Vonj zemlje

Značilen vonj zemlje, ki postane zlasti intenziven ob oranju, pripisujemo dvema spojinama: geosminu in metilizoborneolu, ki sta produkta streptomicetnih bakterij. Raziskovalca ameriške Univerze Brown D. Cane in Chieh-Mieh Wang sta uspela določiti gene, ki določajo sintezo teh dveh spojin uvrščenih med terpene. 

Virus Marburg ponovno v Evropi

V NewScientistu beremo, da se je po štirih desetletjih v Evropi ponovno pojavil virus Marburg, natančneje bolnica, ki je obolela za hemoragično virusno vročico (mrzlico?) Marburg.

40-letna bolnica, ki je umrla v bolnišnici v nizozemskem mestu Leiden 11. julija je bila tam (karantensko) hospitalizirana 5. julija potem ko so se pri njej tri dni prej pojavili znaki vročičnega obolenja. Bolnica se je nekaj dni predtem vrnila iz Ugande, kjer je med 16. in 19. junijem obiskala tudi jame, kar je morda vzrok okužbe z virusom (sum pada na netopirje v jamah). Virus Marburg je bližnji sorodnik virusa Ebola, prav tako povzročitelja smrtno nevarne hemoragične vročice.

Več o virusu in zaščiti pred njim lahko najdete v citiranem članku.

Slovenska strokovna blogosfera zopet bogatejša

Na slovenskem spletu se nam je pridružil s svojim blogom "Kavarna ob robu vesolja" Nejc Jelen, ki ga bralci tiskanih časniških naravoslovnih vsebin dobro poznamo.

Dobrodošel v blogarskem vesolju in prepričan sem, da njegovi "kavarniški" prispevki ne bodo prav nič "ob robu vesolja", ampak prav v njegovem središču, kot smo ga navajeni.

Še o nevarnih živilih

V navezavi na novico o okužbah s salmonelo, ko naj bi vzrok tičal morda v paradižnikih, naj opozorim na prispevek dr. P. G. Auwaerterja iz Univerze Johns Hopkins, ko razpravlja o najpogostejših vzrokih okužb s prehranskimi izdelki. V nasprotju s prevladujočim mnenjem, da so nevarni zlasti meso in mesni izdelki, nas Auwaerter pouči, da sta v ZDA to predvsem sadje in zelenjava. Tudi zaradi specifičnega izvora teh živil (uvoz) in posebnih načinov priprave, kjer je seveda v ospredju uživanje v presni obliki.

Oglejte si njegov video na Medscapeu, je pa potrebna za ogled (brezplačna) registracija.    

Nove komunikacije v biologiji

Bora Zivkovic nas opozori na delavnico o "Novih komunikacijskih kanalih v biologiji", ki je 26. in 27. junija letos tekla v San Diegu (ZDA). Na spletu organizatorja lahko zdaj spremljate video posnetke vseh 20 predavateljev. 

Genom tobaka

Raziskovalci iz Univerze North Carolina so zaključili petletni, 17,6 milijonov dolarjev vredni projekt genoma tobaka (Nicotiana tabacum).

Določili so nukleotidno zaporedje genoma v velikosti 4,5 milijarde baznih parov, kar je nekako 1,5 krat več kot je velik človekov genom; zgolj 20 do 25% od tega so seveda genske determinante. Eden od vodij projekta, C. Opperman, pravi da so doslej opredelili več kot 95% področij, ki predstavljajo zapise genov. Ocenjuje, da ima genom tobaka okoli 36,000 genov in za približno polovico teh lahko že predvidijo identiteto.

Genski zapis bo na voljo na spletu preko NIH/NCBI baze GenBank Web strani in na spletu Univerze NC.

Navadni tobak je rastlina, ki poleg znanega ekonomskega pomena predstavlja pomemben model za rastlinske študije. Njegov genom se zdaj pridružuje drugim že znanim rastlinskim genomom, poleg riževega so to še genomi Arabidopsis thaliana, Medicago truncatula in Lotus japonicus, medtem ko je delo na razkritju genomov koruze, soje, paradižnika in krompirja še v teku.

Časovnica življenja

Prav lahko se zgodi, da bomo morali popravljati časovnico o zgodnjem nastanku življenja. Kot pravi mineralog T. Geisler iz Univerze v Münstru (ZRN), naj bi življenje obstajalo 750 milijonov let dlje od tega, kar je veljalo doslej. Raziskovalci so namreč v najstarejših mineralnih depozitih iz Avstralije, ki datirajo več kot 4,25 milijarde let nazaj, v obdobju torej, ki ga v geološki časovni lestvici poimenujemo kot had, odkrili posebno lahke izotope ogljika, ki so lahko indikator življenja.

