Izvorne celice za nadomeščanje krvi

Te dni je v svetovnih medijih zakrožila odmevna novica, da je ameriški firmi Advanced Cell Technology uspela  diferenciacija embrionalnih izvornih celic v predniške krvne celice in nato v eritrocite. To seveda napoveduje pot v proizvodnjo sestavin krvi in v razrešitev težav pri zagotavljanju transfuzijske krvi, ki jo še vedno pridobivamo zgolj s krvodajalstvom. Treba pa je upoštevati, da realizacija zopet ne bo tako blizu, saj je vest posledica pomanjkanja sredstev s katerim se firma sooča in je bila najbrž posredovana medijem tudi da pridobijo nove vlagatelje v razvoj.

Virusi napadajo tudi viruse

Leta 2003 so raziskovalci dokončno identificirali ogromen virus, z desetkrat večjim genomom, kot ga imajo običajni virusi in ga je zaradi velikosti bilo mogoče opazovati tudi s svetlobnim mikroskopom. Dali so mu ime "mimivirus", je pa običajni prebivalec ameb, ki naseljujejo hladilne vodne stolpe. Zgodba se prav zanimivo nadaljuje letos, ko so prav tako v amebah iz nekega pariškega vodnega stolpa odkrili še večje virusne delce, te so poimenovali "mamaviruse", ki pa so vsebovali druge, zelo drobne virusne delčke, v konkretnem primeru so jim dali ime "Sputnik". Ker sumijo na parazitsko naravo najdenih znotrajvirusnih delcev, naj bi viruse tega tipa poslej označevali kot "virofage" pač po analogijo z bakteriofagi, s katerimi opisujemo viruse, ki napadajo bakterije. Sputnik virusi imajo zelo majhen genom, z vsega 21 geni, ki kodirajo proteine. Presenetljivo pa je, da je med njimi troje genov, ki so jih kot kaže ti virofagi "ukradli" gostiteljskemu mamavirusu. Vsekakor bodo potrditve te najdbe in nadaljnje raziskave lahko pomembno obogatile spoznanja o še vedno precej skrivnostni evoluciji virusov.

Antraks tudi v naravnem okolju

Prav v času, ko časopise polnijo poročila in ugibanja o bioterorističnih napadih s povzročiteljem antraksa v letu 2001, se v ZDA dogaja še ena zgodba o antraksu. Tokrat gre za izbruh antraksa v čredi bizonov, ki jih goji Ted Turner na eni od svojih farm. Stroka zagotavlja, da gre za nepodtaknjen izbruh antraksa, saj je znano, da na določenih področjih, ki so znani kot "distrikti antraksa", posebni vremenski in okoljski pogoji lahko sprožijo izbruh te bolezni. Bakterije Bacillus anthracis v obliki spor lahko namreč v tleh preživijo leta, celo desetletja, živali pa se okužijo z okuženo krmo npr. na paši ali z vodo za napajanje.

Ted Turner je poleg tega da je znan kot lastnik svetovne medijske hiše CNN in filantrop tudi lastnik 15 farm v različnih predelih ZDA. Na 14 od teh farm goji tudi bizone, po oceni okoli 45.000 živali. Z njihovim mesom okrbujejo znane Turnerjeve Montana Grill restavracije. Za antraksom naj bi v tokratni epizodi poginilo 175 bizonov na Turnerjevi farmi blizu Bozemana v Montani, poročajo pa, da so enzootijo obvladali in da se stanje umirja.

Uveljavitev mikrobne forenzike

Domnevno odkritje ozadja pisemskih napadov s povzročitelji antraksa v septembru in oktobru 2001 v ZDA, ki se razpleta po smrti mikrobiologa iz ameriških vojaških laboratorijev konec julija letos in po objavi dokumentov Ministrstva za pravdo (DOJ) v tem tednu, še naprej razburja ameriško pa tudi svetovno javnost.

Preiskovalci FBI naj bi pomemben del dokazov pridobili z analitiko, ki jo zagotavlja novo področje t. i. mikrobne forenzike. Z natančno določitvijo genskega zaporedja je namreč mogoče ugotoviti tudi drobne spremembe v genomu, ki nato služijo kot kriterij sledenja. Po tej poti so v obravnavanem primeru ugotovili štiri markerje v genomu Bacillus anthracis, s katerimi so nedvoumno lahko dokazali, da je bakterije iz okuženih pisem mogoče povezati z znano bakterijsko kulturo iz laboratorijev USAMRIIDa v Fort Detricku.

