Sledenje BSE

Kot kaže so raziskovalci le korak od razvoja metode za zgodnje odkrivanje nastopajočega obolenja v primeru BSE (“bolezen norih krav”). Odkrili so namreč vrsto beljakovin, ki se pojavijo v krvnem obtoku prizadete živali nekaj tednov pred nastopom prvih simptomov BSE. Napovedujejo celo, da bi morebiti novi model bil uporaben za odkrivanje drugih degenerativnih bolezni živčnega sistema kot sta Alzheimerjeva ali pa Huntingtonova bolezen.

Čemu znanstveno bloganje?

Bloger Irradiatus je pripravil odličen članek na temo “Znanstveno bloganje: prihodnost znanstvene komunikacije & zakaj postati del tega”. Je vredno branja in morda je to priložnost, da se pridružite še sami: kot blogerji ali komentatorji.

Forenzična določitev nastopa smrti z analizo mikrobioma

Raziskovalci na Univerzi v španski Granadi so se lotili razvoja nove forenzične metode s katero bi bilo mogoče natančneje določiti trenutek nastopa smrti npr. pri žrtvah kriminalnih dejanj. Zamisel temelji na uporabi termografije in mikrobiologije pri spremljanju poteka razpadanja trupla. Različni okoljski dejavniki (npr. temperatura ali zračna vlaga okolja) sicer spreminjajo potek tega dogajanja, vendarle pa kaže, da ostaja rast mikroorganizmov na kadavrih relativno konstanten kazalec. Ob kombinaciji uveljavljenih forenzičnih metod bi bilo mogoče s pritegnitvijo novih rešitev na temelju analize mikrobne združbe obremenitev z napako učinkovito zmanjšati.

Mikrobiološki vodnik

Poglejte si mikrobiološki portal DNA Microbiology Guide in ugotovili boste, da je prav uporaben kot priročnik in referenčni vodnik.

10 živil z učinkom proti raku

Zapis na blogu N. Desaija nas v poljudnem jeziku seznani z desetimi živili in prehranskimi dodatki s protirakavim učinkom. Po vrsti so to: borovnice, maline in brusnice; zeleni čaj; česen; brokoli in zelje; čebula in por; paradižnik; resveratrol, kot sestavina v grozdju in posledično v vinih, zlasti še rdečih; soja; kurkuma (sestavina v indijskem curryju) ter vodna kreša in špinača.   

Protivirusno delovanje klorokvina

Kot lahko preberemo v ScienceBlogu, so raziskovalci na Weill Cornell Medical College-u iz New York Cityja ugotovili, da ima protimalarično sredstvo klorokvin izražen tudi protivirusni učinek proti dvema letalnima virusoma, virusu Hendra in virusu Nipah, oba sta iz rodu henipavirusov (družina Paramyxoviridae).  

Protimikrobni učinek grozdnega soka

Na spletu ASM boste našli povzetek raziskav skupine J. C. Browna* iz Univerze Clemson, ki predstavljajo inhibicijo bakterije Helicobacter pylori z različnimi grozdnimi ekstrakti.

Saj vemo, da je H. pylori bakterija, ki je najpogosteje povezana z želodčno razjedo, gastritisom, limfomom želodčne sluznice in rakom na želodcu. Poleg učinkovite antibiotske terapije so doslej preverjali tudi že učinke različnih rastlinskih ekstraktov npr. česna, brokolija, brusnice in zelenega čaja na rast H. pylori . Temu  je zdaj skupina iz U. Clemson dodala še preučevanje učinkov ekstraktov rdečih, belih, črnih in muškatnih grozdnih sort, za katere je znano, da vsebujejo velik delež antioksidantov in polifenolov.

Izkazalo se je, da imajo največji protimikrobni učinek ekstrakti muškatnih ekstraktov, sledijo jim sokovi drugih grozdnih sort.

*(J.C. Brown, G. Huang, V. Haley-Zitlin, X. Jiang. 2009. Antibacterial effects of grape extracts on Helicobacter pylori. Applied and Environmental Microbiology, 75, 3, str. 848-852.)

Mikrobiom sline kot “prstni odtis”

Nedavne raziskave M. Stonekinga iz Instituta Max Planck za evolucijsko antroplogijo v Leipzigu (ZR Nemčija) kažejo, da je edinstvenost mikrobne populacije v slini človeka oz. natančneje v pljunku tolikšna, da se ponuja kot orodje npr. za  spremljanje človekovih migracij in ugotavljanje kontakta med ljudmi. To istočasno pomeni, da se molekularna analiza mikrobioma sline ponuja tudi kot forenzična analiza.

