O interakcijah

Vedno znova se z užitkom vračam na blog prof. Vincenta Racaniella. Spomnite se, omenil sem ga nedavno v zvezi z njegovimi predavanji na spletu. Tokrat skupaj s parazitologom prof. Dickom Despommierjem v podkastu klepetata o več zanimivih temah. Najprej o intracelularni bakteriji Wolbachia in njenih interakcijah z nekaterimi drugimi patogenimi agensi, ki presegajo celo meje domenskih taksonov.

V nadaljevanju se lotevata še zanimive in izzivalne teme izvora pandemskega virusa H1N1. Posebnega prisluha je vredna razprava o pomenu strogega režima pri vstopu v reje prašičev na eni strani in o možnosti nesreč pri eksperimentalnem laboratorijskem delu na drugi. Seveda daleč od tega, da bi razpravljavca želela razpihovati nesporazume, ki vse preveč temeljijo na teorijah zarot.

Imunologi bodo v tretji vsebini radovedno prisluhnili razpravi o paradoksnem fenomenu t.i. “izvirnega antigenega greha”, ki včasih zmoti učinkovitost vakcinacije. Razpravljavca ga na kratko razložita, bilo bi pa zanimivo, ko bi ga kak imunolog obdelal nekoliko obsežneje. Z užitkom ga bom z navedbo avtorstva vključil v ta blog. Imunologi na plan, študenti bodo hvaležni!

Še nekaterih zanimivih tem se lotevata, a jih ne izdam, da vas vendar naredim radovedne in boste prisluhnili podkastu.

Zelo simpatičen je pristop, kako se Vincent v podkastu loteva obravnave svojih tem, namreč v dialogu. Sicer pa je izkoriščanje novih komunikacijskih možnosti njegov stalen izziv, zato napoveduje, da bo v naslednjem letu v študentska predavanja še v večji meri vključeval možnosti, ki jih ponujajo podkasti, blogi, Twitter in druga orodja.

Mikrobiološke standardne metode

Na spletni strani britanske Health Protection Agency je mogoče najti povezave do njihovih nacionalnih mikrobioloških standardnih metod v prostem dostopu. Sprašujem slovenske klinične mikrobiologe o izkušnjah v kolikšni meri so naši standardni postopku skladni z britanskimi. Zanima me tudi, ali so materiali v kakršnikoli meri uporabljani pri pouku klinične in javnozdravstvene mikrobiologije na naših šolah.

Predavanja iz virologije

Prof. dr. Vincent Racaniello je profesor mikrobiologije v Medicinskem centru na Univerzi Columbia. V svoji ožji ekspertizi je virolog in na spletu ureja zelo odmeven Virology Blog. V svoj zadnji zapis je vključil tudi prva tri svoja predavanja iz Virologije:  Uvod v virologijo I in II ter Patogeneza virusov v obliki videokastov podprtih s prosojnicami. Zelo uporabno!

BIA d.o.o. – 20 let

Povzemam iz vabila na strokovno srečanje ob 20. obletnici ustanovitve biotehnološkega podjetja BIA d.o.o.: 

“V novembru 1989 je bilo ustanovljeno podjetje BIA d.o.o., njegovi ustanovitelji so se odločili, da bodo svoje delo in znanje udejanili v biotehnologiji.

Decembra 2009 bo slovensko biotehnološko podjetje BIA d.o.o. praznovalo 20 let svojega delovanja. Ob tej slovesnosti smo organizirali strokovno srečanje, ki se bo odvijalo 2. in 3. 12. 2009 v Cankarjevem domu in ki bo pokazalo prehojeno pot in odprlo nekatere poglede na aktualno stanje v Sloveniji na področju visokotehnološkega podjetništva v malih in srednjih velikih podjetjih (MSP).”

Ob tem jubileju čestitam ustanoviteljem, vodstvu in kolektivu za enkraten položaj, ki so si ga zagotovili v slovenskem strokovnem in poslovnem prostoru, ko so na veliko točkah orali ledino in ko si niso pustili vzeti korajže tudi ko so bili soočeni s težavami, ampak so vztrajali na poti aktualnosti in odličnosti.  