Da pa zadeve seveda tudi ti podatki ne pojasnjujejo v celoti in da je seveda tudi na svojstven način politizirana, nam dobro predstavijo zapisi novinarja Salon-a G. Greenwalda.

Brusnice proti infekcijam sečil

Študija v reviji Colloids and Surfaces B: Biointerfaces pojasnjuje učinkovitost brusnic pri preprečevanju urinarnih infekcij. Sok brusnic naj bi preprečeval pritrjevanje bakterij s pomočjo celičnih izrastkov (t. i. fimbrij) na epitel sečnih organov, kar je pogoj za pričetek infekcije.  

Ali se napad z antraksom iz leta 2001 razpleta?

Kot danes poročajo svetovni mediji (The NYT, BBC News) je storil samomor Bruce E. Ivins, mikrobiolog zaposlen v USAMRIID (U.S. Army Medical Research Institute of Infectious Diseases) laboratorijih v Fort Detricku v ameriški zvezni državi Maryland. Ivins je bil znan kot vrhunski strokovnjak za raziskave antraksa in je pomembno sodeloval v razvoju vakcin proti Bacillus anthracis (B.a.), povzročitelju antraksa. Po poročilih medijev naj bi Ivinsu grozil sodni pregon zaradi suma, da je bil v ozadju bioteroristične napada iz jeseni leta 2001, kmalu po terorističnem napadu na WTC v New Yorku, ko je neznanec razposlal na več naslovov pisemske ovojnice s sporami B. a., zaradi česar je zbolelo več kot 20 ljudi in pet jih je tudi umrlo.

Več kvalitetnih informacij o omenjenem napadu najdemo v članku objavljenem leta 2006  v reviji Applied and Environmental Microbiology, avtorja D. J. Beecherja iz laboratorijev agencije FBI.       

Akademsko raziskovanje GSO je ogroženo

V razpravah o GSO v javnosti skoraj po pravilu srečujemo nestrpen odziv in odklanjanje te tehnologije v kmetijski rabi pri čemer pa lahko pogosto zaslutimo korenine nasprotovanja v podmeni iz ozadja, da za vsem stojijo zgolj kapitalski interesi multinacionalk, ki obvladujejo agrarni trg. Da je odpor javnosti, zlasti tiste, ki sega po bolj militantnih sredstvih, kot so npr. uničevanja poskusnih polj, posebno moteč za akademsko raziskovanje, ki mu ni mogoče očitati vpletenosti kapitala, opozarjajo številne univerzitetne ustanove. Profesor Howard J. Atkinson iz Univerze v Leedsu je nedavno sprožil pobudo za spremembo zakonodaje o eksperimentalnem preverjanju GSO rastlin v poljskih poskusih, ki bi naj preprečila uničevanje eksperimentalnih polj. Profesor Atkinson je že pred časom jasno izpostavil svoja stališča o pomenu raziskav, s katerimi iščejo možnosti za učinkovitejšo, pred boleznimi manj ogroženo proizvodnjo ključnih prehranskih kmetijskih kultur. Ta naj bo primarno utemeljena na ohranjanju znosnih cenovnih okvirov in na razvoju varnih prehranskih virov ter na zagotavljanju novih možnosti pridelave hrane tudi v področjih, ki so manj primerna za pridelavo hrane in so večinoma področja v deželah v razvoju. Akademske raziskave so ključni vir pri iskanje novih poti za razvoj takih rastlin, istočasno pa najbolj kredibilno orodje za preverjanje vseh pomislekov iz nabora ključnih zahtev varnosti kot so okoljska, zdravstvena in socialno strukturna. Slabljenje zaupanja v akademsko okolje, ki ga na eni strani razjeda pogosto neutemeljena kritika javnosti, na drugi strani pa moti pri raziskovalnem delu nasilniško obnašanje civilnega odpora, jemlje seveda predvsem možnost pridobiti objektivno vednost, ki jo prav kritiki GSO prednostno zahtevajo. Prof. Atkinson posebej poudarja, da ob tem ko je moteno raziskovanje v akademskih projektih, si komercialne firme zlahka zagotovijo nemotene možnosti poljskega preskušanja svojih kultivarjev.

Več kot zgolj začimbe

Začimbe kot origano, timijan, cimet in klinčki, kot kažejo razsikave, s svojimi oljnimi in drugimi sestavinami učinkovito ustavljajo rast celo tako zoprnim patogenom kot so sevi bakterije Escherichia coli O157:H7. To seveda odpira nove možnosti uporabe teh prehranskih dodatkov pri konzerviranju živil.