Ker se bakterijski geni spreminjajo hitreje kot geni višjih organizmov, je mogoče z analizo genetske razlike med bakterijami različnih populacij človeka prepoznati razlike med skupinami, katerih ločitev še ni mogla pustiti značilnih sledi v humanem genomu. Vendar za raziskovalce je zlasti presenetljivo, da različnost mikrobioma ni v večji skladnosti z geografijo, saj je R. Ley iz Univerze Cornell v večji meri pričakovala prisotnost značilnega vzorca. Ključ teh dilem, kot predpostavlja M. Stoneking, bo najdba mikrobnih vrst, ki se značilneje prenašajo generacijsko, torej od staršev k otrokom, kot od osebe do osebe.

Naredi sam: PIVO

Ni sicer veliko junakov, ki doma varijo pivo, je pa zadeva izvedljiva in če se poglobite v recept na blogu The simple dollar, boste morda zbrali pogum, se lotili izziva in ugotovili, da je načrt izvedljiv. Vendar opozorilo: zadeva ne bo gospodarna, če ne boste vztrajali pri osvojeni veščini, saj je potrebno v začetku nekaj denarja vložiti v opremo in ta se mora seveda izplačati s proizvodom.

Darwin, kreacionizem in še kaj…

Ko že omenjam blog Effect Measure naj povem, da sem tam našel naslednji link. Ker smo se nekaj dni nazaj spominjali velikega Darwina naj tokrat razprava o njem zveni nekoliko bolj razvedrilno in k temu bo gotovo pripomogel komik Ricky Gervais.

Še o spornem biološkem materialu

Z današnjim pregledom spleta pri iskanju novic o dogodku, s katerim se ukvarjam zadnje dni ( >1 in >2 ) nisem odkril nič bistveno novega. Slovenski splet prinaša zgolj dodatni novici na Trieri in na Zurnalu24, nobena pa ne vsebuje svežih stališč uradnih organov, kar predvsem pogrešam.

Na svetovnem spletu je v blogu Effect Measure mogoče najti največ sveže relevantne diskusije in mislim, da bo ta splet vredno spremljati tudi v prihodnje. Sicer pa kaže, da na svetovnem spletu zaenkrat ni drugih aktualnih novic o tej temi.

Vsem, ki ste pričeli slediti to temo svetujem, da prisluhnete predavanju  prof. dr. Franca Sterleta iz Medicinske fakultete UL  “Gripa, ptičja gripa – ali nam grozi pandemija?”, ki je vključena v nabor predavanj na portalu Videolectures.net.

Baxter in sodelavci…

K mojemu včerajšnjemu zapisu si preberite še ta komentar. V medijih pogrešam konkretnejše avtorizirano sporočilo organov zdravstvenega nadzora, saj naj bi se “zgodba” v Evropi začela že v začetku februarja.

Predavanje

Prof. dr. David Stopar in SMD obveščata o predavanju M. E. Hines-a (Department of Biology, University of Massachusetts, Lowell, ZDA) z naslovom: "Hg cycling in sediments of the Gulf of Trieste". Predavanje bo v torek 3. 3. 2009 ob 16:00 v predavalnici B3, v Biološkem središču, Večna pot 111.

Ali je Baxterjev spodrsljaj dovolj pojasnjen

Danes lahko na portalu Zurnal24.si preberemo novico o spodrsljaju, ki si ga je privoščila ameriška firma Baxter, ko je nekaterim laboratorijem razposlala (sama ali preko svojih pogodbenih partnerjev) biološki material, ki bi naj služil razvoju/proizvodnji vakcine proti gripi a je po pomoti (tako so priznali) vseboval poleg virusne različice H3N2 tudi virusno različico H5N1, ki je bilj znana kot povzročiteljica ptičje gripe. V hitrem pregledu nekaj strani Najdi.si. sem našel samo še eno povzetje tega sporočila, čeprav je v tujini zadeva precej bolj odmevna in nekoliko starejša. Npr. med prvimi je o njej poročala agencija Bloomberg, nekaj podrobnosti pa najdemo tudi že na nekaterih blogih, >tukaj, >tukaj in >tukaj, zlasti pa >tukaj.

Da nas mora zadeva nekoliko bolj zanimati pa je razlog v dejstvu, da je preko avstrijskega partnerja material prispel tudi v laboratorij v Sloveniji, kjer pa so ga po zagotovilu Inštituta za varovanje zdravje že neškodljivo uničili. “So far, so good” bi rekli. Pa me je zadeva nekoliko bolj ganila, ker se spomnim kratkega sporočila pred dvema tednoma v Dnevniku, v katerem novinar pove, da so avstrijski virologi v sodelovanju z ameriškim podjetjem Baxter razvili cepivo proti ptičji gripi, oziroma virusu H5N1. Hopla, človek, zlasti če je nekoliko bolj zaskrbljene sorte, hote ali nehote vzpostavi med obema zgodbama povezavo. Ali je res šlo v nesrečnem primeru napačnih vzorcev za take vrste napako kot jo preberemo v Zurnalu24 oz. v virih na katerih ta novica temelji ali pa je ozadju še kaj drugega? Vsekakor bi si želel nekoliko temeljitejšega pojasnila v medijih. 