Nova mikrobiološka revija v odprtem dostopu

Ameriško mikrobiološko društvo (ASM), ki sicer izdaja nabor zelo odmevnih strokovnih in znanstvenih revij, objavlja svojo namero, da bo izdala svojo prvo revijo, ki bo izhajala v modelu odprtega dostopa in zgolj v spletni obliki. Revija  mBio naj bi pričela izhajati v maju naslednjega leta, v januarju pa bodo objavljena navodila za pripravo člankov in poziv za njihovo zbiranje.

Konkurenčni virusi

Nepričakovani vzorci širjenja pandemske gripe v letošnji zgodnji jeseni so priklical v razmislek epidemiologov zanimive razlage. Kot lahko preberemo v New Scientistu bi ena od razlag za upočasnjeno širjenje pandemske gripe v nekaterih evropskih državah bila v sočasnosti razširjanja virusov prehlada (rinovirusi) in virusa gripe A/H1N1. Tega pojava pri vsakoletni sezonski gripi ni mogoče zaznati, ker se prehladni virusi pojavljajo zgodaj v jeseni, medtem ko je vrh razširjanja virusov sezonske gripe pozimi. V letošnji epizodi naj bi prisotnost rinovirusov po predpostavki nekaterih virologov vsaj deloma preprečevala okužbo z virusom pandemske gripe. 

Tisoč mikrobnih genomov

V bazi Genbank so presegli prvo tisočico bakterijskih in arhejskih genomov, nam sporoča J. A. Eisen na svojem blogu. 

Učni video materiali

Kolega dr. Duško Odič je našel zanimivo spletišče z mikrobiološkimi video klipi iz znane hiše Annenberg Media, ki ponuja učne materiale za srednje in visoke šole. Vsebine z naslovom Unseen Life on Earth: An Introduction to Microbiology, so res da nastale že leta 1999, vendar večini ni vrednost posredovanega znanja zato prav nič zmanjšana.

Še na temo “vakcinacija”

Ker sem opazil, da je moj drugi odgovor na komentatorja en_tipson v zapisu na vest.si že od včeraj in še vedno “v moderiranju” in zato najbrž za bralce neviden, ga ponavljam tukaj. Tudi zato, ker vsebuje veliko linkov, ki bodo morda zanimivi še za koga.

“Spoštovani,
»Kaj vendar stopate okrog vrele kaše - objavite svoje vire, bomo že sodili vsi, ki beremo.« Branja je/bo veliko, prepričan sem, da za dobršen del teh virov, ki jih uporabljam in priporočam že veste (očitati mi je mogoče, da se na tem mestu enostransko opiram na ameriške vire), drugo pa je ali ste jih spremljali in ali ste pripravljeni tem virom verjeti. Ali pa boste svoje predsodke raje podprli z alternativnimi pogledi; skeptik bo pač iskal mnenja skeptičnih somišljenikov, narava ljudi je pač, da imamo radi prav.

Zame je FDA zaupanja vredna ustanova, ki kot državna inštitucija primarno varuje interese državljanov in do tega trenutka so odobrili uporabo štirih vakcin: http://diseases-viruses.suite101.com/article.cfm/approved_vaccines_offer_protection_from_the_swin ;
sicer pa sproti ves čas obveščajo o vakcinalni problematiki (mimogrede, tudi o problemih):
http://www.fda.gov/BiologicsBloodVaccines/SafetyAvailability/VaccineSafety/ucm161448.htm

CDC je vrhunska in osrednja raziskovalna ter operativna ameriška državna ustanova za spremljanje bolezni; veliko pozornost posvečajo gripi H1N1 http://www.cdc.gov/h1n1flu/ in tudi problemom vakcinalne zaščite: http://www.cdc.gov/h1n1flu/vaccination/

Na spletni strani ameriškega ministrstva za zdravje boste pri iskanju z geslom »flu vaccine« našli številne relevantne zadetke: http://www.hhs.gov/

Flu.gov je specifičen spletni naslov, ki objavlja uradna stališča in relevantna obvestila ameriške administracije o influencah; tudi oni veliko pišejo o vakcinaciji: http://www.flu.gov/individualfamily/vaccination/index.html

Eden popularnejših javnosti namenjenih spletnih portalov z zdravstveno problematiko je WebMD; tam o tematiki gripe pogosto pišejo: http://www.webmd.com/cold-and-flu/features/is-the-h1n1-swine-flu-vaccine-safe

Sicer pa vas bo googlovo iskanje z gesli kot npr. »swine flu vaccine complications«, »swine flu vaccine deaths«, »flu vaccine ingredients« pripeljalo do številnih virov o vprašanjih, ki vas najbrž še posebno izrazito zanimajo.