Prioni in čiščenje odpadne vode

Prioni, infektivne beljakovine, ki so npr. vzrok tudi za bolezen BSE, lahko, sodeč po raziskavah J. Pedersena iz Univerze Wisconsin–Madison v ZDA, preživijo tudi proces čiščenja odpadnih vod. Res so eksperimentalni model obremenili s precej večjo koncentracijo prionov, kot jih običajno lahko pričakujemo v odpadnih vodah. Po prehodu najprej skozi aerobni del in nato še anaerobni del procesa čiščenja, v očiščeni odpadni vodi ni bilo mogoče dokazati prionskih delcev, ugotovili pa so jih v muljnem preostanku.

Če vemo, da se, sicer le v redkih primerih, stabiliziran mulj čistilnih naprav uporablja za gnojenje v kmetijstvu, dobljeni podatki seveda predstavljajo resno svarilo pred takšno prakso.

Salmonela straši v ZDA

Ameriška Uprava za živila in zdravila (The Food and Drug Administration - FDA) je aktivirala svojo Mrežo odziva ob prehranskih  nevarnostih (Food Emergency Response Network). S tem so k svojim siceršnjim kapacitetam dodali 100 laboratorijev širom ZDA v preiskavi nedavnega izbruha salmoneloze. Od sredine aprila je doslej zbolelo že 869 ljudi s 107 hospitalizacijami.

Omenjeno mrežo, ki so jo ustanovili po 11. septembru 2001 ob znanih terorističnih dogodkih, so doslej uporabili le trikrat, leta 2006 ob razširjanju bakterije Escherichia coli v pakirani špinači, leta 2007 ob kontaminaciji hrane za družne živali z melaminom in ob tokratnem nepojasnjenem razširjanju salmonel. Kljub začetnemu sumu o njihovem izvoru v paradižnikih, ki se kasneje ni izkazal za povsem prepričljivega, zdaj preiskujejo tudi druga živila, ki jih običajno jemo s paradižniki.

Mandlji kot prebiotiki

Prebiotike imenujemo neprebavljive sestavine v hrani, največkrat so to oligosaharidi, ki s tem, ko podpirajo rast koristnih mikroorganizmov (tudi probiotikov) v prebavilih, ugodno vplivajo na zdravje gostitelja. Nove raziskave kažejo, da so učinkoviti kot prebiotiki mandlji, ki jim tudi sicer pripisujejo kar nekaj zdravilnih učinkov, med drugim naj bi zniževali raven holesterola. 

Pasti "biološke" reje

Nekoliko presenetljiv zapis v reviji New Scientist nas opozarja, da t. i. biološka reja domačih živali morda prinaša nepričakovane vzporedne nevarnosti.

Raziskovalci na Univerzi Ohio State so namreč ugotovili imunska protitelesa proti bakterijam rodu Salmonella pri 39 % prašičev rejenih v svinjakih in z dodatkom antibiotikov h krmi ter pri 54 % prašičev v t. i. "organski" reji na prostem s krmo brez antibiotikov. To odpira seveda dilemo: redno dodajanje antibiotikov v krmo povečuje tveganje razširjanja na antibiotike odpornih bakterij, v biološki reji brez antibiotikov pa je pri živalih v večji meri ugotovljeno nosilstvo salmonel, ki povzročijo npr. samo v ZDA letno milijon toksikoinfekcij s hrano.

Prav tako so pri živalih v prosti reji odkrili povečan obseg okužb s parazitom Toxoplasma in presenetljivo tudi okužbe s parazitom Trichinella, ki velja v ZDA za izkoreninjeno pri klasični hlevski reji.

Genom kakavovca

V povezavi industrije čokolade Mars Inc., računalniškega giganta IBM in ameriškega ministrstva za kmetijstvo (USDA) naj bi se lotili določitve genoma kakavovca (Theobroma cacao) s ciljem izboljšati možnosti za učinkovitejše žlahtnjenje rastline na kateri temelji trg vreden 5 milijard dolarjev. V NCBI bazi rastlinskih genomov lahko vidimo, da je del genskega mapiranja kakavovca že v opravljen.

Evropski izvor lymske biorelioze

Angleški in ameriški raziskovalci so v skupni raziskavi ugotovili, da ima povzročiteljica bolezni, bakterija iz rodu Borrelia, ki jo dokazujejo v Severni Ameriki, najbrž zgodnje korenine izvora v Evropi. Z raziskavo evolucijske zgodovine, ki jo omogočajo sodobne genetske tehnike, so namreč ugotovili, da med evolucijsko mlajšimi in starejšimi sevi tisti starejši kažejo večjo sorodnost s sevi izoliranimi v Evropi. Raziskovalci sodijo, da naj bi do tega preskoka prišlo nekaj milijonov let nazaj. V vesti najdemo tudi podatek, da je v ZDA ugotovljena le ena vrsta borelij, Borrelia burgdorferi, ki povzroča lymsko boreliozo (ime je bolezen dobila po kraju Lyme v državi Connecticut, ZDA, kjer je bila prvič ugotovljena), medtem ko so v Evropi znane štiri vrste patogenih borelij.