Železo v bakterijski patogenezi

Železo je pomemben prehranski vir, zlasti še ker pomembno sodeluje v patogenezi številnih bakterij. Precej časa že vemo, da se gostitelj in patogeni mikroorganizmi vsak zase trudijo za zagotovitev ustreznih količin železa, potrebnih za rast. Evolucijsko se je razvil pravi arzenal načinov za uplenitev omejenih količin železa v telesu, npr. s pomočjo posebnih vezalnih molekul, pri bakterijah imenovanih sideroforov, ki posebno rade nase vežejo železo in ga nato posredujejo bakterijam. Nedavne najdbe specifičnih sideroforov pri sevih bakterije Escherichia coli, ki povzročajo infekcije sečnih poti, napoveduje morda nov način borbe proti infekciji. Na Medicinski šole Univerze Washington namreč iščejo molekulo, ki bi bila toliko podobna sideroforu, da bi jo bakterija sprejemala, ji pa seveda ta ne bi zagotavljala potrebnega železa.

Elektronska taksonomija bakterij

Članek “Assigning strains to bacterial species via the internet” (Bishop, C.J. in sod) , dostopen v reviji BMC Biology (za dostop se boste morali registrirati v bazi odprtega dostopa BioMed Cemtral), nas seznanja z novim taksonomskim portalom eMLSA.net, ki omogoča prepoznavo (identifikacijo) bakterijskih vrst s pomočjo t. i. večlokusnega določanja zaporedja (multilocus sequence analysis). Prepoznavo dosežemo z določitvijo zaporedja sedmih ključnih mest (lokusov) na bakterijskem genomu.      

Pa še to…

Morda vam bo zanimivo…

O drevesu življenja

V tem tednu smo bili naravoslovci močno pod vtisom proslavljanja Darwinovih praznikov. Med drugim je bil Darwin tudi med prvimi, ki se je ukvarjal z risanjem organizemskih evolucijskih povezav v grafih, ki jih danes opisujemo kot drevesa življenja. Menda jih je narisal več, kot nam to razkrije Zimmer v nedavnem članku v NY Timesu, vendar le ena skica je doživela večjo popularnost. V zvezi s tem pa je vredno omeniti projekt oz. iniciativo, ki jo že nekaj let financira ameriška NSF z imenom Sestavljanje drevesa življenja (Assembling the Tree of Life – AToL) in ponuja učiteljem in učencem obilico odličnih sestavkov.  

O retrovirusih

Na priljubljenem blogu Microbiology Bytes najdete zelo informativen zapis o retrovirusih. Spremljate ga lahko kot pripovedovano prezentacijo (mogoče jo je tudi povečati čez ves ekran), tekst je na voljo tudi samostojno, lahko pa si zvočno podkast verzijo prenesete tudi na svoj iPod. Te različne možnosti predstavljanja učnih vsebin, ki so danes na voljo, me res navdušujejo.  Ni, da ni…  

Evolution of evolution

Ameriška znanstvena fundacija (National Science Foundation - NSF) je ob priložnosti Darwinovih obletnic oz. konkretneje k izdaji dela Origin of Species pripravilo posebno poročilo Evolution of evolution, v katerem v tekstovnem in v interaktivnem video načinu predstavlja vpliv Darwinovega dela na različna znanstvena področja.

Darwinovemu spominu je bil posvečen tudi pogovor dveh Rihardov, Richarda Dawkinsa, upokojenega profesorja Univerze v Oxfordu in lorda Richarda Harriesa of Pentregarth (bivšega oksfordskega škofa ) na večer Darwinovega rojstnega dne, 12. februarja letos. Pogovor je bil posvečen spominom na odmevno in ostro debato med Darwinovim prijateljem in zagovornikom Thomasom Huxleyem in škofom Samuelom Wilberforcom, ostrim nasprotnikom evolucijske teorije, na isti lokaciji v letu 1860. Tokratni pogovor je seveda izzvenel kot prijateljska izmenjava pogledov o poenotenem sprejemanju evolucijske teorije in o razhajanjih v pogledu religije med izpričanim ateistom Dawkinsom in umirjenim cerkvenim dostojanstvenikom Harriesom.