Seveda pa, kot rečeno, brskanje po teh virih vas bo zadovoljilo le, če pristanete na tezo, da je ključni interes držav(e) dobrobit državljanov in da oblasti ne obvladujejo zarotniške skupine v ozadju.

Zdaj pa še o očitku, da vam – na videz nedosledno - najprej dopuščam pravico do drugačnega mnenja nato pa vam ga odrekam, ko naj bi vam očital ogrožanje življenja drugih. Ko govorim o mehanizmu čredne imunosti, imam v mislih seveda vsa zaščitna cepljenja, med katerimi so tudi takšna s precej resnejšim potekom kot je to značilno za gripo. In nikogar imenoma ne vpletam, govorim v množini, optimistično računajoč, da bi že znatna, še posebno pa večinska odločitev za cepljenje pomenila celo ugašanje epidemičnega razširjanja obolenj. Ne pozabimo na uspešno izkoreninjenje črnih koz in na uspehe, ki jih z vakcinalno zaščito dosegamo pri otroški paralizi. Pri tem zlasti pridobi manjšina tistih, ki jih zaradi specifičnih zdravstvenih razlogov ni priporočljivo izpostavljati cepljenju (torej ne zaradi predsodkov, ampak zaradi nesrečnih indikacij!). Če skupina tistih, ki ugovarjate zaščitnemu cepljenju ne bo prevelika, učinki čredne imunosti še vedno ne bodo sesuti.”

Cepiti da… cepiti ne…

Na spletnem portalu vest.si sem se po odzivu na nenavaden prispevek predsednice Helsinškega monitorja Slovenije Neve Miklavčič Predan z naslovom “O smrtonosnosti cepiva proti svinjski gripi” zapletel v polemiko z anonimnim komentatorjem na temo umestnosti cepljenja. Vabim kolege mikrobiologe, da se pridružijo razpravi; morda sem pozabil na kak pomemben argument v zagovor cepljenja proti infektivnim obolenjem. Javnost je trenutno izpostavljena nasprotujočim si informacijam o (ne)potrebnosti cepljenja proti pandemični gripi, o nepreverjenih cepilnih nesrečah, celo o smrtnih primerih, o manipulacijah tipa teorije zarote, kar je vse mogoče razbrati iz prispevka Predanove. Gradita se nezaupanje ter odpor proti cepljenju in na vidiku je nepopravljiva škoda ob uveljavitvi teze, da je cepljenje škodljivo. Odpor sega vse do podmene, da je uveljavljanje obveznega cepljenja kršitev človekovih pravic. Lahko samo ponovim za Ciceronom: “Quousque tandem abutere, xxxxxx, patientia nostra” (kako dolgo boš, xxxxxx, še zlorabljal naše zaupanje).       

O velikosti v “mikro” svetu

Na spletnem naslovu How big is a…? je simpatična predstavitev velikostnih razmerij v okolju navadnemu očesu nevidnega. 

Vse (pre)več plastike!

Nad tem se pa res velja zamisliti: “Ljubljanske mlekarne so za 8x povečale količino plastike pri jogurtu,” - glej na blogu Preprostost. Upam, da bomo dočakali odgovor LM.  

28. september - svetovni dan stekline

V počastitev dneva stekline nam enkratno zgodbo o prvi uspešni uporabi cepljenja proti steklini in njenih ponovitvah v zaščiti ogrizenih oseb, ki jih je leta 1885 izvedel Louis Pasteur s sodelavci, zanimivo in poljudno pripoveduje W. C. Summers na blogu Small Things Considered (in povzeto tudi na blogu Microbiology Bytes). 

Biofortified

Kot pravijo na blogu s tem imenom: “Biofortified je skupinska spletna stran namenjena posredovanju z dejstvi potrjenih informacij in vzpodbujanju razprave o rastlinski genetiki, posebno o genskem inženirstvu. Stran pišejo podiplomski študenti, profesorji in občasni gostujoči izvedenci.”

