zdaj raziskovalci okusa ugotavljajo, da pomembno vlogo pri okusnih zaznavah odigrajo tudi mikroorganizmi, stalni prebivalci ustne votline. Pod njihovim vplivom se namreč v slini številne arome razvijejo do prepoznavne kvalitete.