Presenetljiv genski prenos

Da so si preproste prokariontske organizemske skupine v obdobju zgodnje evolucije obsežno izmenjevale genetski material je splošno veljavna teza. Take pojave zasledimo lahko tudi danes. Redkejši pa so opisi prenosa genetskega materiala med prokariontskimi in evkariontskimi organizmi, torej med domenami, o čemer poročajo D. A. Fitzpatrick in sodelavci. Ugotovili naj bi namreč prenos genov med bakterijami in glivo Candida parapsilosis.

Bioetanol manj zanimiv

Laboratoriji se pod geslom biogoriv druge generacije vse intenzivneje posvečajo iskanju poti, po katerih bi namesto bioetanola mikroorganizmi proizvajali dizelske nadomestke. Slabosti bioetanola kot sta relativno manjša energetska gostota goriva in energetsko potratna proizvodnja vzpodbujajo k mikrobni proizvodnji ogljikovodikov, primerljivih tistim v današnjih dizelskih gorivih. Taka proizvodnja naj bi bila tudi okoljsko prijaznejša od sicer konkurenčne kemijske proizvodnje biodizla. Optimistične napovedi govorijo celo o ceni v območju 50 dolarjev za sod (barrel) takega goriva!

Bakterijsko utišanje

Tehnikam genskega utišanja ("gene silencing") se obetajo zanimive naloge tudi pri uravnavanju bakterijske fiziologije. Napovedujejo možnosti učinkovitejšega nadzora trdovratnih infekcij z utišanjem antibiotskih rezistenčnih genov  pa seveda tudi v različnih industrijskih uporabah mikroorganizmov, kot je trenutno zelo aktualna proizvodnja biogoriv.

Virusi proti raku

Virusi genetsko prilagojeni tako, da lahko uničijo rakave celice predstavljajo obetavno strategijo za zdravljenje posebno zločestih možganskih tumorjev kot so glioblastomi. Žal telesni obrambni sistem pogosto izloči viruse preden lahko ti pomembneje prizadenejo tumorsko tkivo. Novejše raziskave kažejo tudi, da se ob uničenju rakavih celic z virusi sproščajo proteini, ki vzpodbudijo rast novih krvnih žil v tumorskem tkivu in obnavljajo tumorsko rast.

Zadnje predavanje

V petek sem pri mikrobiologih v drugem letniku imel zadnje predavanje v svoji učiteljski karieri. No, upam, da samo zadnje predavanje v formalnem okviru, s koncem tega semestra v septembru se namreč upokojim. Študentom sem se zahvalil, ker so mi bili zadnji avditorij in aplavz je bil prijazno priznanje, v kratkem klepetu v nadaljevanju pa sem tudi lahko zaslutil, da so razumeli moje občutke...

Hujšajmo z bakterijami

Vse pogostejša so poročila raziskav o vplivu črevesne flore na debelost človeka. Tako so na Medicinski šoli Univerze Stanford uspeli z dodajanjem probiotičnih bakterij učinkovito podpreti kirurško rešitev želodčne premostitve pri zmanjševanju telesne teže ob tem da so tako tudi omejili komplikacije, ki spremlja kirrurški poseg.

Mikrobno bogati morski sedimenti

Pred leti so nas presenetile najdbe živih mikroorganizmov globoko v celinskih tleh, tudi v območjih skalne osnove tal v globini nekaj kilometrov. Zdaj se slika mikrobne poselitve planeta dopolnjuje z ugotovitvami mikrobne pristnosti globoko pod morjem. Celo 70% vseh na zemlji živečih mikroorganizmov naj bi živelo v morskih tleh, v porah kamenin. Biogeokemik K. J. Edwards iz USCLA je s sodelavci ugotovila, da gram podmorskega talnega bazalta vzhodnega Pacifika vsebuje med 3 milijoni in milijardo mikroorganizmov, medtem ko kubični centimeter v morski vodi nad temi tlemi vsebuje vsega od 8.000 do 90.000 mikroorganizmov. Tudi različnost združbe bakterij in arhej je skromnejša v morski vodi z okoli 12 različnimi mikrobnimi vrstami ob 440 vrstah v bazaltnih tleh.

V podobni študiji so nedavno  R. J. Parkes in sodelavci iz Univerze Cardiff analizirali vzorce podmorskih sedimentov v globini med 860 in 1626 metri na področju Nove Fundlandije. Po njihovih najdbah naj bi kubični centimeter teh sedimentov v porah naseljevalo milijon in pol mikroorganizmov. Nekako 60% teh celic je bilo živih.