Wiki bioloških poti

Dobili smo spletni pripomoček, ki smo se ga naravoslovci zelo razveselili, namreč zbirko bioloških poti Wikipatways. Orodje, ki bo s svojo grafično in tekstovno obliko in z odprtokodno paradigmo proste dostopnosti tako za oblikovalce kot za uporabnike vsebin zelo privlačno. Seveda bo wiki zelo uporaben tudi v učnem procesu. Članek v PLoS Biology pa vas bo tudi natančneje seznanil z namenom in uporabnostjo nove spletne pridobitve. 

Kalifornija prepoveduje trans maščobe

Včerjašnji članek v New York Times me je vsekakor presenetil.  Guverner A. Schwarzenegger je podpisal zakon o prepovedi uporabe trans maščob v restavracijah in v proizvodnji živil; s tem je Kalifornija prva zvezna ameriška država, ki se je odločila za tako rigorozno potezo.

Trans maščobe po novejših spoznanjih povečujejo riziko za razvoj koronarnih bolezni, saj dvigajo raven t.i. "slabega" (LDL) holesterola in zmanjšujejo raven "dobrega" (HDL) holesterola.

Helicobacter pylori

Analiza DNA vzorcev vsebine želodca pri mumiji iz severa Mehike, objavljena v BMC Microbiology, dokazuje, da bakterija Helicobacter pylori ni prispela na ameriška tla s Kolumbom, ampak je tam že bila prisotna prej.

Ob tem velja omeniti, da je revija BMC Microbiology iz nabora revij odprtega dostopa, močno izboljšala svoje mesto v Thomson Reutersovem Journal Citation Report, kjer je zdaj z IF 2,98 med 94 revijami iz področja mikrobiologije na 27. mestu.

In ko smo že pri bakteriji H. pylori nas je iz ZDA dosegla presenetljiva vest v kateri tej bakteriji pripisujejo vlogo pri preprečevanju astme. Raziskovalci iz Univerze New York (Langone Medical Center) so v reviji The Journal of Infectious Diseases objavili podmeno, ko naj bi zaradi različnega imunskega statusa nosilcev in tistih, ki niso nosilci helikobakterja pri prvih, torej nosilcih, opazovali značilno manjšo pojavnost astme. Medtem ko se pogostost astme in drugih alergijskih stanj v zadnjih letih v razvitem svetu povečuje, H. pylori zaradi obsežne uporabe antibiotikov in višjih higienskih standardov izginja iz človekovega prebavnega trakta.

Vonj zemlje

Značilen vonj zemlje, ki postane zlasti intenziven ob oranju, pripisujemo dvema spojinama: geosminu in metilizoborneolu, ki sta produkta streptomicetnih bakterij. Raziskovalca ameriške Univerze Brown D. Cane in Chieh-Mieh Wang sta uspela določiti gene, ki določajo sintezo teh dveh spojin uvrščenih med terpene. 

Virus Marburg ponovno v Evropi

V NewScientistu beremo, da se je po štirih desetletjih v Evropi ponovno pojavil virus Marburg, natančneje bolnica, ki je obolela za hemoragično virusno vročico (mrzlico?) Marburg.

40-letna bolnica, ki je umrla v bolnišnici v nizozemskem mestu Leiden 11. julija je bila tam (karantensko) hospitalizirana 5. julija potem ko so se pri njej tri dni prej pojavili znaki vročičnega obolenja. Bolnica se je nekaj dni predtem vrnila iz Ugande, kjer je med 16. in 19. junijem obiskala tudi jame, kar je morda vzrok okužbe z virusom (sum pada na netopirje v jamah). Virus Marburg je bližnji sorodnik virusa Ebola, prav tako povzročitelja smrtno nevarne hemoragične vročice.

Več o virusu in zaščiti pred njim lahko najdete v citiranem članku.

Slovenska strokovna blogosfera zopet bogatejša

Na slovenskem spletu se nam je pridružil s svojim blogom "Kavarna ob robu vesolja" Nejc Jelen, ki ga bralci tiskanih časniških naravoslovnih vsebin dobro poznamo.

Dobrodošel v blogarskem vesolju in prepričan sem, da njegovi "kavarniški" prispevki ne bodo prav nič "ob robu vesolja", ampak prav v njegovem središču, kot smo ga navajeni.