Na račun boste torej prišli vsi, ki bi radi razpravljali na temo gensko spremenjenih rastlin.

Rak prostate in virusi

Rak prostate je med najpogostejšimi oblikami raka tudi pri nas. Nedavno je po novičarskih portalih zakrožila vest o ameriški študiji v kateri so opisali najdeno povezavo med pogostostjo raka prostate in prisotnostjo virusa sorodnega virusu ksenotropne mišje levkemije – t.i. virusa XMRV. Kar pri 27% bolnikih so dokazali prisotnost tega virusa. Zanimivo je, da so se zelo hitro odzvali raziskovalci iz Evrope in v podobni študiji ugotovili da npr. med nemškimi bolniki z rakom prostate sploh niso mogli dokazati omenjenih virusov.

Prav presenetljivo pa je, da virusi XMRV burijo duhove tudi drugje. Skoraj istočasno z opisom povezanosti raka prostate in teh virusov je bil objavljen v reviji Science članek kjer poročajo, da so pri 67% pacientov z boleznijo kronične utrujenosti dokazali prisotnost virusa XMRV, medtem ko je bilo z njim okuženih le 3,7% zdravih ljudi.  

Proizvodnja vakcine proti gripi ni posel brez zapletov

Proizvodnja vakcine proti novi gripi A (H1N1) je v svetu v polnem zamahu, ponekod so že tudi pričeli s cepljenjem. Da pa je pot od prepoznanega virusa do njegove vakcinalne oblike in na koncu do preverjene vakcine dolga in vijugava nam učinkovito predstavi zapis na Influenza A (H1N1) Blogu.

 

Neuston

Merry Youle nas na blogu Small things considered na simpatičen način seznani z nekoliko zanemarjenim delom biosfere, z neustonom. Neuston je združba organizmov, ki naseljuje površino vodo in vodni stolpec takoj pod površino vode, nekako do 5 cm v globino. Nezanemarljiv del te združbe je seveda tudi mikrobne narave, z znatnim delom je to zlasti bakterioneuston, o katerem govori tudi Youlova.

Čas Nobelovih

Letošnje Nobelove nagrade v naravoslovju so podeljene; številni članki v svetovnih medijih so se obsežno razpisali o tem. Kdor si pa želi malo zabave, naj skoči na članek v Los Angeles Timesu o tem, h komu so šle letošnje Ig Nobelove nagrade, ki so bile podeljene samo nekaj dni prej. Te so, kot pravi Wikipedia: “…parodija na (prave) Nobelove nagrade in jih podeljujejo vsako leto zgodaj v oktobru za deset dosežkov, ki naj človeka najprej nasmejijo, nato se pa naj nad njimi lahko zamisli.”

Nanotehnologija za molekularno diagnostiko

Nanotehnološke rešitve se selijo tudi v molekularno biologijo. Ta teden nas kar dvoje poročil opozarja na to.

V MIT Technology Review lahko beremo o razvoju DNK senzorja na nanoravni, s katerim bo mogoče bakterije določiti v minutah, kar bo seveda močno pospešilo odkrivanje infekcijskih bolezni.

Kot lahko preberemo v New York Timesu, se je računalniška firma IBM odločila vstopiti v tekmo za razvoj metode, ki bo omogočila sekvenciranje humanega genoma za manj kot 1.000 US$.

Svetloba podpira prodor bakterij v rastlinsko tkivo

Izraelski mikrobiologi so ugotovili zanimivo povezavo med osvetlitvijo in prodorom bakterij v globino rastlinskega tkiva. Znano epizodo z infekcijo zamrznjene špinače z E. coli O157:H7  leta 2006 je bilo namreč mogoče povezati s prodorom bakterij v globino tkiva, ko je onemogočeno njihovo spiranje iz površine. V izraelskem poskusu so dokazali, da bakterije (uporabili so salmonele) lahko prodrejo v globino rastlinskega tkiva preko listnih rež. “Listne reže (stomata) so epidermalne tvorbe, ki omogočajo aktivno regulacijo izhlapevanja vode, izmenjavo plinov in hlajenja listov.” (Wikipedija). Reže so pri rastlini odprte v času osvetlitve in zaprte ponoči in s poskusom je bilo dejansko mogoče potrditi, da so salmonele prodrle v rastlinsko tkivo le ob osvetlitvi.