Še o nevarnih živilih

V navezavi na novico o okužbah s salmonelo, ko naj bi vzrok tičal morda v paradižnikih, naj opozorim na prispevek dr. P. G. Auwaerterja iz Univerze Johns Hopkins, ko razpravlja o najpogostejših vzrokih okužb s prehranskimi izdelki. V nasprotju s prevladujočim mnenjem, da so nevarni zlasti meso in mesni izdelki, nas Auwaerter pouči, da sta v ZDA to predvsem sadje in zelenjava. Tudi zaradi specifičnega izvora teh živil (uvoz) in posebnih načinov priprave, kjer je seveda v ospredju uživanje v presni obliki.

Oglejte si njegov video na Medscapeu, je pa potrebna za ogled (brezplačna) registracija.    

Nove komunikacije v biologiji

Bora Zivkovic nas opozori na delavnico o "Novih komunikacijskih kanalih v biologiji", ki je 26. in 27. junija letos tekla v San Diegu (ZDA). Na spletu organizatorja lahko zdaj spremljate video posnetke vseh 20 predavateljev. 

Genom tobaka

Raziskovalci iz Univerze North Carolina so zaključili petletni, 17,6 milijonov dolarjev vredni projekt genoma tobaka (Nicotiana tabacum).

Določili so nukleotidno zaporedje genoma v velikosti 4,5 milijarde baznih parov, kar je nekako 1,5 krat več kot je velik človekov genom; zgolj 20 do 25% od tega so seveda genske determinante. Eden od vodij projekta, C. Opperman, pravi da so doslej opredelili več kot 95% področij, ki predstavljajo zapise genov. Ocenjuje, da ima genom tobaka okoli 36,000 genov in za približno polovico teh lahko že predvidijo identiteto.

Genski zapis bo na voljo na spletu preko NIH/NCBI baze GenBank Web strani in na spletu Univerze NC.

Navadni tobak je rastlina, ki poleg znanega ekonomskega pomena predstavlja pomemben model za rastlinske študije. Njegov genom se zdaj pridružuje drugim že znanim rastlinskim genomom, poleg riževega so to še genomi Arabidopsis thaliana, Medicago truncatula in Lotus japonicus, medtem ko je delo na razkritju genomov koruze, soje, paradižnika in krompirja še v teku.

Časovnica življenja

Prav lahko se zgodi, da bomo morali popravljati časovnico o zgodnjem nastanku življenja. Kot pravi mineralog T. Geisler iz Univerze v Münstru (ZRN), naj bi življenje obstajalo 750 milijonov let dlje od tega, kar je veljalo doslej. Raziskovalci so namreč v najstarejših mineralnih depozitih iz Avstralije, ki datirajo več kot 4,25 milijarde let nazaj, v obdobju torej, ki ga v geološki časovni lestvici poimenujemo kot had, odkrili posebno lahke izotope ogljika, ki so lahko indikator življenja.

Prioni in čiščenje odpadne vode

Prioni, infektivne beljakovine, ki so npr. vzrok tudi za bolezen BSE, lahko, sodeč po raziskavah J. Pedersena iz Univerze Wisconsin–Madison v ZDA, preživijo tudi proces čiščenja odpadnih vod. Res so eksperimentalni model obremenili s precej večjo koncentracijo prionov, kot jih običajno lahko pričakujemo v odpadnih vodah. Po prehodu najprej skozi aerobni del in nato še anaerobni del procesa čiščenja, v očiščeni odpadni vodi ni bilo mogoče dokazati prionskih delcev, ugotovili pa so jih v muljnem preostanku.

Če vemo, da se, sicer le v redkih primerih, stabiliziran mulj čistilnih naprav uporablja za gnojenje v kmetijstvu, dobljeni podatki seveda predstavljajo resno svarilo pred takšno prakso.

Salmonela straši v ZDA

Ameriška Uprava za živila in zdravila (The Food and Drug Administration - FDA) je aktivirala svojo Mrežo odziva ob prehranskih  nevarnostih (Food Emergency Response Network). S tem so k svojim siceršnjim kapacitetam dodali 100 laboratorijev širom ZDA v preiskavi nedavnega izbruha salmoneloze. Od sredine aprila je doslej zbolelo že 869 ljudi s 107 hospitalizacijami.

Omenjeno mrežo, ki so jo ustanovili po 11. septembru 2001 ob znanih terorističnih dogodkih, so doslej uporabili le trikrat, leta 2006 ob razširjanju bakterije Escherichia coli v pakirani špinači, leta 2007 ob kontaminaciji hrane za družne živali z melaminom in ob tokratnem nepojasnjenem razširjanju salmonel. Kljub začetnemu sumu o njihovem izvoru v paradižnikih, ki se kasneje ni izkazal za povsem prepričljivega, zdaj preiskujejo tudi druga živila, ki jih običajno jemo s paradižniki.